View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2261_low_1 (Length: 677)

Name: NF2261_low_1
Description: NF2261
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2261_low_1
NF2261_low_1
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (14-660)||(2368429-2369079)
chr6 (14-439)||(2362908-2363333)
chr6 (14-423)||(2351293-2351702)
chr6 (14-423)||(2339840-2340249)
chr6 (14-423)||(2307159-2307568)
chr6 (14-431)||(2357601-2358018)
chr6 (14-146)||(14711333-14711465)
chr6 (14-410)||(2261274-2261670)
chr6 (14-122)||(14753404-14753512)
chr6 (298-358)||(2297125-2297185)
chr6 (14-122)||(2297361-2297469)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (14-431)||(4305614-4306031)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-361)||(5804235-5804582)
[»] scaffold0408 (1 HSPs)
scaffold0408 (14-113)||(560-659)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (607-643)||(2600873-2600909)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 490; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 2369079 - 2368429
Alignment:
Q  14 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2369079 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgatgacctctaacatcaacgtctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatt 2368980  T
Q  114 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 213  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||    
T  2368979 tgaccaaatatttggatcagtgtgaatctttctaagattcaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccatctaaattgcaattctctgagaat 2368880  T
Q  214 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2368879 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgacaatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctgtctctcttacac 2368780  T
Q  314 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttccaatattagaggatttctaagtaccaaacatattgcccatgtaagggtaacact 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2368779 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttccaatattagaggatttctaagtaacaaacatattgcccatgtaagggtaacact 2368680  T
Q  414 agttgtgtcaactcctcccgcgattaagttctgtcaatgaggtatgaattccataagaaaatttaacatc----ttcattgaagagtgtgtatgtgttac 509  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||    
T  2368679 ggttgtgtcaactcctcccgcgattaagttctgtcaatgaggtatgaattccataagaaaatttaacatcttttttcattgaagagtgtgtatgtgttac 2368580  T
Q  510 tccctcagtctcacgatgagtgacccatttaacaatttcacacatattaaaaaaattatataagtgaaagnnnnnnnntggttttgagtgccattaataa 609  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||            ||||||||| |||||| ||    
T  2368579 tccctcagtctcacgatgaatgacccatttaaaaattttacacatattaaaaaaattgtataagtaaaaaaaaaataaaaattttgagtgtcattaacaa 2368480  T
Q  610 gtattgatatattcacaattatcataaatataaaccgaaagatgttgaatt 660  Q
    |||||||| || ||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  2368479 gtattgatgtactcacaattatcattaatataaatcggaagatgttgaatt 2368429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 14 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 2363333 - 2362908
Alignment:
Q  14 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||    
T  2363333 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaaaatcaatatctttatgcgttgtaagaaacctctccggtttgaatactaatggatc 2363234  T
Q  114 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 213  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||    
T  2363233 tgaccaaacattaggatcagtgtgaatcttccaaagattcaaaattaatcgtgttccatttcttacatcatatccacctaaattacaattctctgagaat 2363134  T
Q  214 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 313  Q
    ||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||    
T  2363133 tcacgaggcacagataaagggccaggtggatataatcttagtgtttctttgactatggcttgaaggtacaccaacttgtctatatctgactttcttacac 2363034  T
Q  314 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttccaatattagaggatttctaagtaccaaacatattgcccatgtaagggtaacact 413  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2363033 acctctcttttccaacttgagcatcaagttcttcttttgcttttttcaatattagaggatttctaagcaacaaacatattgcccatgtaagggtaacgct 2362934  T
Q  414 agttgtgtcaactcctcccgcgatta 439  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||    
T  2362933 agttgtttcaattcctcccccgatta 2362908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 14 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 2351702 - 2351293
Alignment:
