View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2262R-Insertion-7 (Length: 854)

Name: NF2262R-Insertion-7
Description: NF2262R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2262R-Insertion-7
NF2262R-Insertion-7
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (237-854)||(13447972-13448589)
chr2 (244-854)||(13454468-13455060)
chr2 (347-854)||(13439919-13440426)
chr2 (9-178)||(13447745-13447913)
chr2 (239-347)||(13439829-13439937)
chr2 (94-177)||(13454315-13454399)
chr2 (9-70)||(13454187-13454249)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (356-854)||(12540413-12540911)
chr5 (348-854)||(28385054-28385560)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (359-851)||(3417483-3417975)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (349-854)||(48965050-48965555)
chr4 (360-854)||(48957876-48958373)
chr4 (348-854)||(48961011-48961522)
chr4 (406-830)||(48912319-48912746)
chr4 (348-522)||(48967178-48967352)
chr4 (613-854)||(48974103-48974335)
[»] scaffold0536 (3 HSPs)
scaffold0536 (466-854)||(6461-6852)
scaffold0536 (613-830)||(10467-10687)
scaffold0536 (622-680)||(1580-1638)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (347-854)||(12641431-12641941)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (558-854)||(12483414-12483716)
chr6 (382-783)||(12590196-12590594)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 586; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 237 - 854
Target Start/End: Original strand, 13447972 - 13448589
Alignment:
Q  237 cattcacacttccgcttgacgaaaccacgatgttattaggaaaagttgaaaaaatttagacaatactcatttgaattaatcatccagcttgaggtctctc 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13447972 cattcacacttccgcttgacgaaaccacgatgttattaggaaaagttgaaaaaatttagacaatactcatttgaattaatcatccagcttgaggtctctc 13448071  T
Q  337 aatcttttaaggtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctc 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13448072 aatcttttaaggtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagccaccttcttgaatagcttgtatagctttttctc 13448171  T
Q  437 caaactctcgagcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctt 536  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13448172 caaactctcgagcacgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctt 13448271  T
Q  537 tctctccgcaacaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctcca 636  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13448272 tctctccgcgacaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttatcagtttctcattgtagaattgatctcca 13448371  T
Q  637 tgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctca 736  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13448372 tgaaccggccacgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctca 13448471  T
Q  737 atatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgcttt 836  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  13448472 atatcttaacctgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctcttcttc 13448571  T
Q  837 gctctcatcttctttccc 854  Q
    ||||||||||||||||||    
T  13448572 gctctcatcttctttccc 13448589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 244 - 854
Target Start/End: Original strand, 13454468 - 13455060
Alignment:
Q  244 acttccgcttgacgaaaccacgatgttattaggaaaagttgaaaaaatttagacaatactcatttgaattaatcatccagcttgaggtctctcaatcttt 343  Q
    ||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||      
T  13454468 acttctgcttgacgaaacaacaatgttattagaaaaagttgaaaaaacttacacaatgctcctttgaattaatcatgcggcttgaggtttctcaatct-- 13454565  T
Q  344 taaggtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactc 443  Q
                    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  13454566 ----------------tttaagttcatcaatcaaagccaacaaattattataagatgagccacctttttgaatagcttgtgtagccttttctccaaactc 13454649  T
Q  444 tcgagcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctcc 543  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||    
T  13454650 tcgagcacgtaccctgatatttttagcttcatcaccaccgcccatcaatctcctcacagccttctctatgctatctttgctcaccaacttctctctctcc 13454749  T
Q  544 gcaacaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccg 643  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |    
