View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2292_low_10 (Length: 442)

Name: NF2292_low_10
Description: NF2292
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2292_low_10
NF2292_low_10
[»] chr6 (29 HSPs)
chr6 (30-442)||(7131622-7132034)
chr6 (30-433)||(7119144-7119547)
chr6 (29-442)||(10579437-10579849)
chr6 (49-433)||(6596637-6597021)
chr6 (38-437)||(6394859-6395258)
chr6 (30-229)||(6402847-6403046)
chr6 (50-348)||(6589117-6589415)
chr6 (30-229)||(6585150-6585349)
chr6 (33-442)||(19632429-19632835)
chr6 (30-353)||(6432148-6432471)
chr6 (48-442)||(6426516-6426910)
chr6 (30-354)||(6415953-6416277)
chr6 (39-229)||(6594519-6594709)
chr6 (30-250)||(7994074-7994294)
chr6 (29-280)||(6409992-6410243)
chr6 (38-229)||(14820688-14820879)
chr6 (30-352)||(6423204-6423526)
chr6 (73-229)||(8913897-8914054)
chr6 (38-146)||(14802331-14802439)
chr6 (359-442)||(6602887-6602970)
chr6 (33-223)||(11936194-11936384)
chr6 (33-223)||(11948174-11948364)
chr6 (38-148)||(14818377-14818487)
chr6 (357-442)||(14821022-14821107)
chr6 (355-437)||(6410336-6410418)
chr6 (30-140)||(6603204-6603314)
chr6 (93-143)||(9411405-9411455)
chr6 (50-140)||(28935056-28935146)
chr6 (405-442)||(6423597-6423634)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (28-301)||(19468340-19468613)
chr1 (368-442)||(33160850-33160924)
chr1 (50-171)||(43634914-43635033)
chr1 (368-442)||(29658635-29658709)
chr1 (368-442)||(29691150-29691224)
chr1 (368-442)||(29718662-29718736)
chr1 (170-283)||(7554546-7554662)
chr1 (48-117)||(52082586-52082655)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (30-354)||(10614580-10614904)
chr7 (30-354)||(15091939-15092263)
chr7 (132-252)||(10170020-10170140)
chr7 (132-252)||(10177545-10177665)
chr7 (135-223)||(7977670-7977758)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (30-354)||(13470520-13470844)
chr3 (30-354)||(51764228-51764552)
chr3 (33-280)||(51113643-51113890)
chr3 (30-219)||(514651-514840)
chr3 (38-208)||(51120827-51120997)
[»] chr4 (33 HSPs)
chr4 (38-229)||(53761685-53761874)
chr4 (71-268)||(1600447-1600647)
chr4 (39-280)||(55908587-55908831)
chr4 (38-273)||(1548292-1548528)
chr4 (97-346)||(21834174-21834423)
chr4 (35-271)||(546905-547144)
chr4 (50-180)||(55505070-55505200)
chr4 (51-228)||(640923-641100)
chr4 (33-208)||(553469-553644)
chr4 (38-223)||(1552686-1552871)
chr4 (50-161)||(532196-532307)
chr4 (49-223)||(659717-659889)
chr4 (93-309)||(570401-570614)
chr4 (33-223)||(1524405-1524595)
chr4 (30-216)||(7225809-7225995)
chr4 (38-279)||(8186951-8187195)
chr4 (71-280)||(12121316-12121528)
chr4 (33-222)||(558488-558677)
chr4 (33-212)||(3438496-3438674)
chr4 (134-223)||(12120061-12120150)
chr4 (98-272)||(644885-645062)
chr4 (149-219)||(371026-371096)
chr4 (60-234)||(1519051-1519224)
chr4 (33-142)||(1513407-1513516)
chr4 (38-187)||(7307855-7308004)
chr4 (33-141)||(8184031-8184139)
chr4 (374-430)||(10634128-10634184)
chr4 (138-212)||(6006422-6006497)
chr4 (169-223)||(1533909-1533963)
chr4 (71-212)||(12116505-12116646)
chr4 (170-273)||(1489227-1489333)
chr4 (72-112)||(1508033-1508073)
chr4 (99-223)||(1528122-1528246)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (39-280)||(1037523-1037767)
chr2 (30-223)||(45245004-45245197)
chr2 (60-267)||(32785647-32785854)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (42-268)||(495-724)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (38-442)||(20477764-20478186)
chr5 (40-224)||(41889472-41889656)
chr5 (38-212)||(32267470-32267641)
chr5 (38-223)||(41901457-41901639)
chr5 (129-231)||(28525097-28525199)
chr5 (355-424)||(32267805-32267874)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (32-218)||(1388-1577)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (33-223)||(18315192-18315382)
chr8 (98-222)||(17636317-17636445)
chr8 (38-212)||(27922503-27922674)
chr8 (33-280)||(32151291-32151538)
chr8 (30-222)||(34936083-34936275)
chr8 (30-117)||(17628039-17628126)
chr8 (93-181)||(21235608-21235696)
chr8 (98-223)||(28246214-28246339)
chr8 (147-223)||(44736581-44736657)
chr8 (355-442)||(17627738-17627825)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (38-115)||(39179-39256)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 29)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 442
Target Start/End: Original strand, 7131622 - 7132034
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7131622 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggcgaacaa 7131721  T
Q  130 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7131722 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatcttagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 7131821  T
Q  230 gttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatag 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7131822 gttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgtaaatttctacctaaatag 7131921  T
Q  330 agagactttaactgaggatatacactagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaa 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7131922 agagactttaactgaggatatacactagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaa 7132021  T
Q  430 cgagtgaatacaa 442  Q
    |||||||||||||    
T  7132022 cgagtgaatacaa 7132034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 433
Target Start/End: Original strand, 7119144 - 7119547
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7119144 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggtgaacaa 7119243  T
Q  130 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7119244 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatcttagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 7119343  T
Q  230 gttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatag 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7119344 gttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgtaaatttctacctaaatag 7119443  T
Q  330 agagactttaactgaggatatacactagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaa 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7119444 agagactttaactgaggatatacactagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaa 7119543  T
Q  430 cgag 433  Q
    ||||    
T  7119544 cgag 7119547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 29 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 10579849 - 10579437
Alignment:
Q  29 aaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaaca 128  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||  || |||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||      
T  10579849 aaatagttccaaaagccgacaacaattctttgagatcgaatagagtgttttatcatcaacttttgtatatgacaagttcaacacctccagctggggaatt 10579750  T
Q  129 acaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagata 228  Q
    ||||  || |||| |||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||| |||  |||||| | | |||||||| |||||||||||||||    
T  10579749 acaatctttattctaagtcgcttcactcttggacatttggctaagttcaaatgcttaatcttaccacatcttcctgaaacttgaaaaataccttcagata 10579650  T
Q  229 tgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaata 328  Q
    |||  | |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||| |||  ||||||||  ||||  | |||||||||| |||||    
T  10579649 tgtattcgcaagtattcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaaaggaagctaacattataatcatttcatcacgtaacaatgaatttctacccaaata 10579550  T
Q  329 gagagactttaactgaggatatacactagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttcta 428  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| || |||||     
T  10579549 gagagattttaattgagg-tatacaccagaattctctacactctttgtccaaatagctgtgttttccattttgatctcactaagcgaaggacaatttctt 10579451  T
Q  429 acgagtgaatacaa 442  Q
    ||||| ||| ||||    
T  10579450 acgagggaaaacaa 10579437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 49 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 6597021 - 6596637
Alignment:
Q  49 aacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtag 148  Q
    |||||||||| |||||  | | |||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||| ||||| |    
T  6597021 aacaattctttgagatagcgtagagtgtttcatcatcaacatttgtacttgacaagttcaacacctccagctggggaatttcaaagtttatttcaagtcg 6596922  T
Q  149 cttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaa 248  Q
    |||||| |||||||| | |||| |||||||||| ||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||   || ||  ||     
T  6596921 cttcacacttgaacattcggctcagttcaaatgcttaatcttatcacatctcctgaaaacttgacaaataccttcagaaatgttattattagaatataag 6596822  T
Q  249 tcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggat 348  Q
    ||||| || || ||||| || ||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | ||||||   |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  6596821 tcaagcagctgcaaattaggaaaaaaggaagctaatcttataatattttcattacttaaccaaaaatttctacccaaatagagagactttaattgagggt 6596722  T
Q  349 atacactagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgag 433  Q
    |||||  ||||||| ||||||||||  |||| |||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||| || ||||| |||||    
T  6596721 atacatcagaattctctacactctccgtcccaatagctgtgttttgcattttgatctcactaagcgaaggacaatttcttacgag 6596637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 38 - 437
Target Start/End: Original strand, 6394859 - 6395258
Alignment:
Q  38 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 137  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||   || ||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  6394859 caaaagcccacaacaattctttgagatcacagaaagagtttcatcatcaacgcttgtatttgacaagttcaacacctccagctcgggaactgcaaagttc 6394958  T
Q  138 attccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgc 237  Q
    |||||| |||| |||||| ||||||||   |||||||||||||||||||  ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |    ||    
T  6394959 attccatgtagtttcacttttgaacagaaagctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttctttaaaacttgacaaataccttcagatatttgtgagc 6395058  T
