View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2445_low_1_N (Length: 932)

Name: NF2445_low_1_N
Description: NF2445
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2445_low_1_N
NF2445_low_1_N
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (11-932)||(37704577-37705498)
chr5 (691-929)||(37699101-37699349)
chr5 (751-929)||(37437645-37437823)
chr5 (95-297)||(37437914-37438116)
chr5 (807-929)||(37698737-37698864)
chr5 (97-204)||(37700646-37700753)
chr5 (423-565)||(34599459-34599603)
chr5 (423-571)||(2143247-2143394)
chr5 (320-543)||(13953394-13953616)
chr5 (316-393)||(1629760-1629837)
chr5 (299-415)||(1629683-1629799)
chr5 (299-415)||(29532047-29532161)
chr5 (468-571)||(26325678-26325781)
chr5 (372-413)||(2143379-2143420)
chr5 (320-405)||(30384213-30384297)
chr5 (520-568)||(38458771-38458819)
chr5 (318-405)||(37704830-37704917)
chr5 (351-414)||(41232901-41232964)
chr5 (591-633)||(30384256-30384298)
chr5 (490-550)||(29531914-29531975)
chr5 (319-415)||(38458805-38458899)
[»] chr4 (25 HSPs)
chr4 (691-927)||(16840857-16841109)
chr4 (105-278)||(16840622-16840796)
chr4 (440-571)||(22519386-22519518)
chr4 (320-571)||(31095124-31095377)
chr4 (301-415)||(22519807-22519921)
chr4 (320-409)||(48194394-48194483)
chr4 (441-571)||(49291205-49291335)
chr4 (301-393)||(33617920-33618010)
chr4 (320-556)||(20141745-20141983)
chr4 (320-408)||(22889586-22889674)
chr4 (320-408)||(22941250-22941338)
chr4 (591-631)||(31095092-31095132)
chr4 (320-395)||(53769786-53769861)
chr4 (299-405)||(2323266-2323372)
chr4 (314-388)||(42676809-42676883)
chr4 (44-89)||(16840490-16840535)
chr4 (506-571)||(51580077-51580140)
chr4 (322-405)||(34013780-34013861)
chr4 (325-400)||(22519373-22519448)
chr4 (319-414)||(34717567-34717660)
chr4 (364-415)||(40070309-40070360)
chr4 (351-405)||(31095078-31095131)
chr4 (514-556)||(53769786-53769828)
chr4 (374-415)||(22519313-22519354)
chr4 (351-412)||(48194179-48194239)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (320-556)||(4558769-4559007)
chr2 (301-552)||(8198509-8198759)
chr2 (301-552)||(8203269-8203519)
chr2 (301-384)||(45385838-45385921)
chr2 (301-415)||(4923428-4923542)
chr2 (213-280)||(8265959-8266027)
chr2 (320-415)||(42053964-42054059)
chr2 (475-556)||(6739472-6739554)
chr2 (320-409)||(3289442-3289531)
chr2 (511-571)||(42054042-42054102)
chr2 (303-369)||(4558680-4558745)
chr2 (490-543)||(4923553-4923607)
chr2 (320-378)||(8198419-8198477)
chr2 (320-378)||(8203179-8203237)
chr2 (299-374)||(32546464-32546538)
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (314-556)||(16419591-16419837)
chr6 (428-555)||(196111-196238)
chr6 (301-412)||(12458392-12458504)
chr6 (320-458)||(33547750-33547889)
chr6 (423-571)||(17411121-17411270)
chr6 (429-553)||(28477384-28477509)
chr6 (429-553)||(29789836-29789961)
chr6 (382-571)||(7004200-7004390)
chr6 (589-631)||(17411089-17411131)
chr6 (319-415)||(10544282-10544376)
chr6 (441-537)||(32548138-32548235)
chr6 (351-407)||(7202300-7202356)
chr6 (467-550)||(33547849-33547933)
chr6 (423-528)||(7202313-7202419)
chr6 (475-548)||(10544136-10544210)
chr6 (429-529)||(29693282-29693383)
chr6 (318-415)||(31314513-31314609)
chr6 (589-632)||(196244-196287)
chr6 (446-540)||(9405267-9405362)
chr6 (320-393)||(196063-196135)
chr6 (374-415)||(33547744-33547785)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (301-571)||(41331168-41331439)
chr7 (301-556)||(18128375-18128632)
chr7 (319-412)||(30551947-30552040)
chr7 (319-412)||(6589558-6589651)
chr7 (316-395)||(12422044-12422123)
chr7 (299-406)||(32804629-32804736)
chr7 (320-408)||(1532197-1532285)
chr7 (309-497)||(20389633-20389822)
chr7 (320-415)||(28003341-28003434)
chr7 (470-556)||(48447315-48447402)
chr7 (320-413)||(5755594-5755685)
chr7 (467-556)||(12264801-12264890)
chr7 (477-556)||(12422262-12422342)
chr7 (299-403)||(12422352-12422455)
chr7 (299-499)||(21920965-21921164)
chr7 (505-556)||(28002279-28002330)
chr7 (334-399)||(32918529-32918595)
chr7 (351-412)||(1532441-1532501)
chr7 (319-395)||(6586862-6586938)
chr7 (510-550)||(32857850-32857890)
chr7 (213-248)||(21595127-21595162)
chr7 (321-400)||(48447283-48447362)
chr7 (594-632)||(12422352-12422390)
chr7 (357-414)||(5762696-5762753)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (299-437)||(3866-4003)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (320-406)||(2277209-2277295)
chr8 (319-399)||(27532989-27533069)
chr8 (336-415)||(37064689-37064768)
chr8 (301-403)||(15907689-15907790)
chr8 (301-415)||(15907944-15908058)
chr8 (319-571)||(2510015-2510263)
chr8 (301-383)||(12807666-12807748)
chr8 (441-571)||(3806871-3807000)
chr8 (586-631)||(18080600-18080645)
chr8 (316-412)||(32566875-32566969)
chr8 (318-406)||(2967707-2967794)
chr8 (320-415)||(3806998-3807091)
chr8 (424-556)||(12189869-12190002)
chr8 (424-556)||(12434297-12434430)
chr8 (336-406)||(45445141-45445210)
chr8 (297-389)||(41123-41216)
chr8 (506-570)||(8453098-8453163)
chr8 (348-393)||(32566724-32566769)
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (320-556)||(363615-363853)
chr1 (321-556)||(47726457-47726693)
chr1 (321-556)||(47747763-47747999)
chr1 (319-412)||(16554303-16554396)
chr1 (425-555)||(29954870-29955000)
chr1 (320-409)||(18470189-18470279)
chr1 (320-415)||(802251-802346)
chr1 (301-408)||(12656368-12656474)
chr1 (320-406)||(16026108-16026194)
chr1 (299-495)||(11016877-11017075)
chr1 (490-556)||(26706207-26706274)
chr1 (320-415)||(46530163-46530258)
chr1 (351-408)||(48130213-48130268)
chr1 (314-403)||(48130428-48130516)
chr1 (301-400)||(363806-363906)
chr1 (336-415)||(26706353-26706432)
chr1 (301-403)||(46530411-46530517)
chr1 (213-279)||(2125101-2125168)
chr1 (510-556)||(18470384-18470430)
chr1 (351-412)||(16026346-16026406)
chr1 (351-408)||(18470439-18470495)
chr1 (423-571)||(47600499-47600648)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (324-559)||(30534432-30534666)
chr3 (320-556)||(51265744-51265984)
chr3 (351-508)||(44291025-44291182)
chr3 (319-415)||(44291413-44291509)
chr3 (301-405)||(48200367-48200471)
chr3 (351-412)||(51265679-51265739)
chr3 (589-632)||(44291420-44291463)
chr3 (490-556)||(50898882-50898948)
chr3 (301-402)||(1662257-1662357)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 809; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 809; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 932
Target Start/End: Complemental strand, 37705498 - 37704577
Alignment:
Q  11 ggggagagtgtaatttgttttgtagcttgcactgaacaaacatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaat 110  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705498 ggggagaatgtaatttgttttgtagcttgcactgaacaaacatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaat 37705399  T
Q  111 tataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgc 210  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705398 tataaaggtggtctaccgtagaacccacgagttgagtatcgatatccgatggcatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgc 37705299  T
Q  211 tgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacac 310  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705298 tgtaacaaactttgaagaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacac 37705199  T
Q  311 cataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcc 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705198 cataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattggtcatttaagatttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcc 37705099  T
Q  411 tttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagt 510  Q
    |||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705098 tttaatttttttcgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaacaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagt 37704999  T
Q  511 tacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgttttttgagcaactacataactaacttgttataattaaata 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704998 tacaattaaataacttaaacgacctaagtgttacgaaaaatacttacataactaacttgttttttgagcaactacataactaacttgttataattaaata 37704899  T
Q  611 acttaaatgacgtaagtgatacgnnnnnnnnnnnnnnnnccgatttgttataattaaataacttaaaagtatcgtaatttgctctttaaagtatgtacat 710  Q
    |||||||||||| ||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704898 acttaaatgacgcaagtgatacgaaaaaatcttaaaaaaccgatttgttataattaaataacttaaaagtctcgtaatttgctctttaaagtatgtacat 37704799  T
Q  711 ttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaa 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704798 ttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaa 37704699  T
Q  811 tgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattccaactttcgtgctaattacgttcaaaaagtctggtcttcgaagatattatttagtttaatgaa 910  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704698 tgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattccaactttcgtgctaattacgttcaaaaagtctggtcttcgaagatattatttagtttaatgaa 37704599  T
Q  911 caccaaacttttctatgatggt 932  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  37704598 caccaaacttttctatgatggt 37704577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 691 - 929
Target Start/End: Complemental strand, 37699349 - 37699101
Alignment:
Q  691 gctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgtt------attttcttcatttcaggtgtatttttaagcac 784  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||      ||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  37699349 gctctttaaagtctgttcagttgaagaagtctaagtctccgttgctaaatacaattaatgttgttattattttcttcattttaggtgtatttttaagcaa 37699250  T
Q  785 attactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatc---ttatcacaacttgaaataagattccaactttcgtgctaattacgttcaaaaagtc-tg 880  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  37699249 attactcattctgattgctacttaaatgaatttgttatcttattatcacaacttgcaataagattccaactttagtgctaattacgttcgaaaagtcttg 37699150  T
Q  881 gtcttcgaagatattatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgat 929  Q
    || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37699149 gttttccaagatgttatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgat 37699101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 751 - 929
Target Start/End: Complemental strand, 37437823 - 37437645
Alignment:
Q  751 ttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatc---ttatcacaacttgaaataagattc 847  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||    
T  37437823 ttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcaaattactcattctgattgctacttaaatgaatttgttatcttattatcacaacttgcaataagattc 37437724  T
Q  848 caactttcgtgctaattacgttcaaaaagtc-tggtcttcgaagatattatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgat 929  Q
    |||||    |||||||||||||| ||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37437723 caact----tgctaattacgttcgaaaagtcttggtcttccaatatgttatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgat 37437645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 95 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 37438116 - 37437914
