View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2269_low_1 (Length: 860)

Name: NF2269_low_1
Description: NF2269
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2269_low_1
NF2269_low_1
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (20-842)||(31056234-31057056)
chr7 (20-788)||(31100728-31101491)
chr7 (20-627)||(31138264-31138868)
chr7 (20-665)||(31181944-31182583)
chr7 (684-796)||(31181799-31181913)
chr7 (369-630)||(31213668-31213923)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 799; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 799; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 31057056 - 31056234
Alignment:
Q  20 atggtttcaggaataccaccagatagagagtttcttgacaaatcaatatatgcaagatttgtcaaaaacccaatttcttgtggaatggaaccgactaggt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31057056 atggtttcaggaataccaccagatagagagttttttgacaaatcaatatatgcaagatttgtcaaaaacccaatttcttgtggaatggaaccgactaggt 31056957  T
Q  120 tacttttttgaattgcaagatgcaataaattgtttaatttaccaatctcaggaggaataggtccaccagaccaattgttgcctcctaaaataagatatga 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056956 tacttttttgaattgcaagatgcaataaattgtttaatttaccaatctcaggaggaataggtccaccagaccaattgttgcctcctaaaataagatatga 31056857  T
Q  220 taggttggttaagtttcctatggatttaggaattgctccatttaatttacaaaaggaaatatcaaggaattgtaaacctgttaatgtacacatttcttgg 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056856 taggttggttaagtttcctatggatttaggaattgctccatttaatttacaaaaggaaatatcaaggaattgtaaacctgttaatgtacacatttcttgg 31056757  T
Q  320 gggatggaaccatcaaaataattatttttaaaagtcaaaatacttatgtttgacatgttaccaatctgtgcggggatggttccataaaaggagttgttac 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056756 gggatggaaccatcaaaataattatttttaaaagtcaaaatacttatgtttgacaagttaccaatctgtgcggggatggttccataaaaggagttgttac 31056657  T
Q  420 tgatgtctatgataaggaggttgggaaatgaagagaaggtgagagagtgaagtgtaccttttaatcctaaatttgcaagacctatggtagaaatgaaatt 519  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056656 ggatgtctatcataaggaggttgggaaatgaagagaaggtgagagagtgaagtgtaccttttaatcctaaatttgcaagacctatggtagaaatgaaatt 31056557  T
Q  520 ggatttgtcacacttaattcctctccatttgggtttgcatggatttgtgttatttttccaagttgacaagagagtttgactttggtcgtcaaagctatct 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056556 ggatttgtcacacttaattcctctccatttgggtttgcatggatttgtgttatttttccaagttgacaagagagtttgactttggtcgtcaaagctatct 31056457  T
Q  620 ttccatttcaatagtgctaattttgcttcactatcttcagcaacagagagtgttggaaggacacacagaatcatgatcaacgtgggtagtaccatcattc 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056456 ttccatttcaatagtgctaattttgcttcactatcttcagcaacagagagtgttggaaggacacacagaatcatgatcaacgtgggtagtaccatcattc 31056357  T
Q  720 aagtagctggatttatttttaatcaatattggtggatgatttacaaatttttcacagatctgtatatataagtttgagcttaaagtaaacaaacaataat 819  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31056356 aagtagctggatttatttttaatcaatattggtggatgatttacaaatttttcacagatctgtatatataagtttgagcttaaagcaaacaaacaataat 31056257  T
Q  820 cacgtggctatatgtgcgaatat 842  Q
    |||||||||||||||| ||||||    
T  31056256 cacgtggctatatgtgtgaatat 31056234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 20 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 31101491 - 31100728
Alignment:
Q  20 atggtttcaggaataccaccagatagagagtttcttgacaaatcaatatatgcaagatttgtcaaaaacccaatttcttgtggaatggaaccgactaggt 119  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||| | ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  31101491 atggtttcagggataacaccagatagaaagttgtttgacaaatcaatataagtaaggtttgtcaacaaaccaatttcttgtggaatggaaccaactaggc 31101392  T
Q  120 tacttttttgaattgcaagatgcaataaattgtttaatttaccaatctcaggaggaataggtccaccagaccaattgttgcctcctaaaataagatatga 219  Q
    ||| || |  |||||| |||| |  ||| || || ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||| |||||||||   ||||||||    
T  31101391 taccttgtgtaattgctagataccttaatttcttcaattttccaatctcaggaggaatgggaccaccagaaaaattgttacctcctaaatctagatatga 31101292  T
Q  220 taggttggttaagtttcctatggatttaggaattgctccatttaatttacaaaaggaaatatcaaggaattgtaaacctgttaatgtacacatttcttgg 319  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||| ||| | |||||||| ||| |||||||  || |||||   | |||||  ||||||||||     