Q  238 aagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactt 337  Q
    ||    |||||||||| || |||||||||||||||| |||||  || ||||  ||| |||||||  ||||||  |||||| |||| ||||||||||| ||    
T  6395059 aacgtgtcaaatcaagtagctgtaaattggggaaaatggaagtaaacattatgattatttcatctattaaccagtaatttgtacccaaatagagagagtt 6395158  T
Q  338 taactgaggatatacactagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaa 437  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||| ||| |||||||||| |||  ||||| ||||||||| | |||  ||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  6395159 taactgagggtatacaccagaatgcccaacagtctctttcccaatacatgtgttttccattttaatctcggtaagcaaaggacagtttctaacgagtgaa 6395258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 30 - 229
Target Start/End: Original strand, 6402847 - 6403046
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||      
T  6402847 aatagtttcaaaagcccactacaattctttgagatcacatagagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacttctagttggggaactg 6402946  T
Q  130 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 229  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6402947 caaagtttattccaagtagcttcactcttgaacacccagttaagttcaaatgcctaatgttacaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 6403046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 50 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 6589415 - 6589117
Alignment:
Q  50 acaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagc 149  Q
    |||||| || ||||||| ||  ||||||| ||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  6589415 acaattttttgagatcagatatagtgttttatcattaacatttgtatttgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttcattccaagtagc 6589316  T
Q  150 ttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaat 249  Q
    |||||| |   ||||  |||||||||||||||  |||| ||| ||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||    
T  6589315 ttcactttcttacagaaggctaagttcaaatgcctaatcttacaacatcttctcaatacttgacaaatacctttagatatgttattacaagaattgaaat 6589216  T
Q  250 caagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggat 348  Q
    |||| |  | |||||||||||||| |||||| || ||||  || ||| ||||| |||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  6589215 caagcacctctaaattggggaaaatggaagcaaacattatgatatttgcatcacttaaccatgaatttttacccaaatagagagactttaattgaggat 6589117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 30 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 6585349 - 6585150
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    ||||||||||||||| |  ||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |    
T  6585349 aatagttccaaaagcgcagaacaactctttgagatcacatagagtgtttcatcatcaacctttgtatctgacaagttcaatacctccaactgggtaacta 6585250  T
Q  130 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 229  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||||    |  |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6585249 aaaagtttattccaagtagcttcactcttgaacacccagtaaagttcaaatgcctaatattaaaacatctccttaaaacatgacaaataccttcagatat 6585150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 33 - 442
Target Start/End: Original strand, 19632429 - 19632835
Alignment:
Q  33 agttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaa 132  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||   |||   |||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||| |||| |||||| | ||    
T  19632429 agttgcaaaagcccacaacaattctttgagatcacaaaaagttgctcatcatcaacctttgtatacgacaagtccaacacctctagcttgggaactagaa 19632528  T
Q  133 agttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgtt 232  Q
    |||| ||||||||||| || ||| |||||||  | | ||||||||||||  | || ||| |||||||   |||||||||||||||| | | ||||||||     
T  19632529 agtttattccaagtaggttaactattgaacatcgagttaagttcaaatgcgttatcttacaacatct---taaaacttgacaaatagcattagatatgta 19632625  T
Q  233 attgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagaga 332  Q
    || ||||  ||||||||||||  | |  |||||||| ||||| ||||| || |||  ||| ||||||||| |||||||| |||||| ||| |||||||||    
T  19632626 atagcaacgattcaaatcaagccgctacaaattgggaaaaaacgaagcgaacattgtaatcttttcatcacttaaccgtaaatttcgacccaaatagaga 19632725  T
Q  333 gactttaactgaggatatacactagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacga 432  Q
    |||||||| ||||| ||||||| |  |||| ||||||| ||||| |  |||| || || ||||||||||| ||||||||||||||| || || |||||||    
T  19632726 gactttaattgagggtatacaccaatattctctacactttcttttcaaatagatgcgttttccattttgatctcactaagtgaaggacaattactaacga 19632825  T
Q  433 gtgaatacaa 442  Q
    | ||| ||||    
T  19632826 gcgaaaacaa 19632835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 30 - 353
Target Start/End: Original strand, 6432148 - 6432471
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||      
T  6432148 aatagttgcagaagcccacaacaattctttaagatcacataaagtgtttcatcatcaacgcttgtatttgacaagttcaacaccttcagcttgggaactt 6432247  T
Q  130 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 229  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||  ||| | ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  6432248 caaagttcattccatgtagcttcacttttatacaataggctaagttcaaatgtttaagtttacaacatctccttaaaacttgacaaataccttcatttat 6432347  T
Q  230 gttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatag 329  Q
       ||  ||   |  |||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| || ||||  ||  ||||||   |||||| | ||||   ||| ||||||    
T  6432348 acgatgacaccaacgcaaatcaagatgttgcaaattggggaaaatggaagcaaacattatgatcctttcattccttaaccatgaattgtgacccaaatag 6432447  T
Q  330 agagactttaactgaggatataca 353  Q
    ||||||||||||||||| ||||||    
T  6432448 agagactttaactgagggtataca 6432471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 48 - 442
Target Start/End: Original strand, 6426516 - 6426910
Alignment:
Q  48 caacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagta 147  Q
    ||||||||||| |||||| |||  |  |||||||||||||   | || | |||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||    
T  6426516 caacaattctttgagatcgcataaaaagtttcatcatcaatgcttgtgtttgacaaattcaacacctccagctcgggaactgcaaagttcattccatgta 6426615  T
Q  148 gcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaa 247  Q
    | |||||  ||||||||   |||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| | |  ||||   |||||    
T  6426616 gtttcacgtttgaacagaaagctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttccttaaaacttcacaaataccttcagatatttcacggcaaaccttcaa 6426715  T
Q  248 atcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgagga 347  Q
    |||||| || |||||||||||||||| ||||||  | ||||  ||  |||||||| |||||| | |||||||||| | |||||||||||| || |||||     
T  6426716 atcaagtagctgtaaattggggaaaatggaagcatacattatgatgatttcatcacttaaccatgaatttctacccagatagagagacttcaattgaggg 6426815  T
Q  348 tatacactagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaa 442  Q
    ||||||| |||||   ||| | | | | |||| || | ||||  ||||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  6426816 tatacaccagaatgttctaaagtatttatcccaattgatgtgccttccattttaatctcactaattgaaggacagtttctaacaagtgaaaacaa 6426910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 30 - 354
Target Start/End: Original strand, 6415953 - 6416277
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||| |    
T  6415953 aatagttgcaaaagcccgctacaattctttgagatcacatagagagttttatcattaacctttgtatttgacaagttcaacacctccaggttgggaacta 6416052  T
Q  130 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 229  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||| ||  |||   |||||||||||||||   ||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||     
T  6416053 caaagtccattccatgtagcttcacttttttacaaaaggctaagttcaaatgcccaatcttacaacatatctttaaaacttgacaaataccttcagataa 6416152  T
Q  230 gttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatag 329  Q
    |  ||| |||  |||||||||||| || || |||||||||||   |||||  || ||||  ||   ||||||  |||||| || |||| | || ||||||    
T  6416153 gagattacaacgattcaaatcaagcagctgcaaattggggaagttggaagaaaacattatgataccttcatcgcttaaccatttattttttcccaaatag 6416252  T
Q  330 agagactttaactgaggatatacac 354  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||    
T  6416253 agagactttaattgagggtatacac 6416277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 39 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 6594709 - 6594519
Alignment:
Q  39 aaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttca 138  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| | |||||| | |||||| |    
T  6594709 aaaagcccacaacaattctttgagatcacacgtagtgtctcatcatcaacctctgtatttgacaagtacaacacctccagtttgggaactaaaaagttta 6594610  T
Q  139 ttccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 229  Q
    ||||| |||||||||||||||||||   || ||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6594609 ttccatgtagcttcactcttgaacacccggataagtacaaatgtgtaatcttataacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 6594519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 30 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 7994294 - 7994074
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    ||||||| |||||| ||  |||||||||| ||||||||||  |||||||| |||| |||| | |||| ||||| |||||||||||| ||||  ||||| |    
T  7994294 aatagttgcaaaagtccagaacaattctttgagatcacatatagtgtttcgtcattaacccttgtatttgacatgttcaacacctctagcttcggaacta 7994195  T
Q  130 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 229  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||  | || ||| ||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  7994194 caaagttcattcctagtagcttcactcttgtacaatcggctatgttcaaatgcctgatcttacaacatttccttaaaacgtaacaaataccttcagatat 7994095  T
Q  230 gttattgcaagtattcaaatc 250  Q
       |||||||| |||||||||    
T  7994094 accattgcaagaattcaaatc 7994074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 29 - 280
Target Start/End: Original strand, 6409992 - 6410243
Alignment:
Q  29 aaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaaca 128  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||  | |||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||     
