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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF2336_low_70 (Length: 237)
Name: NF2336_low_70
Description: NF2336
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2336_low_70 |
 | |
|
| [»] scaffold0003 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0419 (1 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0277 (2 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0349 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 51 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18699173 - 18699003
Alignment:
| Q |
51 |
cctcaatgataccatcttaaagcctaaattggaaacacctttttatttacgtttttaaacaagtatttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgta |
150 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18699173 |
cctcaatgataccatcttaaagcctaaattggaaacacctttttaattacgtttttaaacaagtattagttatttataagtcaaaatagttagaaatgta |
18699074 |
T |
|
| Q |
151 |
tgatatattatgaggacatggatgtgactgtgatgttggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18699073 |
tgatatactatgaggacatggatgtgactgtgatgttgttacacactgatttatcttattggacatgaata |
18699003 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 51 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18655250 - 18655080
Alignment:
| Q |
51 |
cctcaatgataccatcttaaagcctaaattggaaacacctttttatttacgtttttaaacaagtatttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgta |
150 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18655250 |
cctcaatgataccatcttaaagcctaaattcgaaacacctttttatttacatttttaaacaagtattagttatttataagtcaaaatagttagaaatgta |
18655151 |
T |
|
| Q |
151 |
tgatatattatgaggacatggatgtgactgtgatgttggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
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|||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18655150 |
tgatatattatgagtaaatggatgtgactgtgatgttgttacacactgatttatcttattggacatgaata |
18655080 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 51 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18731277 - 18731107
Alignment:
| Q |
51 |
cctcaatgataccatcttaaagcctaaattggaaacacctttttatttacgtttttaaacaagtatttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgta |
150 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18731277 |
cctcaataataccatcttaaagcctaaattggaaacacctttttttttacatttttaaacaagtattagttatttataagtcaaaatagttagaaatgta |
18731178 |
T |
|
| Q |
151 |
tgatatattatgaggacatggatgtgactgtgatgttggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18731177 |
tgatatattatgaggacatggatgtgactgtgatgttgttacatactgacttatcttattggacatgaata |
18731107 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 59 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18723850 - 18723688
Alignment:
| Q |
59 |
ataccatcttaaagcctaaattggaaacacctttttatttacgtttttaaacaagtatttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatat |
158 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18723850 |
ataccatcttaaagcctaaattggaaacacctttttatttacatttttaaacaagtattagttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatat |
18723751 |
T |
|
| Q |
159 |
tatgaggacatggatgtgactgtgatgttggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
|||||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18723750 |
tatgagtaaatggatgtgactgtgatgttgttacatactgacttatcttattggacatgaata |
18723688 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 51 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18679340 - 18679163
Alignment:
| Q |
51 |
cctcaatgataccatcttaaagcctaaattggaaacacctttttatttacgtttttaaacaagtatttgttatttataagtcaaaatag-------ttag |
143 |
Q |
| |
|
||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
18679340 |
cctcaataataccaaccgaaagcctaaattggaaacacctttttatttacgtttttaaacaagtattagttatttataagtcaaaatagtttgaatttag |
18679241 |
T |
|
| Q |
144 |
aaatgtatgatatattatgaggacatggatgtgactgtgatgttggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18679240 |
aaatgtatgatatattatgagtacatgggtgtgactgtgatgttgttacatactgacttatcttattggacatgaata |
18679163 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 59 - 221
Target Start/End: Original strand, 18074171 - 18074336
Alignment:
| Q |
59 |
ataccatcttaaagcctaaattggaaacaccttttt-atttacgtttttaaacaagtatttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatata |
157 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||| | || |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
18074171 |
ataccatcttaaagcctaaatgtgtaacaccttttttatttatgtttttaaacaattgttagttatttatatgtcaaaatagttaaaaatgtataatata |
18074270 |
T |
|
| Q |
158 |
ttatgaggacatggatgtga--ctgtgatgttggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||| | |||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
