View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2376_high_2 (Length: 436)

Name: NF2376_high_2
Description: NF2376
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2376_high_2
NF2376_high_2
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (59-399)||(20496560-20496900)
chr8 (58-399)||(7923860-7924202)
chr8 (69-399)||(8299289-8299619)
chr8 (58-399)||(171579-171919)
chr8 (69-399)||(32266051-32266380)
chr8 (69-399)||(32567589-32567917)
chr8 (69-399)||(41665693-41666022)
chr8 (69-399)||(13395875-13396204)
chr8 (69-396)||(9922088-9922414)
chr8 (174-278)||(34137408-34137512)
chr8 (154-368)||(5181240-5181454)
chr8 (69-135)||(8481877-8481943)
chr8 (181-270)||(29733403-29733492)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (58-399)||(42513194-42513536)
chr5 (58-399)||(3418258-3418599)
chr5 (58-399)||(12824674-12825015)
chr5 (69-399)||(30732638-30732968)
chr5 (58-399)||(12820273-12820614)
chr5 (58-399)||(27117485-27117825)
chr5 (69-399)||(23237870-23238199)
chr5 (69-399)||(8227513-8227842)
chr5 (69-399)||(25824497-25824827)
chr5 (69-399)||(35984115-35984443)
chr5 (59-399)||(42927607-42927947)
chr5 (164-400)||(28535998-28536234)
chr5 (69-338)||(31641244-31641512)
chr5 (58-211)||(12032460-12032613)
chr5 (154-399)||(19255447-19255692)
chr5 (164-255)||(26072474-26072565)
chr5 (195-255)||(32228416-32228476)
chr5 (173-255)||(18359558-18359640)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (58-399)||(2363752-2364093)
chr3 (59-399)||(10323895-10324236)
chr3 (58-399)||(7312252-7312593)
chr3 (69-399)||(34333139-34333468)
chr3 (59-399)||(19920553-19920893)
chr3 (69-399)||(40930852-40931182)
chr3 (69-243)||(926607-926781)
chr3 (69-262)||(15827196-15827390)
chr3 (162-262)||(10312957-10313057)
chr3 (156-393)||(7031891-7032128)
chr3 (154-255)||(15312153-15312254)
chr3 (181-239)||(26771470-26771528)
chr3 (176-278)||(48570484-48570586)
chr3 (69-118)||(10312875-10312924)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (58-399)||(35540524-35540865)
chr1 (58-399)||(6050076-6050418)
chr1 (58-399)||(11909429-11909770)
chr1 (58-399)||(51051955-51052296)
chr1 (69-399)||(26059378-26059707)
chr1 (69-399)||(6259304-6259633)
chr1 (69-399)||(12813528-12813857)
chr1 (69-399)||(4841885-4842220)
chr1 (69-399)||(13351800-13352130)
chr1 (69-271)||(24547518-24547720)
chr1 (194-278)||(47623510-47623594)
chr1 (181-255)||(37297967-37298041)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (69-399)||(106167-106498)
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (58-399)||(160015-160356)
chr4 (69-399)||(23642915-23643246)
chr4 (59-399)||(13271215-13271556)
chr4 (58-399)||(47418280-47418621)
chr4 (69-399)||(47686219-47686548)
chr4 (69-399)||(15739708-15740037)
chr4 (69-399)||(19754750-19755078)
chr4 (69-399)||(19784728-19785056)
chr4 (69-399)||(7403398-7403729)
chr4 (59-245)||(43019417-43019603)
chr4 (59-191)||(33845083-33845216)
chr4 (151-399)||(20788604-20788852)
chr4 (69-255)||(8890509-8890695)
chr4 (182-372)||(17402037-17402227)
chr4 (69-262)||(16427034-16427228)
chr4 (194-278)||(23163076-23163160)
chr4 (208-278)||(11587643-11587713)
chr4 (69-139)||(26184872-26184943)
chr4 (198-278)||(19740485-19740565)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (58-399)||(31177629-31177972)
chr7 (58-399)||(4938452-4938793)
chr7 (69-399)||(11277576-11277906)
chr7 (69-399)||(47876470-47876799)
chr7 (69-399)||(29967462-29967791)
chr7 (88-399)||(235763-236074)
chr7 (73-381)||(37919035-37919342)
chr7 (58-306)||(38890137-38890383)
chr7 (164-396)||(17720225-17720448)
chr7 (151-255)||(48394472-48394576)
chr7 (173-255)||(37254348-37254430)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (69-399)||(12733612-12733941)
chr6 (88-399)||(21167731-21168041)
chr6 (69-399)||(5734565-5734894)
chr6 (69-347)||(18789255-18789532)
chr6 (69-399)||(24767748-24768078)
chr6 (69-399)||(18651558-18651888)
chr6 (176-278)||(15959259-15959361)
chr6 (166-278)||(32536478-32536590)
chr6 (173-255)||(11462005-11462087)
chr6 (194-278)||(14373436-14373520)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (58-399)||(4551652-4551985)
chr2 (58-222)||(40914380-40914543)
chr2 (208-397)||(41206631-41206820)
chr2 (181-351)||(15917251-15917421)
chr2 (176-278)||(17765407-17765509)
chr2 (170-278)||(40176257-40176365)
chr2 (173-366)||(12645126-12645319)
chr2 (194-278)||(28252332-28252416)
chr2 (153-255)||(15391713-15391815)
chr2 (176-278)||(44472951-44473053)
chr2 (181-278)||(33516229-33516326)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (58-399)||(11529-11869)
[»] scaffold0511 (1 HSPs)
scaffold0511 (69-347)||(5788-6065)
[»] scaffold0161 (1 HSPs)
scaffold0161 (164-255)||(6477-6568)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 59 - 399
Target Start/End: Original strand, 20496560 - 20496900
Alignment:
Q  59 aacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattac 158  Q
    |||||| || |||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20496560 aacaggcaaaaatgagatatattaatacggacaccgcaattgttatcgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattac 20496659  T
Q  159 aaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacga 258  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20496660 aaacaaatcagtcaatacccagacataaaagagggctcgaccaccactgatgtgtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacga 20496759  T
Q  259 agttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaac 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20496760 agttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacagcaccgaaacacaaagcaac 20496859  T
Q  359 caaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20496860 caaatcaagtggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 20496900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Original strand, 7923860 - 7924202
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaa-atgtcagagtctaagcaaaaatt 156  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7923860 gaacaggcaaaaatgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatt 7923959  T
Q  157 acaaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaac 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7923960 acaaacaaatcagtcaatacccagacataaaagagggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaac 7924059  T
Q  257 gaagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagca 356  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7924060 gaagttaatttcactttatctagcaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagca 7924159  T
Q  357 accaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  7924160 accaaatcaagtggaagaaagaccgttgccctctcgaacaacc 7924202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Original strand, 8299289 - 8299619
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8299289 aatgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattagaaacaaatca 8299388  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8299389 gtcaatacccagacataaaagagggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttagccaccacaacgaagttaatttc 8299488  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8299489 actttatctagcaattgaggcacagtactatgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacagcaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 8299588  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8299589 ggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 8299619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Original strand, 171579 - 171919
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || |||||||||||||||  | ||  ||| ||||||||||| | |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||  |||| |||    
T  171579 gaacaggaaaaaatgagatatattaaaacggatcccgtaattgttaccgtacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcagggtctaaataaaa-tta 171677  T
Q  158 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 257  Q
    ||| |||||||||||| ||||| ||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  171678 caatcaaatcagtcaacacccaaacataaaagcgggcttgaccaccactgttgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccatcacaaag 171777  T
Q  258 aagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 357  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| | |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  171778 aagttgatttcactttatctagcaatagtggcaaagtactctgtctatttcgaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 171877  T
Q  358 ccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  171878 ccaaatcaagtggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 171919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Original strand, 32266051 - 32266380
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||  ||| || ||| | |||||| |||||||    
T  32266051 aatgagatatattaactcggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaga-ttacaaccaaatca 32266149  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    |||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||  |||||| |||||    
T  32266150 gtcaatacccggacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacatttctagtctttaaccaccacagagaagttgatttc 32266249  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    || |||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  32266250 acattatctagcatttgtggcaaagtactttgtctatttctaaaaatcctatcattcctttcattccacaacacccaaacacaaagcaaccaaattaagt 32266349  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32266350 ggaagaaagaccgacgccctctcgaacaacc 32266380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 32567917 - 32567589
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||  ||| || ||| | |||||| |||||||    
T  32567917 aatgagatatattaactcggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccaaacaaga-ttacaaccaaatca 32567819  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||||    
T  32567818 gtcaatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtatcaaaactaaatacaacattgctagc-tttaaccaccacaaagaagttgatttc 32567720  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    || |||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  32567719 acattatctagcatttgtggcaaagtactttgtctatttctaaaaatcctatcattcctttcattccacaacacccaaacacaaagcaaccaaattaagt 32567620  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  32567619 ggaagaaagaccgacgccctcttgaacaacc 32567589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 41666022 - 41665693
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    |||||||||||||||  | || |||| ||||||||||||| ||| |||||  ||||||||| |||||||||   || || | |||||||||| |||||||    
T  41666022 aatgagatatattaacacggataccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaagttccaaac-aaaattacaaccaaatca 41665924  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
     |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  41665923 atcaatacccaaacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttc 41665824  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    ||||||||||  | ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41665823 actttatctaaaatttgtggcagagtactttgtctatttctaaaaatcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 41665724  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||| || |||| |||| |||||||    
T  41665723 ggaagaaagatcgtcgccttctcaaacaacc 41665693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Original strand, 13395875 - 13396204
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    |||||||||||||||    ||||||| ||||||||||| | ||| |||||  ||||||||| |||||||||   || || | |||||||||| |||||||    
T  13395875 aatgagatatattaacatggacaccgtaattgttaccgtacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaagttccaaac-aaaattacaaccaaatca 13395973  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  13395974 gtcaatacccaaacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacagcattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttc 13396073  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    ||||||||||  | ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13396074 actttatctaacatttgtggcagagtactttgtctatttctaaaaatcctatcattcctttcattccacaataccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 13396173  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||| |||| |||| |||||||    
