View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2459_high_28 (Length: 250)

Name: NF2459_high_28
Description: NF2459
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2459_high_28
NF2459_high_28
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-238)||(23673433-23673671)
chr2 (1-238)||(36326845-36327083)
chr2 (60-236)||(13709991-13710169)
chr2 (78-238)||(31626468-31626628)
chr2 (100-238)||(16294817-16294954)
chr2 (36-209)||(40017924-40018099)
chr2 (17-238)||(32575789-32576013)
chr2 (62-238)||(31528307-31528486)
chr2 (13-238)||(8427144-8427370)
[»] chr6 (20 HSPs)
chr6 (1-238)||(19664754-19664991)
chr6 (1-238)||(15534975-15535212)
chr6 (1-238)||(14790537-14790775)
chr6 (1-238)||(14795565-14795803)
chr6 (1-177)||(32427281-32427457)
chr6 (17-238)||(20527266-20527490)
chr6 (13-238)||(16883594-16883820)
chr6 (77-234)||(32704420-32704577)
chr6 (39-238)||(1838393-1838591)
chr6 (1-153)||(15540574-15540726)
chr6 (13-238)||(12980594-12980818)
chr6 (13-182)||(27649077-27649247)
chr6 (13-237)||(12983481-12983704)
chr6 (62-238)||(30978360-30978539)
chr6 (96-238)||(22221642-22221784)
chr6 (96-238)||(22247477-22247619)
chr6 (62-238)||(13017338-13017517)
chr6 (117-238)||(7769594-7769715)
chr6 (13-112)||(11183937-11184037)
chr6 (176-216)||(15540529-15540569)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-238)||(26062780-26063020)
chr4 (1-238)||(647292-647530)
chr4 (77-238)||(650641-650802)
chr4 (1-238)||(2541803-2542040)
chr4 (109-238)||(26060506-26060635)
chr4 (116-238)||(12171901-12172024)
chr4 (104-168)||(11649426-11649490)
chr4 (5-112)||(11649296-11649405)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (13-237)||(34066264-34066489)
chr1 (13-238)||(39546161-39546388)
chr1 (1-238)||(13493181-13493419)
chr1 (1-238)||(10764838-10765076)
chr1 (1-238)||(13495906-13496144)
chr1 (1-238)||(27282196-27282434)
chr1 (78-238)||(32506021-32506181)
chr1 (13-236)||(16190279-16190503)
chr1 (85-234)||(1936549-1936698)
chr1 (13-238)||(21153174-21153400)
chr1 (12-238)||(15297251-15297474)
chr1 (13-238)||(22456594-22456818)
chr1 (13-230)||(49147825-49148042)
chr1 (13-112)||(8435280-8435380)
chr1 (191-238)||(22453415-22453462)
chr1 (184-238)||(23990361-23990415)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (6-232)||(12575393-12575620)
chr8 (17-238)||(41778847-41779068)
chr8 (78-238)||(13096940-13097099)
chr8 (1-177)||(14418445-14418621)
chr8 (92-207)||(44008245-44008360)
chr8 (104-168)||(41836415-41836479)
chr8 (5-112)||(41836285-41836394)
chr8 (105-144)||(14418396-14418435)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (13-238)||(36843036-36843264)
chr7 (77-238)||(17863260-17863421)
chr7 (1-238)||(6967066-6967304)
chr7 (1-238)||(17866442-17866680)
chr7 (13-238)||(23313361-23313587)
chr7 (1-239)||(9765710-9765958)
chr7 (77-238)||(24783327-24783488)
chr7 (12-238)||(3862005-3862225)
chr7 (92-234)||(294787-294928)
chr7 (12-209)||(23107935-23108133)
chr7 (78-238)||(46846479-46846639)
chr7 (96-238)||(36222494-36222635)
chr7 (96-247)||(11279401-11279551)
chr7 (59-238)||(33312913-33313094)
chr7 (109-238)||(23759806-23759936)
chr7 (13-54)||(16547225-16547267)
chr7 (13-54)||(16618395-16618437)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (77-239)||(14616594-14616756)
chr5 (1-238)||(34405767-34406005)
chr5 (1-238)||(22159663-22159904)
chr5 (1-238)||(7650030-7650268)
chr5 (85-238)||(26712516-26712669)
chr5 (85-238)||(26982254-26982407)
chr5 (96-234)||(33575011-33575149)
chr5 (62-238)||(15532349-15532528)
chr5 (62-238)||(15542531-15542710)
chr5 (21-169)||(11988974-11989125)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (92-237)||(46731414-46731559)
chr3 (13-238)||(13979405-13979631)
chr3 (85-238)||(39563684-39563837)
chr3 (62-238)||(22626461-22626638)
chr3 (100-238)||(11138758-11138896)
chr3 (11-238)||(35366295-35366522)
chr3 (1-56)||(46731556-46731611)
chr3 (12-238)||(47412101-47412328)
chr3 (1-107)||(20536424-20536530)
chr3 (13-112)||(50096825-50096925)
chr3 (18-54)||(36036817-36036854)
[»] scaffold0567 (1 HSPs)
scaffold0567 (96-234)||(5995-6133)
[»] scaffold0363 (2 HSPs)
scaffold0363 (1-177)||(97-273)
scaffold0363 (105-144)||(283-322)
[»] scaffold0440 (1 HSPs)
scaffold0440 (96-238)||(9781-9923)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (92-235)||(7173-7316)
[»] scaffold0352 (2 HSPs)
scaffold0352 (102-238)||(2794-2930)
scaffold0352 (12-81)||(2717-2787)
[»] scaffold0264 (1 HSPs)
scaffold0264 (96-238)||(24368-24510)
[»] scaffold0500 (1 HSPs)
scaffold0500 (92-209)||(2641-2758)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 23673433 - 23673671
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggtttt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23673433 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaaacaataaaagtttggtttt 23673532  T
Q  100 agaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacg 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23673533 agaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctagtttaacg 23673632  T
Q  200 acagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  23673633 acaaattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 23673671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 36327083 - 36326845
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggtttt 99  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36327083 tttctttatcaaaaaagatgtattaaattcaaagttgccctaggaagttagattggtatttgtaaaataaacggattaaaaacaataaaagtttggtttt 36326984  T
Q  100 agaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacg 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  36326983 agaaaattagagagatgtatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcatatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctaatttaacg 36326884  T
Q  200 acagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  36326883 atagattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 36326845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 60 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 13710169 - 13709991
Alignment:
Q  60 ttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaa-gttctcctatggt 157  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| || ||| | ||||||||| |    
T  13710169 ttgtaacataaacggattaaaaacaataaaagattggttttagaaaatttgagagaagtatggttaagaccttcaaatcatctgaaagctctcctatgat 13710070  T
Q  158 aatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgacc 236  Q
    |||||||||||| |||| |  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || || |||||||||||    
T  13710069 aatttgcactcctaatttaggcaatgattatctagttcaacaacagattaacaaagtaattctacccgatctcttgacc 13709991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 78 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 31626628 - 31626468
Alignment:
Q  78 aaaacaataaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaa 177  Q
    |||| |||||| | |||||||||||||||  |||||| | ||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31626628 aaaataataaaggattggttttagaaaatctgagagaagaatggttaagtcattcgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcctaattcaa 31626529  T
Q  178 tcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||| ||||| |||||| |||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||    
T  31626528 tcaattattatttagtttcacgacagattaacttagtaattctacccaatctcttgaccta 31626468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 100 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 16294954 - 16294817
Alignment:
Q  100 agaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacg 199  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||| |||||| |||    
T  16294954 agaaaatt-gagagaagtatggttaagtccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctagtttaatcaatgattatttagtttcacg 16294856  T
Q  200 acagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||    
T  16294855 acagattaacttagtaattctacccaatctcttgaccta 16294817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 36 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 40018099 - 40017924
Alignment:
Q  36 tgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcga 134  Q
    |||||||||||||||  |||  |||||||| ||||||||||||||| |||||| ||  |||||| |||||| | |||||| |||||||||||||||||||    
T  40018099 tgccctaggcagttgagttg--atttgtaacataaacggattaaaaacaataagagactggtttaagaaaaattgagagaagtatggttaagaccttcga 40018002  T
Q  135 atcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatct---agtttaacgacagattaac 209  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |   ||||| |||||||||||||    
T  40018001 atcctccgaaactctcctatggtaatttgcactcctaattcaaccaatgattatttataagttttacgacagattaac 40017924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 238
Target Start/End: Original strand, 32575789 - 32576013
Alignment:
Q  17 gatgtattaaattcaag-gttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggttttagaaaattagaga-- 112  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||   ||| |||| |||||| |  |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||      
T  32575789 gatgtattaaattcaattgttaccctaggcagttggattgtt-tttataaagtaaacgtaaataaaacaataaaagttggttttaagaatattagagaaa 32575887  T
Q  113 gatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaa 212  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||  ||||||||| |||||| |||||||||||||  |    
T  32575888 gaagtatggttaagaccttcgaatcctccgaagctctcctatgataatttgcactcctagttcaaaaaatgattatttagtttcacgacagattaactta 32575987  T
Q  213 gtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||| | || | |||| |||||||||    
T  32575988 gtaactctaccaaatcccttgaccta 32576013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 62 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 31528486 - 31528307
Alignment:
Q  62 gtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggtttt--agaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggta 158  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||   ||||||||  |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||| |||||    
