View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2277_high_2 (Length: 756)

Name: NF2277_high_2
Description: NF2277
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2277_high_2
NF2277_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-740)||(37810128-37810863)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (49-740)||(52352032-52352732)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (361-740)||(17199198-17199566)
chr5 (49-122)||(17198600-17198673)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 635; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 635; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 740
Target Start/End: Original strand, 37810128 - 37810863
Alignment:
Q  1 aggagcaccaacagctattgtatttcttattttgttnnnnnnnnnnnnctccaataaaagcaattgcataactgttaactcaccaaaagactggataggc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||            ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37810128 aggagcaccaacagctatggtatttcttattttgttcaaaaaaa----ctccactaaaagcaattgcataactgttaactcaccaaaagactggataggc 37810223  T
Q  101 atccaaataatgttgaccaaaaacattagaggacaattcaaacagcatcatcatctgtatagttgacagcttggtcccaataatgaggaaccccagcatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  37810224 atccaaataatgttgaccaaaaacattagaggacaattcaaacagcatcatcatctgtatagttgacagcttggtaccaataatgaagaaccccagcatc 37810323  T
Q  201 cacaaaaactttacgagcagctgcttcagtgatgcagtaatgaacactgaacctattgaagctcgatttggcaacatttccttgccacaccagaacacat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37810324 cacaaaaactttacgagcagctgcttcagtgatgcagtcatgaacactgaacctattgaagctcgatttggcaacacttccttgccacaccagaacacat 37810423  T
Q  301 ttataggcatagcctgaatcttcattatcttctatctcttttgaaacatcacaccatttaatacgtctaagcataagtttcccatacctcttaattgact 400  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37810424 ttattggcatcgcctgaatcttcattatcttctttctcttttgaaacatcacgccatttaatacgtctaagcataagtttcccatacctcttaattgact 37810523  T
Q  401 tgcttccaccttcaacaacgacaacgctaataccatcacgaatcaccgcacatccagtcaaacgattttcttgagcattagcataaactctaaagcgggc 500  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37810524 tgcttccaccttcaaccacgacaacgctaataccatcacaaatcaccgcacatccagtcaaacgattttcttgagcattagcataaactctaaagcgggc 37810623  T
Q  501 tttgtgatgagaaaggtcatttaccctgtaaagtgagacaagtgtgtccaatgtatttgggtcatcaaacaatttcctttccttcttctcacgcagctca 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37810624 tttgtgatgagaaaggtcatttaccctgtaaagtgagacaagtgtgtccaatgtatttgggtcatcaaacaacttcctttccttcttctcacgcagctca 37810723  T
Q  601 gcaggagtaagcttgcgtgcaatattcctatctatgtgagcctgcccacgctcagcagctgcattacgtacttccttttcaagccgggtgggatcttgag 700  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37810724 gcaggagtaagcttgtgtgcaatattcctatctatgtgagcctgctcacgctcggcagctgcattacgtacttccttttcaagccgggtgggatcttgag 37810823  T
Q  701 ttgcttcagtccctagtaccttatgtaaattactcatctt 740  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37810824 ttgcttcagtccctagtaccttatgtaaattactcatctt 37810863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 508; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 49 - 740
Target Start/End: Original strand, 52352032 - 52352732
Alignment:
Q  49 ctccaataaaagcaattgcataactgttaactcaccaaaagactggataggcatccaaataatgttgaccaaaaacattagaggacaattcaaacagcat 148  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  52352032 ctccactagaagcaattgcataactgttaactcaccaaaagactggataggcatcctaattatgttaaccaaaaacactagaagacaattcaaacagcat 52352131  T
Q  149 catcatctgtatagttgacagcttggtcccaataatgaggaaccccagcatccacaaaaactttacgagcagctgcttcagtgatgcagtaatgaacact 248  Q
    | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  52352132 cgtcctccgtatagttgacagcttggtcccaataatgaggaaccccagcatccacaaacactttacgagcagctgcttcagtgatgcagtcatgaacact 52352231  T
Q  249 gaacctattgaagctcgatttggcaacatttccttgccacaccagaacacatttat----aggc-----atagcctgaatcttcattatcttctatctct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    ||||     || | ||||||| |||| ||||||| |||||    
T  52352232 gaacctattgaagctcgatttggcaacacttccttgccacaccagaacacatttattcgcaggcttttcatcgtctgaatcctcatcatcttctttctct 52352331  T
Q  340 tttgaaacatcacaccatttaatacgtctaagcataagtttcccatacctcttaattgacttgcttccaccttcaacaacgacaacgctaataccatcac 439  Q
    ||||||||||| | ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  52352332 tttgaaacatcgctccaattgatgcgtctaagcataagtttcccatacctcttaattgacttgcttccaccttcaaccacaacaacgctaataccatcac 52352431  T
Q  440 gaatcaccgcacatccagtcaaacgattttcttgagcattagcataaactctaaagcgggctttgtgatgagaaaggtcatttaccctgtaaagtgagac 539  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  52352432 aaatcacagcacatccagtcaaacgattttcttgagcattaacatcaactctaaagcgggccttgggatgagagaggtcatttaccctgtaaagtgagac 52352531  T
Q  540 aagtgtgtccaatgtatttgggtcatcaaacaatttcctttccttcttctcacgcagctcagcaggagtaagcttgcgtgcaatattcctatctatgtga 639  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52352532 aagtgtgtccaatgaatttgggtcatcaaagagcttcctttctttcttctcacgcagctcagcaggagtaagcttgcgtgcaatattcctatctatgtga 52352631  T
Q  640 gcctgcccacgctcagcagctgcattacgtacttccttttcaagccgggtgggatcttgagttgcttcagtccctagtaccttatgtaaattactcatct 739  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52352632 gcctgctcacgctcagcagcagcattacgtacttccttttcaagccgggtgggatcttgagttgcttcagtccctagtaccttatgtaaattactcatct 52352731  T
Q  740 t 740  Q
    |    
T  52352732 t 52352732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 361 - 740
Target Start/End: Original strand, 17199198 - 17199566
Alignment:
Q  361 atacgtctaagcataagtttcccatacctcttaattgacttgcttccaccttcaacaacgacaacgctaataccatcacgaatcaccgcacatccagtca 460  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  17199198 atacggctaagcataagtttcctat--ctcttaattgacttgcttccaccttcaaccacaacaatgctaatgccatcacaaattaccgcacatccagtca 17199295  T
Q  461 aacgattttcttgagcattagcataaactctaaagcgggctttgtgatgagaaaggtcatttaccctgtaaagtgagacaagtgtgtccaatgtatttgg 560  Q
    |||||||||||||||||         |||||||||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17199296 aacgattttcttgagca---------actctaaagcgggcattgggatgagagaggccatttaccctgtaaagtgagacaagtgtgtccaatgtatttgg 17199386  T
Q  561 gtcatcaaacaatttcctttccttcttctcacgcagctcagcaggagtaagcttgcgtgcaatattcctatctatgtgagcctgcccacgctcagcagct 660  Q
     |||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  17199387 ctcatcaaacagtttccttttcttcttctcgcgcagctcagcaggagtaagcttgcgtgcaatattcctatctatgtgagcctgctcacgctcagcagtt 17199486  T
Q  661 gcattacgtacttccttttcaagccgggtgggatcttgagttgcttcagtccctagtaccttatgtaaattactcatctt 740  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17199487 gcattacgtacttccttttcaagccgggtgggatcttgagtcgcttctgtccctagtaccttatgtaaattactcatctt 17199566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 49 - 122
Target Start/End: Original strand, 17198600 - 17198673
Alignment:
Q  49 ctccaataaaagcaattgcataactgttaactcaccaaaagactggataggcatccaaataatgttgaccaaaa 122  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17198600 ctccactagaagcaattgcatatctgttaactcaccaaaagactggataggcatcctaataatgttgaccaaaa 17198673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University