View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2357_low_15 (Length: 338)

Name: NF2357_low_15
Description: NF2357
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2357_low_15
NF2357_low_15
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (10-338)||(23587363-23587691)
chr4 (10-338)||(23596215-23596543)
chr4 (172-321)||(54396650-54396799)
chr4 (170-316)||(9335681-9335827)
chr4 (187-316)||(30775484-30775613)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (10-327)||(8017043-8017360)
chr7 (139-338)||(8102877-8103076)
chr7 (70-320)||(39985874-39986124)
chr7 (187-322)||(8610143-8610278)
chr7 (170-316)||(13333246-13333392)
chr7 (175-311)||(8585501-8585637)
chr7 (170-322)||(8602200-8602352)
chr7 (85-316)||(8667651-8667882)
chr7 (187-310)||(17268177-17268300)
chr7 (193-299)||(8538285-8538391)
chr7 (170-316)||(10494164-10494310)
chr7 (172-316)||(8659595-8659739)
chr7 (85-218)||(8671335-8671468)
chr7 (170-305)||(3147515-3147650)
chr7 (170-293)||(7877523-7877646)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (170-316)||(16657307-16657453)
chr2 (172-311)||(17716485-17716624)
chr2 (172-260)||(12234977-12235065)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (172-316)||(4678350-4678494)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (185-311)||(11156507-11156633)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (232-305)||(42272433-42272506)
chr8 (196-305)||(42324520-42324629)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 305; Significance: 1e-172; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 10 - 338
Target Start/End: Original strand, 23587363 - 23587691
Alignment:
Q  10 atgaaattgtggccgttcaaggtcattcctggccctgctgacaaaccaatgatcgtggtgaactacaaagcggaggagaagcaattttccgctgaagaga 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23587363 atgaaattgtggccgttcaaggtcattcctggccctgctgacaaaccaatgatcgtggtgaactacaaagcggaagagaagcaattttccgctgaagaga 23587462  T
Q  110 tatcttctatggttcttatgaaaatgaaggagattgcagaggcttatcttggtacaacgatcaagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacga 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23587463 tatcttctatggttcttatgaaaatgaaggagattgcagaggcttatcttggtacaacgattaagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacga 23587562  T
Q  210 ttcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaattattaatgaacctactgctgctgctattgcttatggtctt 309  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23587563 ttcacaacgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaattattaatgaacctaccgctgctgctattgcttatggtctt 23587662  T
Q  310 gataagaaagctacaagtactggtgagaa 338  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  23587663 gataagaaagctacaagcacgggtgagaa 23587691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 10 - 338
Target Start/End: Original strand, 23596215 - 23596543
Alignment:
Q  10 atgaaattgtggccgttcaaggtcattcctggccctgctgacaaaccaatgatcgtggtgaactacaaagcggaggagaagcaattttccgctgaagaga 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23596215 atgaaattgtggccgttcaaggtcattcctggccctgctgacaaaccaatgatcgtggtgaactacaaggcagaggagaagcaattttctgctgaagaga 23596314  T
Q  110 tatcttctatggttcttatgaaaatgaaggagattgcagaggcttatcttggtacaacgatcaagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacga 209  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  23596315 tatcttccatggttcttatgaagatgaaggagatcgcagaggcttaccttggtacaacaattaagaatgccgttgtaaccgtgcctgcatacttcaacga 23596414  T
Q  210 ttcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaattattaatgaacctactgctgctgctattgcttatggtctt 309  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||    
T  23596415 ttcacaacgtcaagctactaaggatgctggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaattattaacgagcccactgctgccgctattgcttatggtctt 23596514  T
Q  310 gataagaaagctacaagtactggtgagaa 338  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23596515 gataagaaagctacaagtactggtgagaa 23596543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 172 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 54396799 - 54396650
Alignment:
Q  172 aagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaatta 271  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||  ||||| ||  | ||||||||||| ||||    