T  31528486 gtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttaagaaaatt-gagagaagtatggttaagtccttcgaatcctctaaagctctcctgtggta 31528388  T
Q  159 atttgcactcc-aaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||    
T  31528387 atttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacagattaacttagtaattctacccaatctcttgaccta 31528307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 8427370 - 8427144
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaaca-ataaaag-tttggttttagaaaattaga 110  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||| | |||||| |||| |||||||| |||||  | ||||| |  ||||||| ||||||| |||||| |||      
T  8427370 aaaggatgtattaaatttaaggttgttctaagtagttgggttggtatttgtaacataaattgtttaaagccgataaaagctttggttgtagaaatttatg 8427271  T
Q  111 gagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaaca 210  Q
     | |  ||| |||||||| |||||||| ||||| |||||  | ||||||||||||| ||   |||||||||||  | ||||||||||| ||||||||| |    
T  8427270 aaaaaatatagttaagacattcgaatcatccgatgttcttatttggtaatttgcac-ccctgttcaatcaatgtctttctagtttaacaacagattaata 8427172  T
Q  211 aagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    || |  || ||  |||||||||||||||    
T  8427171 aaatggttctactcaatctcttgaccta 8427144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 20)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 19664754 - 19664991
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggtttt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  19664754 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggtatttgtaaaataaacggattaaaaacaataaaagtttggttta 19664853  T
Q  100 agaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacg 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||    
T  19664854 agaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctag-ttcacg 19664952  T
Q  200 acagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||    
T  19664953 acagattaacaaagtaactctacccaatatcttgaccta 19664991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 15535212 - 15534975
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggtttt 99  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   ||||||||| |||  |||||||| ||||||||||||||||||    
T  15535212 tttctttataaaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttgagttgat-tttgtaaaacaaatagattaaaaacaataaaagtttggtttt 15535114  T
Q  100 agaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacg 199  Q
    | ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15535113 acaaaattaaagtgatgtatggttaagaccttcaaatcctccgaagttttcctatggtaatttgcattcctaattcaatcaatgattatctagttcaacg 15535014  T
Q  200 acagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||    
T  15535013 acagattaacaaagtaactctaaccaatctcttgaccta 15534975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 14790775 - 14790537
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaa--ggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggtt 97  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||  |  | ||||||||||||||||  |||   ||||||| ||||||| |  |||||||||||||||| | ||    
T  14790775 tttctttatcaaaaaggatgtataaatttatattgattgccctaggcagttgagttgt--tttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaagttggttt 14790678  T
Q  98 ttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaa 197  Q
    | |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  14790677 tcagaatattagagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaa 14790578  T
Q  198 cgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  14790577 cgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 14790537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 14795803 - 14795565
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaa--ggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggtt 97  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||  |  | ||||||||||||||||  |||   ||||||| ||||||| |  |||||||||||||||| | ||    
T  14795803 tttctttatcaaaaaggatgtataaatttatattgattgccctaggcagttgagttgt--tttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaagttggttt 14795706  T
Q  98 ttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaa 197  Q
    | |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  14795705 tcagaatattagagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaa 14795606  T
Q  198 cgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  14795605 cgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 14795565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 32427457 - 32427281
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggtttt 99  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  32427457 tttctttatcaaaaaagatgtattaaattcaaggttgccctag-cagttggattggtatttgtaaaataaacgaattaaaaacaatgaaagtttggtttt 32427359  T
Q  100 agaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaa 177  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32427358 agaaaattagagagatgtttgattaagacctttgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaa 32427281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 238
Target Start/End: Original strand, 20527266 - 20527490
Alignment:
Q  17 gatgtattaaattcaa-ggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacgga--ttaaaacaataaaagtttggttttagaaaattagagag 113  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||   |||||||  |||||  |  | ||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||    
T  20527266 gatgtattaaattcaaaggttgccctaggcagttgaattgatttttgtaacgtaaacataaataaaaacaataaaagttggttttaagaatattagagag 20527365  T
Q  114 atgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaag 213  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||     
T  20527366 aagtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctaacttcacgacagattaacaaat 20527465  T
Q  214 taattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||    
T  20527466 taactttacccaatctcttgaccta 20527490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 16883820 - 16883594
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttttagaaaattagag 111  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||   ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16883820 aaaggatgtattaaattcaagggttccctaggcagttgaattgatttttgtaacataaacgaattaaaaacaataaaagattggttttagaaaattagag 16883721  T
Q  112 agatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaa 211  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||  || |||| |||||||||     
T  16883720 agaagtatggttaagacattcgaatccttcgaagttctcctatggtaatttgcactactaattcaaacaatgattatctatgttcacgaaagattaacac 16883621  T
Q  212 agtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    | |||   || ||||||||||||||||    
T  16883620 aataaccctacccaatctcttgaccta 16883594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 77 - 234
Target Start/End: Original strand, 32704420 - 32704577
Alignment:
Q  77 taaaacaataaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattca 176  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32704420 taaaacaataaaagttggttttcagaatattagagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattca 32704519  T
Q  177 atcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttga 234  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  32704520 agcaatgattatctagtttaacgacagattaacagagtaattctacccaatctcttga 32704577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 39 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 1838591 - 1838393
Alignment:
Q  39 cctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaacaataaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcc 138  Q
    ||||| ||||||||||||  ||| |||| |||||| | ||||| |||||||||| | ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1838591 cctagacagttggattggtttttataaagtaaacgtaataaaagaataaaagttggttttaagaatattagagagaagtatggttaagaccttcgaatcc 1838492  T
Q  139 tccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||    
T  1838491 tccgaagttctcctat-gtaattcgcactcctagttcaatcaacgattatttagttcaacgacagattaacaaagtaactctacccaatctcttgaccta 1838393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 15540726 - 15540574
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggtttt 99  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||   ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||    
T  15540726 tttctatatcaaaaaggatgtattaaattcaaggtttccctaggcagttgagttgat-tttctaaaataaagggattaaaaacaataaaagtttagtttt 15540628  T
Q  100 agaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctccta 153  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15540627 agaaaattaaagagatttatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctccta 15540574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Original strand, 12980594 - 12980818
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattc-aaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttttagaaaattaga 110  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||   |||||| | ||||||| |||||| | |||||||| |    
T  12980594 aaaggatgtattaaattctaaagttgccctaggcagttggattggtttttataaa-taaactatttaaaaacgataaaagcttggttct-gaaaattaaa 12980691  T
Q  111 gagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaaca 210  Q
    ||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || || | ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  12980692 gagaaaaatggtcaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatgaaaatttgtaccccta-ttcaatcaatgttcgtctagtttaacgacagattaaca 12980790  T
Q  211 aagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||    
T  12980791 aagtaattctacccaatctcttgaccta 12980818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 13 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 27649247 - 27649077
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggttttagaaaattagag 111  Q
