View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2262-Insertion-1 (Length: 812)

Name: NF2262-Insertion-1
Description: NF2262
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2262-Insertion-1
NF2262-Insertion-1
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (8-801)||(31126813-31127605)
chr1 (9-812)||(31077484-31078286)
chr1 (10-800)||(31131522-31132311)
chr1 (282-554)||(31128740-31129011)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (589-655)||(38655085-38655151)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 674; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 674; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 31127605 - 31126813
Alignment:
Q  8 cctccaccctttcttcactaaagttccatccggcaaaacgtcgtcagaagccgcttccttaccatccacgggaaccggaggatacagtctcatactctcg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31127605 cctccaccctttcttcactaaagttccatccggcaaaacgtcgtcacaagccgcttccttaccatccacgggaaccggaggatacagtctcatactctca 31127506  T
Q  108 cataaagccgcatgagtgtaaaccatatccttcacctcattgtaattaaccgtttccgattttcccataacttcctttagaatctcattctccacatgac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31127505 cataaagccgcatgagtgtaaaccatatccttcacctcattgtaattaaccgtttccgattttcccataacttcctttagaatctcattctccacatgac 31127406  T
Q  208 tatgcttagagagtaaccaaaagaaccaagtgagtgcagctgaagttgtatctctcccagcaagaataaagcttattacaatatcaacaacaaaagattc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31127405 tatgcttagagagtaaccaaaagaaccaagtgagtgcagctgaagttgtatctctcccagcaagaataaagcttattacaatatcaacaacaaaagattc 31127306  T
Q  308 atctgaatgacctgaacttaaaaatcgtgatagaatatccaatgattccaacgatgatttttcttcaagctcctttttcttttccctaacgattcttgtg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31127305 atctgaatgacctgaacttaaaaatcgtgatagaatatccaatgattccaacgatgatttttcttcaagctcctttttcttttccctaacgattcttgtg 31127206  T
Q  408 gctgagtcctcttacttcagcagcagcttcttttaaccgtcgctctgatccaacatttaatattttcttgactttccatagaaatggaatcgctgcattt 507  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31127205 gc-gagtcctcttacttcagcagcagcttcttttaaccgtcgctctgatccaacatttaatattttcttcactttccatagaaatggaatcgctgcattt 31127107  T
Q  508 aacctctcactgctgattcgtgagctatcatcaaatgcttttacaaaagctgtttcgggaagagaagggaggagatactccggatcgaatccaaaagcaa 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  31127106 aacctctcactgctgattcgtgagctatcatcaaaggctttaacaaacgctgtttcgggaagagaagggaggagatactccggatcaaatccaaacgcaa 31127007  T
Q  608 ttatgcaaatattatcaaatgtaaaacgttggagaatatcttggaaattagggagaatacttttgttatcggaagcttcatggagaataggaagcagacg 707  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||| || ||| |||||  |||||| ||||| || ||    
T  31127006 ttatgcaaatattatcaaacgtgaaacgttggagaatatcttgaaaattagcgagaattgttttgttttccgaaacttcagagagaattggaagaaggcg 31126907  T
Q  708 atccttgagttcaacgtcgacgacagtttcaacgaatttgcggagggatttagtgttgaattcatggctggagatttgtcgttgaaccttccag 801  Q
    ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  31126906 atcgttgagttcaacatcgacaacagtttcaacgaattttcggagggatttagtgttgaattcatggctggatatttgacgttgaaccttccag 31126813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 812
Target Start/End: Complemental strand, 31078286 - 31077484
Alignment:
Q  9 ctccaccctttcttcactaaagttccatccggcaaaacgtcgtcagaagccgcttccttaccatccacgggaaccggaggatacagtctcatactctcgc 108  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |   | || ||||| |||  |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  31078286 ctccaccctttcttcacaaaagttccatctggcaaaacatcattgtacgctgcttctttagtatccactggaactggaggataaagtctcatactctcgc 31078187  T
