View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2391_low_16 (Length: 388)

Name: NF2391_low_16
Description: NF2391
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2391_low_16
NF2391_low_16
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (13-373)||(4647295-4647655)
chr3 (13-373)||(28737022-28737381)
chr3 (214-361)||(24675155-24675302)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (13-373)||(8848361-8848711)
chr7 (16-361)||(24064235-24064580)
chr7 (288-362)||(19652126-19652200)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (13-373)||(34065440-34065800)
chr6 (79-362)||(20853351-20853634)
chr6 (288-362)||(14612020-14612094)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (16-349)||(27521223-27521556)
chr2 (204-358)||(21810530-21810684)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (204-349)||(23955861-23956006)
[»] scaffold0257 (1 HSPs)
scaffold0257 (288-362)||(12467-12541)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (204-358)||(16985267-16985421)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 13 - 373
Target Start/End: Original strand, 4647295 - 4647655
Alignment:
Q  13 aatattcaatagtgtgattgttctttccacaaaatgaacaatgtctaggaggcttggatccactaaagtatcctcttcctcttccttgtggcttgcgtta 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4647295 aatattcaatagtgtgattgttctttccacaaaatgaacaatgtctaggaggcttggatccactaaagtatcctcttcctcttccttgtggcttgcgtga 4647394  T
Q  113 atcaacaacattgataatggataaaggttcaccaatggaggaagaaagtgaatgattgttactttcctcttggataaccacaaaatatactttgttgata 212  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4647395 atcaacaacattgataatggatgaaggttcaccaatggaggaagaaagtgaatgattgttactttcctcttggataaccacaaaatatactttgttgata 4647494  T
Q  213 aaaggaagtggatcaagcataagtacttgcgttttgataactttgaattgatcattcaaactagtcaaaaactagattactttatctttaagtctgcaat 312  Q
     ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4647495 gaaggaagtggatcaatcatcagtacttgagttttgataactttgaattgatcattcaaactagtcaaaaactagattacttgatctttaagtctgcaat 4647594  T
Q  313 tatgtgcctctctcatagctgcacaacgacaaggatgaggaaaagtgcaaggtgccattgg 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  4647595 tatgtgcctctctcatagctgcacaacaacagggatgaggataagtgcaaggtggcattgg 4647655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 13 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 28737381 - 28737022
Alignment:
Q  13 aatattcaatagtgtgattgttctttccacaaaatgaacaatgtctaggaggcttggatccactaaagtatcctcttcctcttccttgtggcttgcgtta 112  Q
    ||||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   || || |||| |||||| ||||| ||||||||| |    
T  28737381 aatattcaatagtatgattggttttgccacaaaatgaacaatgtctaggtggcttggatccagagaaatagcctc-tcctctgccttgaggcttgcgtga 28737283  T
Q  113 atcaacaacattgataatggataaaggttcaccaatggaggaagaaagtgaatgattgttactttcctcttggataaccacaaaatatactttgttgata 212  Q
    |||| || ||||||| |  |||||||||||| ||||||||||    | ||||  |||||| ||||||||||| |||||||   | ||||||||||| ||     
T  28737282 atcagcagcattgatgacagataaaggttcatcaatggaggagtgtaatgaactattgttgctttcctcttgtataaccaatgagtatactttgttaatt 28737183  T
Q  213 aaaggaagtggatcaagcataagtacttgcgttttgataactttgaattgatcattcaaactagtcaaaaactagattactttatctttaagtctgcaat 312  Q
     | || |||||||||||||| || |  || || || || || ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| |||| ||| | |||  || |||    
T  28737182 gaggggagtggatcaagcatgagcatctgagtcttaatcacattgaattgatcattcaaaacagtcaaaaactggataacttgatcctcaagcatgtaat 28737083  T
Q  313 tatgtgcctctctcatagctgcacaacgacaaggatgaggaaaagtgcaaggtgccattgg 373  Q
    ||   || |||||||| || || |||||||| ||||||||  |||||||| ||| ||||||    
T  28737082 tacaagcttctctcatggcagctcaacgacatggatgagggcaagtgcaatgtggcattgg 28737022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 214 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 24675302 - 24675155
