View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2374_low_50 (Length: 265)

Name: NF2374_low_50
Description: NF2374
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2374_low_50
NF2374_low_50
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (1-253)||(27476221-27476473)
chr4 (18-254)||(27489344-27489580)
chr4 (1-251)||(27523759-27524010)
chr4 (9-253)||(27514127-27514371)
chr4 (1-216)||(27468991-27469206)
chr4 (132-254)||(27526465-27526587)
chr4 (132-254)||(27466484-27466606)
chr4 (132-254)||(27473557-27473679)
chr4 (132-254)||(27498076-27498198)
chr4 (1-254)||(27508152-27508394)
chr4 (132-254)||(27516957-27517079)
chr4 (136-252)||(27500686-27500802)
chr4 (133-254)||(27557154-27557277)
chr4 (132-252)||(27503152-27503272)
chr4 (180-253)||(27445148-27445221)
chr4 (172-241)||(27431531-27431600)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Original strand, 27476221 - 27476473
Alignment:
Q  1 caattgatcaacagaaaccattctacatgtctgtggttgtaatttcaagtttatcaattatatgacgcttctgcacaagaattatgcattatctatctac 100  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27476221 caatagatcaacataaaccattctacatgtctgtggttgtactttcaagtctatcaattatatgatgcttctgctcaagaattatgcattatctatctac 27476320  T
Q  101 tacaccatttgaagtatatccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttcat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || || ||| |||| ||||||| ||    
T  27476321 tacaccatttgaagtatatccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctggccatggctaaattctaatggtcctccttaat 27476420  T
Q  201 tgatcattgtagttgccgactgtttgttacatattctttcatctatatatatt 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  27476421 tgatcattgtagttgccgactgtttgttaaatatcctttcatctatatatatt 27476473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 27489580 - 27489344
Alignment:
Q  18 ccattctacatgtctgtggttgtaatttcaagtttatcaattatatgacgcttctgcacaagaattatgcattatctatctactacaccatttgaagtat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27489580 ccattctacatgtctgtggttgtactttcaagtctatcaattatatgatgcttctgcacaagaattatgcattatctatctactacaccatttgaagtat 27489481  T
Q  118 atccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttcattgatcattgtagttgcc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  | |||||    
T  27489480 atccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttcactgataatttcatttgcc 27489381  T
Q  218 gactgtttgttacatattctttcatctatatatattc 254  Q
    ||  ||||||||| ||| ||||||| |||||||||||    
T  27489380 gatggtttgttacttatcctttcatgtatatatattc 27489344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 27524010 - 27523759
Alignment:
Q  1 caattgatcaacagaaaccattctacatgtctgtggtt-gtaatttcaagtttatcaattatatgacgcttctgcacaagaattatgcattatctatcta 99  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27524010 caattgatcaacataaaccattctacatgtctgtggtttgtactttcaagtctatcaattatatgatgcttttgcacaagaattatgcattatctatcta 27523911  T
Q  100 ctacaccatttgaagtatatccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttca 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | || ||| |||| |||||||||    
T  27523910 ctacaccatttgaagtatatccattcatttagagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctggccatgattaaattctcatggtcctccttca 27523811  T
Q  200 ttgatcattgtagttgccgactgtttgttacatattctttcatctatatata 251  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  27523810 ttgaccattgtagttgtcgactgtttgtaacatatcctttcatctatatata 27523759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 9 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 27514371 - 27514127
Alignment:
Q  9 caacagaaaccattctacatgtctgtggttgtaatttcaagtttatcaattatatgacgcttctgcacaagaattatgcattatctatctactacaccat 108  Q
    ||||| ||||||||||| |||| ||||| | || |||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  27514371 caacataaaccattctatatgtttgtggctttactttcaagtctatcaattatatgatgcttatgctcaagaattatgcattatctatctactacaacac 27514272  T
Q  109 ttgaagtatatccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttcattgatcatt 208  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  |||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  27514271 ttgaagtttatccattcatctagagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctggccatagctcaaacctcatggccctccttcattgatcatt 27514172  T
Q  209 gtagttgccgactgtttgttacatattctttcatctatatatatt 253  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27514171 gtagctgccgactgtttgttacatatcctttcatctatatatatt 27514127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Original strand, 27468991 - 27469206
Alignment:
Q  1 caattgatcaacagaaaccattctacatgtctgtggttgtaatttcaagtttatcaattatatgacgcttctgcacaagaattatgcattatctatctac 100  Q
    |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||| || |||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  27468991 caatagatcaactcaaaccattctacatgtctgtggttctactttcaagtctatctatcatatgatgcttctactcaagaattatgcattatctatctac 27469090  T
Q  101 tacaccatttgaagtatatccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttcat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  27469091 tacaccatttgaagtatatccattcatttagagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctggccatgactcatatctcatggccctccttcat 27469190  T
Q  201 tgatcattgtagttgc 216  Q
    ||||||||||||||||    
T  27469191 tgatcattgtagttgc 27469206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 132 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 27526587 - 27526465
Alignment:
Q  132 agacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttcattgatcattgtagttgccgactgtttgttaca 231  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  27526587 agacaacaccatgtgatcattcatatgctcttgtctaaccatgactcaaatcttatggccctccttcactgatcactatagttgccgactgtttgttaca 27526488  T
Q  232 tattctttcatctatatatattc 254  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  27526487 tatcctttcatctatatatattc 27526465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 132 - 254