Q  14 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 113  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||  ||||||||||| || ||||||||    
T  2351702 ttctaccacttccaaatggtagtagttcaaaatgattacctctaacatcaacaactttatgagtggtaagaaacctttctggtttgaactctaatggatc 2351603  T
Q  114 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 213  Q
    |||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||  || ||||| | | ||||||||||||| |||    
T  2351602 tgaccaaacactaggatcagtttgaatcttccaaagatttagcattaaccgagttccttttctaacatggtaaccaccaatagtgcaattctctgagaat 2351503  T
Q  214 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 313  Q
    ||||||||||| |  | ||| || | |||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||  | || || | |||  |||||     
T  2351502 tcacgaggtgcggcgagaggacctggtggatgcaatcttagggtttcttttactatagcttgaaggtataccaacttaccaatatccgactcgtttacaa 2351403  T
Q  314 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttccaatattagaggatttctaagtaccaaacatattgcccatgtaagggtaacact 413  Q
     ||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| | | ||  |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2351402 gcctttctttgccaacgtgagtgtcaagttcttcttttgcttttttcaatacaagaggatttttcaatagtaaacatattgcccatgtaagagtaacact 2351303  T
Q  414 agttgtgtca 423  Q
    | ||||||||    
T  2351302 acttgtgtca 2351293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 14 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 2340249 - 2339840
Alignment:
Q  14 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 113  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||  ||||||||||| || ||||||||    
T  2340249 ttctaccacttccaaatggtaatagttcaaaatgattacctctaacatcaacagctttatgagtggtaaaaaacctttctggtttgaactctaatggatc 2340150  T
Q  114 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 213  Q
    || ||||||| | ||||| || ||||||||||||||||||   ||||| || ||||| ||| | || | ||| ||||||||| | ||||||| ||| |||    
T  2340149 tggccaaacactaggatctgtttgaatcttccaaagatttgtgattaatcgagttccctttataacttgataaccacctaaattacaattctttgagaat 2340050  T
Q  214 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 313  Q
    ||||| ||| | || | ||| || | |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || | ||| || | ||| ||   ||| |||| ||    
T  2340049 tcacgtggtccggagagaggacccggtggatacaatcttagtgtttctttgactatagcttgaaggtatatcaatttatttatatcaaactcgcttaaac 2339950  T
Q  314 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttccaatattagaggatttctaagtaccaaacatattgcccatgtaagggtaacact 413  Q
    | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||  | |  | |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  2339949 atctctctttgccaacttgagcatcaagttcttcttttgccttttccattacaagaggattattcaaaagcaaacatagtgcccatgtaagggtgacact 2339850  T
Q  414 agttgtgtca 423  Q
    | ||||||||    
T  2339849 acttgtgtca 2339840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 14 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 2307568 - 2307159
Alignment:
Q  14 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 113  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||| |||||| | |||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |  ||||||||||| || ||||||||    
T  2307568 ttctaccacttccaaatggcaatagcacaaaattactacccctaacatcaacatctttatgagtggtaagaaatctttctggtttgaactctaatggatc 2307469  T
Q  114 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 213  Q
    || ||||| ||| ||||| |||| |||| |||||||||||   ||||| || ||||| ||| | |||| ||| || |||||| | |||||||| || |||    
T  2307468 tggccaaatattaggatccgtgttaatcctccaaagatttgtgattaatcgagttccctttataacatgataacctcctaaagtacaattctccgagaat 2307369  T
Q  214 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 313  Q
    ||||||||| | || | |||  | | ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||   ||| || | ||| |||| ||| | |||||    
T  2307368 tcacgaggtcctgaaagaggagcgggtggatataatcgtagtgtttctttgactatagcttgaaggtatgtcaatttatttatatctgactcacatacac 2307269  T
Q  314 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttccaatattagaggatttctaagtaccaaacatattgcccatgtaagggtaacact 413  Q
    | |||||||| |||| |||||  || |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||  | | || |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  2307268 atctctctttgccaatttgagcgtcgagttcttcttttgctttttccattacaagaggattgttcaatagcaaacatagtgcccatgtaagggtgacact 2307169  T
Q  414 agttgtgtca 423  Q
     |||||||||    
