View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2312_low_3 (Length: 706)

Name: NF2312_low_3
Description: NF2312
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2312_low_3
NF2312_low_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-695)||(33751022-33751700)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 627; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 627; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 695
Target Start/End: Original strand, 33751022 - 33751700
Alignment:
Q  19 ttaaggacaaattgtttggtagaacccgagtttgaatccggactataacaatctttagtca--ctttacttacttcgtagctaaactcaagattacgaga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33751022 ttaaggacaaattgtttggtagaacccgagtttgaatccggactataacaatctttagtcagactttacttacttcgtagctaaactcaagattacgaga 33751121  T
Q  117 gagtagagggttaagaccaaaataatgtaaacaaaggcggtatttaggtgaagctagctataccaatgattgatgattgatgaatttgtttcatttttta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33751122 gagtagagggttaagaccaaaataatgtaaacaaaggcggtatttaggtgaagctagctataccaatgattgatgattgatgaatttgtttcatttttta 33751221  T
Q  217 attgtagcatctctcttttatgttttattgtggtggaagatggatgttatatctaaagatnnnnnnncttaatttagactgatttcataatattgatttt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  33751222 attgtagcatctctcttttatgttttattgtggtggaagatggatgttatatctaaagataaaaaaacttaatttagactgatttcatcaaattgatttt 33751321  T
Q  317 tgtaattctttgattgatgtgaaccataggatttggtcatgatcctcttcgttttgttagagtcatttgtacactctaatttctaggtgtgttttatgat 416  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33751322 tgtaattcttggattgatgtgaaccaaaggatttggtcatgatcctcttcgttttgttagagtcatttgtacactctaatttctaggtgttttttatgat 33751421  T
Q  417 gatttctcttggcattatatacataatctctgatgttttttcagtcctactgtatatcaaatcaagtatatgaattgagttcaatactttgacaattatc 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33751422 gatttctcttggcattatatacataatctctgatgttttttcagtcctactgtatatcaaatcaagtatatgaattgagttcaatactttgacaattatc 33751521  T
Q  517 tgagataagcagaagttgaggcagatattgttatccaatagaagtaaaagatcaggactagtgaaataggtgcatattatgcttgcaaaatttgagatgc 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33751522 tgagataagcagaagttgaggcagatattgttatccaatagaagtaaaagatcaggactagtgaaataggtgcatattatgcttgcaaaatttgagatgc 33751621  T
Q  617 caataagttatacttatgtcctgttatgtgagaatttgttgtgtttgttaatattgtaattgtgtttcctagctttcat 695  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33751622 caataagttatacttatgtcctgttatgtgagaatttgttgtgtttgttaatattgtaattgtgtttcctagctttcat 33751700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University