    |||||||| ||||||||   ||| ||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||| |  | |||||||||||||| | ||| ||||||||||||    
T  27649247 aaaggatgcattaaatttttggtcgccctaggcagttggattggtttttataacataaacgtagatgaaacaataaaagttggttttaagaaaattagag 27649148  T
Q  112 agatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaat 182  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||    
T  27649147 cgaagtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcacttctaattcaagcaat 27649077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 13 - 237
Target Start/End: Original strand, 12983481 - 12983704
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaag-gttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttttagaaaattaga 110  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||   |||||| | ||||||| |||||| | |||| ||| |    
T  12983481 aaaggatgtattaaattcaaatgttgccctaggcagttggattggtttttataaa-taaactatttaaaaacgataaaagcttggttctggaaa-ttaaa 12983578  T
Q  111 gagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaaca 210  Q
    ||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || || ||  |||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  12983579 gagaaaaatggtcaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatgaaaatctgtac-ccctattcaatcaatgttcgtctagtttaacgacagattaaca 12983677  T
Q  211 aagtaattttatccaatctcttgacct 237  Q
    |||||||| || |||||||||||||||    
T  12983678 aagtaattctacccaatctcttgacct 12983704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 62 - 238
Target Start/End: Original strand, 30978360 - 30978539
Alignment:
Q  62 gtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggtttt--agaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggta 158  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||   ||||||||  |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  30978360 gtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttaagaaaatt-gagagaagtatggttaagtccttcgaatcctccaaagctctcctatggta 30978458  T
Q  159 atttgcactcc-aaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||| ||||| |||||||  ||||||| || ||||||||||||||||    
T  30978459 atttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacggattaacttagtaattctacccaatctcttgaccta 30978539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 96 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 22221784 - 22221642
Alignment:
Q  96 ttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactc-caaattcaatcaatgattatctagtt 194  Q
    |||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||     
T  22221784 ttttagaaaatt-gagagaagcatggttaagtccttcgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcttaaatacaatcaatgattatttagta 22221686  T
Q  195 taacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    | ||||| |||||||  ||||||| || ||||||||||||||||    
T  22221685 tcacgacggattaacttagtaattctacccaatctcttgaccta 22221642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 96 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 22247619 - 22247477
Alignment:
Q  96 ttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactc-caaattcaatcaatgattatctagtt 194  Q
    |||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||     
T  22247619 ttttagaaaatt-gagagaagcatggttaagtccttcgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcttaaatacaatcaatgattatttagta 22247521  T
Q  195 taacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    | ||||| |||||||  ||||||| || ||||||||||||||||    
T  22247520 tcacgacggattaacttagtaattctacccaatctcttgaccta 22247477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 62 - 238
Target Start/End: Original strand, 13017338 - 13017517
Alignment:
Q  62 gtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggtttt--agaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggta 158  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||   ||||||||  |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  13017338 gtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttcagaaaatt-gagagaagtatggttaagtccttcgaatcctccaaagctctcctatggta 13017436  T
Q  159 atttgcactcc-aaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||| ||||   |||||||||||| |||||| ||||| |||||||  ||||||| || ||||||||||||||||    
T  13017437 atttgcactcctaaatatgatcaatgattatttagtttcacgacggattaacttagtaattctacccaatctcttgaccta 13017517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 117 - 238
Target Start/End: Original strand, 7769594 - 7769715
Alignment:
Q  117 tatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||||| |  ||||||||||||| | || ||||||||||||| |||||||||||||    
T  7769594 tatggttaagaccttcgaatcctccgatgctcttatatggtaatttgcaccctcaattcaatcaatgttcatttagtttaacgacatattaacaaagtaa 7769693  T
Q  217 ttttatccaatctcttgaccta 238  Q
    || ||  |||||| ||||||||    
T  7769694 ttctactcaatcttttgaccta 7769715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 112
Target Start/End: Original strand, 11183937 - 11184037
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttttagaaaattagag 111  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||||||||||  |||   ||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  11183937 aaaggatgtattaaattcaagagttccctaggcagttgagttgatttttgtaacataaacgtaataaaaacaataaaagttggtttttagaaaattagag 11184036  T
Q  112 a 112  Q
    |    
T  11184037 a 11184037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 176 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 15540569 - 15540529
Alignment:
Q  176 aatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaa 216  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15540569 aatcaatgattatctagttcaacgacagattaacaaagtaa 15540529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 26062780 - 26063020
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggtttt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26062780 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggtagttggattggtatttgtaaaataaacggattaaaaacaataaaagtttggtttt 26062879  T
Q  100 agaaaattagag--agatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaa 197  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  26062880 agaaaattagagagagatgtatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctagttcaa 26062979  T
Q  198 cgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||    
T  26062980 cgacagattaacaaagtaactctacccaatctcttgaccta 26063020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 647292 - 647530
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaa--ggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggtt 97  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||  |  | |||||||||||| |||  |||   ||||||| ||||||| |  |||||||||||||||| | ||    
T  647292 tttctttatcaaaaaggatgtataaatttatattgattgccctaggcatttgagttgt--tttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaagttggttt 647389  T
Q  98 ttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaa 197  Q
    | |||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  647390 tcagaatattagagagaagtatggttaagatcttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaa 647489  T
Q  198 cgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  647490 cgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 647530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 77 - 238
Target Start/End: Original strand, 650641 - 650802
Alignment:
Q  77 taaaacaataaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattca 176  Q
    |||||||||||||||| | ||| | || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  650641 taaaacaataaaagttggttttcataatattagagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattca 650740  T
Q  177 atcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  650741 agcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 650802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 2542040 - 2541803
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggtttt 99  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||     |||||| ||||||||||||||| ||||||||  | ||||||    
T  2542040 tttcattattaaaaaggatgtattaaattcaatggtgccctaggcagttgagtttattcttgtaacataaacggattaaaaacaataaaatataggtttt 2541941  T
Q  100 a-gaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaac 198  Q
      |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||| |||    
T  2541940 ttgaaaattaaagag--gtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcttatggtaatttgtactcctatttcaagcaatgattatctagttaaac 2541843  T
Q  199 gacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2541842 gacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 2541803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 109 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 26060635 - 26060506
Alignment:
Q  109 gagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaa 208  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||  ||| |||||||    
T  26060635 gagagaagcatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagcttcccgatagattaa 26060536  T
Q  209 caaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||||||| | || ||||||||||||||||    
T  26060535 caaagtaactctacccaatctcttgaccta 26060506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 116 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 12172024 - 12171901
Alignment:
Q  116 gtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcc-aaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagt 214  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||  |||    
T  12172024 gtatggttaagtccttggaatcttccgaagctcgcctatggtaatttgcactcctaaatacaatcaatgattatttagtttcacgacggattaacttagt 12171925  T
Q  215 aattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||| || ||||||||||||||||    
T  12171924 aattctacccaatctcttgaccta 12171901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 104 - 168
Target Start/End: Original strand, 11649426 - 11649490
Alignment:
Q  104 aattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactc 168  Q