T  13396174 ggaagaaagaccgtcgccttctcaaacaacc 13396204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 69 - 396
Target Start/End: Original strand, 9922088 - 9922414
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaa-caatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 167  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||| |||||||||  || ||||||||||| |||||   || || ||| ||| |||  ||| ||    
T  9922088 aatgagatatattaatactgacaccgtaattattaccgcacaagatgtgccaaaacaatcacaaaagtgtcaagttccaaacaacaat-acatccaa-tc 9922185  T
Q  168 agtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaattt 267  Q
    |||||||||||| |||  |||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  9922186 agtcaatacccaaacaagaaagcgggctcgaccaccactggtgagtaccaaaactaaaaacaacattacaagcctttaaccaccacaaagaagttgattt 9922285  T
Q  268 cactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaag 367  Q
    |||||||||||| | ||| |||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||     
T  9922286 cactttatctagcatttgtggcaaagaactttgtctatttctaaaaagcctttcattccgttcattccacaacaccgaaacaacaagcagccaaatcaaa 9922385  T
Q  368 tggaagaaagaccggcgccctctcgaaca 396  Q
    || ||||| || || ||||||||||||||    
T  9922386 tgaaagaaggaacgtcgccctctcgaaca 9922414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 174 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 34137512 - 34137408
Alignment:
Q  174 tacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcacttt 273  Q
    |||||| |||||| | ||| ||||||||||| | |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| | |||| |||||    
T  34137512 tacccatacataacaaagggctcgaccaccaattatgagtaccaaagctaaaaacaacattactagcttttaaccaccacaatgaagatgattttacttt 34137413  T
Q  274 atcta 278  Q
     ||||    
T  34137412 gtcta 34137408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 368
Target Start/End: Original strand, 5181240 - 5181454
Alignment:
Q  154 attacaaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccac 253  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||| |||| |||| ||   |||||||||   |||||| | ||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  5181240 attacaaacatttcagtcaatgcccaaacatgaaagcgggtacgaccaccaagtatgagtactaaagctaaatacaacattactaacttttaaccaccac 5181339  T
Q  254 aacgaagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaa 353  Q
    ||  ||| | |||| ||||||||||  |  || || | || ||||| |||||||||||| | | ||||||| | ||| |||||||| ||| |||||||      
T  5181340 aaataagatgattttactttatctaacatatgtggtaaagaactttctctatttctaaatatcatatcatttcgttcgttccacaaaacctaaacacatt 5181439  T
Q  354 gcaaccaaatcaagt 368  Q
    | | |||||||||||    
T  5181440 gaagccaaatcaagt 5181454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 69 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 8481943 - 8481877
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaat 135  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||    
T  8481943 aatgagatatattaactcggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacgaaaat 8481877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 29733492 - 29733403
Alignment:
Q  181 acataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcac 270  Q
    ||||| ||| || |||||||||||   |||||| |||||| |||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||| || |||||||    
T  29733492 acatacaagcggtctcgaccaccaactatgagtaccaaaagtaaagaccacattactagctttcaaccaccacaaagaatttgatttcac 29733403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Original strand, 42513194 - 42513536
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaa-atgtcagagtctaagcaaaaatt 156  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42513194 gaacaggcaaaaatgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatt 42513293  T
Q  157 acaaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaac 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42513294 acaaacaaatcagtcaatacccagacataaaagagggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaac 42513393  T
Q  257 gaagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagca 356  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42513394 gaagttaatttcactttatctagcaattgaggcacaatactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagca 42513493  T
Q  357 accaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42513494 accaaatcaagtggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 42513536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Original strand, 3418258 - 3418599
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3418258 gaacaggcaaaaatgagatatattaatacggacaccgcaattgttatcgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaatggcagagtctaagcaaaaatta 3418357  T
Q  158 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 257  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3418358 caaacaaatcagtcaatacctagacttaaaagagggctcgatcaccactgatgtgtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 3418457  T
Q  258 aagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3418458 aagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacagcaccgaaacacaaagcaa 3418557  T
Q  358 ccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3418558 ccaaatcaaatggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 3418599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Original strand, 12824674 - 12825015
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||  ||| || ||||| |||    
T  12824674 gaacaggcaaaaatgagatatattaatacggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-tta 12824772  T
Q  158 caaacaaatcagtcaa-tacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaac 256  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12824773 caaacaaatcagtcaaatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaac 12824872  T
Q  257 gaagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagca 356  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12824873 gaagttgatttcactttatctagcaattgtggtacaatactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccggaacacaaagca 12824972  T
Q  357 accaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12824973 accaaatcaagtggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 12825015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 30732968 - 30732638
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||  ||| |  | ||||||||||||||||||    
T  30732968 aatgagatatattaatacggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccacac-aaaattacaaacaaatca 30732870  T
Q  169 gtc-aatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaattt 267  Q
    ||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  30732869 gtcaaatacccagacataaaagcaggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagtctttaaccaccacaacgaagttgattt 30732770  T
Q  268 cactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaag 367  Q
    |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732769 cactttatctagcaattgtggcacaatactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaag 30732670  T
Q  368 tggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30732669 tggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 30732638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 12820614 - 12820273
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| | |||| || ||||||||| | | |||||||||  |||||||||||||||||||  ||| || ||||| |||    
T  12820614 gaacaggcaaaaatgagatatattaatacggacatcgtaattgttactgtacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-tta 12820516  T
Q  158 caaacaaatcagtcaat-acccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaac 256  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12820515 caaacaaatcagtcaaacacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattaccagcctttaaccaccacaac 12820416  T
Q  257 gaagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagca 356  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12820415 gaagttgatttcactttatctagcaattgtggcacaatactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagca 12820316  T
Q  357 accaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12820315 accaaatcaaatggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 12820273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 27117825 - 27117485
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || |||||||||||||||  | ||| ||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||    
T  27117825 gaacaggcaaaaatgagatatattaaaacggaccccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcagggtccaaacaaaa-tta 27117727  T
Q  158 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 257  Q
    ||| |||||||||||| ||||| |||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27117726 caatcaaatcagtcaacacccaaacataaaagcaggctcgaccaccactgttgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaaag 27117627  T
Q  258 aagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 357  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27117626 aagttgatttcactttatctagcaattgtggcaaagtactctgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 27117527  T
Q  358 ccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27117526 ccaaatcaagtggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 27117485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Original strand, 23237870 - 23238199
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| | |||||||||  ||||||||| |||||||||  ||| || ||| | |||||| |||||||    
T  23237870 aatgagatatattaactcggacaccgtaattgttaccgaacaagatgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaga-ttacaaccaaatca 23237968  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  23237969 gtcaatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaaaacaacattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttc 23238068  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    || |||||||| |  || |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  23238069 acattatctagcatctgtggcaaagtactttgtctatttctaaaaatcctatcattcctttcattccacaacaccaaaacacaaagcaaccaaattaagt 23238168  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23238169 ggaagaaagaccgacgccctctcgaacaacc 23238199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Original strand, 8227513 - 8227842
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    |||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||  ||| || ||| | |||||| |||||||    
T  8227513 aatgagatatattaatacggacaccataattgttaccgcataagatgtgtcaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccaaacaaga-ttacaaccaaatca 8227611  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    ||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| |||||    
T  8227612 gtcaataaccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacattgctagcctttaaccaccacaaagaggttgatttc 8227711  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    || ||||| || | ||  ||||  ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  8227712 acattatcaagcatttatggcaacgtactttgtttatttctaaaaatcatatcattcctttcattccacatcacccaaacacaaagcaaccaaattaagt 8227811  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8227812 ggaagaaagaccgacgccctctcgaacaacc 8227842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Original strand, 25824497 - 25824827
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctc-aacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 167  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| ||| |||||   ||||||||| |||||||||  ||| |||||||| |||||  ||||||    
T  25824497 aatgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccagaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaagcaaaa-ttacatccaaatc 25824595  T
Q  168 agtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaattt 267  Q
    |||||||| |||||||| |||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  25824596 agtcaataaccagacatgaaagcgggctcgaccaccaccgatgagtaccaaaactaaatacaacattacaagcctttaaccaccacaaagaagttgattt 25824695  T
Q  268 cactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaag 367  Q
    |||||||||||| | |||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  25824696 cactttatctagcatttgaggcaaagaacattgtctatttctaaaaatcctatcattctgttcattccacaacaccgaaacacaaagcagccaaatcaaa 25824795  T
Q  368 tggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    || |||||||| || |||||||||||||||||    
