View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2466-Insertion-1 (Length: 891)

Name: NF2466-Insertion-1
Description: NF2466
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2466-Insertion-1
NF2466-Insertion-1
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (8-855)||(41485215-41486062)
chr2 (8-852)||(40752341-40753192)
chr2 (259-852)||(41471125-41471715)
chr2 (259-852)||(41478013-41478603)
chr2 (18-126)||(41478820-41478927)
chr2 (716-786)||(40748822-40748892)
chr2 (18-126)||(41471819-41471926)
chr2 (644-796)||(40749453-40749607)
chr2 (857-891)||(41485115-41485149)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (284-598)||(16407688-16408000)
chr4 (240-527)||(52481554-52481850)
chr4 (551-734)||(16412596-16412770)
chr4 (653-750)||(16410466-16410564)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 820; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 820; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 41486062 - 41485215
Alignment:
Q  8 gatatatcttacatatattagatcatggtccataaagctcatagcagggaaacagacatgccaagtaagtgctaacaccagcaaaatttccagtaaatag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41486062 gatatatcttacatatattagatcatggtccataaagctcatagcagggaaacagacatgccaagtaagtgctaacaccagcaaaatttccagtaaatag 41485963  T
Q  108 atcactacacagtaccaattaccatgcttactaattattaagaaatggtgcattatatgttttagggaataaatatatccaaaggtgtgtcttaacagaa 207  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41485962 atcactacacaataccaattaccatgcttactaattattaagaaatggtgcattatatgttttagggaataaatatatccaaaggtgtgtcttaacagaa 41485863  T
Q  208 cagttgagaaaaaatattaattttaacaaacaaacataatttgtgaagtcgttgtaccttggagttcccttctctgtcagttacaactttgaacggatgc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41485862 cagttgagaaaaaatattaattttaacaaacaaacataatttgtgaagtcgttgtaccttggagttcccttctctgtcagttacaactttgaacggatgc 41485763  T
Q  308 cagctaggatccttaacacagccatcccactttgagcaccactcgattgctttcatttgcaccttctctgaaaattctctcttagttactgctttctcat 407  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41485762 cagctaggatccttaacacagtcatcccactttgagcaccactcgattgctttcatttgcaccttctctgaaaattctctcttagttactgctttctcat 41485663  T
Q  408 tcatttcatcagaaatttttctcttagctgcttcctgaaatggcttaatatcaagttcgcccatccttttcacagaaattatgactcgagcagtggtctt 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41485662 tcatttcatcagaaatttttctcttagctgcttcctgaaatggcttaatatcaagttcgcccatccttttcacagaaattatgactcgagcactggtctt 41485563  T
Q  508 tgggcagccaatccactgtgcacaagtaaaagtaattaattggacaaaacaaacaatgaaatcatggcaacaaagcaacaggaacaaactacttgaactt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41485562 tgggcagccaatccactgtgcacaagtaaaagtaattaattggacaaaacaaacaatgaaatcatggcaacaaagcaacaggaacaaactacttgaactt 41485463  T
Q  608 attttgcttcaagtttaggcatcagataccttatgattgaatcagtatgaaacaatatgacaaattaactgaatgtaaaaagaaaatctggtcttttcat 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41485462 attttgcttcaagtttaggcatcagataccttatgattgaatcagtatgaaacaatatgacaaattaactgaatgtaaaaagaaaatctgctcttttcat 41485363  T
Q  708 agacctgacctgatcctaccaattttctcctaaaatgtaaaactttatgaattaaaatcatcatctttggacacaaacaactgaatagctaatagatagt 807  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  41485362 agacctgacccgatcctaccaattttctcctaaaatgtaaaactttatgaattaaaatcatcatctttggacacaaacaactggatagctaatagacagt 41485263  T
Q  808 ttagacaagcaaccaagttattcacatcataagatgatacgttgataa 855  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41485262 ttagacaagcaaccaagttattcacatcataagatgatacgttgataa 41485215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 454; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 852
