View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF2396_high_6 (Length: 386)
Name: NF2396_high_6
Description: NF2396
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2396_high_6 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 32001884 - 32001537
Alignment:
| Q |
17 |
aagtactccctatagccaaacagctactatagctagctagctagctctacctatgatcaatagcttcgttataggatactgttcatatcatcagattcat |
116 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
32001884 |
aagtactccctatagccaaacagctactatagctagctagctagctctacctatgatcaatagcttcgttataggatactgttcatatcatcagattcat |
32001785 |
T |
|
| Q |
117 |
taaccaaaccaagtatgctattccaataatgcttattctcctcgagattcacgttacacatcatgcttccatccaaattttcc---tgattaccaccctc |
213 |
Q |
| |
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|
| T |
32001784 |
taaccaaaccaagtatgctattccaataatgcttattctcctcgagattcacgttacatatcatgcttccatccaaattttcctgatgatcaccaccctc |
32001685 |
T |
|
| Q |
214 |
aagaacttgaagaacatttgttgaaataggaggggtgttaatattattatcaaatccaccgcttgctctaaatgcttccacagccgccataatatcatca |
313 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
32001684 |
aagaacttgaagaacatttgttgaaataggaggggtgttaatattattatcaaatccaccgcttgctctaaatgcttccacagccgccataatatcatca |
32001585 |
T |
|
| Q |
314 |
tcttgctgaaagttcaacatagtgttattgttatcatgaccatgacca |
361 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32001584 |
tcttgctgaaagttcaacatagtgttattgttatcatgaccatgacca |
32001537 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 31942925 - 31942578
Alignment:
| Q |
17 |
aagtactccctatagccaaacagctactatagctagctagctagctctacctatgatcaatagcttcgttataggatactgttcatatcatcagattcat |
116 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31942925 |
aagtactccctatagccaaacagctactatagctagctagctagctctacctatgatcaatagcttcgttataggatactgttcatatcatcagattcat |
31942826 |
T |
|
| Q |
117 |
taaccaaaccaagtatgctattccaataatgcttattctcctcgagattcacgttacacatcatgcttccatccaaattttcc---tgattaccaccctc |
213 |
Q |
| |
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| T |
31942825 |
taaccaaaccaagtatgctattccaataatgcttattctcctcgagattcacgttacaaatcatgcttccatccaaattttcctgatgatcaccaccctc |
31942726 |
T |
|
| Q |
214 |
aagaacttgaagaacatttgttgaaataggaggggtgttaatattattatcaaatccaccgcttgctctaaatgcttccacagccgccataatatcatca |
313 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
31942725 |
aagaacttgaagaacatttgttgaaataggaggggtgttaatattattatcaaaaccaccgcttgctctaaatgcttccacagccgccataatatcatca |
31942626 |
T |
|
| Q |
314 |
tcttgctgaaagttcaacatagtgttattgttatcatgaccatgacca |
361 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31942625 |
tcttgctgaaagttcaacatagtgttattgttatcatgaccatgacca |
31942578 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 50 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 32004779 - 32004565
Alignment:
| Q |
50 |
tagctagctagctctacctatgatcaatagcttcgttataggatactgttcatatcatcagattcattaaccaaaccaagtatgctattccaataatgct |
149 |
Q |
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|
|
| T |
32004779 |
tagctagctagctctacctatgatctatagcttcattatagcataatgttcaaatcatgagattcattaaccaaaccaagt-tgctattccaataatgct |
32004681 |
T |
|
| Q |
150 |
tattctcctcgagattcacgttacacatcatgcttccatccaaattttcctgattaccaccctcaag------aacttgaagaacatttgttgaaatagg |
243 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
32004680 |
tattctcctcgagattcacgttacacatcatgcttccatccaaattttcctgatcactaccctcaagaaatttaacttcaagaatatttgttgaaatagg |
32004581 |
T |
|
| Q |
244 |
aggggtgttaatatta |
259 |
Q |
| |
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| T |
32004580 |
aggtgtattaatatta |
32004565 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 258 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 32004361 - 32004254
Alignment:
| Q |
258 |
tattatcaaatccaccgcttgctctaaatgcttccaca------gccgccataatatcatcatcttgctgaaagttcaacatagtgttattgttatcatg |
351 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| | || |||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32004361 |
tattatcaaatccaccacatgatctaaatgcttccacatgtaatgccgccataatataattatcttgctgaaagttcaac--agtgttattgttatcatg |
32004264 |
T |
|
| Q |
352 |
accatgacca |
361 |
Q |
| |
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| |||||||| |
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| T |
32004263 |
atcatgacca |
32004254 |
T |
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