T  54396799 aagaatgctgttgttactgttcctgcttatttcaatgattctcaacgtcaagctacgaaagatgctggtgctatttcgggtttgaatgtgttgaggatta 54396700  T
Q  272 ttaatgaacctactgctgctgctattgcttatggtcttgataagaaagct 321  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  54396699 ttaatgagcctactgctgctgcaattgcttatggtttggataagaaagct 54396650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 316
Target Start/End: Original strand, 9335681 - 9335827
Alignment:
Q  170 tcaagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaat 269  Q
    |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||  | || || | |||||| |||   ||| |||| || |||||  |  | ||    
T  9335681 tcaagaatgccgttgttaccgtgccagcttacttcaatgattctcagcgaaaggccaccatagatgctggtactattgctggccttaatgtcattcggat 9335780  T
Q  270 tattaatgaacctactgctgctgctattgcttatggtcttgataaga 316  Q
     || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  9335781 aatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgataaga 9335827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 187 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 30775613 - 30775484
Alignment:
Q  187 actgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaattattaatgaacctactg 286  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| |||||||  |||| || |  ||||| |||| |||| |||| || |||||  ||||||| |||||||| || ||||    
T  30775613 actgtgcctgcttatttcaatgatgcacagcgaaaagccactatggatgctggtgccattgctggtcttaatgttatgagaataattaatgagcccactg 30775514  T
Q  287 ctgctgctattgcttatggtcttgataaga 316  Q
    | || |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  30775513 cagcagctattgcatatggacttgagaaga 30775484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 74; Significance: 6e-34; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 327
Target Start/End: Original strand, 8017043 - 8017360
Alignment:
Q  10 atgaaattgtggccgttcaaggtcattcctggccctgctgacaaaccaatgatcgtggtgaactacaaagcggaggagaagcaattttccgctgaagaga 109  Q
    ||||| |||||||| || ||||| ||| |||| |||| ||| || |||||||| |  || |||||||| |  ||||| ||||||||| | ||||| || |    
T  8017043 atgaagttgtggccttttaaggttattgctggtcctggtgaaaagccaatgattggtgttaactacaagggtgaggacaagcaatttgctgctgaggaaa 8017142  T
Q  110 tatcttctatggttcttatgaaaatgaaggagattgcagaggcttatcttggtacaacgatcaagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacga 209  Q
    | || |||||||| || || || |||   |||||||| || ||||| || ||| ||||  | |||||||||||||| || || || ||||||||||| ||    
T  8017143 tttcgtctatggtactcataaagatgcgtgagattgctgaagcttacctcggttcaactgtgaagaatgccgttgttacagttccagcttacttcaatga 8017242  T
Q  210 ttcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaattattaatgaacctactgctgctgctattgcttatggtctt 309  Q
    ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||| || || |||    
T  8017243 ttcgcagcgtcaagccacaaaggatgccggtgtcattgcaggactcaatgttttgagaattatcaacgagccaacagctgcagctattgcgtacggactt 8017342  T
Q  310 gataagaaagctacaagt 327  Q
    || || || |||||||||    
T  8017343 gacaaaaaggctacaagt 8017360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 139 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 8103076 - 8102877
Alignment:
Q  139 gagattgcagaggcttatcttggtacaacgatcaagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccg 238  Q
    |||||||| || ||||||||||||   || || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| |    
T  8103076 gagattgccgaagcttatcttggtgtcaccattaagaatgccgtcgtcactgtccctgcttacttcaatgattctcagcgtcaagcaactaaagatgctg 8102977  T
Q  239 gtgtcatttctggactcaatgtgttgagaattattaatgaacctactgctgctgctattgcttatggtcttgataagaaagctacaagtactggtgagaa 338  Q
    |||| ||  ||||  | ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||| || || || ||||||  |||||||||    
T  8102976 gtgttatcgctggtttaaatgttttgagaattattaatgagccaactgctgctgctattgcctacggtcttgacaaaaaggcgacaagtgttggtgagaa 8102877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 70 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 39986124 - 39985874
Alignment:
Q  70 aactacaaagcggaggagaagcaattttccgctgaagagatatcttctatggttcttatgaaaatgaaggagattgcagaggcttatcttggtacaacga 169  Q
    ||||||||||  || || ||| ||||| | || |||||||| ||||| ||||| || ||||| |||   |||||||| || || || |||||| |  | |    