Target Start/End: Complemental strand, 40753192 - 40752341
Alignment:
Q  8 gatatatcttacatatattagatcatggtccataaagctcatagcagggaaacagacatgccaagtaagtgctaacaccagcaaaatttccagtaaatag 107  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||  ||  || |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| || |||  ||| |||||||||||||    
T  40753192 gatatatctaacatatattagatcatggtttatgcagttcatagcagggaaacaaatatgccaaataagtgctagcaacag--aaagttccagtaaatag 40753095  T
Q  108 atcactacacagtaccaattaccatgcttactaattattaagaaatggtgcattatatgttttag--------ggaataaatatatccaaaggtgtgtct 199  Q
     || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||        || ||||||||||||||  | || |||    
T  40753094 gtccctacacaataccaattaccatgctttctaattattatgaaatgctgcattatatgttttagccatttaggggataaatatatccaacagagtttct 40752995  T
Q  200 taacagaacagttgagaaaaaatattaattttaacaaacaaacataatttgtgaagtcgttgtaccttggagttcccttctctgtcagttacaactttga 299  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||    
T  40752994 taatagaactgttgagaaaaaatattaactttaacgaacaaacataatccgtgaagtcattgtaccttggagttcccttctttatcggttacaactttga 40752895  T
Q  300 acggatgccagctaggatccttaacacagccatcccactttgagcaccactcgattgctttcatttgcaccttctctgaaaattctctcttagttactgc 399  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |   |||||||| || |||||||||  ||||    
T  40752894 acggatgccagcttggatctttaacacagtcatcccactttgagcaccactcgattgctttcattttccctgcctctgaaagttttctcttagtagctgc 40752795  T
Q  400 tttctcattcatttcatcagaaatttttctcttagctgcttcctgaaatggcttaatatcaagttcgcccatccttttcacagaaattatgactcgagca 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  40752794 tttctcattcatttcatcagaaatttttctcttagctgcttccagaaatggcttaatatcaacttcacccatccttttcacagaaattatgacttgagcg 40752695  T
Q  500 gtggtctttgggcagccaatccactgtgcacaa-gtaaaagtaattaattggacaaaacaaacaatgaaatcatggcaacaaagcaacaggaacaaacta 598  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| |||| | |||| ||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  40752694 gtgttctttgggcagccaatccactgtgaacaaggaaaaaataactacttagacaaaacaaataatgaaatcatggcaacaaagcaacagcaacaaacta 40752595  T
Q  599 cttgaacttattttgcttcaagtttaggcatcagataccttatgattgaatcagtatgaaacaatatgacaaattaact--gaatgtaaaaagaaaatct 696  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| |    
T  40752594 cctgaacttattttgcttgaagtttaggcatcagataccttatgattaaaccagtatgaaacaatatgacaaattaactaaaaatgtaaaaagaaaatat 40752495  T
Q  697 ggtcttttcatagacctgacctgatcctaccaattttctcctaaaatgtaaaactttatgaattaaaatcatcatctttggacacaaacaactgaatagc 796  Q
    | ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||  |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  40752494 gctcttttcatagacctgacccgactctaccaattttcacctaaaatgtaaaac--tatgtattacaatcatcaactttggacacaaacaactggatagc 40752397  T
Q  797 taatagatagtttagacaagcaaccaagttattcacatcataagatgatacgttga 852  Q
    ||||||| |||| | ||||||||||| || |||||||| | | |||||| ||||||    
T  40752396 taatagacagttgaaacaagcaaccacgtgattcacatgaaaggatgatgcgttga 40752341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 259 - 852
Target Start/End: Complemental strand, 41471715 - 41471125
Alignment:
Q  259 ttgtaccttggagttcccttctctgtcagttacaactttgaacggatgccagctaggatccttaacacagccatcccactttgagcaccactcgattgct 358  Q
    |||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  41471715 ttgtaccttggatttcccgtctttatcagtcacaactttgaacggatgccagctgggatctttaagacagtcatcccacgtagagcaccactcgattgct 41471616  T