18074271 |
ttatgagtacatggatgtgattgtgtgatgttgttacatactaacttatattattggacatgaata |
18074336 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0003 (Bit Score: 79; Significance: 5e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:
Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 59 - 221
Target Start/End: Original strand, 59979 - 60144
Alignment:
| Q |
59 |
ataccatcttaaagcctaaattggaaacaccttttt-atttacgtttttaaacaagtatttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatata |
157 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||| | || |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
59979 |
ataccatcttaaagcctaaatgtgtaacaccttttttatttatgtttttaaacaattgttagttatttatatgtcaaaatagttaaaaatgtataatata |
60078 |
T |
|
| Q |
158 |
ttatgaggacatggatgtga--ctgtgatgttggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||| | |||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
60079 |
ttatgagtacatggatgtgattgtgtgatgttgttacatactaacttatattattggacatgaata |
60144 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 79; Significance: 5e-37; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 59 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27427384 - 27427219
Alignment:
| Q |
59 |
ataccatcttaaagcctaaattggaaacaccttttt-atttacgtttttaaacaagtatttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatata |
157 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||| | || |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
27427384 |
ataccatcttaaagcctaaatgtgtaacaccttttttatttatgtttttaaacaattgttagttatttatatgtcaaaatagttaaaaatgtataatata |
27427285 |
T |
|
| Q |
158 |
ttatgaggacatggatgtga--ctgtgatgttggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||| | |||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
27427284 |
ttatgagtacatggatgtgattgtgtgatgttgttacatactaacttatattattggacatgaata |
27427219 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 90 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27604444 - 27604311
Alignment:
| Q |
90 |
tttttatttacgtttttaaacaagtatttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatattatga--ggacatggatgtgactgtgatgtt |
187 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||| | ||||||| |
|
|
| T |
27604444 |
tttttatttacgtttttaaacaagtattagttatttatatgtcaaaatagttagaaatgtataatatattctgagtgtacatggatgtgattatgatgtt |
27604345 |
T |
|
| Q |
188 |
ggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
| |||| ||| | ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27604344 |
gttacatactaacttatcttattggacatgaata |
27604311 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 63 - 221
Target Start/End: Original strand, 26802859 - 26803021
Alignment:
| Q |
63 |
catcttaaagcctaaattggaaacaccttt-ttatttacgtttttaaacaagtatttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatattat |
161 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
26802859 |
catcttaaaggttaaatgggaaatacctttcttatatacgtttttaaacaagtattagttatttatatgttgaaatagttagaaatgtataatatattat |
26802958 |
T |
|
| Q |
162 |
gaggacatggatgtgactgtgatgttg---gtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| | ||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
26802959 |
gagtacatggatgtgattgtgatgttgttagtacatactaacttatcttgttggacatgaata |
26803021 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 63 - 221
Target Start/End: Original strand, 28781516 - 28781676
Alignment:
| Q |
63 |
catcttaaagcctaaattggaaacacctttt-tatttacgtttttaaacaagtatttg-ttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatatta |
160 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
28781516 |
catcttaaagcctaaatgggaaacactttttctatttacgtttttaaacaattatttaattatttttatgtcaaaatagttagaaatgtatactatattc |
28781615 |
T |
|
| Q |
161 |
tgaggacatggatgtgactgtgatgttggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||| | ||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
28781616 |
tgagtacatggatgtgattgtgatgttgttacatactaacttatcttatatgacatgaata |
28781676 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 63 - 221
Target Start/End: Original strand, 28786655 - 28786813
Alignment:
| Q |
63 |
catcttaaagcctaaattggaaacacctttt-tatttacgtttttaaacaagtatttg-ttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatatta |
160 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
28786655 |
catcttaaagcctaag--ggaaacaccttttctatttacgtttttaaacaagtatttaattatttttatgtcaaaatagttagaaatgtatactatattc |
28786752 |
T |
|
| Q |
161 |
tgaggacatggatgtgactgtgatgttggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||| | ||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