T  39986124 aactacaaaggtgaagataaggaatttgctgccgaagagatctcttccatggtgctaatgaagatgcgtgagattgccgaagcgtaccttggttctgcca 39986025  T
Q  170 tcaagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaat 269  Q
    | |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || || || |||||||||||||| || ||||| || || ||| | || || |||||  || ||||    
T  39986024 ttaagaatgctgttgttactgtccctgcttactttaatgactcccagcgtcaagctaccaaggatgctggagttattgccggtcttaatgtcatgcgaat 39985925  T
Q  270 tattaatgaacctactgctgctgctattgcttatggtcttgataagaaagc 320  Q
    ||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  39985924 tatcaatgagcccactgctgctgccattgcttatggtcttgacaagaaagc 39985874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 187 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 8610278 - 8610143
Alignment:
Q  187 actgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaattattaatgaacctactg 286  Q
    |||||||||||||| || || ||||| |||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||  |  | ||||| |||||||| || |    
T  8610278 actgtgcctgcttattttaatgattctcagcggaaagccacaaaagatgctggtgtcatttctggccttaatgtaatccggattatcaatgaaccaacgg 8610179  T
Q  287 ctgctgctattgcttatggtcttgataagaaagcta 322  Q
    |||| ||| |||| ||||||||| | |||| |||||    
T  8610178 ctgcggctcttgcatatggtcttcagaagagagcta 8610143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 170 - 316
Target Start/End: Original strand, 13333246 - 13333392
Alignment:
Q  170 tcaagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaat 269  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||  | || || | |||||| ||||  ||| |||| || ||| |  |  ||||    
T  13333246 tcaagaatgccgttgttactgtgccggcttacttcaatgattctcagcgaaaggccaccatagatgctggtgctattgctggccttaatatcattcgaat 13333345  T
Q  270 tattaatgaacctactgctgctgctattgcttatggtcttgataaga 316  Q
     || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  13333346 aatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgacaaga 13333392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 175 - 311
Target Start/End: Original strand, 8585501 - 8585637
Alignment:
Q  175 aatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaattatta 274  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||  |||| || |  ||||| |||| |||| |||| || |||||  |||| || || |    
T  8585501 aatgcagttgtgactgtgcctgcttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccatggatgctggtgccattgctggccttaatgttatgaggataatca 8585600  T
Q  275 atgaacctactgctgctgctattgcttatggtcttga 311  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  8585601 atgaacccactgctgcagctattgcatatggccttga 8585637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 170 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 8602352 - 8602200
Alignment:
Q  170 tcaagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaat 269  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| || || ||||| |||||  |||| ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||  || | ||    
T  8602352 tcaagaatgcagttgttactgtgccggcttattttaatgattctcagcgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggtctcaatgtaatgcggat 8602253  T
Q  270 tattaatgaacctactgctgctgctattgcttatggtcttgataagaaagcta 322  Q
     || ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| ||| | |||| |||||    
T  8602252 aatcaatgagccaactgcagctgctcttgcatatggccttcaaaagagagcta 8602200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 8667882 - 8667651
Alignment:
Q  85 gagaagcaattttccgctgaagagatatcttctatggttcttatgaaaatgaaggagattgcagaggcttatcttggtacaacgatcaagaatgccgttg 184  Q
    |||||||| ||||  ||||| || |||||||||||||| ||||  || |||   ||| |||| ||||| ||||| ||  |  || |||||||||||||||    
T  8667882 gagaagcacttttgtgctgaggaaatatcttctatggtgcttacaaagatgcgagaggttgcggaggcatatctggggtcgccggtcaagaatgccgttg 8667783  T
Q  185 taactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaattattaatgaacctac 284  Q
    | |||||||| ||||||||||| ||||| |||||  | || || | |||||| |||   ||| ||||||| |||||  |  | || || |||||||||||    
T  8667782 ttactgtgccagcttacttcaatgattctcagcgaaaggccaccatagatgctggtactattgctggacttaatgtcattcggataatcaatgaacctac 8667683  T
Q  285 tgctgctgctattgcttatggtcttgataaga 316  Q
    ||| || |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  8667682 tgcggcagctattgcatatggccttgacaaga 8667651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 17268300 - 17268177