T  25824796 tgaaagaaagaacgtcgccctctcgaacaacc 25824827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 35984443 - 35984115
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaa-caatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 167  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||| ||| |||||  || ||||||||||| |||||   || || ||||| |||||  ||| ||    
T  35984443 aatgagatatattaatactgacaccgtaattgttactgcacaaggtgtgccaaaacaatcacaaaagtgtcaagttccaaacaaaa-ttacatccaa-tc 35984346  T
Q  168 agtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaattt 267  Q
    |||||||||||| |||  |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  35984345 agtcaatacccaaacaagaaagtgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaaaacaacattacaagcctttaaccaccacaaagaagttgattt 35984246  T
Q  268 cactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaag 367  Q
    |||||||||||| | ||| |||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  35984245 cactttatctagcatttgtggcaaagaactttgtctatttct-aaaatcctatcattccgttcattccacaacaccgaaacacaaagcagccaaatcaaa 35984147  T
Q  368 tggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    || |||||||| || |||||||||||||||||    
T  35984146 tgaaagaaagaacgtcgccctctcgaacaacc 35984115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 59 - 399
Target Start/End: Original strand, 42927607 - 42927947
Alignment:
Q  59 aacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaa-caatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| | || |||| ||||||||| ||||||  |||||  || ||||||| ||||||||| | || || ||| | |||    
T  42927607 aacaagtaaaaatgagatatattaatacggataccgtaattgttacagcataaagtgtgccaaaacaatcacgaaaatgtcaaactccaaacaaga-tta 42927705  T
Q  158 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 257  Q
    ||| ||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||| | ||||||  |||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |    
T  42927706 caaccaaatcagtcaatccccaaacataaaagtgggctcgaccaccaattatgagtatcaaagctaaatacaacattacgagcttttaaccaccacaaag 42927805  T
Q  258 aagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 357  Q
    ||| | |||| ||||||||||| | ||| |||| ||  ||||||| |||||||| ||   | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42927806 aagatgatttaactttatctagcatttgtggcaaagagctttgtcaatttctaagaatattgtcattccgttcattccacaaaaccgaaacacaaagcaa 42927905  T
Q  358 ccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||    
T  42927906 ccaaatcaagtggaaaaatgaacgtcgccctctcgaacaacc 42927947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 164 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 28536234 - 28535998
Alignment:
Q  164 aatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagtta 263  Q
    |||||||||||||||| |||  |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || |||     
T  28536234 aatcagtcaatacccaaacaagaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaaaacaacattacaagcctttaaccaccacaaagacgttg 28536135  T
Q  264 atttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaat 363  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||    
T  28536134 atttcactttatctagcatttgtggcaaagaacttcgtctatttctaaaaatcctatcatttcgttcattccacaacaccgaaacaacaagtagccaaat 28536035  T
Q  364 caagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacca 400  Q
    ||| || ||||| || || ||||||||||||||||||    
T  28536034 caaatgaaagaaggaacgtcgccctctcgaacaacca 28535998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 69 - 338
Target Start/End: Original strand, 31641244 - 31641512
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaa-caatcacaaaaatgtcagagt-ctaagcaaaaattacaaacaaat 166  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| ||| |||||  || ||||||||||| ||||| ||| | || ||| | |||||  ||| |    
T  31641244 aatgagatatattaatactgacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaaacaatcacaaaagtgtca-agtgccaaacaaca-ttacatccaa-t 31641340  T
Q  167 cagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatt 266  Q
    ||||||||||||| |||  |||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  31641341 cagtcaatacccaaacaagaaagcgggctcgaccaccactggtgagtaccaaaactaaatacaacattacaagcctttaaccaccacaacgaagttgatt 31641440  T
Q  267 tcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccaca 338  Q
    ||||||||||||| | ||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  31641441 tcactttatctagcatttgtggcaaagaactttgtctatttctaaaaatcctatcattccgttcattccaca 31641512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 58 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 12032613 - 12032460
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12032613 gaacaggcaaaaatgagatatattaatacggacaccacaattgttaccgcataaggtgtgcctaacaattacaaaaatgtcagagtctaaacaaaaatta 12032514  T
Q  158 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatga 211  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  12032513 caaacaaatcaatcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatga 12032460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 154 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 19255692 - 19255447
Alignment:
Q  154 attacaaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccac 253  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||| |||| |||| || |||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||    
T  19255692 attacaaccaagtcagtcaatgcccaaacatgaaagcgggctcgaccaccaaatatgagtaccaaaactaaatacaacattatgaggttttaaccaccac 19255593  T
Q  254 aacgaagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaa 353  Q
    || |||| | |||| ||||||||||  |  || |||| ||  |||| ||||||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19255592 aaagaagatgatttgactttatctaacatatgtggcaaagagctttttctatttctaaaaatattgtcattccgttcattccacaacaccgaaacacaaa 19255493  T
Q  354 gcaaccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||||||||| || || || |||  ||||||||||||    
T  19255492 gcaaccaaatcaagtggaaaaatgatcgtcgcaatctcgaacaacc 19255447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 164 - 255
Target Start/End: Original strand, 26072474 - 26072565
Alignment:
Q  164 aatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaa 255  Q
    |||||||||||||||| |||||| || ||  |||||||||| | ||||||  | |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  26072474 aatcagtcaatacccatacataagagcgggttcgaccaccaattatgagtatcgaaactaaagacaacattactagctttcaaccaccacaa 26072565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 195 - 255
Target Start/End: Original strand, 32228416 - 32228476
Alignment:
Q  195 tcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaa 255  Q
    |||| ||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  32228416 tcgatcaccaattatgagtaccaaaactaaaaacaacattactagctttcaaccaccacaa 32228476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 173 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 18359640 - 18359558
Alignment:
Q  173 atacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaa 255  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| || || | ||| || |||||| |||| || ||||||||||| || |||||||||||    
T  18359640 atacccatacataaaagcggactcgatcatcaattatgtgtaccaaaattaaagactacattactagctttcaaccaccacaa 18359558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 290; Significance: 1e-162; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Original strand, 2363752 - 2364093
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || |||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2363752 gaacaggcaaaaatgagatatattaaaacggacaccacaattgttaccgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 2363851  T
Q  158 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 257  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2363852 caaacaaatcagtcaatacctagacataaaagagggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 2363951  T
Q  258 aagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 357  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2363952 aagttaatttcactttatctagcaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 2364051  T
Q  358 ccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2364052 tcaaatcaagtggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 2364093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 59 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 10324236 - 10323895
Alignment:
Q  59 aacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaa-tgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    |||||| || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  10324236 aacaggcaaaaatgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaaggtgtgcctaacaatcacaaaaaatgtcagagtctaaacaaaaatta 10324137  T
Q  158 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 257  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  10324136 caaacaaatcactcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagccttgagccaccacaacg 10324037  T
Q  258 aagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 357  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  10324036 aagttaacttcactttatcgagcaattgaggcactgtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaccaccgtgacacaaagcaa 10323937  T
Q  358 ccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10323936 ccaaatcaagtggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 10323895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Original strand, 7312252 - 7312593
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| | || |||| ||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||  ||| || ||||| |||    
T  7312252 gaacaggcaaaaatgagatatattaatacggataccgtaattgttaccgcacaagatatgccaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-tta 7312350  T
Q  158 caaacaaatcagtcaa-tacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaac 256  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7312351 caaacaagtcagtcaaatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgacgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaac 7312450  T
Q  257 gaagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagca 356  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7312451 gaagttgatttcactttatctagcaattgtggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacactgaaacacaaagca 7312550  T
Q  357 accaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  7312551 accaaatcaagtgcaagaaagatcgtcgccctctcgaacaacc 7312593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 34333468 - 34333139
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| |||  ||||  ||||||||| |||||||||  ||| || ||||| |||||| |||||||    
T  34333468 aatgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggcgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacaaccaaatca 34333370  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  34333369 gtcaatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacattgttagcctttaaccaccacaaagaagttgatttc 34333270  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    ||||||||||| | ||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34333269 actttatctagcatttgtggcaaaatactttgtctatttctaaaaatcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 34333170  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34333169 ggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 34333139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 59 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 19920893 - 19920553
Alignment:
Q  59 aacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattac 158  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||| | ||||||| ||||||| ||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||  ||| || ||||||| ||    
T  19920893 aacaggtaaaaatgaaatatattaatacggacaccgtaattgtttccgcacaagatgtgccaaacaatcactaaaatgtcaaggtccaaacaaaaat-ac 19920795  T
Q  159 aaacaaatcagtcaa-tacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 257  Q
    ||||||| || |||| ||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  19920794 aaacaaaacaatcaaatacccagacataagagcgggctcgaccaccactgatgggtgccaaaactaaatacaacatttctagcttttaaccaccacaacg 19920695  T
Q  258 aagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 357  Q