T  13454750 gcaacaccacttgtacaccattctgttgcaccgacttcaattccaattcctcgaacttgtgttattagtttctcgttgtagaattgatctccatggactg 13454849  T
Q  644 gccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatctt 743  Q
    |||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13454850 gccacgttatcattggaactcccatgctaacagcctctacgattgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtgactcaatatctt 13454949  T
Q  744 aacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctca 843  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||| |||||||    
T  13454950 aacttgtggggcccaacccctaatgatcaaaccctttttctcgatgtttttctcttcaaatcccttcggcaaccacttttgtttctcctcttcgctctca 13455049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 347 - 854
Target Start/End: Original strand, 13439919 - 13440426
Alignment:
Q  347 ggtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcg 446  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |    
T  13439919 ggtctctcaatcttttaagttcttcaattaaagccaacaaattattataagacgagccaccttcttgaatagcttgtgtagccttttctccaaactcttg 13440018  T
Q  447 agcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgca 546  Q
    |||| ||||||| ||||||| |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||    
T  13440019 agcaagtagcctcatatttttagcttcatcaccattctccatcaatctcctcacagccttctctatgttatccctgctcaccaacttctctctctccgca 13440118  T
Q  547 acaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggcc 646  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13440119 acaccattcttacaccattccgttgcaccgacttccactccaattcctcgaaattgtgttaccagtttctcgttgtagaattgatctccatgaaccggcc 13440218  T
Q  647 atgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaac 746  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13440219 acgttatcattggaactcccgcactaacagactctacaattgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccaccgcagggtggctcaatatcttaac 13440318  T
Q  747 ttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatct 846  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||  || ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| | |  |||||||||    
T  13440319 ttgtggggcccaacccttaatgatcaaacccatcctcctaatgtttctctcttcgaatccctttggcaaccacttttctttctcttcctcactctcatct 13440418  T
Q  847 tctttccc 854  Q
    ||||||||    
T  13440419 tctttccc 13440426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 9 - 178
Target Start/End: Original strand, 13447745 - 13447913
Alignment:
Q  9 gaaaaattaaaataaatgcaaaaacacattaagaagttagaatagccacgtacacaccaaaaattgaatcaaaacaattaagtttaaactattcgaaaat 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  13447745 gaaaaattaaaataaatgcaaaaacacattaagaagttagaatagccacgtacacaccaaaaattgaatcaaaacaattaagga-aaactattcgaaaat 13447843  T
Q  109 tcatgttaaatctgccagagtagctaaatgttacttcattgatttgagagtacttgtggcaggtattgtg 178  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13447844 tcatgttaaatctgccagagtagctaaatgttacttcattgatttgagagtacttgtggcaggtattgtg 13447913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 239 - 347
Target Start/End: Original strand, 13439829 - 13439937
Alignment:
Q  239 ttcacacttccgcttgacgaaaccacgatgttattaggaaaagttgaaaaaatttagacaatactcatttgaattaatcatccagcttgaggtctctcaa 338  Q
    |||||||||| |||||||||| | || || ||||||||| | ||||||||||  ||||||||| || ||||||||||||||   ||||| ||||||||||    
T  13439829 ttcacacttctgcttgacgaaccaacaatattattaggataggttgaaaaaacatagacaatagtcctttgaattaatcatgtcgcttggggtctctcaa 13439928  T
Q  339 tcttttaag 347  Q
    |||||||||    
T  13439929 tcttttaag 13439937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 94 - 177
Target Start/End: Original strand, 13454315 - 13454399
Alignment:
Q  94 aaactattcgaaaattcatgttaaatctgccagagtagctaaat-gttacttcattgatttgagagtacttgtggcaggtattgt 177  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  13454315 aaactattcaaaaattcatattaaatctgccatggtagctatattgttgcttcattgatttgagagtacttgtcgcagatattgt 13454399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 70
Target Start/End: Original strand, 13454187 - 13454249
Alignment:
Q  9 gaaaaatt-aaaataaatgcaaaaacacattaagaagttagaatagccacgtacacaccaaaa 70  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||    
T  13454187 gaaaaattgaaaataaatgcgaaaacacattaagaagttagaagaaccacgtacacaacaaaa 13454249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 356 - 854