T  2307168 ggttgtgtca 2307159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 14 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 2358018 - 2357601
Alignment:
Q  14 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 113  Q
    ||||||||| |||||||||||| | |||||| |||   |||| |||||||||||||||||  ||  ||||||| |  |||||||| || |  ||||||||    
T  2358018 ttctaccacttccaaatggtaacaactcaaagtgacaccctcgaacatcaacatctttataagtgttaagaaatctttctggtttaaactttaatggatc 2357919  T
Q  114 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 213  Q
     |||||||||||  | || || || || |||||||||||||| ||||  || ||||||||| | |||||||| |||||||   | ||||| || |  ||     
T  2357918 cgaccaaacattatggtctgtttggattttccaaagatttaagattagtcgagttccttttatgacatcataaccacctatgttacaattttcggtaaac 2357819  T
Q  214 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 313  Q
    ||||||||||| || | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||| || | || | ||||||    
T  2357818 tcacgaggtgcagagagaggaccaactggatataatcttagggtttctttgattatcgcttgaaggtacaccaacttgtttatatccgactttgttacac 2357719  T
Q  314 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttccaatattagaggatttctaagtaccaaacatattgcccatgtaagggtaacact 413  Q
    |  | ||| ||||||| ||    ||||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||| |      
T  2357718 atttatctcttccaacgtggaagtcaagttctgcttttgctttttccaatgtatgaggatttttcagtaacaaacatattgcccaagtaagggtaatagc 2357619  T
Q  414 agttgtgtcaactcctcc 431  Q
    | ||||||||| ||||||    
T  2357618 acttgtgtcaattcctcc 2357601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 14 - 146
Target Start/End: Original strand, 14711333 - 14711465
Alignment:
Q  14 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 113  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||| |||||||| |||||||||||    
T  14711333 ttcttccacttccaaatggtaaaagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgagttgtaagaaatctctcaggtttgaactccaatggatc 14711432  T
Q  114 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttcca 146  Q
     | ||||||| | |||||||| || ||||||||    
T  14711433 cggccaaacactaggatcagtttggatcttcca 14711465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 14 - 410
Target Start/End: Original strand, 2261274 - 2261670
Alignment:
Q  14 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 113  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||||||| | |||  |  ||||||||| ||| || || |||||||| |  ||||||||||| || ||||||||    
T  2261274 ttctaccacttccaaatggtaacaactcaaaatgttgacccttggcatcaacatttttgtgagtggtaagaaatctttctggtttgaactctaatggatc 2261373  T
Q  114 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 213  Q
    || ||||| | ||||||| || ||||| ||||||||||||   || |  |  ||||||||| | | |  ||| ||||||||  | ||||  ||||  |||    
T  2261374 tggccaaatacttggatcggtttgaattttccaaagatttgtgataagtctagttccttttttgatacgatagccacctaacgtacaatcttctgtgaat 2261473  T
Q  214 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 313  Q
    ||||||||||| || | ||| || |  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||  ||  |||       
T  2261474 tcacgaggtgctgagagaggacctggaggatacaatcttagggtttctttgactattgcttgaagatataccaacttatttatgtctgagtcatttatga 2261573  T
Q  314 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttccaatattagaggatttctaagtaccaaacatattgcccatgtaagggtaac 410  Q
    | || |||| ||||| |||| | |  |||||||||||||||||| | ||||   |||||||||| | ||  ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  2261574 atctttcttctccaatttgattgttgagttcttcttttgcttttgctaatacatgaggatttctcaatagtaaacaaattacccatgtaagggtaac 2261670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 14 - 122
Target Start/End: Original strand, 14753404 - 14753512
Alignment:
Q  14 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 113  Q
    |||| |||| |||||||||||| | ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| || |||||||| | | | || ||||| |||||||||||    
T  14753404 ttcttccacttccaaatggtaaaaactcaaaatgatgacccttaacatcaacatctttatgagttgtaagaaatctcccaggcttgaactccaatggatc 14753503  T
Q  114 tgaccaaac 122  Q
     | ||||||    
T  14753504 cggccaaac 14753512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 298 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 2297185 - 2297125
Alignment:
Q  298 tctggctctcttacacacctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgcttttt 358  Q
    |||| ||||||||||||  | |||||||||| ||| || | ||||||||||||||||||||    