Alignment:
Q  95 tccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaat 194  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||||| |    
T  37438116 tccatgatgaaccgcttataaaggtggtttacagtagaactcaatagtagagtatcgatatcatatgacacttaatactttttctttttatatgctcagt 37438017  T
Q  195 gcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaat 294  Q
    |||||||||| |||||| ||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   |||||||||    
T  37438016 gcattttcttatgtgctataataagctttgaggaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatagaaaaaaaaaacacataaaat 37437917  T
Q  295 aaa 297  Q
    |||    
T  37437916 aaa 37437914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 807 - 929
Target Start/End: Complemental strand, 37698864 - 37698737
Alignment:
Q  807 taaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattccaactttcgtgc----taattacgttcaaaaagtc-tggtcttcgaagatattatttag 901  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    |||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  37698864 taaatgaatttgttatcttatcacaacttgcaataagattccaactttagtgctaattaattacgttaaaaaagtcttggtcttccaagatgttatttag 37698765  T
Q  902 tttaatgaacaccaaacttttctatgat 929  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  37698764 tttaacgaacaccaaacttttgtatgat 37698737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 97 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 37700753 - 37700646
Alignment:
Q  97 catgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgc 196  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||  |||||||||||| |||||| |||    
T  37700753 catgatgaaccacttataaaagtggtctacggtagaactcacgagtagagtatcaatatccgatgacacttaatatgttttctttttatgtgctcagtgc 37700654  T
Q  197 attttctt 204  Q
    ||||||||    
T  37700653 attttctt 37700646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 423 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 34599603 - 34599459
Alignment:
Q  423 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaa 520  Q
    ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  34599603 cgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattctggacctaaaagttacaattaaa 34599504  T
Q  521 taacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaa 565  Q
     |||||||| ||| ||||  ||| |||||||||||| ||||||||    
T  34599503 caacttaaaggacttaagcattaagaaaaatacttaaataactaa 34599459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 423 - 571
Target Start/End: Original strand, 2143247 - 2143394
Alignment:
Q  423 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 521  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||  || || ||  ||||||| | ||||||||  || |||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  2143247 cgtactaattaggtcctttaagttatttaact--aacaatttaggggattttatatcttaaacatgtaagttattcggggcctcaaagtttcaattaaat 2143344  T
Q  522 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 571  Q
    ||||||||  |||||| ||||| |||||||||| | |  |||||||||||    
T  2143345 aacttaaaaaacctaaatgttacgaaaaatactgaaaggactaacttgtt 2143394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 320 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 13953616 - 13953394
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnn 419  Q
    |||||||| |||| || ||| |||||| |  |||||||||||| | |||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||        
T  13953616 tttaagttgtttaattataataaattggttttttaagtttttt-cataccgcttaagtcatttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagttt 13953518  T
Q  420 nnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc-gggacctaaagttacaatta 518  Q
       ||||||||||| ||| | |||| |||||||  |||| || || |||||||||||| | ||||| || |||||||||  || |  ||||||||| |||    
T  13953517 ttccgtaccaattacgtcttttaagttatttaatcgtaaaaatttaagggatttcaga-cctaaaaatgtaagttattcaaggtctaaaagttacagtta 13953419  T
Q  519 aataacttaaacgacctaagtgtta 543  Q
    ||||| ||||| ||| ||| |||||    
T  13953418 aataatttaaaggacttaaatgtta 13953394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 316 - 393
Target Start/End: Original strand, 1629760 - 1629837
Alignment:
Q  316 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 393  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||| |||| |||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||| ||||    
T  1629760 gtcttttaagttaattaattgtaacaaatcgatcctttaagttttttccgtagcaattaagtcctttaagttatttaa 1629837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 299 - 415
Target Start/End: Original strand, 1629683 - 1629799
Alignment:
Q  299 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 398  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||   ||||  |||| | ||||||| |||||||||||||||| ||    
T  1629683 gttaaattacaccaaaagtcctttaagttatttaattgtaataaattcgttctttaaaaattttctgtacaaattaggtcttttaagttaattaattgta 1629782  T
Q  399 acaagttggtcctttaa 415  Q
    |||| | | ||||||||    
T  1629783 acaaatcgatcctttaa 1629799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 299 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 29532161 - 29532047
Alignment:
Q  299 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 398  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||||||| | |||||| ||||||| | ||||| |||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||| | ||    
T  29532161 gttaaattacatcatatgtcttt-aagttattcaattgtaacaaattgaacctttaaatttttt-cgtatcacttagcttctttatgttaattaactgta 29532064  T
Q  399 acaagttggtcctttaa 415  Q
    | ||||||||| |||||    
T  29532063 aaaagttggtcatttaa 29532047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 468 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 26325781 - 26325678
Alignment:
Q  468 ggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaact 567  Q
    |||||||| || |||||| |  ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||  |||||||||  | ||||||||| || |||||||    
T  26325781 ggatttcaaatattaaaaatataagttattcaggatctaaagttataattaaataatttaaaggatttaagtgttacaataaatacttaaatgactaact 26325682  T
Q  568 tgtt 571  Q
    ||||    
T  26325681 tgtt 26325678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 372 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 2143420 - 2143379
Alignment:
Q  372 ttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 413  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2143420 ttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttagtccttt 2143379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 320 - 405
Target Start/End: Original strand, 30384213 - 30384297
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 405  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || |||||||||||| ||||  ||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  30384213 tttaagttatttaattgtaacaaatttgtcttttaagtttttt-cgtattacttacgtcttttaagttatttaattgtaacaagtt 30384297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 520 - 568
Target Start/End: Original strand, 38458771 - 38458819
Alignment:
Q  520 ataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaactt 568  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  38458771 ataacttaaaggacccaagtgttatgaaaaatacttaaatgactaactt 38458819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 318 - 405
Target Start/End: Original strand, 37704830 - 37704917
Alignment:
Q  318 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 405  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||| | |  |||||| ||||| |||| |||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  37704830 cttttaagttatttaattataacaaatcggttttttaagattttttcgtatcacttgcgtcatttaagttatttaattataacaagtt 37704917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 351 - 414
Target Start/End: Original strand, 41232901 - 41232964
Alignment:
Q  351 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 414  Q
    ||||||||||||   |||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  41232901 tttaagtttttttgataccacttagatcctttaagtcaattaattgtaataagttggtctttta 41232964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 591 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 30384298 - 30384256
Alignment:
Q  591 taacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatacg 633  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  30384298 taacttgttacaattaaataacttaaaagacgtaagtaatacg 30384256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 490 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 29531975 - 29531914
Alignment:
Q  490 aagttattcgggacctaaag-ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 550  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| ||| || || ||||||    
T  29531975 aagttattcgggacctaaaaattacaattaaataacttaaatgacgtaaatgatacgaaaaa 29531914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 319 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 38458899 - 38458805
Alignment:
Q  319 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 415  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||||||||| |||||||||||  || ||||||||| || ||| ||| ||||| ||| |||||    
T  38458899 ttttaagttatttaattgtaataaattagt--tttaagtttttttcgtaccacttatatcttttaagttattttattgtaataagttagtcatttaa 38458805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 107; Significance: 4e-53; HSPs: 25)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 691 - 927
Target Start/End: Original strand, 16840857 - 16841109
Alignment:
Q  691 gctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgtt------attttcttcatttcaggtgtat----ttttaa 780  Q
    ||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||      ||||||||||||||||||||||    ||||||    
T  16840857 gctctttaaagtatggatagttgacgaagtctaagtctccgcttctaaatacatttaatgttgttattattttcttcatttcaggtgtatatatttttaa 16840956  T
Q  781 gcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttat------cacaacttgaaataagattccaactttcgtgctaattacgttcaaaa 874  Q
    ||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||      ||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  16840957 gcaaattattcattgtgattggtacttaaatgaatttgttatcttattaatatcacaacttgcaataagattccaactta-gtgctaattacgttcaaaa 16841055  T
Q  875 agtct-ggtcttcgaagatattatttagtttaatgaacaccaaacttttctatg 927  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  16841056 agtcttggtcttccaagattttatttagtttattaaacaccaaacttttgtatg 16841109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 105 - 278
Target Start/End: Original strand, 16840622 - 16840796
Alignment:
Q  105 accaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcga-tatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttct 203  Q
    |||| ||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  16840622 accacttataaaagtggtttactttagaactcacgagtagagtatcaaatatcttatgacacttaatactttttctttttatatgcttagtacattttct 16840721  T
Q  204 tttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaa 278  Q
    | | || | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  16840722 tatttgttataacaaactttgaataaattatagatttaaagaaatttttgtagtttagttaaaaactataaaaaa 16840796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 440 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 22519518 - 22519386
Alignment:
Q  440 ctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaag 538  Q
    ||||| |||||||| |||  || ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22519518 ctaagttatttaaccgtagcaatttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttatttgggacctaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaag 22519419  T
Q  539 tgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 571  Q
    ||||| |||||||||||| |  |||||||||||    
T  22519418 tgttacgaaaaatacttaaaggactaacttgtt 22519386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 320 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 31095377 - 31095124
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 418  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || | |||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||||  |||| |||       
T  31095377 tttaagttatttaattgtaataaatttgtccacttaaattattttcgtaccatttaggtcttttaagttaattagttgtaacaagttaatcctataagtt 31095278  T
Q  419 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatt 517  Q
        | ||||||| ||||| | |||||||||| ||  ||  || ||   |||||||||||||||||| || |||||||||  |||||||| |||||||||    
T  31095277 ttttcctaccaataaggtcatttaagctattttaccatatcaatttttaggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcaagacctaaaagttacaatt 31095178  T
Q  518 aaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 571  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||  || |||||||| || | |||||||||    
T  31095177 aaataacttaaagaacctaagtgttacaaacaatacttaaatgattaacttgtt 31095124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 301 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 22519921 - 22519807
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 399  Q
    |||||||||||| | |||||| || ||||||| |||||| |||||| || || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22519921 taaattacaccagaggtctttaaa-ttatttaattgtaacaaattggtccttaaagtttttttccgtaccacttaggtcttttaagttaattaattataa 22519823  T
Q  400 caagttggtcctttaa 415  Q
    ||||||| ||||||||    
T  22519822 caagttgatcctttaa 22519807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 320 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 48194483 - 48194394
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 409  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  48194483 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgtttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 48194394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 441 - 571
Target Start/End: Original strand, 49291205 - 49291335
Alignment:
Q  441 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 540  Q
    |||| |||||||  |||| || || ||| |||||||||||| ||| || |||||| |||||    |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||    
T  49291205 taagttatttaatcgtaacaatttcaggaatttcagatcttcaaaatgtaagttactcgggtttaaaagttacaattaaataacttaaaagacttaaatg 49291304  T
Q  541 ttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 571  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  49291305 ttataaaaaatacttaaatgactaacttgtt 49291335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 301 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 33618010 - 33617920
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 393  Q
    |||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33618010 taaattacacaagaggtcatttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagttttt--cgtaccgcttaggtcctttaagttaattaa 33617920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 320 - 556
Target Start/End: Original strand, 20141745 - 20141983
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 418  Q
    ||||||||||||| |||||| || | | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |        
T  20141745 tttaagttatttaattgtaataagtaggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtctttaagttt 20141844  T
Q  419 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaat 516  Q
        ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||  || ||| ||| |||||||    
T  20141845 tattcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaataatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattatgggcctaaaaattacaat 20141944  T
Q  517 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    |||| |||||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  20141945 taaacaacttaaa-gacttaagcattacgaaaaatactta 20141983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 320 - 408
Target Start/End: Original strand, 22889586 - 22889674
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 408  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22889586 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22889674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 320 - 408
Target Start/End: Original strand, 22941250 - 22941338
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 408  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22941250 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22941338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 591 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 31095132 - 31095092
Alignment:
Q  591 taacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 631  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31095132 taacttgttataattaaataacttaaaggacgtaagtgata 31095092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 320 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 53769861 - 53769786
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 395  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  53769861 tttaaattatttaattgtaataaattaatcatttaagtatttttcataccacttaggtcttttaaattatttaatt 53769786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 299 - 405
Target Start/End: Original strand, 2323266 - 2323372
Alignment:
Q  299 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 398  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||   | ||||||||||||  ||||||  ||| || || ||||||||||||| ||    
T  2323266 gttaaattacatcaaaagtcctttaaattatttaattgtaacaaattagccctttaagtttttttggtaccatgtagttctttcaagttaattaattgta 2323365  T
Q  399 acaagtt 405  Q
    |||||||    
T  2323366 acaagtt 2323372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 314 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 42676883 - 42676809
Alignment:
Q  314 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagtta 388  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| || || ||| |||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||||    
T  42676883 aagtcttttaagttaattaattgtaacaagttaatcctttatgtttttttcgtatcacttaggtcatttaagtta 42676809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 89
Target Start/End: Original strand, 16840490 - 16840535
Alignment:
Q  44 gaacaaacatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaa 89  Q
    ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  16840490 gaacaaacatcaatcaagtcatcgtcttagtcgtaaatataagaaa 16840535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 506 - 571
Target Start/End: Original strand, 51580077 - 51580140
Alignment:
Q  506 aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 571  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  51580077 aaagttacaattaaataacgtaaa-gacctaaatgttacgaaaaatactta-agaactaacttgtt 51580140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 322 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 34013861 - 34013780
Alignment:
Q  322 taagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 405  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||  ||||| | ||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  34013861 taagttatttaattgtaacaaattaatcatttaa--ttttttcatactacttaagtcctttaaattaattaaatataataagtt 34013780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 325 - 400
Target Start/End: Original strand, 22519373 - 22519448
Alignment:
Q  325 gttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 400  Q
    |||||||| |||||| || ||  || ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22519373 gttatttaattgtaacaagttagtcctttaagtatttttcgtaacacttaggtcctttaagttatttaattgtaac 22519448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 319 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 34717660 - 34717567
Alignment:
Q  319 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 414  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  | ||||||||||||| |||| ||| || ||| ||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||    
T  34717660 ttttaagttatttaattgtaataaatttgt-atttaagtttttt-cgtatcacctaagtcttttaagttaattaattgaaacaagtttgtctttta 34717567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 364 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 40070360 - 40070309
Alignment:
Q  364 cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 415  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  40070360 cgtatcacttagatcatttaagttaattaaatataacaagttgatcctttaa 40070309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 351 - 405
Target Start/End: Original strand, 31095078 - 31095131
Alignment:
Q  351 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 405  Q
    |||||||||||| | || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31095078 tttaagtttttt-catatcacttacgtcctttaagttatttaattataacaagtt 31095131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 514 - 556
Target Start/End: Original strand, 53769786 - 53769828
Alignment:
Q  514 aattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  53769786 aattaaataatttaaaagacctaagtggtatgaaaaatactta 53769828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 374 - 415
Target Start/End: Original strand, 22519313 - 22519354
Alignment:
Q  374 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 415  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||    
T  22519313 aggtcctttaagttagttaattataacatgctggtcctttaa 22519354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 351 - 412
Target Start/End: Original strand, 48194179 - 48194239
Alignment:
Q  351 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 412  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||| | ||||||||||||||||    
T  48194179 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaactgtaacaagttggtcctt 48194239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 95; Significance: 5e-46; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 320 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 4559007 - 4558769
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacg-taccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 418  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||       
