View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2363_high_6 (Length: 382)

Name: NF2363_high_6
Description: NF2363
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2363_high_6
NF2363_high_6
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (15-375)||(25040420-25040780)
chr8 (151-343)||(6772581-6772773)
chr8 (151-322)||(34211628-34211799)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (24-375)||(16726555-16726906)
chr6 (151-322)||(12759819-12759990)
chr6 (151-322)||(14653212-14653383)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (15-337)||(49944568-49944891)
chr4 (24-207)||(17524796-17524979)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (112-375)||(20748346-20748609)
chr5 (15-187)||(14485347-14485507)
chr5 (15-59)||(20748234-20748278)
[»] scaffold0011 (4 HSPs)
scaffold0011 (112-375)||(142443-142706)
scaffold0011 (112-375)||(137219-137482)
scaffold0011 (15-59)||(137107-137151)
scaffold0011 (15-59)||(142331-142375)
[»] scaffold0018 (1 HSPs)
scaffold0018 (151-322)||(130287-130458)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 25040780 - 25040420
Alignment:
15 aatggaatcgatgaaagctatacatgttggacaatgcacggggaagaagaaactgagtctgctggtttgaggagtaatgtgagagatacgtcaaatgatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25040780 aatggaatcgatgaaagctatacatgttggacaatgcacggggaagaagaaactgagtctgctggtttgaggagtaatgtgagagatacgtcaaatgatt 25040681  T
115 atgagtttgatcgagtcgaagagtttatgaatgaaattgaagaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttgagaggctagtaagtgattcaaagatacc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
25040680 atgagtttgatcgagtcgaagagtttatgaatgaaattgaagaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttgagaggctagtaagagattcaaagatacc 25040581  T
215 attgtatgatggatgtgctaaattcacaaggttgtctacggtcttaaaattgtataacttaaaagcacgcaatggatggtctgataagagctttacagac 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25040580 attgtatgatggatgtgctaaattcacaaggttgtctacggtcttaaaattgtataatttaaaagcacgcaatggatggtctgataagagctttacagac 25040481  T
315 ttgctaactctattaaaagatatgttgcctgagaataacgtgctccctagtcgaacctatg 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25040480 ttgctaactctattaaaagatatgttgcctgagaataacgtgctccctagtcgaacctatg 25040420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 151 - 343
Target Start/End: Original strand, 6772581 - 6772773
Alignment:
151 ttgaagaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttgagaggctagtaagtgattcaaagataccattgtatgatggatgtgctaaattcacaaggttgtc 250  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||  | || ||||||||| ||| ||| || |||||||| ||    |||||||||||  ||||    
6772581 ttgaagaagatcttcgggattgtcctaaaatgtttgagagattggttagtgattcagagaaaccgttatatgatggttgcatcaaattcacaagaatgtc 6772680  T
251 tacggtcttaaaattgtataacttaaaagcacgcaatggatggtctgataagagctttacagacttgctaactctattaaaagatatgttgcc 343  Q
    | | || || || ||||| || ||||||||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||  | ||||||||| ||||    
6772681 tgcagtattgaagttgtacaatttaaaagcgagaaatggatggtctgataaaagcttcacagacttgttaacccttatgaaagatatgctgcc 6772773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 151 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 34211799 - 34211628
Alignment:
151 ttgaagaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttgagaggctagtaagtgattcaaagataccattgtatgatggatgtgctaaattcacaaggttgtc 250  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  | || ||||||||| ||| |||||| || ||||| ||    |||||||||||  ||||    
34211799 ttgaagaagatcttcgggattgtcctgaaatgtttgagagattggttagtgattcagagaaaccattatacgatggttgcagcaaattcacaagaatgtc 34211700  T
251 tacggtcttaaaattgtataacttaaaagcacgcaatggatggtctgataagagctttacagacttgctaac 322  Q
    |   || || || ||||| ||  |||||||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||    
34211699 tgtagtattgaagttgtacaatataaaagcgagaaatggatggtctgataaaagcttcacagacttgttaac 34211628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 24 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 16726906 - 16726555
Alignment:
24 gatgaaagctatacatgttggacaatgcacggggaagaagaaactgagtctgctggtttgaggagtaatgtgagagatacgtcaaatgattatgagtttg 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16726906 gatgaaagctatacatgttggacaatgcacggggaagaagaaactgagtctgctagtttgaggagtaatgtgagagatacgtcaaatgattatgagtttg 16726807  T
124 atcgagtcgaagagtttatgaatgaaattgaagaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttgagaggctagtaagtgattcaaagataccattgtatga 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
16726806 atcgagtcgaagagtttatgaatgaaataaaagaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttgagaggctagaaagtgattcaaagataccattgtatga 16726707  T
224 tggatgtgctaaattcacaaggttgtctacggtcttaaaattgtataacttaaaagcacgcaatggatggtctgataagagctttacagacttgctaact 323  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16726706 tggatgtgctaaattcacaagattgtctacggtcttaaaattgtataacttaaaagcacgcaatggatggtctgataagagctttacagacttgctaact 16726607  T