Target Start/End: Original strand, 27466484 - 27466606
Alignment:
Q  132 agacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttcattgatcattgtagttgccgactgtttgttaca 231  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||  |||||||      
T  27466484 agacaacaccatgtgatgtttcatatgctcttgtctgaccatgactcaaatcttatggccctcattcactgagcattatagttgccgacgatttgttaag 27466583  T
Q  232 tattctttcatctatatatattc 254  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  27466584 tatcctttcatctatatatattc 27466606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 132 - 254
Target Start/End: Original strand, 27473557 - 27473679
Alignment:
Q  132 agacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttcattgatcattgtagttgccgactgtttgttaca 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||  ||||| ||      
T  27473557 agacaacaccatgtgatgtttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatattatggccctcattcactgatcattatagttgccgatggtttgctaag 27473656  T
Q  232 tattctttcatctatatatattc 254  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  27473657 tatcctttcatctatatatattc 27473679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 132 - 254
Target Start/End: Original strand, 27498076 - 27498198
Alignment:
Q  132 agacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttcattgatcattgtagttgccgactgtttgttaca 231  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  27498076 agacaacaccatgtgattattcatatgcttttgtctaaccacgactcaaatcttatggccctccttcactgatcacaatagttgccgactgtttgttaca 27498175  T
Q  232 tattctttcatctatatatattc 254  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  27498176 tatcctttcatctatatatattc 27498198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 27508394 - 27508152
Alignment:
Q  1 caattgatcaacagaaaccattctacatgtctgtggttgtaatttcaagtttatcaattatatgacgcttctgcacaagaattatgcattatctatctac 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||||    
T  27508394 caatagatcaacagaaaccattctacatgtttgtggttctacttacaagtctatcaattatatgatgcttcttctcaagaattatgcattatctagctac 27508295  T
Q  101 tacaccatttgaagtatatccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttcat 200  Q
     | | |  ||||||| | |            ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27508294 cataacgcttgaagtctct-----------aagacaactccatgtgatctttcatatgcccttgtctgggcatgactcatatcttatggccctccttcat 27508206  T
Q  201 tgatcattgtagttgccgactgtttgttacatattctttcatctatatatattc 254  Q
    |||| |||  | || |||||   ||||||  ||| |||||| ||||||||||||    
T  27508205 tgattattacaatttccgacgacttgttatgtatcctttcagctatatatattc 27508152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 132 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 27517079 - 27516957
Alignment:
Q  132 agacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttcattgatcattgtagttgccgactgtttgttaca 231  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||      
T  27517079 agacaacaccatgtgacgtttcatatgctgttgtctgaacataactctaatcctatggtcctccttcactgatcattatagttgccgacggtttgttaag 27516980  T
Q  232 tattctttcatctatatatattc 254  Q
    ||| | |||||||||||||||||    
T  27516979 tatccgttcatctatatatattc 27516957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 136 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 27500802 - 27500686
Alignment:
Q  136 aacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttcattgatcattgtagttgccgactgtttgttacatatt 235  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |||     
T  27500802 aacaccatgtgatgtttcatttgatcttgtctaaacatgactctaatcctatggtcctccttcactgatcattatagttgccgacggtttgttaagtatc 27500703  T
Q  236 ctttcatctatatatat 252  Q
    |||||||||||||||||    
T  27500702 ctttcatctatatatat 27500686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 133 - 254
Target Start/End: Original strand, 27557154 - 27557277
Alignment:
Q  133 gacaacaccatgtgatct--ttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttcattgatcattgtagttgccgactgtttgttac 230  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||| |||||||| | |||||| ||||| |   |||||||||||||||||  ||| |||||    
T  27557154 gacaacaccatgtgatctgattcatatgctcttgtctggccataactcaaatttcatggccttcctttacaaatcattgtagttgccgaaggttcgttac 27557253  T
Q  231 atattctttcatctatatatattc 254  Q
     ||| |||||||||||||||||||    
T  27557254 ttatcctttcatctatatatattc 27557277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 132 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 27503272 - 27503152
Alignment:
Q  132 agacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttcattgatcattgtagttgccgactgtttgttaca 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||  ||||||||||||| |||| ||||||||  | |||||||    ||||||      
T  27503272 agacaacaccatgtgatctttcatatgcccttgtctggccatgaatcatttcttatggccctcattcaatgatcattacaattgccgaagacttgttatg 27503173  T
Q  232 tattctttcatctatatatat 252  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  27503172 tatcctttcatctatatatat 27503152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 180 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 27445221 - 27445148
Alignment:
Q  180 aatcttatggccctccttcattgatcattgtagttgccgactgtttgttacatattctttcatctatatatatt 253  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  27445221 aatctcatggtcctccttcattgatcattcaagttgctgactgtttattacatatcctttcatctatatatatt 27445148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 172 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 27431600 - 27431531
Alignment:
Q  172 atgactcaaatcttatggccctccttcattgatcattgtagttgccgactgtttgttacatattctttca 241  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||| | ||||| ||||||    
T  27431600 atgactcaaatctcatggtcctccttcactgatcattcaagttgccgactgcttggtccatatcctttca 27431531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University