View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2312_high_47 (Length: 311)

Name: NF2312_high_47
Description: NF2312
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2312_high_47
NF2312_high_47
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-295)||(11820749-11821043)
chr7 (15-248)||(11815766-11815999)
chr7 (20-244)||(11811174-11811398)
chr7 (20-248)||(11812764-11812990)
chr7 (10-220)||(11808186-11808394)
chr7 (55-248)||(11814654-11814846)
chr7 (87-262)||(11817102-11817277)
chr7 (13-248)||(11809533-11809750)
chr7 (55-140)||(11813808-11813893)
chr7 (11-140)||(11816390-11816519)
chr7 (55-140)||(11814928-11815013)
chr7 (14-140)||(11819926-11820052)
chr7 (65-145)||(11810329-11810409)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (16-201)||(44249140-44249319)
chr8 (13-117)||(44252828-44252932)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 11821043 - 11820749
Alignment:
Q  1 aattataagaaaaaattggatggtggagatgggcatcggacctccttcgatgggaacttcacgtaagaggatctaagtacgtgttgcaacactttcttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11821043 aattataagaaaaaattggatggtggagatgggcatcggacctccttcgatgggaacttcacggaagaggatctaagtacgtgttacaacactttcttct 11820944  T
Q  101 ctaataaaatcaattttagtcatactatgataacacatatgtcaaaaactttgatgtcacgtctacaactaaacattaggggacacaacatcaaatcaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11820943 ctaataaaatcaattttagtcatactatggtaacacatatgtcaaaaactttgatgtcacgtctacaactaaacattaggggacacaacatcaaatcaat 11820844  T
Q  201 ttctgccatattatggttacctatgaagtacaaagtctgacatggacatctgccacgacactgacacatacatgttgactccgctactgtaaaaa 295  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  11820843 tgctgccatattatggttacctatgaagtacaaagtctgacatggacatctgccacgacactgacgcagacatgttgactccgctactgtaaaaa 11820749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 11815999 - 11815766
Alignment:
Q  15 attggatggtggagatgggcatcggacctccttcgatgggaacttcacgtaagaggatctaagtacgtgttgcaacactttcttctctaataaaatcaat 114  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||||||    ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||    
T  11815999 attgaatggtgcagatgggcgtcggacctcctctagtggaaacttcacgaaagaggatccaagtacgtgttacaacactttcttctcttatcaaatcaat 11815900  T
Q  115 tttagtcatactatgataacacatatgtcaaaaactttgatgtcacgtctacaactaaacattaggggacacaacatcaaatcaatttctgccatattat 214  Q
    |||||  | | |||| || | ||||||||| |||||||||||| |||||||||  ||||||||||| || || |||||||||| ||| | ||||| ||||    
T  11815899 tttagctacaatatggtatcgcatatgtcagaaactttgatgttacgtctacatgtaaacattaggtgatacgacatcaaatctattgcggccatgttat 11815800  T
Q  215 ggttacctatgaagtacaaagtctgacatggaca 248  Q
    |||||| |||||||||| || ||||| |||||||    
T  11815799 ggttacatatgaagtacgaactctgatatggaca 11815766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 11811398 - 11811174
Alignment:
Q  20 atggtggagatgggcatcggacctccttcgatgggaacttcacgtaagaggatctaagtacgtgttgcaacactttcttctctaataaaatcaattttag 119  Q
    |||||| |||||| | || ||||||||  ||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||| | || |||||||||||||    
T  11811398 atggtgcagatggacgtcagacctcctctgatggaaacttcacgaaagagaatccaagtacgtgttataacactttcttcttttatcaaatcaattttag 11811299  T
Q  120 tcatactatgataacacatatgtcaaaaactttgatgtcacgtctacaactaaacattaggggacacaacatcaaatcaatttctgccatattatggtta 219  Q
    ||| | |||| |||||||||||||| |||||||||||| | || ||||  |||||||||||||| ||||||| |||||||||   |||||||||||||||    
T  11811298 tcacaatatggtaacacatatgtcagaaactttgatgtaatgtttacatgtaaacattaggggatacaacattaaatcaattgtggccatattatggtta 11811199  T
Q  220 cctatgaagtacaaagtctgacatg 244  Q
    ||||||| ||||  | |||||||||    
T  11811198 cctatgatgtacggactctgacatg 11811174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 11812990 - 11812764
Alignment:
Q  20 atggtggagatgggcatcggacctccttcgatgggaacttcacgtaagaggatctaagtacgtgttgcaacactttcttctctaataaaatcaattttag 119  Q
    |||||| |||||||| || |||||||| | |||| ||||||||| || |||||| ||||||| |||   | |||||||||||| || |||||||||||||    
T  11812990 atggtgcagatgggcctcagacctcctccaatggaaacttcacgaaacaggatccaagtacgagttagtatactttcttctcttatcaaatcaattttag 11812891  T