Q  359 ttcatttgcaccttctctgaaaattctctcttagttactgctttctcattcatttcatcagaaatttttctcttagctgcttcctgaaatggcttaatat 458  Q
    |||| ||||   || ||   || || |  ||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| |    
T  41471615 ttcaattgccatttttcgcgaagttgtgccttagttgcttttttctcattcacttcatcagaaaactttctcttagctgcttccaaaaatggcttaatct 41471516  T
Q  459 caagttcgcccatccttttcacagaaattatgactcgagcagtggtctttgggcagccaatccactgtgcacaagtaaaagtaattaattggacaaaaca 558  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||   |||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||| ||||| | | ||||| ||    
T  41471515 caagttctcccatccttttcacagaaattatggctcgaggagccttctttgggcatccaatccactgcgaacaaggaaaag-aattactggaacaaacca 41471417  T
Q  559 aacaatgaaatcatggcaacaaagcaacaggaacaaactacttgaacttattttgcttcaagtttaggcatcagataccttatgattgaatcagtatgaa 658  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||   ||||||||| |||||||||    
T  41471416 aacaatgaaatcatggccacaaagcaacagcaacaaactacctgaacttattttgcttgaagtttgggcatcaaatacaccatgattgaaccagtatgaa 41471317  T
Q  659 acaatatgacaaattaactga--atgtaaaaagaaaatctggtcttttcatagacctgacctgatcctaccaa-ttttctcctaaaatgtaaaactttat 755  Q
    ||||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||  | |||||||||||||||     | ||||||| |||||  ||||||||| |||| ||||    
T  41471316 acaatatgacaaattaattaataatgtaaaaagaaaatcttttgttttcatagacctga-----ttctaccaaattttcaactaaaatgttaaacattat 41471222  T
Q  756 gaattaaaatcatcatctttggacacaaacaactgaatagctaatagatagtttagacaagcaaccaagttattcacatcataagatgatacgttga 852  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||| || ||| |||| | |||||||||||  | |||||||| ||| ||||||| |||||    
T  41471221 gaattaaaatcatcacctttggacacagacaacgggatagcaaacagacagttgaaacaagcaaccacatgattcacataataggatgataggttga 41471125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 259 - 852
Target Start/End: Complemental strand, 41478603 - 41478013
Alignment:
Q  259 ttgtaccttggagttcccttctctgtcagttacaactttgaacggatgccagctaggatccttaacacagccatcccactttgagcaccactcgattgct 358  Q
    |||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  41478603 ttgtaccttggatttcccgtctttatcagtcacaactttgaacggatgccagctgggatctttaagacagtcatcccacgtagagcaccactcgattgct 41478504  T
Q  359 ttcatttgcaccttctctgaaaattctctcttagttactgctttctcattcatttcatcagaaatttttctcttagctgcttcctgaaatggcttaatat 458  Q
    |||| ||||   || ||   || || |  ||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| |    
T  41478503 ttcaattgccatttttcgcgaagttgtgccttagttgcttttttctcattcacttcatcagaaaactttctcttagctgcttccaaaaatggcttaatct 41478404  T
Q  459 caagttcgcccatccttttcacagaaattatgactcgagcagtggtctttgggcagccaatccactgtgcacaagtaaaagtaattaattggacaaaaca 558  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||   |||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||| ||||| | | ||||| ||    
T  41478403 caagttctcccatccttttcacagaaattatggctcgaggagccttctttgggcatccaatccactgcgaacaaggaaaag-aattactggaacaaacca 41478305  T
Q  559 aacaatgaaatcatggcaacaaagcaacaggaacaaactacttgaacttattttgcttcaagtttaggcatcagataccttatgattgaatcagtatgaa 658  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||   ||||||||| |||||||||    
T  41478304 aacaatgaaatcatggccacaaagcaacagcaacaaactacctgaacttattttgcttgaagtttgggcatcaaatacaccatgattgaaccagtatgaa 41478205  T
Q  659 acaatatgacaaattaactga--atgtaaaaagaaaatctggtcttttcatagacctgacctgatcctaccaa-ttttctcctaaaatgtaaaactttat 755  Q
    ||||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||  | |||||||||||||||     | ||||||| |||||  ||||||||| |||| ||||    
