View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2466R-Insertion-21 (Length: 1010)

Name: NF2466R-Insertion-21
Description: NF2466R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2466R-Insertion-21
NF2466R-Insertion-21
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (83-858)||(35629575-35630353)
chr7 (83-514)||(35636373-35636804)
chr7 (334-858)||(35632731-35633258)
chr7 (585-858)||(35635993-35636267)
chr7 (892-955)||(35629477-35629539)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (84-847)||(10318931-10319689)
chr3 (84-847)||(10298499-10299257)
chr3 (84-847)||(10336046-10336805)
chr3 (115-359)||(10337922-10338170)
chr3 (547-659)||(10338324-10338436)
chr3 (750-847)||(10338459-10338557)
chr3 (84-155)||(10318802-10318873)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 732; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 732; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 83 - 858
Target Start/End: Complemental strand, 35630353 - 35629575
Alignment:
Q  83 cttggattgagaattaatggaattttgcttttatgttatgtggttacattatagggcttactaatgagaatgagaataaaataaccgaagctaccctgag 182  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35630353 cttggtttgagaattaatggaattttgcttttatgttatgtggttacattatagggcttactaatgagaatgagaataaaataactgaagctaccctgag 35630254  T
Q  183 ggatgctgtttctgctactgaagcgagttttttggattctgtaaaaaggaattatatgataaatcgaaatcttggaaaagttggttcatgctgtcttgct 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35630253 ggatgctgtttctgctactgaagcgagttttttggattctgtaaaaaggaattatatgataaatcgaaatcttggaaaagttggttcatgctgtcttgct 35630154  T
Q  283 ggaatcatatggaaagggacgctacatgttgcaaatcttggagattcgcgtgctgtaattggtactatggttaataagagaatccgtgctgagcagttga 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35630153 ggaatcatatggaaagggacgctacatgttgcaaatcttggagattcacgtgctgtaattggtactatggttaataagagaatccgtgctgagcagttga 35630054  T
Q  383 caagagatcacaattgtagtgatccagctattagagaagaactcaagtcgatgcatcctggtgatcctaccattgtgaaggaaaagaatggagtgtggcg 482  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35630053 caagagatcacaattgtagtgatccagctattagagaagaactcaagtcaatgcatcctggtgatcctaccattgtgaaggaaaagaatggagtgtggcg 35629954  T
Q  483 cgttaaaggcatcatttcggtattttgtttttcttttacaaatttagattgagttgtagtttgatttgatattggtttatgaccgttataatgttttctt 582  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35629953 cgttaaaggcatcatttcggtattttgtttttcttttacaaatttagattgagttgtagtttgatttgatattggtttatgaccgttataatgttttctt 35629854  T
Q  583 gtatatttattaggttagtagaagtattggtgatacatatctgaaaaggcttgaatttacgctatgcgaatcgtttcgcaaattcaaaaaagttcctgaa 682  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35629853 gtatatttattaggttagtagaagtattggtgatacatatctgaaaaggcttgaatttacgctgtgcgaatcgtttcccaaattcaaaaaagttcctgaa 35629754  T
Q  683 ccatttactagaggtgtggtatcagcagaaccagagatgcgtactagagttttaacatatagtgacgagtttcttatatttgcttctgatggactttggg 782  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35629753 ccatttactagaggtgtggtatcagcagaaccagagatgcgtactagagttttaacatatagtgacaagtttcttatatttgcttctgatggactttggg 35629654  T
Q  783 atttcttgtc-aatgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaatccaagaaatgtaag--tatatatcgatttctatga 858  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  35629653 atttcttgtcaaatgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaatccaagaaatgtaagtatatatatcgatttctatga 35629575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 83 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 35636804 - 35636373
Alignment:
Q  83 cttggattgagaattaatggaattttgcttttatgttatgtggttacattatagggcttactaatgagaatgagaataaaataaccgaagctaccctgag 182  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||  |      | |||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  35636804 cttggtttgagaattaatggaatttttattttatgttatgtggttacattttaggggctgtgcgagcgaatgagaataaaataactgaacctaccctgag 35636705  T