324 ctattaaaagatatgttgcctgagaataacgtgctccctagtcgaacctatg 375  Q
     | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
16726606 atgttaaaagatatgttgtctgagaataacgtgctccctagtcgaacctatg 16726555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 151 - 322
Target Start/End: Original strand, 12759819 - 12759990
Alignment:
151 ttgaagaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttgagaggctagtaagtgattcaaagataccattgtatgatggatgtgctaaattcacaaggttgtc 250  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  | || ||||||||| ||| |||||| |||||||| ||    |||||||||||  ||||    
12759819 ttgaagaagatcttcgggattgtcctgaaatgtttgagagattggttagtgattcagagaaaccattatatgatggttgcagcaaattcacaagaatgtc 12759918  T
251 tacggtcttaaaattgtataacttaaaagcacgcaatggatggtctgataagagctttacagacttgctaac 322  Q
    | | || || || ||||| ||  |||||||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||    
12759919 tgcagtattgaagttgtacaatataaaagcgagaaatggatggtctgataaaagcttcacagacttgttaac 12759990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 151 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 14653383 - 14653212
Alignment:
151 ttgaagaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttgagaggctagtaagtgattcaaagataccattgtatgatggatgtgctaaattcacaaggttgtc 250  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  | || ||||||||| ||| |||||| || ||||| |||   |||||||||||  ||||    
14653383 ttgaagaagatcttcgggattgtcctgaaatgtttgagagattggttagtgattcagagaaaccattatacgatggttgtagcaaattcacaagaatgtc 14653284  T
251 tacggtcttaaaattgtataacttaaaagcacgcaatggatggtctgataagagctttacagacttgctaac 322  Q
    | | || || || ||||| ||  |||||||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||    
14653283 tgcagtattgaagttgtacaatataaaagcgagaaatggatggtctgataaaagcttcacagacttgttaac 14653212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 15 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 49944891 - 49944568
Alignment:
15 aatggaatcgatgaaagctatacatgttggacaatgcacggggaagaagaaactgagtctgctggtttgaggagtaatgtgagagatacgtcaaatgatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
49944891 aatggaatcgatgaaagctatacatgttggacaatgcacagggaagaagaaactgagtctgttggtttgaggagtaatgtgagagatacgtcaaatgatt 49944792  T
115 atgagtttgatcgagtcgaagagtttatgaatgaaattgaagaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttgagaggctagtaagtgattcaaagatacc 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
49944791 atgagtttgatcgagtcgaagagtttttgaatgaaattgaagaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttgagaggctagtaagtgattcaaagatacc 49944692  T
215 attgtatgatggatgtgctaaattcacaaggttgtctacggtcttaaaattgtataacttaaaagcacgcaatggatggtc-tgataagagctttacaga 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
49944691 attgtatgatggatgtgctaaattcacaagattgtctacggtcttaaaattgtataacttaaaagcacgcaatggatggtcttgataagagctttacaga 49944592  T
314 cttgctaactctattaaaagatat 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
49944591 cttgctaactctattaaaagatat 49944568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 24 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 17524979 - 17524796
Alignment:
24 gatgaaagctatacatgttggacaatgcacggggaagaagaaactgagtctgctggtttgaggagtaatgtgagagatacgtcaaatgattatgagtttg 123  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
17524979 gatgaaatctatacatgttggacaacgcacggggaagaagaaattgagtccgctgatttgaggagcaatgtgagagatacgtcaaatgattatgagtttg 17524880  T
124 atcgagtcgaagagtttatgaatgaaattgaagaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttgagaggctagtaagtgattcaa 207  Q
    |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| |  |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
17524879 atcgtgtcgaagagtttttgaatgtaattgaagaagatatatgtgactgtgccaaaatgtttgagaggctagtaagtgattcaa 17524796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 156; Significance: 9e-83; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 112 - 375
Target Start/End: Original strand, 20748346 - 20748609
Alignment:
112 attatgagtttgatcgagtcgaagagtttatgaatgaaattgaagaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttgagaggctagtaagtgattcaaagat 211  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||  || |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||| |||| || |||     
20748346 attatgagtttgatcaagttgaagaaattctgaatgtaattgaagatgatctccgtgattgtcctaaaatgtttgagagggtagtaattgatgcagagac 20748445  T
212 accattgtatgatggatgtgctaaattcacaaggttgtctacggtcttaaaattgtataacttaaaagcacgcaatggatggtctgataagagctttaca 311  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||    
20748446 accattgtatgaaggatgtactaaattcacaagattgtctacgatcttaaaattgtataagttaaaagcaggcaatggatggtctgataggagcttcaca 20748545  T
312 gacttgctaactctattaaaagatatgttgcctgagaataacgtgctccctagtcgaacctatg 375  Q
    |||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