    |||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11649426 aatttgagagaagcatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactc 11649490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 5 - 112
Target Start/End: Original strand, 11649296 - 11649405
Alignment:
Q  5 tttatcaaaaaggatgtattaaattcaa-ggt-tgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacg-gattaaaacaataaaagtttggttttag 101  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||  ||| | ||||||| |||||||  || ||||||||||||| ||||||||||    
T  11649296 tttagcaataaggatgtataaaattcaatggtgtgccctaggcagttgagttgacttttgtaatataaacgaaataaaaacaataaaag-ttggttttag 11649394  T
Q  102 aaaattagaga 112  Q
    |||||| ||||    
T  11649395 aaaatttgaga 11649405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 162; Significance: 1e-86; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 34066489 - 34066264
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttttagaaaattagag 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||   ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34066489 aaaggatgtattaaattcaagggtgccctaggcagttgaattgatttttgtaacataaacgaattaaaaacaataaaagattggttttagaaaattagag 34066390  T
Q  112 agatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaa 211  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34066389 agaagtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatgataatttgcactcctaattcaatcaatgattatctagtttaacgatagattaacaa 34066290  T
Q  212 agtaattttatccaatctcttgacct 237  Q
    ||||||| || |||||||||||||||    
T  34066289 agtaattctacccaatctcttgacct 34066264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 39546388 - 39546161
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaag-gttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggttttagaaa-attag 109  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||| |  |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  39546388 aaaggatgtattaaattcaattgttgccctaggcagttggattggtttttgtaacgtaaacgcaaataaaacaataaaagtt-ggttttaaaaatattag 39546290  T
Q  110 agagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaac 209  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39546289 agagaagtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcatatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttcacgacagattaac 39546190  T
Q  210 aaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||| | || ||||||||||||||||    
T  39546189 aaagtaactctacccaatctcttgaccta 39546161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 13493419 - 13493181
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaa--ggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggtt 97  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||  |  | ||||||||||||||||  |||   ||||||| ||||||| |  |||||||||||||||| | ||    
T  13493419 tttctttatcaaaaaggatgtataaatttatattgattgccctaggcagttgagttgt--tttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaagttggttt 13493322  T
Q  98 ttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaa 197  Q
    | |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  13493321 tcagaatattagagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaa 13493222  T
Q  198 cgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  13493221 cgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 13493181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 10765076 - 10764838
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaa--ggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggtt 97  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||  |  | ||||||||||||||||  |||   ||||||| ||||||| |  |||||||||||||||| | ||    
T  10765076 tttctttatcaaaaaggatgtataaatttatattgattgccctaggcagttgagttgt--tttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaagttggttt 10764979  T
Q  98 ttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaa 197  Q
    | |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  10764978 tcagaatattagagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaacttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaa 10764879  T
Q  198 cgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  10764878 cgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 10764838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 13496144 - 13495906
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaa--ggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggtt 97  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||  |  | ||| |||||||||||| ||||   ||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||   ||    
T  13496144 tttctttatcaaaaaggatgtataaatttatattgattgtcctaggcagttgaattgt--tttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaagttgattt 13496047  T
Q  98 ttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaa 197  Q
    | |||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  13496046 taagaatattagagagaagtatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctactttaa 13495947  T
Q  198 cgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13495946 cgacagattaagaaagtaattatatccaatctcttgaccta 13495906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 27282196 - 27282434
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaa-ggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacg-gattaaaacaataaaagtttggttt 98  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||| |  | ||||||||| |||  |||||||    
T  27282196 tttctttataaaaaaa-atgtattaaattcaaaggttgccctaggcagttggattggtttttataaagtaaatgtaaataaaacaattaaa-attggttt 27282293  T
Q  99 ta-gaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaa 197  Q
    || ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||    
T  27282294 tatgaatattagagagaagtatggttaagactttcgaattctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagttcaa 27282393  T
Q  198 cgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  27282394 cgaccgattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 27282434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 78 - 238
Target Start/End: Original strand, 32506021 - 32506181
Alignment:
Q  78 aaaacaataaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaa 177  Q
    ||||||||||||||| | ||| |||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32506021 aaaacaataaaagttggttttaagaatattatagagaagtgtggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaa 32506120  T
Q  178 tcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  32506121 gcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 32506181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 236
Target Start/End: Original strand, 16190279 - 16190503
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttttagaaaattagag 111  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||| | |||  |||   ||||||| ||||||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  16190279 aaaggatgtattaaattcaatggtgccctaggaaattgagttgatgtttgtaacataaacgaattaaaaacaataaa-gattggttttagaaaattaaag 16190377  T
Q  112 agatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaa 211  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16190378 agaagtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatgataatttgcactcttaattcaagcaatgattatctagtttaacgacaaattaacaa 16190477  T
Q  212 agtaat-tttatccaatctcttgacc 236  Q
    | |||| | || ||||||||||||||    
T  16190478 aataatatatacccaatctcttgacc 16190503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 85 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 1936698 - 1936549
Alignment:
Q  85 taaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatga 184  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  1936698 taaaattttggttttagaaaattagagagaagtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctagttcaatcaatga 1936599  T
Q  185 ttatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttga 234  Q
    |||||||| || |||| ||||||||||||||| | || | ||||||||||    
T  1936598 ttatctagcttcacgaaagattaacaaagtaactctaccaaatctcttga 1936549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 21153400 - 21153174
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcattt-gtaaaataaacggattaaaacaataaaag-tttggttttagaaaattaga 110  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |  ||| |||| || |||   |||||||||| |||| |||||||||||||| |||      
T  21153400 aaaggatgtattaaatttatggttgccctaggcagttggattagttttttgtaacattaactatttaaaacaatcaaagctttggttttagaaa-ttaat 21153302  T
Q  111 gagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaaca 210  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||| | |||   |||||||||||||| || ||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||    
T  21153301 gagaaatatggttaagaccttcgaatcctccgatgctcttaaatggtaatttgcacccccaattcaatcaatgttcatttagtttaacgacagattaaca 21153202  T
Q  211 aagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
     ||||||| ||  |||||||||||||||    
T  21153201 cagtaattctactcaatctcttgaccta 21153174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 12 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 15297474 - 15297251
Alignment:
Q  12 aaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggatt-aaaacaataaaagtttggttttagaaaattaga 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||| |  |||   || ||||| ||||||  |||||| | |||| ||| |    
T  15297474 aaaatgatgtattaaattcaaggttgccctaagcagttggattagtttttgtaaca--aactatttgaaaacgataaaaacttggttctggaaa-ttaaa 15297378  T
Q  111 gagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaaca 210  Q
    ||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||| |||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  15297377 gagaaatatgattaagaccttcgaatcctccgatgttcttccacggtaatttgcaccccaa-ttcaatcaatattcatctagtttaacgacagattaaca 15297279  T
Q  211 aagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||    