T  6409992 aaatagttgcaaaagccgacaacaattctttgagatcacataaagagtttcatcatcaacgcttgtatttgactagttcaacaccttcagcttgggaact 6410091  T
Q  129 acaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagata 228  Q
     |||||||||||||| ||||||||||| ||   || | |||||||| |||||| ||||  ||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  6410092 tcaaagttcattccatgtagcttcacttttttgcaataggctaagtccaaatgcttaagcttacaacatttctgtaaaacttgacaaataccttcagata 6410191  T
Q  229 tgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagc 280  Q
    | |  | ||||    |||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||    
T  6410192 tttgctggcaacccgtcaaatcaagtagttgtaaattgggaaaaatggaagc 6410243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 38 - 229
Target Start/End: Original strand, 14820688 - 14820879
Alignment:
Q  38 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 137  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||  |||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | || ||||||  |||||||     
T  14820688 caaaagcccacaacaattcttggagatcatataaagtgtttcattatcaacctttgtatttgataagttcaacacctctaacttgggaactgcaaagtta 14820787  T
Q  138 attccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 229  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||     ||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14820788 attccatgtagtttcactcctgaacaaaattctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttccttaaaccttgacaaataccttcagatat 14820879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 30 - 352
Target Start/End: Original strand, 6423204 - 6423526
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||| |||| |||||| ||| |||||||| |||   |||  | |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||      
T  6423204 aatagttgcaaaatcccacaacaactctttgagatcgcatagagtgttttatcgctaactcttgtatttgacaagttcaacacctccagcttgggaactt 6423303  T
Q  130 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 229  Q
     |||||||||| || |||||||||||  |  ||| | ||||||||||||||||||||  | |  |||| ||| |||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  6423304 aaaagttcattgcacgtagcttcacttgttcacaataggctaagttcaaatgtttaagctcacgacatttccgtaaaacatgacaaataccatcaaatat 6423403  T
Q  230 gttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatag 329  Q
     | || ||||   ||||||||||| |||| |||||| ||||||| |||||| || ||||  ||  |||||||| ||||||   || |   ||| ||||||    
T  6423404 ttgatggcaacccttcaaatcaagtagttttaaattagggaaaatggaagcaaacattatgatgatttcatcacttaaccacgaagtgtaacccaaatag 6423503  T
Q  330 agagactttaactgaggatatac 352  Q
    ||||||||||| ||||| |||||    
T  6423504 agagactttaattgagggtatac 6423526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 73 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 8914054 - 8913897
Alignment:
Q  73 gtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacc-tccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggcta 171  Q
    ||||||||||||||| ||   ||| |||||| ||||||||  |||| || |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||     | |    
T  8914054 gtgtttcatcatcaaactctatatttgacaaattcaacacaatccaacttgggaactacaaagtttattgcaagtagcttcactcttgatcatccaacga 8913955  T
Q  172 agttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 229  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8913954 agttcaaatgtttaatcttacaacatcttcttaaaacttgacaaatacctttagatat 8913897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 38 - 146
Target Start/End: Original strand, 14802331 - 14802439
Alignment:
Q  38 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 137  Q
    |||||| || ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||| || ||||||  |||||||     
T  14802331 caaaagaccacaacaattctttgaaatcacatagagtgtttcatcatcaacctttgtatttgacaaattcaacacttccatcttgggaacttcaaagtta 14802430  T
Q  138 attccaagt 146  Q
     ||||||||    
T  14802431 gttccaagt 14802439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 359 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 6602970 - 6602887
Alignment:
Q  359 attccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaa 442  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||||| ||||    
T  6602970 attctctacattctctttcccaatatctgtgtcttccattttgatctcactaagtgaaggacagtttttaacaagtgaaaacaa 6602887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 33 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 11936384 - 11936194
Alignment:
Q  33 agttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaa 132  Q
    |||| ||||||||| | |||| |||| ||||||  || ||||| || ||| |||||  | |||  |||||||| |||||||||||| | ||||||  |||    
T  11936384 agttgcaaaagcccactacaactctttgagatccaatagagtgatttatcgtcaactcttgtaaatgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaa 11936285  T
Q  133 agttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 223  Q
    |||||| |  | ||||||||| |||||||||| | | ||| ||||||||| |||| ||| ||||| || ||||||| |||  |||||||||    
T  11936284 agttcaatgtacgtagcttcagtcttgaacagcgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacatatcattaaaacatgaacaataccttc 11936194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 33 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 11948364 - 11948174
Alignment:
Q  33 agttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaa 132  Q
    |||| ||||||||| | |||| |||| ||||||  || ||||| || ||| |||||  | |||  |||||||| |||||||||||| | ||||||  |||    
T  11948364 agttgcaaaagcccactacaactctttgagatccaatagagtgatttatcgtcaactcttgtaaatgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaa 11948265  T
Q  133 agttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 223  Q
    |||||| |  | ||||||||| |||||||||| | | ||| ||||||||| |||| ||| ||||| || ||||||| |||  |||||||||    
T  11948264 agttcaatgtacgtagcttcagtcttgaacagcgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacatatcattaaaacatgaacaataccttc 11948174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 38 - 148
Target Start/End: Original strand, 14818377 - 14818487
Alignment:
Q  38 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 137  Q
    |||||||||  |||||||||| ||||||| ||  |||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | || | ||||  |||||||     
T  14818377 caaaagcccagaacaattcttggagatcatataaagtgtttcattatcaacctttgtatttgataagttcaacacctctaacttgagaactgcaaagtta 14818476  T
Q  138 attccaagtag 148  Q
    |||||| ||||    
T  14818477 attccatgtag 14818487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 357 - 442
Target Start/End: Original strand, 14821022 - 14821107
Alignment:
Q  357 gaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaa 442  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||  ||| ||||||||   ||||| |||||||||||| ||||    
T  14821022 gaattccctacattctctttcccaatagccgtgcattccattttgacttcaataagtgaataacagttcctaacgagtgaaaacaa 14821107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 355 - 437
Target Start/End: Original strand, 6410336 - 6410418
Alignment:
Q  355 tagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaa 437  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||  |||   || |||||||| |||| |||||||||| || |||||||||||||||    
T  6410336 tagaatgccctacactctctttcccaatacttgttcttttcattttgatctcattaagtgaaggacaatttctaacgagtgaa 6410418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 6603314 - 6603204
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    |||||||||||||||||   |||| |||| |||||| ||| || |||||||||||||||    ||||||| ||||| ||||||||  |||| |||||  |    
T  6603314 aatagttccaaaagcccaggacaactctttgagatcgcatagactgtttcatcatcaacacctgtatctgccaagtccaacacctgtagcttgggaagta 6603215  T
Q  130 caaagttcatt 140  Q
    |||||||||||    
T  6603214 caaagttcatt 6603204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 93 - 143
Target Start/End: Original strand, 9411405 - 9411455
Alignment:
Q  93 gtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattcca 143  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||    
T  9411405 gtatatgacaagttcaacacctccagcttgggaacctcaaagttcaatcca 9411455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 50 - 140
Target Start/End: Original strand, 28935056 - 28935146
Alignment:
Q  50 acaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcatt 140  Q
    |||| |||| || ||||||  ||||| |||||| |||||  | |||| |||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||    
T  28935056 acaactctttgaaatcacactgagtgcttcatcgtcaactcttgtatgtgacaagttcaacacctcgagttggggaacatcaaacttcatt 28935146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 405 - 442
Target Start/End: Original strand, 6423597 - 6423634
Alignment:
Q  405 tcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaa 442  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  6423597 tcactaagtgaaggacagtttctaacgagtgaaaacaa 6423634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 138; Significance: 6e-72; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 28 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 19468613 - 19468340
Alignment:
Q  28 caaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaac 127  Q
    |||||| ||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  19468613 caaataattccaaaagtccacaacagttctttgagatcacataaagtgtttcatcatcaacctttgtatctgacaacttcaacacctccagcttgggaac 19468514  T
Q  128 aacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagat 227  Q
     |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  19468513 tacaaagttcactccaagtagattcactcttgaacagtgggctaagtttaaatgcctaatattagaacacctccttaaaacttgacaaatgccttccgat 19468414  T
Q  228 atgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatc 301  Q
    ||||  ||||| |  ||||||||||| || || |||||||| |||| |||||| || ||||  || ||||||||    
T  19468413 atgtggttgcatgagttcaaatcaagcagctgcaaattgggaaaaatggaagcaaacattatgatgttttcatc 19468340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 368 - 442
Target Start/End: Original strand, 33160850 - 33160924
Alignment:
