View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF2327_low_12 (Length: 438)
Name: NF2327_low_12
Description: NF2327
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2327_low_12 |
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| [»] scaffold0952 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold0717 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold1562 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold1158 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 400; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 426
Target Start/End: Original strand, 20534695 - 20535114
Alignment:
| Q |
7 |
gtagaatggatccatcctcgtttgtcagacataaaaacatatgataagagattgggaaaggtatagttgaaacattgaaagtatacaatcgattaagagg |
106 |
Q |
| |
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| T |
20534695 |
gtagaatggatccatcctcgtttgtcagacataaaaacatatgataagagattggggaaggtatagttgaaacattgaaagtatacaatcgattaagagg |
20534794 |
T |
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| Q |
107 |
attcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctataatatttctgaaccgttaaacaattaccaattcccattgaatacggtaatctat |
206 |
Q |
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| T |
20534795 |
attcattagaggaatagttaacaacattatagtgatatagctctataatatttctgaaccgttaaacaattaccaattcccattgaatacggtaatctat |
20534894 |
T |
|
| Q |
207 |
aatactttgataccgctaccgctatatacagagatatcacggtgatatagctctatgacgtagcggaatttgaacaaatcaatactgttccgcgatttgc |
306 |
Q |
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| T |
20534895 |
aatactttgataccgctaccgctatatacagagatatcacggtgatatagctctataacgtagcggaatttgaacaaatcaatactgttccgcgatttgc |
20534994 |
T |
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| Q |
307 |
tatttattccacaacattgttaaggagtaagacggcaaaatgagccattattatatatccatcgtttatagatcctaaacttgaaaggaagaagcctgct |
406 |
Q |
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| T |
20534995 |
tatttattccacaacattgttaaggagtaagatggaaaaatgagccattattatatatccatcgtttatagatcctaaacttgaaaggaagaagcctgct |
20535094 |
T |
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| Q |
407 |
taatatggatttgttgccct |
426 |
Q |
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| T |
20535095 |
taatatggatttgttgccct |
20535114 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 367 - 412
Target Start/End: Original strand, 29105922 - 29105967
Alignment:
| Q |
367 |
atcgtttatagatcctaaacttgaaaggaagaagcctgcttaatat |
412 |
Q |
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| T |
29105922 |
atcgtttatagatcctaaacttgaatggaggaagcctgctaaatat |
29105967 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0952 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0952
Description:
Target: scaffold0952; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 3016 - 2600
Alignment:
| Q |
7 |
gtagaatggatccatcctcgtttgtcagacataaaaacatatgataagagattgggaaaggtatagttgaaacattgaaagtatacaatcgattaagagg |
106 |
Q |
| |
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| T |
3016 |
gtagaatggatccatcctcgtttgtcagacataaaaacatatgataagagaatgg--aaggtataattgaaacattgaaagtatacaatcgattaagagg |
2919 |
T |
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| Q |
107 |
attcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctataatatttctgaaccgttaaacaattaccaattcccattgaatacggtaatctat |
206 |
Q |
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| T |
2918 |
attcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctataatatttctgaacccttaaacaattatcaattcccattgtatacggtaatctat |
2819 |
T |
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| Q |
207 |
aatactttgataccgctaccgctatatacagagatatcacggtgatatagctctatgacgtagcggaatttgaacaaatcaatactgttccgcgatttgc |
306 |
Q |
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| T |
2818 |
aatactttgataccgctaccgctatat-cagagatatcacggtgatatagctctataacatagcggaatttgaacaaatcaatattgttctgcgatttgc |
2720 |
T |
|
| Q |
307 |
tatttattccacaacattgttaaggagtaagacggcaaaatgagccattattatatatccatcgtttatagatcctaaacttgaaaggaagaagcctgct |
406 |
Q |
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| T |
2719 |
tatttatttcaaaacattgttaaggactaagacggaaaaatgagccattattatatatccatcgtttatagatcctaaacttgaaaggaagaagcctgct |
2620 |
T |
|
| Q |
407 |
taatatggatttgttgccct |
426 |
Q |
| |
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|
|
| T |
2619 |
taatatggatttgttgccct |
2600 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0717 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: scaffold0717
Description:
Target: scaffold0717; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 7 - 361
Target Start/End: Original strand, 2345 - 2686
Alignment:
| Q |
7 |
gtagaatggatccatcctcgtttgtcagacataaaaacatatgataagagattgggaaaggtatagttgaaacattgaaagtatacaatcgattaagagg |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2345 |
gtagaatggatccatcctcgtttgtcagacataaaaacatatgataagagattggggaaggtatagttgaaacattgaaagtatacaatcgattaagagg |
