View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2264_high_6 (Length: 396)

Name: NF2264_high_6
Description: NF2264
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2264_high_6
NF2264_high_6
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (1-389)||(13502930-13503318)
chr1 (1-389)||(13607510-13607898)
chr1 (1-383)||(13681603-13682000)
chr1 (3-345)||(13581289-13581631)
chr1 (3-382)||(20474482-20474861)
chr1 (1-383)||(20365409-20365791)
chr1 (3-345)||(19141659-19142001)
chr1 (47-389)||(13419029-13419371)
chr1 (3-343)||(15902007-15902347)
chr1 (3-382)||(13667520-13667899)
chr1 (3-343)||(13540210-13540550)
chr1 (3-345)||(16471213-16471555)
chr1 (3-345)||(13647030-13647372)
chr1 (248-382)||(20556936-20557070)
[»] scaffold0006 (4 HSPs)
scaffold0006 (1-389)||(136170-136558)
scaffold0006 (1-389)||(51776-52164)
scaffold0006 (3-389)||(101545-101931)
scaffold0006 (3-382)||(165134-165513)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (7-389)||(21811212-21811594)
chr6 (3-291)||(22286915-22287203)
[»] scaffold0069 (1 HSPs)
scaffold0069 (3-382)||(23416-23795)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (3-383)||(20817527-20817907)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (3-345)||(38060507-38060849)
[»] scaffold0406 (1 HSPs)
scaffold0406 (3-340)||(10970-11307)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (3-238)||(112881-113116)
[»] scaffold0068 (1 HSPs)
scaffold0068 (3-343)||(43910-44250)
[»] scaffold1514 (1 HSPs)
scaffold1514 (3-163)||(3-163)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 13503318 - 13502930
Alignment:
Q  1 ggacatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatc 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13503318 ggacatccatttgcagcaacacatcttgatttctacttgtcatcaacaatttgcaaccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatc 13503219  T
Q  101 aagtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||| |||||||||||    
T  13503218 aagtatggtccatatgttatctagaatgataaggacacttctctccatcttgattctttgtctaaggcgttctgctctgccgggaatactctcctcttca 13503119  T
Q  201 aatcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgtt 300  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13503118 aatcgcagacccaagaaatctgcaatctccccttgaattcttctaatgtctggttttttcgatacttctgccttaaccactttatcgaacaatttatttt 13503019  T
Q  301 ccttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcccannnnnnnnaaaccatagatcccaatgttgcatgaagtataatct 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        || ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13503018 ccttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcccaccccacccaacccatagatcccaatgttgcatgaagtagaatct 13502930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 13607898 - 13607510
Alignment:
Q  1 ggacatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatc 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13607898 ggacatccatttgcagcaacacatcttgatttctacttgtcatcaacaatttgcaaccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatc 13607799  T
Q  101 aagtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||| |||||||||||    
T  13607798 aagtatggtccatatgttatctagaatgataaggacacttctctccatcttgattctttgtctaaggcgttctgctctgccgggaatactctcctcttca 13607699  T
Q  201 aatcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgtt 300  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13607698 aatcgcagacccaagaaatctgcaatctccccttgaattcttctaatgtctggttttttcgatacttctgccttaaccactttatcgaacaatttatgtt 13607599  T
Q  301 ccttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcccannnnnnnnaaaccatagatcccaatgttgcatgaagtataatct 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |        || ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13607598 ccttggctatttgagcaactttctccaccagagtggtcttcccaaccccacccaacccatagatcccaatgttgcatgaagtagaatct 13607510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 13682000 - 13681603
Alignment:
Q  1 ggacatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcacca---------------actggtatccc 85  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               |||||||||||    
T  13682000 ggacatccatttgaagcaacacatcttcatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccattatgttcatcaccaactggtatccc 13681901  T
Q  86 cacttctttcaaatcaagtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaaga 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13681900 cacttctttcaaatcaagtatggtccatatgttatctagaatgataaggatgcttttcttcatcttgattgtttgtcttaggcgttgtgctctgccaaga 13681801  T
Q  186 atagtctcctcttcaaatcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttat 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  13681800 atagtctcctcttcaaatcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggatttttagaaacttctgtcttaaccactttat 13681701  T
Q  286 cgaacaatttatgttccttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcccannnnnnnnaaaccatagatcccaatgttgcatgaagta 383  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||        || ||||||| ||||||||||| |||||||    
T  13681700 ggaacaatttaagttccttggctatttgagcaactttctccaccagagtggtcttccccactccacccaacccatagaccccaatgttgcgtgaagta 13681603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 3 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 13581631 - 13581289