Q  368 actctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaa 442  Q
    |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||| |||||| |||| |||||| ||||    
T  33160850 actctctttcccaatagttgtgcattccattttgatgtcactaagtgaaggacagtttgtaacaagtgaaaacaa 33160924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 50 - 171
Target Start/End: Original strand, 43634914 - 43635033
Alignment:
Q  50 acaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagc 149  Q
    ||||||||| ||| ||||||  |||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||   |||| |||||||||||       
T  43634914 acaattctttgaggtcacataaagtgttccatcgtcaacctttgtatatgacaagttcaacgcctctagctgggggactctaaaggtcattccaagt--g 43635011  T
Q  150 ttcactcttgaacagtgggcta 171  Q
    |||||| ||||||||| |||||    
T  43635012 ttcactattgaacagtaggcta 43635033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 368 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 29658709 - 29658635
Alignment:
Q  368 actctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaa 442  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||| ||||||| ||| ||||    
T  29658709 actctcattcccaatagttgtgtattccattttgatgtcactaagtgaaggacaatttataacgagcgaaaacaa 29658635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 368 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 29691224 - 29691150
Alignment:
Q  368 actctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaa 442  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||| ||||||| ||| ||||    
T  29691224 actctcattcccaatagttgtgtattccattttgatgtcactaagtgaaggacaatttataacgagcgaaaacaa 29691150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 368 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 29718736 - 29718662
Alignment:
Q  368 actctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaa 442  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||| ||||||| ||| ||||    
T  29718736 actctcattcccaatagttgtgtattccattttgatgtcactaagtgaaggacaatttataacgagcgaaaacaa 29718662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 170 - 283
Target Start/End: Original strand, 7554546 - 7554662
Alignment:
Q  170 taagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc---agatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattg 266  Q
    ||||||||||||| |||| |||  |||||| |||||||  ||| ||||||||||   |||||||| || |||| | ||||||||||| || | |||||||    
T  7554546 taagttcaaatgtctaatgttatgacatcttcttaaaatgtgaaaaataccttctttagatatgtcatagcaatttttcaaatcaagcagctctaaattg 7554645  T
Q  267 gggaaaaaggaagctaa 283  Q
    || || | |||||||||    
T  7554646 ggaaagatggaagctaa 7554662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 48 - 117
Target Start/End: Original strand, 52082586 - 52082655
Alignment:
Q  48 caacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctcca 117  Q
    |||||| |||| ||||||||||  | ||||||||||||||  || || | ||||||||||||||||||||    
T  52082586 caacaactctttgagatcacatacaatgtttcatcatcaatttttgtctttgacaagttcaacacctcca 52082655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 133; Significance: 5e-69; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 30 - 354
Target Start/End: Original strand, 10614580 - 10614904
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    ||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  10614580 aatagttgcaaaagcccactacagttcttcgagatcacatagagtgttttatcattaaccttcgtatttgacaagttcaacacctccagattgggaacaa 10614679  T
Q  130 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 229  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||  ||| | |||||||||||||||  |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||     
T  10614680 caacgttcattccaagtagcttcacttttttacaataggctaagttcaaatgcctaatcttacaacatatccttaaaacttgacaaataccttcatataa 10614779  T
Q  230 gttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatag 329  Q
    |  |||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||| ||  ||| |||   ||||||  ||||||  | |||| | || ||||||    
T  10614780 gagattgcaacgattcaaatcaagcagttgcaaattggggaaattggaagcaaactttataatgccttcatcgcttaaccactgattttttcccaaatag 10614879  T
Q  330 agagactttaactgaggatatacac 354  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||    
T  10614880 agagactttaattgagggtatacac 10614904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 30 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 15092263 - 15091939
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||| ||||| |||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||||||      
T  15092263 aatagttgcaaaagcccacaacaattctttgagatcgcatagagtgttttatcattaacctttgtttctgacaaattcaacacctccagctcgggaactg 15092164  T
Q  130 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 229  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||    | |||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  15092163 caaagttcattccatgtagtttcacacttaaacatccagttaagttcaaatgtttaagcttataacatttccttaaaacttgagaaataccttgagatat 15092064  T
Q  230 gttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatag 329  Q
    ||||| ||||  |  ||||||||| || | ||| |||||||||| |||||| | ||||   ||  |||||||| ||||||| |||||   | | ||||||    
T  15092063 gttatagcaatgacccaaatcaagtagctctaagttggggaaaatggaagcaagtattctgatgatttcatcacttaaccggtaattgtgagccaaatag 15091964  T
Q  330 agagactttaactgaggatatacac 354  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||    
T  15091963 agagactttaattgagggtatacac 15091939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 132 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 10170140 - 10170020
Alignment:
Q  132 aagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgt 231  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  10170140 aagttcacttcaagtagattcactcttgaacagtgggctaaatttaaatgcctaatattagaacacctccttaaaacttgacaaatgccttccgatatgt 10170041  T
Q  232 tattgcaagtattcaaatcaa 252  Q
     ||||||||  ||||||||||    
T  10170040 gattgcaagagttcaaatcaa 10170020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 132 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 10177665 - 10177545
Alignment:
Q  132 aagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgt 231  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  10177665 aagttcacttcaagtagattcactcttgaacagtgggctaaatttaaatgcctaatattagaacacctccttaaaacttgacaaatgccttccgatatgt 10177566  T
Q  232 tattgcaagtattcaaatcaa 252  Q
     ||||||||  ||||||||||    
T  10177565 gattgcaagagttcaaatcaa 10177545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 135 - 223
Target Start/End: Original strand, 7977670 - 7977758
Alignment:
Q  135 ttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 223  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||||||   ||||| ||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7977670 ttcattccacgtagattcacccttgaacaacaggctaggtttaaatgtctaatgttacaacatctccttaaaacttgaccaataccttc 7977758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 133; Significance: 5e-69; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 30 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 13470844 - 13470520
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  13470844 aatagttgcaaaagcccacaacaattctttgagatcatatagagtgttttatcattaacctttgtatttgacaagttcaacacctccagattgggaacaa 13470745  T
Q  130 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||  ||| | |||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||     
T  13470744 caaagttcattccaagtagcttcacttttttacaataggctaagttcaaatgcctaatcttacaacatatccttaaaacttgacaaataccttttgataa 13470645  T
Q  230 gttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatag 329  Q
    |  |||||||  |||||||||||| || || ||||||||||||  |||||| || ||||  ||   ||||||| |||||| || |||| | || ||||||    
T  13470644 gagattgcaacaattcaaatcaagcagctgcaaattggggaaattggaagcaaacattatgatgccttcatcacttaaccattgattttttcccaaatag 13470545  T
Q  330 agagactttaactgaggatatacac 354  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||    
T  13470544 agagactttaattgagggtatacac 13470520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 30 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 51764552 - 51764228
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||| || |||  ||||||||  |||||||||||||  |||||      
T  51764552 aatagttgcaaaagcccgcaacaattctttgagatcgcatagagtgttttatcatcaacttttgtaaatgacaagtctaacacctccagcttcggaactg 51764453  T
Q  130 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || |||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||    
T  51764452 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacattcggataggttcaaatgcctaatcttagaacatctccttaaaacttcacagacacctttagatat 51764353  T
Q  230 gttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatag 329  Q
    |  |||||||| ||| |||||||| || || ||||||||||||| |||||| || ||||  ||  |||||||| |||||| |  ||||  ||| | ||||    
T  51764352 gcgattgcaagaattaaaatcaagcagctgcaaattggggaaaatggaagcaaacattatgatgctttcatcacttaaccatgtattttcacccagatag 51764253  T
Q  330 agagactttaactgaggatatacac 354  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||    
T  51764252 agagactttaattgagggtatacac 51764228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 33 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 51113890 - 51113643
Alignment:
Q  33 agttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaa 132  Q
    |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||  ||||||||||| | |||| |  |||    
T  51113890 agttgcaaaagcccacaacaactcttcgagatcacatagagtgtttcatcatcaaccattgtatttgacaagtctaacacctccagtttgggagcttcaa 51113791  T
Q  133 agttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgtt 232  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||  ||||| ||||||||  |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |     
T  51113790 agttcattccaagtagcttcagttttgaacagtaagctaatttcaaatgcctaattttacaacatctctttaaaacttgacaaataccttcggatatctc 51113691  T
Q  233 attgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagc 280  Q