Q  109 ataaagccgcatgagtgtaaaccatatccttcacctcattgtaattaaccgtttccgattttcccataacttcctttagaatctcattctccacatgact 208  Q
    |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||  |||| ||||||||  |||  || || ||||| |||||||||||||||||    
T  31078186 ataacgacgcatgagtataaaccatatccttcacctcatcgtaactaactatttctgattttccggtaatctctttgagaatttcattctccacatgact 31078087  T
Q  209 atgcttagagagtaaccaaaagaaccaagtgagtgcagctgaagttgtatctctcccagcaagaataaagcttattacaatatcaacaacaaaagattca 308  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  31078086 atgcttagagagtagccaaaagaaccacgtgagtgcagctgaagttgtatctttcccagcaagaataaagcttattacaatatcaactacaaatgattca 31077987  T
Q  309 tctgaatgacctgaacttaaaaatcgtgatagaatatccaatgattccaacgatgatttttcttcaagctcctttttcttttccctaacgattcttgtgg 408  Q
    || |||||||| ||||||||||| || |||| || ||| | ||||||||| | || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  31077986 tccgaatgacccgaacttaaaaaccgcgataaaagatcaactgattccaaagttgctttttctttaagctcttttttcttttccctaacgattcttgtag 31077887  T
Q  409 ctgagtcctcttacttcagcagcagcttcttttaaccgtcgctctgat-ccaacatttaatattttcttgactttccatagaaatggaatcgctgcattt 507  Q
    |  |||||||||||||||||  | |||||||| || |||||||| ||| || |  |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| || ||     
T  31077886 c-aagtcctcttacttcagcgacggcttctttcaatcgtcgctc-gatccctatgtttaatattttcttcactttccatatcaatggaatcgcagcgtta 31077789  T
Q  508 aacctctcactgctgattcgtgagctatcatcaaatgcttttacaaaagctgtttcgggaagagaagggaggagatactccggatcgaatccaaaagcaa 607  Q
    || ||| ||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||||    |||| |||||||||||   | |  |||||||||||||||||||| || |    
T  31077788 aatctcacactgctaattagtgagctatcgtcaaaggcttttacaaacatggttttgggaagagaagaatgtaagtactccggatcgaatccaaacgcga 31077689  T
Q  608 ttatgcaaatattatcaaatgtaaaacgttggagaatatcttggaaattagggagaatacttttgttatcggaagcttcatggagaataggaagcagacg 707  Q
    || |||| ||| |||| || |||||||||||||| |||||||| |||| | | ||||   ||| ||| | |||||||||   ||||||||||||||||||    
T  31077688 ttctgcagatactatcgaacgtaaaacgttggaggatatcttgaaaatcaagcagaaccgtttggtttttggaagcttcggagagaataggaagcagacg 31077589  T
Q  708 atccttgagttcaacgtcgacgacagtttcaacgaatttgcggagggatttagtgttgaattcatggctggagatttgtcgttgaaccttccaggttcca 807  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||| || || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||    
T  31077588 atcattgagttcaacctcgacgacagtttcgacaaatttacgtagagacttagtgttgaattcatggctggaaatttgtcgttgaaacttccaagtttca 31077489  T
Q  808 ccgtc 812  Q
    |||||    
T  31077488 ccgtc 31077484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 10 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 31132311 - 31131522
Alignment:
Q  10 tccaccctttcttcactaaagttccatccggcaaaacgtcgtcagaagccgcttccttaccatccacgggaaccggaggatacagtctcatactctcgca 109  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||  | || ||||||||| ||||||| | ||| ||||| | || |||||||||||||||    
T  31132311 tccaccctttcttcactaatgttccatctggcaaaacatcatcgtaggctgcttccttagcatccactgaaactggagggtccattctcatactctcgca 31132212  T
Q  110 taaagccgcatgagtgtaaaccatatccttcacctcattgtaattaaccgtttccgattttcccataacttcctttagaatctcattctccacatgacta 209  Q
    ||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||  |    |||||||   |||  || || |||||||||||||| |||||||||    
T  31132211 taacgatgcatgagtgtaaaccatattcttcacctcatcgttactaactatcattgattttctagtaatctctttaagaatctcattctctacatgacta 31132112  T
Q  210 tgcttagagagtaaccaaaagaaccaagtgagtgcagctgaagttgtatctctcccagcaagaataaagcttattacaatatcaacaacaaaagattcat 309  Q