Alignment:
Q  214 aaggaagtggatcaagcataagtacttgcgttttgataactttgaattgatcattcaaactagtcaaaaactagattactttatctttaagtctgcaatt 313  Q
    |||||||||||||||||||||| || || || || |  || ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| |||| ||||| |||| || ||||    
T  24675302 aaggaagtggatcaagcataagcacctgagtattaaccacattgaattgatcattcaaaccagtcaagaactggataacttgatcttcaagtatgaaatt 24675203  T
Q  314 atgtgcctctctcatagctgcacaacgacaaggatgaggaaaagtgca 361  Q
    | | |  |||||||| || |  ||||| |||||||||||| |||||||    
T  24675202 acgagtttctctcatggcagtgcaacggcaaggatgaggacaagtgca 24675155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 13 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 8848711 - 8848361
Alignment:
Q  13 aatattcaatagtgtgattgttctttccacaaaatgaacaatgtctaggaggcttggatccactaaagtatcctcttcctcttccttgtggcttgcgtta 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| | |    
T  8848711 aatattcaatagtgtgattgttctttccacaaaatgaacaatgtctagtaggcttggatcgactaaagtaacatcttcctcttccttgaggcttgcatga 8848612  T
Q  113 atcaacaacattgataatggataaaggttcaccaatggaggaagaaagtgaatgattgttactttcctcttggataaccacaaaatatactttgttgata 212  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||| | ||||| || ||||| ||||||| | | || ||||||||||||    
T  8848611 atcagcaacattaataatggataaaggttcatcaatggaggaagagagggaatgagtattactctcatcttgaataaccaaagagtacactttgttgata 8848512  T
Q  213 aaaggaagtggatcaagcataagtacttgcgttttgataactttgaattgatcattcaaactagtcaaaaactagattactttatctttaagtctgcaat 312  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |          ||| ||| |||    
T  8848511 gaaggaagtggatcaagcataagcacttgagtcttaataacattgaattgatcattcaaaccagtcaaaaactagataa----------aagcctgaaat 8848422  T
Q  313 tatgtgcctctctcatagctgcacaacgacaaggatgaggaaaagtgcaaggtgccattgg 373  Q
    || || | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  8848421 tacgttcatctctcatagctgcacaacgacagggatgaggacaagtgcaacgtggcattgg 8848361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 16 - 361
Target Start/End: Original strand, 24064235 - 24064580
Alignment:
Q  16 attcaatagtgtgattgttctttccacaaaatgaacaatgtctaggaggcttggatccactaaagtatcctcttcctcttccttgtggcttgcgttaatc 115  Q
    ||||||| || || || ||||| |||||||| |  ||||| ||||| ||| || ||||| ||||||  ||||| || ||| |||| |  || ||| ||||    
T  24064235 attcaatggtatggttattcttcccacaaaaggtgcaatgactagggggcctgaatccattaaagtcacctctacccctttcttgagttttacgtgaatc 24064334  T
Q  116 aacaacattgataatggataaaggttcaccaatggaggaagaaagtgaatgattgttactttcctcttggataaccacaaaatatactttgttgataaaa 215  Q
    | || |||| | |||||| ||||||||| ||||||||||||| |   ||||||| || ||||| || || |||| ||   |||| || || |||||| ||    
T  24064335 agcatcattaacaatggacaaaggttcatcaatggaggaagataaataatgattattgctttcttcctgaataaacaatgaataaaccttattgatagaa 24064434  T
Q  216 ggaagtggatcaagcataagtacttgcgttttgataactttgaattgatcattcaaactagtcaaaaactagattactttatctttaagtctgcaattat 315  Q
    |||||||||||||| ||||| || || || || |  || ||||||||||||||||||||| |||| || | ||| |||| ||||| ||||||| |||||     
T  24064435 ggaagtggatcaagtataagcacctgagtcttaactacattgaattgatcattcaaactaatcaagaattggataacttgatcttcaagtctgaaattac 24064534  T
Q  316 gtgcctctctcatagctgcacaacgacaaggatgaggaaaagtgca 361  Q
    | || |||||||| ||  | ||| | ||||||| |||| |||||||    
T  24064535 gagcttctctcatggcaacgcaatggcaaggatcaggacaagtgca 24064580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 288 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 19652200 - 19652126
Alignment:
Q  288 attactttatctttaagtctgcaattatgtgcctctctcatagctgcacaacgacaaggatgaggaaaagtgcaa 362  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19652200 attacttgatcttcaagtctgaaattacgtgcttccctcatagcagcacaacgacaaggatgaggacaagtgcaa 19652126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 101; Significance: 6e-50; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 13 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 34065800 - 34065440
Alignment:
Q  13 aatattcaatagtgtgattgttctttccacaaaatgaacaatgtctaggaggcttggatccactaaagtatcctcttcctcttccttgtggcttgcgtta 112  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||  ||| |||||||| ||||| ||||| || |||||| |    
T  34065800 aatattcaatagtatgattggtcttgccacaaaatgaacagtgtctaggtggcttggagccagaaaaatatcctctccctctgccttgaggtttgcgtga 34065701  T
Q  113 atcaacaacattgataatggataaaggttcaccaatggaggaagaaagtgaatgattgttactttcctcttggataaccacaaaatatactttgttgata 212  Q
    ||||  | ||||||| |  |||||||||||| ||||||||||    | ||||  |||||| ||||||||||| |||||||   | ||||||||||| ||     
T  34065700 atcagtagcattgatgacagataaaggttcatcaatggaggagtgtaatgaactattgttgctttcctcttgtataaccaatgagtatactttgttaatt 34065601  T
Q  213 aaaggaagtggatcaagcataagtacttgcgttttgataactttgaattgatcattcaaactagtcaaaaactagattactttatctttaagtctgcaat 312  Q
     | || ||||||||||||||||| || || || || || || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||| | ||| ||| |||    
T  34065600 gaggggagtggatcaagcataagcacctgagtcttaatcacgttgaattgatcattcaaaccagtcagaaactggatgacttgatcctcaagcctgtaat 34065501  T
Q  313 tatgtgcctctctcatagctgcacaacgacaaggatgaggaaaagtgcaaggtgccattgg 373  Q
    || | || |||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||| ||||||    
T  34065500 tacgagcttctctcatggcagcacaacgacatggatgaggacaagtacaatgtggcattgg 34065440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 79 - 362
Target Start/End: Original strand, 20853351 - 20853634
Alignment:
Q  79 agtatcctcttcctcttccttgtggcttgcgttaatcaacaacattgataatggataaaggttcaccaatggaggaagaaagtgaatgattgttactttc 178  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| | |||||| ||||| ||  |||| |  ||||| || || ||||| ||||||||    
T  20853351 agtatcctcttcctctaccttgtggcttacgtgattcaacaacattaacaatggacaaaggctcgtcaataggagaagagagagattgattattactttc 20853450  T
Q  179 ctcttggataaccacaaaatatactttgttgataaaaggaagtggatcaagcataagtacttgcgttttgataactttgaattgatcattcaaactagtc 278  Q
     ||||| | |||||   |||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||||| |||     
T  20853451 ttcttgaacaaccaatgaataaaccttgttgatagaaggaagtggatcaagcataagcacttgagttttcacaacattgaattggtcattcaaaccagta 20853550  T
Q  279 aaaaactagattactttatctttaagtctgcaattatgtgcctctctcatagctgcacaacgacaaggatgaggaaaagtgcaa 362  Q
    | |||||  || |||| ||||| ||||||| ||||    || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||| | ||||||    
T  20853551 agaaactgaatgacttgatcttcaagtctgaaatttctagcttctctcattgcagcacaacgacatggatgtggacatgtgcaa 20853634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 288 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 14612094 - 14612020
Alignment:
Q  288 attactttatctttaagtctgcaattatgtgcctctctcatagctgcacaacgacaaggatgaggaaaagtgcaa 362  Q
    ||||||| ||||| ||||||| |||||  ||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  14612094 attacttgatcttcaagtctgaaattacatgcttccctcatagcagcacaacgacatggatgaggacaagtgcaa 14612020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 74; Significance: 7e-34; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 349
Target Start/End: Original strand, 27521223 - 27521556
Alignment:
Q  16 attcaatagtgtgattgttctttccacaaaatgaacaatgtctaggaggcttggatccactaaagtatcctcttcctcttccttgtggcttgcgttaatc 115  Q
    ||||||| ||||||||| |||| ||||||||   ||||||||| || ||| || | |||  | | |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||    
T  27521223 attcaatggtgtgattgctcttcccacaaaaactacaatgtctgggtggcctgaaaccatgagaatatcctcttcctctaccttgtggcttgcgtgattc 27521322  T