T  41478204 acaatatgacaaattaattaataatgtaaaaagaaaatcttttgttttcatagacctga-----ttctaccaaattttcaactaaaatgttaaacattat 41478110  T
Q  756 gaattaaaatcatcatctttggacacaaacaactgaatagctaatagatagtttagacaagcaaccaagttattcacatcataagatgatacgttga 852  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||| || ||| |||| | |||||||||||  | |||||||| ||| ||||||| |||||    
T  41478109 gaattaaaatcatcacctttggacacagacaacgggatagcaaacagacagttgaaacaagcaaccacatgattcacataataggatgataggttga 41478013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 41478927 - 41478820
Alignment:
Q  18 acatatattagatcatggtccataaagctcatagcagggaaacagacatgccaagtaagtgctaacaccagcaaaatttccagtaaatagatcactacac 117  Q
    |||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||| || ||||  | ||||||||||| ||||    
T  41478927 acatatattagatcatggtccatgcagttcatatcagggaaacaaacatgccaaataagtgctaacagcagc-aagtttcaggcaaatagatcacaacac 41478829  T
Q  118 agtaccaat 126  Q
    | |||||||    
T  41478828 aataccaat 41478820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 716 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 40748892 - 40748822
Alignment:
Q  716 cctgatcctaccaattttctcctaaaatgtaaaactttatgaattaaaatcatcatctttggacacaaaca 786  Q
    |||||| |||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  40748892 cctgattctaccaattttgacataaaatgtaaaacattatgaattaaaatcataatctttggacacaaaca 40748822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 41471926 - 41471819
Alignment:
Q  18 acatatattagatcatggtccataaagctcatagcagggaaacagacatgccaagtaagtgctaacaccagcaaaatttccagtaaatagatcactacac 117  Q
    |||||||||||||||||| ||||  || ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||| || ||||  | ||||||||||| ||||    
T  41471926 acatatattagatcatggcccatgcagttcatatcagggaaacaaacatgccaaataagtgctaacagcagc-aagtttcaggcaaatagatcacaacac 41471828  T
Q  118 agtaccaat 126  Q
    | |||||||    
T  41471827 aataccaat 41471819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 644 - 796
Target Start/End: Complemental strand, 40749607 - 40749453
Alignment:
Q  644 ttgaatcagtatgaaacaatatgacaaattaactgaa--tgtaaaaagaaaatctggtcttttcatagacctgacctgatcctaccaattttctcctaaa 741  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||  ||  ||||| |||||||| |  ||||||| |||||||  |||||| ||| | |||| | ||||||    
T  40749607 ttgaaccagtgtgaaacaatatgaaaaattaacaaaaaatgtaagaagaaaatatattcttttcgtagacctcgcctgattctatcgatttgcacctaaa 40749508  T
Q  742 atgtaaaactttatgaattaaaatcatcatctttggacacaaacaactgaatagc 796  Q
    |||  |||  ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  40749507 atgcgaaatattatgcattaaaatgatcgtctttggacacaaacaactggatagc 40749453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 857 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 41485149 - 41485115
Alignment:
Q  857 tacatgtgaacaagacacgtcttccaagcaactta 891  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41485149 tacatgtgaacaagacacgtcttccaagcaactta 41485115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 80; Significance: 5e-37; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 284 - 598
Target Start/End: Original strand, 16407688 - 16408000
Alignment:
Q  284 tcagttacaactttgaacggatgccagctaggatccttaacacagccatcccactttgagcaccactcgattgctttcatttgcaccttctctgaaaatt 383  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||  ||| | |  ||||||||||||||||||||||  ||||||||  || ||| || |  |||| ||    