T  31101291 taggttggttaaatttcctatggatttatcaatttctccacttagtgtacaaaagaaaaaatcaaggccttttaaactcctcaatgtgtacatttcttga 31101192  T
Q  320 gggatggaaccatcaaaataattatttttaaaagtcaaaatacttatgtttgacatgttaccaatctgtgcggggatggttccataaaaggagttgttac 419  Q
    ||||||||||||  || |  ||| |||  |||| ||||  || ||||  |||||| |||||| || ||||  || |||||||||||||||  |||||||     
T  31101191 gggatggaaccaataataggattttttgaaaaattcaatgtatttattcttgacaagttacctatttgtggaggaatggttccataaaagtggttgttat 31101092  T
Q  420 tgatgtctatgataaggaggttgggaaatgaagagaaggtgagagagtgaagtgtaccttttaatcctaaatttgcaagacctatggtagaaatgaaatt 519  Q
     ||| | || | | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  31101091 agatatttagggttatgaggttggggaatgaagagaaggtgagagagtgaagtgtaccttttagtcctaaatttgcaagatctatggtagaaatgagatt 31100992  T
Q  520 ggatttgtcacacttaattcctctccatttgggtttgcatggatttgtgttatttttccaagttgacaagagagtttgactttggtcgtcaaagctatct 619  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||    
T  31100991 ggatttgtcacactcaattcctctccatttgc---tgcatggatttgtggtatttttccaagttgacaagatactttgactttggttgtcaaagctagct 31100895  T
Q  620 ttccatttcaatagtgctaattttgcttcactatcttcagcaacagagagtgttggaaggacacacagaatca---tgatcaacgtgggtagtaccatca 716  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||| |    
T  31100894 ttccattttaagagtgctaattttgcttcactgtcttcagccacagaaagtgttggaaggacacacagaatcatgatgatgaacgtgggtagtaccatta 31100795  T
Q  717 ttcaagtagctggatttatttttaatcaatattggtggatgatttacaaatttttcacagatctgtatatat 788  Q
    || | ||||| |     |||| |||| |||||| ||||| | ||| |||||| ||||| |||||||||||||    
T  31100794 ttgatgtagcag-----atttataataaatattagtggaaggtttgcaaattattcacggatctgtatatat 31100728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 20 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 31138868 - 31138264
Alignment:
Q  20 atggtttcaggaataccaccagatagagagtttcttgacaaatcaatatatgcaagatttgtcaaaaacccaatttcttgtggaatggaaccgactaggt 119  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||  |||  ||||||||||||||   | ||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |  ||||    
T  31138868 atggtttcaggaataacaccagaaagaatgttgtttgacaaatcaataagagtaaggtttgtcaaaaacccaatttcttttggaatagaaccaataaggt 31138769  T
Q  120 tacttttttgaattgcaagatgcaataaattgtttaatttaccaatctcaggaggaataggtccaccagaccaattgttgcctcctaaaataagatatga 219  Q
    ||| |||||||||||  |||  | |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    |||    |||||||||||||||||   |||||  |    
T  31138768 tacatttttgaattgatagaaaccataatttgttcaattttccaatctcaggaggaataggagtgccaacgaaattgttgcctcctaaatctagatacaa 31138669  T
Q  220 taggttggttaagtttcctatggatttaggaattgctccatttaatttacaaaaggaaatatcaaggaattgtaaacctgttaatgtacacatttcttgg 319  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||    |||||||| | |||||||  ||||||||||     
T  31138668 taggttggataaatttcctatggaattaggaattgctccacttagtttacaaaaggaaaaatcaatattttgtaaactttttaatgtgaacatttcttga 31138569  T
Q  320 gggatggaaccatcaaaataattatttttaaaagtcaaaatacttatgtttgacatgttaccaatctgtgcggggatggttccataaaaggagttgttac 419  Q
    |||||||||||||||| |  |||      |||| ||||  || |||| ||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| ||      
T  31138568 gggatggaaccatcaataggatttagagaaaaattcaatgtatttatttttgagatgttaccaatttgtgggggaatggttccataaaagtagttattgt 31138469  T
Q  420 tgatgtctatgataaggaggttgggaaatgaagagaaggtgagagagtgaagtgtaccttttaatcctaaatttgcaagacctatggtagaaatgaaatt 519  Q
      |||| ||   |  |||| || |  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||   ||||||||||||| | ||    
T  31138468 aaatgtttagtgtttggagatttgagaatgaagaaaaagtgagagagtgaagtgtaccttttagtccaaaattttcaaggtttatggtagaaatggattt 31138369  T
Q  520 ggatttgtcacacttaattcctctccatttgggtttgcatggatttgtgttatttttccaagttgacaagagagtttgactttggtcgtcaaagctatct 619  Q
     || ||||||||   ||||||| ||||||| |   |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||| |    
T  31138368 cgagttgtcacaaaaaattcctttccattttg---tgcatgtatttgtggtatttttccaagttgacaagagagactggctttggttgtcaaagctatgt 31138272  T
Q  620 ttccattt 627  Q
    ||||||||    
T  31138271 ttccattt 31138264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 31182583 - 31181944
