View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2356_high_6 (Length: 432)

Name: NF2356_high_6
Description: NF2356
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2356_high_6
NF2356_high_6
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-412)||(32371754-32372147)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (18-401)||(21462340-21462725)
chr6 (33-410)||(11749014-11749393)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (100-409)||(26628036-26628345)
chr1 (221-265)||(31864074-31864118)
chr1 (219-262)||(25590349-25590392)
chr1 (219-262)||(44540885-44540928)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (100-410)||(12102793-12103106)
chr4 (100-262)||(25170643-25170809)
chr4 (155-191)||(50912426-50912462)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (202-412)||(18191577-18191788)
chr8 (20-180)||(18191421-18191582)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (100-414)||(2799564-2799880)
chr7 (53-183)||(8266266-8266397)
chr7 (100-193)||(19795648-19795741)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (256-368)||(18679470-18679582)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (124-183)||(36020320-36020379)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 32372147 - 32371754
Alignment:
Q  18 aggtttcgtgcacaacaatcatggccaataatggaggttttggtacaaacatactggttcttgatggaaaaaactagagaggtggagtgcattgatgaaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32372147 aggtttcgtgcacaacaatcatggccaataatggaggttttggtacaaacatactagttcttgatggaaaaaactggagaggtggagtgcattgatgaaa 32372048  T
Q  118 tcactctttggtgcgcaagatgttcttgaattggtggagaatgggtatgaagatcttgctgcaaatgcaacagatgtttaaagagctgcattaaggagca 217  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32372047 tcact-tttggtgcgcaagatgttcttgaattggtggagaatgggtatgaagatcttgctgcaaatgcaacagatgttcaaagagctgcattaaggagca 32371949  T
Q  218 gaagaagaaagattgcaaggcattgttctacattcaacaaaatgtagattccaatcactttgaaaataattcaaagataacaagttccaaataagcatgg 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32371948 gaagaagaaagattgcaaggcattgttctacattcaacaaaatgtagattccaatcactttgaaaatatttcaaagataacaagatccaaataagcatgg 32371849  T
Q  318 gatatcttagcaaagtactatgaaggtagtgataatgtgaagcaagtgaagctgcggtcactaaggaggaagtatgagttgatgtcgatggagga 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32371848 gatatcttagcaaagtactatgaaggtagtgataatatgaagcaagtgaagctgcgatcactaaggaggaagtatgagttgatgttgatggagga 32371754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 18 - 401
Target Start/End: Original strand, 21462340 - 21462725
Alignment:
Q  18 aggtttcgtgcacaacaatcatggccaataatggaggttttggtacaaacatactggttcttgatggaaaaaactag-agaggtggagtgcattgatgaa 116  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || | | | |||||||||||||||||||     
T  21462340 aggtttcgtgcgaagcaatcatggccaacaatggaggttttggtacaaatatactggttcttgatgggaagaattgggaaaggtggagtgcattgatgag 21462439  T
Q  117 atcactctttggtgcgcaagatgttcttgaattggtggagaatgggtatgaagatcttgctgcaaatgcaacagatgtttaaagagctgcattaag-gag 215  Q
     ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| || ||     
T  21462440 gtcactatttggcgcgcaagatgttcttgaattggttgagaatggatatgaagatcttgctgcaaatgcaactgaagttcaaagagctgcattcagagaa 21462539  T
Q  216 cagaagaagaaagattgcaaggcattgttctacattcaacaaaatgtagattccaatcactttgaaaataattcaaagataacaagttccaaataagcat 315  Q
     ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |  |||||||||||||| |||||  | ||||    
T  21462540 tagaagaagaaagattgcaaagctttgttctacattcaacaaaatgtagattctaatcactttgagaagatctcaaagataacaagatccaaggaggcat 21462639  T
Q  316 gggatatcttagcaaagtactatgaaggtagtgataatgtgaagcaagtgaagctgcggtcactaaggaggaagtatgagttgatg 401  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | || || || ||||||||||||    
