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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF2272_low_3 (Length: 913)
Name: NF2272_low_3
Description: NF2272
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2272_low_3 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 826; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 826; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 897
Target Start/End: Original strand, 52095262 - 52096144
Alignment:
| Q |
15 |
aatattgcagcacaccaaccaatacgtacagcataatagataaaattccacaactgcatcaactaaatcaagaaggcagtgaaacagcatcatcattaca |
114 |
Q |
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| T |
52095262 |
aatattgcagcacaccaaccaatacgtacagcataatagataaaattccacaactgcatcaactaaatcaagaaggcagtgaaacagcatcatcattaca |
52095361 |
T |
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| Q |
115 |
gtttatccggaaacagtgaaacgaaagccatgtctccaatatcagtaaacacatcaacaaaactgcagtacatcaagaaacaatatgttgctagactcta |
214 |
Q |
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| T |
52095362 |
gtttatccggaaacagtgaaacgaaagccatgtctccaatatcagtaaacacatcaataaaactgcagtacatcaagaaacaatatgttgctagactcta |
52095461 |
T |
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| Q |
215 |
tcatagaacagatgtagcctaatagtgccaccaagactaaggataatacttgttaggcttgattctagatttcaccaacaggattgctataacattttcc |
314 |
Q |
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| T |
52095462 |
tcatagaacagatgtagcctaatagtgccaccaagactaaggataatacttgttaggcttgattctagatttcaccaacaggattgctataacattttcc |
52095561 |
T |
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| Q |
315 |
tgattttcaatacttttttgtttgtttggggcaataaacaatgatttcacttcagccacctttatagacaaaataatgataccttcaatgcatagatgta |
414 |
Q |
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| T |
52095562 |
tgattttcaatacttttttgtttgtttggggcaataaacaaggatttcacttcagccacctttatagacgaaataatgacaccttcaatgcatagatgta |
52095661 |
T |
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| Q |
415 |
aagagaagagtccttctaaaaataaagccttgacttaccttgaaaatgggtcaatgtcaactagcacatgctgaattattactaatttgataatatctaa |
514 |
Q |
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| T |
52095662 |
aagagaagagtccttctaaaaataaagccttgacttaccttgaaaatgggtcaatgtcaactagcacatgctgaattattactaatttgataatatctaa |
52095761 |
T |
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| Q |
515 |
tcctgcaaattgctttcatttaccttgaaaatgtgtcgatgtacatataaaattcatttacaagttctttacctatcaagttatttgattcaaattgcaa |
614 |
Q |
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| T |
52095762 |
tcctgcaaattgctttcatttaccttgaaaatgtgtcgatgtacatataaaattcatttacaagttctttacctatcaagttatttgattcaaattgcaa |
52095861 |
T |
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| Q |
615 |
atnnnnnnngtatccttgtctcctgaaaattcctcaactttctttcctaggtggcttaaaacttcataaatttctcctgaatacaaacaacatttatcat |
714 |
Q |
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| T |
52095862 |
ataaaaaaagcatccttgtctcctgaaaattcctcaactttctttcctaggtggcttaaaacttcataaatttctcctgaatacaaacaacatttatcat |
52095961 |
T |
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| Q |
715 |
cagcaaaaaacttgtgtatggtttgaccaatttcaatgaaactccaaccataaacgatcaccactcccctatctttcatcagttttcttacctcagaaac |
814 |
Q |
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| T |
52095962 |
cagcagaaaacttgtgtaaggtttgatcaatttcaatgaaactccaaccataaacgatcaccactcccctatctttcatcagttttcttacctcagaaac |
52096061 |
T |
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| Q |
815 |
accttcccacttacccatattggcatacatgttcgccaaaaggacgtacctaccgctatgtttagggtcgaactctatcaaat |
897 |
Q |
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| T |
52096062 |