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13581631 acatccatttgcagcaacacatcttgatttctacttgtcatcaacaatttgcaaccattatgttcatcaccagctggtatccccacttctttcaaatcaa 13581532  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || || |||||||||||||    
T  13581531 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtctaaggcgttctgctctgccacgattactctcctcttcaaa 13581432  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 302  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13581431 tcgcagacccaagaaatctgcaatctccccttgaattcttctaatgtctagttttttcgatacttctgccttaaccactttatcgaacaatttattttcc 13581332  T
Q  303 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgccca 345  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  13581331 ttggctatttgagcaactttctccaccagagtggtcttcccca 13581289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 3 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 20474861 - 20474482
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    ||||||||||| | |||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  20474861 acatccatttgcaacaacacttcttgatttctgcatgtcatcaacaatttgcaaccattatgttcattaccaaatggaatccctacttctttcaaatcaa 20474762  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20474761 gtttggtccatatgttatctagaatgataaggatgcttttctccatcttgattctttgtctgaggcgttgtgctctgccaacaatagtctcctcttcaaa 20474662  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 302  Q
     |||| || || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20474661 ccgcatactcaagaaatctgcaatctccccttgaattcttttaatgtctggatttttagaaacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 20474562  T
Q  303 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcccannnnnnnnaaaccatagatcccaatgttgcatgaagt 382  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||        || ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  20474561 ttggctattagagcaactttctccaccagagtggtcttgcccaccccacccaacccatagaccccaatgttgcgtgaagt 20474482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 20365791 - 20365409
Alignment:
Q  1 ggacatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatc 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20365791 ggacatccatttgcagcaacacatcttgatttctacttgtcatcaacaatttgcaaccattatgttcattaccaactggtatccccacttctttcaaatc 20365692  T
Q  101 aagtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||    
T  20365691 aagtatggtccatatgttatctagaatgataaggacacttctctccatcttgattctttgtctaaggcgttctgctctgccgagaatactctcctcttca 20365592  T
Q  201 aatcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgtt 300  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  20365591 aatcgcagacccaagaaatctgcaatctccgcttgaatttttttaatgtctggatttttcgatacttctgtgataaccactttatcaaacaatttatgtt 20365492  T
Q  301 ccttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcccannnnnnnnaaaccatagatcccaatgttgcatgaagta 383  Q
    | |||||| | | ||||||||||  ||| ||||||||||| ||||        || ||||||| ||||||||||| |||||||    
T  20365491 cattggctgtctcagcaactttccgcaccagagtggtcttccccaccccacccaacccatagaccccaatgttgcgtgaagta 20365409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 3 - 345
Target Start/End: Original strand, 19141659 - 19142001
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| ||| ||||| |||  || ||||||||    
T  19141659 acatccatttgcagcaacacttcttgatttctgcatgtcatcaacaatttgcaaccattatgtttattgccaaatggaatccctactatttccaaatcaa 19141758  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19141759 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaacaatagtctcctcttcaaa 19141858  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 302  Q
    ||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19141859 tcgcatactcaagaaatctgcaatctccccttgaattcttttaatgtctggatttttagaaacttctgtcttaaccactttatcgaacaatctatgttcc 19141958  T
Q  303 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgccca 345  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  19141959 ttggcaattagagcaactttctccaccagagtggtcttaccca 19142001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 47 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 13419371 - 13419029
Alignment:
Q  47 caatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaagtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctcc 146  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||    
T  13419371 caatttgcaaccattatgttcattaccaactggtatccccacttctttcaaatcgactatggtccatatgttatcaagaatgataaggacacttctctcc 13419272  T
Q  147 atcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaatcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaa 246  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  13419271 atcttgattctttgtctaaggcgttctgctctgccgggaatactctcctcttcaaatcgaagacccaagaaatctgcaatctccccttgaattcttctaa 13419172  T
Q  247 tgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttccttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcccan 346  Q
    ||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |     
T  13419171 tgtctgattttttcgatacttctgccttaaccactttatcgaacaaattatgttccttggctatttgagtaactttctccaccagagtggtcttcccaac 13419072  T