Q  183 ggatgctgtttctgctactgaagcgagttttttggattctgtaaaaaggaattatatgataaatcgaaatcttggaaaagttggttcatgctgtcttgct 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | |||| |||  ||||||| |  |||    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35636704 ggatgctgtttctgctactgaagcaggttttttggaatatgtagaaaaaaattataggcaaaaaaataatcttggaaaagttggttcatgctgtcttgct 35636605  T
Q  283 ggaatcatatggaaagggacgctacatgttgcaaatcttggagattcgcgtgctgtaattggtactatggttaataagagaatccgtgctgagcagttga 382  Q
    ||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  |||||||||||||    
T  35636604 ggaattatatggaaaaagacgctacatgttgcgaatcttggagattcgcgtgctgtaattggtactatggttaataataagatccaagctgagcagttga 35636505  T
Q  383 caagagatcacaattgtagtgatccagctattagagaagaactcaagtcgatgcatcctggtgatcctaccattgtgaaggaaaagaatggagtgtggcg 482  Q
    ||||||||||||||||||  |||  |||||||||| ||||||||| |||   |||||||| |||| |||||||||||| | |  |||  | |||||||||    
T  35636504 caagagatcacaattgtaaagatgaagctattagaaaagaactcatgtcagagcatcctgatgatactaccattgtgatgtatgagagggaagtgtggcg 35636405  T
Q  483 cgttaaaggcatcatttcggtattttgttttt 514  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  35636404 cgttaaaggcatcattacggtattatgttttt 35636373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 334 - 858
Target Start/End: Complemental strand, 35633258 - 35632731
Alignment:
Q  334 gctgtaattggtactatggttaataagagaatccgtgctgagcagttgacaagagatcacaattgtagtgatccagctattagagaagaactcaagtcga 433  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||| || ||   || ||||| |||||| || |||   |||||||| |    
T  35633258 gctgtgattggtactatggttaataggaaaatccatgctgagcaattgacaagagaccataaaattaatgatcaagctataagcgaa---ctcaagtcaa 35633162  T
Q  434 tgcatcctggtgatcctaccattgtgaagga-aaagaatggagtgtggcgcgttaaaggcatcatttcggtatttt---gtttttcttttacaa-attta 528  Q
     |||||| | |||||||| |||||||| ||| ||| ||||||   | ||| |||||||| ||||||  ||||||||   ||||||||||||    |||||    
T  35633161 agcatcccgatgatcctaacattgtgatggataaataatggatcattgcgtgttaaaggaatcattaaggtatttttttgtttttcttttaatcgattta 35633062  T
Q  529 gattgagttgtagtttgatttgatattggtttatgaccgttataatgttttcttgtatatttattaggttagtagaagtattggtgatacatatctgaaa 628  Q
    |||  |||| | | ||| | ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  35633061 gataaagttattggttggtatgatattggtttatgccttttataatgttttcttgtatatttatcaggtcagtagaactattggtgatgcatatttgaaa 35632962  T
Q  629 aggcttgaatttacgctatgcgaatcgtttcgcaaattcaaaaaagttcctgaaccatttactagaggtgtggtatcagcagaaccagagatgcgtacta 728  Q
    |||| |||||||| |||   ||| ||||||| |||||| |||||||||||| |||| | ||| || ||||||  |||||||||||||||||||  |||||    
T  35632961 aggcctgaatttatgcttcacgagtcgtttcccaaatttaaaaaagttcctaaaccttgtacaagtggtgtgccatcagcagaaccagagatgtttacta 35632862  T
Q  729 gagttttaacatatagtgacgagtttcttatatttgcttctgatggactttgggatttcttgtc-aatgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaatcc 827  Q
    ||||||||||| | | |||  |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  35632861 gagttttaacagagaatgataagtttcttatatttgcgtctgttggactttgggagttcttgtcaaatgagcaagcagctgaaattgttcaaaagaatcc 35632762  T
Q  828 aagaaatgtaagtatatatcgatttctatga 858  Q
    |||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  35632761 aagaaatgtatgtatatatccatatctatga 35632731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 585 - 858
Target Start/End: Complemental strand, 35636267 - 35635993
Alignment:
Q  585 atatttattaggttagtagaagtattggtgatacatatctgaaaaggcttgaatttacgctatgcgaatcgtttcgcaaattcaaaaaagttcctgaacc 684  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||   |   ||||||||| | ||| ||  || |||| ||||||||    
T  35636267 atatgtattaggttagtagaagtattggtgatacatatttgaagaggcctgaatttagtttggacgaatcgttccccaagtttgaagaagtgcctgaacc 35636168  T
Q  685 atttactagaggtgtggtatcagcagaaccagagatgcgtactagagttttaacatatagtgacgagtttcttatatttgcttctgatggactttgggat 784  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||| || ||||||||| |||||| ||||||| | |  ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35636167 atttattagaggcgtgttatcagcagagccggagatgcgttctagagatttaacagagaacgataagtttctgatatttgcttctgatggactttgggat 35636068  T