T  16407688 tcagttacaaatttgaacggatgccagcttggatcgctaagatattcatcccactttgagcaccactcatttgctttcgatttcactttattggaaagtt 16407787  T
Q  384 ctctcttagttactgctttctcattcatttcatcagaaatttttctcttagctgcttcctgaaatggcttaatatcaagttcgcccatccttttcacaga 483  Q
     | | ||||| | ||| |||||||||| |||||| || |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| | |     
T  16407788 tttttttagtcattgccttctcattcacttcatccgagaactttctcttagctgcttcctcaaatggcttaatatcaagtttacccatcattttcccggc 16407887  T
Q  484 aattatgactcgagcagtggtctttgggcagccaatccactgtgcacaagtaaaagtaattaattggacaaaacaaacaatgaaatcatggcaacaaagc 583  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||| || | || ||||  || |||||  ||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||     
T  16407888 aattatgacttgattagtgttctttggacaacgaaaccac--tgaacaagggaagataattacttgaacaaaacaaacaatgaaatcaaggcagcaaagt 16407985  T
Q  584 aacaggaacaaacta 598  Q
    ||||  |||||||||    
T  16407986 aacatcaacaaacta 16408000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 240 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 52481850 - 52481554
Alignment:
Q  240 aacataatttgtgaagtcgttgtaccttggagttcccttctctgtcagttacaactttgaacggatgccagctaggatccttaacacagccatcccactt 339  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||| | |||  ||||| |||||| |||||||| || ||||| |||| |||  ||||||||||    
T  52481850 aacataattttggaagtcattgtaccttggatttcccttctttatcaactacaattttgaagggatgccaacttggatctttaagacattcatcccactt 52481751  T
Q  340 tgagcaccactcgattgctttcatttgcaccttctctgaaa----attc--------tctcttagttactgctttctcattcatttcatcagaaattttt 427  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||| | ||| ||||    ||||        | || |||    ||||||| ||||||  ||||||||||  ||     
T  52481750 tgagcaccactcgactgctttcaattgcacttcctcagaaactttattcctagcttttttcctaggccttgctttcccattcacctcatcagaaaacttc 52481651  T
Q  428 ctcttagctgcttcctgaaatggcttaatatcaagttcgcccatccttttcacagaaattatgactcgagcagtggtctttgggcagccaatccactgtg 527  Q
    |||||||||||||||  |||||||| | ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||  |||||  ||  ||||||||||||||||||||||||    
T  52481650 ctcttagctgcttccaaaaatggctcagtatcaaggttacccatccttttcacagaaattatggttcgag--gt-ttctttgggcagccaatccactgtg 52481554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 551 - 734
Target Start/End: Original strand, 16412596 - 16412770
Alignment:
Q  551 acaaaacaaacaatgaaatcatggcaacaaagcaacaggaacaaactacttgaacttattttgcttcaagtttaggcatcagataccttatgattgaatc 650  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||| |||||||||| |    
T  16412596 acaaaccaaacaattaaatcatggaagcaaagcaacagtaacaaactaccagaacttattttgcttgaagtttgggcatca-aaaccctatgattgaacc 16412694  T
Q  651 agtatgaaacaatatgacaaattaact--gaatgtaaaaagaaaatctggtcttttcatagacctgacctgatcctaccaattttc 734  Q
    ||          |||||||||||||||   ||||||||||||||| ||  | ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  16412695 ag----------tatgacaaattaactaataatgtaaaaagaaaagcttttgttttcatagacctaacctgattctaccaaatttc 16412770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 653 - 750
Target Start/End: Original strand, 16410466 - 16410564
Alignment:
Q  653 tatgaaacaatatgacaaattaac--tgaatgtaaaaagaaaatctggtcttttcatagacctgacctgatcctaccaattttctcctaaaatgtaaaac 750  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    ||||| |||||||||||||  |||||||||||| || ||||||  ||||||||||  |||||||||| ||||    
T  16410466 tatgaaacaatatgagaaattaacaaaaaatgt-aaaagaaaatctgtccttttcatagacatggcctgattataccaatttttacctaaaatgtgaaac 16410564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University