View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2262_low_1 (Length: 958)

Name: NF2262_low_1
Description: NF2262
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2262_low_1
NF2262_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (3-958)||(28266826-28267781)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 882; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 882; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 958
Target Start/End: Complemental strand, 28267781 - 28266826
Alignment:
Q  3 agatggacatcatcaattagtagaagtgctatgtcactgaaaaaactcaaaccaccgctttctataccatatcgcgacactgcatcaaatttctattcat 102  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267781 agatggacttcatcaattagtagaagtgctatgtcactgaaaaaactcaaaccaccgctttctataccatatcgcgacactgcatcaaatttctattcat 28267682  T
Q  103 tgaaaaatgaactttagccacctcatagtgtcaacaaatcagtcagtgtgtgtgtcagtctgacaggaaaaataaatgtttattgtgtctctttggattg 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267681 tgaaaaatgaactttagccacctcatagtgtcaacaaatcagtcagtgtgtgtgtcagtctgacaggaaaaataaatgtttattgtgtctctttggattg 28267582  T
Q  203 aggaatacgtgcataaacatcataatttatgattactttgaaatctatgtccatttaatatttcaaaggnnnnnnn--gaaacaggaaagtacactaaag 300  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||    
T  28267581 aggaatacatgcataaacatcataatttatgattgctttgaaatctatgtccatttaatatttcaaaggaaaaaaaaagaaacaggaaagtacactaaag 28267482  T
Q  301 attaaagtgtcttggtatacttatgtttagataactctcatttgaatactgacctctggagtggttagaatgatatctgcttcatttatatttcttggag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267481 attaaagtgtcttggtatacttatgtttagataactctcatttgaatactgacctctggagtggttagaatgatatctgcttcatttatatttcttggag 28267382  T
Q  401 tgtaagattcattgtcacctgtcagctccaggcaacaaatcccccatggtccaaatttctgattccaatcacggaccttctcctgaactaaagccttaga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267381 tgtaagattcattgtcacctgtcagctccaggcaacaaatcccccatggtccaaatttctgattccaatcacggaccttctcctgaactaaagccttaga 28267282  T
Q  501 tggggcaatatagatcttgacaccaagtaaaaagataaccgtaccaataattagttaacaagacatgataatgaaaatagatttcaagttgtaagcttca 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267281 tggggcaatatagatcttgacaccaagtaaaaagataaccgtaccaataattagttaacaagacatgataatgaaaatagatttcaagttgtaagcttca 28267182  T
Q  601 aattattcagtgattcaccatacaaaagcgtagactgttttttatgcaccaatacaatatcagtcttctttgtggcaaaaaagtactgggtttaccccac 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||    
T  28267181 aattattcagtgattcaccatacaaaagcgtagactgttttttatgcaccaatacaatatcagtcttctttatggc-aaaaagtactgggtttacaccac 28267083  T
Q  701 tgacactaaaagaaagagaacccgtctaccagttttatctttcttgaacacaaatcaatactactacagagaaatattactaatagaaaagttttcagag 800  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28267082 tgacactaaaagaaagagaacctgtctaccagttttacctttcttgaacacaaatcaatactactacagagaaatattactaatagaaaag-tttcagag 28266984  T
Q  801 ccggaattttgtgagaaattacttactgttttaagagatcccttcacatgtatgaatcttccctcagatgatatggacctggagagaagcctcaaaatgc 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28266983 ccggaattttgtgagaaattacttactgttttaagagatcccttcacatgtatgaatcttccctcagatgatatggacctggagagaagcctcaaaatgc 28266884  T
Q  901 aaagctcaaagagtactgttttaccacttccggtcggagcagagatgaccatgtttac 958  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28266883 aaagctcaaagagtactgttttaccacttccggtcggagcagagatgaccatgtttac 28266826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University