28786753 |
tgagtacatggatgtgattgtgatgttgttacatactaacttatcttatatgacatgaata |
28786813 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 63 - 221
Target Start/End: Original strand, 28792776 - 28792934
Alignment:
| Q |
63 |
catcttaaagcctaaattggaaacacctttt-tatttacgtttttaaacaagtatttg-ttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatatta |
160 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
28792776 |
catcttaaagcctaag--ggaaacaccttttctatttacgtttttaaacaagtatttaattatttttatgtcaaaatagttagaaatgtatactatattc |
28792873 |
T |
|
| Q |
161 |
tgaggacatggatgtgactgtgatgttggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||| | ||||||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
28792874 |
tgagtacatggatgtgattgtgatgttgttacatactaacttatcttatcggacattaata |
28792934 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 90 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27592762 - 27592628
Alignment:
| Q |
90 |
tttttatttacgtttttaaacaagta---tttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatattatgaggacatggatgtgactgtgatgt |
186 |
Q |
| |
|
||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||| | || |||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
27592762 |
tttttatatacagttttaaacaagtactattagttatttatatgtcgaaatagttagaaatgtataatacattcttagtacatggatgtgattgtgatgt |
27592663 |
T |
|
| Q |
187 |
tggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
|| || ||||| | ||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
27592662 |
tgttagacactaacttatcttattgcacatgaata |
27592628 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 90 - 221
Target Start/End: Original strand, 27679391 - 27679525
Alignment:
| Q |
90 |
tttttatttacgtttttaaacaagta---tttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatattatgaggacatggatgtgactgtgatgt |
186 |
Q |
| |
|
||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||| | || |||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
27679391 |
tttttatatacagttttaaacaagtactattagttatttatatgtcgaaatagttagaaatgtataatacattcttagtacatggatgtgattgtgatgt |
27679490 |
T |
|
| Q |
187 |
tggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
|| || ||||| | ||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
27679491 |
tgttagacactaacttatcttattgcacatgaata |
27679525 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 114 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27677331 - 27677227
Alignment:
| Q |
114 |
tatttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatattatgaggacatggatgtgactgtgatgttggtacacactgatttatcttattgga |
213 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| |||| | |||||||||||| |||||||||| || ||||| | ||||||||||| | |
|
|
| T |
27677331 |
tattagttatttatatgtcgaaatagttagaaatgtataatacatta---gtacatggatgtgattgtgatgttgttagacactaacttatcttattgca |
27677235 |
T |
|
| Q |
214 |
catgaata |
221 |
Q |
| |
|
|||||||| |
|
|
| T |
27677234 |
catgaata |
27677227 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 90 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27706145 - 27706011
Alignment:
| Q |
90 |
tttttatttacgtttttaaacaagta---tttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatattatgaggacatggatgtgactgtgatgt |
186 |
Q |
| |
|
||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||||||||| || ||| ||| | || |||||||||||| || ||||| |
|
|
| T |
27706145 |
tttttatatacagttttaaacaagtactattagttatttatatgtcgaaatagttagaaatgaataatacattcttagtacatggatgtgattgggatgt |
27706046 |
T |
|
| Q |
187 |
tggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
|| || ||||| | ||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
27706045 |
tgttagacactaacttatcttattgcacatgaata |
27706011 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 63 - 159
Target Start/End: Original strand, 26646892 - 26646990
Alignment:
| Q |
63 |
catcttaaagcctaaattggaaacacct--ttttatttacgtttttaaacaagtatttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatatt |
159 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||| |
|
|
| T |
26646892 |
catcttaaagcttaaataggaaacacatatttttattaatgtttttaaacaagtataaattatttatatgtcaaaagagttagaactgtataatatatt |
26646990 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 63 - 159
Target Start/End: Original strand, 26752860 - 26752958
Alignment:
| Q |
63 |
catcttaaagcctaaattggaaacacct--ttttatttacgtttttaaacaagtatttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatatt |
159 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||| |
|
|
| T |
26752860 |
catcttaaagcttaaataggaaacacatatttttattaatgtttttaaacaagtataaattatttatatgtcaaaagagttagaactgtataatatatt |
