View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2467_low_1 (Length: 390)

Name: NF2467_low_1
Description: NF2467
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2467_low_1
NF2467_low_1
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (13-376)||(20812076-20812439)
chr5 (13-376)||(20838431-20838794)
chr5 (13-370)||(15802716-15803073)
chr5 (13-376)||(30417619-30417982)
chr5 (13-361)||(12599091-12599439)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (21-376)||(3398567-3398922)
chr8 (15-364)||(31175658-31176007)
chr8 (19-370)||(3363974-3364325)
chr8 (19-370)||(3391581-3391932)
chr8 (13-371)||(3314662-3315020)
chr8 (13-370)||(3407362-3407719)
chr8 (13-377)||(3262666-3263029)
chr8 (13-361)||(3286554-3286902)
chr8 (20-364)||(3267244-3267588)
chr8 (21-371)||(7164699-7165050)
chr8 (24-371)||(13808509-13808856)
chr8 (122-361)||(3374892-3375131)
chr8 (19-358)||(3325045-3325384)
chr8 (236-369)||(13787252-13787385)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (14-370)||(6905846-6906202)
chr3 (19-331)||(32411128-32411437)
[»] scaffold0468 (1 HSPs)
scaffold0468 (13-376)||(6185-6548)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (21-371)||(14766994-14767344)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (19-364)||(8371704-8372049)
chr7 (150-196)||(36213885-36213931)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-106)||(4320538-4320631)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (162-198)||(5447564-5447600)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 20812439 - 20812076
Alignment:
Q  13 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 112  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20812439 catcacgtgataatccttcgtatccacatagtgatatatatgcaatgctttttgatcttgctattgaatagggcacttgtttgataccagtatttgctgc 20812340  T
Q  113 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20812339 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaacttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattta 20812240  T
Q  213 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagc 312  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20812239 tagatctctcttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgatattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagc 20812140  T
Q  313 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggtgatttt 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20812139 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggtgatttt 20812076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 20838794 - 20838431
Alignment:
Q  13 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 112  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20838794 catcatgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatccaatgctttttgatcttgctattgaatagggcacttgtttgataccagtatttgctgc 20838695  T
Q  113 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20838694 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 20838595  T
Q  213 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagc 312  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20838594 tagatctctcttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgatattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagc 20838495  T
Q  313 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggtgatttt 376  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20838494 tcggacattccatcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggtgatttt 20838431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 15803073 - 15802716
Alignment:
Q  13 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 112  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||  | || ||| | ||||||| |||||  | ||||||||||||    
T  15803073 catcatgtgataatcctttatatccacatagagatatatatccaatgctttttgatctgacgatcgaaaaaggcacttgtttgactctagtatttgctgc 15802974  T
Q  113 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 212  Q
     ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | | ||||||||    
T  15802973 cattagagttttcaaggattccatttgcaatatatcttcgtctaatttgtcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagttttcactgttctcaattga 15802874  T
Q  213 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagc 312  Q
    ||||||||| |||||||||||  ||||||  |||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||| || ||||||||| |||||||||| | ||  |    
T  15802873 tagatctctcttgggagattgctaagactcgtacagtccttcaaatttatcagaagaagattgttgagatctccaatggacgggtgtacctccaacagac 15802774  T