     |||| |||||||||||||||  ||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19920694 cagttgatttcactttatctaacaattgtggcactgtactttggctatttcgaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgagacacaaagcaa 19920595  T
Q  358 ccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19920594 ccaaatcaagtggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 19920553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 40931182 - 40930852
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaa-caatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 167  Q
    |||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||  || ||||||| |||||||||  ||| || ||||| |||||  ||||||    
T  40931182 aatgagatgtattaacacagacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatc 40931084  T
Q  168 agtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaattt 267  Q
    |||||||||||| ||||  ||| || |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  40931083 agtcaatacccaaacatgcaagcgggctcgaccaccactgttgagtaccgaaactaaaaacaacattacaagcctttaaccaccacaaagaagttgattt 40930984  T
Q  268 cactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaag 367  Q
    |||||||||||| | ||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||     
T  40930983 cactttatctagcatttgtggcaaagaactttgtctatttctaaaaatcctatcatttcgttcattccacaacactgaaacacaaagcagccaaatcaaa 40930884  T
Q  368 tggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    || |||||||| || | |||||||||||||||    
T  40930883 tgaaagaaagaacgtcaccctctcgaacaacc 40930852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 69 - 243
Target Start/End: Original strand, 926607 - 926781
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctc-aacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 167  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| ||| |||||   ||||||||| |||||||||  ||| || ||||| |||||  ||||||    
T  926607 aatgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccagaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatc 926705  T
Q  168 agtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctt 243  Q
    ||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  926706 agtcaatacccagacatgaaagcgggctcgaccaccaatgatgagtaccataactaaatacaacattacaagcctt 926781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 69 - 262
Target Start/End: Original strand, 15827196 - 15827390
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtg-ctcaacaatcac-aaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaat 166  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| ||| |||| |  |||||||||  |||||||||  ||| || | |||||||||| |||||    
T  15827196 aatgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaaacaatcacggaaaatgtcaaggtccaaac-aaaattacaaccaaat 15827294  T
Q  167 cagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagtt 262  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||  |||| || || |||||||| ||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||||||| ||||||    
T  15827295 cagtcaatacccagacatgaaagcgggttcgatcatcaatgatgagtaccaaaactaaatacagcattgcaagcttttaaccaccacaaagaagtt 15827390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 162 - 262
Target Start/End: Original strand, 10312957 - 10313057
Alignment:
Q  162 caaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagt 261  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||| |||||    
T  10312957 caaatcagtcaatacccagacatgaaagcgggttcgaccaccaatgatgagtaccaaaactaaatacaacgttacacgcttttaaccaccacaaagaagt 10313056  T
Q  262 t 262  Q
    |    
T  10313057 t 10313057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 156 - 393
Target Start/End: Original strand, 7031891 - 7032128
Alignment:
Q  156 tacaaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaa 255  Q
    ||||||||||| | ||||  |||| ||| |  ||||| ||||||||||| |  ||||| ||||| ||||| |  ||||||  ||| || |||||||||||    
T  7031891 tacaaacaaattactcaagtcccaaacacatcagagggctcgaccaccaattctgagtaccaaagctaaacattacattatgagctttcaaccaccacaa 7031990  T
Q  256 cgaagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagc 355  Q
     |||| | || | || |||||||| |  ||||||| ||  ||||||| ||| ||||||| | |  ||||||  |||||||||||||| |||||||||||     
T  7031991 agaagatgatataaccttatctagcatatgaggcaaagagctttgtcgattactaaaaatcttggcattccgctcattccacaacacagaaacacaaagt 7032090  T
Q  356 aaccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcga 393  Q
    |||||||||||||| || ||||| || |||||||||||    
T  7032091 aaccaaatcaagtgaaaaaaagatcgccgccctctcga 7032128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 255
Target Start/End: Original strand, 15312153 - 15312254
Alignment:
Q  154 attacaaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccac 253  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||| |||||| || ||  ||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  15312153 attacaaaacaatcagtcgatacccatacataagagtgggttcgaccaccaaagatgagtaccgaaactaaatacaacattactagctttcaaccaccac 15312252  T
Q  254 aa 255  Q
    ||    
T  15312253 aa 15312254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 181 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 26771528 - 26771470
Alignment:
Q  181 acataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactag 239  Q
    ||||||||| || ||||||||||| | ||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  26771528 acataaaagtgggctcgaccaccaattatgagtatcaaaactaaaaacaacattactag 26771470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 176 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 48570586 - 48570484
Alignment:
Q  176 cccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactttat 275  Q
    |||| ||||| ||| || ||||||||||| | |||||| |||||| |||| || |||||| |||| || ||||||||||  ||| || |||| |||||||    
T  48570586 cccatacatacaagcgggctcgaccaccaattatgagtaccaaaaataaagaccacattattagctttcaaccaccacagggaatttgattttactttat 48570487  T
Q  276 cta 278  Q
    |||    
T  48570486 cta 48570484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 69 - 118
Target Start/End: Original strand, 10312875 - 10312924
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgc 118  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  10312875 aatgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgc 10312924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 290; Significance: 1e-162; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Original strand, 35540524 - 35540865
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || |||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35540524 gaacaggcaaaaatgagatatattaaaacggacaccgcaattgttatcgcacaggatgtgcccaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 35540623  T
Q  158 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35540624 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagagggctcgaccaccactgatgtgtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 35540723  T
Q  258 aagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  35540724 aagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacagcaccgaaacacaaagcaa 35540823  T
Q  358 ccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35540824 ccaaatcaagtggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 35540865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Original strand, 6050076 - 6050418
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaa-atgtcagagtctaagcaaaaatt 156  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  6050076 gaacaggcaaaaatgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaaatgtcagagtctaagcaaatatt 6050175  T
Q  157 acaaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaac 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6050176 acaaacaaatcagtcaatacccagacataaaagagggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaac 6050275  T
Q  257 gaagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagca 356  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6050276 gaagttaatttcactttatctagaaatttaggcacaatactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagca 6050375  T
Q  357 accaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6050376 accaaatcaagtggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 6050418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 11909770 - 11909429
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||  ||| || ||||| |||    
T  11909770 gaacaggcaaaaatgagatatattaatacggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-tta 11909672  T
Q  158 caaacaaatcagtcaa-tacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaac 256  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11909671 caaacaaatcagtcaaatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaac 11909572  T
Q  257 gaagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagca 356  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11909571 gaagttgatttcactttatctagcaattgtggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagca 11909472  T
Q  357 accaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||    
T  11909471 accaaatcaagtggaagaaagaccgtcaccctctcaaacaacc 11909429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Original strand, 51051955 - 51052296
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||  ||| || ||||| |||    
T  51051955 gaacaggcaaaaatgagatatattaatacggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-tta 51052053  T
Q  158 caaacaaatcagtcaa-tacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaac 256  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  51052054 caaacaaatcagttaaatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagtctttaaccaccacaac 51052153  T
Q  257 gaagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagca 356  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51052154 gaagttgatttcactttatctagcaattgtggcacaatactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagca 51052253  T
Q  357 accaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  51052254 accaaatcaagtggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 51052296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Original strand, 26059378 - 26059707
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||   || || ||| | ||||||  ||||||    
T  26059378 aatgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacaaaaatgtcaagatccaaacaaga-ttacaactaaatca 26059476  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    ||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  26059477 gtcaatagccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttc 26059576  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    ||||||||||| | ||| |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26059577 actttatctagcatttgtggcaaagtacattgtctatttctaaaaatcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 26059676  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  26059677 ggaagaaagaccgtcaccctctcgaacaacc 26059707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Original strand, 6259304 - 6259633
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    |||||||||||||||    ||||||| ||||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||| |||| || ||||||| |||| || ||||    
T  6259304 aatgagatatattaacgaggacaccgtaattgttaccgtacaagatgtgccgaacaatcacaaaaatgtcaaagtccaaacaaaaat-acaaccatatca 6259402  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| |||||    
T  6259403 gtcaatacccaaacataaaagcgggctcgaccaccagtgttgagtaccaaaactaaatacaacattgctagcctttagccaccacaaagaagttgatttc 6259502  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    ||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6259503 actttatctagcatttgtggcaaagtactttgtctatttctaaaaatcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaaat 6259602  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||| |||||||| | |||||||||||||||    
T  6259603 ggaaaaaagaccgtctccctctcgaacaacc 6259633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 12813857 - 12813528
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| ||| |||||  ||||||||| |||||||||   || || | |||||||||| |||||||    
