View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2272_high_32 (Length: 445)

Name: NF2272_high_32
Description: NF2272
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2272_high_32
NF2272_high_32
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (19-435)||(11729021-11729434)
chr2 (20-433)||(11719907-11720319)
chr2 (20-415)||(11680683-11681079)
chr2 (20-407)||(11693660-11694048)
chr2 (20-366)||(11671845-11672189)
chr2 (20-282)||(11712692-11712959)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (21-417)||(7661892-7662285)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 11729434 - 11729021
Alignment:
Q  19 agttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacatcggaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccgg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11729434 agttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacattggaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccgg 11729335  T
Q  119 cactttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttttgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatattagatatatgacaatgttgttgccat 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  11729334 cactctaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttgtgtttcctatagagctcattcactatcaaagaaatattggatatatgacaacgttgttgccat 11729235  T
Q  219 tgctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagctagtgaagttctcattaagtctttt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11729234 tgctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctgcacctgaaatagctagtgaagttctcattaagtctttt 11729135  T
Q  319 aaattggacaagactaccatcaattacttgcggtccaagttttagaatattgggagggaattcagctgtttttgtttgtttgtatgtttcatttgttggt 418  Q
    |||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11729134 aaattggacaagactac---caattacttgctgtccaagttttagaatattgggagggaattcagctgtttttgtttgtttgtatgtttcatttgttggt 11729038  T
Q  419 cttccttatttcctatg 435  Q
    |||||||||||||||||    
T  11729037 cttccttatttcctatg 11729021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 20 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 11720319 - 11719907
Alignment:
Q  20 gttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacatcggaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccggc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |    
T  11720319 gttaaccctcctcactcacatccccgtgccactgaaatattcactgttctcgaaggcacgttagaagttggattcatcacgtcaaatcctgaaaaccgcc 11720220  T
Q  120 actttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttttgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatattagatatatgacaatgttgttgccatt 219  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||  ||||||||||| |||    
T  11720219 actttaagaaagtactacaaaagggagatgtgtttgtgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatattggaaat-tgt-aatgttgttgctatt 11720122  T
Q  220 gctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagctagtgaagttctcattaagtctttta 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||    
T  11720121 gctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagcaagtgaagtgctcatcaaggctttta 11720022  T
Q  320 aattggacaagactaccatcaattacttgcggtccaagttttagaatattgggaggg-aattcagctgtttttgtttgtttgtatgtttcatttgttggt 418  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||    
T  11720021 aattggacaagaatgccatcaattacttacagtcaaagttttagaatattgggagggaaattcagctctttttgtttgtttgtatgtttcattcgtctgt 11719922  T
Q  419 cttccttatttccta 433  Q
    |||||||||||||||    
T  11719921 cttccttatttccta 11719907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 20 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 11681079 - 11680683
Alignment:
Q  20 gttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacatcggaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccggc 119  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  11681079 gttaactctcctcactcacatcctcgtgctaccgaaatatgcactgttcttgaaggaacattagaagttggattcatcacttcaaacccagaaaaccgcc 11680980  T
Q  120 actttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttttgtttc---ctatagggctcattcactatcaaagaaatattagatatatgacaatgttgttgcc 216  Q
    ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  11680979 acttttgtaaagttctacataagggagatgtgtttgtgtttcttcctataggtctcattcactatcaaagaaatattggataca--acaatgttgttgcc 11680882  T
Q  217 attgctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagctagtgaagttctcattaagtctt 316  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||    
T  11680881 attgctgctcttagtagccagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagctagcgaagttctcattatggctt 11680782  T
Q  317 ttaaattggacaagactaccatcaattacttgcggtccaagttttagaatattgggagggaattcagctgtttttgtttgtttgtatgtttcatttgtt 415  Q
    || |||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11680781 ttcaattggacaagaatgccatcaattacttgcagtcgaagttttaaaatattgggagggaattcaactgtttttgtttgtttgtatgtttcatttgtt 11680683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 20 - 407
Target Start/End: Original strand, 11693660 - 11694048
Alignment:
Q  20 gttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacatcggaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccggc 119  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  11693660 gttaactctcctcactcacatcctcgtgctaccgaaatatgcactgttcttgaaggaacattagaagttggattcatcacttcaaacccagaaaaccgcc 11693759  T
Q  120 actttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttttgtttc---ctatagggctcattcactatcaaagaaatattagatatatgacaatgttgttgcc 216  Q
    ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  11693760 acttttgtaaagttctacataagggagatgtgtttgtgtttctacctataggtcttattcactatcaaagaaatattggataca--acaatgttgttgcc 11693857  T
Q  217 attgctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagctagtgaagttctcattaagtctt 316  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  11693858 attgctgctcttactagcaagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagctagcgaagttctcattaaggctt 11693957  T
Q  317 ttaaattggacaagactaccatcaattacttgcggtccaagttttagaatattgggagggaattcagctgtttttgtttgtttgtatgttt 407  Q
    || |||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11693958 ttcaattggacaagaatgccatcaattacttgcagtcgaagttttagaatattgggaaggaattcagctgtttttgtttgtttgtatgttt 11694048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 20 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 11672189 - 11671845
Alignment:
Q  20 gttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacatcggaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccggc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11672189 gttaaccctcctcactcacatcctcgcgctactgaaatattcactgttctcgaaggcacgttagaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccgcc 11672090  T
Q  120 actttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttttgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatattagatatatgacaatgttgttgccatt 219  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | ||||||||||| |||| ||     
T  11672089 actttagtaaagttctacataagggagatgtgtttgtgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatatcgg--acatgacaatgttattgcaatc 11671992  T
Q  220 gctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagctagtgaagttctcattaagtctttta 319  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||     
T  11671991 gctgctcttagtagccagaatccgggagctatcactattggcaatgcagtgtttggtgctacacctgaaatagctagtgaagtgcttattaaggcttttc 11671892  T
Q  320 aattggacaagactaccatcaattacttgcggtccaagttttagaat 366  Q
    |  |||| |||| | ||||||| || |||| ||| ||||||||||||    
T  11671891 agctggagaagaatgccatcaactatttgcagtctaagttttagaat 11671845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 20 - 282
Target Start/End: Original strand, 11712692 - 11712959
Alignment:
Q  20 gttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacatcggaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccggc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  11712692 gttaaccctcctcactcacatcctcgtgctactgaaatattaactgttcttgaaggaacattagaagttggattcatcacttcaaacccagaaaaccgcc 11712791  T
Q  120 actttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttttgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatattagatatatgacaatgttg-------- 211  Q
    ||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||            
T  11712792 actttcgtaaagttctacataagagagatgtgtttgtgttt-ctataggtctcattcactatcaaagaaatattggataca--acaatgttgttgccaac 11712888  T
Q  212 ttgccattgctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctaca 282  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11712889 ttgccattgctgctcttagtagccagaatccaggagctatcactattggcaatgaagtgtttggggctaca 11712959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 21 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 7662285 - 7661892
Alignment:
Q  21 ttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacatcggaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccggca 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
T  7662285 ttaaccctcctcactcacatcctcgtgctaccgaaatattcactgttcttgaaggcactttagaagttggattcatcacttcaaacccggaaaaccgcca 7662186  T
Q  121 ctttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttttgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatattagatatatgacaatgttgttgccattg 220  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |  | |||   |||||||||||||||    
T  7662185 ctttagaaaagttctacaaaagggagatgtgtttgtgtttcctataggactcattcactatcaaagaaatatagg--aaatgctcatgttgttgccattg 7662088  T
Q  221 ctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagctagtgaagttctcattaagtcttttaa 320  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||| |    
T  7662087 cagctcttagtagccagaatccaggaggtatcactattggtaatgcaatgtttggggctacacctgagatagctagtgaagttcttgttaaggcttttca 7661988  T
Q  321 attggacaagactaccatcaattacttgcggtccaagttttagaatattgggagggaattcagctgtttttgtttgtttgtatgtttcatttgttgg 417  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||| | | |||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7661987 attggacaagactattatcaattacttgcagtcaaagttttagattattgggtgtg-attttgatatttttgtttgtttgtatgtttcatttgttgg 7661892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University