View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF2375_low_1 (Length: 818)
Name: NF2375_low_1
Description: NF2375
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2375_low_1 |
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| [»] scaffold0400 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold0365 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0400 (Bit Score: 681; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0400
Description:
Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 811
Target Start/End: Complemental strand, 3040 - 2251
Alignment:
| Q |
19 |
caaagccctccacactcatccaaattcccaaagagacccttaaagcatttgaatgaaggactgcactaaattcaaaggctttcacttttcctttttgtaa |
118 |
Q |
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3040 |
caaagccctccacacccatccaaattcccaaagagacccttaaagcatttgagtgaaggactgcactaaattcaaaggctttcacttttcctttttgtaa |
2941 |
T |
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| Q |
119 |
caacaaaataaaattcaccttattatggttcacgtccacaagtttcatactaaggaaggagtacaccctttctagcacaagatatcaaggatcactaaac |
218 |
Q |
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| T |
2940 |
aaacaaaataaaattcaccttattatggttcacgtccacaagtttcatactaagga----gtacaccatttctagcacaagatatcaaggatcactaaac |
2845 |
T |
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| Q |
219 |
acttatagaacgaaatatacaggctgtatatttcattcacctataaacacaattctataattcaaagcaagaattattttgatatacaaagctgcatata |
318 |
Q |
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| T |
2844 |
aattatagaacgaaatatacagactgtatatttcattcacctataaacacaattctatagttcaaagcaagaattattttgatatgcaaagctgcatata |
2745 |
T |
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| Q |
319 |
agttactttacctaacaa-tacttgtgacacgaactggattattttctcttgggtggagggaaatatgttggaataacattaacttactttacaagaccc |
417 |
Q |
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| T |
2744 |
agttaccttacctaacaaatacttgtgacacgaaatggattattttctcttgggtggagggaaatatgttggaataacattaacttactttacaagacct |
2645 |
T |
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| Q |
418 |
aaattgaggataccccatgaagtatttggccaagatttctcttttgccttcattaacaaaactctagtccatgcaatccaaccttcccaagaaacccttt |
517 |
Q |
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| T |
2644 |
aaattgaggataccccatgaagtatttggccaagatttctcttttgccttcattaacaaaactctagtccatgcaatccaaccttcccaagaaatccttt |
2545 |
T |
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| Q |
518 |
tatcccaatgacatccccattcaagcaaaagagtcaatcctctctcagcttctttctcagcatcttcaaatctaccctttgtcaaataaacttgactcaa |
617 |
Q |
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| T |
2544 |
tatcccaatgacatccccattcaagcaaaagagtcaatcctctctcagcttctttctcaccctcttcaaatctaccctttgtcaaataaacttgactcaa |
2445 |
T |
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| Q |
618 |
caccacatatggctctcctacaaaagggtttttctcaatactcttcaccaacatctcctcaatcttatccaacccttcttcacaatttaaagcttcccaa |
717 |
Q |
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| T |
2444 |
caccacatatggctctcccacaaaagggtttttctcaatactcttcaccaacaactcctcaatcttctccaacccttcttcacaaatcatagcttcccaa |
2345 |
T |
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| Q |
718 |
tacaaatctcttgcaactatttgatcccttgcatccaaaaccttggtacatttagcgaaaaccggtggcaaaaccaactcaatatgttcatctc |
811 |
Q |
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2344 |
tacaaatcccttgcaacaatttgatcccttgcatccaaaaccttggtacatttagcgaaaaccggtggcaaaaccaactcaatatgttcatctc |
2251 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0365 (Bit Score: 681; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0365
Description:
Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 811
Target Start/End: Complemental strand, 3684 - 2895
Alignment:
| Q |
19 |
caaagccctccacactcatccaaattcccaaagagacccttaaagcatttgaatgaaggactgcactaaattcaaaggctttcacttttcctttttgtaa |
118 |
Q |
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3684 |
caaagccctccacacccatccaaattcccaaagagacccttaaagcatttgagtgaaggactgcactaaattcaaaggctttcacttttcctttttgtaa |
3585 |
T |
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| Q |
119 |
caacaaaataaaattcaccttattatggttcacgtccacaagtttcatactaaggaaggagtacaccctttctagcacaagatatcaaggatcactaaac |
218 |
Q |
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| T |
3584 |
aaacaaaataaaattcaccttattatggttcacgtccacaagtttcatactaagga----gtacaccatttctagcacaagatatcaaggatcactaaac |
3489 |
T |
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| Q |
219 |
acttatagaacgaaatatacaggctgtatatttcattcacctataaacacaattctataattcaaagcaagaattattttgatatacaaagctgcatata |
318 |
Q |
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| T |
3488 |
aattatagaacgaaatatacagactgtatatttcattcacctataaacacaattctatagttcaaagcaagaattattttgatatgcaaagctgcatata |
3389 |
T |
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| Q |
319 |
agttactttacctaacaa-tacttgtgacacgaactggattattttctcttgggtggagggaaatatgttggaataacattaacttactttacaagaccc |
417 |
Q |
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| T |
3388 |
agttaccttacctaacaaatacttgtgacacgaaatggattattttctcttgggtggagggaaatatgttggaataacattaacttactttacaagacct |
3289 |
T |
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| Q |
418 |
aaattgaggataccccatgaagtatttggccaagatttctcttttgccttcattaacaaaactctagtccatgcaatccaaccttcccaagaaacccttt |
517 |
Q |
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| T |
3288 |
aaattgaggataccccatgaagtatttggccaagatttctcttttgccttcattaacaaaactctagtccatgcaatccaaccttcccaagaaatccttt |
3189 |
T |
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| Q |
518 |
tatcccaatgacatccccattcaagcaaaagagtcaatcctctctcagcttctttctcagcatcttcaaatctaccctttgtcaaataaacttgactcaa |
617 |
Q |
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3188 |
tatcccaatgacatccccattcaagcaaaagagtcaatcctctctcagcttctttctcaccctcttcaaatctaccctttgtcaaataaacttgactcaa |
3089 |
T |
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| Q |
618 |
caccacatatggctctcctacaaaagggtttttctcaatactcttcaccaacatctcctcaatcttatccaacccttcttcacaatttaaagcttcccaa |
717 |
Q |
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caccacatatggctctcccacaaaagggtttttctcaatactcttcaccaacaactcctcaatcttctccaacccttcttcacaaatcatagcttcccaa |
2989 |
T |
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| Q |
718 |
tacaaatctcttgcaactatttgatcccttgcatccaaaaccttggtacatttagcgaaaaccggtggcaaaaccaactcaatatgttcatctc |
811 |
Q |
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| T |
2988 |
tacaaatcccttgcaacaatttgatcccttgcatccaaaaccttggtacatttagcgaaaaccggtggcaaaaccaactcaatatgttcatctc |
2895 |
T |
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