View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2345_high_2 (Length: 459)

Name: NF2345_high_2
Description: NF2345
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2345_high_2
NF2345_high_2
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (30-452)||(35335748-35336170)
chr2 (19-407)||(35347695-35348099)
chr2 (45-367)||(35374525-35374850)
chr2 (76-303)||(35368411-35368641)
chr2 (106-323)||(35346337-35346554)
chr2 (45-339)||(35355898-35356201)
chr2 (114-391)||(35364639-35364914)
chr2 (74-302)||(35343134-35343363)
chr2 (114-364)||(35351412-35351668)
chr2 (183-350)||(35341070-35341243)
chr2 (114-283)||(35371816-35371983)
chr2 (320-386)||(35371980-35372046)
chr2 (360-419)||(35356206-35356267)
chr2 (355-419)||(35343059-35343124)
chr2 (332-393)||(35356831-35356892)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 452
Target Start/End: Original strand, 35335748 - 35336170
Alignment:
30 gctgtgtgagttgatttgagttgtgtttgagttaggattggagagttatatataactagaagaaaagctgttgagctgttctagcacaagcaaaccacgc 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35335748 gctgtgtgagttgatttgagttgtgtttgagttaggattggagagttatatataactagaagaaaagctgttgagctgttctagcacaagcaaaccacgc 35335847  T
130 aggaagtgtgtgtgtttgcttaagttgtgagcatggctcggtgcctgcatgtctaatggcatcttgtgcagccacattggcaattgtctttacaattcaa 229  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
35335848 aggaagtgtgtgtgtttgcttaaggtgtgagcatggctcggtgcctgcatgtgtaatggcatcttgtgtagccacattggcaattgtctttacaattcaa 35335947  T
230 cttacacgttggaaaagaagcaaagaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgcatataatggttgggaacatataaagtgtttgatgt 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35335948 cttacacgttggaaaagaagcaaagaatcaagaatattgacaaaataaaatgtttgagtggatgcatataatggttgggaacatataaagtgtttgatgt 35336047  T
330 agaaagtggaacgacaagttgatcgattcatttagctaggaacttttattggttagtcaatggctttaagttttgtcatttcttctgtttatacaacgct 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35336048 agaaagtggaacgacaagttgatcgattcatttagctaggaacttttattggttagtcaatggctttaagttttgtcatttcttctgtttatacaacgct 35336147  T
430 gtcctgtgatatatgatattctt 452  Q
    |||||||||||||||||||||||    
35336148 gtcctgtgatatatgatattctt 35336170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 35348099 - 35347695
Alignment:
19 atgctaaggtagctgtgtgagttgatttgagttgtgtttgagttaggattggagagtt--------atatataactagaagaaaagctgttgagctgttc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||     | ||||||||||||||||||||||||||        ||||||||| |||||| ||| |||||||  ||||    
35348099 atgctaaggtagttgtgtgagttga-----gctgtgtttgagttaggattggagagtttgtgtgttatatataacaagaagagaagttgttgagtagttc 35348005  T
111 tagcacaagcaaaccacgcaggaagtgtgtgtgtttgcttaagttgtgagcatggctcggtgcctgcatgtctaat--ggcatcttgtgcagccacattg 208  Q
    || |||||||||||||| || |||||||||  ||||||||||| | |||||||||||  |||||||||||| ||||  ||  ||||||||||||||||||    
35348004 taacacaagcaaaccacacaagaagtgtgtaagtttgcttaaggtatgagcatggctacgtgcctgcatgtgtaatatggggtcttgtgcagccacattg 35347905  T
209 gcaattgtctttacaattcaactta----cacgt-tggaaaagaagcaaagaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgcatataatgg 303  Q
    |||||||||| ||||||||| | ||    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
35347904 gcaattgtctctacaattcagcatatatacacgtatggaaaagaagcaaagactcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgcatataattg 35347805  T
304 ttgggaacat-----ataaagtgtttgatgtagaaagtggaacgacaagttgatcgattcatttagctaggaacttttattggttagt-caatggcttta 397  Q
    ||||||||||     |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||    
35347804 ttgggaacatacagcataaagtgttggatgtggaaagtggaatgacaagttaatcgattcatttagctaggaatttttattggttagtccaaggccttta 35347705  T
398 agttttgtca 407  Q
     |||||||||    
35347704 tgttttgtca 35347695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 45 - 367
Target Start/End: Original strand, 35374525 - 35374850
Alignment:
45 ttgagttgtgtttgagttaggattggagagtt--------atatataactagaagaaaagctgttg-agctgttctagcacaagcaaaccacgcaggaag 135  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||        ||||||||| | ||||   | ||||| || ||||||| |||||||||||||| || ||||    
35374525 ttgagctgtgtttgagttaggattggagagtttgtgtgttatatataacaaaaagagttgttgttggagttgttctaacacaagcaaaccacacaagaag 35374624  T
136 tgtgtgtgtttgcttaagttgtgagcatggctcggtgcctgcatgtctaatggcatcttgtgcagccacattggcaattgtctttacaattcaacttaca 235  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||    
35374625 tgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcatacctcagtgcctgcatgtgtaatagaatcttgtgcagccacattggcaattgtctttac-attcagcataca 35374723  T
236 cgttggaaa-agaagcaaagaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgcatataatggttgggaacatataaagtgtttgatgtagaaa 334  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |    
35374724 cgttggaaatagcagctaagaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgc--acaatggttggg-acatataaagtgttggatgtagata 35374820  T
335 gtggaacgacaagttgatcgattcatttagcta 367  Q
    |||||   |||||||||||||||||||||||||    
35374821 gtgga---acaagttgatcgattcatttagcta 35374850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 76 - 303
Target Start/End: Original strand, 35368411 - 35368641
Alignment:
76 tatatataactagaagaaaagctgttg-agctgttctagcacaagcaaaccacgcaggaagtgtgtgtgtttgcttaa-gttgtgagcatggctcggtgc 173  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||| |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||| |   |||||||||||  ||||    
35368411 tatatataactagaagataagttgttggagttgttctaacacaagcaaaccacacaagaagtgtgtatgtttgcttaaaggaatgagcatggctacgtgc 35368510  T
174 ctgcatgtctaatggcatcttgtgcagccacattggcaattgtctttacaattcaacttacacgttggaaa-agaagcaaagaatcaagaatattgacaa 272  Q
    |||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
35368511 ctgcatgtgtaatggcatattgggcagccacattggcaattgtctttacaattcagcttaaatgttggaaatagcagcaaagaatcaagaatattgacaa 35368610  T
273 aatagaatgtttgagtggatgcatataatgg 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
35368611 aatagaatgtttgagtggatgcatataatgg 35368641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 106 - 323
Target Start/End: Original strand, 35346337 - 35346554
Alignment:
106 tgttctagcacaagcaaaccacgcaggaagtgt--gtgtgtttgcttaagttgtgagcatggctcggtgcctgcatgtctaatggcatcttgtgcagcca 203  Q
    ||||||| |||||| ||||||| || |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||    
35346337 tgttctatcacaagtaaaccacacaagaagtgtgtgtgtgtttgcttaaggtgtgagcatggctcgatgcctgcatgtgcaatgggatcttgtgcagcca 35346436  T
204 cattggcaattgtctttacaattcaacttacacgttggaaaa-gaagcaaagaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgcatataatg 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| |||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||     
35346437 cattggcaattgtctttacaattcagcttacacgttggaaaatgcagcatagaatcaagaata---accaaatagaatgtttgagtggatgcatataata 35346533  T
303 gttgggaacatataaagtgtt 323  Q
    |||||||||||||||| ||||    
35346534 gttgggaacatataaaatgtt 35346554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 45 - 339
Target Start/End: Original strand, 35355898 - 35356201
Alignment:
45 ttgagttgtgtttgagttaggattggagagtt--------atatataactagaagaaaagctgttg-agctgttctagcacaagcaaaccacgcaggaag 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||| | ||||   | ||||| || ||||||| |||||| ||||||| || ||||    
35355898 ttgagttgtgtttgagttaggattggagagtttgtgtgttatatataacaaaaagagt-gttgttggagttgttctaacacaagtaaaccacacaagaag 35355996  T
136 tgtgtgtgtttgcttaagttgtgagcatggctcggtgcctgcatgtctaatggcatcttgtgcagccacattggcaattgtctttaca-attcaacttac 234  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
35355997 tgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcatacctcagtgcctgcatgtgtaatagaatcttgtgcagccacattggcaattgtctttacacattcagcttac 35356096  T
235 acgttggaaa-agaagcaaagaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgcatataatggttg-ggaacatataaagtgtttgatgtaga 332  Q
    |||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||    
35356097 acgttggaaatagcagctaagaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgc--ttaatggatgtagaacatataaagtgttggatgtaga 35356194  T
333 aagtgga 339  Q
    |||||||    
35356195 aagtgga 35356201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 114 - 391
Target Start/End: Original strand, 35364639 - 35364914
Alignment:
114 cacaagcaaaccacgcaggaagtgtgtgtgtttgcttaagttgtgagcatggctcggtgcctgcatgtctaatggcatcttgtgcagccacattggcaat 213  Q
    |||||| ||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |    
35364639 cacaagtaaaccacacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcatggctccttgcttgcatgtgtaatgggatcttgtgcagccacattggcatt 35364738  T
214 tgtctttacaattcaacttacacgtt-ggaaaagaagcaaagaatcaagaatattgacaaaatagaa-tgtttgagtggatgcatataatggttgggaac 311  Q
    ||||||||||||||| | |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||| ||    
35364739 tgtctttacaattcagcgtacatgttgggaaaagaagaaaagaatcaagaataatgggaaaatataatttttttagtggatgcatataatggttggg-ac 35364837  T
312 atataaagtgtttgatgtagaaagtggaacgacaagttgatcgattcatttagctaggaacttttattggttagtcaatg 391  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||| || |||||| ||| |||| || | ||||||||||||||    
35364838 atataaagtgttagatgtagaaagtgga---acaagttgattgactcattttgcttggaatttcttttggttagtcaatg 35364914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 74 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 35343363 - 35343134
Alignment:
74 gttatatataactagaagaaaagctgttgagctgttctagcacaagcaaaccacgcaggaagtgtgtgtgtttgcttaagttgtgagcatggctcggtgc 173  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||| | ||| | |||||  ||||||| || ||||||||| ||||| |||||| ||||||| | |||  ||||    