T  15297278 aagtaattctacccaatctcttgaccta 15297251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Original strand, 22456594 - 22456818
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaag-gttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttttagaaaattaga 110  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||  ||| |||| |||||   |||||| | ||||||| |||||| | |||| ||| |    
T  22456594 aaaggatgtattaaattcaaaagttgccataggcagttggattggtttttataaa-taaactatttaaaaacgataaaagcttggttctggaaa-ttaaa 22456691  T
Q  111 gagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaaca 210  Q
    ||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || | ||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||    
T  22456692 gagaaaaatggtcaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggaaatttgtaccccta-ttcaatcaatgttcgtctagtttaacgacagactaaca 22456790  T
Q  211 aagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||    
T  22456791 aagtaattctacccaatctcttgaccta 22456818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 13 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 49148042 - 49147825
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaag-gttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaacaataaaagtttggttttagaaaattagag 111  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| ||||  ||     ||||||| ||||||| |||||| | |||| ||| ||    
T  49148042 aaaggatgtattaaattcaaaagttgccctaggcagttggattggtttttataaataaattattttaaaacgataaaagcttggttctggaaa-ttaaag 49147944  T
Q  112 agatgta-tggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaaca 210  Q
    |||   | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || | ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  49147943 agaaaaaatggtcaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggaaatttgtaccccta-ttcaatcaatgttcgtctagtttaacgacagattaaca 49147845  T
Q  211 aagtaattttatccaatctc 230  Q
    |||||||| || ||||||||    
T  49147844 aagtaattctacccaatctc 49147825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 8435380 - 8435280
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaac-ggattaaaacaataaaagtttggttttagaaaattagag 111  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||   ||||||| ||||||   || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  8435380 aaaggatgtattaaattcaagagtgccctaggcagttgagttgatttttgtaacataaacataataaaaacaataaaagttggtttttagaaaattagag 8435281  T
Q  112 a 112  Q
    |    
T  8435280 a 8435280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 191 - 238
Target Start/End: Original strand, 22453415 - 22453462
Alignment:
Q  191 agtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  22453415 agtttaacgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 22453462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 184 - 238
Target Start/End: Original strand, 23990361 - 23990415
Alignment:
Q  184 attatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||    
T  23990361 attatctagttcaacgacagattaacaaagtaattctacccaatcacttgaccta 23990415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 6 - 232
Target Start/End: Original strand, 12575393 - 12575620
Alignment:
Q  6 ttatcaaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttttagaaa 104  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  |||   ||||||| |||||  |||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  12575393 ttattaaaaaggatgtattaaattcaatggtgccctaggcagttgagttgatttttgtaacataaattgattaaaaacaataaaagattggttttagaaa 12575492  T
Q  105 attagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacaga 204  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  12575493 attagagagaagtatggttaagaccattgaatcctccgaagttttcttatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgataatctagtttaacgacaga 12575592  T
Q  205 ttaacaaagtaattttatccaatctctt 232  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||    
T  12575593 ttaacaaagtaattctacctaatctctt 12575620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 238
Target Start/End: Original strand, 41778847 - 41779068
Alignment:
Q  17 gatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttttagaaaattagagagat 115  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||   ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| |||| |||| |||||     
T  41778847 gatgtattaaattcaagggtgccctaggcagttgaattgatttttgtaacataaacgaattaaaaacaataaaagattgattt-agaagattaaagagaa 41778945  T
Q  116 gtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagta 215  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| | ||    
T  41778946 gtatggttaagaccttcaaatcttccgaagttctcctatgctaatttgcactagtaattcaaacaatgattatctaggttcacgacagattaacacaata 41779045  T
Q  216 attttatccaatctcttgaccta 238  Q
    | | || ||||||||||||||||    
T  41779046 actctacccaatctcttgaccta 41779068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 78 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 13097099 - 13096940
Alignment:
Q  78 aaaacaataaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaa 177  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| ||    
T  13097099 aaaacaataaaagattagttttagaaaattagagagaagtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttatcctat-gtaatttgcactcctaatttaa 13097001  T
Q  178 tcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
     |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  13097000 gcaatgattatctagttcaatgaaagattaacaaagtaattctacccaatctcttggccta 13096940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 14418621 - 14418445
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaa-ggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttt 98  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||  ||| ||| ||||||  ||||||| ||||||||||| | |||    
T  14418621 tttctttatcaaaaaggatatgttaaattcaatggttgccctaggcagttgagttgg--tttttaacataaacaaattaaaaacaataaaagttggtttt 14418524  T
Q  99 tagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaa 177  Q
     |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  14418523 aagaatattagagagaagtatggttaagacattcgaatcctccgaatttctcctatgataatttgcactcctaattcaa 14418445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 92 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 44008360 - 44008245
Alignment:
Q  92 ttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatcta 191  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||| | ||||| |||||||||| ||    
T  44008360 ttggttttagaaaattagaaagaattatggttatgaccttcgaatcctccgaagctcgcctttggtaatctgcactcctagttcaaacaatgattattta 44008261  T
Q  192 gtttaacgacagatta 207  Q
    |||| |||| ||||||    
T  44008260 gtttcacgatagatta 44008245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 104 - 168
Target Start/End: Original strand, 41836415 - 41836479
Alignment:
Q  104 aattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactc 168  Q
    |||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41836415 aatttgagagaagcatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactc 41836479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 5 - 112
Target Start/End: Original strand, 41836285 - 41836394
Alignment:
Q  5 tttatcaaaaaggatgtattaaattcaa-ggt-tgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacg-gattaaaacaataaaagtttggttttag 101  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||  ||| | ||||||| |||||||  || ||||||||||||| ||||||||||    
T  41836285 tttagcaataaggatgtataaaattcaatggtgtgccctaggcagttgagttgacttttgtaatataaacgaaataaaaacaataaaag-ttggttttag 41836383  T
Q  102 aaaattagaga 112  Q
    |||||| ||||    
T  41836384 aaaatttgaga 41836394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 14418435 - 14418396
Alignment:
Q  105 attagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaa 144  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14418435 attagagagaagtatggttaagacattcgaatcctccgaa 14418396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Original strand, 36843036 - 36843264
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaagg--ttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggtttta-gaaaatta 108  Q
    |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||| |  |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  36843036 aaaggatgtattaaattcaatggtttgccctaggcagttggattggtttttataaagtaaacgtaaataaaacaataaaag-ttggttttatgaatatta 36843134  T
Q  109 gagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaa 208  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36843135 gagagaagtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaattcgcactcctacttcaatcaatgattatctagttcaacgacagattaa 36843234  T
Q  209 caaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||| ||| | || ||||||||||||||||    
T  36843235 caaattaactctacccaatctcttgaccta 36843264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 77 - 238
Target Start/End: Original strand, 17863260 - 17863421
Alignment:
Q  77 taaaacaataaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattca 176  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17863260 taaaacaataaaagttggttttcagaatattagagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattca 17863359  T
Q  177 atcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  17863360 agcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 17863421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 6967304 - 6967066
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaa--ggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggtt 97  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||  |  | ||||||||||||||||  |||   ||||||| ||||||| |  |||||||||||||||| | ||    
T  6967304 tttctttatcaaaaaggatgtataaatttatattgattgccctaggcagttgagttgt--tttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaagttggttt 6967207  T
Q  98 ttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaa 197  Q
    | |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  6967206 tcagaatattagagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaa 6967107  T