Q  120 tcatactatgataacacatatgtcaaaaactttgatgtcacgtctacaactaaacattaggggacacaacatcaaatcaatttctgccatattatggtta 219  Q
    ||| | |||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||    
T  11812890 tcacaatatggtaacacatatggcaaaaactttgatttcacgtctacatgtaaa-attaggggatacaacatcaaaacaattgcggccatgttatggtta 11812792  T
Q  220 cctatgaagtacaaagtctgacatggaca 248  Q
     ||||||||||| || |||||||| ||||    
T  11812791 -ctatgaagtacgaactctgacatagaca 11812764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 10 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 11808394 - 11808186
Alignment:
Q  10 aaaaaattggatggtggagatgggcatcggacctccttcgatgggaacttcacgtaagaggatctaagtacgtgttgcaacactttcttctctaataaaa 109  Q
    ||||||||| ||||| |||||| ||||| |||| ||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| || |||    
T  11808394 aaaaaattgaatggtagagatgagcatcagaccaccttcgacggaaacttcacgaaagaggatccaagtacgtgttacaacactttcttctcttatcaaa 11808295  T
Q  110 tcaattttagtcatactatgataacacatatgtcaaaaactttgatgtcacgtctacaactaaacattaggggacacaacatcaaatcaatttctgccat 209  Q
    | ||||||||||| |||||| ||||||  || | |||||||||||| | |||| ||||| ||||||||| ||||  ||||||| ||| ||||||  ||||    
T  11808294 ttaattttagtcacactatggtaacac--attttaaaaactttgatattacgtgtacaagtaaacattaagggatgcaacatccaataaatttccaccat 11808197  T
Q  210 attatggttac 220  Q
     ||||||||||    
T  11808196 gttatggttac 11808186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 55 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 11814846 - 11814654
Alignment:
Q  55 aacttcacgtaagaggatctaagtacgtgttgcaacactttcttctctaataaaatcaattttagtcatactatgataacacatatgtcaaaaactttga 154  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||| | |||   |||||||||||||| || |||||||||||||||| | |||| |||||  ||||||| |||||||||    
T  11814846 aacttcacgaaagaggatccaagtatgagttagtacactttcttctcttatcaaatcaattttagtcacaatatggtaacaattatgtcagaaactttga 11814747  T
Q  155 tgtcacgtctacaactaaacattaggggacacaacatcaaatcaatttctgccatattatggttacctatgaagtacaaagtctgacatggaca 248  Q
    | |||||||||||  |||| ||||||||| ||| |||||||||| || | ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  11814746 tttcacgtctacatgtaaa-attaggggatacaccatcaaatcagttgcggccatgttatggttacctatgaaatacaaactctgacatggaca 11814654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 87 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 11817277 - 11817102
Alignment:
Q  87 caacactttcttctctaataaaatcaattttagtcatactatgataacacatatgtcaaaaactttgatgtcacgtctacaactaaacattaggggacac 186  Q
    ||||| |||||||||  || |||| |||||||||||||||||| | | | |||||||||||| |||||||||||||||| || |||| |||||| |||||    
T  11817277 caacattttcttctcctatcaaataaattttagtcatactatggttatatatatgtcaaaaagtttgatgtcacgtctataagtaaatattaggagacac 11817178  T
Q  187 aacatcaaatcaatttctgccatattatggttacctatgaagtacaaagtctgacatggacatctgccacgacact 262  Q
    |||||||||||||||   |||||  ||||||||| || ||||||| || |||  ||||||||  || |||||||||    
T  11817177 aacatcaaatcaattgtggccatgctatggttacttaggaagtacgaactctatcatggacacatgacacgacact 11817102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 11809750 - 11809533
Alignment:
Q  13 aaattggatggtggagatgggcatcggacctccttcgatgggaacttcacgtaagaggatctaagtacgtgttgcaacactttcttctctaataaaatca 112  Q
    |||||| || ||| |||||||| || ||||||||    ||| ||||||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  11809750 aaattgaatagtgcagatgggcgtcagacctcctatagtggaaacttcacgaaagatgatccaagtacgtgttacaacactttcttctct--taaaatca 11809653  T
Q  113 attttagtcatactatgataacacatatgtcaaaaactttgatgtcacgtctacaactaaacattaggggacacaacatcaaatcaatttctgccatatt 212  Q
    ||| |||||| | |||| ||||||||               |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||| ||    
T  11809652 attatagtcacaatatggtaacacat---------------atgtcacgtctacctgtaaacattaggggatacaacatcaaatcaattgcgaccatgtt 11809568  T
Q  213 atggttacctatgaagtacaaagtctgacatggaca 248  Q
    ||||||| ||||||||||  || |||||||||||||    
