View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2312_low_15 (Length: 487)

Name: NF2312_low_15
Description: NF2312
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2312_low_15
NF2312_low_15
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (26-470)||(2592513-2592958)
chr6 (44-470)||(2568334-2568757)
chr6 (24-470)||(2671688-2672132)
chr6 (215-470)||(2624057-2624311)
chr6 (162-470)||(2440567-2440872)
chr6 (118-470)||(2595962-2596316)
chr6 (201-470)||(2640705-2640972)
chr6 (8-191)||(2624311-2624492)
chr6 (309-470)||(2451289-2451450)
chr6 (82-173)||(2624631-2624722)
chr6 (10-72)||(2634879-2634941)
[»] scaffold0103 (1 HSPs)
scaffold0103 (10-72)||(5068-5130)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (409-464)||(17870107-17870162)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 26 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 2592958 - 2592513
Alignment:
Q  26 aaaaggatttaactatattacaatataacgatatagtaattagcataggaattgtcttatgttagaaaagcctacaattttgatgattgtagaaatgaaa 125  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2592958 aaaaggatttaactaaattacaatataaccatatagttattatcataggaattgtgttatgttagacaaacctacaattttgatgattatagaaatgaaa 2592859  T
Q  126 tttttaagaagctaaggtgaaaccaatttccctgaacctcttctcaattttcttttcaatttcacctatta----ccacaacaactacatcatcaactcc 221  Q
     ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    | |||||||||||||||||||| |     
T  2592858 attttaggaagctaagttgaaaccaatttccttgaacctcttctcagttttcttttcaatttcgcctattaattactacaacaactacatcatcaaccca 2592759  T
Q  222 tctttgttgcttctccccttcaaacatgaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttggtcttctttgt 321  Q
    |||||||||||||   |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| |    
T  2592758 tctttgttgcttc---ccttaaaacattaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaataattatgttggttggtcttattttt 2592662  T
Q  322 agacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaacagcaatca 421  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2592661 agacttatcaaagagtaatatgctccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaataacacttcccttatccaaaacagcaatca 2592562  T
Q  422 aatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgt 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2592561 aatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgt 2592513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 44 - 470
Target Start/End: Original strand, 2568334 - 2568757
Alignment:
Q  44 tacaatataacgatatagtaattagcataggaattgtcttatgttagaaaagcctacaattttgatgattgtagaaatgaaatttttaagaagctaaggt 143  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||     
T  2568334 tacaaaataactatatagtaattaacataggaattgtcttatgtttgaaaaaccaacaattttgatgattgtacaaatgaaattttttagaagctaaggg 2568433  T
Q  144 gaaaccaatttccctgaacctcttctcaattttcttttcaatttcacctattaccacaacaactacatcatcaactcctctttgttgcttctccccttca 243  Q
      ||||||||||| | ||||||  ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| | || ||||| |||||||| |||||||    
T  2568434 acaaccaatttccgtaaacctc--ctcaattttattttcaatttcacctgttatcacaacaagtacatcatcgattcttctttcttgcttct-cccttca 2568530  T
Q  244 aacatgaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttggtcttctttgtagacttatcaaagagtaatatg 343  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||  ||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |    
T  2568531 aacatgaaaaacttagtattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatacgaaattaaattgtttggtcttctttgcagacttaccaaagagtaataag 2568630  T
Q  344 ttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtact 443  Q
      |||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  2568631 caccacttggcccttttgacaataaatttgaatgtgttcctttctcaacaacaatgcccttatccaaaacagcaatcaaatcacaattttgtatagtact 2568730  T
Q  444 caacctatgtgctacaaccacgcttgt 470  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||    
T  2568731 caacctatgtgccacaaccacacttgt 2568757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 24 - 470
Target Start/End: Original strand, 2671688 - 2672132
Alignment:
Q  24 aaaaaaggatttaactatattacaatataacgatatagtaattagcataggaattgtcttatgttagaaaagcctacaattttgatgattgtagaaatga 123  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| |||      ||||||| ||||||||||||  |||||| ||||| || |||||||||||||||||| | ||||    
T  2671688 aaaaaaagatgtaactatattacaatagaacc-----gtaattaacataggaattgtgctatgtttgaaaaaccaacaattttgatgattgtacagatga 2671782  T
Q  124 aatttttaagaagctaa-ggtgaaaccaatttccctgaacctcttctcaattttcttttcaatt----tcacctattaccacaacaactacatcatcaac 218  Q
    ||  |||  |||||||| || | || |||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||    || || |||||||||||||| ||| ||| | |    
T  2671783 aaacttttggaagctaaaggagcaaacaatctccttaaacctcttctcaattttcttttcaattaatttcgccaattaccacaacaacaaca-cataatc 2671881  T
Q  219 tcctctttgttgcttctccccttcaaacatgaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttggtcttctt 318  Q
       ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||    
T  2671882 aattctttgttgcttctccc-ttcaaccatgaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaatagtaatgttggttggtcttctt 2671980  T
Q  319 tgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaacagcaa 418  Q
    |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  2671981 tgtagacttaccaaagagtaataagctccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttgtctaaaacagcaa 2672080  T
Q  419 tcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgt 470  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2672081 tcaaatcgcaattttgtatagtactcaacctatgtgctacaaccacacttgt 2672132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 215 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 2624311 - 2624057
Alignment:
Q  215 caactcctctttgttgcttctccccttcaaacatgaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttggtct 314  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  2624311 caactcatctttgttacttctccc-ttcaaacattaaaaacaagatattgtttatttatttaatttcatgtggagaatcaacaattatgttggttggtct 2624213  T
Q  315 tctttgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaaca 414  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2624212 tttttgtagacttatcaaagagtaatatgctccacttggccctttagacaacaaggatgaatgtgttccattctcaacaacacttcccttatccaaaaca 2624113  T
Q  415 gcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgt 470  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2624112 gcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgt 2624057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 162 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 2440872 - 2440567