Q  198 cgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||| ||||||||||||||||| || |||||||||| |||||    
T  6967106 cgatagattaacaaagtaattctacccaatctcttaaccta 6967066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 17866442 - 17866680
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaa--ggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggtt 97  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||  |  | ||||||||||||||||   ||   ||||||| ||||||| |  |||||||||||||||| | ||    
T  17866442 tttctttatcaaaaaggatgtataaatttatattgattgccctaggcagttgagctgt--tttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaagttggttt 17866539  T
Q  98 ttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaa 197  Q
    | |||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  17866540 tcagaatattagagagaagtatggtttagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaa 17866639  T
Q  198 cgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  17866640 cgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 17866680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Original strand, 23313361 - 23313587
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttttagaaaattagag 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||   ||||||| ||||||| ||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||    
T  23313361 aaaggatgtattaaattcaagggtgccctaggtagttgaattgatttttgtaacataaacgaattaaaaacaataaaagaatggttttagaaaattagag 23313460  T
Q  112 agatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaa 211  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| || || ||| |||||||     
T  23313461 agaagtatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactactaattcaaacaatgattatctaggttcacaacatattaacac 23313560  T
Q  212 agtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
     |||| | || ||||||||||| ||||    
T  23313561 tgtaactctacccaatctcttggccta 23313587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 9765958 - 9765710
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggtttt 99  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||  |  ||||| |||||||||| | |||     
T  9765958 tttctttatcgaaaaggatgtattaaatttctggttgccctaggcagttggattggtttttataaagtaaacataaataaaataataaaagttggtttta 9765859  T
Q  100 agaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacg 199  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  9765858 agaatattagagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttcacg 9765759  T
Q  200 a---------cagattaacaaagtaattttatccaatctcttgacctat 239  Q
    |         |||||||||||||||| | || |||||||||||||||||    
T  9765758 agtttcacggcagattaacaaagtaactctacccaatctcttgacctat 9765710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 77 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 24783488 - 24783327
Alignment:
Q  77 taaaacaataaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattca 176  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||    
T  24783488 taaaacaataaaagttggttttaagaatattagagagaagtatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcatatggtaattttcattcctaattca 24783389  T
Q  177 atcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  24783388 atcaatgattatctagtttaacgagagattaacaaagtaattatacccaatctcttgaccta 24783327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 12 - 238
Target Start/End: Original strand, 3862005 - 3862225
Alignment:
Q  12 aaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattg-gcatttgtaaaataaacggatt-aaaacaataaaagtttggttttagaaaattag 109  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||    ||||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  3862005 aaaaggatgtattaaattcaatgatgccctaggcagttcaattgattttttgtaacataaactgattaaaaacaataaaagattggttttataaaattag 3862104  T
Q  110 agagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaac 209  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||        |||||||| |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3862105 agagaagtatgattaagaccttcgaatccttcgaagttctccta--------tgcactcctaattcaagaaatgattatctagttcaacgacagattaac 3862196  T
Q  210 aaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||    
T  3862197 aaagtaattctacccaatctcttgaccta 3862225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 92 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 294928 - 294787
Alignment:
Q  92 ttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatcta 191  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  294928 ttggttttagaaaatt-gagagaagtatggttaagtctttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaatgcaatcaatgattatcta 294830  T
Q  192 gtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttga 234  Q
     || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  294829 attcaacgacagattaacaaagtaattatacccaatctcttga 294787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 12 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 23108133 - 23107935
Alignment:
Q  12 aaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttttagaaaattaga 110  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||  |||   ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23108133 aaaaggatgtatttaattcaaggatgtcctagacagttgagttgatgtttgtaacataaacgaattaaaaacaataaaagattggttttagaaaattaga 23108034  T
Q  111 gagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaac 209  Q
    ||||  | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  23108033 gagaaatgtggttaagaccttcgaatcatccgaagctctcctatggtaatttgcactcctagttcaaacaatgattatttagtttcacaacagattaac 23107935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 78 - 238
Target Start/End: Original strand, 46846479 - 46846639
Alignment:
Q  78 aaaacaataaaagtttgg-ttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattca 176  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||    
T  46846479 aaaacaataaaagattggtttttagaaaatt-gagagaagtatggttaagtccttcgaatcctccgaagttcttctatggtaatttgcactcctagttca 46846577  T
Q  177 atcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||  | ||||| || ||||||||||||||||    
T  46846578 atcaatgattatttagtttcacgacagattaacctaataattctacccaatctcttgaccta 46846639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 96 - 238
Target Start/End: Original strand, 36222494 - 36222635
Alignment:
Q  96 ttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagttt 195  Q
    |||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||||||    
T  36222494 ttttagaagatt-gagagaagtatggttaagtccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaattttcactcctagttcaatcaatgattatttagttt 36222592  T
Q  196 aacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
     || ||| ||||||  |||||||||| | ||||||||||||||    
T  36222593 cactacaaattaacttagtaattttacctaatctcttgaccta 36222635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 96 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 11279551 - 11279401
Alignment:
Q  96 ttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagttt 195  Q
    |||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||    
T  11279551 ttttagaagatt-gagagaagtatggttaagtccttcgaatctttcgaagttctcctctggtaatttgcactcctagttcaataaatgattatttagttt 11279453  T
Q  196 aacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgacctatgcttctcc 247  Q
     |||||||||||||  ||||||| || |||||||||||||||| | ||||||    
T  11279452 cacgacagattaacttagtaattctacccaatctcttgacctaggattctcc 11279401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 59 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 33313094 - 33312913
Alignment:
Q  59 tttgtaaaataaacggatt--aaaacaataaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatgg 156  Q
    ||||||| ||||||||| |  |||| |||||| | |||||||||||||||  ||||||   ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  33313094 tttgtaacataaacggaattaaaaataataaaggattggttttagaaaatctgagagaaaaatggttaagtccttcgaatcctctgaagctctcctatgg 33312995  T
Q  157 taatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||  ||||||| || ||||||| ||||||||    
T  33312994 taatttgctttcctaattcaatcaatgattatttagtttcacgacgaattaacttagtaattctacccaatcttttgaccta 33312913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 109 - 238
Target Start/End: Original strand, 23759806 - 23759936
Alignment:
Q  109 gagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcc-aaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagatta 207  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  23759806 gagagaagtatggttaagtccttcgaatcctccaaagctctcctatggtaatttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacggatta 23759905  T
Q  208 acaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||  ||||||| || ||||||||||| ||||    
T  23759906 acttagtaattctacccaatctcttgcccta 23759936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 16547267 - 16547225
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaagg-ttgccctaggcagttggatt 54  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  16547267 aaaggatgtattaaatttaagggttgccctaggcagttggatt 16547225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 54
Target Start/End: Original strand, 16618395 - 16618437
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaagg-ttgccctaggcagttggatt 54  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  16618395 aaaggatgtattaaatttaagggttgccctaggcagttggatt 16618437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 119; Significance: 7e-61; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 77 - 239
Target Start/End: Original strand, 14616594 - 14616756
Alignment:
Q  77 taaaacaataaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattca 176  Q
    ||||||||||||||||   ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  14616594 taaaacaataaaagttgattttaagaatattagagagaagtatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcctatggtaattttcactcctaattca 14616693  T