Target Start/End: Original strand, 12540413 - 12540911
Alignment:
Q  356 atcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgagcatgtag 455  Q
    ||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||| ||| || || |||||||||| |||| || |||| || ||||||| |||||| ||| ||||    
T  12540413 atcttttaatttcgtcgatcaaagataacaaattattatgagaggaaccaccttcttgaacagctcgtctagccttctctccaatctctcgtgcacgtag 12540512  T
Q  456 cctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactc 555  Q
     || |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||| ||  |||| |     
T  12540513 tctcatattttcagcttcataaccaccatccatcaatctcctcatagccttctctatgccatctctgccaaccaacttctttctctccccattaccattt 12540612  T
Q  556 gtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatca 655  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||| | || ||||||||||||  |||||| |||||||    
T  12540613 gtacaccattctgttgcacctacttctactccaattcctcggacctgtgttattagtttctcgttgaataagtgatctccatgacacggccacgttatca 12540712  T
Q  656 ttggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggc 755  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12540713 ttggaactcccgcaccaacagcctctacaattgagtttcccccacaatgtgtcataaatccccccaccgcagggtggctcaatatcttaacctgtggggc 12540812  T
Q  756 ccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatcttctttccc 854  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||    
T  12540813 ccaacccctaatgatcaaacccttttttccaatgtttctctcctcaaatcccttcggcatccacttttctttctcttcttcagtctcatcttctttccc 12540911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 348 - 854
Target Start/End: Original strand, 28385054 - 28385560
Alignment:
Q  348 gtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcga 447  Q
    ||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || || ||||||| || |||| || |||| || ||||| |||||||||    
T  28385054 gtctctcaatcttttaagttcgtcgattaaagctaacaaattattataagaggaaccaccttctttaacagctcgtgtagccttctctcctaactctcga 28385153  T
Q  448 gcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaa 547  Q
    ||| || | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||     
T  28385154 gcacgttgtctcatattttcagcttcatcgccaccgtccatcaatttcctcatagccttctctatgttatctctgctcaccaacttctttctctccccat 28385253  T
Q  548 caccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggcca 647  Q
     |||| | ||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||| ||||| |  |||||| | ||||||||||  ||| |||||| |||||   |||||    
T  28385254 taccatttgtacaccattccgttacacctacttccactccaattcttcggactgttgttatcaatttctcattgctgaagtgatctgcatgacaaggcca 28385353  T
Q  648 tgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaact 747  Q
     |||||||||||||||||||| | ||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||    
T  28385354 cgttatcattggaactcccgcgccaacagcctctacaattgagttccctccgcaatgtgtcagaaatccccccaccgcagggttgctcaatatcagaact 28385453  T
Q  748 tgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatctt 847  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  28385454 tgtggggcccaacccctgattatgaaacccttctttccaatgtttctctcctcaaatccctttggcagccacttttctttctcttcttcgatctcatctt 28385553  T
Q  848 ctttccc 854  Q
    |||||||    
T  28385554 ctttccc 28385560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 359 - 851
Target Start/End: Complemental strand, 3417975 - 3417483
Alignment:
Q  359 ttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgagcatgtagcct 458  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||  || || || ||||||||||||||| || |||| || ||||||| |||||||||| |||| ||    
T  3417975 ttttaagttcgtcgatcaaagttaacaaattatgatgtgaggaaccaccttcttgaatagctcgtttagccttctctccaagctctcgagcacgtagtct 3417876  T
Q  459 gatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactcgta 558  Q
     |||  |||||| ||||||| || ||||||||||||||| |  ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||   | |    
T  3417875 cataccttcagcctcatcactactgtccatcaatctcctcattgccttctctatgtcatctctgctcaccaacttctttctctccccaataccatgtgca 3417776  T
Q  559 caccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattg 658  Q
    | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  3417775 cgccattctgttgcacctacttccactccaattcctcggacttgtgttattagtttctcattgaacaattgatctccatgacccggccacgttatcattg 3417676  T