T  21462640 gggatatcttggcaaaatactatgaaggtagtgataatgtgaagcaagtgaagcttcagtcattgagaagaaaatatgagttgatg 21462725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 33 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 11749393 - 11749014
Alignment:
Q  33 caatcatggccaataatggaggttttggtacaaacatactggttcttgatggaaaaaactag-agaggtggagtgcattgatgaaatcactctttggtgc 131  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| |||||||| ||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||||| ||  | ||||| ||    
T  11749393 caatcatggccaacaatggtggttttggatcaaatatactggtacttgatggaaagaactgggaaaggtggagtgcattgatgaagtcgttgtttggagc 11749294  T
Q  132 gcaagatgttcttgaattggtggagaatgggtatgaagatcttgctgcaaatgcaacagatgtttaaagagctgcatt-aaggagcagaagaagaaagat 230  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | |||   |||||  | || || || || |||| |||||||    
T  11749293 acaagatgttcttgaattggtggagaatgggtatgaagatattgctgcaaatgctacataagttcggagagcaactttcaaagaacataagatgaaagat 11749194  T
Q  231 tgcaaggcattgttctacattcaacaaaatgtagattccaatcactttgaaaataattcaaagataacaagttccaaataagcatgggatatcttagcaa 330  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||||||||| |||||  | |||||||||||| ||  ||    
T  11749193 tgcaaggctttgttctacattcagcaaaatgtagattcaaatcactttgagaagatttcaaagataacaagatccaaggaggcatgggatatcatattaa 11749094  T
Q  331 agtactatgaaggtagtgataatgtgaagcaagtgaagctgcggtcactaaggaggaagtatgagttgatgtcgatggag 410  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  11749093 aatactatgaaggtagtgagaatgtgaagcaagtgaagcttcagtcattaagaaggaaatatgagttgatgttgatggag 11749014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 143; Significance: 6e-75; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 100 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 26628345 - 26628036
Alignment:
Q  100 tggagtgcattgatgaaatcactctttggtgcgcaagatgttcttgaattggtggagaatgggtatgaagatcttgctgcaaatgcaacagatgtttaaa 199  Q
    ||||||||| ||||||| | ||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||  | |    
T  26628345 tggagtgcactgatgaagttactttttggagcacaagatgtttttgaattggtggagaatgggtatgaagatcttggtgcaaatcctacagatgtgcaga 26628246  T
Q  200 gagctgcattaa-ggagcagaagaagaaagattgcaaggcattgttctacattcaacaaaatgtagattccaatcactttgaaaataattcaaagataac 298  Q
    ||||||| || | |||   ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||| || | ||||||||| ||    
T  26628245 gagctgctttcatggatttgaaaaagaaagattgca-ggctttgttctacattcagcagaatgttaattccaatcactttgagaagatttcaaagatcac 26628147  T
Q  299 aagttccaaataagcatgggatatcttagcaaagtactatgaaggtagtgataatgtgaagcaagtgaagctgcggtcactaaggaggaagtatgagttg 398  Q
    ||| |||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||    
T  26628146 aagatccaaggaagcttgggatatcttagcaaaatactatgaaggtagtgataatgtgaagcaagtgaagcttcagtcactgagaaggaagtatgagttg 26628047  T
Q  399 atgtcgatgga 409  Q
    |||| ||||||    
T  26628046 atgttgatgga 26628036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 221 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 31864118 - 31864074
Alignment:
Q  221 gaagaaagattgcaaggcattgttctacattcaacaaaatgtaga 265  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  31864118 gaagaaagattgcaagactttgttctacattcaacaaaatgtaga 31864074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 219 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 25590392 - 25590349
Alignment:
Q  219 aagaagaaagattgcaaggcattgttctacattcaacaaaatgt 262  Q
    |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  25590392 aagaagaaagattgtaaggcactgttttacattcaacaaaatgt 25590349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 219 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 44540928 - 44540885
Alignment:
Q  219 aagaagaaagattgcaaggcattgttctacattcaacaaaatgt 262  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||    
T  44540928 aagaagaaagattgtaaagctttgttctacattcaacaaaatgt 44540885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 100 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 12103106 - 12102793
Alignment:
Q  100 tggagtgcattgatgaaatcactctttggtgcgcaagatgttcttgaattggtggagaatgggtatgaagatcttgctgcaaatgcaacagatgtttaaa 199  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||| | ||| |||| || |    
T  12103106 tggagtgcattgatgaagacactctttggagcacaagatgttcttgaatcggtggagaatgaatatgaagatcttggtgcaaatcctacatatgtgtaga 12103007  T
Q  200 gagctgcatt-aaggagcagaa--gaagaaagattgcaaggcattgttctacattcaacaaaatgtagattccaatcactttgaaaataattcaaagata 296  Q
    ||||| | || |||||   |||  ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||| | ||||||||| || | |||||||||     
T  12103006 gagctactttcaaggatttgaaaggaaaaaatattgcaaggctttgttctacattcaacggaatgttgattcaagtcactttgagaagatttcaaagatc 12102907  T
Q  297 acaagttccaaataagcatgggatatcttagcaaagtactatgaaggtagtgataatgtgaagcaagtgaagctgcggtcactaaggaggaagtatgagt 396  Q
    ||||| |||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||    
T  12102906 acaagatccaagaaagcttgggatatcttagcaaaatactatgaaggtagtgataatgtgaagcaagtgaagcttcagtcactaagaaggaagtatgagt 12102807  T
Q  397 tgatgtcgatggag 410  Q
    |||||| |||||||    
T  12102806 tgatgttgatggag 12102793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 100 - 262
Target Start/End: Original strand, 25170643 - 25170809
Alignment:
Q  100 tggagtgcattgatgaaatcactctttggtgcgcaagatgttcttgaattggtggagaatgggtatgaagatcttgctgcaaatgcaacagatgtttaaa 199  Q
    ||||||||||||||||| |   | ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||  | |    
T  25170643 tggagtgcattgatgaagttgttatttggagcacaagatgctcttgaattggtggagaatgggtatgaagatcttgctgcatatgctacatatgtgcaga 25170742  T
Q  200 gagctgcatt--aaggagc--agaagaagaaagattgcaaggcattgttctacattcaacaaaatgt 262  Q
    ||||  | ||  || || |  | |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||    
T  25170743 gagcatctttcaaaagaacataaaagaagaaagattgcaaggcattgatttacattcaacataatgt 25170809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 155 - 191
Target Start/End: Original strand, 50912426 - 50912462
Alignment:
Q  155 agaatgggtatgaagatcttgctgcaaatgcaacaga 191  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  50912426 agaatggctatgaagatcttgctgcaaatgccacaga 50912462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 202 - 412
Target Start/End: Original strand, 18191577 - 18191788
Alignment:
Q  202 gctgcatt-aaggagcagaagaagaaagattgcaaggcattgttctacattcaacaaaatgtagattccaatcactttgaaaataattcaaagataacaa 300  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||   |||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| || |  ||||||| |||||    
T  18191577 gctgcattcaaggagcagaagaagaaagcttgcaaagctccgttctacattcagcaaaatgtagattctaaccactttgagaagatctcaaagacaacaa 18191676  T
Q  301 gttccaaataagcatgggatatcttagcaaagtactatgaaggtagtgataatgtgaagcaagtgaagctgcggtcactaaggaggaagtatgagttgat 400  Q
    | |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||    
T  18191677 gatccaaaaaagcatgggatatcttggcaaagtactatgacggtagtgataatgtgaatcaagtgaagcttcaatcactaaggagaaagtatgagttgat 18191776  T
Q  401 gtcgatggagga 412  Q
    || |||||||||    
T  18191777 gttgatggagga 18191788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Original strand, 18191421 - 18191582
Alignment:
Q  20 gtttcgtgcacaacaatcatggccaataatggaggttttggtacaaacatactggttcttgatggaaaaaact-agagaggtggagtgcattgatgaaat 118  Q
    |||||||||  | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |  || || ||||||||  | ||||| |    