Q  785 ttcttgtcaa-tgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaatccaagaaatgtaagtatatatcgatttctatga 858  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||    
T  35636067 ttcttgtcaaatgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaattcaagaaatatatgtgtatatcgatttctatga 35635993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 892 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 35629539 - 35629477
Alignment:
Q  892 ttagtctttataaaatgaaaataagtattttgtgtyctttttgcatc-aagacg-atttgagtcat 955  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  35629539 ttagtctttataaaatgaaaataagta-tttgtgt--tttttgcatcaaagacgaatttgagtcat 35629477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 84 - 847
Target Start/End: Original strand, 10318931 - 10319689
Alignment:
Q  84 ttggattgagaattaatggaattttgcttttatgttatgtggttacattatagggcttactaatgagaatgagaataaaataaccgaagctaccctgagg 183  Q
    |||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||     
T  10318931 ttggtttgagaattaacggtatttttcttttatgttatgtgtttacattatagggtttgctaatgataatgagaatgatataactgaagctaccctgaga 10319030  T
Q  184 gatgctgtttctgctactgaagcgagttttttggattctgtaaaaaggaattatatgataaatcgaaatcttggaaaagttggttcatgctgtcttgctg 283  Q
     ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || ||||| ||||||||||    | | |||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  10319031 aatgctgtttctgctactgaagagggttttttggattttgcaaaaatgaattatatgcatcagccaaatcttggatatgttggttcatgctgtcttgctg 10319130  T
Q  284 gaatcatatggaaagggacgctacatgttgcaaatcttggagattcgcgtgctgtaattggtactatggttaataagagaatccgtgctgagcagttgac 383  Q
    |||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||    
T  10319131 gaattatatggaaagagacactacatgttgcaaatcttggagattcgcgggttgtaattggtactatggttaataaaaagatccgtgctgagcagttaac 10319230  T
Q  384 aagagatcacaattgtagtgatccagctattagagaagaactcaagtcgatgcatcctggtgatcctaccattgtgaaggaaaagaatggagtgtggcgc 483  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| | | |||||||||| |||||||| | ||||||   |  | |||||   ||||||     
T  10319231 aagagatcacaattgtaatgatgaagctattagagaagaactcagggcaatgcatcctgatgatcctaacgttgtgataaatgataatggttcgtggcgt 10319330  T
Q  484 gttaaaggcatcatttcggta---ttttgtttttctttt-acaaatttagattgagttgtagtttgatttgatattggtttatgaccgttataatgtttt 579  Q
    ||||||||| ||||| |||||   ||||||||||||||| |  ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||          ||| |||||||||    
T  10319331 gttaaaggcttcattacggtaattttttgtttttcttttaatcaatttagatagagttattgtttgatttgatattg----------gttgtaatgtttt 10319420  T
Q  580 cttgtatatttattaggttagtagaagtattggtgatacatatctgaaaaggcttgaatttacgctatgcgaatcgtttcgcaaattcaaaaaagttcct 679  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||| |||  |||||||||  |  ||||||| || | ||||||  ||| ||||||     
T  10319421 cttgtatattgattaggtaagtagagctattggtgatgcatatctgaagaggtctgaatttactttgcgcgaatcattccccaaattggaaatagttccg 10319520  T
Q  680 gaaccatttactagaggtgtggtatcagcagaaccagagatgcgtactagagttttaacatatagtgacgagtttcttatatttgcttctgatggacttt 779  Q
    ||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10319521 gaaccctttacaagaggtgtgctatcagcagaaccagagatgcatactagagttttaacagataatgatcagtttattatatttgcttctgatggacttt 10319620  T
Q  780 gggatttcttgtc-aatgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaatccaagaaatgtaagtatatatc 847  Q
    ||||||||||||| ||| || |||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||    
T  10319621 gggatttcttgtcaaataaaaaagctgctgaaattgttcaaaagaatcctagaaatgtatgtatatatc 10319689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 84 - 847
Target Start/End: Original strand, 10298499 - 10299257
Alignment:
Q  84 ttggattgagaattaatggaattttgcttttatgttatgtggttacattatagggcttactaatgagaatgagaataaaataaccgaagctaccctgagg 183  Q
    |||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||     
T  10298499 ttggtttgagaattaacggtatttttcttttatgttatgtgtttacattatagggtttgctaatgataatgagaatgatataactgaagctaccctgaga 10298598  T