accttcccacttacccatattggcatacatgttcgccaaaaggacgtacctaccgctatgttcagggtcgaactctatcaaat |
52096144 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 605; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 605; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 897
Target Start/End: Original strand, 36410774 - 36411652
Alignment:
| Q |
22 |
cagcacaccaaccaatacgtacagcataatagataaaattccacaactgcatcaactaaatcaagaaggcagtgaaacagcatcatcattacagtttatc |
121 |
Q |
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| T |
36410774 |
cagcacaccaaccaatacatacagcataatagataaaattccacaacttcatcagctaaatccagaaggcagcgaaacagcaacatcatgacattttatc |
36410873 |
T |
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| Q |
122 |
cggaaacagtgaaacgaaagccatgtctccaatatcagtaaacacatcaacaa---aactgcagtacatcaagaaacaatatgttgctagactctatcat |
218 |
Q |
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| T |
36410874 |
tggaagcagtgaaacgaaagccacgtcttcaatatcagtaaacacatcatcaacagaacttcagtgtatcaagaagcaatatgtttctagactctatcat |
36410973 |
T |
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| Q |
219 |
agaacagatgtagcctaatagtgccaccaagactaaggataatacttgttaggcttgattctagatttcaccaacaggattgctataacattttcctgat |
318 |
Q |
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| T |
36410974 |
agaacagatgtagcctaatagtgccaccaagactaaggaaaatacttgttaggcttgattccagatttgaccaacaggattgctataacattttcctcat |
36411073 |
T |
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| Q |
319 |
tttcaatacttttttgtttgtttggggcaataaacaatgatttcacttcagccacctttatagacaaaataatgataccttcaatgcatagatgtaaaga |
418 |
Q |
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| T |
36411074 |
tttcaatacttttttgtttgtttggggcaacaaacaaggatttcacttcagccatctttacagacgaaataatgacacgttcaacccatagatgtaaaga |
36411173 |
T |
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| Q |
419 |
gaagagtccttctaaaaataaagccttgacttaccttgaaaatgggtcaatgtcaactagcacatgctgaatta-ttactaatttgataatatctaatcc |
517 |
Q |
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| T |
36411174 |
gaagagtcctgctaaaaataaagctttcacttaccttgaaaatgtgtcaatgtcaaccagcacatgctgaattatttactaatttgataatatctaaccc |
36411273 |
T |
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| Q |
518 |
tgcaaattgctttcatttaccttgaaaatgtgtcgatgtacatataaaattcatttacaagttctttacctatcaagttatttgattcaaattgcaaatn |
617 |
Q |
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| T |
36411274 |
tgcaaattgctttcatttaccttgaaaatgtgtcaatgtacatataaaattcatttacaaattctttacctatcaaatta-ttgattcaaattgcaaata |
36411372 |
T |
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| Q |
618 |
nnnnnngtatccttgtctcctgaaaattcctcaactttctttcctaggtggcttaaaacttcataaatttctcctgaatacaaacaacatttatcatcag |
717 |
Q |
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| T |
36411373 |
aaaaaagcatcattgtctcctgaaatatcctcaactttctttcccaggtggcttaaaacatcataaatttcccttgaatacaaacaacatttatcatcag |
36411472 |
T |
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| Q |
718 |
caaaaaacttgtgtatggtttgaccaatttcaatgaaactccaaccataaacgatcaccactcccctatctttcatcagttttcttacctcagaaacacc |
817 |
Q |
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| T |
36411473 |
caaaaaacttgtgtatggtttgatcgatttcaatgaaactccaaccagaaacaatcatcactcccctatctttcatcagttttcttacctcagaaacacc |
36411572 |
T |
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| Q |
818 |
ttcccacttacccatattggcatacatgttcgccaaaaggacgtacctaccgctatgtttagggtcgaactctatcaaat |
897 |
Q |
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| T |
36411573 |
ttcccacttgcccatattggcatacatgttcgccaaaaggacgtacctaccgctatgtttaggctcaaactctatcaaat |
36411652 |
T |
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