Q  313 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggt 370  Q
    |  |||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  15802773 tttgacaatccttcataattagcttttctaggtttggtaattttgaaaagtcgggggt 15802716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 30417982 - 30417619
Alignment:
Q  13 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 112  Q
    |||||||||  ||||||||| ||||||| || ||||||||  |||||||| | || ||  |||| ||| | ||  ||| ||  ||||||||  |||||||    
T  30417982 catcacgtgcaaatccttcaaatccacacagggatatataaacaatgcttttcgaactaactatggaaaaaggtgctttttctataccagttcttgctgc 30417883  T
Q  113 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 212  Q
     ||||||| | ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    ||| ||||||||||||  ||| || |||||| |||| || |||||||||    
T  30417882 cattagagttttcaaggatttcatttgcactacatcttcttccaattcagtaatgtttgaacaaccatcaagtatgagagttgtcacagacatcaattga 30417783  T
Q  213 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagc 312  Q
     | |||||| |||| |||||| |||||||| |||| ||| | |||||||||||||  ||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||   ||| |    
T  30417782 gatatctctcttggtagattgccaagacttgtacaatccttaaaatttatcagaagaagattattgagatctccaatggacgggtgtacctcggacaaac 30417683  T
Q  313 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggtgatttt 376  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||  |||||| ||||    
T  30417682 ttggacaatccttcataatgagcttttctagactcggtaataatgaaaagttaggggtgttttt 30417619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 13 - 361
Target Start/End: Original strand, 12599091 - 12599439
Alignment:
Q  13 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||||| |   ||||  |||||||| ||  |||||||| |||   ||||||   ||    
T  12599091 catcacgtgataatccttcatatccacacaaggatatatatccaatgcttttcagtcttagtattgaatgggaaacttcttttatagatgtatttttggc 12599190  T
Q  113 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 212  Q
    ||| || | ||||||||||||||| || | ||| ||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | | ||||||||    
T  12599191 aatcagtgttgtcaaggattccatctgtactatgtcttcttccaacttgctaatctttgaacaaccagaaagtataagagttttcaaagttttcaattga 12599290  T
Q  213 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagc 312  Q
    ||||||||   ||||||||||| ||||||| |||||||| | ||||| | |||||  |||||| | || || ||||||||||||| |||||||  ||| |    
T  12599291 tagatctcccgtgggagattggtaagacttgtacagtccttgaaattcaacagaagtagattcctaagatctccaatggactggtatacctcatacaaac 12599390  T
Q  313 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaa 361  Q
      ||||| | ||| ||| | || |||||||||||||| |||||||||||    
T  12599391 atggacaattcttgatagtaagtttttctagattcggcaattttgaaaa 12599439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 21 - 376
Target Start/End: Original strand, 3398567 - 3398922
Alignment:
Q  21 gataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattagag 120  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  | || ||| | || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3398567 gataatcctttatatccacatagagatatatatgcaatgctttttgatctaacaatcgaaaaaggaacttgtttgacaccagtatttgctgcaattagag 3398666  T
Q  121 ctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatctc 220  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  3398667 ttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttccaatttgtcaatctttgaacaaccagaaataatgagagttttcactgatttcaattgatagatctc 3398766  T
Q  221 ttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagctcggacag 320  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  3398767 tcttgggagattggcaagacttgtacagtccctcaaatttatcagaacgagactcttgaggtccccaatggactggtgtacctcagacaagctcggacag 3398866  T
Q  321 tccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggtgatttt 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3398867 tccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggtgatttt 3398922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 15 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 31176007 - 31175658
Alignment:
Q  15 tcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaa 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31176007 tcacatgataatccttcatatccacatagagatatatatgcaatgctttttgatcttgctattgaatagggcacttgtttgataccagtatttgctgcaa 31175908  T
Q  115 ttagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgata 214  Q
    ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||| || |||    