T  18191421 gtttcgtgcgaagcaatcatggtcaacaatggaggttttggtacaaatatactagttcttgatggaaagaattgggaaagatggagtgctctaatgaagt 18191520  T
Q  119 cactctttggtgcgcaagatgttcttgaattggtggagaatgggtatgaagatcttgctgca 180  Q
    |||| |||||   ||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  18191521 cactgtttggaatgcaagatgttactgaattggttgagaatggatatgaagatcttgctgca 18191582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 100 - 414
Target Start/End: Original strand, 2799564 - 2799880
Alignment:
Q  100 tggagtgcattgatgaaatcactctttggtgcgcaagatgttcttgaattggtggagaatgggtatgaagatcttgctgcaaatgcaacagatgtttaaa 199  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| || || ||||||| ||| ||| | || || |   | |    
T  2799564 tggagtgcattgatgaagtcactatttggtgcacaagaagttcttgaattggtgcagaatggttacgatgatcttggtgccaatcctactgaagcgcaga 2799663  T
Q  200 gagctgcatt-aaggagcagaagaagaaagattgcaaggcattgttctacattcaacaaaatgtagattccaatcacttt-gaaaataattcaaagataa 297  Q
    || |  | || |||||   |||||||||||||||||| |   |||||||  ||||||||||||| ||||  ||||| ||| || || |  ||||||||||    
T  2799664 gaacaactttcaaggaattgaagaagaaagattgcaacgatatgttctatgttcaacaaaatgttgattaaaatcatttttgagaagatctcaaagataa 2799763  T
Q  298 caagttccaaataagcatgggatatcttagcaaagtactatgaaggtagtgataatgtgaagcaagtgaagctgcggtcactaaggaggaagtatgagtt 397  Q
    |||| || ||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||| ||||| ||    
T  2799764 caagatcaaaagaagcatgggatatcttagtcaaatactatgaagacagtgacaatgtgaagcaagtgaagcttcaatcactaagaaggaaatatgaatt 2799863  T
Q  398 gatgtcgatggaggaag 414  Q
    ||||| |||||| ||||    
T  2799864 gatgttgatggaagaag 2799880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 53 - 183
Target Start/End: Original strand, 8266266 - 8266397
Alignment:
Q  53 ggttttggtacaaacatactggttcttgatggaaaaaactag-agaggtggagtgcattgatgaaatcactctttggtgcgcaagatgttcttgaattgg 151  Q
    |||||||| |||||||| ||   ||||||||| || |||||| | |||||||||||||||||||| ||| | ||||| || || |||| |||||||||||    
T  8266266 ggttttggaacaaacattcttactcttgatgggaagaactaggaaaggtggagtgcattgatgaagtcattatttggagcacatgatggtcttgaattgg 8266365  T
Q  152 tggagaatgggtatgaagatcttgctgcaaat 183  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8266366 tggagaataggtatgaagatcttgctgcaaat 8266397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 100 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 19795741 - 19795648
Alignment:
Q  100 tggagtgcattgatgaaatcactctttggtgcgcaagatgttcttgaattggtggagaatgggtatgaagatcttgctgcaaatgcaacagatg 193  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| || || |||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  19795741 tggagagcattgatgaagtcactctttggagcacatgatgctcttgaattggttgagaatggatatgaagatcttggtgcaaatccaacagatg 19795648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 256 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 18679582 - 18679470
Alignment:
Q  256 aaaatgtagattccaatcactttgaaaataattcaaagataacaagttccaaataagcatgggatatcttagcaaagtactatgaaggtagtgataatgt 355  Q
    ||||||| |||||  | ||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||  |||| || ||||||||||  || || |||||||| ||||| |||||    
T  18679582 aaaatgttgattcagaccactttgaaaatatttcaaagatcacaagatcaaaggaagcttgtgatatcttagagaaatattatgaaggaagtgagaatgt 18679483  T
Q  356 gaagcaagtgaag 368  Q
    |||||||||||||    
T  18679482 gaagcaagtgaag 18679470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 124 - 183
Target Start/End: Original strand, 36020320 - 36020379
Alignment:
Q  124 tttggtgcgcaagatgttcttgaattggtggagaatgggtatgaagatcttgctgcaaat 183  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| | || || ||||| ||||||| |||||||    
T  36020320 tttggtgcacaagatgttcttgaattggtgcataacggctatgaggatcttggtgcaaat 36020379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University