View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF2327_low_3 (Length: 808)
Name: NF2327_low_3
Description: NF2327
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2327_low_3 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 685; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 685; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 5901242 - 5900467
Alignment:
| Q |
19 |
ctttatgtatatgtatttatttgtttgtttttggtttggttgatttctaggtgccgaagagtttgatgagtttaggtgagatgcttgatgagtatatatg |
118 |
Q |
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| T |
5901242 |
ctttatgtatatgtatttatttgtttgtttttggtttggttgatttctaggtgccgaagagtttgatgagtttaggtgagatgcttgatgagtatatatg |
5901143 |
T |
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| Q |
119 |
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218 |
Q |
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| T |
5901142 |
tttgaaggagcagaaagtgatgttggatcaagaaagggtttgtatggaacaagagaagaaccgggttcagatgttcttgaatggtgtgcagaatgttatg |
5901043 |
T |
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| Q |
219 |
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318 |
Q |
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| T |
5901042 |
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5900943 |
T |
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| Q |
319 |
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418 |
Q |
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| T |
5900942 |
taattagggttgaaaagtattttttttgggatcattttgttttaatttaggttatgtgtgggtgtgtttacttgataaggtgatgttagttatgtttttg |
5900843 |
T |
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| Q |
419 |
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518 |
Q |
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| T |
5900842 |
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5900743 |
T |
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| Q |
519 |
gtatgtgcttcatcgttatagacttagggttttagattgtagctgtggtcgtgttatggttcttgatattgcggagaattgtgatccaatgagtggttga |
618 |
Q |
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| T |
5900742 |
gtatgtgcttcatcgttatagacttagggttttagattgtagctgtggtcgtgttgtggttcttgatattgcggagaattgtgatccaatgagtggttga |
5900643 |
T |
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| Q |
619 |
tattgttgagaattgcaatctattgtgttgtcattcaaggttgatattgtgattgcagattaattcttgcaataatgtagtatttatagatataatcaat |
718 |
Q |
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| T |
5900642 |
tattgttgagaattgcaatctattgtgtcgtcattcaaggttga-----tgattgcagattaattcttgcaataatgtagcatttatagatataatcaat |
5900548 |
T |
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| Q |
719 |
taaagatacaagatatttaaataacactgaaaaagaacaaaatcatgtgtgaatatgttattattttgatattgtgatgat |
799 |
Q |
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| T |
5900547 |
taaagatacaagatatttaaataacactgaaaaagaacaaaatcatgtgtgaatatgttattattttgatattgtgatgat |
5900467 |
T |
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Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 565 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 5861854 - 5861636
Alignment:
| Q |
565 |
ggtcgtgttatggttcttgatattgcggagaattgtgatccaatgagtggttgatattgttgagaattgcaatctattgtgttgtcattcaaggttgata |
664 |
Q |
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| T |
5861854 |
ggtcgtgctttgattcttgatattgcggagaattgtgctctaatgagtggttgatattgtggagaattgcaatcgattgtgtcgttattcaaggctaata |
5861755 |
T |
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| Q |
665 |
ttgtgattgcagattaattcttgcaataatgtagtatttatagatataatcaattaaagatacaagatatttaaataacactgaaaaagaacaaaatcat |
764 |
Q |
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| T |
5861754 |
ttgtgattgcagattaattcttgcactattgtagtttttatagatgcaatcaattaaagatacaagatattttaataacactgaaaaagaacaaaatcat |
5861655 |
T |
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| Q |
765 |
gtgtgaatatgttattatt |
783 |
Q |
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| T |
5861654 |
gtgtgaatatgttcttatt |
5861636 |
T |
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