T  12813857 aatgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaagttccaaac-aaaattacaaccaaatca 12813759  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  12813758 gtcaatacccaaacataaaagcgggctcgaccaccactgatgaatactaaaactaaatacaacattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttc 12813659  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    ||||||||||  | ||| |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12813658 actttatctaacatttgtggcagagtactttgtctatttctaaaattcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 12813559  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||| |||| |||| |||||||    
T  12813558 ggaagaaagaccgtcgccttctcaaacaacc 12813528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Original strand, 4841885 - 4842220
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaa-tcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 167  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| ||| |||||  ||||| |||  ||||| |||   || || ||||| |||||| ||||||    
T  4841885 aatgagatatattaatacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaaatcatgaaaatctcaagttccaaacaaaa-ttacaaccaaatc 4841983  T
Q  168 agtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaattt 267  Q
    |||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  4841984 agtcaatatccaaacataaaagcgggctcgaccaccactgatgaataccaaaactaaatacaggattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgattt 4842083  T
Q  268 cactttatctagtaattgaggcac-----agtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaa 362  Q
    |||||||||||  | |||  |||      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4842084 cactttatctaacatttgtcgcaaggaggagtactttgtctatttctaaaaatcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaa 4842183  T
Q  363 tcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||    
T  4842184 tcaagtggaagaaagaccgtcgccttctcaaacaacc 4842220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Original strand, 13351800 - 13352130
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaa-caatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 167  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||| ||| ||  |||||  || ||||||| ||||||||  |||| || ||| | |||||| ||| ||    
T  13351800 aatgagatatattaacacggacaccgtaattgttactgcacaatgtgtgccgaaacaatcacgaaaatgtcgaagtccaaacaaga-ttacaaccaagtc 13351898  T
Q  168 agtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaattt 267  Q
    ||||||| |||| |||| |||| || ||| ||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||  | ||||    
T  13351899 agtcaatgcccaaacatgaaagcgggctcaaccaccaattatgagtaccaaagctaaatacaacattacgagcttttaaccaccacaaagaaaattattt 13351998  T
Q  268 cactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaag 367  Q
     ||||| ||||| | ||| |||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||||| || |||||||||||||||||||| |||    
T  13351999 aactttgtctagcatttgtggcaaagagctttgtctatttctaaaaatcctatcattccatacactccacaaaactgaaacacaaagcaaccaaataaag 13352098  T
Q  368 tggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    || || || || || ||| |||||||||||||    
T  13352099 tgaaaaaatgaacgtcgctctctcgaacaacc 13352130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 69 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 24547720 - 24547518
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaa-caatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 167  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| |||||||||  || |||||||  ||||||||  ||| || ||||| |||||| ||||||    
T  24547720 aatgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaaacaatcacggaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacaatcaaatc 24547622  T
Q  168 agtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaattt 267  Q
    ||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| |||| |||||| ||||    
T  24547621 agtcaatacccagacatgaaagcaggctcgaccaccaattatgagtaccaaaactaaatacagcattacaagcttttaaccactacaaagaagttgattt 24547522  T
Q  268 cact 271  Q
    ||||    
T  24547521 cact 24547518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 194 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 47623594 - 47623510
Alignment:
Q  194 ctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactttatcta 278  Q
    ||||||||||| | ||||||  || | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| | |||| ||||| ||||    
T  47623594 ctcgaccaccaattatgagtatcatagctaaaaacaacattactagcttttaaccaccacaaagaagatgattttactttgtcta 47623510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 181 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 37298041 - 37297967
Alignment:
Q  181 acataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaa 255  Q
    ||||||||| || ||||||||||| | ||| || |||||| |||| || ||||||||||| || |||||||||||    
T  37298041 acataaaagcgggctcgaccaccaattatgtgtaccaaaattaaagactacattactagctttcaaccaccacaa 37297967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 106498 - 106167
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaa-tgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 167  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  106498 aatgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaaatgtcaaagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 106399  T
Q  168 agtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaattt 267  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  106398 agtcaatacccagacataaaagagggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaattt 106299  T
Q  268 cactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaag 367  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  106298 cactttatctagcaattgaggcacaatactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaag 106199  T
Q  368 tggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  106198 tggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 106167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 160356 - 160015
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  160356 gaacaggcaaaaatgagatatattaatacggacaccgcaattgttatcgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcagaaatta 160257  T
Q  158 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  160256 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagagggctcgaccaccactgatgtttgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 160157  T
Q  258 aagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  160156 aagttaatttcactttatctagtaattgtggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcatttcattccacaacaccgaaacacaaaacaa 160057  T
Q  358 ccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  160056 ccaaatcaagtggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 160015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 23643246 - 23642915
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaa-tgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 167  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23643246 aatgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgtacaagatgtgcccaacaatcacaaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 23643147  T
Q  168 agtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaattt 267  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23643146 agtcaatacctagacataaaagagggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaattt 23643047  T
Q  268 cactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaag 367  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23643046 cactttatctagcaattgaggcacggtactttatctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaag 23642947  T
Q  368 tggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23642946 tggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 23642915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 59 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 13271556 - 13271215
Alignment:
Q  59 aacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaa-tgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    |||||| || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13271556 aacaggcaaaaatgagatatattaatacggacaccgcaattgttactgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 13271457  T
Q  158 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271456 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagatggctcgaccaccactgatgagtgccaaaaataaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 13271357  T
Q  258 aagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 357  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| | |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271356 aagttaatttcactttatctagcaattgtgtcactttactttttctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 13271257  T
Q  358 ccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13271256 ccaaatcaagtggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 13271215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Original strand, 47418280 - 47418621
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  47418280 gaacaggcaaaaatgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaaggtgtgcctaacaattacaaaaatgtcggagtctaaacaaaaatta 47418379  T
Q  158 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 257  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  47418380 caaacaaatcaatcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttagccaccacaacg 47418479  T
Q  258 aagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 357  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  47418480 aagttaacttcactttatcgagcaattgaggcactgtactttgactatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaccaccgtgacacaaagcaa 47418579  T
Q  358 ccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  47418580 ccaaatcaagtggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 47418621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 47686548 - 47686219
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    ||||||||||||| |  | ||||||| || ||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||    
T  47686548 aatgagatatattcaaacggacaccgtaactgttatcgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcagagtccaaacagaa-ttacaaacaaatca 47686450  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  47686449 gtcaatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttc 47686350  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    ||||| ||||| | ||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47686349 actttgtctagcatttgtggcaaagtacttagtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacactgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 47686250  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    | ||||||||||| | |||||| ||||||||    
T  47686249 gaaagaaagaccgtcaccctcttgaacaacc 47686219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Original strand, 15739708 - 15740037
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    |||||||||||||||    ||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||| || ||||||| |||| |||||||    
T  15739708 aatgagatatattaacgaggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccgaacaatcacaaaaatgtcaaagtccaaacaaaaat-acaaccaaatca 15739806  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| |||||    
T  15739807 gtcaatacccaaacataaaagcgggctcgaccaccactgttgagtaccaaaactaaatacaacattgctagcctttagccaccacaaagaagttgatttc 15739906  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    ||||||||||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15739907 actttatctagcatttgtggcaaagtactttgtctatttctaaaaagccgattattcatttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 15740006  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  15740007 ggaagaaagaccgtctccctctcgaacaacc 15740037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Original strand, 19754750 - 19755078
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| ||| |||||  ||||||||| |||||||||  ||| || ||||| ||||||  ||||||    
T  19754750 aatgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacaacgaaatca 19754848  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  19754849 gtcaataccgagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacagcattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttc 19754948  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    ||||||||||  | ||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19754949 actttatctaacatttgtggcagagtaccttgtctatttctaaaaatcctatcattcctttc-ttccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 19755047  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||| |||| |||| |||||||    
