View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2324_low_5 (Length: 789)

Name: NF2324_low_5
Description: NF2324
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2324_low_5
NF2324_low_5
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-779)||(36334935-36335704)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 610; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 610; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 779
Target Start/End: Original strand, 36334935 - 36335704
Alignment:
Q  18 caaactagcttgccaacaacacttataccatcacaacttcacaactgttgtgtacaacataaataaataaaaaacnnnnnnn-acctctaatattgtctg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||        |||||||||||||||||    
T  36334935 caaactagcttgccaacaacacttataccatcacaacttcacaactgttgtgtacagcataaataaataaataacttctttttacctctaatattgtctg 36335034  T
Q  117 tatgtcttataaactgtctgttttctgccactgcgttgtattctatttatattctgtactctgtagttttattctcagtctttgtactgtgtaatgtact 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36335035 tatgtcttataaactgtctgttttctgccactgcgttgtattctatttatattctctactctgtagttttattctcagtctttgtactgtgtaatgtact 36335134  T
Q  217 cca--------------gtgactactagaagttgagatgtgccatagatgacatgacgaggaaaaaagttaaataatttgaaattacttaaatttgataa 302  Q
    |||              ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36335135 ccaagtaatgtttttatgtgactactggaagttgagatgtgccatagatgacatgacgaggaaaacagttaaataatttgaaattacttaaatttgataa 36335234  T
Q  303 actatttctaaaactattatggagcagtaacacagacacggacatgataatgagtaatgacactaacacatcgacactgataaatttgagaaaattaatt 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36335235 actatttctaaaactattatggagcagtaacacagacacggacatgataatgagtaatgacactaacacatcgacactgataaatttgagaaaattaatt 36335334  T
Q  403 aatcaaacgtaattatatccgtatgtgttggtgtctgtgtctgacaccaacacatgtcggacgttgaacacacatctaatcaaaagtgtcgggttcaaag 502  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36335335 aatccaacgtaattatatccgtatgtgttggtgtctg------acaccaacacatgttggacgttgaacacacatctaatcaaaagtgtcgggttcaaag 36335428  T
Q  503 agacttcattatacaccacaccagagctgtttttcttatatacattaaaaagtaaatttccttcttagtataatgcgatgtataaaatgattgacactca 602  Q
    ||||| | | | |    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36335429 agactgcct-acattatacactagagctgtttttcttatatacattaaaaagtaaatttccttcttagtataatgcgatgtataaaatgattgacactca 36335527  T
Q  603 caatacatattataagtatatttttatagtgcaataagaaaacacttcgattaaccacttgtgaaatttttattttacattaaggagaagcatcgtagga 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36335528 caatacatattataagtatatttttatagtgcaataagaaaacacttcgattaaccacttgtgaaatttttattttacattaaggagaagcatcgtagga 36335627  T
Q  703 tatcatatcatgttacaaataaggtttaaactttccatcatgagagacagatttattgaacttctgcctattctgtg 779  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36335628 tatcatatcatgttacaaataaggtttaaactttccatcatgagagacagatttattgaacttctgcctattctgtg 36335704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University