T  2297185 tctgactctcttacacaattttcttttccaatttgtgtgttaagttcttcttttgcttttt 2297125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 2297469 - 2297361
Alignment:
Q  14 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 113  Q
    |||| |||| ||||||||| || | ||||||||  | ||| | || |||||||||||| |  || ||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||    
T  2297469 ttcttccacttccaaatggcaacaactcaaaattttgacccccaagatcaacatctttgttagtggtaagaaacctttcaggtttaaattctaatggatc 2297370  T
Q  114 tgaccaaac 122  Q
    |||||||||    
T  2297369 tgaccaaac 2297361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 4306031 - 4305614
Alignment:
Q  14 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 113  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || || ||    
T  4306031 ttctaccacttccaaatggtaataactcaaaatgatgacccttaacatcaacacctttatgagtagtaagaaaccgttctggtttgaactctaaaggttc 4305932  T
Q  114 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 213  Q
    | ||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| |  ||||  |  ||||||||| | |||||||| ||||||||| |  | |||||||  ||     
T  4305931 taaccaaaccttaggatcagtatggatcttccatagattcatgattagtctagttccttttttgacatcataaccacctaaatttgagttctctgtgaac 4305832  T
Q  214 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 313  Q
    ||||| ||| | || | |||| | | |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || | |||| ||||||    
T  4305831 tcacgtggtcctgagagaggggcgggtggacataaccttagggtttctttgactatcgcttgaaggtataccaacttgtctatatccgactcttttacac 4305732  T
Q  314 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttccaatattagaggatttctaagtaccaaacatattgcccatgtaagggtaacact 413  Q
    |||||||||| ||||||||  | ||||||||||||| ||||||||| | ||  |||||||||   |||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||    
T  4305731 acctctctttgccaacttggatgtcaagttcttcttgtgctttttctattacaagaggattttccagtaacaaacacattgcccatataagggtgacact 4305632  T
Q  414 agttgtgtcaactcctcc 431  Q
    ||||||||||||||||||    
T  4305631 agttgtgtcaactcctcc 4305614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 100; Significance: 4e-49; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 361
Target Start/End: Original strand, 5804235 - 5804582
Alignment:
Q  14 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 113  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||  ||||| || || || |||||||     
T  5804235 ttctaccacttccaaatggttgtagttcaaaatgattacccctaacatcaatatctttatgagttgtaagaaacctttctggcttaaaatctaatggatt 5804334  T
Q  114 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 213  Q
    || ||||||| |  |||| || || |||||||||||||||   ||||| || ||||||||| | |||| ||| ||||||||| ||||||||||||| |||    
T  5804335 tggccaaacactaagatctgtttggatcttccaaagatttgtgattaatcgagttccttttgtaacatgataaccacctaaagtgcaattctctgagaat 5804434  T
Q  214 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 313  Q
    ||||||||| |   || |||  ||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||   ||| |||| |||  | |||     
T  5804435 tcacgaggtccgcctagaggagcagatggatacaatctcagtgtttccttgactatagcttgaaggtataccaacttaattatatctgactcattcacaa 5804534  T
Q  314 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttcca 361  Q
    | |||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5804535 atctctctctaccaacatgagtgtcaagttcttcttttgctttttcca 5804582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0408 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0408
Description:

Target: scaffold0408; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 14 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 659 - 560
Alignment:
Q  14 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 113  Q
    |||| |||| |||||||||||| | ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| || |||||||| | | | || ||||| |||||||||||    
T  659 ttcttccacttccaaatggtaaaaactcaaaatgatgacccttaacatcaacatctttatgagttgtaagaaatctcccaggcttgaactccaatggatc 560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 29; Significance: 0.000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 607 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 2600909 - 2600873
Alignment:
Q  607 taagtattgatatattcacaattatcataaatataaa 643  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  2600909 taagtattgatatatttaccattatcataaatataaa 2600873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University