Q  659 gaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggccca 758  Q
    ||||||| |||| ||||||||| ||   |||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  3417675 gaactcctgcaccaacagcctcaacaaatgagttccccccacaatgtgtcataaatccccctaccgcagggtggctcaatatctgaacctgtggggccca 3417576  T
Q  759 acccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatcttcttt 851  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  3417575 acccctaacgatcaaacccttctttccaatgtttctctcctcaaatcccttcggcaaccacttttctttctcttcttcgttctcatcttcttt 3417483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 162; Significance: 5e-86; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 349 - 854
Target Start/End: Original strand, 48965050 - 48965555
Alignment:
Q  349 tctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgag 448  Q
    |||||| ||||||| || || |||||||| || |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||| || |||| ||||||||||||||| |||    
T  48965050 tctctcaatcttttgagatcatcaatcaaggctaacaaattcttatgagacgagccaccttcttgaatggctcgtctagccttttctccaaactcttgag 48965149  T
Q  449 catgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaac 548  Q
    || |    || || || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| | ||||| ||| ||  |||     
T  48965150 cacgacttctaattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatctcctcacagccttctctatgctatcactactcaccagcttctctctttcttcaaa 48965249  T
Q  549 accactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccat 648  Q
    |||| ||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | || |||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||    ||||||    
T  48965250 accagtcaaacaccattctgttgcaccaacttccactccaatccctcgcacttctgttatcagtttttcgttgtagaattgttctccatgtgaaggccat 48965349  T
Q  649 gttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaactt 748  Q
    || ||||| ||||| ||||||| ||||||||| || || |||||||  || ||||| ||||||||  | ||||| || ||||||||||  |||  ||| |    
T  48965350 gtaatcatcggaacccccgcaccaacagcctccactgtggagttccaaccacaatgagtcataaaggcacccacagcggggtggctcagaatcagaacct 48965449  T
Q  749 gtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatcttc 848  Q
    | || |||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||  |||  |||||||| ||    
T  48965450 gcggagcccaacccctaataatcaaacccttctttccaatgtttctctcttcgaatccctttggtaaccacttttgcttctcctcttcactctcatcctc 48965549  T
Q  849 tttccc 854  Q
    ||||||    
T  48965550 tttccc 48965555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 360 - 854
Target Start/End: Original strand, 48957876 - 48958373
Alignment:
Q  360 tttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgagcatgtagcctg 459  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||||| |||| ||| || || |||||||||| |||| || |||| |||||||| |||||| ||||| |  |  ||    
T  48957876 tttaagatcatcaatcaaagacaacaaattgttatgagatgatccaccttcttgaacagctcgtgtagccttttctccgaactcttgagcacgctgtttg 48957975  T
Q  460 atattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactcgtac 559  Q
    || |  |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||| | ||||| | ||||| | ||||| ||| |||  |   ||    
T  48957976 atttcctcagcttcatcaccaccgtccatcaatctcttcacagccttttctatactatctttactcacaatcttctgtttctcctcaaaaccgtttacac 48958075  T
Q  560 accattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattgg 659  Q
    |||| ||||||||||| || || || ||||||||||| |  |  ||||| |  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||    
T  48958076 accactctgttgcaccaacctccaccccaattcctcgcacattagttatcaacttctcattgtagaattgttctccatgcaccggccacgtgatcattgg 48958175  T
Q  660 aactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaa 759  Q
    ||| ||||| ||||||||||| || || ||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||| |||  ||||||||  |||  |||||||||||||||     
T  48958176 aacccccgcgctaacagcctccacagtggagttccacccgcaatgtgtcataaatgcacccacggcaatgtggctcagaatcaaaacttgtggggcccac 48958275  T
Q  760 cccctaatgatcaaacc---cttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatcttctttccc 854  Q
    |||||||||||||||||   |||||| || || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||  |||  ||||| |||||||||||    