Q  177 atcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgacctat 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  14616694 atcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgacctat 14616756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 34406005 - 34405767
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaa--ggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggtt 97  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||  |  | ||||||||||||||||  |||   | ||||| ||||||| |  |||||||||||||||| | ||    
T  34406005 tttctttatcaaaaaggatgtataaatttatattgattgccctaggcagttgagttgt--tgtgtaacataaacgtaaataaaacaataaaagttggttt 34405908  T
Q  98 ttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaa 197  Q
    | |||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  34405907 tcagaatattagagagaagtatggttaagaccttcaaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaa 34405808  T
Q  198 cgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  34405807 cgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 34405767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 22159904 - 22159663
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtat--taaattcaa-ggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggt 96  Q
    ||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||| |  ||||||||||||| || | |    
T  22159904 tttctttgtcaaaaaggatgtatattaaattcaaaggttgccctaggcagttggattggtttttataaagtaaacgtaaataaaacaataaaaattggtt 22159805  T
Q  97 tttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagttta 196  Q
    || |||| ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| | |||||||||||| ||||||||| |    
T  22159804 ttaagaatattagagagaaatatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcctatggtaaatcgcactcctagttcaatcaatgactatctagttca 22159705  T
Q  197 acgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||    
T  22159704 acgatagattaacaaagtaactctacccaatctcttgaccta 22159663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 7650030 - 7650268
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaa--ggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggtt 97  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||  |  | ||||||||||||||||  |||   ||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||   ||    
T  7650030 tttctttatcaaaaaggatgtataaatttatattgattgccctaggcagttgagttgt--tttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaagttgcttt 7650127  T
Q  98 ttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaa 197  Q
    | |||| |||||||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7650128 taagaatattagagagaagtatggttaagacatttgaatcctacgaagttcttctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctagtttaa 7650227  T
Q  198 cgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
     || |||||||||| |||||| ||  ||||||||| |||||    
T  7650228 agatagattaacaaggtaattctactcaatctctttaccta 7650268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 85 - 238
Target Start/End: Original strand, 26712516 - 26712669
Alignment:
Q  85 taaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatga 184  Q
    |||||| |||||||||||||||  |||||| | ||||||||| | |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26712516 taaaagattggttttagaaaatctgagagaagaatggttaagtctttcgaatcctccgacgctctcctatgataatttgcactcctaattcaatcaatga 26712615  T
Q  185 ttatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||| |||||| |||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||    
T  26712616 ttatttagtttcacgacagattaacttagtaattctacccaatctcttgaccta 26712669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 85 - 238
Target Start/End: Original strand, 26982254 - 26982407
Alignment:
Q  85 taaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatga 184  Q
    |||||| |||||||||||||||  |||||| | ||||||||| | |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26982254 taaaagattggttttagaaaatctgagagaagaatggttaagtctttcgaatcctccgacgctctcctatgataatttgcactcctaattcaatcaatga 26982353  T
Q  185 ttatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||| |||||| |||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||    
T  26982354 ttatttagtttcacgacagattaacttagtaattctacccaatctcttgaccta 26982407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 96 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 33575149 - 33575011
Alignment:
Q  96 ttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaatt-caatcaatgattatctagtt 194  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  33575149 ttttagaaaatt-gagagaagtatggttaagtccttcgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcctaattacaatcaatgattatttagtt 33575051  T
Q  195 taacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttga 234  Q
    | ||||| |||||||  ||||||| || ||||||||||||    
T  33575050 tcacgacggattaacttagtaattctacccaatctcttga 33575011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 62 - 238
Target Start/End: Original strand, 15532349 - 15532528
Alignment:
Q  62 gtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggtttt--agaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggta 158  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||   ||||||||  |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||| |||||    
T  15532349 gtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttaagaaaatt-gagagaagtatggttaagtccttcgaatcctctaaagctctcctgtggta 15532447  T
Q  159 atttgcactcc-aaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||    
T  15532448 atttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacagattaacttagtaattctacccaatctcttgaccta 15532528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 62 - 238
Target Start/End: Original strand, 15542531 - 15542710
Alignment:
Q  62 gtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggtttt--agaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggta 158  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||   ||||||||  |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||| |||||    
T  15542531 gtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttaagaaaatt-gagagaagtatggttaagtccttcgaatcctctaaagctctcctgtggta 15542629  T
Q  159 atttgcactcc-aaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||    
T  15542630 atttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacagattaacttagtaattctacccaatctcttgaccta 15542710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 21 - 169
Target Start/End: Original strand, 11988974 - 11989125
Alignment:
Q  21 tattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttttagaaaattagagagatgtat 119  Q
    |||||||||||| | | |||||||||||||  |||   ||||||| |||||| |||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||     
T  11988974 tattaaattcaatggtcccctaggcagttgagttgatttttgtaacataaacagattaaaaacgataaaagattgattttagaaaattagagagaagtaa 11989073  T
Q  120 ggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcc--tatggtaatttgcactcc 169  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  11989074 ggttaagaccttcgaatcctccaaagttctcctatatggtaatttgcactcc 11989125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 114; Significance: 6e-58; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 92 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 46731559 - 46731414
Alignment:
Q  92 ttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatcta 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46731559 ttggttttagaaaattagagagatgtaaggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcatatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatcta 46731460  T
Q  192 gtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgacct 237  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||| | || |||||||||||||||    
T  46731459 gttcaacgacatattaacaaagtaactctacccaatctcttgacct 46731414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 13979631 - 13979405
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggat-taaaacaataaaagtttggttttagaaaattagag 111  Q
    ||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||||||  ||  |||| |||||| |  |||||||||||||||| | ||| |||| |||||||    
T  13979631 aaaggatgtattaaatatctggttgcccaaggcagttggattggttttaataaagtaaacgtaaataaaacaataaaagttggttttaagaatattagag 13979532  T
Q  112 agatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaa 211  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||      
T  13979531 agaagtatggttaagacctttgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactccaagttcaaacaatgattatttagtttcatgacagattaactt 13979432  T
Q  212 agtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||| | ||||||||| |||||||||    
T  13979431 agtaactctatccaatcccttgaccta 13979405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 85 - 238
Target Start/End: Original strand, 39563684 - 39563837
Alignment:
Q  85 taaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatga 184  Q
    |||||| |||||||||||||||  |||||| | ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||     
T  39563684 taaaagattggttttagaaaatctgagagaagaatggttaagtccttcgaatcctccgacgctctcctatgataatttgcactcctaattcaatcaatgg 39563783  T
Q  185 ttatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||| |||||| |||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||    
T  39563784 ttatttagtttcacgacagattaacttagtaattctacccaatctcttgaccta 39563837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 62 - 238
Target Start/End: Original strand, 22626461 - 22626638
Alignment:
Q  62 gtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaat 160  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||   |||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  22626461 gtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggatttagaaaatt-gagagaagtatggttaagtccttcgaatcctccaaagctctcctatggtaat 22626559  T
Q  161 ttgcactcc-aaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||||||||| |||| | |||||||||||| |||||| ||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  22626560 ttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacggattaacttagtaattctatccaatctcttgaccta 22626638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 100 - 238
