View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2331R-Insertion-9 (Length: 828)

Name: NF2331R-Insertion-9
Description: NF2331R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2331R-Insertion-9
NF2331R-Insertion-9
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-827)||(1701514-1702333)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-355)||(181087-181434)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (242-720)||(5400484-5400962)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (242-720)||(3541459-3541937)
chr4 (313-443)||(31098805-31098935)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (332-654)||(26592278-26592600)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 827
Target Start/End: Original strand, 1701514 - 1702333
Alignment:
Q  8 acctttttctgtgtgaaggatcaggtcacgggggtgacgttgatgcgcggttcaagtaacagtgatctctacacctttcattatatgtctcaatatcaac 107  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||    
T  1701514 acctttttctgtgtaaaggatcaggtcacgggggcgacgttgatgcgcggttcaagtaacagtgatctctacacctttcatcctaagtctcaatatcaac 1701613  T
Q  108 ccactactcttgcttccacctgctctgcctccccttctatatggcatgctcgtttcgggcatccctctttcagagttcttgcactaatgatgtctagttg 207  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  1701614 ccactgctcttgcttccacctgctccgcctccccttctttatggcatgctcgtttcggtcatccctctttcagagttcttgcacaaatgatgtctacttg 1701713  T
Q  208 tggcagttttaggaacttagaaaatnnnnnnnttcattgtaattcttgtcatattaataaaagtcataagcttcctttttcagtttcttctatcaaaacc 307  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||       |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1701714 tggcaattttaggaatttagaaaataaaaaatttcattgtaattcttgccatattaataaaagtcataagcttcctttttctgtttcttctatcaaaacc 1701813  T
Q  308 gtagctcctcttgaactgttattttctgatgtttggggaccttctcctatcacttcagttaatggttacaaatattatcttgtgtttgttgatcatttta 407  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1701814 acagctcctcttgaactgttattttctgatgtttggggaccctctcctatcacttcagttcatggttacaaatattatcttgtgtttgttgatcatttta 1701913  T
Q  408 ctcaatattcttggatttatctgttaaaaagtaaaactgatgttgttactatatttccaaattttcattcaaaagttgaaactatgttttcatacaaagt 507  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1701914 ctcgatattcttggatttatccgttaaaaagtaaaactgatgttgttactatatttccaaattttcattcaaaagttgaaactatgttttcatacaaagt 1702013  T
Q  508 taaatccctctacaccgatggtggcactgaatacataaaactcaagccatatcttaactctcatggtatatcccacggtatcagcccaccgtacactccc 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||    
T  1702014 taaatccctctacaccgatggtggcactgaatacataaaactcaagccatatcttaactctcatggtatatctcactatatcagcccaccgtacactccc 1702113  T
Q  608 gaacatattggtattgcagaacgcaaacatcgtcatatagtagaaacatcgctcaccctcatgtctcactctcatgttccacaaaaattctggtgttatg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1702114 gaacatattggtattgcagaacgcaaacatcgtcatatagtagaaacatcgctcaccctcatgtctcactctcatgttccacaaaaattctggtgttatg 1702213  T
Q  708 ccttccaaatggcggtgtatttaataaatcgcatgacaacaacacatcttaaaaacaaatgtcctaatgaaattctgtttggttccactcctaattatct 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1702214 ccttccaaatggcggtgtatttaataaatcgcatgccaacaacacatcttaaaaacaaatgtcctcatgaaattctgtttggttccactcctaattatct 1702313  T
Q  808 taatcttggagtctttggat 827  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  1702314 taatcttcgagtctttggat 1702333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 8 - 355
Target Start/End: Original strand, 181087 - 181434
Alignment:
Q  8 acctttttctgtgtgaaggatcaggtcacgggggtgacgttgatgcgcggttcaagtaacagtgatctctacacctttcattatatgtctcaatatcaac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  181087 acctttttctgtgtgaaggatcaggtcacgggggtgacgttgatgcgcggttccagtaacagtgatctctacacctttcattatatgtctcaatatcaac 181186  T
Q  108 ccactactcttgcttccacctgctctgcctccccttctatatggcatgctcgtttcgggcatccctctttcagagttcttgcactaatgatgtctagttg 207  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  181187 ccactgctcttgcttccacttgctctgcctcaccttctatatggcatgctcgtttcgggcatccctctttcagagttcttgcactaatgatgtctagttg 181286  T
Q  208 tggcagttttaggaacttagaaaatnnnnnnnttcattgtaattcttgtcatattaataaaagtcataagcttcctttttcagtttcttctatcaaaacc 307  Q
    ||||| |||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  181287 tggcaattttaggaacttagaaaataaaaaatttcattgtaattcttgtcatattaataaaagtcataagcttcctttttcagtttcttctatcaaaacc 181386  T
Q  308 gtagctcctcttgaactgttattttctgatgtttggggaccttctcct 355  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  181387 gcagctcctcttgaactgttattttctgatgtttggggaccttctcct 181434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 79; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 242 - 720
Target Start/End: Original strand, 5400484 - 5400962
Alignment:
Q  242 cattgtaattcttgtcatattaataaaagtcataagcttcctttttcagtttcttctatcaaaaccgtagctcctcttgaactgttattttctgatgttt 341  Q
    ||||||||||| ||   |||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||| ||  ||||  |  ||||  |||||||  | || ||||||||||    
T  5400484 cattgtaattcctgctctattaataaaagtcataaacttcctttttctatatcttcaatacaaactttctctccatttgaactcattttctctgatgttt 5400583  T
Q  342 ggggaccttctcctatcacttcagttaatggttacaaatattatcttgtgtttgttgatcattttactcaatattcttggatttatctgttaaaaagtaa 441  Q
    ||||||| || ||||| || ||  ||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||| ||||  ||  | ||||||||||   | ||||  ||    
T  5400584 ggggaccatcccctataacgtccattaatggttacaggtattatcttgtctttgttgaccatttcactcgctacacgtggatttatccacttaaaaacaa 5400683  T
Q  442 aactgatgttgttactatatttccaaattttcattcaaaagttgaaactatgttttcatacaaagttaaatccctctacaccgatggtggcactgaatac 541  Q
    ||||||||| | ||  ||||||||  | |||||||| ||| ||||||   | || ||  ||||||| |||||  | ||||| |||||||| |||||||||    
T  5400684 aactgatgtagctatcatatttcctcaatttcattctaaaattgaaaactttttctcccacaaagtcaaatctatttacactgatggtggaactgaatac 5400783  T
Q  542 ataaaactcaagccatatcttaactctcatggtatatcccacggtatcagcccaccgtacactcccgaacatattggtattgcagaacgcaaacatcgtc 641  Q
     | ||||||||||||||| | ||  | ||||| ||||||||    || |||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |    
T  5400784 tttaaactcaagccatatttcaatacacatggaatatcccattacattagcccaccttatactcctgaacacattggcattgctgaacgcaaacaccgcc 5400883  T
Q  642 atatagtagaaacatcgctcaccctcatgtctcactctcatgttccacaaaaattctggtgttatgccttccaaatggc 720  Q
    |||||||||||||  | ||||| ||  | |||||||||  ||| || |||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  5400884 atatagtagaaactgctctcacacttctctctcactcttctgtacctcaaacattctggtgttatgcttttcaaatggc 5400962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 79; Significance: 2e-36; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 242 - 720
Target Start/End: Original strand, 3541459 - 3541937
Alignment:
Q  242 cattgtaattcttgtcatattaataaaagtcataagcttcctttttcagtttcttctatcaaaaccgtagctcctcttgaactgttattttctgatgttt 341  Q
    ||||||||||| ||   |||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||| ||  ||||  |  ||||  |||||||  | || ||||||||||    
T  3541459 cattgtaattcctgctctattaataaaagtcataaacttcctttttctatatcttcaatacaaactttctctccatttgaactcattttctctgatgttt 3541558  T