T  19755048 ggaagaaagaccgtcgccttctcaaacaacc 19755078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 19785056 - 19784728
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| ||| |||||  ||||||||| |||||||||  ||| || ||||| ||||||  ||||||    
T  19785056 aatgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacaacgaaatca 19784958  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  19784957 gtcaataccgagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacagcattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttc 19784858  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    ||||||||||  | ||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19784857 actttatctaacatttgtggcagagtaccttgtctatttctaaaaatcctatcattcctttc-ttccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 19784759  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||| |||| |||| |||||||    
T  19784758 ggaagaaagaccgtcgccttctcaaacaacc 19784728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Original strand, 7403398 - 7403729
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaa-caatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 167  Q
    |||||||||||||||  | ||||| | ||||||||| ||| ||| |||||  || ||||||| |||||| || |||| || ||||| |||||| ||||||    
T  7403398 aatgagatatattaacacggacactgtaattgttacagcacaaggtgtgccaaaacaatcacgaaaatgccaaagtccaaacaaaa-ttacaaccaaatc 7403496  T
Q  168 agtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaattt 267  Q
    |||||||||||| |||| || | || ||||||||||| | |||| |  |||| |||||||||||||| | ||  |||||||||||||| |||  | ||||    
T  7403497 agtcaatacccaaacatgaatgcgggctcgaccaccaattatgaatatcaaagctaaatacaacattgcgagtttttaaccaccacaaagaatatgattt 7403596  T
Q  268 cactttatctagtaatt-gaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaa 366  Q
    ||||||||||||  ||| | |||| ||  ||||||||||||||||||| | | ||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7403597 cactttatctaggcatttgtggcaaagagctttgtctatttctaaaaatcttgtcattccgttcaatcgacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaa 7403696  T
Q  367 gtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  7403697 gtggaaaaaagaacgtcgccctctcgaacaacc 7403729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 59 - 245
Target Start/End: Original strand, 43019417 - 43019603
Alignment:
Q  59 aacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattac 158  Q
    |||||| || |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| ||||||||   |||||||| ||||||||||  ||| || ||||| ||||    
T  43019417 aacaggcaaaaatgagatatattaatacggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgtcaaacaatcataaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttac 43019515  T
Q  159 aaacaaatcagtcaa-tacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagccttta 245  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43019516 aaacaaatcagtcaaatacccagacataaaagcggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaatattactagccttta 43019603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 59 - 191
Target Start/End: Original strand, 33845083 - 33845216
Alignment:
Q  59 aacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaa-tgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    |||||| || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  33845083 aacaggcaaaaatgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaaatgtaagagtctaagcaaaaatta 33845182  T
Q  158 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagag 191  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33845183 caaacaaatcagtcaatactcagacataaaagag 33845216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 151 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 20788852 - 20788604
Alignment:
Q  151 aaaattacaaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattact-agcctttaacca 249  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||| |||||| || ||  |||||||||| |  ||||| ||||| ||||| ||||||||  | ||| ||||||||    
T  20788852 aaaattacaaccaaattagtcaatacccaaacataacagcgggttcgaccaccaattctgagtaccaaagctaaacacaacatttatgagcttttaacca 20788753  T
Q  250 ccacaacgaagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaaca 349  Q
    |||||| |||| | || | || |||||||| | ||| |||| ||  ||||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20788752 ccacaaagaagatgatataaccttatctagcatttgtggcaaagagctttgtctatttctaaaaatcatgtcattccgttcattccacaacaccgaaaca 20788653  T
Q  350 caaagcaaccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||  ||||||||||||||||    
T  20788652 caaagtaaccaaatcaagt-gaaaaaagatcgttgccctctcgaacaacc 20788604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 69 - 255
Target Start/End: Original strand, 8890509 - 8890695
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaa-caatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 167  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| ||| |||||  || |||||||  ||||||||  ||| || ||||| |||||| ||||||    
T  8890509 aatgagatatattaatacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaaacaatcacggaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacaaccaaatc 8890607  T
Q  168 agtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaa 255  Q
    ||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||    
T  8890608 agtcaatacccagacatgaaagcaggctcgaccaccaattatgagtaccaaaactaaatacagcattacaagcttttaaccaccacaa 8890695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 182 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 17402227 - 17402037
Alignment:
Q  182 cataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactttatctagta 281  Q
    |||||||| || ||||||||||| | |||||| |||||   || |||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | |||| ||||||||||  |    
T  17402227 cataaaagcgggctcgaccaccaattatgagtaccaaagtgaactacaacattactagcctttaactaccacaaagaagatgattttactttatctaaca 17402128  T
Q  282 attgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagtggaa 372  Q
      || || | ||  |||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||  | | |||||||||||||||    
T  17402127 tatgtggtaaagagctttttctgtttctaaatagcctatcattccgttcattccacaaaactcaaacacaccgaagccaaatcaagtggaa 17402037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 69 - 262
Target Start/End: Original strand, 16427034 - 16427228
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtg-ctcaacaatcac-aaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaat 166  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||| | ||| |||| |  |||||||||  |||||||||  ||| || | |||||||||| |||||    
T  16427034 aatgagatatattaaaacggacaccgtaattgttaccgtacaaggtgtgccaaaacaatcacggaaaatgtcaaggtcgaaac-aaaattacaaccaaat 16427132  T
Q  167 cagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagtt 262  Q
    |||| |||||| |||||| |||| ||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||  || ||||| |||||||| ||||||    
T  16427133 cagttaatacctagacatgaaagcgggttcgaccaccaatgatgagtaccaaaactaaatacatctttacatgcttttaatcaccacaaagaagtt 16427228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 194 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 23163160 - 23163076
Alignment:
Q  194 ctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactttatcta 278  Q
    ||||||||||| | |||||| ||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| | |||| ||||| ||||    
T  23163160 ctcgaccaccaattatgagtaccatagctaaaaacaacattactagcttttaaccaccacaaagaagatgattttactttgtcta 23163076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 11587713 - 11587643
Alignment:
Q  208 atgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactttatcta 278  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| | |||| ||||| ||||    
T  11587713 atgagtaccaaagctaaaaacaacattactagcttttaaccaccacaaagaagatgattttactttgtcta 11587643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 69 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 26184943 - 26184872
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtg-ctcaacaatcacaaaaatgtca 139  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| ||| |||| |  ||||||||||||| |||||    
T  26184943 aatgagatatattaatactgacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaaacaatcacaaaagtgtca 26184872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 198 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 19740565 - 19740485
Alignment:
Q  198 accaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactttatcta 278  Q
    ||||||| | |||||| |||||| |||| |||||||||||||| || | ||||||||| |||  | |||| ||||||||||    
T  19740565 accaccaattatgagtaccaaaagtaaaaacaacattactagctttcagccaccacaaggaatatgattttactttatcta 19740485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 31177972 - 31177629
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatat-attaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaa-tgtcagagtctaagcaaaaat 155  Q
    ||||||| || |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  31177972 gaacaggcaaaaatgagatattattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaagatgtgcctaacaatcacaaaaaatgtcagagtctaaacaaaaat 31177873  T
Q  156 tacaaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaa 255  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  31177872 tacaaacaaatcaatcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactaacctttagccaccacaa 31177773  T
Q  256 cgaagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagc 355  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31177772 cgaagttaacttcactttatctagcaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagc 31177673  T
Q  356 aaccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  31177672 aaccaaatcaagtggaagaaagaccgtcgcccactcgaacaacc 31177629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 4938793 - 4938452
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||| ||| |||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4938793 gaacaggcaaaaatgagatatattaatacgaacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgcctaacaattacaaaaatgtcagagtctaaacaaaaatta 4938694  T
Q  158 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 257  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4938693 caaacaaatcaatcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttagccaccacaacg 4938594  T
Q  258 aagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 357  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  4938593 aagttaacttcactttatcgagcaattgaggcactgtactttgactatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaccaccgtgacacaaagcaa 4938494  T
Q  358 ccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4938493 ccaaatcaagtggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 4938452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 11277906 - 11277576
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||  ||| || ||||| |||||| |||||||    
T  11277906 aatgagatatattaactcggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacaaccaaatca 11277808  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagtta-attt 267  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  ||||    
T  11277807 gtcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacattgctagcctttaaccaccacaaagaagtttgattt 11277708  T
Q  268 cactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaag 367  Q
    |||||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  11277707 cactttatctagtatttgtggcaaaatactttgtctatttctaaaaatcctatcattcctttcattccacaacaccaaaacacaaagcaaccaaattaag 11277608  T
Q  368 tggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11277607 tggaagaaagaccgacgccctctcgaacaacc 11277576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Original strand, 47876470 - 47876799
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| ||| |||||  ||||||||| |||||||||  ||| || ||||| |||||| ||||| |    
T  47876470 aatgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacaaccaaatga 47876568  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  47876569 gtcaatacccagacataaaagtaggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaaagaagttgatttc 47876668  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    ||||| ||||| | ||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47876669 actttttctagcatttgtggcaaagaactttgtctatttctaaaaatcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 47876768  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  47876769 ggaagaaagaccatcgccctctcgaacaacc 47876799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Original strand, 29967462 - 29967791
