View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF2455_low_1 (Length: 618)
Name: NF2455_low_1
Description: NF2455
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2455_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 594; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 594; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 610
Target Start/End: Original strand, 56168676 - 56169285
Alignment:
| Q |
1 |
gtattgggcgtactggtcgtgcaggaaagacaggtgtggctacaacattcctgactcttcaggacactgatgtcttttatgaacttaagcagatgctcat |
100 |
Q |
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| T |
56168676 |
gtattgggcgtactggtcgtgcaggaaagacaggtgtggctacaacattcctgactcttcaggacactgatgtcttttatgaacttaagcagatgctcat |
56168775 |
T |
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| Q |
101 |
tcagagtaacagtcctgttccacctgaattggcaaggcatgaagcttccaaattcaagccaggatctattcctgacagaccacctaggcgaaatgacact |
200 |
Q |
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| T |
56168776 |
tcagagtaacagtcctgttccacctgaattggcaaggcatgaagcttccaaattcaagccaggatctattcctgacagaccacctaggcgaaatgacact |
56168875 |
T |
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| Q |
201 |
gtttttgcccattagagaactttcttttgaggtttaaaggcatatatgcgtattgcaggtaataatatcaatgaacattttgctagtgatgcttaggagc |
300 |
Q |
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| T |
56168876 |
gtttttgcccattaaagaactttcttttgaggtttaaaggcatatatgcgtattgcaggtaataatatcaatgaacattttactagtgatgcttaggagc |
56168975 |
T |
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| Q |
301 |
ctaatatgtgcggttatatataggatcgtgtataaagttcaattaaggcattccttttgtcctgatatcattgtcattgctattgttatgcctgactaga |
400 |
Q |
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| T |
56168976 |
ctaatatgtgcggttatatataggatcgtgtataaagttcaattaaggcattccttttgtcctgatatcattgtcattgctattgttatggctgactaga |
56169075 |
T |
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| Q |
401 |
gttgctacctgtttattatatttctaacaagaattgataattttagatgacaatcttttgattggtcttgttatttggcattaacgtttgtcttatgcct |
500 |
Q |
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| T |
56169076 |
gttgctacctgtttattatatttctaacaagaattgataattttagatgacaatcttttgattggtcttgttatttggcattaacgtttgtcttatgcct |
56169175 |
T |
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| Q |
501 |
attatgatataatgctttttatcatttcactttagtgtttgtcttttatgattttgtttatcactttctctaggctgtgctaacctattttatgtaaatt |
600 |
Q |
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| T |
56169176 |
attatgatataatgctttttatcatttcactttagtgtttgtcttttatgattttgtttatcactttctctaggctgtgctaacctattttatgtaaatt |
56169275 |
T |
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| Q |
601 |
tgatgatgtc |
610 |
Q |
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| T |
56169276 |
tgctgatgtc |
56169285 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 707034 - 706522
Alignment:
| Q |
1 |
gtattgggcgtactggtcgtgcaggaaagacaggtgtggctacaacattcctgactcttcaggacactgatgtcttttatgaacttaagcagatgctcat |
100 |
Q |
| |
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| T |
707034 |
gtattgggcgtaccggccgtgcaggaaagacgggtgtggctacaacattcctgactcttcaggacactgatgtcttttatgaacttaagcagatgctcat |
706935 |
T |
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| Q |
101 |
tcagagtaacagtcctgttccacctgaattggcaaggcatgaagcttccaaattcaagccaggatctattcctgacagaccacctaggcgaaatgacact |
200 |
Q |
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| T |
706934 |
tcagagtaacagtcctgttccacatgaattggcaaggcatgaagcttccaaattcaagccaggatctattcccgacagaccacctaggcgaaacgacact |
706835 |
T |
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| Q |
201 |
gtttttgcccattagagaactttcttttgaggtttaaaggcatatatgcgtattgcaggtaataatatcaatgaacattttgctagtgatgcttaggagc |
300 |
Q |
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| T |
706834 |
gtttttacccattagagaactttctt--gaggtttaaaggcatatatgcatattgcaggtaa--atatcaatgaatattttgcaagtgatgcttaggagc |
706739 |
T |
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| Q |
301 |
ctaatatgtgcggttatatataggatcgtgtataaagttcaattaaggcattccttttgtcctgatatcattgtcattgctattgttatgcctgactaga |
400 |
Q |
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| T |
706738 |
ctaatatgtgcgattatatataggatcttgtatgaaattcaattaaggcattccttttgtcctgatatcattgccattgctattgttatgcctgactaga |
706639 |
T |
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| Q |
401 |
gttgctacctgtttattatatttctaacaagaattgataattttagatgacaatcttttgattggtcttgttatttggcattaacgtttgtcttatgcct |
500 |
Q |
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| T |
706638 |
gttgctacctgtttattatatttctaacaagaattgatagttttagatgacaatcttttgattggtcttgttatttggtgttaatctttgttttatgctt |
706539 |
T |
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| Q |
501 |
attatgatataatgctt |
517 |
Q |
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| T |
706538 |
attatgatataatgctt |
706522 |
T |
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