T  11809567 atggtta-ctatgaagtatgaactctgacatggaca 11809533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 55 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 11813893 - 11813808
Alignment:
Q  55 aacttcacgtaagaggatctaagtacgtgttgcaacactttcttctctaataaaatcaattttagtcatactatgataacacatat 140  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| || |||| ||||| | ||||| |||| ||||||||||    
T  11813893 aacttcacggaagaggatccaagtacgtgttacaacactttcttctcttatcaaattaatttcaatcatattatggtaacacatat 11813808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 11 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 11816519 - 11816390
Alignment:
Q  11 aaaaattggatggtggagatgggcatcggacctccttcgatgggaacttcacgtaagaggatctaagtacgtgttgcaacactttcttctctaataaaat 110  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||  |||| ||  | ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || || ||||    
T  11816519 aaaaattgaatggtggagatggacatcataccttctctggtggaaacttcacggaagaggatccaagtacgtgttacaacactttcttcacttatcaaat 11816420  T
Q  111 caattttagtcatactatgataacacatat 140  Q
     ||||| | | ||| |||||||| ||||||    
T  11816419 taatttcaatgatattatgataatacatat 11816390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 55 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 11815013 - 11814928
Alignment:
Q  55 aacttcacgtaagaggatctaagtacgtgttgcaacactttcttctctaataaaatcaattttagtcatactatgataacacatat 140  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| || ||||  |||| | ||||| |||| ||||||||||    
T  11815013 aacttcacgaaagaggatccaagtacgtgttacaacactttcttctcttatcaaattcatttcaatcatattatggtaacacatat 11814928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 11820052 - 11819926
Alignment:
Q  14 aattggatggtggagatgggcatcggacctccttcgatgggaacttcacgtaagaggatctaagtacgtgttgcaacactttcttctctaataaaatcaa 113  Q
    ||||| |||||||||||| |||||  ||||||| || ||| |||| |||| ||| ||||| ||||| || || ||||| |||||||||  || |||| ||    
T  11820052 aattgaatggtggagatgagcatcatacctcctccggtggaaactccacggaagtggatccaagtatgttttacaacaatttcttctcctatcaaattaa 11819953  T
Q  114 ttttagtcatactatgataacacatat 140  Q
    ||||| ||||| |||  ||||||||||    
T  11819952 ttttaatcatattatagtaacacatat 11819926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 65 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 11810409 - 11810329
Alignment:
Q  65 aagaggatctaagtacgtgttgcaacactttcttctctaataaaatcaattttagtcatactatgataacacatatgtcaa 145  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| | ||| |||||| || |||| ||||| | ||||| |||| |||||||||| ||||    
T  11810409 aagagaatctaagtacgtgttacaatattttattctcttatcaaattaatttcaatcatattatggtaacacatatttcaa 11810329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 59; Significance: 5e-25; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 16 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 44249319 - 44249140
Alignment:
Q  16 ttggatggtggagatgggcatcggacctccttcgatgggaacttcacgtaagaggatctaagtacgtgttgcaacactttcttctctaataaaatcaatt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| ||||| | | ||||||||||| |||||||||||| ||| || |||  ||||    
T  44249319 ttggatggtggagatgggcatcacacctccttcgatggaaacttcacggaagagaaacgaagtacgtgttacaacactttcttatcttatcaaactaatt 44249220  T
Q  116 ttagtcatactatgataacacatatgtcaaaaactttgatgtcacgtctacaactaaacattaggggacacaacatcaaatcaatt 201  Q
    | | ||| | |||| | |||||||| |||||||  ||| |||||||      | ||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  44249219 tcaatcacattatggtgacacatatttcaaaaaaattgttgtcacg------agtaaacattaggggatgcaacatcaaatcaatt 44249140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 44252932 - 44252828
Alignment:
Q  13 aaattggatggtggagatgggcatcggacctccttcgatgggaacttcacgtaagaggatctaagtacgtgttgcaacactttcttctctaataaaatca 112  Q
    |||||| |||||||||||| | |||  ||||||| | |||| ||||||||| ||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||||| || |||| |    
T  44252932 aaattgaatggtggagatgagaatcatacctcctccaatggaaacttcacggaagaggatacaagtaagtgttacaacactttcttctcttatcaaatta 44252833  T
Q  113 atttt 117  Q
    |||||    
T  44252832 atttt 44252828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University