T  4559007 tttaagttatttaattgtaataaattgatc-tttaagttttttttggtacaacttaggtactttatgttaattaattgtaacaagttgttcctttaagtt 4558909  T
Q  419 nnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaat 516  Q
        | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  | |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||||||    
T  4558908 ttgtctgtaccaattaggtcctttaagctatttaaccgtaactatttgaggtattttagatcttaaaaatgcaagttattcatggcctaaaagttacaat 4558809  T
Q  517 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  4558808 taaataaattaaaagacctaagtgttacgaaaaatactta 4558769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 301 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 8198759 - 8198509
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 400  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8198759 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8198661  T
Q  401 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 499  Q
    ||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  8198660 aagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagttagttg 8198561  T
Q  500 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaata 552  Q
    |  ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8198560 gagcctaaaagtttcaattaaataacttaaa--acctaagtgttaagaaaaata 8198509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 301 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 8203519 - 8203269
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 400  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8203519 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8203421  T
Q  401 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 499  Q
    ||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  8203420 aagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagttagttg 8203321  T
Q  500 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaata 552  Q
    |  ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8203320 gagcctaaaagtttcaattaaataacttaaa--acctaagtgttaagaaaaata 8203269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 301 - 384
Target Start/End: Original strand, 45385838 - 45385921
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaa 384  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||  | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  45385838 taaattacaccataggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaagtttttttcgtaccacttacgtcctttaa 45385921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 301 - 415
Target Start/End: Original strand, 4923428 - 4923542
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 400  Q
    |||||||||||  | |||| ||||||| |||| || ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||  |||| |||||| |||| |||     
T  4923428 taaattacaccggatgtctcttaagttttttaattataataaattgatcatttatgttttttccgtaccatttaggttttttacgttaataaattgtaat 4923527  T
Q  401 aagttggtcctttaa 415  Q
    |||||  ||||||||    
T  4923528 aagttaatcctttaa 4923542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 213 - 280
Target Start/End: Original strand, 8265959 - 8266027
Alignment:
Q  213 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatt-tttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaa 280  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  8265959 taacaaaatttgagaaaattataaatttaaagaaattgtatgtagttaagttaagaatcatacgaaaaa 8266027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 320 - 415
Target Start/End: Original strand, 42053964 - 42054059
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 415  Q
    |||||||||||||||| ||| || || ||| |||||||||| |   || ||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||    
T  42053964 tttaagttatttagttataataagttaatcctttaagttttgtttatatcacttaggttctttaagttgtttaattttaacaagttagtcctttaa 42054059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 475 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 6739554 - 6739472
Alignment:
Q  475 agatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagtt-acaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    ||||||||||| || |||||||| | | | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||||    
T  6739554 agatcttaaaaatgtaagttattagaggcttaaagtttacaattaaataacttaaatgacctaaatgttacaaaaaatactta 6739472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 320 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 3289531 - 3289442
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 409  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  ||| ||||||  || ||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  3289531 tttaaattatttaattgtaataaattggtcttttaagttttttttgtatcacttaaatcttttaattgaattaattgtaacaagttggtc 3289442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 511 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 42054102 - 42054042
Alignment:
Q  511 tacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 571  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||| |  |||||||||||    
T  42054102 tacaattaaataacttaaagaacctaagtgataggaaaaatacttaaaggactaacttgtt 42054042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 303 - 369
Target Start/End: Original strand, 4558680 - 4558745
Alignment:
Q  303 aattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtacc 369  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||| ||||||    
T  4558680 aattacacgataattctcttaagttatttaattgtaataaattggtc-tttaagtttttttcgtacc 4558745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 490 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 4923607 - 4923553
Alignment:
Q  490 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgtta 543  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  4923607 aagttattcggaacctaaaagttgcaattaaataacttaaagtacctaagtgtta 4923553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 320 - 378
Target Start/End: Original strand, 8198419 - 8198477
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 378  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8198419 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8198477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 320 - 378
Target Start/End: Original strand, 8203179 - 8203237
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 378  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8203179 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8203237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 299 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 32546538 - 32546464
Alignment:
Q  299 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtt-ttttacgtaccactta 374  Q
    |||||||||||||| | ||  |||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  32546538 gttaaattacaccagaggt--tttaagttttttaatcgtaataaattgatcatttaagttatttttcgtaccactta 32546464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 88; Significance: 8e-42; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 314 - 556
Target Start/End: Original strand, 16419591 - 16419837
Alignment:
Q  314 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac---gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcc 410  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||     |||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  16419591 aagtcctttaagttatttaattgtaacaaattgatcattgaagtattttcttttgtaccaattagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggtca 16419690  T
Q  411 tttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-g 509  Q
    |||||       |||||||||| | |||| |||| |||||||| |||| || ||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||| |||||| |    
T  16419691 tttaagttttttcgtaccaatttgatcctttaagttatttaaccgtaacaatttgagggattttagatcttagaaatgtaagttatttggggcctaaaag 16419790  T
Q  510 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  16419791 tttcaattaaataacttaaaagacctaagtgttacgacaaatactta 16419837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 428 - 555
Target Start/End: Original strand, 196111 - 196238
Alignment:
Q  428 caattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactt 526  Q
    |||||||||||| |||| || ||||| |||| || |||||| |||||| ||||||||| || ||||||||| || | | |||||||||||||||||||||    
T  196111 caattaggtcctttaagttacttaaccgtaacaatttgaggtatttcatatcttaaaaatgtaagttattcagggcttaaaagttacaattaaataactt 196210  T
Q  527 aaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 555  Q
    ||| ||||||||||||  |||| ||||||    
T  196211 aaa-gacctaagtgtttcgaaatatactt 196238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 301 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 12458504 - 12458392
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 399  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||| || ||| |  |||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  12458504 taaattacactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaatttggtactttaagttttttcccgtacttcttaggtcctttaagttaataaattaaaa 12458405  T
Q  400 caagttggtcctt 412  Q
    |||||||||||||    
T  12458404 caagttggtcctt 12458392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 320 - 458
Target Start/End: Original strand, 33547750 - 33547889
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttt-tttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 418  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||       
T  33547750 tttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaagtttatttttgttccacttatgtcctttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagtt 33547849  T
Q  419 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaa 458  Q
        | ||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  33547850 ttttcataccatttaggtcctttaagttatttaattgtaa 33547889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 423 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 17411270 - 17411121
Alignment:
Q  423 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgg-gacctaaagttacaattaaat 521  Q
    ||||||||||| || || |||| |||||||  |||| || ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||  || |||||||||||||    
T  17411270 cgtaccaattatgtactttaagttatttaatcgtaataatttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcggagactaaacgttacaattaaat 17411171  T
Q  522 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 571  Q
    |||| ||| ||| || || ||| |||||||| ||| |  |||||||||||    
T  17411170 aactcaaaagacttatgtattacgaaaaatatttaaaagactaacttgtt 17411121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 429 - 553
Target Start/End: Original strand, 28477384 - 28477509
Alignment:
Q  429 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 527  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||| |||    
T  28477384 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaaatgtaagttattcggggcctaaaaattacgattaaataattta 28477483  T
Q  528 aacgacctaagtgttatgaaaaatac 553  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||    