Q  347 nnnnnnnaaaccatagatcccaatgttgcatgaagtataatct 389  Q
           || ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13419071 cccacccaacccatagatcccaatgttgcatgaagtagaatct 13419029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 3 - 343
Target Start/End: Original strand, 15902007 - 15902347
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||    
T  15902007 acatccatttgaaacaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttacaacctttatgttcatcaccaaatggaatccccactattttcaaatcaa 15902106  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    || |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||  ||    
T  15902107 gtttggtccatacattatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctctgtcttaggcgttgtgctttgccaagaatagtcgtctctttgaa 15902206  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 302  Q
    |   |||  ||  ||||| ||||||| | ||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |    
T  15902207 ttatagattcaaaaaatctgcaatctgctcttgaattaatttgatgtctggatttttcgatacttctgtcttaaccacattatcgaacaacttacgttgc 15902306  T
Q  303 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcc 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15902307 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcc 15902347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 3 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 13667899 - 13667520
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    |||||||||||   |||||| ||||||  ||| | || ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||  |||||||||||    
T  13667899 acatccatttgcgacaacacttcttgacttctgcatgacatcaacaacttgcaaccattatgttcattaccaaatggaatccccactgttttcaaatcaa 13667800  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || || |||||||||||||    
T  13667799 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtctaaggcgttctgctctgccacgattactctcctcttcaaa 13667700  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 302  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||     
T  13667699 tcgcagactcaagaaatctgcaatctccccttgaatttttttaatgtctggatttttcgatacttctgtgataaccactttatcaaacaatttatgttca 13667600  T
Q  303 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcccannnnnnnnaaaccatagatcccaatgttgcatgaagt 382  Q
    |||||| | | ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||        || ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  13667599 ttggctgtctcagcaactttctgcaccagagtggtcttccccaccccacctaacccatagaccccaatgttgcgtgaagt 13667520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 3 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 13540550 - 13540210
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||  |||| ||| ||||| ||   |||||||||||    
T  13540550 acatccatttgaagcaacacttcctgatttctacttgtcatcaacaatttgcaacttttatgttcattgccaaatggaatcccaacaattttcaaatcaa 13540451  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    || |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||    
T  13540450 gtttggtccatacattatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctctgccttaggcgttgtgctctgccaagaatagtcgtctcttcgaa 13540351  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 302  Q
    ||| |||  ||  ||||| ||||||||  ||||||||  ||| |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| |||||||||| ||| |    
T  13540350 tcgtagattcaaaaaatctgcaatctcatcttgaattaatttgatgtttggatttttcgatacttctgtcataaccacattattgaacaatttacgttgc 13540251  T
Q  303 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcc 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13540250 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcc 13540210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 3 - 345
Target Start/End: Original strand, 16471213 - 16471555
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||| || |||||||  ||||||||||    
T  16471213 acatccatttgcagcaacacatcttgatttctagatgtcatcaacaatttgcaaccattatgttctttaccaaatggaattcccactttcttcaaatcaa 16471312  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    ||||| ||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||  ||||||||||||  | ||    
T  16471313 gtatgctccatatatcatctagaatgacaatgatacttttctccatcttgattctctgtcttaggcgatgtgctcttccagcaatagtctcctcaacgaa 16471412  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 302  Q
    | ||| || ||  ||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||| ||||| | |||  ||||||||||||||||||| |||| ||      
T  16471413 ttgcaaactcagcaaatctgcaatctccccttgaattgttttaaagtcttgatgtttggatacatgtgttataaccactttatcgaacaacttattttga 16471512  T
Q  303 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgccca 345  Q
     ||||| ||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  16471513 atggctgttttagcaacttcctccaccatagtggtcttgccca 16471555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 3 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 13647372 - 13647030
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| ||| || |||||||  ||||||||||    
T  13647372 acatccatttttagtaacacatcttgatttctactagtcatcaacaatttgcaaccattatgtttatttccaaatggaattcccactttcttcaaatcaa 13647273  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    ||||  |||| || | ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||  | ||    