Q  184 gatgctgtttctgctactgaagcgagttttttggattctgtaaaaaggaattatatgataaatcgaaatcttggaaaagttggttcatgctgtcttgctg 283  Q
     ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || ||||| ||||||||||    | | |||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  10298599 aatgctgtttctgctactgaagagggttttttggattttgcaaaaatgaattatatgcatcagccaaatcttggatatgttggttcatgctgtcttgctg 10298698  T
Q  284 gaatcatatggaaagggacgctacatgttgcaaatcttggagattcgcgtgctgtaattggtactatggttaataagagaatccgtgctgagcagttgac 383  Q
    |||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||| ||    
T  10298699 gaattatatggaaagagacactacatgttgcaaatcttggagattcgcgcgttgtaattggtactatggttaataaaaagatccgtgccgagcagttaac 10298798  T
Q  384 aagagatcacaattgtagtgatccagctattagagaagaactcaagtcgatgcatcctggtgatcctaccattgtgaaggaaaagaatggagtgtggcgc 483  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| | | |||||||||| |||||||| | ||||||   |  | |||||   ||||||     
T  10298799 aagagatcacaattgtaatgatgaagctattagagaagaactcagggcaatgcatcctgatgatcctaacgttgtgataaatgataatggttcgtggcgt 10298898  T
Q  484 gttaaaggcatcatttcggta---ttttgtttttcttttaca-aatttagattgagttgtagtttgatttgatattggtttatgaccgttataatgtttt 579  Q
    ||||||||| ||||| |||||   ||||||||||||||||   ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||           |||||||||    
T  10298899 gttaaaggcttcattacggtaattttttgtttttcttttaatcaatttagatagagttattgtttgatttgatattggttg----------taatgtttt 10298988  T
Q  580 cttgtatatttattaggttagtagaagtattggtgatacatatctgaaaaggcttgaatttacgctatgcgaatcgtttcgcaaattcaaaaaagttcct 679  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||| |||  |||||||||  |  ||||||| || | ||||||  ||| ||||||     
T  10298989 cttgtatattgattaggtaagtagagctattggtgatgcatatctgaagaggtctgaatttactttgcgcgaatcattccccaaattggaaatagttccg 10299088  T
Q  680 gaaccatttactagaggtgtggtatcagcagaaccagagatgcgtactagagttttaacatatagtgacgagtttcttatatttgcttctgatggacttt 779  Q
    ||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10299089 gaaccctttacaagaggtgtgctatcagcagaaccagagatgcatactagagttttaacagataatgataagtttattatatttgcttctgatggacttt 10299188  T
Q  780 gggatttcttgtc-aatgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaatccaagaaatgtaagtatatatc 847  Q
    ||||||||||||| ||| || |||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||    
T  10299189 gggatttcttgtcaaataaaaaagctgctgaaattgttcaaaagaatcctagaaatgtatgtatatatc 10299257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 84 - 847
Target Start/End: Original strand, 10336046 - 10336805
Alignment:
Q  84 ttggattgagaattaatggaattttgcttttatgttatgtggttacattatagggcttactaatgagaatgagaataaaataaccgaagctaccctgagg 183  Q
    |||| ||||||||||| || |||||  |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||     
T  10336046 ttggtttgagaattaacggtatttttattttatgttatgtgtttacattatagggtttgctaatgataatgagaatgatataactgaagctaccctgaga 10336145  T
Q  184 gatgctgtttctgctactgaagcgagttttttggattctgtaaaaaggaattatatgataaatcgaaatcttggaaaagttggttcatgctgtcttgctg 283  Q
     ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || ||||| ||||||||||    | | |||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  10336146 aatgctgtttctgctactgaagagggttttttggattttgcaaaaatgaattatatgcatcagccaaatcttggatatgttggttcatgctgtcttgctg 10336245  T
Q  284 gaatcatatggaaagggacgctacatgttgcaaatcttggagattcgcgtgctgtaattggtactatggttaataagagaatccgtgctgagcagttgac 383  Q
    |||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||    
T  10336246 gaattatatggaaagagacactacatgttgcaaatcttggagattcgcgggttgtaattggtactatggttaataaaaagatccgtgctgagcagttaac 10336345  T
Q  384 aagagatcacaattgtagtgatccagctattagagaagaactcaagtcgatgcatcctggtgatcctaccattgtgaaggaaaagaatggagtgtggcgc 483  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| | | |||||||||| |||||||| | ||||||   |  | ||||||  ||||||     
T  10336346 aagagatcacaattgtaatgatgaagctattagagaagaactcagggcaatgcatcctgatgatcctaacgttgtgataaatgataatggatcgtggcgt 10336445  T