T  31175907 ttaaagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttccaatttgtcaatcattgaacaaccagaaagaatgagacttttcactgatctcactttata 31175808  T
Q  215 gatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagctc 314  Q
    || |||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||| ||  ||||||||||| || |||||||||  ||| |||||   ||| ||     
T  31175807 gacctcttttgggagattgccaagacttgtacagtccttaaaatttatcaaaagaagattcttgagatctccaatggacgtgtgcacctcggacaaactt 31175708  T
Q  315 ggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 364  Q
     |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  31175707 tgacaatccttcataattagcttttctagatttggtaattttgcaaagtc 31175658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 3364325 - 3363974
Alignment:
Q  19 gtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattag 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||  |||| ||| | ||   || |||||  |||||||||||||| |||||    
T  3364325 gtgataatccttcatatccacatagagatatatatccaatgctttttgatctcactatcgaaaatggtggttgtttgactccagtatttgctgccattag 3364226  T
Q  119 agctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatc 218  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||   | ||||||||||||||    
T  3364225 agttgtcaaggattccatttgcactatatcttcttccaatttgtcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagtttccactcttctcaattgatagatc 3364126  T
Q  219 tcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagctcggac 318  Q
    ||| ||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||| || ||  ||||||||||| || ||||||||| |||||||||| | ||| ||  |||    
T  3364125 tctcttgggagattgccaagactcgtacagtccttcaaatttaacataagaagattcttgagatctccaatggacgggtgtacctccagcaaactttgac 3364026  T
Q  319 agtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggt 370  Q
    | ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  3364025 aatccttcataattagcttttctaggtttggtaattttgaaaagtcaggggt 3363974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 370
Target Start/End: Original strand, 3391581 - 3391932
Alignment:
Q  19 gtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattag 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||  |||| ||| | ||   || |||||  |||||||||||||| |||||    
T  3391581 gtgataatccttcatatccacatagagatatatatccaatgctttttgatctcactatcgaaaatggtggttgtttgactccagtatttgctgccattag 3391680  T
Q  119 agctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatc 218  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| | | ||||||||||||||    
T  3391681 agttgtcaaggattccatttgcactatatcttcttccaatttgtcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagtttccactgttctcaattgatagatc 3391780  T
Q  219 tcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagctcggac 318  Q
    ||| |||||||||||  ||||||  |||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||| || ||||||||| |||||||||| | ||  ||  |||    
T  3391781 tctcttgggagattgctaagactcgtacagtccttcaaatttaacagaagaagattcttgagatctccaatggacgggtgtacctccaacagactttgac 3391880  T
Q  319 agtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggt 370  Q
    | ||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||    
T  3391881 aatccttcataattagcttttctaggtttggtaactttgaaaagtcaggggt 3391932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 13 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 3315020 - 3314662
Alignment:
Q  13 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 112  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| || ||||| |  | || ||| | || |||| ||||| |||||| ||||||||    
T  3315020 catcacgtgataaaccttcatattcacatagggatatatatccaatgttttttgatttaacaatcgaaaaaggaacttgtttgacaccagtttttgctgc 3314921  T
Q  113 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 212  Q
    |||||| | |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  3314920 aattagggttgtcaatgatttcatttgcactatatcttcttccaatttttcaatctttgaacaaccagaaagaatgaaagttttcaccgatgtcaattga 3314821  T
Q  213 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagc 312  Q
    ||||||||| ||||||||||   ||||||| |||||||| | ||||||||||| |  || |||||||| || |||||||||  |||||| |||| ||| |    
T  3314820 tagatctctcttgggagatttctaagacttgtacagtccttgaaatttatcaggagaagcttcttgagatctccaatggacgagtgtacttcaaacaaac 3314721  T
Q  313 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggtg 371  Q
    |  |||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  3314720 tttgacaatctttcataatgagattttctaggttcggtaattttgaaaagtcaggggtg 3314662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 370
Target Start/End: Original strand, 3407362 - 3407719
Alignment:
Q  13 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 112  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  |  ||| |  |||||||  | || ||| | ||||||| ||||| ||||| |||| ||||    
T  3407362 catcacgtgataatccttgatatccacatagagatatatgggtgatgttctttgatctaacaatcgaaaaaggcacttgtttgacaccagcattttctgc 3407461  T
Q  113 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 212  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||| ||    
T  3407462 aattagagttgtcaaggatttcatttgcactatatcttcttccaatttgacaatctttgaacaaccagaaaggatgagagttttcactgatctcaatcga 3407561  T
Q  213 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagc 312  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||||||||  ||| ||| |||||||||| ||||  ||||||||||| || ||||||||| ||||||  ||    || |    
T  3407562 tagatctctcttgggagattaacaagacttgcacaatccttcaaatttatgagaagaagattcttgagatctccaatggacgggtgtatgtcggataaac 3407661  T
Q  313 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggt 370  Q
    |  |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3407662 tttgacaatccttcataatgagtttttctagattcggtaattttgaaaagtcaggggt 3407719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 377
Target Start/End: Original strand, 3262666 - 3263029
Alignment:
Q  13 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 112  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| | ||| ||||    |||    
T  3262666 catcacgtgaaaatcct-catatccacatagggatatatatccaatgctttttgatcttactattgaatagggcacctctttcacacctgtatcctttgc 3262764  T
Q  113 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 212  Q
    ||| || | ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||  ||| |||||||     
T  3262765 aatcagtgttgtcaaggattccatctgcactatgtcttcttccaatttgtcaatctttgagcaaccagaaagtatgagagttttcaaagatttcaattgg 3262864  T
Q  213 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagc 312  Q
    || || |  |||||||||||   ||||||| |||||||| |||||||||||| |   |||   ||||| || ||||||||||||||||||| |  |||||    
T  3262865 tatatattctttgggagattttgaagacttctacagtccttcaaatttatcatatgaagacgattgagatctccaatggactggtgtaccttagacaagc 3262964  T
Q  313 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggtgattttt 377  Q
      ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  3262965 atggacaattcttcatgatgagcttttctagattcggtgattttgaaaagtctggagtggttttt 3263029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 361
Target Start/End: Original strand, 3286554 - 3286902
Alignment:
Q  13 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 112  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||| | | | |||||   |||    
T  3286554 catcatgtgataatccttcatatccacatagggatatatatctgatgctttttgatcttacaattgaaaagggcacttctttaacagctgtattatttgc 3286653  T
Q  113 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 212  Q
    ||| || | ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||  ||| ||| ||||    
T  3286654 aatcagtgttgtcaaggattccatctgcactatgtcttcttccaacttgtcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagtgttcaaagatttcagttga 3286753  T
Q  213 tagat-ctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaag 311  Q
    ||||| |||||| |||||||||  ||||| | |||||||| ||||||||| || ||  || || ||||| || ||||||||  |||||||||||  |||     
T  3286754 tagatactcttt-gggagattgctaagacctatacagtccttcaaatttaacataagaagtttattgagatctccaatggatgggtgtacctcagacaaa 3286852  T
Q  312 ctcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaa 361  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  3286853 cttggacaatccttcataatgagcttttcaagatttggtaattttgaaaa 3286902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 20 - 364
Target Start/End: Original strand, 3267244 - 3267588
Alignment:
Q  20 tgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattaga 119  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| |  ||||| | | |||||| ||||| ||||| | ||| |||| |  |   |  ||     
T  3267244 tgataatccttcatatccacatagagatatatatccgatgcttttcaatcttaccactgaatacggcacctctttcacacctgtatcttttatgaccagt 3267343  T
Q  120 gctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatct 219  Q
    | ||| ||||||||||| |||| |||  ||||||| || || ||||||||||||||||||||||  || |||||| |||  ||  |||||||||  ||||    
T  3267344 gttgttaaggattccatctgcactatgccttcttctaacttgtcaatctttgaacaaccagaaatgatgagagttgtcaaagacttcaattgatttatct 3267443  T
Q  220 cttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagctcggaca 319  Q
      ||||||||||||  ||||||| |||| ||  |||||||||||||||  |||||| | ||  ||||||| |||||||||||||||  |||||| |||||    
