View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2456_low_1_N (Length: 825)

Name: NF2456_low_1_N
Description: NF2456
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2456_low_1_N
NF2456_low_1_N
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (37-812)||(26209784-26210559)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 728; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 728; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 812
Target Start/End: Complemental strand, 26210559 - 26209784
Alignment:
Q  37 aaatcgttcaattatcgttattgaagatattgattgttccgtggatttaaccgcagatagaatgtcgaagaaaaatggtgcaaagtcgttgtctaagtct 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26210559 aaatcgttcaattatcgttattgaagatattgattgttctgtggatttaaccgcagatagaatgtcgaagaaaaatggtgcaaagtcgttgtctaagtct 26210460  T
Q  137 aagaaacataaaacaacatcgttttctggttcaggttgtgatgagagtagtcgggtcacactttcggggctccttaattttacggatgggctatggtcat 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26210459 aagaaacataaaacaacatcgttttctggttcgagttgtgatgagagtagtcgggtcacactttcggggctccttaattttacggatgggctatggtcat 26210360  T
Q  237 gttgtggagaagagaggttagtagtttttacaactaatcatagggatagtgttgatcctgcattagttaggtgtggacgcatggacgtgcacgtgagttt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26210359 gttgtggagaagagaggttagtagtttttacaactaatcatagggatagtgttgatcctgcattagttaggtgtggacgcatggacgtgcacgtgagttt 26210260  T
Q  337 aagcacgtgtggggtccatgcgtttagggagttggcaaagaattaccttgggctggagtcacacgtgatgtttgaggcaatcgaagggtgtattcgttcg 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26210259 aagcacgtgtggggtccatgcgtttagggagttggcaaagaattaccttgggctggagtcacacgtgatgtttgaggcaatcgaagggtgtattcgttcg 26210160  T
Q  437 ggtgggtcccttacaccggcgcatgtgggggagattttgttgaggaataggagggatgttgatgtggcaatgagggaggttttgtctcttatgcaaggca 536  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26210159 ggtgggtcccttacaccggcacatgtgggggagattttgttgaggaataggagggatgttgatgtggcaatgagggaggttttgtctcttatgcaaggca 26210060  T
Q  537 gggtggttgttgttacatctgctgctgatctaacggataatgaggagttggcaatgatcggagtgagatcaccagagagtgtgcttctaatgggttcgcc 636  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  26210059 gggtggttgttgttacatctgctgctgatcagacagataatgaggagttggcaatgatcggagtgaggtcaccagagagtgttcttctaatgggttcacc 26209960  T
Q  637 ggagaattgggactctttgagtgggaagaagaggaaagagcaacaacatgggtccactaatttagataagaaagttaagttttttgtgaggttgaggtcg 736  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26209959 ggagaattgggactctttgagtgggaagaagaggaaagagcaacaacatgggtccaataatttagataagaaggttaagttttttgtgaggttgaggtcg 26209860  T
Q  737 ttgaccaaatctgactctgggagatgatgtttattttaagagagaaatttaattcaatgcaactgtgttatgacct 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26209859 ttgaccaaatctgactctgggagatgatgtttattttaagagagaaatttaattcaatgcaactgtgttatgacct 26209784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University