View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF2362_low_1 (Length: 664)
Name: NF2362_low_1
Description: NF2362
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2362_low_1 |
 | |
|
| [»] scaffold0176 (3 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 297; Significance: 1e-166; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 17 - 313
Target Start/End: Original strand, 34164538 - 34164834
Alignment:
| Q |
17 |
aataatactttttatttttattaatagatttatacagattctaaggacatgttttccgattataccaagttcgataacgcaccaagatccggtccaaagg |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34164538 |
aataatactttttatttttattaatagatttatacagattctaaggacatgttttccgattataccaagttcgataacgcaccaagatccggtccaaagg |
34164637 |
T |
|
| Q |
117 |
tttgattaataattctttatagaaataaaaatttcttgataggtgaattttctcaagttttattaatttctacaataaatatacaggcatttgttagtga |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34164638 |
tttgattaataattctttatagaaataaaaatttcttgataggtgaattttctcaagttttattaatttctacaataaatatacaggcatttgttagtga |
34164737 |
T |
|
| Q |
217 |
gtatgctgtttggaaggaagatgctggtgctggaagcctttatgcagctgttgctgaagctgcatttctcattgggcttgaaaagaataggtttgat |
313 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34164738 |
gtatgctgtttggaaggaagatgctggtgctggaagcctttatgcagctgttgctgaagctgcatttctcattgggcttgaaaagaataggtttgat |
34164834 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 17 - 313
Target Start/End: Original strand, 34171035 - 34171331
Alignment:
| Q |
17 |
aataatactttttatttttattaatagatttatacagattctaaggacatgttttccgattataccaagttcgataacgcaccaagatccggtccaaagg |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34171035 |
aataatactttttatttttattaatanatttatacagattctaaggacatgttttccgattataccaagttcgataacgcaccaagatccggtccaaagg |
34171134 |
T |
|
| Q |
117 |
tttgattaataattctttatagaaataaaaatttcttgataggtgaattttctcaagttttattaatttctacaataaatatacaggcatttgttagtga |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34171135 |
tttgattaataattctttatagaaataaaaatttcttgataggtgaattttctcaagttttattaatttctacaataaatatacaggcatttgttagtga |
34171234 |
T |
|
| Q |
217 |
gtatgctgtttggaaggaagatgctggtgctggaagcctttatgcagctgttgctgaagctgcatttctcattgggcttgaaaagaataggtttgat |
313 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34171235 |
gtatgctgtttggaaggaagatgctggtgctggaagcctttatgcagctgttgctgaagctgcatttctcattgggcttgaaaagaataggtttgat |
34171331 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 17 - 313
Target Start/End: Original strand, 34214633 - 34214929
Alignment:
| Q |
17 |
aataatactttttatttttattaatagatttatacagattctaaggacatgttttccgattataccaagttcgataacgcaccaagatccggtccaaagg |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34214633 |
aataatactttttatttttattaatagatttatacagattctaaggacatattttccgatcataccaagttcgataacgcaccaagatccggtccaaagg |
34214732 |
T |
|
| Q |
117 |
tttgattaataattctttatagaaataaaaatttcttgataggtgaattttctcaagttttattaatttctacaataaatatacaggcatttgttagtga |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34214733 |
tttgattaataattctttatagaaataaaaatttcttgataggtgaattttctcaagttttattaatttctacaataaatatacaggcatttgttagtga |
34214832 |
T |
|
| Q |
217 |
gtatgctgtttggaaggaagatgctggtgctggaagcctttatgcagctgttgctgaagctgcatttctcattgggcttgaaaagaataggtttgat |
313 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34214833 |
gtatgctgtttggaaggaagatgctggtgctggaagcctttatgcagctgttgctgaagctgcatttctcattgggcttgaaaagaataggtttgat |
34214929 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 344 - 511
Target Start/End: Original strand, 34164865 - 34165032
Alignment:
| Q |
344 |
gccatagcttttcatgaaatttgatttataaggtttaatattatgaactagtatgtgttattttgagctaagttttaatcatatttcaattttatacttt |
443 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34164865 |
gccatagcttttcatgaaatttgatttataaggtttaatattatgaactagtatgtgttattttgagctaagttttaatcatatttcaattttatacttt |
34164964 |
T |
|
| Q |
444 |
ttctgcagtgatattgttagcatggttgcatatgcaccactctttttaaacacaaacgacagaaagta |
511 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34164965 |
ttctgcagtgatattgttagcatggttgcatatgcaccactctttttaaacacaaacgacagaaagta |
34165032 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 344 - 511
Target Start/End: Original strand, 34171362 - 34171529
Alignment:
| Q |
344 |
gccatagcttttcatgaaatttgatttataaggtttaatattatgaactagtatgtgttattttgagctaagttttaatcatatttcaattttatacttt |
443 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34171362 |
gccatagcttttcatgaaatttgatttataaggtttaatattatgaactagtatgtgttattttgagctaagttttaatcatatttcaattttatacttt |
34171461 |
T |
|
| Q |
444 |
ttctgcagtgatattgttagcatggttgcatatgcaccactctttttaaacacaaacgacagaaagta |
511 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34171462 |
ttctgcagtgatattgttagcatggttgcatatgcaccactctttttaaacacaaacgacagaaagta |
34171529 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 344 - 511
Target Start/End: Original strand, 34214960 - 34215127
Alignment:
| Q |
344 |