Alignment:
Q  162 cctcttctcaattttcttttcaatttcacctattaccacaacaactacatcatcaactcctctttgttgcttctccccttcaaacatgaaaaacttgata 261  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||  | |||||| || || ||||||| ||| ||||||     
T  2440872 cctcttctcatttttctttt-aatttcacatattaccacaacaactccatcatcaattcttcttcatagcttctaccttt-aaacatggaaa-cttgatc 2440776  T
Q  262 ttgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttggtcttctttgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttag 361  Q
     ||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2440775 atgtttatttagttaatttcatggcaagaatcagcaattatattgtttggtcttctttgtagacttaccaaagagtaatatgctccacttggccctttag 2440676  T
Q  362 acaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaac 461  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2440675 acaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacaattcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttgaatagtactcaacctatgtgctacaac 2440576  T
Q  462 cacgcttgt 470  Q
    |||||||||    
T  2440575 cacgcttgt 2440567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 118 - 470
Target Start/End: Original strand, 2595962 - 2596316
Alignment:
Q  118 aaatgaaatttttaagaagctaaggtgaaaccaatttccctgaacctcttctcaattttcttttcaatttcacctattaccaca-acaactacatcatca 216  Q
    |||||||||||||  |||||||| |  || | ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||||| |    
T  2595962 aaatgaaatttttcggaagctaaaggaaatctaattttcctaaacctcttctcatttttcttttcaattttacctattaccaaacacaactccatcataa 2596061  T
Q  217 actcctcttt-gttgcttctccccttcaaacatgaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttg--gtc 313  Q
    | || | ||| || ||||||||| |||||||||| ||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||   |||    
T  2596062 attctttttttgtagcttctccc-ttcaaacatggaaa-ctggaccttgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattgtattggttatagtc 2596159  T
Q  314 ttctttgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaac 413  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||| ||   ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  2596160 ttctttgtagacttaccaaagagtaataaactccacttggtcccaaagataacaaagacgaatgtgttcctttctcaacaacaattcccttatccaagac 2596259  T
Q  414 agcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgt 470  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  2596260 agcaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgtgccacaaccacacttgt 2596316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 201 - 470
Target Start/End: Original strand, 2640705 - 2640972
Alignment:
Q  201 aacaactacatcatcaactcctctttgttgcttctccccttcaaacatgaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaatt 300  Q
    ||||||| |||||| || || | ||||| |||||| || |||||||||| |||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2640705 aacaactccatcataaattcttttttgtagcttcttcc-ttcaaacatggaaaa-tcgaccttgtttatttagttgatttcatgtgaagaaccaacaatt 2640802  T
Q  301 atgttcgttggtcttctttgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttc 400  Q
     | || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||   ||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |    
T  2640803 gtattggttggtcttctttgtagacttactaaagagtaataaactccacttggtcccaaagacaacaaagatgaatgtgttcctttttcaacaacaatcc 2640902  T
Q  401 ccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgt 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  2640903 ccttatccaaaacagcaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgtgcgacaactacacttgt 2640972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 8 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 2624492 - 2624311
Alignment:
Q  8 agattatacttagttgaaaaaaggatttaactatattacaatataacgatatagtaattagcataggaattgtcttatgttagaaaagcctacaattttg 107  Q
    ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  2624492 agattatacatagtagagaaaaggatttaactatattacaatataaacatatagtaattagcatataaattgtgttatgttagaaaaacctacaattttg 2624393  T
Q  108 atgattgtagaaatgaaatttttaagaagctaaggtgaaaccaatttccctgaacctcttctcaattttcttttcaatttcacc 191  Q
    |||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2624392 atgattgtagaaatg--attttttggaagctaaggtgaaaccaatttctctgaacttcttctcaattttcttttcaatttcacc 2624311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 309 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 2451450 - 2451289
Alignment:
Q  309 tggtcttctttgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatcc 408  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  2451450 tggtcttctttgtagacttaccatagagtaataagctccacttggtcctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaataacactacccttatcc 2451351  T
Q  409 aaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgt 470  Q
    |||||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||    
T  2451350 aaaacaacaatcatatcacaattttgtatagtactcaacctatgagccacaaccacacttgt 2451289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 82 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 2624722 - 2624631
Alignment:
Q  82 ttatgttagaaaagcctacaattttgatgattgtagaaatgaaatttttaagaagctaaggtgaaaccaatttccctgaacctcttctcaat 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2624722 ttatgttagaaaagcctacaattttcataattgtagaaatgaaatttttaggaagctaaggtgaaaccaatttccctgaacctcttctcaat 2624631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 2634941 - 2634879
Alignment:
Q  10 attatacttagttgaaaaaaggatttaactatattacaatataacgatatagtaattagcata 72  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2634941 attatacttagttgaaaaaaggatttaactatattacaatataacgatatagtaattagcata 2634879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0103 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0103
Description:

Target: scaffold0103; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Original strand, 5068 - 5130
Alignment:
Q  10 attatacttagttgaaaaaaggatttaactatattacaatataacgatatagtaattagcata 72  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5068 attatacttagttgaaaaaaggatttaactatattacaatataacgatatagtaattagcata 5130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 409 - 464
Target Start/End: Original strand, 17870107 - 17870162
Alignment:
Q  409 aaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccac 464  Q
    ||||||||||| | |||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||    
T  17870107 aaaacagcaataacatcacaattgtgtatggtactcaacctatgtgctacaaccac 17870162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University