Alignment:
Q  187 actgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaattattaatgaacctactg 286  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| |||||  |||| || | |||||| ||||||||| |||| || ||||| ||||   | || |||||||| ||||    
T  17268300 actgtcccggcttacttcaacgattctcagcgaaaagccaccatagatgctggtgtcattgctggccttaatgtattgaaggtaatcaatgaaccaactg 17268201  T
Q  287 ctgctgctattgcttatggtcttg 310  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||    
T  17268200 ctgcagctattgcatatggccttg 17268177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 193 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 8538391 - 8538285
Alignment:
Q  193 cctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaattattaatgaacctactgctgctg 292  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||   ||| || |||||||| ||||||||| |||| ||||||||  || | || || ||||||||||| |||||||    
T  8538391 cctgcttatttcaatgattcacagcgaagagccaccaaagatgctggtgtcattgctggcctcaatgtaatgcggataatcaatgaacctacagctgctg 8538292  T
Q  293 ctattgc 299  Q
    || ||||    
T  8538291 ctcttgc 8538285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 316
Target Start/End: Original strand, 10494164 - 10494310
Alignment:
Q  170 tcaagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaat 269  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||  | ||||| |  ||||| ||||  ||| |||| || |||||  |  | ||    
T  10494164 tcaagaatgctgttgttactgtgccggcttacttcaacgattctcaacgaaaggctactattgatgctggtgctattgctggccttaatgtcattcggat 10494263  T
Q  270 tattaatgaacctactgctgctgctattgcttatggtcttgataaga 316  Q
     || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  10494264 aatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgacaaga 10494310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 172 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 8659739 - 8659595
Alignment:
Q  172 aagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtg-ttgagaatt 270  Q
    |||||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||| |||||  |||| || | |||| |||||| |||| |||| || |||||  || ||| |     
T  8659739 aagaatgctgttgttacagtgcctgcatagttcaatgattctcagcgaaaagccaccatagattccggtgccattgctggccttaatgtcattcaga-ta 8659641  T
Q  271 attaatgaacctactgctgctgctattgcttatggtcttgataaga 316  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||    
T  8659640 attaatgaacctactgctgcagctattgcatatggttttgacaaga 8659595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 85 - 218
Target Start/End: Original strand, 8671335 - 8671468
Alignment:
Q  85 gagaagcaattttccgctgaagagatatcttctatggttcttatgaaaatgaaggagattgcagaggcttatcttggtacaacgatcaagaatgccgttg 184  Q
    |||||||||||||  ||||| || |||||||||||||| ||||  || |||   ||| |||| ||||| ||||| |   || || |||||||||||||||    
T  8671335 gagaagcaattttgtgctgaggaaatatcttctatggtgcttacaaagatgcgagaggttgcggaggcatatctggagtcaccggtcaagaatgccgttg 8671434  T
Q  185 taactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcg 218  Q
    | || ||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  8671435 ttaccgtgccagcttacttcaatgattctcagcg 8671468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 170 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 3147650 - 3147515
Alignment:
Q  170 tcaagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaat 269  Q
    |||||||||| ||||| || || |||||||| ||||| ||| | |||||  |||| |||| |||||| ||||| ||| |||| || ||| |  || | ||    
T  3147650 tcaagaatgcagttgttaccgtacctgcttatttcaatgatgctcagcggaaagcgacaatagatgctggtgttattgctggccttaatattatgcggat 3147551  T
Q  270 tattaatgaacctactgctgctgctattgcttatgg 305  Q
     || ||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  3147550 aatcaatgaacctactgctgcagctattgcgtatgg 3147515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 170 - 293
Target Start/End: Original strand, 7877523 - 7877646
Alignment:
Q  170 tcaagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaat 269  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||  |||| ||||||||||| ||||   || | || ||||||||  || | ||    
T  7877523 tcaagaatgcagttgttactgtgccggcttatttcaatgattctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgcagttgccggcctcaatgttatgcggat 7877622  T