gccatagcttttcatgaaatttgatttataaggtttaatattatgaactagtatgtgttattttgagctaagttttaatcatatttcaattttatacttt |
443 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34214960 |
gccatagcttttcatgaaatttgatttataaggtttaattttatgaactagtatgtgttattttgagctaagttttaatcatatttcaattttatacttt |
34215059 |
T |
|
| Q |
444 |
ttctgcagtgatattgttagcatggttgcatatgcaccactctttttaaacacaaacgacagaaagta |
511 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34215060 |
ttctgcagtgatattgttagcaaggttgcatatgcaccactctttttaaacacaaacgacagaaagta |
34215127 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 576 - 661
Target Start/End: Original strand, 34165098 - 34165182
Alignment:
| Q |
576 |
gtaaaagatagagatgattatttaatctannnnnnnatcaaaataggtggataccagatgcaattgtttttaactcttatcagaat |
661 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34165098 |
gtaaaagatagagatgattatttaatctatttttc-atcaaaataggtggataccagatgcaattgtttttaactcttatcagaat |
34165182 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 576 - 661
Target Start/End: Original strand, 34171595 - 34171679
Alignment:
| Q |
576 |
gtaaaagatagagatgattatttaatctannnnnnnatcaaaataggtggataccagatgcaattgtttttaactcttatcagaat |
661 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34171595 |
gtaaaagatagagatgattatttaatctatttttc-atcaaaataggtggataccagatgcaattgtttttaactcttatcagaat |
34171679 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 576 - 661
Target Start/End: Original strand, 34215192 - 34215276
Alignment:
| Q |
576 |
gtaaaagatagagatgattatttaatctannnnnnnatcaaaataggtggataccagatgcaattgtttttaactcttatcagaat |
661 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34215192 |
gtaaaagataaagatgattatttaatctattttcc-atcaaaataggtggataccagatacaattgtttttaactcttatcagaat |
34215276 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0176 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 3)
Name: scaffold0176
Description:
Target: scaffold0176; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 17 - 313
Target Start/End: Original strand, 31359 - 31655
Alignment:
| Q |
17 |
aataatactttttatttttattaatagatttatacagattctaaggacatgttttccgattataccaagttcgataacgcaccaagatccggtccaaagg |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31359 |
aataatactttttatttttattaatanatttatacagattctaaggacatgttttccgattataccaagttcgataacgcaccaagatccggtccaaagg |
31458 |
T |
|
| Q |
117 |
tttgattaataattctttatagaaataaaaatttcttgataggtgaattttctcaagttttattaatttctacaataaatatacaggcatttgttagtga |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31459 |
tttgattaataattctttatagaaataaaaatttcttgataggtgaattttctcaagttttattaatttctacaataaatatacaggcatttgttagtga |
31558 |
T |
|
| Q |
217 |
gtatgctgtttggaaggaagatgctggtgctggaagcctttatgcagctgttgctgaagctgcatttctcattgggcttgaaaagaataggtttgat |
313 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31559 |
gtatgctgtttggaaggaagatgctggtgctggaagcctttatgcagctgttgctgaagctgcatttctcattgggcttgaaaagaataggtttgat |
31655 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0176; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 344 - 511
Target Start/End: Original strand, 31686 - 31853
Alignment:
| Q |
344 |
gccatagcttttcatgaaatttgatttataaggtttaatattatgaactagtatgtgttattttgagctaagttttaatcatatttcaattttatacttt |
443 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31686 |
gccatagcttttcatgaaatttgatttataaggtttaatattatgaactagtatgtgttattttgagctaagttttaatcatatttcaattttatacttt |
31785 |
T |
|
| Q |
444 |
ttctgcagtgatattgttagcatggttgcatatgcaccactctttttaaacacaaacgacagaaagta |
511 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31786 |
ttctgcagtgatattgttagcatggttgcatatgcaccactctttttaaacacaaacgacagaaagta |
31853 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0176; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 576 - 661
Target Start/End: Original strand, 31919 - 32003
Alignment:
| Q |
576 |
gtaaaagatagagatgattatttaatctannnnnnnatcaaaataggtggataccagatgcaattgtttttaactcttatcagaat |
661 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31919 |
gtaaaagatagagatgattatttaatctatttttc-atcaaaataggtggataccagatgcaattgtttttaactcttatcagaat |
32003 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 205 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 38725503 - 38725417
Alignment:
| Q |
205 |
atttgttagtgagtatgctgtttggaaggaagatgctggtgctggaagcctttatgcagctgttgctgaagctgcatttctcattgg |
291 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |
|
|
| T |
38725503 |
atttgttagtgagtatgctgtttggcgtgacgatgctggtcatggaagtctttatgcagctgtggctgaagctgcattccttattgg |
38725417 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 629 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 38725304 - 38725272
Alignment:
| Q |
629 |
ccagatgcaattgtttttaactcttatcagaat |
661 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38725304 |
ccagacgcaattgtttttaactcttatcagaat |
38725272 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University