View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2467R-Insertion-2 (Length: 768)

Name: NF2467R-Insertion-2
Description: NF2467R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2467R-Insertion-2
NF2467R-Insertion-2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (9-766)||(39549865-39550640)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 582; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 582; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 39550640 - 39549865
Alignment:
Q  9 tgcccaaccttgatagtggacttcttgtaactaacattaaaagcctgtaaaaggttctaaacctgaatttgactacggtccatgtaaacttggaagacat 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39550640 tgcccaaccttgatagtggacttcttgtaactaacattaaaagcctgtaaaaggttctaaacctgaatttgactacggtccatgtaaacttggaagacat 39550541  T
Q  109 tgcttgctatgatctttgatggttgttcaaaattgctcacttggttgnnnnnnnttggtc---ataagttacgacttgattgaattttactcgagagtta 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39550540 tgcttgctatgatctttgatggttgttcaaaattgctcacttggttgaaaaaagttggtcataataagttacgacttgattgaattttactcgagagtta 39550441  T
Q  206 tgatccgatcaggaggaagggtgaaatgttcattcaacaattttcctgatcttttgtctcaaccctattgttagtttgtgatgctagtcttgttttacat 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39550440 tgatccgatcaggaggaagggtgaaatgtccattcaacaactttcctgatcttttgtctcaaccctattgttagtttgttatgctagtcttgttttacat 39550341  T
Q  306 ccgaggggtgtgttgtttggctgtgtttttggccagttttcaccttcaaccaaatttgttttcactttcacctttagctaaaattcattccatcaagagt 405  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39550340 ccgagtgatgtgttgtttggctgtgtttttggccagttttcaccttcaaccaaatttgttttcactttcacctttagctaaaattcattccatcaagagt 39550241  T
Q  406 ctgtttaataacaccaaactacttagtttattaaagataattttatattgcttgtgta----tatttctaaaactctatttatattatcaacttaacaaa 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39550240 ctgtttaataacaccaaactacttagtttattaaagataattttatattgcttgtgtatatttatttctaaaactctatttatattatcaacttaacaaa 39550141  T
Q  502 caaaccaaatttgtactataatgccacctctttcgagcataatttgtttgtgccggcaagaaaatcacttatatatactagtacccnnnnnnnnnnnnnn 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||                  
T  39550140 caaaccaaatttgtactataatgccacatctttcgagcataatttgtttgtgccagcaagaaaatcacttatatatactagtaccc-aaaacaaaaacaa 39550042  T
Q  602 nnnnncacttataaatcagaaatggcatattgatcaagaaagataacgagtatattatcggaatatcttc------------ccatagatattatttcca 689  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||            |||| |||||||||||||    
T  39550041 aaaatcacttataaatcagaaatggcatattgatcaagaaagataacaagtatattatcggaatatcttctcatagaaaatgccatggatattatttcca 39549942  T
Q  690 agatcatatataattcgtacgtatcaacaatgtacaacttatattcttttcaaaattgatccaactcttgttaatta 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39549941 agatcatatataattcgtacgtatcaacaatgtacaacttatattcttttcaaaattgatccaactcgtgttaatta 39549865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University