T  3267444 tctttgggagattgctaagacttgtacaatctttcaaatttatcagaagaagattcctcagacccccaattgactggtgtacctcagacaagcttggaca 3267543  T
Q  320 gtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 364  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3267544 gtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 3267588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 21 - 371
Target Start/End: Original strand, 7164699 - 7165050
Alignment:
Q  21 gataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattagag 120  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||||  ||| |||||||| |||||||| ||| | || ||||||||||||| | | | ||||    ||| || || |    
T  7164699 gataacccttcatatctacatagggataagtatccaatgctttttgatcttactaataaacagggcacttcttttacagctgtatcatttgcgatcagtg 7164798  T
Q  121 ctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaa-ttgatagatct 219  Q
     ||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |   |||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||| |||| ||||||||| |    
T  7164799 ttgtcaaggatttcatctgcattatgtcttcttccaactaggcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagttttcaatgatttcaacttgatagatat 7164898  T
Q  220 cttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagctcggaca 319  Q
       |||||||||||  ||||||| |||||||| |||||||||| || |  | ||||||||| || ||||||||||| || |||||   ||| || |||||    
T  7164899 tccttgggagattgctaagacttgtacagtccttcaaatttattagtagaacattcttgagatctccaatggactgatgcacctcggacaaacttggaca 7164998  T
Q  320 gtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggtg 371  Q
     || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  7164999 atctttcataataagcttttctagatttggtaattttgaaaagtcaggggtg 7165050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 24 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 13808856 - 13808509
Alignment:
Q  24 aatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattagagctg 123  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| | |  ||| |  |||||| || ||||  ||||| | ||| |||| |  ||| || || | ||    
T  13808856 aatccttcacatccacatagggatatatatgcgatgcctttcaatcctagtattgagtatggcatctcttttacacctgtatcttttgcgatcagtgttg 13808757  T
Q  124 tcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatctcttt 223  Q
    ||||||||||||| || | ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||| |||| ||||| ||| | |     
T  13808756 tcaaggattccatctggactatgtcttcttccaacttgtcaatctttgaacaaccagaaaagattagagttttcaatgatttcaactgatatatcacctc 13808657  T
Q  224 tgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagctcggacagtcc 323  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||| | ||| |  | ||||||||| |||||||| || ||||||| ||    |||| | ||||||| |    
T  13808656 tgggagactggcaagacttgtacagtccttcagattgagcagtagaatattcttgagatccccaatcgagtggtgtaacttggacaagtttggacagttc 13808557  T
Q  324 ttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggtg 371  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13808556 ttcataatgagcttttctagatttggtaattttgaaaagtctggggtg 13808509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 122 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 3375131 - 3374892
Alignment:
Q  122 tgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatctct 221  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    | |||| ||||||||| |     
T  3375131 tgtcaaggattccatctgcattatgtcttcttccaacttgttaatctttgaacaaccagaaagtataagagttttcaaaagtttcaaatgatagatcacc 3375032  T
Q  222 tttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagctcggacagt 321  Q
     |||||||||||| ||||||| |||||||  | ||||| | |||||  |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||  ||| |  ||| | |    
T  3375031 cttgggagattggtaagacttgtacagtctttgaaattcaacagaagtagattcctaaggtctccaatggactggtgtacctcatacaaacatggataat 3374932  T
Q  322 ccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaa 361  Q
     ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  3374931 tcttcataataagtttttctagattcggtaattttgaaaa 3374892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 358
Target Start/End: Original strand, 3325045 - 3325384
Alignment:
Q  19 gtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattag 118  Q
    |||||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| || |||||  ||||||||| || |||| ||| | |   |||| |   ||||| ||    
T  3325045 gtgatagtccttcatatccacagagggatatatatccaatgctttttaatcttagtattgaataaggaacttgttttacagatgtatctttagcaatcag 3325144  T
Q  119 agctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatc 218  Q