26752958 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 113 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 27698301 - 27698226
Alignment:
| Q |
113 |
gtatttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatattatgaggacatggatgtgactgtgatgttg |
188 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
27698301 |
gtattagttatttatatgtcgaaatagttagaaatttataatatattctgagtacatagatgtgattgtgatgttg |
27698226 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0419 (Bit Score: 77; Significance: 7e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:
Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 63 - 221
Target Start/End: Original strand, 7902 - 8062
Alignment:
| Q |
63 |
catcttaaagcctaaattggaaacacctttt-tatttacgtttttaaacaagtatttg-ttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatatta |
160 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
7902 |
catcttaaagcctaaatgggaaacactttttctatttacgtttttaaacaagtatttaattacttttatgtcaaaatagttagaaatgtatactatattc |
8001 |
T |
|
| Q |
161 |
tgaggacatggatgtgactgtgatgttggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||| | ||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
8002 |
tgagtacatggatgtgattgtgatgttgttacatactaacttatcttatatgacatgaata |
8062 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0277 (Bit Score: 77; Significance: 7e-36; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:
Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 63 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 13442 - 13282
Alignment:
| Q |
63 |
catcttaaagcctaaattggaaacacctttt-tatttacgtttttaaacaagtatttg-ttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatatta |
160 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
13442 |
catcttaaagcctaaatgggaaacactttttctatttacgtttttaaacaagtatttaattacttttatgtcaaaatagttagaaatgtatactatattc |
13343 |
T |
|
| Q |
161 |
tgaggacatggatgtgactgtgatgttggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||| | ||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
13342 |
tgagtacatggatgtgattgtgatgttgttacatactaacttatcttatatgacatgaata |
13282 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 63 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 4481 - 4319
Alignment:
| Q |
63 |
catcttaaagcctaaattggaaacacctttt-tatttacgtttttaaacaagtatttg-ttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatg--atatat |
158 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || || |||| ||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
4481 |
catcttaaagcctaaatgggaaacaccttttatatttacgtttttaaacaagtatttaattacttttatgtcacaatagttagaaatgtataccatatat |
4382 |
T |
|
| Q |
159 |
tatgaggacatggatgtgactgtgatgttggtacacactgatttatcttattggacatgaata |
221 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||| | ||||||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
4381 |
tatgagtacatggatgtgattgtgatgttgttacatactaacttatcttatcggacattaata |
4319 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000005; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 90 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 268090 - 268010
Alignment:
| Q |
90 |
tttttatttacgtttttaaacaagtatttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatattatgaggacatg |
170 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||| ||||||| ||| |||||| | | ||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
268090 |
tttttatttacgtttctaaataagtattagttgtttatatgacgaaatagttagaaacgtataatatattttgagtacatg |
268010 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 28164100 - 28164033
Alignment:
| Q |
92 |
tttatttacgtttttaaacaagtatttgttatttataagtcaaaatagttagaaatgtatgatatatt |
159 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| |
|
|
| T |
28164100 |
tttatttatgtttttaaacaagtataagatatttatatgtcaaaatagttagagttgtatgatgtatt |
28164033 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 92 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 28127400 - 28127352
Alignment:
| Q |
92 |
tttatttacgtttttaaacaagtatttgttatttataagtcaaaatagt |
140 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
28127400 |
tttatttatgtttttaaacaagtataaggtatttatatgtcaaaatagt |
28127352 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0349 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:
Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 166 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 14135 - 14082
Alignment:
| Q |
166 |
acatggatgtgactgtgatgttggtacacactgatttatcttattggacatgaa |
219 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14135 |
acatggatgtgattgtgatgttgtcacatactaacttatcttattggacatgaa |
14082 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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