View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2339_low_1 (Length: 910)

Name: NF2339_low_1
Description: NF2339
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2339_low_1
NF2339_low_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (139-874)||(1251924-1252661)
chr3 (1-139)||(1251659-1251797)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (139-910)||(42018701-42019486)
chr5 (1-139)||(42018439-42018577)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 615; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 139 - 874
Target Start/End: Original strand, 1251924 - 1252661
Alignment:
Q  139 gcttttgtgttcctcaaatttgctaattaatccaagatttgaggtgaacacaacatattcaaaaagtccctttcagtgtttctaaaagaatctctagtgt 238  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1251924 gcttttgtgttcctcaaacttgctaattaatccaagatttgaggtgcacacaacatattcaaaaagtcccttgcagtgtttctaaaagaatctctagtgt 1252023  T
Q  239 catattgccaaccaccaccattcctatgtgctccagcggcagcttcaaacaacacactctcactgactgcctgtgtactgccggcaactgctttaccagc 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1252024 catattgccaaccaccaccattcctatgtgctccagcggcagcttcaaactccacactctcgctggctgcctgtgtgctgccggcaactgctttaccagc 1252123  T
Q  339 agttcagctcctgccacactgacactgtgtgcatcacggtaactgcaagtctgcaacttctcctcttacagcgtaagcctagtggacgatttcaacagat 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1252124 agttcagctcctgccacactgacaccgtgtgcatcgcggtaactgcaagtctgcaacttctcctcttacagcgtaagcctagtggacgatttcaacagat 1252223  T
Q  439 gatcgtcgtaataattctcccccatatcgtcacccagaaaactttcaccatcatattcccacatgcaatcattgtccaagtcannnnnnnnaccattgtt 538  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||    
T  1252224 gatcgtcgtaataattctcccccatatcgtcacccagaaaactttcaccatcatattcccacatgcaatcattgtccaagtcattttttttaccattgtt 1252323  T
Q  539 atcatcaaacatccctttaaaacatgtcaaaataagtttatcaagcaatttttgaaaagatgtttttcaattgatattggcatatagttttttaatttac 638  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1252324 atcatcaaacatccctttaaaacatgtcaaaataagtttatcaagcaatttttaaaaagatgtttttcaattaatattggcatatagttttttaatttac 1252423  T
Q  639 ttaaaaagatttgtcttataaaagataggttgaacattcttacagtatattatttcaaaacagaaaatgcaactcagtcaaacaagcactttgataccaa 738  Q
    ||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1252424 tt--caagatttgtcttgtaaaagataggttgaacattcttacagtatattatttcaaaacagaaaatgcaacacagtcaaacaagcactttgataccaa 1252521  T
Q  739 gtaccatcatatggttgttccaggtggtaaaagactgcagcaacttaactggtcacaacaatcaataaatggaagcatttgattctca---atgacccat 835  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || ||||||    
T  1252522 gtaccatcatatggttgttccaggtggtaaaagactgcagcaacttaactggtcacaacaatcaataaatggaagcatttgattctcaattatcacccat 1252621  T
Q  836 agtacatagaaggaagaacc-ttattcataaaataataca 874  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1252622 agaacatagaaggaagaacctttattcataaaataataca 1252661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 139
Target Start/End: Original strand, 1251659 - 1251797
Alignment:
Q  1 catttatatcagcttcatgtttttgatgcttctgctgttatttagatcaatccttattggacatgcagggaacgagtgggagctcaatcgttaatgtgaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1251659 catttatatcagcttcatgtttttgatgcttctgctgttatttagatcaatccttattggacatgcagggaacgagtgggagctcaatcgttaatgtgaa 1251758  T
Q  101 tttgtgtgctttactgattgtggaatattattggctgtg 139  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1251759 tttgtgtgctttactgattgtggaatattattggctgtg 1251797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 551; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 551; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 139 - 910
Target Start/End: Original strand, 42018701 - 42019486
Alignment:
Q  139 gcttttgtgttcctcaaatttgctaattaatccaagatttgaggtgaacacaacatattcaaaaagtccctttcagtgtttctaaaagaatctctagtgt 238  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  42018701 gcttttgtgttcctcaaacttgctaattaatccaagatttgaggtgcacacaacatattcaaaaagtcccttgcagtgtttctcaaagaatctctagtgt 42018800  T
Q  239 catattgccaaccaccaccattcctatgtgctccagcggcagcttcaaacaacacactctcactgactgcctgtgtactgccggcaactgctttaccagc 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  42018801 catattgccaaccaccaccattcctatgtgctccagcagcagcttcaaactccaca--ctcactggctgcctgtgtgctgccggcaactgcttta-cagc 42018897  T
Q  339 agttcagctcctgccacactgacactgtgtgcatcacggtaactgcaagtctgcaacttctcctcttacagcgtaagcctagtggacgatttcaacagat 438  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  42018898 agttcagctcctgccaca-tgacaccgtgtgcatcgcggtaactgcaagtctgcaacttcttctcttacagcgtaagcctagtggtcggtttcaacagat 42018996  T
Q  439 gatcgtcgtaataattctcccccatatcgtcacccagaaaactttcaccatcatattcccacatg----------caatcattgtccaagtcannnnnnn 528  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||          ||||||||||||||||||           
T  42018997 gatcgttgaaataattctcccccatatcgtcacccagaaaactttcagcatcatattcccacatgcaatccttcacaatcattgtccaagtcattttttt 42019096  T
Q  529 naccattgttatcatcaaacatccctttaaaacatgtcaaaataagtttatcaagcaatttttga-------aaagatgtttttcaattgatattggcat 621  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |       ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42019097 taccattgttatcatcaaacatccctttaaaacatgccaaaataagtttatcaagcaatttttaaaatttttaaagatgtttttcaattaatattggcat 42019196  T
Q  622 atagttttttaatttacttaaaaagatttgtcttataaaagataggttgaacattcttacagtatattatttcaaaacagaaaatgcaactcagtcaaac 721  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||    
T  42019197 atagttttttaatttacttaaaaagatttgtcttataaaagataggttgaacattcttacagtatattatttcaaaacagaaaatgcaacacatt--aac 42019294  T
Q  722 aagcactttgataccaagtaccatcatatggttgttccaggtggtaaaagactgcagcaacttaactggtcacaacaatcaataaatggaagcatttgat 821  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42019295 aagcactttgataccaagtaccatcatatggttgttccaagtggtaaaagactgcagcaacttaactggtcacaacaatcaataaatggaagcatttgat 42019394  T
Q  822 tctca---atgacccatagtacatagaaggaagaaccttattcataaaataatacagaggaaggaaccttgcatgattaggtggtgacaaac 910  Q
    |||||   || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42019395 tctcaattatcacccatagaacatagaaggaagaaccttattcataaaataatacagaggaaggaactttgcatgattaggtggtgacaaac 42019486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 139
Target Start/End: Original strand, 42018439 - 42018577
Alignment:
Q  1 catttatatcagcttcatgtttttgatgcttctgctgttatttagatcaatccttattggacatgcagggaacgagtgggagctcaatcgttaatgtgaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42018439 catttatatcagcttcatgtttttgatgcttctgctgttatttagatcaatccttattggacatgcagggaacgagtgggagctcaatcgttaatgtgaa 42018538  T
Q  101 tttgtgtgctttactgattgtggaatattattggctgtg 139  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42018539 tttgtgtgctttactgattgtggaatattattggctgtg 42018577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University