T  28477484 aagaacctaactgttatgaaaaatac 28477509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 429 - 553
Target Start/End: Original strand, 29789836 - 29789961
Alignment:
Q  429 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 527  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||| |||    
T  29789836 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaattgtaagttattcggggcctaaaaattacgattaaataattta 29789935  T
Q  528 aacgacctaagtgttatgaaaaatac 553  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||    
T  29789936 aagaacctaactgttatgaaaaatac 29789961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 382 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 7004390 - 7004200
Alignment:
Q  382 taagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatct 480  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||        | ||||||||||||| || |||| |||||||| |||| || |||||  |||| ||||||    
T  7004390 taagtttattaattataacaagttgatcctttatgttttctctgtaccaattaggttctttaagttatttaaccgtaacaatttgagaaattttagatct 7004291  T
Q  481 taaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 571  Q
    ||||| |  ||||||||| ||   |||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||| ||  ||||||||||| |  |||||||||||    
T  7004290 taaaagtataagttattcagggtttaaatgttgcaattaaataacttaaa-gacataagtgatacaaaaaatacttaaaggactaacttgtt 7004200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 589 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 17411131 - 17411089
Alignment:
Q  589 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 631  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17411131 actaacttgttacaattaaataacttaaatgacgtaagtgata 17411089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 319 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 10544376 - 10544282
Alignment:
Q  319 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 415  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||   |||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  10544376 ttttaagttatttatctgtaacaaattgac--tttaagtttttttcgtactagttagatccattaagttaattaattataataagttgatcatttaa 10544282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 441 - 537
Target Start/End: Original strand, 32548138 - 32548235
Alignment:
Q  441 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaa 537  Q
    |||| |||||||| |||| || ||| || |||| | ||||||||| || ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32548138 taagttatttaaccgtaacaatttgcggtattttaaatcttaaaaatgtaagctattcgggatctaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaa 32548235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 351 - 407
Target Start/End: Original strand, 7202300 - 7202356
Alignment:
Q  351 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 407  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  7202300 tttaagtttttttcgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgg 7202356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 467 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 33547933 - 33547849
Alignment:
Q  467 gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 550  Q
    ||||||||||| ||||||| |  ||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  33547933 gggatttcagaccttaaaaatttaagttattcgaaacttaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaaatggtatgaaaaa 33547849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 423 - 528
Target Start/End: Original strand, 7202313 - 7202419
Alignment:
Q  423 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaat 521  Q
    ||||||| ||||||||| || | || |||| ||||| |  ||| | ||||| ||||||||||| |  |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  7202313 cgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgggagattttagatcttaaaaatttaagttattcggggcctaaaagttacaattaaat 7202412  T
Q  522 aacttaa 528  Q
    |||||||    
T  7202413 aacttaa 7202419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 475 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 10544210 - 10544136
Alignment:
Q  475 agatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaa 548  Q
    ||||||||||| || || ||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  10544210 agatcttaaaaatgtaaattattcaagacctaaaagttacaattaactaacttaaatgacctaagtgttacgaaa 10544136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 429 - 529
Target Start/End: Original strand, 29693282 - 29693383
Alignment:
Q  429 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 527  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||    
T  29693282 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaaatgtaagttattcgggtcctaaaagttacgattaaataattta 29693381  T
Q  528 aa 529  Q
    ||    
T  29693382 aa 29693383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 318 - 415
Target Start/End: Original strand, 31314513 - 31314609
Alignment:
Q  318 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 415  Q
    ||||| ||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||  ||| |||||| ||  ||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||    
T  31314513 cttttgagttatttaattataacaagttgatcatttaagttttttcagtatcacttatgt-ttttaagttatttaattataacaaattagtcatttaa 31314609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 589 - 632
Target Start/End: Original strand, 196244 - 196287
Alignment:
Q  589 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 632  Q
    ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196244 actaaattattacaattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 196287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 446 - 540
Target Start/End: Original strand, 9405267 - 9405362
Alignment:
Q  446 tatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggaccta-aagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 540  Q
    |||||||| |||| || |||||| |||||||||||||||| |   |||||||||| |  || || |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  9405267 tatttaaccgtaacaatttgaggaatttcagatcttaaaaattttagttattcggcatttataaattacaattaaataacttaaaggatctaagtg 9405362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 320 - 393
Target Start/End: Original strand, 196063 - 196135
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 393  Q
    ||||| ||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  196063 tttaaattaattaattgtaacaaattgat-atttaagttttttcagtatcaattaggtcctttaagttacttaa 196135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 374 - 415
Target Start/End: Original strand, 33547744 - 33547785
Alignment:
Q  374 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 415  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||    
T  33547744 aggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaa 33547785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 84; Significance: 2e-39; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 301 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 41331439 - 41331168
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 400  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  41331439 taaattatatcataagtcatttaagttatttaattgtaataaattgatcatttaagtttttctcgtaccacctagctcatttaagttaataaattataac 41331340  T
Q  401 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 499  Q
    |||||||| ||||||         |||||||| ||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||||||  ||||| ||||| |  ||||||||||    
T  41331339 aagttggttctttaagtttttcatgtaccaatgaggtcatttaagttatttaaccgtaacaattttggggattctagatcctaaaaattgaagttattcg 41331240  T
Q  500 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 571  Q
      |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||    
T  41331239 atacctaaaagttataattaaataacttaaa-gacctaagtgctatgaaaaatatttaaactactaacttgtt 41331168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 301 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 18128632 - 18128375
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcattt-aagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 399  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||  ||||| |||||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  18128632 taaattacaccataggtcctttaaattatttaaatgtaataaattggtccttttaagtttttt-cgtactacttaggttctttaagttaattaattgtaa 18128534  T
Q  400 caagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc 498  Q
     |||||||| ||||||        ||||| |||||| |||| |||| ||||||||  ||| || |||  | |||||||||||||||| || |||||||||    
T  18128533 taagttggtgctttaattttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaaccataacaatttggcgaatttcagatcttaaaaatgtaagttattc 18128434  T
Q  499 -gggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
      ||    ||||||||||||||| || ||||| || |||||||||| ||| ||||||||    
T  18128433 aaggtttaaaagttacaattaaaaaatttaaaggatctaagtgttacgaagaatactta 18128375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 319 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 30552040 - 30551947
Alignment:
Q  319 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 412  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  30552040 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 30551947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 319 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 6589651 - 6589558
Alignment:
Q  319 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 412  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  6589651 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaataagttggtcctt 6589558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 316 - 395
Target Start/End: Original strand, 12422044 - 12422123
Alignment:
Q  316 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 395  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12422044 gtcttttaagttattaaattgtaataaattggtcatttaagtttttttcataccacttaggtcctttaagtaaattaatt 12422123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 299 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 32804736 - 32804629
Alignment:
Q  299 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 398  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||||||  |    
T  32804736 gttaaattacaccacaagtcttttaggatatttaattgtaataaattgatcttttaggtttttttcatacaacttaagtcatttaagttaattaattgca 32804637  T
Q  399 acaagttg 406  Q
    ||||||||    
T  32804636 acaagttg 32804629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 320 - 408
Target Start/End: Original strand, 1532197 - 1532285
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 408  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  1532197 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacattttttttgtacctcttaggtcctttaagttatttaactataacaagttggt 1532285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 309 - 497
Target Start/End: Original strand, 20389633 - 20389822
Alignment:
Q  309 accataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 407  Q