    || ||||  | | ||||||||||| || | ||||||||||| ||||||    
T  51113690 atagcaatgagttaaatcaagaagctgcagattggggaaaatggaagc 51113643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 30 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 514840 - 514651
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    ||||||| ||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||| |||||| || ||  | ||||||   ||| |||||||||| || | | ||||      
T  514840 aatagttgcaaaagcccacagcaactcttcgagatcacatgaagtgcttcatcgtcgactcttgtatctattaagctcaacacctcaagtttgagaactc 514741  T
Q  130 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac 219  Q
     || |||||| ||    | |||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  514740 taatgttcataccgtacaacttcactcttgagcagtgggctaagttcaaatgcctaatcttagaccatctctttaaaacttgacagatac 514651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 38 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 51120997 - 51120827
Alignment:
Q  38 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 137  Q
    ||||||||| | |||| |||| ||||| ||||  ||| |||||||||||||  | ||||  |||||||||||||||||||  | | ||||  ||||||||    
T  51120997 caaaagcccacgacaactctttgagattacatatagtttttcatcatcaactcttgtatgcgacaagttcaacacctccaatttgagaacttcaaagttc 51120898  T
Q  138 attccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaac 208  Q
    |||||| | || ||||||||||||||   ||  |||||||| ||| |||| ||| ||||||||| ||||||    
T  51120897 attccatgcagtttcactcttgaacaaccggtgaagttcaagtgtctaatgttacaacatctccataaaac 51120827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 101; Significance: 7e-50; HSPs: 33)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 38 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 53761874 - 53761685
Alignment:
Q  38 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 137  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||||| ||| | ||| ||||||  ||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||    
T  53761874 caaaagcccacgacaattcttcgagatcaca--gagtgttttatcgttaactttcgtaaatgacaagttcaacgcctctagcttgggaactacaaagttc 53761777  T
Q  138 attccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 229  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  53761776 attccaattagcttcactcttgaacactcggctaagttcaaatgcctaatgttacaacatctccttaaaacttgacaaatacctttagatat 53761685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 71 - 268
Target Start/End: Original strand, 1600447 - 1600647
Alignment:
Q  71 gagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggct 170  Q
    ||||| |||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||||||| |   ||||  |||||||||||||  | ||||||| | ||||||| ||||||    
T  1600447 gagtgcttcatcgtcaacccttgtatatgacaagttcaacacctccagtttaagaacttcaaagttcattcctcgcagcttcattattgaacactgggct 1600546  T
Q  171 aagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattgg 267  Q
    |||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||| |  |||||||||| ||||| |||||||    
T  1600547 aagttcaaatgtctaattttagaaaatctccttaaaacttgacaaataccttcttcagatatgttaatgcaactgctcaaatcaagcagttgcaaattgg 1600646  T
Q  268 g 268  Q
    |    
T  1600647 g 1600647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 39 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 55908831 - 55908587
Alignment:
Q  39 aaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttca 138  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||    |||| ||||||||| |||||||| |  |  |||||   |||||| |    
T  55908831 aaaagcccacaacaattctttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagttta 55908732  T
Q  139 ttccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttatt 235  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||  ||| |||||||||||| ||||| ||||||||   |||||||||||||||     
T  55908731 ttctaagtagtttcactcttgaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatg 55908632  T
Q  236 gcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagc 280  Q
    ||| |   |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  55908631 gcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagc 55908587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 38 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 1548528 - 1548292
Alignment:
Q  38 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 137  Q
    ||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||   | |||| ||||||||||||||||||||| | |||||   ||||||||    
T  1548528 caaaagcccacaacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttc 1548429  T
Q  138 attccaa-gtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttca---gatatgtta 233  Q
    | ||||| ||||||||||| || |||   | ||||||||||| ||| |||| ||| |||||||   |||||||| ||||||||||||    ||||||  |    
T  1548428 agtccaaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacatct---taaaacttcacaaataccttcgtctgatatgcca 1548332  T
Q  234 ttgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaa 273  Q
     ||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  1548331 ctgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaa 1548292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 97 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 21834423 - 21834174
Alignment:
Q  97 ctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaaca 196  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||| || | | ||||||||||| |  ||||    | |||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  21834423 ctgacaagtccaacacctccagcttgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaaca 21834324  T
Q  197 tctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttt 296  Q
    | ||||||||||||  ||||||||||| ||||| |   || ||| | |||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| || ||||  ||| ||    
T  21834323 tttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtgtggaagaagtcaaatcaagcagctgtaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctt 21834224  T
Q  297 tcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgagg 346  Q
    |||||| |||||| | |||| |  || ||| ||||||||||||| |||||    
T  21834223 tcatcatttaaccatgaattgcggcccaaaaagagagactttaattgagg 21834174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 35 - 271
Target Start/End: Original strand, 546905 - 547144
Alignment:
Q  35 ttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaag 134  Q
    |||||||||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||  ||  | |||  ||||||||||| ||||||||  |  |||||  |||||    
T  546905 ttccaaaagcccacaacaactctttgagatcacatagagtgtttcatcattgacaattgtacgtgacaagttcaccacctccaatttaggaacttcaaag 547004  T
Q  135 ttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgt 231  Q
    |||||||||| ||| ||||||  | |||| | || ||||||||||||  | || ||| |||||||||||||||| | ||||||||   ||||||||||||    
T  547005 ttcattccaaataggttcactactaaacaattggataagttcaaatgccttatcttacaacatctccttaaaacatcacaaatactgtcttcagatatgt 547104  T
Q  232 tattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaa 271  Q
    ||   |||  | | |||||||| ||||| |||||||||||    
T  547105 tacgacaataacttaaatcaagcagttgcaaattggggaa 547144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 50 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 55505200 - 55505070
Alignment:
Q  50 acaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagc 149  Q
    ||||||||| ||| ||||||  |||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||| ||   |||||||||||||| |||     
T  55505200 acaattctttgaggtcacataaagtgttccatcgtcaacctttgtatatgacaagttcaacacctctagttgggggactctaaagttcattccaattagg 55505101  T
Q  150 ttcactcttgaacagtgggctaagttcaaat 180  Q
    |||||| ||||||||| ||||| ||||||||    
T  55505100 ttcactgttgaacagtaggctaggttcaaat 55505070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 51 - 228
Target Start/End: Original strand, 640923 - 641100
Alignment:
Q  51 caattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagct 150  Q
    |||||||| ||| |||| | |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||     || |   |||| |||||||||||||| |    
T  640923 caattctttgaggtcacgtagagtgtttcatcatcaacgtttgtatctgacaagttcaacacctccaatattggtagttcaaatttcattccaagtaggt 641022  T
Q  151 tcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagata 228  Q
    | ||||    |||   |||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  641023 ttactccatcacaaccggctaagttcaaatgtctaacattacaacatatccttaaaacttgaaaaattccttcagata 641100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 33 - 208
Target Start/End: Original strand, 553469 - 553644
Alignment:
Q  33 agttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaa 132  Q
    |||| |||||||||  ||||| |||| || |||||||  |||| ||||||||||||  | |||  ||||||||||||||||||||| | | ||||   ||    
T  553469 agttgcaaaagcccagaacaactctttgaaatcacattaagtgcttcatcatcaactcttgtaaatgacaagttcaacacctccagtttgagaactttaa 553568  T
Q  133 agttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaac 208  Q
    |||||| |  | ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||||    
T  553569 agttcaatgtacgtaacttcactcttgaacagcgggttaagttcaaatgtctaatgttacaacatgtccttaaaac 553644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 38 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 1552871 - 1552686
Alignment:
Q  38 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 137  Q
    ||||||||| | ||||||||| || ||||||| |||||||||||||| ||  || |||| |||||| |||||||| ||||| | |||||   ||||||||    
T  1552871 caaaagcccacgacaattctttgatatcacattgagtgtttcatcattaatatttgtatgtgacaaattcaacacttccagtttgggaatttcaaagttc 1552772  T
Q  138 attccaagtagcttc---actcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 223  Q
    | |||||||||||||    || |  |||  |||||||||||||||||| |||| ||| |||||   |||||||||| ||||||||||||    
T  1552771 agtccaagtagcttcccttctataaaactatgggctaagttcaaatgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttc 1552686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 50 - 161
Target Start/End: Original strand, 532196 - 532307
Alignment:
Q  50 acaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagc 149  Q
    ||||||||| ||| ||||||  ||  ||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||  |||||||||||||||||||     
T  532196 acaattctttgaggtcacataaagcttttcatcatcaatgtttgtatatgacaagttcaacacctctagcttggggacttcaaagttcattccaagtaga 532295  T
Q  150 ttcactcttgaa 161  Q
    ||||||||||||    
T  532296 ttcactcttgaa 532307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 49 - 223
Target Start/End: Original strand, 659717 - 659889
Alignment:
Q  49 aacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtag 148  Q
    |||||||| | ||||||||||  |||||||||| || |||  | |||| |||||||||||||||||| || | ||||||  |||| || ||| |  ||||    
T  659717 aacaattccttgagatcacat--agtgtttcattattaacacttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggaacttcaaaatttattactcgtag 659814  T
Q  149 cttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 223  Q
    |||| |||||||||||  ||||||||| |||| | |||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  659815 cttccctcttgaacagcaggctaagtttaaatatctaatgttacaacatctccttaaaatttgaccaatatcttc 659889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 93 - 309
Target Start/End: Original strand, 570401 - 570614
Alignment:
Q  93 gtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattag 192  Q
    |||| |||||||||||||||||| || | | ||||  ||||||||| |||| | || |||||| |||| ||||| ||||||||||||||  |||  |||     
T  570401 gtatatgacaagttcaacacctcgagtttgagaacttcaaagttcaatccacgcagtttcacttttgagcagtgagctaagttcaaatgcctaagtttac 570500  T
Q  193 aacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaat 292  Q
    |||||   |||||||||||||||||||  || ||||| | |||||||  | | |||||||| |  || |||||||||||||  ||||| || |||| |||    
T  570501 aacat---cttaaaacttgacaaatactatcggatatctgattgcaataacttaaatcaagtatctgcaaattggggaaaatagaagcaaacattaaaat 570597  T
Q  293 tttttcatcagttaacc 309  Q
     ||||||||| ||||||    
T  570598 gttttcatcacttaacc 570614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 33 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 1524595 - 1524405
Alignment:
Q  33 agttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaa 132  Q
    |||| ||||||||| | |||| |||  ||||||| || ||||||||||||||||||  | |||  |||||| |||||||||||||  | ||||||  |||    
T  1524595 agttgcaaaagcccacgacaactctgtgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacttgtacgtgacaaattcaacacctccaaattgggaacttcaa 1524496  T
Q  133 agttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 223  Q
    ||||||||||| | || |  | | | ||||||| |||||||||||||||  |||  ||| |||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  1524495 agttcattccatgaagttctattttagaacagttggctaagttcaaatgcctaagtttacaacatctccttaaaacctgaagaataccttc 1524405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 30 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 7225995 - 7225809
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    ||||||| |||||| || |||||| |||| || |||||| | |||  ||  ||||||||  | |||| |||||||||||| |||||||  | | ||||      
T  7225995 aatagttgcaaaagtccacaacaactctttgatatcacacgaagtcctttgtcatcaactcttgtatgtgacaagttcaagacctccaattcgagaactt 7225896  T
Q  130 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaa 216  Q
    ||||||||||     ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  7225895 caaagttcatgttgcgtagcttcactcttggacagtaggataagttcaaatgtctaatcttacaacatctccgtaaaacttgacaaa 7225809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 38 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 8187195 - 8186951
Alignment:
Q  38 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 137  Q
    ||||||||| |||||| |||| || ||  |||  ||||||| |||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||| | || ||   ||||||||    
T  8187195 caaaagcccacaacaactctttgaaattgcataaagtgttttatcatcaactcttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttggaaatttcaaagttc 8187096  T
Q  138 attccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttat 234  Q
    |||||    |||   ||||||| ||||| ||||||||||||||   |||| | | |||||||| | ||||||||||||||||   |||||||||||| ||    
T  8187095 attccggagagcccaactcttggacagtaggctaagttcaaatccctaatctcacaacatctcttcaaaacttgacaaataccttcttcagatatgtcat 8186996  T
Q  235 tgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaag 279  Q
     ||||  | |||||||||| |  || ||||||||||| |||||||    
T  8186995 agcaatgactcaaatcaagcaactgcaaattggggaataaggaag 8186951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 71 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 12121528 - 12121316
Alignment:
Q  71 gagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggct 170  Q
    |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| || || | ||||||  ||||||||||||   | ||||||  || | ||||   || |    
T  12121528 gagtgtttcatcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacttctagtttgggaacttcaaagttcattcggcgcagcttccttcctaaacaactggtt 12121429  T
Q  171 aagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattgg 267  Q
    |||||||||||  |||| |  |||||| ||||||| |||||  ||||||   ||||||||||||||| ||||  | |||||||||| | ||| |||||||    
T  12121428 aagttcaaatgcgtaatctcggaacatgtccttaagacttggaaaataccttcttcagatatgttatagcaaaaactcaaatcaagcaattgcaaattgg 12121329  T
Q  268 ggaaaaaggaagc 280  Q
    |||||| ||||||    
T  12121328 ggaaaacggaagc 12121316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 222
Target Start/End: Original strand, 558488 - 558677
Alignment:
Q  33 agttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaa 132  Q
    |||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||  |  ||   |||||||||||||||| | || | || |||  |||    
T  558488 agttccaaaagcccacgacaactctttgagatcacatggagtgcttcatcatcaatatatgttaatgacaagttcaacacccctaggttggcaacttcaa 558587  T
Q  133 agttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatacctt 222  Q
    |||||  |||| |||  || | || | ||||||  | || | |||||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  558588 agttcgctccaggtatattgattcctaaacagtcagttagggtcaaatgtctaatgttagaacatgtccttaaaacatgacaaatacctt 558677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 33 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 3438674 - 3438496
Alignment:
Q  33 agttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaa 132  Q
    |||| ||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||  | |||| ||||||| |||| |||||||  |  | |||| |||    
T  3438674 agttgcaaaagcccacaacaactctttgagattacatggagtattt-atcatcaactcttgtatgtgacaagctcaatacctccaattttgaaacatcaa 3438576  T
Q  133 agttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttga 212  Q
    |||||||| ||   |  ||||||| | ||||    ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  3438575 agttcattgcacacaaattcactcctaaacaaccagctaagttcaaatgtctaatcttacaacatctccttaaaacttga 3438496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 134 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 12120150 - 12120061
Alignment:
Q  134 gttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 223  Q
    |||||||  |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||  || | || |||||||||||| |||||||||    
T  12120150 gttcattataagttgcttcagtcttgaacagtgggcaaagttcaaatgtctaatcttactacttttctttaaaacttgaccaataccttc 12120061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 98 - 272
Target Start/End: Original strand, 644885 - 645062
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacat 197  Q
    ||||||||  ||||||||||| | ||||||  ||||||||| |  ||||||||||| |||||||||| | | ||| ||||||||| |||| ||| |||||    
T  644885 tgacaagtctaacacctccagtttgggaacttcaaagttcaatgtaagtagcttcagtcttgaacagcgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacat 644984  T
Q  198 ctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaa 272  Q
     || ||||||| |||   ||||   ||||||||| ||  ||||||    ||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  644985 atcattaaaacatgaaccataccttcttcagatacgtctttgcaatggctcaaatcaagaagctgtaaatttgggaaa 645062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 219
Target Start/End: Original strand, 371026 - 371096
Alignment:
Q  149 cttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac 219  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||  |||||||| |||| ||||    
T  371026 cttcactcttgagcagtgggctaagttcaaatgcctaatcttagaccatctatttaaaactcgacagatac 371096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 1519224 - 1519051
Alignment:
Q  60 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 159  Q
    |||||||||| ||||| ||  ||||||||| | |||| |||||||||||||||||| || | ||||||  ||||||||||| || | |||| | |||||     
T  1519224 gagatcacatagagtgcttattcatcaacccttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggaacttcaaagttcatt-catgcagctcctctctta 1519126  T
Q  160 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttat 234  Q
    |  |    ||| ||||||||||  ||||  |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  1519125 attaaaatgctcagttcaaatgcctaatccttcaacatcttcttaaaacttgacaaataccttcaagtatgttat 1519051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 33 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 1513516 - 1513407
Alignment:
Q  33 agttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaa 132  Q
    |||| ||||||||| | ||||  ||| ||||| || | |||||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||| || || | ||||||  |||    
T  1513516 agttgcaaaagcccacgacaacactttgagattacgtagagtgtttcatcatcaacatttgtaaatgacaagttcaacacttctagtttgggaacttcaa 1513417  T
Q  133 agttcattcc 142  Q
    ||||||||||    
T  1513416 agttcattcc 1513407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 38 - 187
Target Start/End: Original strand, 7307855 - 7308004
Alignment:
Q  38 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 137  Q
    ||||||||  |||||| |||| ||||||| | | |||| |||||||||||| |  |||| |||||||||||| |||||||  | ||||||   |||||||    
T  7307855 caaaagcctacaacaactctttgagatcatacgtagtgcttcatcatcaacttctgtatatgacaagttcaatacctccaatttgggaactttaaagttc 7307954  T
