View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2288_high_1 (Length: 803)

Name: NF2288_high_1
Description: NF2288
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2288_high_1
NF2288_high_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (141-788)||(33724291-33724930)
chr2 (1-140)||(33724080-33724219)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 541; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 541; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 141 - 788
Target Start/End: Original strand, 33724291 - 33724930
Alignment:
Q  141 atctacaaatgtatgagattgcaagcaatgtagtgtgtcaatagtcaatactaatcaagagggataaactttatgtgagaatccatggaaaatgctagct 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33724291 atctacaaatgtatgagattgcaagcaatgtagtgtgtcaata-------ctaatcaagaggaataaactttatgtgagaatccatggaaaatgctagct 33724383  T
Q  241 acctattataaaattgactaagcttttggtaaatgtacaaattcataaactcgtcaaagatgaccgtacgaattttcttccatatatactagtcatgtta 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33724384 acctattataaaattgactaagcttttggtaaatgtacaaattcataaactcgtcaaagatgaccgtacgaattttcttccatatatactagtcatgtta 33724483  T
Q  341 aaggaagcatgcaagaagaagaggtacatgtgaagatgaaaccaagcaaaatagtaagagaggcaaagtttgaannnnnnnncttaagtattaacgcatc 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||    
T  33724484 aaggaagcatgcaagaagaagaggtacatgtgaagatgaaaccaagcaaaatagtaagagaggcaaagtttgaattttttttcttaagtattaacgcatc 33724583  T
Q  441 aaattttaacgaaatcacgttat---aaatcaatgtatatgtttatttttcttattagataataaaaaatgtatacgttatgtctagcactagttatagc 537  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33724584 aaattttaacgaaatcacgttattataaatcaatgaatatgtttatttttcttattagataataaaaaatgtatatgttatgtctagcactagttatagc 33724683  T
Q  538 aaattcaacgttggtcattcaacttaacttaactttactatacatgaacctttcatttctttgcttaacaattgaactaaattcagccacctcttacaat 637  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33724684 aaattcaacgttggtcattcaactaaacttaactttactatacatgaacctttcatttctttgcttaacaattgaattaaattcagccacctcttacaat 33724783  T
Q  638 tcgaatgtgaacgtggcattaagttagtaccaatctgatcaactttttcaaataaatacaaataacgccctattgaccacattgcctcttttttaatttc 737  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||       
T  33724784 tcgaatgtgaacgtggcattaagttagtaccaatctgatcaactttttcaaataaatacaaataacaccctattgaccacattgcctc-tttttaat--- 33724879  T
Q  738 ttcttcaatcttcaaatttattttgtattatttgtcaaccacacaatatct 788  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33724880 ttcttcaatcttcaaatttattttgtattatttgtcaaccacacaatatct 33724930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 140
Target Start/End: Original strand, 33724080 - 33724219
Alignment:
Q  1 aaaaatcaaggggacttatctaacataaattcagtgtaaccacacacacgatttaaattttatgtatgcaaccatcgatcatcataattatctttaattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33724080 aaaaatcaaggggacttatctaacataaattcagtgtaaccacacacacgatttaaattttatgtatgcaaccatcgatcatcataattatctttaattt 33724179  T
Q  101 cttcttgttcaagttaatataatgataatgtcatgttaat 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33724180 cttcttgttcaagttaatataatgataatgtcatgttaat 33724219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University