View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2327_low_9 (Length: 483)

Name: NF2327_low_9
Description: NF2327
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2327_low_9
NF2327_low_9
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (21-466)||(2596162-2596607)
chr6 (14-466)||(2640818-2641270)
chr6 (14-466)||(2671978-2672430)
chr6 (14-466)||(2568603-2569055)
chr6 (21-466)||(2440276-2440721)
chr6 (21-461)||(2592222-2592662)
chr6 (14-466)||(2450994-2451443)
chr6 (21-465)||(2623766-2624210)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (65-370)||(17870110-17870415)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (158-219)||(5766109-5766170)
chr2 (158-219)||(5823502-5823563)
chr2 (158-251)||(5832005-5832098)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (168-224)||(7861784-7861840)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 2596607 - 2596162
Alignment:
Q  21 gaaaatattgcatatggagcttatgatgataaggttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaa 120  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  2596607 gaaaatattgtatatggagcatatgatgataaagttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcacgatttcatatcaagcttaa 2596508  T
Q  121 aagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaa 220  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2596507 aagatggttatgatacactgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaga 2596408  T
Q  221 ggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaattagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtg 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2596407 ggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaattagtccaagatactttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtg 2596308  T
Q  321 gttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtcttggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtctttgttat 420  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2596307 gttgtggcacataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtcttggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtctttgttat 2596208  T
Q  421 ctttgggaccaagtggagtttattactctttggtaagtctacaaag 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2596207 ctttgggaccaagtggagtttattactctttggtaagtctacaaag 2596162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 2641270 - 2640818
Alignment:
Q  14 cataggggaaaatattgcatatggagcttatgatgataaggttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatca 113  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2641270 cataagggaaaatattgcatacggagcctatgatgataaagttgatgagagtgagattattcaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgatttcatatca 2641171  T
Q  114 agcttaaaagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaaga 213  Q
    |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2641170 agcttacaagatggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaaggattgcaatagctagagctatattgaaga 2641071  T
Q  214 atccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaattagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggac 313  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2641070 atccaaaggtgttacttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaattagtgcaagatgctttagaaagagttatggttggaaggac 2640971  T
Q  314 aagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtcttggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtct 413  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  2640970 aagtgtagttgtcgcacataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgttttggataaggggattgttgttgaaaaaggaacacattcatct 2640871  T
Q  414 ttgttatctttgggaccaagtggagtttattactctttggtaagtctacaaag 466  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2640870 ttgttgtctttgggaccaagtggagtttattactctttagtaagtctacaaag 2640818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 2672430 - 2671978
Alignment:
Q  14 cataggggaaaatattgcatatggagcttatgatgataaggttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatca 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2672430 cataagggaaaatattgcatatggagcttatgatgatacggttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggcttcaaatgctcatgattttatatca 2672331  T
Q  114 agcttaaaagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaaga 213  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2672330 agcttaaaagatggttatgatactttgtgtggtgacagaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaaga 2672231  T
Q  214 atccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaattagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggac 313  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2672230 atccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatctgagaaattagtccaagatgctttagaaagggttatggttggaaggac 2672131  T
Q  314 aagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtcttggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtct 413  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  2672130 aagtgtggttgtagcacataggttgagtactatacaaaattgcgatttgattgctgttttagacaagggaagtgttgttgagaaaggaacacattcatct 2672031  T
Q  414 ttgttatctttgggaccaagtggagtttattactctttggtaagtctacaaag 466  Q
    ||||| |||   || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2672030 ttgttgtctaaagggccaagtggagcttattactctttggtaagtctacaaag 2671978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 2569055 - 2568603
Alignment:
Q  14 cataggggaaaatattgcatatggagcttatgatgataaggttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatca 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2569055 cataagggaaaatattgcatatggagcttacgatgataaggttgatgagagtgaaattatagaggcatcaaaggctgcaagtgctcatgattttatatca 2568956  T
Q  114 agcttaaaagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaaga 213  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2568955 agcttaaaagatggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaaga 2568856  T
Q  214 atccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaattagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggac 313  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2568855 atccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatctgagaaattagtccaagatgctttagaaagggttatggttggaaggac 2568756  T
Q  314 aagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtcttggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtct 413  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |    
T  2568755 aagtgtggttgtggcacataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgttttggataagggcattgttgttgagaaaggaacacattcaaat 2568656  T
Q  414 ttgttatctttgggaccaagtggagtttattactctttggtaagtctacaaag 466  Q
    || || ||    || |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  2568655 ttattgtcaaaagggccaagtggtgcttattactctttggtaagtctgcaaag 2568603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 466
Target Start/End: Original strand, 2440276 - 2440721
Alignment:
Q  21 gaaaatattgcatatggagcttatgatgataaggttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaa 120  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  2440276 gaaaatattgtatatggagcatatgatgataaagttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcacgatttcatatcaagcttaa 2440375  T
Q  121 aagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaa 220  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2440376 aagatggttatgatacactgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaga 2440475  T
Q  221 ggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaattagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtg 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||    
T  2440476 ggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaattagtccaagatgctttagaaaaggtcatggttggaaggacaagcgtg 2440575  T