Q  138 attccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaat 187  Q
    |||    ||| | ||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  7307955 attttgggtaccatcactattggatagtgggttaagttcaaatgtttaat 7308004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 33 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 8184139 - 8184031
Alignment:
Q  33 agttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaa 132  Q
    |||||||||||||| |||||| |||| |||||  ||| ||||| |  |||||||||  | |||| |||||||||||||||||| || |  |||||  |||    
T  8184139 agttccaaaagcccacaacaactctttgagattgcatagagtgctatatcatcaactcttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttcggaacttcaa 8184040  T
Q  133 agttcattc 141  Q
    |||||||||    
T  8184039 agttcattc 8184031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 374 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 10634184 - 10634128
Alignment:
Q  374 tttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaac 430  Q
    |||||| ||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  10634184 tttcccaatagacgtgcattccattttgatctcactaagtgaaggacagtttctaac 10634128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 138 - 212
Target Start/End: Original strand, 6006422 - 6006497
Alignment:
Q  138 attccaagtagcttcactcttgaacagtgggct-aagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttga 212  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||| |||| |||  |||| ||||||||||||||    
T  6006422 attctaagtagcttcagtcttgaacagttggtttaagttcaaatgtctaatcttactacatttccttaaaacttga 6006497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 169 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 1533963 - 1533909
Alignment:
Q  169 ctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 223  Q
    |||||||||||||| | || ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  1533963 ctaagttcaaatgtgtcatcttacaacatctccttaaaacatgactaataccttc 1533909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 12116646 - 12116505
Alignment:
Q  71 gagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggct 170  Q
    ||||| ||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||| |  |  |||||| |||||||||||| | | || || | | ||||||||| ||||    
T  12116646 gagtgattcatcatcaacacttgtatgtgacaagttcaacacctctaaatttggaacatcaaagttcattctacgcagttttatttttgaacagtaggct 12116547  T
Q  171 aagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttga 212  Q
    |||||  ||||  | |  ||| ||||||||||||||| ||||    
T  12116546 aagttttaatgccttagtttacaacatctccttaaaatttga 12116505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 170 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 1489333 - 1489227
Alignment:
Q  170 taagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc---agatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattg 266  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||||| || ||||||| ||  ||||||||||   ||||||||||| ||||  | |||||| ||| | ||| ||||||    
T  1489333 taagttcaaatgcctaatatcagaacatgtctttaaaacatggaaaataccttcttcagatatgttatagcaataagtcaaattaagcaattgcaaattg 1489234  T
Q  267 gggaaaa 273  Q
    |||||||    
T  1489233 gggaaaa 1489227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 72 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 1508073 - 1508033
Alignment:
Q  72 agtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacac 112  Q
    ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||    
T  1508073 agtgtttcatcatcaacattggtatgtgacaagttcaacac 1508033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 99 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 1528246 - 1528122
Alignment:
Q  99 gacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatc 198  Q
    ||||||||||||||| |||||  || |||   || |||||||  |||| |||||| |||||||||||||  | ||||||||||  |||| |||  || |     
T  1528246 gacaagttcaacaccaccagcgtggaaactttaaggttcattataagttgcttcagtcttgaacagtggaatcagttcaaatgcctaatcttactacttt 1528147  T
Q  199 tccttaaaacttgacaaataccttc 223  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||    
T  1528146 tccttaaaacttgaccaattccttc 1528122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 83; Significance: 4e-39; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 39 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 1037767 - 1037523
Alignment:
Q  39 aaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttca 138  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||    |||| ||||||||| |||||||| |  |  |||||   |||||| |    
T  1037767 aaaagcccacaacaattctttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagttta 1037668  T
Q  139 ttccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttatt 235  Q
    ||| |||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||     
T  1037667 ttctaagtagtttcactcttgaatagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttaaaacttcacaaataccttcttcagatatgttatg 1037568  T
Q  236 gcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagc 280  Q
    ||| |   |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  1037567 gcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagc 1037523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 30 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 45245197 - 45245004
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    ||||||| ||||||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||| || |  |||||      
T  45245197 aatagttgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccattgtctctgacaaattcaacacctcaagttttggaactt 45245098  T
Q  130 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 223  Q
    ||||||| |||||| |||  | || ||||||||||    ||||||| |||||  |||| ||| |||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  45245097 caaagtttattccacgtaattccagtcttgaacagcaaactaagtttaaatgcctaatgttacaacatctccttaaaacatgacacattccttc 45245004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 60 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 32785854 - 32785647
Alignment:
Q  60 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 159  Q
    ||||||||||  |||| |||||||||||   | |||| |||||||||||||||||| || | |||| |   ||||||||||| | |  |||  | |||||    
T  32785854 gagatcacataaagtgcttcatcatcaattcttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggagctttaaagttcattcgacggtgctcgattcttg 32785755  T
Q  160 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaag 256  Q
    || ||||| | || ||||||||| |||| |||||||||   ||||||| |||||||||||   ||||||||||||||| ||||    |||||||||| ||    
T  32785754 aaaagtggtccaaattcaaatgtctaatcttagaacat---cttaaaaattgacaaataccttcttcagatatgttatagcaatagctcaaatcaagtag 32785658  T
Q  257 ttgtaaattgg 267  Q
    ||| |||||||    
T  32785657 ttgcaaattgg 32785647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 76; Significance: 5e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 42 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 724 - 495
Alignment:
Q  42 agcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattc 141  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||  | |||| ||||||||| |||||||| |  |  |||||   |||||| ||||    
T  724 agcccacaacaattcttcgagatcatatagagtgtttcatcatcgacacttgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattc 625  T
Q  142 caagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgca 238  Q
     |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||   ||| |||||||||||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||| |||    
T  624 taagtagtttcactcttgaacagtaggctaaattcaaatgtctagccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggca 525  T
Q  239 agtattcaaatcaagaagttgtaaattggg 268  Q
     |   |||||||||||| ||||||||||||    
T  524 ggagctcaaatcaagaaattgtaaattggg 495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 76; Significance: 5e-35; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 38 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 20478186 - 20477764
Alignment:
Q  38 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 137  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||||||||   | |||||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||     
T  20478186 caaaagcccacaacaattccttgagatcacagataatgtttcgtcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacctccagctggggaattacaacgttt 20478087  T
Q  138 attccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgc 237  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||    ||||||||||||||  | |  ||| |||||||| |||| | |||||||||| ||||||||||   |||||    
T  20478086 attccaagtagcttcgctcttcgacatccagctaagttcaaatgccttaacttacaacatctcgttaagaattgacaaatatcttcagatatacgattgc 20477987  T
Q  238 aagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactt 337  Q
    |   |   ||||||||| |||| ||||||||||| |  ||||| |||||||  ||| |||||||| |||||| |  |||   ||| || |||||||||||    
T  20477986 accaaggaaaatcaagatgttgcaaattggggaacatagaagcaaatattattattatttcatcacttaaccatggattatgacccaagtagagagactt 20477887  T
Q  338 taactgaggatatacacta------------------gaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaaggg 419  Q
     ||  |||||||||||| |                  |||  |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||     
T  20477886 caatcgaggatatacaccaaactgctccaaagaatccgaagacccttcactctctttcccgatagatgtgtattccattttgatctcacaaagtgaagga 20477787  T
Q  420 cagtttctaacgagtgaatacaa 442  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  20477786 cagtttctaactagtgaatacaa 20477764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 40 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 41889656 - 41889472
Alignment:
Q  40 aaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcat 139  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||  ||  ||||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||  | ||||||   |||||||||    
T  41889656 aaagcccgcaacaactctttgagatcttataaagtgtttcatcatcaacttttgtatatgataagttcaacacctccaatttgggaactttaaagttcat 41889557  T
Q  140 tccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttca 224  Q