T  13647272 gtatactccaaatatcatctaaaatgacaaggatatttttctccatcttgattctctgtcttaggcgatttgctctgccaagaacagtctcctcaacgaa 13647173  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 302  Q
    | ||| |||||   |||| |||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||  ||||| | |||  |||||||||||||||||| ||| | || |    
T  13647172 ttgcaaacccaaagaatctgcaatctctccttgaattgttttaaagtctgggttttcagatacatgtgttgtaaccactttatcgaacattttgtttttc 13647073  T
Q  303 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgccca 345  Q
    || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  13647072 ttcgctattagagcaactttctccaccagagtggtcttaccca 13647030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 248 - 382
Target Start/End: Original strand, 20556936 - 20557070
Alignment:
Q  248 gtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttccttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcccann 347  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||      
T  20556936 gtctggatttttagaaacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttccttggctattagagcaactttctccaccagagtggtcttgcccacc 20557035  T
Q  348 nnnnnnaaaccatagatcccaatgttgcatgaagt 382  Q
          || ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  20557036 ccacccaacccatagaccccaatgttgcgtgaagt 20557070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 4)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 136558 - 136170
Alignment:
Q  1 ggacatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatc 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  136558 ggacatccatttgcagcaacacatcttgatttctacttgtcatcaacaatttgcaaccattatgttcataaccaactggtatccccacttctttcaaatc 136459  T
Q  101 aagtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  136458 aagtatggtccatatgttatctagaatgataaggacacttctctccatcttgattctttgtctaaggcgttctgctctgccaagaatactctcctcttca 136359  T
Q  201 aatcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgtt 300  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  136358 aatcgcagacccaagaaatctgcaatctccccttgaattcttctaatgtctggttttttcgatacttctgccttaaccactttatcgaacaatttatatt 136259  T
Q  301 ccttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcccannnnnnnnaaaccatagatcccaatgttgcatgaagtataatct 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |        || ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  136258 ccttggctatttgagcaactttctccacaagagtggtcttaccaaccccacccaacccatagatcccaatgttgcatgaagtagaatct 136170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 52164 - 51776
Alignment:
Q  1 ggacatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatc 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  52164 ggacatccatttgcagcaacacatcttgatttctacttgtcatcaacaatttgcaaccattatgttcataaccaactggtatccccaattctttcaaatc 52065  T
Q  101 aagtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttca 200  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||| |||||||||||    
T  52064 aagtaaagtccatatgttatctagaatgataaggaaacttatctccatcttgattctttgtctaaggcgttctgctctgccgggaatactctcctcttca 51965  T
Q  201 aatcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgtt 300  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  51964 aatcgcagacccaagaaatctgcaatctccccttgaattcttctaatgtctggttttttcgatacttctgccttaaccactttatcgaacaatttatgtt 51865  T
Q  301 ccttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcccannnnnnnnaaaccatagatcccaatgttgcatgaagtataatct 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |        || ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  51864 ccttggctatttgagcaactttctccaccagagtggtcttcccaaccccacccaacccatagatcccaatgttgcatgaagtagaatct 51776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 3 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 101931 - 101545
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  101931 acatccatttgcagtaacacttcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcaaccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaaacaa 101832  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| || |||| |||||||| ||    
T  101831 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtctaaggcgttctgctctaccacgattagtttcctcttccaa 101732  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 302  Q
    ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||    
T  101731 tcgcagacccaaggaatctgcaatctccccttgaatccttttaatgtcttgatttttcgatacttctgtctcaaccactctatcgaacaacttatgttcc 101632  T
Q  303 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcccannnnnnnnaaaccatagatcccaatgttgcatgaagtataatct 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||        |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  101631 ttggctatttgagcaactttctccacaagagtggtcttacccaccccacccaaaccatagaccccaatgttgcatgaagtagaatct 101545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 3 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 165513 - 165134
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    |||||||||||   |||||| ||||||  ||| | || ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||  |||||||||||    