    |||||| |||||||||||||||||  ||||| ||| |  |  ||||||||||||  ||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20389633 accataggtcttttaagttatttaaatgtaacaaagtagttctttaagttttttttcgtactacttagatgctttaagttaattaattgtaacaagttgg 20389732  T
Q  408 tcctttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttatt 497  Q
    || || |        ||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||| || |||  | |||| ||||||||||| || ||||||||    
T  20389733 tctttaagtttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaactgtaacaatttggcgaattttagatcttaaaaatgtaagttatt 20389822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 320 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 28003434 - 28003341
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 415  Q
    ||||| ||||||| |||||| || |||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  28003434 tttaaattatttaattgtaacaagttgatcgtt-aagtttttt-cgtaccaattaggtcctttaagttaattaaatgtaacaagttgatcctttaa 28003341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 470 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 48447402 - 48447315
Alignment:
Q  470 atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||  || | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  48447402 attttagatcttaaaaatgtaagttattttgggcataaaagttacaattaaataacttaaaggacctaagcgttacgaaaaatactta 48447315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 320 - 413
Target Start/End: Original strand, 5755594 - 5755685
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 413  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||  | ||||| |||||  |||||||||||  || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5755594 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt--cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 5755685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 467 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 12264890 - 12264801
Alignment:
Q  467 gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    ||||||||| ||||| ||| || |||||||||  | || ||||||||| ||||||||||| || |||||||||| || ||||||||||||    
T  12264890 gggatttcaaatctttaaaatgtaagttattcatggccaaaagttacacttaaataacttgaaagacctaagtggtacgaaaaatactta 12264801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 477 - 556
Target Start/End: Original strand, 12422262 - 12422342
Alignment:
Q  477 atcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||  || ||||||||    
T  12422262 atcttaaaagtataagttattcgggacctaaaagttacaattaaataacttaaaggatttaagtgttacaaacaatactta 12422342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 299 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 12422455 - 12422352
Alignment:
Q  299 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 398  Q
    |||||||||||||  || |  ||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||| |||||| ||    
T  12422455 gttaaattacaccggaatttctttaagttatttaattgtaacaaattcatcctttaagtttttt-tgtatcacttacgtcttttaagttatttaatttta 12422357  T
Q  399 acaag 403  Q
    |||||    
T  12422356 acaag 12422352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 299 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 21921164 - 21920965
Alignment:
Q  299 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 398  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  | |||  ||||  |||||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||||||| | ||    
T  21921164 gttaaattacatcataagtcatttaagttatttaactataactaatttgtcatttaagtttttt-tttaccacttatgt-ctttaagttaattaactgta 21921067  T
Q  399 acaagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttatt 497  Q
    |||||||| |  |||||        ||||| ||||||||||| |||| ||||||||  ||| || ||| || |||| ||| ||||||| || ||||||||    
T  21921066 acaagttgtttatttaagttttttccgtactaattaggtcctttaagttatttaaccataaaaatttggggaattttagaccttaaaaatgtaagttatt 21920967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 505 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 28002330 - 28002279
Alignment:
Q  505 taaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||    
T  28002330 taaagttacaattaaacaacttaaaggacctaagtggtatgaaaagtactta 28002279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 334 - 399
Target Start/End: Original strand, 32918529 - 32918595
Alignment:
Q  334 ttgtaagaaattgatcatttaagtttt-ttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 399  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918529 ttgtaataaattgatcttttgagttttatttcgtatcacttagctcctttaagttaattaattataa 32918595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 351 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 1532501 - 1532441
Alignment:
Q  351 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 412  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1532501 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 1532441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 319 - 395
Target Start/End: Original strand, 6586862 - 6586938
Alignment:
Q  319 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 395  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||||  |||| ||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  6586862 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatctcttaaatttttttggtactacttaggtcatttaagttaatcaatt 6586938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 510 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 32857890 - 32857850
Alignment:
Q  510 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 550  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  32857890 ttacaattaaataacttaaaagacctaagtgttacgaaaaa 32857850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 213 - 248
Target Start/End: Original strand, 21595127 - 21595162
Alignment:
Q  213 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaat 248  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21595127 taacaaactttgaaaaaattatgaatttaaagaaat 21595162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 321 - 400
Target Start/End: Original strand, 48447283 - 48447362
Alignment:
Q  321 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 400  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  |  ||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  48447283 ttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaagtatttttcgtaacgcttaggtcctttaagttatttaattgtaac 48447362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 594 - 632
Target Start/End: Original strand, 12422352 - 12422390
Alignment:
Q  594 cttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 632  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12422352 cttgttaaaattaaataacttaaaagacgtaagtgatac 12422390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 357 - 414
Target Start/End: Original strand, 5762696 - 5762753
Alignment:
Q  357 ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 414  Q
    |||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  5762696 ttttttccgtaccacttaggtaatatatgttaattaattgtaacaagttggttcttta 5762753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 66; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 299 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 4003 - 3866
Alignment:
Q  299 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 398  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||    
T  4003 gttaaattacaccagaagtcatttatgttatttaattgtaataaattgatcatttaagttattttcctaccactgaggt-ctttaagttaattgattgta 3905  T
Q  399 acaagttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtc 437  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  3904 acaagttggtcctttaagttttttcgtaccaattaggtc 3866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 63; Significance: 7e-27; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 320 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 2277295 - 2277209
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 406  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2277295 tttaagttatttaattgtaacaaattgatcctttaagttttttttgtaccacttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttg 2277209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 319 - 399
Target Start/End: Original strand, 27532989 - 27533069
Alignment:
Q  319 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 399  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  27532989 ttttaagttatttaattgtaataaattgatcttttaagttttttatgtaccacttacgtcctttaagttatttaattataa 27533069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 336 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 37064768 - 37064689
Alignment:
Q  336 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 415  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37064768 gtaataaattaatcaattaagtttttttcgcaccacttaagtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 37064689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 301 - 403
Target Start/End: Original strand, 15907689 - 15907790
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 400  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||||| |||| | |||||| || |||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  15907689 taaattacaccagaaatcctttaagttatttacttgtgataaattggtc-tttaagtttttttcgtaccacttatattctttaagttaattaattataac 15907787  T
Q  401 aag 403  Q
    |||    
T  15907788 aag 15907790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 301 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 15908058 - 15907944
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 400  Q
    |||||||||||| || || |||||| ||||||  ||||| |||||  | ||||||||||||| | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  15908058 taaattacaccaaaaatcctttaagatatttaactgtaataaattagttatttaagtttttttcataccacttaggttttttaggttaattaattataac 15907959  T
Q  401 aagttggtcctttaa 415  Q
    |||||| ||||||||    
T  15907958 aagttgatcctttaa 15907944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 319 - 571
Target Start/End: Original strand, 2510015 - 2510263
Alignment:
Q  319 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaag-ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaann 417  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| |  |||| | |||||| | |||||||||||||    |||||||||||||  ||||| ||| ||||||||      
T  2510015 ttttaagttatttaattgtaataaattggt--tttatgttttttttcataccacttaggtc----aagttaattaattgcaacaaattgttcctttaagt 2510108  T
Q  418 nnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg-ggacctaaagttacaat 516  Q
         ||||| |||||| |||| |||| || |||| || || || ||||| ||||||| || |||||| || |||||||||| || |  ||| ||||| |    
T  2510109 ttttccgtacaaattagatcctttaagttacttaattgcaacaatttgagagatttcatattttaaaaatgtaagttattcgtggtctaaaaattacact 2510208  T
Q  517 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 571  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||    
T  2510209 taaataacttaaaggagctaagtgttacaaaaaataattaaagaactaacttgtt 2510263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 301 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 12807748 - 12807666