    | |||||||||||||| |||||||   || ||||||||||| | |||| ||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||    
T  41889556 ttcaagtagcttcactattgaacatccggataagttcaaatatctaatgttacaacatatccttaaaacttgagtaataccttca 41889472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 38 - 212
Target Start/End: Original strand, 32267470 - 32267641
Alignment:
Q  38 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 137  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||||||| ||  |||| ||||||||||||  | || | |||||||||||| |||||||  | ||||||  ||||||||    
T  32267470 caaaagcccacaacaactctttgagatcatataaagtgcttcatcatcaactattgtttgtgacaagttcaatacctccaatttgggaacttcaaagttc 32267569  T
Q  138 attccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttga 212  Q
    ||| |   ||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||| ||||    
T  32267570 atttc---tagtttcactgttgaacactgggataagttcaaatgtctaatgttacaacatatccttaaaaattga 32267641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 38 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 41901639 - 41901457
Alignment:
Q  38 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 137  Q
    |||||| || |||||| |||| ||||||| ||  |||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||      
T  41901639 caaaagtccacaacaactctttgagatcatataaagtgcttcatcatcaacttttgtatatgacaagttcaacacctccagtttgggaacttcaaagtct 41901540  T
Q  138 attccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 223  Q
    ||| |   |||  ||||| | ||||| | || ||||||||||||| |||| ||| ||||  ||||||||||||||  |||||||||    
T  41901539 atttc---tagtctcactatggaacacttggataagttcaaatgtctaatgttacaacacatccttaaaacttgaacaataccttc 41901457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 129 - 231
Target Start/End: Original strand, 28525097 - 28525199
Alignment:
Q  129 acaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagata 228  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||| |  ||| |||||||   | || ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  28525097 acaaagttgattccaagtggcttcattattgaacagttgcttaatttcaaatccctcatcttacaacatctccttaaaacttgacaaatacatttagata 28525196  T
Q  229 tgt 231  Q
    |||    
T  28525197 tgt 28525199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 355 - 424
Target Start/End: Original strand, 32267805 - 32267874
Alignment:
Q  355 tagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtt 424  Q
    ||||| || ||| ||||| |||||| |||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32267805 tagaactctctagactctttttcccaatacatgtgtgttccattttgatctcactaagtgaagggcagtt 32267874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 32 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 1577 - 1388
Alignment:
Q  32 tagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatca---accttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaaca 128  Q
    ||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||   || || |||| |||||||| ||||||||| ||||  |||||     
T  1577 tagttccaaaatccctgaacaattctttgagatcacatagagtgtttcatcatcatcaacatttgtatttgacaagtccaacacctctagcttaggaact 1478  T
Q  129 acaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaata 218  Q
    |||||||||||| ||| ||| | |||   ||||||   |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1477 acaaagttcatttcaaataggtccacagatgaacaccaggctaagttcaaatgtctaatcttataacatctccttaaaacttgacaaata 1388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 33 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 18315382 - 18315192
Alignment:
Q  33 agttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaa 132  Q
    |||| ||||||||  | |||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||   ||    
T  18315382 agttgcaaaagcctacgacaactctttgagatcacatagagtgcttcatcatcaacttttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaactttaa 18315283  T
Q  133 agttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 223  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||    | ||||||||||| ||| |||| | |||||| || | |||||||||||||||||||||    
T  18315282 agttcattccacgtagcttcattcttgaatcacgagctaagttcaactgtctaatctcagaacaacttcgtaaaacttgacaaataccttc 18315192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 98 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 17636445 - 17636317
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaa----gtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattaga 193  Q
    ||||||||||||||||||||  | ||||||  |||||||||||| |     |||| ||||||||||||||  || |||||||||||||  ||||||||||    
T  17636445 tgacaagttcaacacctccaatttgggaacttcaaagttcattcgatcgatgtagtttcactcttgaacatcggcctaagttcaaatgcctaatattaga 17636346  T
Q  194 acatctccttaaaacttgacaaatacctt 222  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17636345 acatccccttaaaacttgacaaatacctt 17636317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 38 - 212
Target Start/End: Original strand, 27922503 - 27922674
Alignment:
Q  38 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 137  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||||||| ||  |||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||  | ||||||  ||||||||    
T  27922503 caaaagcccacaacaactctttgagatcatataaagtgcttcatcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacctccaatttgggaacttcaaagttc 27922602  T
Q  138 attccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttga 212  Q
    ||| |   ||| |||||  ||||||| | || ||||||||||||| |||| ||| | ||| ||| ||||||||||    
T  27922603 atttc---tagtttcaccattgaacacttggataagttcaaatgtctaatgttacagcatatccctaaaacttga 27922674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 33 - 280
Target Start/End: Original strand, 32151291 - 32151538
Alignment:
Q  33 agttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaa 132  Q
    |||| ||||||||| | |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| | | |||  ||||||||| ||||||||||| | || |||  | |    
T  32151291 agttgcaaaagcccactacaactctttgagatcacatagagtgtttcatcatcaaaccttgtacatgacaagtttaacacctccagattggaaacttcga 32151390  T
Q  133 agttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatat 229  Q
    ||||||||||| | ||||||||   | |||||  ||  || ||||||||  |||| | ||| |||   ||||||||||||||||| |   ||||||||||    
T  32151391 agttcattccacgcagcttcacatgtaaacagccggtgaaattcaaatgcctaatctcagagcat---cttaaaacttgacaaattccttcttcagatat 32151487  T
Q  230 gttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagc 280  Q
    ||||| ||||    |||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  32151488 gttatggcaacacctcaaatcaagcagttgcaaattagggaaaatggaagc 32151538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 34936275 - 34936083
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaa 129  Q
    ||||||| ||||||||| | |||| |||| | |||  ||| |||||||| |||||||||  | |||| |||||||| ||||||||| || |  ||||||     
T  34936275 aatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaagtccaacacctctagttttggaacat 34936176  T
Q  130 caaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatacctt 222  Q
    ||||| ||||||   | || |||||| ||||||| | ||| |||| ||||||| |||| | | |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  34936175 caaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaatacctt 34936083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 17628126 - 17628039
Alignment:
Q  30 aatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctcca 117  Q
    ||||||| ||| |||||  |||||||||| ||||||||| |||||| || |||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||    
T  17628126 aatagtttcaagagcccaaaacaattctttgagatcacacggagtgctttatcatcaactctagtatgtgacaagttcaacacctcca 17628039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 181
Target Start/End: Original strand, 21235608 - 21235696
Alignment:
Q  93 gtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatg 181  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||| ||||   || |||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  21235608 gtatatgacaagttcaacacctccagtttgggaacttcaaagttcactccacacagtttcacttttgagcagtgagctaagttcaaatg 21235696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 98 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 28246339 - 28246214
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacat 197  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||||||  ||||||||| |  | ||||||||| |||||||||  | | ||| ||||||||| |||| ||| |||||    
T  28246339 tgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaaagttcaatgtatgtagcttcagtcttgaacaacgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacat 28246240  T
Q  198 ctccttaaaacttgacaaataccttc 223  Q
     || ||||||| |||  |||||||||    
T  28246239 atcattaaaacatgaacaataccttc 28246214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 147 - 223
Target Start/End: Original strand, 44736581 - 44736657
Alignment:
Q  147 agcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 223  Q
    ||||||| ||||||||||| |  |||||| |||||| | || ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  44736581 agcttcattcttgaacagttgtttaagttaaaatgtgttatgttagaacatgtccttaaaacatgagaaataccttc 44736657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 355 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 17627825 - 17627738
Alignment:
Q  355 tagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaa 442  Q
    ||||||||  || |||||||| ||| |||| |||| |||||||||| | |||| |||||||||| || || |||||||||||| ||||    
T  17627825 tagaattctttagactctcttccccaatagatgtgcattccatttttatctcattaagtgaaggacatttactaacgagtgaaaacaa 17627738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 38 - 115
Target Start/End: Original strand, 39179 - 39256
Alignment:
Q  38 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctc 115  Q
    ||||||||| | |||| |||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||  || |||||||||||||||    
T  39179 caaaagcccactacaactctttgagatcacataaagtgtttcatcattaacctttgtaaatgtcaagttcaacacctc 39256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University