View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2302_high_3 (Length: 204)

Name: NF2302_high_3
Description: NF2302
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2302_high_3
NF2302_high_3
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (19-188)||(44548016-44548185)
chr8 (19-187)||(44547572-44547740)
chr8 (19-187)||(44547776-44547944)
chr8 (49-166)||(44547560-44547677)
chr8 (49-140)||(44547722-44547813)
chr8 (49-130)||(44547926-44548007)
chr8 (19-185)||(44547416-44547576)
chr8 (19-166)||(44547734-44547881)
chr8 (49-166)||(44548004-44548121)
chr8 (50-126)||(44547405-44547481)
chr8 (92-187)||(44547405-44547500)
chr8 (19-187)||(44547860-44548022)
chr8 (19-154)||(44547938-44548067)
chr8 (19-130)||(44548100-44548205)
chr8 (49-108)||(44548202-44548261)
chr8 (91-140)||(44548202-44548251)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 154; Significance: 7e-82; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 19 - 188
Target Start/End: Original strand, 44548016 - 44548185
Alignment:
Q  19 gaagggtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaagggtggttgctgctccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctgg 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44548016 gaagggtggtggcttctccacatgctcaacctcaagagctgggaagggtggttgctactccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctgg 44548115  T
Q  119 tcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaggaagggta 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44548116 tcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggtgactggttctcagactcaaaagctaggaagggta 44548185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 44547572 - 44547740
Alignment:
Q  19 gaagggtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaagggtggttgctgctccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctgg 118  Q
    ||||| |||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  44547572 gaaggatggttgctgctccacaggatcaacctcaaaagctaggaagggtgatggctgctccacatgctcagcctcaaaagctaggaagggtggtggcggg 44547671  T
Q  119 tcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaggaagggt 187  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  44547672 tcctcaagctcaacctcaagagctaggaatggtggtggctggtcctcagactcaagagctaggaagggt 44547740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 44547776 - 44547944
Alignment:
Q  19 gaagggtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaagggtggttgctgctccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctgg 118  Q
    |||||||||| |||  ||| || |||||  |||||||||||| ||| ||||| | ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44547776 gaagggtggttgctagtcctcaagctcaggctcaagagctagaaagagtggtggttgctccacatgctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctgg 44547875  T
Q  119 tcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaggaagggt 187  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44547876 tcctcaagctcagcctcaagagctaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaagaagggt 44547944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 166
Target Start/End: Original strand, 44547560 - 44547677
Alignment:
Q  49 ctcaagagctaggaagggtggttgctgctccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagttaggaat 148  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || |||||||||||| || ||||||     
T  44547560 ctcaagagctaggaaggatggttgctgctccacaggatcaacctcaaaagctaggaagggtgatggctgctccacatgctcagcctcaaaagctaggaag 44547659  T
Q  149 ggtggtggctggttctca 166  Q
    ||||||||| ||| ||||    
T  44547660 ggtggtggcgggtcctca 44547677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 49 - 140
Target Start/End: Original strand, 44547722 - 44547813
Alignment:
Q  49 ctcaagagctaggaagggtggttgctgctccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagag 140  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  44547722 ctcaagagctaggaagggtggttgttgctccacagactcaacctcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaagctcaggctcaagag 44547813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 49 - 130
Target Start/End: Original strand, 44547926 - 44548007
Alignment:
Q  49 ctcaagagctaggaagggtggttgctgctccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctca 130  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44547926 ctcaaaagctaagaagggtggttgctgctccacagacccaacctcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctca 44548007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 19 - 185
Target Start/End: Original strand, 44547416 - 44547576
Alignment:
Q  19 gaagggtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaagggtggttgctgctccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctgg 118  Q
    ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||      ||||  |||| |||||||||||||||||  ||     
T  44547416 gaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctagaaagggtggtagctggtcc------tcaagatcaagagctaggaagggtggtgattgc 44547509  T
Q  119 tcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaggaagg 185  Q
    |||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||    