35343363 gttatatataactagaagagaacttgttgagttattccaccacaattaaaccacacaagaagtgtgtatgtttacttaaggtgtgagctttgctacgtgc 35343264  T
174 ctgcatgtctaatggcatcttgtgcagccacattggcaattgtctttacaattcaacttacacgttggaaa-agaagcaaagaatcaagaatattgacaa 272  Q
    |||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
35343263 ctgcatgtgtaatggcatattgggcagccacattggcaattgtctttacaattcagcttaaatgttggaaatagcagcaaagaatcaagaatattgacaa 35343164  T
273 aatagaatgtttgagtggatgcatataatg 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
35343163 aatagaatgtttgagtggatgcatataatg 35343134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 114 - 364
Target Start/End: Original strand, 35351412 - 35351668
Alignment:
114 cacaagcaaaccacgcaggaagtgtgtgtgtttgcttaagttgtgagcatggctcggtgcctgcatgtctaatggcatcttgtgcagccacattggcaat 213  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||| |||||||||||||  ||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
35351412 cacaagcaaaccatgcaggaagtgtgtatctttgctaaaggtgtgagcatggctacgtgctagcatgtgtaatggaatcttgtgcagccacattggcaat 35351511  T
214 tgtctttacaattcaacttacacgttggaa-aagaagcaaa-----gaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgcatataatggttgg 307  Q
    ||| |||| || ||| | | |||||||||| ||| ||||||     |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
35351512 tgtttttataagtcagcatgcacgttggaagaagcagcaaattaaagaatcaagaatattgaaaaaatcgaatgtttgagtggatgcatataatagttgg 35351611  T
308 gaacatataaagtgtttgatgtagaaagtggaacgacaagttgatcgattcatttag 364  Q
    |||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||    
35351612 gaacatttaaagtgttggaagtagaaagtggaacaacaagttaattgattcagttag 35351668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 183 - 350
Target Start/End: Original strand, 35341070 - 35341243
Alignment:
183 taatggcatcttgtgcagccacattggcaa--ttgtctttacaattcaacttacacgttggaa-aagaagcaaagaatcaagaat----attgacaaaat 275  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | |||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||    |||||||||||    
35341070 taatgggatcttgtgcagccacattggcaaaattgtctttacaattcagcatacacgttggaagaagcagcatagattcaagaattaatattgacaaaat 35341169  T
276 agaatgtttgagtggatgcatataatggttg-ggaacatataaagtgtttgatgtagaaagtggaacgacaagttg 350  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||    
35341170 agaatgtttgagtggatgc--ttaatggttgtagaacatataaagtgttgaatgtagaaagtggaacgacatgttg 35341243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 114 - 283
Target Start/End: Original strand, 35371816 - 35371983
Alignment:
114 cacaagcaaaccacgcaggaagtgtgtgtgtttgcttaagttgtgagcatggctcggtgcctgcatgtctaatggcatcttgtgcagccacattggcaat 213  Q
    |||||| ||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  ||| | ||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| |    
35371816 cacaagtaaaccacacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcatggctccttgcttccatgtgtaatgggatcttgtgcagcatcattggcatt 35371915  T
214 tgtctttacaattcaacttacacgttg-gaaaagaagcaaagaatcaagaatattgacaaaatagaatgtt 283  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||  ||||| | ||||||||||||||   |||| ||||||||||||    
35371916 tctctttacaattcagcttacacgttgataaaagcaacaaagaatcaagaa---tgactaaatagaatgtt 35371983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 320 - 386
Target Start/End: Original strand, 35371980 - 35372046
Alignment:
320 tgtttgatgtagaaagtggaacgacaagttgatcgattcatttagctaggaacttttattggttagt 386  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||    
35371980 tgttggatgtagaaagtggaaggacaagttgattgattcattttgctatgaatttttattggttagt 35372046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 360 - 419
Target Start/End: Original strand, 35356206 - 35356267
Alignment:
360 tttagctaggaacttttattggttagtcaatgg--ctttaagttttgtcatttcttctgttt 419  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||    
35356206 tttagctaggaatttttattggttagtcaatggccctttatattttgtcatttcttctgttt 35356267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 355 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 35343124 - 35343059
Alignment:
355 attcatttagctaggaacttttattggttagtcaatg-gctttaagttttgtcatttcttctgttt 419  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||| | ||||||    
35343124 attcatttagctaggaatttttattggttagtctatgtcctttatgttttgtcatttttgctgttt 35343059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 332 - 393
Target Start/End: Original strand, 35356831 - 35356892
Alignment:
332 aaagtggaacgacaagttgatcgattcatttagctaggaacttttattggttagtcaatggc 393  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||  || |||||||||||| ||||||||    
35356831 aaagtgaaacgacaagttgattgattcgttttgctataaatttttattggttattcaatggc 35356892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University