T  165513 acatccatttgcgacaacacttcttgacttctgcatgacatcaacaacttgcaaccattatgttcattaccaaatggaatccccactgttttcaaatcaa 165414  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || || |||||||||||||    
T  165413 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtctaaggcgttctgctctgccacgattactctcctcttcaaa 165314  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 302  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||     
T  165313 tcgcagactcaagaaatctgcaatctccccttgaatttttttaatgtctggatttttcgatacttctgtgataaccactttatcaaacaatttatgttca 165214  T
Q  303 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcccannnnnnnnaaaccatagatcccaatgttgcatgaagt 382  Q
    |||||| | | ||||||||||  ||| ||||||||||| ||||        || ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  165213 ttggctgtctcagcaactttcagcaccagagtggtcttccccaccccacctaacccatagaccccaatgttgcgtgaagt 165134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 7 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 21811594 - 21811212
Alignment:
Q  7 ccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaagtat 106  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21811594 ccatttgcagcaacagaccttgatctctacttgtcatcaacaatttgcaaccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttccaatcaagtat 21811495  T
Q  107 ggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaatcgc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21811494 ggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgatgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaatcgc 21811395  T
Q  207 agacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttccttgg 306  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  21811394 agacccaagaaatctgcaatctccccttgaatctttttaaagtctggatttttcgatacttctatctcaaccactctatcgaacaacttatgttccttgg 21811295  T
Q  307 ctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcccannnnnnnnaaaccatagatcccaatgttgcatgaagtataatct 389  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||        |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  21811294 ctatttgagcaactttctccacaagagtggtcttacccaccccacccaaaccatagaccccaatgttgcatgaagtagaatct 21811212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 3 - 291
Target Start/End: Original strand, 22286915 - 22287203
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| ||| || |||||||  ||||||||||    
T  22286915 acatccattttaagtaacacatcttgatttctactagtcatcaacaatttgcaaccattatgtttatttccaaatggaattcccactttcttcaaatcaa 22287014  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    ||||  |||| || | ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||  | ||    
T  22287015 gtatactccaaatatcatctaaaatgacaaggatatttttctccatcttgattctctgtcttaggcgatttgctctgccaagaacagtctcctcaacgaa 22287114  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaaca 291  Q
    | ||| |||||   |||| |||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||  ||||| | |||  ||||||||||||||||||    
T  22287115 ttgcaaacccaaagaatctgcaatctctccttgaattgttttaaagtctgggttttcagatacatgtgttgtaaccactttatcgaaca 22287203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 1)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 3 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 23795 - 23416
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    ||||||||||| | |||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  23795 acatccatttgcaacaacacttcttgatttctgcatgtcatcaacaatttgcaaccattatgttcattaccaaatggaatccctacttctttcaaatcaa 23696  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23695 gtttggtccatatgttatctagaatgataaggatgcttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaacaatagtctcctcttcaaa 23596  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 302  Q
    ||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23595 tcgcatactcaagaaatctgcaatctccccttgaattcttttaatgtctggatttttagaaacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 23496  T
Q  303 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcccannnnnnnnaaaccatagatcccaatgttgcatgaagt 382  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||        || ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  23495 ttggctattagagcaactttctccaccagagtggtcttgcccaccccacccaacccatagaccccaatgttgcgtgaagt 23416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 3 - 383
Target Start/End: Original strand, 20817527 - 20817907
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20817527 acatccatttgcagcaacacttcttgatttctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcattaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 20817626  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| || || ||||||| |||||    
T  20817627 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattcttcgtctaaggcgttctgctctgccacgattactctcctcgtcaaa 20817726  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 302  Q
    | |||||| || |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20817727 ttgcagactcaagaaatctgcaatctccccttgaatttttttgatgtctggatttttcgatacttgtgtcataaccactttatcgaacaatttatgttcc 20817826  T