T  48958276 cccctaatgatcaaacctttcttctttccaatgtttctctcttcgaatcctttcggcaaccactttcctttctcctcttcactctcgtcttctttccc 48958373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 348 - 854
Target Start/End: Original strand, 48961011 - 48961522
Alignment:
Q  348 gtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcga 447  Q
    ||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||| ||||  |||||| || || ||||||||||||    
T  48961011 gtctctcaatcttttaagatcatcaattaaagccaacaaattattatgagatgagccgcctacttgaacagctcatatagccttatccccaaactctcga 48961110  T
Q  448 gcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaa 547  Q
    ||| |  | || |||| ||| |||||||||||||||||||| ||| | || || |||||||||||  ||||| || | |  | ||| ||||||||  |||    
T  48961111 gcacgccgtcttatatcttcggcttcatcaccaccgtccattaattttctcactgccttctctatattatctttgttgatcaccttatttctctcttcaa 48961210  T
Q  548 caccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggcca 647  Q
     ||||  |  |||||||||||||||||| ||||||| |||||| || || |  |  ||||| |  ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||    
T  48961211 taccatccacacaccattctgttgcaccaacttcaattccaataccccgcacatcagttatcaacttctcgttgtagaattgttctccatgtacgggcca 48961310  T
Q  648 tgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgag--ttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaa 745  Q
    |||||||||||| |  || |||||| ||||||| | ||| |||  |||| ||||||||||||||||||  | ||||| || | ||||| ||  ||| |||    
T  48961311 tgttatcattgggatccctgcactaccagcctcaatggtggagagttccacccgcaatgcgtcataaacacacccaccgctgtgtggcccaggatcataa 48961410  T
Q  746 cttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcc---cgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctc 842  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    | || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||  ||| ||||||    
T  48961411 cttgtggggcccaccccttaatgatcaaacccttcttcttttcaatgtttctctcttcaaatcctttcggcaaccacttgtctttctcctcttcgctctc 48961510  T
Q  843 atcttctttccc 854  Q
    |||  |||||||    
T  48961511 atccactttccc 48961522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 406 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 48912746 - 48912319
Alignment:
Q  406 ccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgagcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagcct 505  Q
    ||||||| ||| || ||| ||||||| || |||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| | | ||| |||    
T  48912746 ccttctttaattgcatgtttagctttctccccaaactctcgagcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaacct 48912647  T
Q  506 tctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgt 605  Q
    |||| ||  |||| || |  || | ||||| ||| ||| ||| |||| | || | |||||| ||||||||||| || || ||||| ||  | |  |||||    
T  48912646 tctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgt 48912547  T
Q  606 tataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgc 705  Q
    ||| |  ||||||||||| || || |||||||| | |||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| || || || |||| ||| |||||     
T  48912546 tatcaacttctcattgtaaaactgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgt 48912447  T
Q  706 gtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttc---ccgatatttctctcttcaa 802  Q
    ||||||||| | ||||| || | ||||||||  ||| |||| ||||| ||||||||| |||| |||| | ||||||||   |||||| ||||||||||||    
T  48912446 gtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaa 48912347  T
Q  803 atcccttcggtaaccacttttctttctc 830  Q
    | ||||| || ||||| |||||||||||    
T  48912346 acccctttggcaaccatttttctttctc 48912319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 348 - 522
Target Start/End: Original strand, 48967178 - 48967352
Alignment:
Q  348 gtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcga 447  Q
    |||||||  ||||||||| || ||||||||||| |  ||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||| || |||| ||||||||||| ||||||    
T  48967178 gtctctcattcttttaagatcatcaatcaaagcaagtaaattattataagacaagccaccttcttgaagtgctcgtgtagccttttctccaaagtctcga 48967277  T
Q  448 gcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctg 522  Q
    ||| || | ||||| || |||||||||||  ||  |||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  48967278 gcacgttgtctgatcttctcagcttcatcgtcattgtccatcaatcttcttatagctttctctatgttatctctg 48967352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 613 - 854