Alignment:
Q  20 atggtttcaggaataccaccagatagagagtttcttgacaaatcaatatatgcaagatttgtcaaaaacccaatttcttgtggaatggaaccgactaggt 119  Q
    |||||||||| |||| ||||||| |||  |||  |||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |  ||||    
T  31182583 atggtttcagaaataacaccagaaagaaggttgtttgacaaatcaatataagtaaggtttgtcaaaaacccaatttcttttggaatagaaccaataaggt 31182484  T
Q  120 tacttttttgaattgcaagatgcaataaattgtttaatttaccaatctcaggaggaataggtccaccagaccaattgttgcctcctaaaataagatatga 219  Q
    ||| |||||||||||  |||  | |||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||    |||    |||||||||||||||||   |||||  |    
T  31182483 tacatttttgaattgatagaaaccataatttgttcaattttccaatcacaggaggaataggagtgccaacgaaattgttgcctcctaaatctagatacaa 31182384  T
Q  220 taggttggttaagtttcctatggatttaggaattgctccatttaatttacaaaaggaaatatcaaggaattgtaaacctgttaatgtacacatttcttgg 319  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |  ||| |||||    |||||||| | |||| ||  ||||||||||     
T  31182383 taggttggttaaatttcctatggaattaggaattgctccacttaatttacaatacaaaaaatcaatattttgtaaactttttaaggtgaacatttcttga 31182284  T
Q  320 gggatggaaccatcaaaataattatttttaaaagtcaaaatacttatgtttgacatgttaccaatctgtgcggggatggttccataaaaggagttgttac 419  Q
    |||||||||||||||| |  |||      |||| ||||   | |||| ||||| | ||||||||| ||||  || |||||||||||||||  ||| | |     
T  31182283 gggatggaaccatcaataggatttcgagaaaaattcaatgaatttatttttgagaggttaccaatttgtggaggaatggttccataaaagttgttatcat 31182184  T
Q  420 tgatgtctatgataaggaggttgggaaatgaagagaaggtgagagagtgaagtgtaccttttaatcctaaatttgcaagacctatggtagaaatgaaatt 519  Q
     ||| | || | |   |||||| |  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||   |||||||| |||  ||||    
T  31182183 agatatttagggttgtgaggtttgtgaatgaagaaaatgtgagagagtgaagtgtaccttttagtcctaaactttcaaggtttatggtagtaattgaatt 31182084  T
Q  520 ggatttgtcacacttaattcctctccatttgggtttgcatggatttgtgttatttttccaagttgacaagagagtttgactttggtcgtcaaagctatct 619  Q
    ||| |||||||| | |||||||  |||| ||      |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| | | ||||||||||| |    
T  31182083 ggacttgtcacaatgaattccttgccatctg------catggatttgtggtatttttccaagttggcaagagagcttgacttggattgtcaaagctattt 31181990  T
Q  620 ttccatttcaatagtgctaattttgcttcactatcttcagcaacag 665  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  31181989 ttccattttaatagtgctgattttgcttcactgtcttgagctacag 31181944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 684 - 796
Target Start/End: Complemental strand, 31181913 - 31181799
Alignment:
Q  684 acagaatcatgatcaacgtgggtagtaccatcattcaagtagctggatttatttttaatcaatattggtggatgatttacaaatttttcacagatctgta 783  Q
    ||||||||||||| || |||| |||| |||| |||||||||| ||||||  ||| |||| ||||||| | |||||||||  |||||||||  ||||||||    
T  31181913 acagaatcatgatgaatgtggatagtgccattattcaagtagatggattgttttctaatgaatattgttagatgatttatgaatttttcagggatctgta 31181814  T
Q  784 ta--tataagtttga 796  Q
    ||  |||||||||||    
T  31181813 tatttataagtttga 31181799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 369 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 31213923 - 31213668
Alignment:
Q  369 ttgacatgttaccaatctgtgcggggatggttccataaaaggagttgttactgatgtctatgataaggaggttgggaaatgaagagaaggtgagagagtg 468  Q
    |||||| |||||| || ||||  || ||||| |||||||||  ||||||   ||| | || ||| ||||||||||| ||||| |||||  | |||| |||    
T  31213923 ttgacaagttacctatttgtggaggaatggtcccataaaagttgttgttgaagatatttaggatgaggaggttggggaatgatgagaaactaagagtgtg 31213824  T
Q  469 aagtgtaccttttaatcctaaatttgcaagacctatggtagaaatgaaattggatttgtcacacttaattcctctccatttgggtttgcatggatttgtg 568  Q
     ||| ||||||||| |||  |||||||||||  ||||||||| ||| | |||||||||||||| | |||||||  |||       ||||||||| | ||     
T  31213823 gagtttaccttttagtccataatttgcaagatttatggtagagatggatttggatttgtcacattgaattccttccca------gttgcatggactcgta 31213730  T
Q  569 ttatttttccaagttgacaagagagtttgactttggtcgtcaaagctatctttccatttcaa 630  Q
     |  || ||||||||||||  |||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31213729 gttcttgtccaagttgacagcagagcttggctgtggttgtcaaagctatctttccatttcaa 31213668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University