Q  484 gttaaaggcatcatttcggta---ttttgtttttctttt-acaaatttagattgagttgtagtttgatttgatattggtttatgaccgttataatgtttt 579  Q
    ||||||||| ||||| |||||   ||||||||||||||| |  ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||          ||| |||||||||    
T  10336446 gttaaaggcttcattacggtaattttttgtttttcttttaatcaatttagatagagttattgtttgatttgatattg----------gttgtaatgtttt 10336535  T
Q  580 cttgtatattta-ttaggttagtagaagtattggtgatacatatctgaaaaggcttgaatttacgctatgcgaatcgtttcgcaaattcaaaaaagttcc 678  Q
    |||||||||| | |||||||||||||  |||||||||| |||||||||| |||  |||||||||  |  ||||||| || | ||||||  ||| ||||||    
T  10336536 cttgtatattgatttaggttagtagagctattggtgatgcatatctgaagaggtctgaatttactttgcgcgaatcattccccaaattggaaatagttcc 10336635  T
Q  679 tgaaccatttactagaggtgtggtatcagcagaaccagagatgcgtactagagttttaacatatagtgacgagtttcttatatttgcttctgatggactt 778  Q
     ||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||  ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10336636 ggaaccctttacaagaggtgtgctatcagcagaaccagagatgcatactagagttttaacagataatgatcagtttattatatttgcttctgatggactt 10336735  T
Q  779 tgggatttcttgtc-aatgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaatccaagaaatgtaagtatatatc 847  Q
    |||||||||||||| ||| || |||| | ||||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||    
T  10336736 tgggatttcttgtcaaataaaaaagctgctgaaattgttcgaaagaatcctagaaatgtatgtatatatc 10336805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 115 - 359
Target Start/End: Original strand, 10337922 - 10338170
Alignment:
Q  115 atgttatgtggttacattatagggcttactaatgagaatgagaataaaataaccgaagctaccctgagggatgctgtttctgctactgaagcgagttttt 214  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | |||| || ||| ||||| | ||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| | ||| ||    
T  10337922 atgttatgtggttccattatagggcatgctaaagataattagaatgatataactgaagctaccctgaggaatgcagtttttgctactgaagagggttgtt 10338021  T
Q  215 tggattctgtaaaaaggaattatatgataaatcgaaat-----cttggaaaagttggttcatgctgtcttgctggaatcatatggaaagggacgctacat 309  Q
    |||||| |||||||| |||||||||   | | | || |     |||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10338022 tggattttgtaaaaacgaattatattgcagagccaattatattcttggatat-ttggttcatgctgtcttgctggaattatatggaaagggacgctacat 10338120  T
Q  310 gttgcaaatcttggagattcgcgtgctgtaattggtactatggttaataa 359  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||    
T  10338121 attgcgaatcttggagattcgcgtgctgtaatttgtattaaggttaataa 10338170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 547 - 659
Target Start/End: Original strand, 10338324 - 10338436
Alignment:
Q  547 tttgatattggtttatgaccgttataatgttttcttgtatatttattaggttagtagaagtattggtgatacatatctgaaaaggcttgaatttacgcta 646  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| || ||||||||||||     
T  10338324 tttgatattggtttatgactgttatcatgttttcttgtatatttattaggttagtagaactattggtgatgcatatttgaaaatgcctgaatttacgctg 10338423  T
Q  647 tgcgaatcgtttc 659  Q
      |||||||||||    
T  10338424 cacgaatcgtttc 10338436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 750 - 847
Target Start/End: Original strand, 10338459 - 10338557
Alignment:
Q  750 agtttcttatatttgcttctgatggactttgggatttcttgtcaa-tgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaatccaagaaatgtaagtatatatc 847  Q
    |||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  10338459 agtttcatatatttgcctctgttggactttgggagttcttgtcaaatgagctagcagttgaaattgttcaaaagaatccaagaaatgtatgtatatatc 10338557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 84 - 155
Target Start/End: Original strand, 10318802 - 10318873
Alignment:
Q  84 ttggattgagaattaatggaattttgcttttatgttatgtggttacattatagggcttactaatgagaatga 155  Q
    |||| ||||||||||| || |||||  |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| |||||    
T  10318802 ttggtttgagaattaacggtatttttattttatgttatgtgtttacattatagggtttgctaatgataatga 10318873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University