Q  116 aacaacattgataatggataaaggttcaccaatggaggaagaaagtgaatgattgttactttcctcttggataaccacaaaatatactttgttgataaaa 215  Q
    | || |||| | ||  || ||||| ||| ||||||  |||||||| || | ||| || ||||| || || | |||||   |||| || ||||||||| ||    
T  27521323 agcagcattaacaagagacaaaggctcatcaatgggtgaagaaagagacttattattgctttcttcctgaacaaccaatgaatacaccttgttgatagaa 27521422  T
Q  216 ggaagtggatcaagcataagtacttgcgttttgataactttgaattgatcattcaaactagtcaaaaactagattactttatctttaagtctgcaattat 315  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||  || |||| ||||| ||||||| ||||      
T  27521423 ggaagtggatcaagcataagcacctgagttttcacaacattgaattgatcattcaaaccagttaaaaactgaataacttgatcttcaagtctgaaatttc 27521522  T
Q  316 gtgcctctctcatagctgcacaacgacaaggatg 349  Q
      ||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  27521523 tagcctctctcattgcagcacatcgacaaggatg 27521556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 204 - 358
Target Start/End: Original strand, 21810530 - 21810684
Alignment:
Q  204 ttgttgataaaaggaagtggatcaagcataagtacttgcgttttgataactttgaattgatcattcaaactagtcaaaaactagattactttatctttaa 303  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| ||||| || ||||| || || | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||  ||||  |    
T  21810530 ttgttaatagaaggaagtggatctagcatgagcacttgtgtcttaacaacgttgaattgatcattcaaaccagtcaaaaactggatgacttggtcttcta 21810629  T
Q  304 gtctgcaattatgtgcctctctcatagctgcacaacgacaaggatgaggaaaagt 358  Q
    ||||| ||  | | || ||||||||||| || ||||| |||||||| ||| ||||    
T  21810630 gtctgtaacaacgagcttctctcatagcagcgcaacggcaaggatgtggacaagt 21810684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 204 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 23956006 - 23955861
Alignment:
Q  204 ttgttgataaaaggaagtggatcaagcataagtacttgcgttttgataactttgaattgatcattcaaactagtcaaaaactagattactttatctttaa 303  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| || || ||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||  || |||| ||||| ||    
T  23956006 ttgttgatagaaggaagtggatcaagcataagcacctgagttttcacaacattgaattgatcattcaaaccaggtaaaaactgaataacttgatcttcaa 23955907  T
Q  304 gtctgcaattatgtgcctctctcatagctgcacaacgacaaggatg 349  Q
    ||||| ||||     | |||||||| || |||||||||||||||||    
T  23955906 gtctgaaatttctaacttctctcattgcagcacaacgacaaggatg 23955861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0257 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0257
Description:

Target: scaffold0257; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 288 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 12541 - 12467
Alignment:
Q  288 attactttatctttaagtctgcaattatgtgcctctctcatagctgcacaacgacaaggatgaggaaaagtgcaa 362  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12541 attacttgatcttcaagtctgaaattacgtgcttccctcatagcagcacaacgacaaggatgaggacaagtgcaa 12467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 204 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 16985421 - 16985267
Alignment:
Q  204 ttgttgataaaaggaagtggatcaagcataagtacttgcgttttgataactttgaattgatcattcaaactagtcaaaaactagattactttatctttaa 303  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| ||||| || || || || || | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||  ||||  |    
T  16985421 ttgttaatagaaggaagtggatctagcatgagcacctgtgtcttaacaacgttgaattgatcattcaaaccagtcaaaaactggatgacttggtcttcta 16985322  T
Q  304 gtctgcaattatgtgcctctctcatagctgcacaacgacaaggatgaggaaaagt 358  Q
    ||||| ||  | | || ||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||    
T  16985321 gtctgtaacaacgagcttctctcatagcagcgcaacgacaaggatgtggacaagt 16985267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University