Target Start/End: Original strand, 48974103 - 48974335
Alignment:
Q  613 ttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataa 712  Q
    ||||| ||||||||||| ||  |||| || ||||| || ||||||||||| || |||||||| || || ||||| ||||||| ||||||||| ||||  |    
T  48974103 ttctcgttgtagaattgttcgtcatgcactggccacgtgatcattggaacccctgcactaacggcttccacggtggagttccacccgcaatgtgtcaaga 48974202  T
Q  713 atccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcgg 812  Q
    || | || |  ||||||||||  || |||   |||||||||||||| ||||| |||||||         |||| ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  48974203 atgcaccgatagcagggtggcctaaaatcaccacttgtggggcccacccccttatgatca---------tcccaatattcctctcttcaaatccctttgg 48974293  T
Q  813 taaccacttttctttctctgctttgctctcatcttctttccc 854  Q
     | ||||||||| |||||  | ||||||||||| ||||||||    
T  48974294 catccacttttcgttctcgtcattgctctcatcctctttccc 48974335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 102; Significance: 3e-50; HSPs: 3)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 466 - 854
Target Start/End: Complemental strand, 6852 - 6461
Alignment:
Q  466 tcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactcgtacaccatt 565  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || | ||| | ||||| ||||||| ||| |||| | | || ||| |    
T  6852 tcagcttcgtcaccaccatccatcaatctcctcacagccttctcaatactatccctccccaccaccttctctctctccccaataccagttgaactccact 6753  T
Q  566 ctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcc 665  Q
    | | ||| || ||  | || ||||||| ||| |  |||||||| |  || |||||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||    
T  6752 cagctgcccccaccaccaccccaattcgtcgcacctgtgttatcaacttttcattgtaaaattgttctccatgcaccggccacgtgatcatcggaacccc 6653  T
Q  666 cgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaaccccta 765  Q
     |||||||||||||| || || || |||| ||| ||||||||||||||  | ||||  ||   ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  6652 tgcactaacagcctcaacagtggaattccacccacaatgcgtcataaacgcacccagagctttgtggctcaaaatcataacttgtggagcccaaccccta 6553  T
Q  766 atgatcaaacccttcttc---ccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatcttctttccc 854  Q
    || |||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||| |||||||  |||  |||||||||||||||||    
T  6552 ataatcaaacccttcttctttccgatatttctctcttcgaatccctttggcaaccattttcctttctcctcttcactctcatcttctttccc 6461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 613 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 10687 - 10467
Alignment:
Q  613 ttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataa 712  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |  ||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||    
T  10687 ttctcattgtaaaattgttctccatgcattggccacgtgatcattggaacccctgcactaaccgcctccacggtggaattccacccacaatgtgtcataa 10588  T
Q  713 atccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttc---ccgatatttctctcttcaaatccctt 809  Q
    |  | |||||  ||| |||||| |  ||| |||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||    | |||  ||| ||||||||||| ||    
T  10587 acgcacccacaacagtgtggcttagaatcataacctgaggggcccaacccttaataatcaaacccttcttctttgcaataactctttcttcaaatccttt 10488  T
Q  810 cggtaaccacttttctttctc 830  Q
    ||||| ||| |||||||||||    
T  10487 cggtagccatttttctttctc 10467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 622 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 1638 - 1580
Alignment:
Q  622 tagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctc 680  Q
    ||||||||||| | ||| || |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  1638 tagaattgatcactatgtactggccatgtgatcattggaattcctgcactaacagcctc 1580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 85; Significance: 5e-40; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 347 - 854
Target Start/End: Complemental strand, 12641941 - 12641431
Alignment:
Q  347 ggtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcg 446  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| |||||| || ||||||| || ||| ||| |||| ||||  ||||||||| |    
T  12641941 ggtctctcgatcttttaagatcgttaatcaaagccaacaaattgttatgagacgacccgccttcttcaacagcatgtgtagcctttttcccaaactcttg 12641842  T