Target Start/End: Original strand, 11138758 - 11138896
Alignment:
Q  100 agaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcc-aaattcaatcaatgattatctagtttaac 198  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||| ||    
T  11138758 agaaaatt-gagagaagtatggttaagtccttcgaatcctccaaagctctcctatggtaatttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcac 11138856  T
Q  199 gacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    ||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  11138857 gacggattaacttagtaattctatccaatctcttgaccta 11138896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 11 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 35366522 - 35366295
Alignment:
Q  11 aaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaa-acaataaaagtttggttttagaaaatta- 108  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |  |||| |||||||| |||||| |  |||| ||  |||||||| ||||||||||| | |     
T  35366522 aaaaaggatgtattaaattttaggttgccctaggcagtcgagttggtatttgtaacataaactgtgtaaagacggtaaaagtt-ggttttagaaattaat 35366424  T
Q  109 gagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaa 208  Q
    |||| |  ||||||||||| |||| |||||||  | ||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||||| | || || |||||||||| |||||    
T  35366423 gagaaaaatatggttaagatcttcaaatcctctaatgttcttctacggtaatttgcaccccaa-ttcaatcaatgttcatataatttaacgacaaattaa 35366325  T
Q  209 caaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||  ||||| ||  |||||||||||||||    
T  35366324 caagataattctactcaatctcttgaccta 35366295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 46731611 - 46731556
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattgg 56  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  46731611 tttctttatcaaaaaggatgtattaaactcaaggttgccctaggcagttggattgg 46731556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 12 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 47412328 - 47412101
Alignment:
Q  12 aaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaa-acaataaaagtttggttttagaaaatta-g 109  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||| |||| || | |  |||| |||||||| |||||| |  |||| ||  |||||| ||||||||||||||| | |    
T  47412328 aaaaggatgtattaaatttcaggttgctctagacaatcgagttggtatttgtaacataaactgtgtaaagacggtaaaag-ttggttttagaaaataatg 47412230  T
Q  110 agagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaac 209  Q
    ||| |  |||| |||||||||| ||||||||  | ||||| ||| |||||||||||| |  ||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||    
T  47412229 agaaaaatatgattaagacctttgaatcctctaatgttcttctacggtaatttgcacccacaattcaatcaatgttcatctaatttaacaacagattaac 47412130  T
Q  210 aaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |   ||||| ||  |||||||||||||||    
T  47412129 acgataattctactcaatctcttgaccta 47412101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Original strand, 20536424 - 20536530
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaacaataaaagtttggtttta 100  Q
    |||| |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||| | | ||||| | ||||| | |||||||||||||||| | || ||    
T  20536424 tttcattattaaaaaggatgtagtaaattcaagggtgccctaggcagttgggttgacttgtgtaacacaaacgtaataaaacaataaaagttggtttata 20536523  T
Q  101 gaaaatt 107  Q
    |||||||    
T  20536524 gaaaatt 20536530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 13 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 50096925 - 50096825
Alignment:
Q  13 aaaggatgtattaaattcaaggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacg-gattaaaacaataaaagtttggttttagaaaattagag 111  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||  |||   ||||||| |||||||  || |||||| |||||||| | ||||||||||||||||    
T  50096925 aaaggatgtattaaattcaagagtgccctaagcagttgagttgatttttgtaacataaacgtaataaaaacagtaaaagttggtttttagaaaattagag 50096826  T
Q  112 a 112  Q
    |    
T  50096825 a 50096825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 18 - 54
Target Start/End: Original strand, 36036817 - 36036854
Alignment:
Q  18 atgtattaaattcaa-ggttgccctaggcagttggatt 54  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36036817 atgtattaaattcaatggttgccctaggcagttggatt 36036854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0567 (Bit Score: 91; Significance: 3e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0567
Description:

Target: scaffold0567; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 96 - 234
Target Start/End: Original strand, 5995 - 6133
Alignment:
Q  96 ttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagttt 195  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| ||    
T  5995 ttttagaaaattagagagaagtatggttaagaccttcgaatcctccgaggttctcctatggtaatttgcactactaattcaaacaatgattatctaggtt 6094  T
Q  196 aacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttga 234  Q
     |||||||||||||| | ||| | || ||||||||||||    
T  6095 cacgacagattaacacaataactctacccaatctcttga 6133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 84; Significance: 5e-40; HSPs: 2)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 177
Target Start/End: Original strand, 97 - 273
Alignment:
Q  1 tttctttatcaaaaaggatgtattaaattcaa-ggttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa-caataaaagtttggttt 98  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||  ||| ||| ||||||  ||||||| ||||||||||| | |||    
T  97 tttctttatcaaaaaggatatgttaaattcaatggttgccctaggcagttgagttgg--tttttaacataaacaaattaaaaacaataaaagttggtttt 194  T
Q  99 tagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaa 177  Q
     |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  195 aagaatattagagagaagtatggttaagacattcgaatcctccgaatttctcctatgataatttgcactcctaattcaa 273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 144
Target Start/End: Original strand, 283 - 322
Alignment:
Q  105 attagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaa 144  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  283 attagagagaagtatggttaagacattcgaatcctccgaa 322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 96 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 9923 - 9781
Alignment:
Q  96 ttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcc-aaattcaatcaatgattatctagtt 194  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  9923 ttttagaaaatt-gagagaagtatggttaagtccttcgaatcctccgaagctctcctatggcaatttgcactcctaaatacaatcaatgattatttagtt 9825  T
Q  195 taacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    | ||||| |||||||  ||||||| || ||||||||||||||||    
T  9824 tcacgacggattaacttagtaattctacccaatctcttgaccta 9781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 92 - 235
Target Start/End: Original strand, 7173 - 7316
Alignment:
Q  92 ttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatcta 191  Q
    |||||||||||||||  |||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||    
T  7173 ttggttttagaaaatctgagagaagaatggttaagtccttcgaatcctctgatactctcctatggtaatttgtactcctaattcaatcaatgattattta 7272  T
Q  192 gtttaacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgac 235  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  7273 gtttcacgacagattaacttagtaattctattcaatctcttgac 7316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0352 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 2)
Name: scaffold0352
Description:

Target: scaffold0352; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 102 - 238
Target Start/End: Original strand, 2794 - 2930
Alignment:
Q  102 aaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatctagtttaacgac 201  Q
    |||||| |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||     
T  2794 aaaatttgagagaagtatcgttaagacctttgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatatagtttcacgaa 2893  T
Q  202 agattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    |||||||   ||||||| || | ||||||||||||||    
T  2894 agattaaggtagtaattctaccaaatctcttgaccta 2930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0352; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 12 - 81
Target Start/End: Original strand, 2717 - 2787
Alignment:
Q  12 aaaaggatgtattaaattcaag-gttgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaa 81  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||  ||||||| || ||||||||||||    
T  2717 aaaaggatgtattaaattcaattgttgcccaaggaagttggattggtttttgtaacatgaacggattaaaa 2787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 72; Significance: 7e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 96 - 238
Target Start/End: Original strand, 24368 - 24510
Alignment:
Q  96 ttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcc-aaattcaatcaatgattatctagtt 194  Q
    |||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||     
T  24368 ttttagaaaatt-gagagaagcatggttaagtccttcgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcctaaatacaataaatgattatttagta 24466  T
Q  195 taacgacagattaacaaagtaattttatccaatctcttgaccta 238  Q
    | ||||| |||||||  ||||||| || ||||||||||||||||    
T  24467 tcacgacggattaacttagtaattctacccaatctcttgaccta 24510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0500 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0500
Description:

Target: scaffold0500; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 92 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 2758 - 2641
Alignment:
Q  92 ttggttttagaaaattagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactccaaattcaatcaatgattatcta 191  Q
    |||||||||||||||  |||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  2758 ttggttttagaaaatctgagagaagaatggttaagtccttcgaatcctctgatactctcctatggtaacttgcactcctaattcaatcaatgattattta 2659  T
Q  192 gtttaacgacagattaac 209  Q
    |||| |||||||||||||    
T  2658 gtttcacgacagattaac 2641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University