2444 |
T |
|
| Q |
107 |
attcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctataatatttctgaaccgttaaacaattaccaattcccattgaatacggtaatctat |
206 |
Q |
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|
| T |
2445 |
attcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctat-atatttctgaaccgttaaacaattaccaattcccattgaatacggtaatctat |
2543 |
T |
|
| Q |
207 |
aatactttgataccgctaccgctatatacagagatatcacggtgatatagctctatgacgtagcggaatttgaacaaatcaatactgttccgcgatttgc |
306 |
Q |
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|
| T |
2544 |
aatactttga------tactgatatatacaaagatatcacaatgata------tataacgtagcgaaatttgaacaaatcagtattgttccgcgatttgc |
2631 |
T |
|
| Q |
307 |
tatttattccacaacattgttaaggagtaagacggcaaaatgagccattattata |
361 |
Q |
| |
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|||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
2632 |
tatttatttcacaatattgttaaggagtaaaacggaagaatgagcaattattata |
2686 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1562 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: scaffold1562
Description:
Target: scaffold1562; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 6 - 361
Target Start/End: Original strand, 1067 - 1410
Alignment:
| Q |
6 |
agtagaatggatccatcctcgtttgtcagacataaaaacatatgataagagattgggaaaggtatagttgaaacattgaaagtatacaatcgattaagag |
105 |
Q |
| |
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|
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| T |
1067 |
agtagaatggatccatcctcgtttgtcagacataaaaacatatgataagagattggagaaggtatagctgaaacattgaaagtatacaatcaattaagag |
1166 |
T |
|
| Q |
106 |
gattcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctataatatttctgaaccgttaaacaattaccaattcccattgaatacggtaatcta |
205 |
Q |
| |
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|
| T |
1167 |
gattcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctataatatttatgaaccgttaaacaattactaattcacattgaatacggtaatcta |
1266 |
T |
|
| Q |
206 |
taatactttgataccgctaccgctatatacagagatatcacggtgatatagctctatgacgtagcggaatttgaacaaatcaatactgttccgcgatttg |
305 |
Q |
| |
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||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||| || || || ||||||||||||||| || |||||||||||||| |
|
|
| T |
1267 |
taatactttga------tactgctatatacaaagatatcacagtgata------tataacttatcgaaatttgaacaaatcagtattgttccgcgatttg |
1354 |
T |
|
| Q |
306 |
ctatttattccacaacattgttaaggagtaagacggcaaaatgagccattattata |
361 |
Q |
| |
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||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||| |
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|
| T |
1355 |
ctatttatttcacaatattgttaaggagtaagacggaagaatgagtcattattata |
1410 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1158 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: scaffold1158
Description:
Target: scaffold1158; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 6 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 1526 - 1183
Alignment:
| Q |
6 |
agtagaatggatccatcctcgtttgtcagacataaaaacatatgataagagattgggaaaggtatagttgaaacattgaaagtatacaatcgattaagag |
105 |
Q |
| |
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|
| T |
1526 |
agtagaatggatccatcctcgtttgtcagacataaaaacatatgataagagattggagaaggtatagctgaaacattgaaagtatacaatcaattaagag |
1427 |
T |
|
| Q |
106 |
gattcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctataatatttctgaaccgttaaacaattaccaattcccattgaatacggtaatcta |
205 |
Q |
| |
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|
| T |
1426 |
gattcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctataatatttatgaaccgttaaacaattactaattcacattgaatacggtaatcta |
1327 |
T |
|
| Q |
206 |
taatactttgataccgctaccgctatatacagagatatcacggtgatatagctctatgacgtagcggaatttgaacaaatcaatactgttccgcgatttg |
305 |
Q |
| |
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||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||| || || || ||||||||||||||| || |||||||||||||| |
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|
| T |
1326 |
taatactttga------tactgctatatacaaagatatcacagtgata------tataacttatcgaaatttgaacaaatcagtattgttccgcgatttg |
1239 |
T |
|
| Q |
306 |
ctatttattccacaacattgttaaggagtaagacggcaaaatgagccattattata |
361 |
Q |
| |
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| T |
1238 |
ctatttatttcacaatattgttaaggagtaagacggaagaatgagtcattattata |
1183 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 64 - 116
Target Start/End: Original strand, 35580940 - 35580992
Alignment:
| Q |
64 |
aaggtatagttgaaacattgaaagtatacaatcgattaagaggattcattaga |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| | ||| ||||||| |
|
|
| T |
35580940 |
aaggtatagttgaaacatcgaaagtatataattgattaaaatgatacattaga |
35580992 |
T |
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Back To:
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