View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2292_low_1 (Length: 607)

Name: NF2292_low_1
Description: NF2292
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2292_low_1
NF2292_low_1
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (99-607)||(6178544-6179052)
chr8 (99-603)||(6187338-6187842)
chr8 (99-607)||(6140487-6140995)
chr8 (331-607)||(6087381-6087657)
chr8 (262-606)||(6045958-6046302)
chr8 (260-606)||(6123976-6124322)
chr8 (262-568)||(6062242-6062548)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 501; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 99 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 6179052 - 6178544
Alignment:
Q  99 attatgacaatgtatgcttcttggaaaaggtaagcgaagactcagaaaagttgggaccaatatatgttcgtaatcagcttcttcgtgagctactgaagcg 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6179052 attatgacaatgtatgcttcttggaaaaggtaagcgaagactcagaaaagttgggaccaatatatgttcgtaatcagcttcttcgtgagctactgaagcg 6178953  T
Q  199 agaaattacagcgtctgatgttcatggacttcacacgttcatcaagaggaggctctttcgcaaaaaagttttcattgtacttgatgatgttgataatgct 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6178952 agaaattacagcgtctgatgttcatggacttcacacgttcatcaagaggaggctctttcgcaaaaaagttttcattgtacttgatgatgttgataatgct 6178853  T
Q  299 tcacagttagatgatttgtgccgagtacttggtgaccttggacctaacagtagactcattatcactacgcgagacaggcatacgctaagtggaaaagttg 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6178852 tcacagttagatgatttgtgccgagtacttggtgaccttggacctaacagtagactcattatcactacgcgagacaggcatacgctaagtggaaaagttg 6178753  T
Q  399 atgagatatatgaggtcaaaacatggaggcttaaagactctctaaagctttttagcctaagagccttcaagcaagaccatcctttaaagggttatgaatg 498  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6178752 atgaaatatatgaggtcaaaacatggaggcttaaagactctctaaagctttttagcctaagagccttcaagcaagaccatcctttaaagggttacgaatg 6178653  T
Q  499 tttctcggaaagagcagttgaatgtgcaggaggtgttccattagctttagaagttttgggttcacattttcattccagaaaaccagaattctgggaatct 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6178652 tttctcggaaagagcagttgaatgtgcaggaggtgttccattagctttagaagttttgggttcacattttcattccagaaaaccagaattctgggaatct 6178553  T
Q  599 gagttgaat 607  Q
    |||||||||    
T  6178552 gagttgaat 6178544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 99 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 6187842 - 6187338
Alignment:
Q  99 attatgacaatgtatgcttcttggaaaaggtaagcgaagactcagaaaagttgggaccaatatatgttcgtaatcagcttcttcgtgagctactgaagcg 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6187842 attatgacaatgtatgcttcttggaaaagataagcgaagactcggaaaagtttggaccaatatatgtttgtaatcagcttcttcgtgagctactgaagcg 6187743  T
Q  199 agaaattacagcgtctgatgttcatggacttcacacgttcatcaagaggaggctctttcgcaaaaaagttttcattgtacttgatgatgttgataatgct 298  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |     
T  6187742 agaaattacagcgtctgatgttcacggacttcacacattcatcacgaggaggctctttcgcaaaaaagttttcattgttcttgatgatgttaataatacg 6187643  T
Q  299 tcacagttagatgatttgtgccgagtacttggtgaccttggacctaacagtagactcattatcactacgcgagacaggcatacgctaagtggaaaagttg 398  Q
     ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||    
T  6187642 acacagttagatgatttgtgtcgcgtacttggtgaccttggacctaacagtagactcattataacaacgcgagacaggcatacacttggtggaaaagttg 6187543  T
Q  399 atgagatatatgaggtcaaaacatggaggcttaaagactctctaaagctttttagcctaagagccttcaagcaagaccatcctttaaagggttatgaatg 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |    
T  6187542 atgagatatatgaggtcaaaacatggaagcttagagactctctaaagctttttagcttaagagccttcaagcaagaccatcctttaaaaggttacgagcg 6187443  T
Q  499 tttctcggaaagagcagttgaatgtgcaggaggtgttccattagctttagaagttttgggttcacattttcattccagaaaaccagaattctgggaatct 598  Q
    | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  6187442 tgtctctgaaagggcagttgaatgtgcaggaggtgttccattagctttagaagttttgggttcacattttcattccagaaaacaagaattctgggaatcc 6187343  T
Q  599 gagtt 603  Q
    |||||    
T  6187342 gagtt 6187338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 99 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 6140995 - 6140487
Alignment:
Q  99 attatgacaatgtatgcttcttggaaaaggtaagcgaagactcagaaaagttgggaccaatatatgttcgtaatcagcttcttcgtgagctactgaagcg 198  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||     
T  6140995 attatgataatgtatgcttcttggaaaagataaatgaagaatcagaaaagttcggacaaatatatgttcgtaataagcttcttagtgagctactgaagca 6140896  T
Q  199 agaaattacagcgtctgatgttcatggacttcacacgttcatcaagaggaggctctttcgcaaaaaagttttcattgtacttgatgatgttgataatgct 298  Q
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6140895 gaaaattacagcatctgatgttcatggacttcacacattcatcaaaacgaggctctttcgcaaaaaagttttcattgtacttgatgatgttgataatgct 6140796  T
Q  299 tcacagttagatgatttgtgccgagtacttggtgaccttggacctaacagtagactcattatcactacgcgagacaggcatacgctaagtggaaaagttg 398  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6140795 acacagttagatgatttgtgtcgagtacttggtgacctaggacctgacagcagaatcattatcacaacacgagacaggcatacgcttagtggaaaagttg 6140696  T
Q  399 atgagatatatgaggtcaaaacatggaggcttaaagactctctaaagctttttagcctaagagccttcaagcaagaccatcctttaaagggttatgaatg 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||  |    
T  6140695 atgagatatatgaggtcaaaacatggaagcttaaagactctctaaatctttttagcttaagagccttcaagaaagcccaccctttaaagggttacgagcg 6140596  T
Q  499 tttctcggaaagagcagttgaatgtgcaggaggtgttccattagctttagaagttttgggttcacattttcattccagaaaaccagaattctgggaatct 598  Q
      |||| ||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  6140595 actctctgaaagggcagttaaatgcgcaggaggcgttccattagctttacaagttttgggttcacattttcattccagagaaccagaattctgggaatcc 6140496  T
Q  599 gagttgaat 607  Q
    |||||||||    
T  6140495 gagttgaat 6140487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 331 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 6087657 - 6087381
Alignment:
Q  331 tgaccttggacctaacagtagactcattatcactacgcgagacaggcatacgctaagtggaaaagttgatgagatatatgaggtcaaaacatggaggctt 430  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||  ||||||  ||||  || | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||    
T  6087657 tgaccttggaccacacagtagactcattatcacaacaagagacaaacatattcttaatggaacagttgatgagatatatgaggtcaaaaaatggaagttt 6087558  T
Q  431 aaagactctctaaagctttttagcctaagagccttcaagcaagaccatcctttaaagggttatgaatgtttctcggaaagagcagttgaatgtgcaggag 530  Q
    ||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||||||     |||  |  |||||||  || ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  6087557 aaagaatctctaaagctttttagtttaggagccttcaagcaaagttttcccatggagggttacaaacgtttctcagaaagggcagttgaatatgcaggag 6087458  T
Q  531 gtgttccattagctttagaagttttgggttcacattttcattccagaaaaccagaattctgggaatctgagttgaat 607  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||| ||||| |  ||||||||||||||||| ||||||    
T  6087457 gtgttccattagctttaaaagttttgggttcatttttttattcaagaaatcttgaattctgggaatctgaattgaat 6087381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 262 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 6046302 - 6045958
Alignment:
Q  262 aaaagttttcattgtacttgatgatgttgataatgcttcacagttagatgatttgtgccgagtacttggtgaccttggacctaacagtagactcattatc 361  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||  ||||||||  || ||||| |||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  6046302 aaaatttttcattgtacttgatgatgtggataatgctgcacaattagaatatttgtgctcagaacttgatgaccttggaccaaacagtaggctaattatc 6046203  T
