View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2350_low_1 (Length: 680)

Name: NF2350_low_1
Description: NF2350
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2350_low_1
NF2350_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (24-664)||(36898421-36899063)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 556; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 664
Target Start/End: Original strand, 36898421 - 36899063
Alignment:
Q  24 actcaacttctccttcatgattattatcctcgtattttattttgcttatacctttttaaatttatgaaaccattatgaacaagcaaaatgtccaaaaaat 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  36898421 actcaacttctccttcatgattattatcctcgtattttattttgcttatacctttttaaatttatgaaaccattgtgaacgagcaaaatgtccaaaaact 36898520  T
Q  124 cttgtagtagagtcacacttgcttgttcataaacctaactaaaactcatttagacacgcataaataaatatgtgtttaaataatttttatgagattgtga 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36898521 cttgtagtagagtcacacttgcttgttcataaacctaactaaaactcatttagacacgcataaataaatatgtgtttaaataatttttatgagattgtga 36898620  T
Q  224 tcatataagtannnnnnnacagnnnnnnntagtaaaatgagaaatacttatataacaatataagtccaggtcaaccatgacatcaccatctattaatgta 323  Q
    |||||||||||       ||||       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36898621 tcatataagtatttttttacagaaaaaaatagtaaaatgagaaatact-atataacaatataagtccaggtcaaccatgacatcaccatctattaatgta 36898719  T
Q  324 ctttcttgtaggacatttcaaagaaaaattatgccatgggaggttgacatatactgttaattgagttccatcttaggaaatgggttagcactcaggcata 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36898720 ctttcttgtaggacatttcaaagaaaaattatgccatgggaggttgacatatgctgttagttgagttccatcttaggaaatgggttagcactcaggcata 36898819  T
Q  424 cgtgcgaagctggtgccatgaaaccaaatttaaagtcaaatgtactatcgacaatttagaactggtggagtttaacttgaaccactatcataatactagt 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36898820 cgtgcgaagctggtgccatgaaaccaaatttaaagtcaaatgtactatcgacaatttagaactggtggagtttaacttgaaccactatcataatactagt 36898919  T
Q  524 attatcataaattgatagtaccttaattatcaattacaacttgtgctaaaaaacatacatctcaagaatcattacggattgaatattttgggcagaccca 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36898920 attatcataaattgatagtaccttaattatcaattacaacttgtgctaaaaatcatacatctcaagaatcattacggattgaatattttgggcagaccca 36899019  T
Q  624 cgtctatggtatctac---ctaaccaacttcccataagatttct 664  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  36899020 cgtctatggtatctactatctaaccaacttcccataagatttct 36899063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University