Q  321 gttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtcttggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtctttgttat 420  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  2440576 gttgtagcacataggttgagtactattcaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcatctttgttgt 2440675  T
Q  421 ctttgggaccaagtggagtttattactctttggtaagtctacaaag 466  Q
    ||   || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  2440676 ctaaagggccaagtggagcatattactctttggtaagtctacaaag 2440721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 461
Target Start/End: Original strand, 2592222 - 2592662
Alignment:
Q  21 gaaaatattgcatatggagcttatgatgataaggttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaa 120  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2592222 gaaaatattgcatatggatcatatgatgataaggttgatgaaagtgaaattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgatttcatatcaagcttaa 2592321  T
Q  121 aagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaa 220  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2592322 aagatggttatgatacactgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaga 2592421  T
Q  221 ggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaattagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtg 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||    
T  2592422 ggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaattagtccaagatgctttagaaaaggtcatggttggaaggacaagcgtg 2592521  T
Q  321 gttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtcttggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtctttgttat 420  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  2592522 gttgtagcacataggttgagtactatccaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgt 2592621  T
Q  421 ctttgggaccaagtggagtttattactctttggtaagtcta 461  Q
    ||   || ||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  2592622 ctaaagggccaagtggagcatattactctttgataagtcta 2592662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 14 - 466
Target Start/End: Original strand, 2450994 - 2451443
Alignment:
Q  14 cataggggaaaatattgcatatggagcttatgatgataaggttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatca 113  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2450994 cataagggagaatattgcatatggagcatatga---taaggttgatgagagtgagattatagatgcagctaaggctgcaaatgctcatgattttatatca 2451090  T
Q  114 agcttaaaagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaaga 213  Q
    ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2451091 agcttaaaatatggttatgagacattgtgtggtgatagaggagttcaactttctggtggtcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaaga 2451190  T
Q  214 atccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaattagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggac 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  2451191 atccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaagttagtgcaagatgctttagaaagggttatgattggaagaac 2451290  T
Q  314 aagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtcttggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtct 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||    
T  2451291 aagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatatgattgttgttttggataagggtagtgttattgagaaaggaacacattcatct 2451390  T
Q  414 ttgttatctttgggaccaagtggagtttattactctttggtaagtctacaaag 466  Q
    ||||| |||   ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  2451391 ttgttgtctaaaggaccaagtggagcttattactctatggtaagtctacaaag 2451443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 21 - 465
Target Start/End: Original strand, 2623766 - 2624210
Alignment:
Q  21 gaaaatattgcatatggagcttatgatgataaggttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaa 120  Q
    |||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2623766 gaaaatattgcatatggatcatatggtgatcaggttgatgagagtgaaattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgatttcatatcaagcttaa 2623865  T
Q  121 aagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaa 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  2623866 aagatggatatgacacattgtgtggtgacagaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattaaagaatccaga 2623965  T
Q  221 ggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaattagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtg 320  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||    
T  2623966 tgtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatctgagaaattagtccaagacactttagaaaaggtcatggttggaaggacaagcgtg 2624065  T
Q  321 gttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtcttggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtctttgttat 420  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||| |    
T  2624066 gttgtagcacataggttgagtactatccaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaagtgttgttgagaatggaacacattcatccttgttgt 2624165  T
Q  421 ctttgggaccaagtggagtttattactctttggtaagtctacaaa 465  Q
    ||   || ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  2624166 ctaaagggccaagtggagcatattactctttgataagtctacaaa 2624210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 65 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 17870415 - 17870110
Alignment:
Q  65 tgagattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaactt 164  Q
    |||||| |||||||||||||  |  || |||||||||||||| ||  |||| || |||||||| ||||| |||| |||||| || |||||||| ||||||    
T  17870415 tgagatcatagaggcatcaagagtagccaatgctcatgatttcattgcaagtttgaaagatgggtatgagacatggtgtggggacaaaggagtgcaactt 17870316  T
Q  165 agtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaat 264  Q
       || || ||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | | |    
T  17870315 tcaggggggcaaaaacaaaggatagcaatagctagagccatgttgaagaatccaaaggtgttgcttctagatgaagcaacaagtgcacttgataataatt 17870216  T
Q  265 cagagaaattagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgat 364  Q
    |||| ||  |||| |||||||| ||  | | ||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||    
T  17870215 cagaaaaggtagtgcaagatgcattgaataaggtaatggttggaaggactagtgtggttgtagcacataggttgagtaccatacacaattgtgatgttat 17870116  T
Q  365 tgctgt 370  Q
    ||||||    
T  17870115 tgctgt 17870110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 219
Target Start/End: Original strand, 5766109 - 5766170
Alignment:
Q  158 tcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaa 219  Q
    |||||||  |||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||    
T  5766109 tcaactttctggtggacaaaagcaaagaattgcaattgctagggcaatattgaagaacccaa 5766170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 219
Target Start/End: Original strand, 5823502 - 5823563
Alignment:
Q  158 tcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaa 219  Q
    |||||||  |||||| ||||| |||||||||||||| || || || ||||||||||||||||    
T  5823502 tcaactttctggtggacaaaagcaaagaattgcaattgcaagggccatattgaagaatccaa 5823563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 5832098 - 5832005
Alignment:
Q  158 tcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgca 251  Q
    |||||||  |||||| ||||| |||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||  |  | ||| | ||||||||||||||||||    
T  5832098 tcaactttctggtggacaaaagcaaagaattgcaattgcaagggcaatattgaagaacccaaaaatccttcttcttgatgaagcaacaagtgca 5832005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 168 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 7861840 - 7861784
Alignment:
Q  168 ggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtg 224  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||  ||||||||    
T  7861840 ggtggacaaaaacaaagaattgctatagcaagggcaatattgaagaaatcaaaggtg 7861784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University