Q  362 actacgcgagacaggcatacgctaagtggaaaagttgatgagatatatgaggtcaaaacatggaggcttaaagactctctaaagctttttagcctaagag 461  Q
    ||     |||| ||||| || || |  ||||||||||||| |||  |||| |||| || |||||   || |||| ||||| | |||||||||| || |||    
T  6046202 acgggaagagataggcaaacactcaagggaaaagttgatgtgattcatgaagtcacaaaatggaattttgaagaatctctgaggctttttagcttaggag 6046103  T
Q  462 ccttcaagcaagaccatcctttaaagggttatgaatgtttctcggaaagagcagttgaatgtgcaggaggtgttccattagctttagaagttttgggttc 561  Q
    | ||||| ||| ||||||||  | |||||||  ||  | ||||  |||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6046102 ctttcaaacaaaaccatcctaaagagggttacaaacttctctcacaaagagcagttgcatatgcaggaggcgttccattagctttaaaagttttgggttc 6046003  T
Q  562 acattttcattccagaaaaccagaattctgggaatctgagttgaa 606  Q
    ||||||| |||| ||||  || |||||||||||| |||| |||||    
T  6046002 acatttttattctagaagtcctgaattctgggaacctgaattgaa 6045958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 260 - 606
Target Start/End: Original strand, 6123976 - 6124322
Alignment:
Q  260 aaaaaagttttcattgtacttgatgatgttgataatgcttcacagttagatgatttgtgccgagtacttggtgaccttggacctaacagtagactcatta 359  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |   || |||||| |||||||  ||| |||   ||| |||| ||| || |||||| ||||||    
T  6123976 aaaagagttttcattgtacttgatgatgttgataatggtatgcaattagattatttgtgtggagaactcaatgatcttgcaccaaatagtagaatcatta 6124075  T
Q  360 tcactacgcgagacaggcatacgctaagtggaaaagttgatgagatatatgaggtcaaaacatggaggcttaaagactctctaaagctttttagcctaag 459  Q
    |||| ||   | | ||| |||| || | ||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| | | ||||| |||||| | |||||| || |       
T  6124076 tcacaacaaaaaatagggatactcttaatggaagagttgatgagatatatgaggtcgaaaaatggaagttcaaagaatctctagaacttttttgcttggc 6124175  T
Q  460 agccttcaagcaagaccatcctttaaagggttatgaatgtttctcggaaagagcagttgaatgtgcaggaggtgttccattagctttagaagttttgggt 559  Q
    ||||||||||||| | ||||||  |  |||||||||  || |||| ||||| |||||||  |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  6124176 agccttcaagcaaaagcatcctaaagtgggttatgagcgtctctctgaaagggcagttgcgtgtgcacgaggtgttcccttagctttaaaagttttgggt 6124275  T
Q  560 tcacattttcattccagaaaaccagaattctgggaatctgagttgaa 606  Q
    || ||||| ||||| ||||| |  ||||| ||||||| ||| |||||    
T  6124276 tcgcatttacattctagaaatctcgaattttgggaatttgaattgaa 6124322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 262 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 6062548 - 6062242
Alignment:
Q  262 aaaagttttcattgtacttgatgatgttgataatgcttcacag-ttagatgatttgtgccgagtacttggtgaccttggacctaacagtagactcattat 360  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||  |||||| |||||||   |   || |||| |||||||||  | ||||||||||||||    
T  6062548 aaaagttttcattgtacttgatgacgtagataatgctt-acatattagattatttgtgtgaacctctaggtggccttggaccacaaagtagactcattat 6062450  T
Q  361 cactacgcgagacaggcatacgctaagtggaaaagttgatgagatatatgaggtcaaaacatggaggcttaaagactctctaaagctttttagcctaaga 460  Q
    ||| ||| ||||||  ||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||| | || |||| |||| |||||||||  |  || ||    
T  6062449 cacaacgagagacaaacatattcttagtggaacagttgatgagatatatgaggttacaaaatggaagtttgaagaatctcaaaagcttttctgtttagga 6062350  T
Q  461 gccttcaagcaagaccatcctttaaagggttatgaatgtttctcggaaagagcagttgaatgtgcaggaggtgttccattagctttagaagttttgggtt 560  Q
    ||||||||||||    ||||   | |||| ||  |  |||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  6062349 gccttcaagcaaacttatcccgaagagggctacaagggtttctcaaaaatagcaattgaatgtgcaggaggtgttccattagctttaaaagttttaggtt 6062250  T
Q  561 cacatttt 568  Q
     |||||||    
T  6062249 tacatttt 6062242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University