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||||  |||| ||||  ||| || ||| | |||||| |||||||    
T  29967462 aatgagatatattaactcggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcatgaaaaagtcaaggtccaaacaaga-ttacaaccaaatca 29967560  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||    
T  29967561 gtcaatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaaaacaacattactagcctttaaccaccacaaagaggttgatttc 29967660  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    || |||||||| | ||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  29967661 acattatctagcatttgtggcagcgtactttgtctatttctaaaaatcctatcattccgttcattccacagcacccagacacaaagcaaccaaattaagt 29967760  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  29967761 ggaagaaagaccgacgtcctctcgaacaacc 29967791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 88 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 236074 - 235763
Alignment:
Q  88 gacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaa-caatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatcagtcaatacccagacataa 186  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| |||||  || ||||||| |||||||||  ||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | |    
T  236074 gacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacaaccaaatcagtcaatacccagacgtga 235976  T
Q  187 aagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactttatctagtaattga 286  Q
    |||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | |||     
T  235975 aagcagactcgaccaccactgttgagtaccaaaactaaatacaacattacaagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcactttatctagcatttgt 235876  T
Q  287 ggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagtggaagaaagaccggcgcc 386  Q
    |||| ||  ||||||||||||||||||| | ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  235875 ggcaaagagctttgtctatttctaaaaatcatatcatttcgttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagtggaagaaagaacgtcgcc 235776  T
Q  387 ctctcgaacaacc 399  Q
    |||||||||||||    
T  235775 ctctcgaacaacc 235763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 73 - 381
Target Start/End: Original strand, 37919035 - 37919342
Alignment:
Q  73 agatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatcagtca 172  Q
    |||||||||||  | ||||||| |||||||| |||| ||| |||||  || |||||| |||||||||  ||| || ||||| |||||| |||||||||||    
T  37919035 agatatattaacacggacaccgtaattgttatcgcacaaggtgtgccaaataatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacaaccaaatcagtca 37919133  T
Q  173 atacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactt 272  Q
    |||| | |||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  37919134 atacacggacataaaagcgggttcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcactt 37919233  T
Q  273 tatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagtggaa 372  Q
    ||||||  | ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  37919234 tatctaacatttgtggcagagtactttgtctatttctaaaaatcctatcatccatttcattccacaacaccgaaacacgaagcaatcaaatcaagtggaa 37919333  T
Q  373 gaaagaccg 381  Q
    |||||||||    
T  37919334 gaaagaccg 37919342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 58 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 38890383 - 38890137
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||| ||||||||||| ||| || ||||| |||    
T  38890383 gaacaggcaaaaatgagatatattaatatggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatca-aaaaatgtcagggtccaaacaaaa-tta 38890286  T
Q  158 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 257  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  38890285 caatcaaatcagtcaatacccagacataaaagcgggctcaaccaccactgatgagtgccaaaattaaatacaacattactaacctttaaccaccacaaag 38890186  T
Q  258 aagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatt 306  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  38890185 aagttgatttcactttatctagcaattgtggcaaagtactttgtctatt 38890137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 164 - 396
Target Start/End: Original strand, 17720225 - 17720448
Alignment:
Q  164 aatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagtta 263  Q
    |||||||||||||||| |||  |||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||     
T  17720225 aatcagtcaatacccaaacaagaaagcgggctcgaccaccactggtgagtaccaaaactaaaaacaacattacaagcctttaaccaccacaaagaagttg 17720324  T
Q  264 atttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaat 363  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||    
T  17720325 atttcactttatctagcatttgtggcaaagaactttgtctatttctaaaaagccta---------tcattccacaacaccgaaacaacaagcagccaaat 17720415  T
Q  364 caagtggaagaaagaccggcgccctctcgaaca 396  Q
    ||| || ||||| || |  ||||||||||||||    
T  17720416 caaatgaaagaaggaacatcgccctctcgaaca 17720448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 151 - 255
Target Start/End: Original strand, 48394472 - 48394576
Alignment:
Q  151 aaaattacaaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccac 250  Q
    |||||||||||  ||| |||  ||||||| |||||| || ||  |||||||||| | |||||| || ||| |||| |||||||||||||| || ||||||    
T  48394472 aaaattacaaaacaattagtggatacccatacataatagcgggttcgaccaccaattatgagtaccgaaattaaagacaacattactagctttcaaccac 48394571  T
Q  251 cacaa 255  Q
    |||||    
T  48394572 cacaa 48394576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 173 - 255
Target Start/End: Original strand, 37254348 - 37254430
Alignment:
Q  173 atacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaa 255  Q
    ||||||| ||||||| | || ||||||||||| | ||| || |||||| |||| || ||||||||||| || |||||||||||    
T  37254348 atacccatacataaatgcgggctcgaccaccaattatgtgtaccaaaattaaagactacattactagctttcaaccaccacaa 37254430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Original strand, 12733612 - 12733941
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||| |||||||    
T  12733612 aatgagatatattaaaacggacaccgtaattgttaccgcacaagatatgccaaacaatcacaaaaatgtcagggtccaaacaaaa-ttacaatcaaatca 12733710  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    ||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  12733711 gtcaatacccaaacataaaagcgggctcgaccaccgctgttgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaaagaagttgatttc 12733810  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 368  Q
    ||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12733811 actttatctagcaattgtggcaacgtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagt 12733910  T
Q  369 ggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12733911 ggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 12733941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 88 - 399
Target Start/End: Original strand, 21167731 - 21168041
Alignment:
Q  88 gacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatcagtcaatacccagacataaa 187  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||   |||||| |||||||||||| |||| ||  |||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  21167731 gacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgtcgaacaattacaaaaatgtcaaagtccaataaaaaat-acaaccaaatcagtcaatacccaaacataaa 21167829  T
Q  188 agaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactttatctagtaattgag 287  Q
    || || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||| | ||| |    
T  21167830 agcgggctcgaccaccactgttgagtaccaaaactaaatacaacattgctagcctttagccaccacaaagaagttggtttcactttatctagcatttgtg 21167929  T
Q  288 gcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccc 387  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  21167930 gcaaagtactttgtctattcctaaaaatcctatcattcttttcattctacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagtggaagaaagaccgtctccc 21168029  T
Q  388 tctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||    
T  21168030 tctcgaacaacc 21168041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 5734894 - 5734565
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaa-caatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 167  Q
    |||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||| ||| |||||  || ||||||||||| |||||   || || ||| | ||| || | ||||    
T  5734894 aatgagatatattaatactgacactgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaaacaatcacaaaagtgtcaagttccaaacaaca-tta-aatccaatc 5734797  T
Q  168 agtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaattt 267  Q
    ||||||| |||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  5734796 agtcaatgcccaaacaagaaagcggactcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacattacaagcctttaaccaccacaaagaagttgattt 5734697  T
Q  268 cactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaag 367  Q
    |||||||||||| | ||| |||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||     
T  5734696 cactttatctagcatttgtggcaaagaactttgtctatttctaaaaatcttatcattccgttcattccacaccaccgaaacaacaagtaaccaaatcaaa 5734597  T
Q  368 tggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    || ||||| || ||  ||||||||||||||||    
T  5734596 tgaaagaaggaacgttgccctctcgaacaacc 5734565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 69 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 18789532 - 18789255
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| ||| |||||  ||||||||| |||||||||  ||| || ||||| |||||| ||||| |    
T  18789532 aatgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacaaccaaatta 18789434  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    |||||||||  |||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  18789433 gtcaatacctggacataaaagcgggcttgaccaccagtgatgagtaccaaaactaaatacagcattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttc 18789334  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaa 347  Q
    ||||||||||| | ||| |||| | || ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18789333 actttatctagcatttgtggcaaattagtttttctatttctaaaaatcttatcattcctttcattccacaacaccgaaa 18789255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 24768078 - 24767748
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaa-caatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 167  Q
    |||||||||||||||  | |||||   ||||||||||||| ||| |||||  || |||||||| ||||||||  ||| || ||||| |||||| ||||||    
T  24768078 aatgagatatattaagacggacactataattgttaccgcacaaggtgtgccaaaacaatcacataaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacaaccaaatc 24767980  T
Q  168 agtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaattt 267  Q
    |||||||||||| |||| | || |||||||||||||| | |||| | || |||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| |||| | ||||    
T  24767979 agtcaatacccaaacatgagagcggactcgaccaccaattatgaatacccaaactaaatacagcattacaagcttttaaccaccacaaagaagatgattt 24767880  T
Q  268 cactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaag 367  Q
    |||||||||||| | ||| |||| ||  |||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24767879 cactttatctagcatttgtggcaaagagctttgtctatttctaaaaattatgtcattacgttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaag 24767780  T
Q  368 tggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||| |||||  | |||||||||||||||||    
T  24767779 tggaaaaaagaatgtcgccctctcgaacaacc 24767748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 69 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 18651888 - 18651558
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaa-caatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatc 167  Q
    ||||||||||||||   | ||||||| ||||||||| ||| |||||||||  || ||||||| ||||| |||  ||| || ||||| |||||| |||||     
T  18651888 aatgagatatattaccacggacaccgtaattgttacagcacaagatgtgccgaagcaatcacgaaaatttcaaggtccaaacaaaa-ttacaaccaaatt 18651790  T
Q  168 agtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaattt 267  Q
    |||||||||||| |||||| || ||  |||||||||| |  ||||| ||||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||| |||| | || |    
T  18651789 agtcaatacccaaacataacagcgggttcgaccaccaattctgagtaccaaaactaaacacaacattatgagcttttaaccaccacaaagaagatgatat 18651690  T