    |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |    
T  31132111 tgcttagagattaacaaaaagaaccacgtgagtgcagctgaagttgtatctctcccagcaagaataaagcttatcacaatatcaactacaaaagattcgt 31132012  T
Q  310 ctgaatgacctgaacttaaaaatcgtgatagaatatccaatgattccaacgatgatttttcttcaagctcctttttcttttccctaacgattcttgtggc 409  Q
    | |||||||| |||||||||||||| || | ||||||||  |||||||| | |   ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  31132011 ccgaatgaccagaacttaaaaatcgcgacaaaatatccaccgattccaaggtttccttttctttaagctcttttttcttttccctaacaatttttgtggc 31131912  T
Q  410 tgagtcctcttacttcagcagcagcttcttttaaccgtcgctctgatccaacatttaatattttcttgactttccatagaaatggaatcgctgcatttaa 509  Q
     ||| || |||||||||||  |||||||||| ||||||||||| | |||||  ||||  | ||| || |||||||||| ||||||||   | || ||||     
T  31131911 -gagcccccttacttcagcgacagcttctttcaaccgtcgctcgggtccaatgtttaggaattttttcactttccataaaaatggaacatcagcgtttat 31131813  T
Q  510 cctctcactgctgattcgtgagctatcatcaaatgcttttacaaaagctgtttcgggaagagaagggaggagatactccggatcgaatccaaaagcaatt 609  Q
    ||| || | ||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |  |||    
T  31131812 cctgtcgccgctgattcgtgtgctatcgtcaaaagctttgacaaacgcgatttcgggaagagaagggatgagatattccggatcgaatccaaatgtgatt 31131713  T
Q  610 atgcaaatattatcaaatgtaaaacgttggagaatatcttggaaattagggagaatacttttgttatcggaagcttcatggagaataggaagcagacgat 709  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||  ||| ||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  31131712 atgcaaatattatcaaacgtaaaacgttggagaatatcttgaaaatcagggaggatcatttagtttttggaggcttcatggagaataggaaggagacggt 31131613  T
Q  710 ccttgagttcaacgtcgacgacagtttcaacgaatttgcggagggatttagtgttgaattcatggctggagatttgtcgttgaaccttcca 800  Q
    | || |||||||| || || || ||||| | ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31131612 cgttaagttcaacatccaccaccgtttcgatgaatttgcatggggatttagtgttgaattcatggctggagatttgtcgttgaaccttcca 31131522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 282 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 31129011 - 31128740
Alignment:
Q  282 attacaatatcaacaacaaaagattcatctgaatgacctgaacttaaaaatcgtgatagaatatccaatgattccaacgatgatttttcttcaagctcct 381  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||  |  |||| ||   ||||| ||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||| ||| |    
T  31129011 attacaatatcaactgcaaaagattcttctgaatgtgcgtaactcaagcgtcgtggtagaataaccaatgattccaacactgatttttctacaaactctt 31128912  T
Q  382 ttttcttttccctaacgattcttgtggctgagtcctcttacttcagcagcagcttcttttaaccgtcgctctgatccaacatttaatattttcttgactt 481  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  | |||||||||| ||||  ||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31128911 ttttcttttccctaacgattcttgtggc-gagtcctcttacttcaacgacggcttcttttagccgtttcttggatccaacatttaatattttcttcactt 31128813  T
Q  482 tccatagaaatggaatcgctgcatttaacctctcactgctgattcgtgagctatcatcaaatgcttttacaaa 554  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||| | |||| | | |||| |||||||||||    
T  31128812 tccatagaaatggaatggcatcatttaacctctcgctgctgattcataagctgttaccaaaggcttttacaaa 31128740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 589 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 38655151 - 38655085
Alignment:
Q  589 ggatcgaatccaaaagcaattatgcaaatattatcaaatgtaaaacgttggagaatatcttggaaat 655  Q
    |||||||| ||||| || ||| |||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  38655151 ggatcgaaaccaaacgcgattttgcagatattgtcaaacgtgaaacgttggagaatgtcttggaaat 38655085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University