Q  303 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcccannnnnnnnaaaccatagatcccaatgttgcatgaagta 383  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||        || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  20817827 ttggctatttgagcaactttgtccaccagattggtcttccccacaccacccaacccatagaccccaatgttgcatgaagta 20817907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 3 - 345
Target Start/End: Original strand, 38060507 - 38060849
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||| |||||||||| ||  | |  ||| ||||| |||| |||||||||||    
T  38060507 acatccatttgcagcaacacttcttgatttctgcatgtcatcaacaatttgcaaccattatgtttatttctatatggaatccctacttttttcaaatcaa 38060606  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  38060607 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttagtcgttgtgctctgccaataatagtctcctcttctaa 38060706  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 302  Q
    ||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38060707 tcgcatactcaagaaatctgcaatctccccttgaattcttttaatgtctggatttttcgatacttctgccttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 38060806  T
Q  303 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgccca 345  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  38060807 ttggctatttgagcaactttctccaccagagtggtcttaccca 38060849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0406 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: scaffold0406
Description:

Target: scaffold0406; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 3 - 340
Target Start/End: Original strand, 10970 - 11307
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||| ||||| |||  || ||||||||    
T  10970 acatccatttgaagcaacacttcctgatctctacttgtcatcaacaatttgcaaccattatgttcattgccaaatggaatccctactatttccaaatcaa 11069  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  11070 gtatgctccataagttatctagaatgataatgatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttctgctctgccaagaatagtctccccttcgaa 11169  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 302  Q
    || |||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| |||||||||| |||||||||    
T  11170 tcacagacccaagaaatctgcaatctccccttgaattattttaatgtctggattttttgatacttcagccttaacaactctatcgaacaacttatgttcc 11269  T
Q  303 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtctt 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11270 ttggctatttgagcaactttctccaccagagtggtctt 11307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 3 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 113116 - 112881
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  113116 acatccatttgcagcaacacatcttgatttctacttgtcatcaacaatttgcaaccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 113017  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || || ||||| |||||||    
T  113016 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtctaaggcgttctgctctgccacgattactctccacttcaaa 112917  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaat 238  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||||||||    
T  112916 tcgcagactcaagaaatctgcaatctccccttgaat 112881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0068 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0068
Description:

Target: scaffold0068; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 3 - 343
Target Start/End: Original strand, 43910 - 44250
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |  |||| ||| ||||||||   |||||||||||    
T  43910 acatccatttgaagcaacacttcctgatttctacttgtcatcaacaatttgcaacttttatgttctttgccaaatggaatccccacaattttcaaatcaa 44009  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtcttaggcgttgtgctctgccaagaatagtctcctcttcaaa 202  Q
    || |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||    
T  44010 gtttggtccatacattatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctctgccttaggcgttgtgctctgccaagaatagtcgtctcttcgaa 44109  T
Q  203 tcgcagacccatgaaatcggcaatctccccttgaattcttttaatgtctggattttttgatacttctgtcttaaccactttatcgaacaatttatgttcc 302  Q
    ||| |||  ||  ||||| ||||||||  ||||||||  ||| |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| |||||||||| ||| |    
T  44110 tcgtagattcaaaaaatctgcaatctcatcttgaattaatttgatgtttggatttttcgatacttctgtcataaccacattattgaacaatttacgttgc 44209  T
Q  303 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcc 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44210 ttggctatttgagcaactttctccactagagtggtcttgcc 44250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1514 (Bit Score: 141; Significance: 8e-74; HSPs: 1)
Name: scaffold1514
Description:

Target: scaffold1514; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 3 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 163 - 3
Alignment:
Q  3 acatccatttgaagcaacacatcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcatccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaatcaa 102  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  163 acatccatttgcagtaacacttcttgatctctacttgtcatcaacaatttgcaaccattatgttcatcaccaactggtatccccacttctttcaaaacaa 64  T
Q  103 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtct 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  63 gtatggtccatatgttatctagaatgataaggatacttttctccatcttgattctttgtct 3  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University