20748546 gacttgctaactttgttaaaagatattttgcctaagaataacgtgctccctagtcgaacctatg 20748609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 187
Target Start/End: Original strand, 14485347 - 14485507
Alignment:
15 aatggaatcgatgaaagctatacatgttggacaatgcacggggaagaagaaactgagtctgctggtttgaggagtaatgtgagagatacgtcaaatgatt 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14485347 aatggaatcgatgaaagctatacatgttggaca------------gaagaaactgagtctgctggtttgaggagtaatgtgagagatacgtcaaatgatt 14485434  T
115 atgagtttgatcgagtcgaagagtttatgaatgaaattgaagaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttga 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
14485435 atgagtttgatcgagtcgaagagtttatgaatgaaattgaaaaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttga 14485507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 15 - 59
Target Start/End: Original strand, 20748234 - 20748278
Alignment:
15 aatggaatcgatgaaagctatacatgttggacaatgcacggggaa 59  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
20748234 aatggaattgataaaagctatacatgttggacaatgcacggggaa 20748278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 4)
Name: scaffold0011
Description:

Target: scaffold0011; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 112 - 375
Target Start/End: Original strand, 142443 - 142706
Alignment:
112 attatgagtttgatcgagtcgaagagtttatgaatgaaattgaagaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttgagaggctagtaagtgattcaaagat 211  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  || |||||| ||||||||| ||||| ||||||| |||  |||||||||||||| |||||| |||| || |||     
142443 attatgagtttgatcgagttgaagaaattctgaatgtaattgaagatgatctccgtgattttcctaaaatgtttgagagggtagtaattgatgcagagac 142542  T
212 accattgtatgatggatgtgctaaattcacaaggttgtctacggtcttaaaattgtataacttaaaagcacgcaatggatggtctgataagagctttaca 311  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||    
142543 accattgtatgaaggatgtactaaattcacaagattgtctacgatcataaaattgtataagttaaaagcaggcaatggatggtctgataggagcttcaca 142642  T
312 gacttgctaactctattaaaagatatgttgcctgagaataacgtgctccctagtcgaacctatg 375  Q
    |||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
142643 gacttgctaactttgttaaaagatattttgcctaagaataacgtgctccctagtcgaacctatg 142706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 112 - 375
Target Start/End: Original strand, 137219 - 137482
Alignment:
112 attatgagtttgatcgagtcgaagagtttatgaatgaaattgaagaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttgagaggctagtaagtgattcaaagat 211  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||  || |||||| ||||||||| ||||| ||||||| |||  |||||||||||||| |||||| |||| || |||     
137219 attatgagtttgatcaagttgaagaaattctgaatgtaattgaagatgatctccgtgattttcctaaaatgtttgagagggtagtaattgatgcagagac 137318  T
212 accattgtatgatggatgtgctaaattcacaaggttgtctacggtcttaaaattgtataacttaaaagcacgcaatggatggtctgataagagctttaca 311  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||    
137319 accattgtatgaaggatgtactaaattcacaagattgtctacgatcataaaattgtataagttaaaagcaggcaatggatggtctgataggagcttcaca 137418  T
312 gacttgctaactctattaaaagatatgttgcctgagaataacgtgctccctagtcgaacctatg 375  Q
    |||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
137419 gacttgctaactttgttaaaagatattttgcctaagaataacgtgctccctagtcgaacctatg 137482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 59
Target Start/End: Original strand, 137107 - 137151
Alignment:
15 aatggaatcgatgaaagctatacatgttggacaatgcacggggaa 59  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
137107 aatggaattgataaaagctatacatgttggacaatacacggggaa 137151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 59
Target Start/End: Original strand, 142331 - 142375
Alignment:
15 aatggaatcgatgaaagctatacatgttggacaatgcacggggaa 59  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
142331 aatggaattgataaaagctatacatgttggacaatacacggggaa 142375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0018 (Bit Score: 44; Significance: 6e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0018
Description:

Target: scaffold0018; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 151 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 130458 - 130287
Alignment:
151 ttgaagaagatcttcgtgattgtcccgaaatgtttgagaggctagtaagtgattcaaagataccattgtatgatggatgtgctaaattcacaaggttgtc 250  Q
    |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||  | || ||||||||| ||| |||||| || ||||| ||    |||||||||||  ||||    
130458 ttgaagaagatcttcaggattgtcctgaaatgtttgagagattggttagtgattcagagaaaccattatacgatggttgcagcaaattcacaagaatgtc 130359  T
251 tacggtcttaaaattgtataacttaaaagcacgcaatggatggtctgataagagctttacagacttgctaac 322  Q
    | | || || || ||||| ||  |||||||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||    
130358 tgcagtattgaagttgtacaatataaaagcgagaaatggatggtctgataaaagcttcacagacttgttaac 130287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University