View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2272_high_2 (Length: 1049)

Name: NF2272_high_2
Description: NF2272
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2272_high_2
NF2272_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-1030)||(25795401-25796395)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (390-423)||(6252511-6252544)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 787; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 787; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 1030
Target Start/End: Original strand, 25795401 - 25796395
Alignment:
Q  11 cataggtgttgtgattgtgagatgttattaaatattataggtcatgtttttgtgttaccaaaagaagcttcagctgaaagaaataagcttgtatggttaa 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25795401 cataggtgttgtgattgtgagatgttattaaatattataggtcatgtttttgtgttaccaaaagaagcttcagctgaaagaaataagcttgtatggttaa 25795500  T
Q  111 gttatatagttcagaaccttatagaataagttacatgaatgaaatacctggctctgtgggcacaagtgccagcttcattctcagattaggccaaaccttg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  25795501 gttatatagttcagaaccttatagaataagttacatgaatgaaatacctggctctgtgggcacaagtgccagcttcattctcagattaggccagactttg 25795600  T
Q  211 ttttcatctgcttcccttctttttatgtctttgggggttgaattctacagctacacagctttctggtaccnnnnnnnnnnnngttattctctttgttatg 310  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||            | ||||||||||||||||    
T  25795601 ttttcatctgcttcccttctctttatgtctttgggagttgaattctatagctacacagctttctggtaccttttatctttttgctattctctttgttatg 25795700  T
Q  311 atgataatcttaatttatgtagcacagataacttagactgaaattgtgttcggtttctaacacatcactaacata--gtatttacatttaactaaattat 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||| || ||    
T  25795701 atgataatcttaatttatgtagcacatataactcagactgaaattgtgtttggtttctaacacgccactaacatatagtatttacatttaactatatcat 25795800  T
Q  409 tttctcaaattattacccgtgtcgacaacgtgttagtgacattgtatgtctagtatccatgtttcataggtagtaaatttgtcgaattagtaaattcata 508  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||    
T  25795801 tttctcaaattattacccatgtcgacaacgtgt--------------gtctagtatccatgtttcataggtagtaaatt-----------------cata 25795869  T
Q  509 acataaaaggaaaggaggcatgagcagattgagatcaatcacattagtaaattcgtcgaatttctataattatgtagctaattgtgtgtgttcattattc 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25795870 acataaaaggaaaggaggcatgagcagattgagatcaatcacattagtaaattcgtcgaatttctataattatgtagctaattgtgtgtgttcattattc 25795969  T
Q  609 atgtgctagctatttggtgacaatcatgggtttggttataccttggagtttcacattagcattggttgatggatactcagtactagtcaaatgtcccatt 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25795970 atgtgctagctatttggtgacaatcatgggtttggttataccttggagtttcacattagcattggtagatggatactcagtactagtcaaatgtcccatt 25796069  T
Q  709 cgtcaaccaggaatattgttgattattgttgttggagattgggtatgtact----ttctttctgatttataagctaacttagtacatgtttgaattgacg 804  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25796070 cgtcaaccaggaatattgttgattattgttgttggagattgggtatgtagtacttttctttctgatttataagctaacttagtacatgtttgaattgacg 25796169  T
Q  805 attaatatgatgaagttacggtggcactttgaactcgacgtcagtccatacatgcatttggataagaaactagcagccaataggttgataactctagttt 904  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25796170 attaatatgatgaagttacagtggcactttgaactcgacgtcagtccatacatgcatttggataagaaactagcagccaataggttgataactctagttt 25796269  T
Q  905 atctgctacaggtattatcaaccctgacactagcagcagctgcctcaacagctagtgttgtagatctcctgctaaattctcaaggatctttttgccctat 1004  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25796270 atttgctacaggtattatcaaccctgacactagcagcagctgcctcaacagctagtgttgtagatctcctgctaaattctcaaggatctttttgccctat 25796369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 390 - 423
Target Start/End: Original strand, 6252511 - 6252544
Alignment:
Q  390 ttacatttaactaaattattttctcaaattatta 423  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6252511 ttacatttaattaaattattttctcaaattatta 6252544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University