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttta 383  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  12807748 taaattacaccagagatcttttaagttatttaattgttataaattgattttttaaattttttacataccacttaggtccttta 12807666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 441 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 3807000 - 3806871
Alignment:
Q  441 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 540  Q
    |||| ||||||||||||| || |||||  |||||| ||||||||| || |||||| || || |  ||| ||| |||||||||| | ||| ||||||||||    
T  3807000 taagttatttaactgtaacaa-ttgagatatttcatatcttaaaaatgtaagttactcagggctaaaaattataattaaataattaaaaggacctaagtg 3806902  T
Q  541 ttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 571  Q
     || |||||||||||| || |||||||||||    
T  3806901 ctacgaaaaatacttaaatgactaacttgtt 3806871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 586 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 18080645 - 18080600
Alignment:
Q  586 ataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 631  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18080645 ataactaacttattacaattaaataacttaaatgacgtaagtgata 18080600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 316 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 32566969 - 32566875
Alignment:
Q  316 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 412  Q
    ||||||||||||||||  || ||||||||||||| |||| |  ||||| |||| | ||||||| |||||||| ||||||| ||||||| | ||||||    
T  32566969 gtcttttaagttattttattataagaaattgatcctttagg--ttttatgtactatttaggtcatttaagtttattaattgtaacaagctagtcctt 32566875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 318 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 2967794 - 2967707
Alignment:
Q  318 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 406  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||| |  |||||||||||| | | | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2967794 cttttaagttatttaatcctaacaaattgttt-tttaagtttttttccttctacttagatcctttaaattaattaattataacaagttg 2967707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 320 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 3807091 - 3806998
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 415  Q
    ||||| ||||||| | |||| |||||| || | |||||||||||  ||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||    
T  3807091 tttaaattatttaatagtaacaaattggtcctctaagtttttta--tacaacttatgtcttttaagttaattaattttaacaagttagtactttaa 3806998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 424 - 556
Target Start/End: Original strand, 12189869 - 12190002
Alignment:
Q  424 gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattga-gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 521  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||| | || |||||||||||| |||  | ||| |||| |||  || ||||||||||||||||    
T  12189869 gtaccaattaggtcatttaagttatttaactgt-acaaattaacggaatttcagatcttgaaaacgtaagatattaggggtctaaaagttacaattaaat 12189967  T
Q  522 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    || |||||  ||||||||||||   ||||||||||    
T  12189968 aaattaaagaacctaagtgttacagaaaatactta 12190002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 424 - 556
Target Start/End: Original strand, 12434297 - 12434430
Alignment:
Q  424 gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattga-gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 521  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||| | || |||||||||||| |||  | ||| |||| |||  || ||||||||||||||||    
T  12434297 gtaccaattaggtcatttaagttatttaactgt-acaaattaacggaatttcagatcttgaaaacgtaagatattaggggtctaaaagttacaattaaat 12434395  T
Q  522 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    || |||||  ||||||||||||   ||||||||||    
T  12434396 aaattaaagaacctaagtgttacagaaaatactta 12434430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 336 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 45445210 - 45445141
Alignment:
Q  336 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 406  Q
    |||| |||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||    
T  45445210 gtaataaattggtcgtttaagtttttt-cgtaccaattaggtcctgtaaattatttaatcataacaagttg 45445141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 297 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 41216 - 41123
Alignment:
Q  297 atgttaaattacaccataag-tcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaa 389  Q
    ||||||||||||||||  || || ||||| ||||||| |||||| |||||  || ||||||||||||  |||||||||| ||  ||||||||||    
T  41216 atgttaaattacaccaagagatcctttaaattatttaattgtaacaaattagtcctttaagttttttgtgtaccacttatgttatttaagttaa 41123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 506 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 8453163 - 8453098
Alignment:
Q  506 aaagttacaattaaataacttaaacg-acctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgt 570  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | |  |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  8453163 aaagttacaatcaaataacttaaaaggatgtaagtgttatgagaaatacttaaatgactaacttgt 8453098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 348 - 393
Target Start/End: Original strand, 32566724 - 32566769
Alignment:
Q  348 tcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 393  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  32566724 tcatttaagtttttttcgtgccacttaagtcctttaagttatttaa 32566769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 59; Significance: 2e-24; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 320 - 556
Target Start/End: Original strand, 363615 - 363853
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 418  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||       
T  363615 tttaagttatttaattgtaataaataggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtc-tttaagtt 363713  T
Q  419 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaat 516  Q
        ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||| || |||||| ||||||||    
T  363714 ttttcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattctgggcctaaaagttacaat 363813  T
Q  517 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    |||| |||||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  363814 taaacaacttaaatgacttaagcattacgaaaaatactta 363853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 321 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 47726693 - 47726457
Alignment:
Q  321 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnn 420  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||         
T  47726693 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaagtttt 47726595  T
Q  421 nnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatta 518  Q
        |||||||  ||||||| |  | ||||| ||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  47726594 tcttgtaccaacaaggtcctttgtgttattttaccttaacaatttgaggaatttcatatcttaaaaatgcaagttattcgggatctaaaagttacaatta 47726495  T
Q  519 aataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||    
T  47726494 aataacttaaagcacctaagtgttacaaacaatactta 47726457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 321 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 47747999 - 47747763
Alignment:
Q  321 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnn 420  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||         
T  47747999 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaagtttt 47747901  T
Q  421 nnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatta 518  Q
        |||||||  ||||||| |  | ||||| ||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  47747900 tcttgtaccaacaaggtcctttgtgttattttaccttaacaatttgaggaatttcatatcttaaaaatgcaagttattcgggatctaaaagttacaatta 47747801  T
Q  519 aataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||    
T  47747800 aataacttaaagcacctaagtgttacaaacaatactta 47747763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 319 - 412
Target Start/End: Original strand, 16554303 - 16554396
Alignment:
Q  319 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 412  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  16554303 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaagtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 16554396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 425 - 555
Target Start/End: Original strand, 29954870 - 29955000
Alignment:
Q  425 taccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc-gggacctaaagttacaattaaataa 523  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || |||  | |||||| ||||||||| || ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  29954870 taccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaataatttggagaatttcatatcttaaaaatgtaagttattctgggactaaaagttacaattaaataa 29954969  T
Q  524 cttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 555  Q
    |||||| |||||||||| || | |||||||||    
T  29954970 cttaaa-gacctaagtggtacggaaaatactt 29955000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 320 - 409
Target Start/End: Original strand, 18470189 - 18470279
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 409  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  18470189 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 18470279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 320 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 802346 - 802251
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 415  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||| || |||||  ||||| |||||||||||  |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  802346 tttaagttatttaaatgtaataaattggtcctttaaacttttttcgtaccacttatatcctttgaattaattaattgtaacaagttggtcctttaa 802251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 301 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 12656474 - 12656368
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 400  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||  ||||| |||||| |||||||||||   |||||||||||||||||| |||     
T  12656474 taaattacaccgaaagtcctttaagttatttaattgtaacatattgattttttaaatttttt-cgtaccacttaaaccctttaagttaattaattgtaat 12656376  T
Q  401 aagttggt 408  Q
    ||||||||    
T  12656375 aagttggt 12656368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 320 - 406
Target Start/End: Original strand, 16026108 - 16026194
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 406  Q
    ||||||||||||| |||||| || || ||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||    
T  16026108 tttaagttatttaattgtaataagttaatcatttacatttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaataagttg 16026194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 299 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 11017075 - 11016877
Alignment:
Q  299 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcat-ttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattat 397  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || ||| ||||| ||| | |||  |||||| | || |||||||||  ||||||||| |||||| |    
T  11017075 gttaaattacactatatgtcctttaagttatttaattataataaattaatcttcttattttttttgcatatcacttaggtgttttaagttatttaattgt 11016976  T
Q  398 aacaagttggtcctttaa--nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagtta 495  Q
    ||||||||| | ||||||         ||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||| ||||| | ||||||||| || ||||||    
T  11016975 aacaagttgat-ctttaagttgtttttcgttccaattaggtcctttaaactatttaaccgtaacaatttgagagatttaaaatcttaaaaatgtaagtta 11016877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 490 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 26706274 - 26706207
Alignment:
Q  490 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||    
T  26706274 aagttattcgaggcctaaaagttacaattaaataacttaaagaacctaagtgttacgaaaactactta 26706207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 320 - 415
Target Start/End: Original strand, 46530163 - 46530258
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 415  Q
    ||||||||||||| |||| | ||| || |  ||||| | |||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  46530163 tttaagttatttaattgtcacaaactggttctttaattctttttcgcaccacttaggtcttttaagttaattaattgtaacaagtttgccctttaa 46530258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 351 - 408
Target Start/End: Original strand, 48130213 - 48130268
Alignment:
Q  351 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 408  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48130213 tttaagtttttt--gtaccacttagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggt 48130268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 314 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 48130516 - 48130428
Alignment:
Q  314 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaag 403  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |   ||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  48130516 aagtcctttaaattatttaattgtaataaattgattatttaagttttct-tttaccatttaggtcttttaagttaattacttgtaacaag 48130428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 301 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 363906 - 363806
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagt-cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 399  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||| ||||   |||| ||| ||||||||  |||||| |||    
T  363906 taaattacaccagatgttcttttaagttatttaattgtaagaaatttgtcatttaagtatttttcgtaatgcttaagtcatttaagttgtttaattgtaa 363807  T
Q  400 c 400  Q
    |    
T  363806 c 363806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 336 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 26706432 - 26706353
Alignment:
Q  336 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttt-aagttaattaattataacaagttggtcctttaa 415  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||| |||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  26706432 gtaataaattgattctttaagtttttt-cgtatcatttaagtccttttaagttaattaattattacaagtttgtcctttaa 26706353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 301 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 46530517 - 46530411
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaag---ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatta 396  Q
    |||||||||||| | ||| ||| ||||||||| |||||| |||||| ||  ||||||   |||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||     
T  46530517 taaattacaccagatgtcattttagttatttatttgtaacaaattgctctttttaagttttttttttcgtaccactcacgtcatttaagttaattaattg 46530418  T
Q  397 taacaag 403  Q
    |||||||    
T  46530417 taacaag 46530411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 213 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 2125168 - 2125101
Alignment:
Q  213 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgt-agtttagttaagaaccatacaaaaa 279  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  | || | |||||||||||||||||| ||||    
T  2125168 taacaaactttgagaaaattataaatttaaaaaaatcatggtgaatttagttaagaaccatacgaaaa 2125101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 510 - 556
Target Start/End: Original strand, 18470384 - 18470430
Alignment:
Q  510 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  18470384 ttacaattaaataacttaaaggatctaagttgtatgaaaaatactta 18470430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 351 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 16026406 - 16026346
Alignment:
Q  351 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 412  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  16026406 tttaagtttttt-cgtacaacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 16026346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 351 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 18470495 - 18470439
Alignment:
Q  351 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 408  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  18470495 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggt 18470439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 423 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 47600648 - 47600499
Alignment:
Q  423 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaat 521  Q
    |||||||||| |||| | |||| |||||||  |||| |  ||| || ||||||||| |||||| |  |||| ||| ||| |||||| ||||||||||||     
T  47600648 cgtaccaatttggtcatttaagttatttaatcgtaaaagtttgtggtatttcagatgttaaaaattgaagtaatttgggtcctaaaagttacaattaaac 47600549  T
Q  522 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 571  Q
    ||||  || ||||||||  ||| |||||||||||| || ||||| |||||    
T  47600548 aactcgaaagacctaagcattacgaaaaatacttaaatgactaatttgtt 47600499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 53; Significance: 6e-21; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 324 - 559
Target Start/End: Original strand, 30534432 - 30534666
Alignment:
Q  324 agttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnn 422  Q
    ||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||   ||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||| || || |            
T  30534432 agttatttaattgtaa-aaattggtcttttaagtttttttttgtaccgcttaggtc-tttatgttaattaattgtaaaaagttgctctttaagttttttc 30534529  T
Q  423 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggaccta-aagttacaattaaat 521  Q
    |||||||| ||| || | |||| ||||||||||||| || |||||   ||| ||||||||||| || |||||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  30534530 cgtaccaactagctctt-taagttatttaactgtaacaatttgagatgttttagatcttaaaaatgtaagttatttggggcctacaagttacaattaaat 30534628  T
Q  522 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacat 559  Q
    || ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  30534629 aatttaaaagacctaagtcttacgaaaaatacttacat 30534666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 320 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 51265984 - 51265744
Alignment:
Q  320 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa--- 415  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||       
T  51265984 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttagatcctttaagttatttaactataacaagttggtctgttaagtt 51265885  T
Q  416 nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttaca 514  Q
           |||| || ||| ||| | |||| |||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| |  ||||| |||  | | | ||| |||||    
T  51265884 tttttcccgtatcactta-gtcttttaagttatttaaccgtaacaatttgagagatttcagatcttaaaaatttaagtttttcaaggcttgaaatttaca 51265786  T
Q  515 attaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    ||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  51265785 attaaataacttaaaggatctaagttgtatgaaaaatactta 51265744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 351 - 508
Target Start/End: Original strand, 44291025 - 44291182
Alignment:
Q  351 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatt 449  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||| | |||||        ||||||||  |||| || |||| ||||    
T  44291025 tttaagtttttttcgtaccacttaagtcatttaagttaattagttgtaacaagttggccttttaagttttttccgtaccaacaaggt-ctttaagttatt 44291123  T
Q  450 taactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa 508  Q
    |||| |||| || ||  ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  44291124 taaccgtaacaattttggggattttagatcttaaaaatgtaagttattcgggacctaaa 44291182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 319 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 44291509 - 44291413
Alignment:
Q  319 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 415  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || | ||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  44291509 ttttaagttatttaattgtaacaaattggtcctctaaatttttttagtatcacttatgtcctttaagttatttaattgtaacaagttagtcctttaa 44291413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 301 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 48200471 - 48200367
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 400  Q
    |||||||||| | || |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||||| |||||| ||| |||     
T  48200471 taaattacactagaaatcttttaacttatttaattgtaaagaattgatcatttaattttttttcgtaccgcttaagtcttttaaattaattgattgtaat 48200372  T
Q  401 aagtt 405  Q
    |||||    
T  48200371 aagtt 48200367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 351 - 412
Target Start/End: Original strand, 51265679 - 51265739
Alignment:
Q  351 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 412  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  51265679 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 51265739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 589 - 632
Target Start/End: Original strand, 44291420 - 44291463
Alignment:
Q  589 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 632  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  44291420 actaacttgttacaattaaataacttaaaggacataagtgatac 44291463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 490 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 50898948 - 50898882
Alignment:
Q  490 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 556  Q
    |||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  50898948 aagttattcgagacgtaaaagttacaattaaacaacttaaat-acctaagtgttacgaaaaatactta 50898882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 301 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 1662357 - 1662257
Alignment:
Q  301 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 400  Q
    ||||||||| || | ||| |||||  |||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||    
T  1662357 taaattacatcagaggtcctttaaagtatttaattgcaataaattgatcttttaagtttttt-tataccacttagatccattatgttaattaattgtaac 1662259  T
Q  401 aa 402  Q
    ||    
T  1662258 aa 1662257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University