Q  447 agcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgca 546  Q
    |||| || | ||||| |  | ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||||| |  |||| | |  |   |    
T  12641841 agcacgttgtctgatttccttagcttcatcaccatcgtccatcaatctcctcacagctttctctatactatgtctactcaccactttctcttttccttta 12641742  T
Q  547 acaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggcc 646  Q
      ||||     | |||| ||||||||||| || || || ||||| | ||| |     ||||| || |||||||| ||||| || ||||| || || ||||    
T  12641741 taaccatgtacagaccactctgttgcacccacctccaccccaatccttcgcacaacagttatcagcttctcattatagaactgttctccttgcactggcc 12641642  T
Q  647 atgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaac 746  Q
    | || ||||||||||  || |||||||||||||||||    ||||||  ||||||||||||||| ||| | ||||| |||| |||||| || ||| | ||    
T  12641641 acgtgatcattggaatccctgcactaacagcctctaccaaggagttcgacccgcaatgcgtcatgaatgcacccacagcagcgtggcttaaaatcattac 12641542  T
Q  747 ttgtggggcccaacccctaatgatcaaacc---cttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctca 843  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||||   ||| ||  | | |||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||  |||  ||||||    
T  12641541 ttgtggggcccactccctaatgataaaacctttcttattttcaacatttctctcttcgaatcctttaggcaaccacttttctttctcctcttcactctca 12641442  T
Q  844 tcttctttccc 854  Q
    |||| ||||||    
T  12641441 tcttttttccc 12641431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 56; Significance: 9e-23; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 558 - 854
Target Start/End: Complemental strand, 12483716 - 12483414
Alignment:
Q  558 acaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcatt 657  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |  |  ||||| |||||||||||||| || || || || ||||||||||| || ||||||    
T  12483716 acaccactctgttgcaccgacttccacaccaatccctcgcacattagttatgagtttctcattgtaaaaatgttcaccgtgaaccggccacgtgatcatt 12483617  T
Q  658 ggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggccc 757  Q
    ||||  || |||||||| || || ||    || ||||  || || || ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||   || ||||| ||||    
T  12483616 ggaatccctgcactaaccgcttccacaacagaattccatccacagtgagtcataaatgcacccactgcagggtggctcaaaatcagtacctgtggtgccc 12483517  T
Q  758 aacccctaatgatcaaacccttcttc------ccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatcttcttt 851  Q
    | ||||| ||||| |||||| ||||       |  || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  | | |||||||||||| ||    
T  12483516 accccctgatgattaaacccatcttattccttctaatgtttctctcctcaaatcccttcggcaaccacttttctttctcctcatcgctctcatcttcctt 12483417  T
Q  852 ccc 854  Q
    |||    
T  12483416 ccc 12483414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 382 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 12590594 - 12590196
Alignment:
Q  382 aacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgagcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccac 481  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||| |||| || |||||||||| || |||||| ||  | || | ||||| |  |||||||||   ||||    
T  12590594 aacaaattattattagaggagccaccttgttgaacagctagtctagctttttcccctaactcttgactacgtcgtctgatttcctcagcttcaatgccac 12590495  T
Q  482 cgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttc 581  Q
    | ||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||| ||||| | ||| ||   |||  ||| | |   | || |||| ||||||||||| |||||    
T  12590494 catccatcaatcttctcacagcattctttatgctatctctactcaccaccttttt---ctcgtcaataacgtacatagaccaatctgttgcaccaacttc 12590398  T
Q  582 aactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctct 681  Q
     |||||||||||  | |  |  ||||| |  ||||||||||| || || || ||||  |  |||||||| ||||| |||| ||| |||||||| |||||     
T  12590397 cactccaattccatgcacatcagttatcaacttctcattgtaaaaatgttcaccattcaatggccatgtgatcatcggaattccagcactaaccgcctcc 12590298  T
Q  682 acggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttct 781  Q
    |||   || ||||  || ||||| ||||||||  | |||||||||  ||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12590297 acgacggaattccatccacaatgtgtcataaacgcgcccactgcattgtggctcataatcattacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttct 12590198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University