Q  342 ggggaccttctcctatcacttcagttaatggttacaaatattatcttgtgtttgttgatcattttactcaatattcttggatttatctgttaaaaagtaa 441  Q
    ||||||| || ||||| || ||  | ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||  ||  | ||||||||||   | ||||  ||    
T  3541559 ggggaccatcccctataacgtccatcaatggttacaagtattatcttgtctttgttgaccatttcactcgctacacgtggatttatccacttaaaaacaa 3541658  T
Q  442 aactgatgttgttactatatttccaaattttcattcaaaagttgaaactatgttttcatacaaagttaaatccctctacaccgatggtggcactgaatac 541  Q
    ||||||||| | ||  ||||||||  | |||||||| ||| ||||||   | || ||  ||||||| |||||  | ||||| |||||||| |||||||||    
T  3541659 aactgatgtagctatcatatttcctcaatttcattctaaaattgaaaactttttctcccacaaagtcaaatctatttacactgatggtggaactgaatac 3541758  T
Q  542 ataaaactcaagccatatcttaactctcatggtatatcccacggtatcagcccaccgtacactcccgaacatattggtattgcagaacgcaaacatcgtc 641  Q
     | ||||||||||||||| | ||  | ||||| ||||||||    || |||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |    
T  3541759 tttaaactcaagccatatttcaatacacatggaatatcccattacattagcccaccttatactcctgaacacattggcattgctgaacgcaaacaccgcc 3541858  T
Q  642 atatagtagaaacatcgctcaccctcatgtctcactctcatgttccacaaaaattctggtgttatgccttccaaatggc 720  Q
    |||||||||||||  | ||||| ||  | |||||||||  ||| || |||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  3541859 atatagtagaaactgctctcacacttctctctcactcttctgtacctcaaacattctggtgttatgcttttcaaatggc 3541937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 313 - 443
Target Start/End: Original strand, 31098805 - 31098935
Alignment:
Q  313 tcctcttgaactgttattttctgatgtttggggaccttctcctatcacttcagttaatggttacaaatattatcttgtgtttgttgatcattttactcaa 412  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||||||| |||| ||||| || |   |  | | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |    
T  31098805 tcctcttgaactcattttttctgatgtttggagaccctctccaattaacactatcagtggatacaaatattatcttgtgttcgttgatcattttactaga 31098904  T
Q  413 tattcttggatttatctgttaaaaagtaaaa 443  Q
    |||   ||||||||||   ||||||||||||    
T  31098905 tataaatggatttatcccctaaaaagtaaaa 31098935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 332 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 26592600 - 26592278
Alignment:
Q  332 tctgatgtttggggaccttctcctatcacttcagttaatggttacaaatattatcttgtgtttgttgatcattttactcaatattcttggatttatctgt 431  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| || ||  |||||||||| | ||| ||||||||||||||||| || ||||||  |||| | ||||||||||       
T  26592600 tctgatgtttggggaccatcccctataacatccattaatggttatagatactatcttgtgtttgttgaccactttactagatatacatggatttatcctc 26592501  T
Q  432 taaaaagtaaaactgatgttgttactatatttccaaattttcattcaaaagttgaaactatgttttcatacaaagttaaatccctctacaccgatggtgg 531  Q
    | | ||| |||||| |||| ||  | || || ||| | |||||| | ||| |||||| | | || ||  |||| || |||||  | ||||| ||||||||    
T  26592500 ttagaagcaaaactaatgtagtagccatcttcccacaatttcatactaaaattgaaaatcttttctccaacaaggtaaaatcaatttacacagatggtgg 26592401  T
Q  532 cactgaatacataaaactcaagccatatcttaactctcatggtatatcccacggtatcagcccaccgtacactcccgaacatattggtattgcagaacgc 631  Q
     |||||||| ||  |||||||  | ||| | ||  | ||||| ||||| ||    || || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  26592400 aactgaatatatctaactcaaatcttatttcaatacacatggaatatcacattacataagtccaccttacactcctgaacatattggcattgcagaacgc 26592301  T
Q  632 aaacatcgtcatatagtagaaac 654  Q
    |||||| | |||||||| |||||    
T  26592300 aaacattgccatatagtcgaaac 26592278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University