Q  268 cactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaag 367  Q
     || |||||||| | ||| |||| ||  |||||||||||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  18651689 aaccttatctagcatttgtggcaaagagctttgtctatttctaaaaattttgtcattccgttcattccacaacactgaaacacaaagtaaccaaatcaag 18651590  T
Q  368 tggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    || || ||||| || |||||||||||||||||    
T  18651589 tgaaaaaaagatcgtcgccctctcgaacaacc 18651558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 176 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 15959361 - 15959259
Alignment:
Q  176 cccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactttat 275  Q
    |||| ||||||||| || ||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||| |||| | |||| ||||| |    
T  15959361 cccatacataaaagtgggctcgaccaccaattatgagtaccaaaactaaaaacaacattactaacttttaaccaccacaaagaagatgattttactttgt 15959262  T
Q  276 cta 278  Q
    |||    
T  15959261 cta 15959259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 166 - 278
Target Start/End: Original strand, 32536478 - 32536590
Alignment:
Q  166 tcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaat 265  Q
    ||||||||| | || ||||||||| |  ||||||||||| | || ||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| || |||| | ||    
T  32536478 tcagtcaatgctcatacataaaagtgagctcgaccaccaattattagtaccaaaactaaaaacaacattaatagcttttaaccaccaaaaagaagatgat 32536577  T
Q  266 ttcactttatcta 278  Q
    || ||||| ||||    
T  32536578 tttactttgtcta 32536590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 173 - 255
Target Start/End: Original strand, 11462005 - 11462087
Alignment:
Q  173 atacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaa 255  Q
    ||||||| ||||||||| || ||||||||||| | ||| || |||||| |||| || ||||||||||| || |||||||||||    
T  11462005 atacccatacataaaagcgggctcgaccaccaattatgtgtaccaaaattaaagactacattactagctttcaaccaccacaa 11462087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 194 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 14373520 - 14373436
Alignment:
Q  194 ctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactttatcta 278  Q
    ||||||||||| | |||| | ||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| | |||| ||||| ||||    
T  14373520 ctcgaccaccaattatgaataccatagctaaaaacaacattactagcttttaaccaccacaaagaagatgattttactttgtcta 14373436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Original strand, 4551652 - 4551985
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||  ||| || ||||| |||    
T  4551652 gaacaggcaaaaatgagatatattaatacggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-tta 4551750  T
Q  158 caaacaaatcagtcaa-tacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaac 256  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4551751 caaacaaatcagtcaaatacccagacataaaagcgggctcgacc--------tgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaac 4551842  T
Q  257 gaagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagca 356  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4551843 gaagttgatttcactttatctagtaattgtggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcatttctttcattccacaacaccgaaacacaaagca 4551942  T
Q  357 accaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4551943 accaaatcaagtggaagaaagaccgtcgccctctcgaacaacc 4551985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 58 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 40914543 - 40914380
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || |||||||||||||||  | ||||||| |||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| || || || |||    
T  40914543 gaacaggcaaaaatgagatatattaaaacggacaccgtaattgttatcgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcagagtccaaacataa-tta 40914445  T
Q  158 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaact 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||    
T  40914444 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagcaggcccgaccaccactgatgagtgccaaaact 40914380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 208 - 397
Target Start/End: Original strand, 41206631 - 41206820
Alignment:
Q  208 atgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctattt 307  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||| ||  ||||||||||| || |||| | |||| ||||||||||  |  || || | ||  ||||||||||||    
T  41206631 atgagtaccaaagctaaatacaacattacgagattttaaccaccataaagaagatgatttgactttatctaacatgtgtggtaaagagctttgtctattt 41206730  T
Q  308 ctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaa 397  Q
    ||||||| | | ||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || || |||  ||||||||||    
T  41206731 ctaaaaatcatttcatttcgttcattcctcaaaaccgaaacacaaagcaatcaaatcaagtggaaaaatgatcgtcgcaatctcgaacaa 41206820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 181 - 351
Target Start/End: Original strand, 15917251 - 15917421
Alignment:
Q  181 acataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactttatctagt 280  Q
    ||||||||| || ||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||  | |||| ||||||||||      
T  15917251 acataaaagcgggctcgaccaccaattatgagtaccaaaactaaagacaacattactagctttcaaccaccacaaagaatatgattttactttatctaac 15917350  T
Q  281 aattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacaca 351  Q
    |  || || | ||  ||||||||||| ||||| || || ||||||| |||||||||||| ||| |||||||    
T  15917351 atatgtggtatagagctttgtctattcctaaatagtctgtcattccgttcattccacaaaacccaaacaca 15917421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 176 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 17765509 - 17765407
Alignment:
Q  176 cccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactttat 275  Q
    |||| ||||||||| || |||||||||||   |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||| | |||| ||||| |    
T  17765509 cccatacataaaagtgggctcgaccaccaactatgagtaccaaaactaaaaacaacattactagcttttaacccccacaaagaagatgattttactttgt 17765410  T
Q  276 cta 278  Q
    |||    
T  17765409 cta 17765407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 278
Target Start/End: Original strand, 40176257 - 40176365
Alignment:
Q  170 tcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttca 269  Q
    ||||| |||| ||||| ||| || ||||||||||| | |||||| |||||| |||| || ||||||||||| || ||||||||||  ||| || |||| |    
T  40176257 tcaatgcccatacatacaagcgggctcgaccaccaattatgagttccaaaagtaaagaccacattactagctttcaaccaccacatggaatttgatttta 40176356  T
Q  270 ctttatcta 278  Q
    |||||||||    
T  40176357 ctttatcta 40176365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 173 - 366
Target Start/End: Original strand, 12645126 - 12645319
Alignment:
Q  173 atacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactt 272  Q
    ||||||| |||| |||  || ||||||||||| | ||| || |||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||||| | |    |||| ||||    
T  12645126 atacccatacatgaaaacgggctcgaccaccaattatgtgtaccaaaattaaagaccacattactagcttttaaccaccacaaggtatgagattttactt 12645225  T
Q  273 tatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaaccaaatcaa 366  Q
    ||||||  ||  | |||| || |||||| |  |||||||| | ||||||||| | ||||||||| || ||| |||||||  ||| |||||||||    
T  12645226 tatctaacaaaagtggcatagaactttgacggtttctaaataacctatcatttcgttcattccataaaacccaaacacactgcagccaaatcaa 12645319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 194 - 278
Target Start/End: Original strand, 28252332 - 28252416
Alignment:
Q  194 ctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactttatcta 278  Q
    ||||||||||| | |||||| ||| | ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | |||| ||||| ||||    
T  28252332 ctcgaccaccaattatgagtaccatagctaaaaacaatattactagcttttaaccaccacaaagaagatgattttactttgtcta 28252416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 153 - 255
Target Start/End: Original strand, 15391713 - 15391815
Alignment:
Q  153 aattacaaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccacca 252  Q
    |||||||||  |||||||| ||||||| |||||| || ||  |||||||||| | |||||| || ||||||||  || | |||||||| || ||||||||    
T  15391713 aattacaaaacaatcagtcgatacccatacataagagcgggttcgaccaccaattatgagtaccgaaactaaagtcagctttactagctttcaaccacca 15391812  T
Q  253 caa 255  Q
    |||    
T  15391813 caa 15391815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 176 - 278
Target Start/End: Original strand, 44472951 - 44473053
Alignment:
Q  176 cccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactttat 275  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||||   | ||||| |||| || ||||||||||| |||  | |||| |||||||    
T  44472951 cccaaacacaaaagagggctcgaccaccacgaatgagtaccaaaactaaaggtagcattattagctttcaaccaccacaaagaatatgattttactttat 44473050  T
Q  276 cta 278  Q
    |||    
T  44473051 cta 44473053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 33516326 - 33516229
Alignment:
Q  181 acataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcactttatcta 278  Q
    ||||| ||| || ||||||||||| | |||||| |||||| |||| || || |||||||| || ||||||||||  ||| || |||| ||||||||||    
T  33516326 acatacaagcgggctcgaccaccaattatgagtaccaaaagtaaagaccacgttactagctttcaaccaccacatggaatttgattttactttatcta 33516229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 58 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 11869 - 11529
Alignment:
Q  58 gaacaggtaagaatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaatta 157  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| ||| ||  |||| |||    
T  11869 gaacaggcaaaaatgagatatattaatatggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcagggtccaaataaaa-tta 11771  T
Q  158 caaacaaatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacg 257  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11770 caatcaaatcagtcaatacccaaacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtgacaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaaag 11671  T
Q  258 aagttaatttcactttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaacacaaagcaa 357  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||     
T  11670 aagttgatttcactttatctagaaattgtggcaaagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcttttcattccacagcatcgaaacacaaagcag 11571  T
Q  358 ccaaatcaagtggaagaaagaccggcgccctctcgaacaacc 399  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11570 tcaaatcaagtggaagaaagaccgccgccctctcgaacaacc 11529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0511 (Bit Score: 131; Significance: 8e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0511
Description:

Target: scaffold0511; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 69 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 6065 - 5788
Alignment:
Q  69 aatgagatatattaattcagacaccgcaattgttaccgcataagatgtgctcaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatca 168  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| ||| |||||  ||||||||| |||||||||  ||| || ||||| |||||| ||||| |    
T  6065 aatgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacaaccaaatta 5967  T
Q  169 gtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttc 268  Q
    |||||||||  |||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  5966 gtcaatacctggacataaaagcgggcttgaccaccagtgatgagtaccaaaactaaatacagcattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttc 5867  T
Q  269 actttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttctaaaaagcctatcattcctttcattccacaacaccgaaa 347  Q
    ||||||||||| | ||| |||| | || ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5866 actttatctagcatttgtggcaaattagtttatctatttctaaaaatcttatcattcctttcattccacaacaccgaaa 5788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0161 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0161
Description:

Target: scaffold0161; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 164 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 6568 - 6477
Alignment:
Q  164 aatcagtcaatacccagacataaaagaggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaa 255  Q
    |||||| ||||||||| ||| | |||  || | |||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  6568 aatcagccaatacccacacagacaagcagatttgaccaccaattttgagtaccaaaactaaatacaacattactagctttcaaccaccacaa 6477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University