T  44547510 tcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtagctggtcctcatgctcaagagctaggaagg 44547576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 19 - 166
Target Start/End: Original strand, 44547734 - 44547881
Alignment:
Q  19 gaagggtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaagggtggttgctgctccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctgg 118  Q
    |||||||||| | |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| || |||||  ||||| |||||| ||| ||||||| ||     
T  44547734 gaagggtggttgttgctccacagactcaacctcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaagctcaggctcaagagctagaaagagtggtggttgc 44547833  T
Q  119 tcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggtggctggttctca 166  Q
    ||| || ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  44547834 tccacatgctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctca 44547881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 49 - 166
Target Start/End: Original strand, 44548004 - 44548121
Alignment:
Q  49 ctcaagagctaggaagggtggttgctgctccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagttaggaat 148  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||  ||| || ||||| |||||| || ||||||     
T  44548004 ctcaagagataggaagggtggtggcttctccacatgctcaacctcaagagctgggaagggtggttgctactccacaggctcaacctcaaaagctaggaag 44548103  T
Q  149 ggtggtggctggttctca 166  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  44548104 ggtggtggctggtcctca 44548121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 50 - 126
Target Start/End: Original strand, 44547405 - 44547481
Alignment:
Q  50 tcaagagctaggaagggtggttgctgctccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaag 126  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  44547405 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaag 44547481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 92 - 187
Target Start/End: Original strand, 44547405 - 44547500
Alignment:
Q  92 tcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaggaagggt 187  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| || |||||| |||||| ||||   |||| |||||||||||||    
T  44547405 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggt 44547500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 44547860 - 44548022
Alignment:
Q  19 gaagggtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaagggtggttgctgctccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctgg 118  Q
    ||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||||| |||||| |||| | | ||| ||||      ||||||| |||||||||| ||||     
T  44547860 gaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagctaggaatggtggtggctggttctcagactca------aaagctaagaagggtggttgctgc 44547953  T
Q  119 tcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaggaagggt 187  Q
    ||| ||  | || |||||| || |||||| ||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||    
T  44547954 tccacagacccaacctcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaagagataggaagggt 44548022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 154
Target Start/End: Original strand, 44547938 - 44548067
Alignment:
Q  19 gaagggtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaagggtggttgctgctccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctgg 118  Q
    |||||||||| |||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| ||||      ||||| || |||||||||||||||||      
T  44547938 gaagggtggttgctgctccacagacccaacctcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcagg------ctcaagagataggaagggtggtggcttc 44548031  T
Q  119 tcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggt 154  Q
    ||| || ||||| ||||||||| | |||| ||||||    
T  44548032 tccacatgctcaacctcaagagctgggaagggtggt 44548067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 130
Target Start/End: Original strand, 44548100 - 44548205
Alignment:
Q  19 gaagggtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaagggtggttgctgctccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctgg 118  Q
    ||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||| |||||| ||||||  ||| | | ||| ||||      ||||||||||||||| ||||||||    
T  44548100 gaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggtgactggttctcagactca------aaagctaggaagggtagtggctgg 44548193  T
Q  119 tcctcaagctca 130  Q
    |||||| |||||    
T  44548194 tcctcaggctca 44548205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 49 - 108
Target Start/End: Original strand, 44548202 - 44548261
Alignment:
Q  49 ctcaagagctaggaagggtggttgctgctccacaggctcaacctcaaaagctaggaaggg 108  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||  |||| |||||| |||| |||||||    
T  44548202 ctcaagagctaggaaggatggtggctgctccacaaactcagcctcaagagcttggaaggg 44548261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 91 - 140
Target Start/End: Original strand, 44548202 - 44548251
Alignment:
Q  91 ctcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagag 140  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  44548202 ctcaagagctaggaaggatggtggctgctccacaaactcagcctcaagag 44548251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University