Q  270 tattaatgaacctactgctgctgc 293  Q
     ||||||||||| |||||||||||    
T  7877623 aattaatgaaccaactgctgctgc 7877646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 170 - 316
Target Start/End: Original strand, 16657307 - 16657453
Alignment:
Q  170 tcaagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaat 269  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||  |||| || | |||||| |||| |||  |||| || |||||  |  ||||    
T  16657307 tcaagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccatcgctggccttaatgtcattcgaat 16657406  T
Q  270 tattaatgaacctactgctgctgctattgcttatggtcttgataaga 316  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||    
T  16657407 tatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtcttgacaaga 16657453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 172 - 311
Target Start/End: Original strand, 17716485 - 17716624
Alignment:
Q  172 aagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaatta 271  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||   ||| ||| | |||||||| ||  |||| ||||  ||| |||| || ||| |  |||||||||    
T  17716485 aagaatgccgttgttactgtccctgcttactttaatttttctcagagacaagctactaagcatgctggtgctattgctggtcttaatttcatgagaatta 17716584  T
Q  272 ttaatgaacctactgctgctgctattgcttatggtcttga 311  Q
    ||||||| || |||||||| || |||||||||||| ||||    
T  17716585 ttaatgagcccactgctgcagccattgcttatggttttga 17716624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 172 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 12235065 - 12234977
Alignment:
Q  172 aagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgt 260  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || ||  |||| || | |||||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  12235065 aagaatgcagttgttaccgtgcctgcttatttcaatgattctcaacgaaaagcaactatagatgctggtgtcattgctggcctcaatgt 12234977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000008; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 172 - 316
Target Start/End: Original strand, 4678350 - 4678494
Alignment:
Q  172 aagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaatta 271  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||  ||||||| | |||||| |||| |||| ||||||| |||||  |   ||| |    
T  4678350 aagaatgtcgttgttactgtgcctgcatacttcaatgattctcaacgaaaagctaccatagatgctggtgccattgctggacttaatgtcattcaaataa 4678449  T
Q  272 ttaatgaacctactgctgctgctattgcttatggtcttgataaga 316  Q
    | || |||||||||| ||| |||||||| |||||| |||| ||||    
T  4678450 tcaacgaacctactgttgcagctattgcatatggttttgacaaga 4678494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 185 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 11156633 - 11156507
Alignment:
Q  185 taactgtgcctgcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaattattaatgaacctac 284  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||| || ||  | ||  ||||||| ||||| ||| |||| ||||||||  || |||| || ||||| ||| |    
T  11156633 taactgtgcctgcttactttaatgactcacaacgccagtccacccaagatgcgggtgttattgctggcctcaatgttatgcgaataatcaatgagccttc 11156534  T
Q  285 tgctgctgctattgcttatggtcttga 311  Q
    ||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  11156533 tgcagctgcaattgcatatggtcttga 11156507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 232 - 305
Target Start/End: Original strand, 42272433 - 42272506
Alignment:
Q  232 gatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaattattaatgaacctactgctgctgctattgcttatgg 305  Q
    ||||||||||||||| ||||  | ||||||   ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  42272433 gatgccggtgtcattgctggtttgaatgtggctagaatcattaatgaacccaccgctgctgccattgcttatgg 42272506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 196 - 305
Target Start/End: Original strand, 42324520 - 42324629
Alignment:
Q  196 gcttacttcaacgattcacagcgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaattattaatgaacctactgctgctgcta 295  Q
    ||||||||||| ||| | ||| | || || || || ||||||||||||||| ||||  | ||||||   ||||| ||||| |||||||| |||||||| |    
T  42324520 gcttacttcaatgatgctcagaggcaggccaccaaggatgccggtgtcattgctggtttgaatgtggctagaatcattaacgaacctaccgctgctgcca 42324619  T
Q  296 ttgcttatgg 305  Q
    ||||||||||    
T  42324620 ttgcttatgg 42324629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University