     | ||||||||||||||| |||   | | |||||||||| || |||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||  ||| ||||||||||||||    
T  3325145 cgttgtcaaggattccatctgcccgaaaccttcttccaacttgtcaatctttgaacaaccagataatataagagtttccaaagatttcaattgatagatc 3325244  T
Q  219 tcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagctcggac 318  Q
    ||   |||||||||   |||||||  ||||||| ||||||| | || ||  || |||||||| || |||||||||||||  ||||| | |||  | | ||    
T  3325245 tcccctgggagatttctaagacttgcacagtccttcaaattcaacaaaagaaggttcttgagatctccaatggactggtccacctcgaacaaattggaac 3325344  T
Q  319 agtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttga 358  Q
    | | |||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  3325345 aattcttcattataagcttttctagattcggtaattttga 3325384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 236 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 13787385 - 13787252
Alignment:
Q  236 aagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagctcggacagtccttcataatgagc 335  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||||||||   | ||| ||||| || ||||||||  |||||| ||||  ||| |  ||||| || ||||| ||||||    
T  13787385 aagacttatacagttcttcaaatttatcagatgaatattattgagatctccaatggaagggtgtatctcagacaaacatggacaatcgttcatgatgagc 13787286  T
Q  336 ttttctagattcggtaattttgaaaagtctgggg 369  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13787285 ttttcaagattgggtaattttgaaaagtctgggg 13787252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 14 - 370
Target Start/End: Original strand, 6905846 - 6906202
Alignment:
Q  14 atcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgca 113  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||| |||||||  | || ||| ||||  ||| |||||  |||||||||||||||    
T  6905846 atcacgtgataatccttcatatccgcatagggatatatacacaatgctttttgatctaacaatggaaaagggtgcttgtttgacgccagtatttgctgca 6905945  T
Q  114 attagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgat 213  Q
    | ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||  ||||    
T  6905946 actagagttgtcaaggatttcatttgcactatatcttcctccaatttgtcaatctttgaacaaccaaaaagaatgagagttttcacagatatcagctgat 6906045  T
Q  214 agatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagct 313  Q
    |||||||  |||| |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||  || ||||||||  | ||||||||| |||||| |||   ||| ||    
T  6906046 agatctcccttggtagattgccaagacttgtacagtccttcaaatttatcagaagaagcttcttgagaactccaatggacgggtgtatctcggacaaact 6906145  T
Q  314 cggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggt 370  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6906146 tggacaatccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtcaggggt 6906202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 32411128 - 32411437
Alignment:
Q  19 gtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattag 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||| |||||||| ||||||| ||||| | ||| |||| |  |||||| ||    
T  32411128 gtgataatccttcatatccacatagagatatatatgcgatgcttttcgatcttactattgaacagggcacctcttttacacctgtatcttttgcaatcag 32411227  T
Q  119 agctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatc 218  Q
     | |||||| ||||||||||||| |||   ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||| |||||||||| |||    
T  32411228 tgttgtcaacgattccatttgcactat---ttcttccaagttttcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagttttcaaagatttcaattgatatatc 32411324  T
Q  219 tcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagctcggac 318  Q
    |  ||||||||| ||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||| | ||||| |  ||||||||||||||||  |||  |||| | ||||    
T  32411325 ttctttgggagactgttaagacttgtacagtccttcaaatttatcagaagaagactattgagatttccaatggactggtgtatatcagacaagtttggac 32411424  T
Q  319 agtccttcataat 331  Q
    | |||||||||||    
T  32411425 aatccttcataat 32411437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0468 (Bit Score: 156; Significance: 9e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold0468
Description:

Target: scaffold0468; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 376
Target Start/End: Original strand, 6185 - 6548
Alignment:
Q  13 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||| |||||||   ||| ||| ||||  ||| |||||| ||||||||||||||    
T  6185 catcacgtgataatccttcatatccgcatagggatatatacacaatgctttttgatctaaatatggaaaagggtgcttgtttgatgccagtatttgctgc 6284  T
Q  113 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 212  Q
    || || ||  ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||    
T  6285 aactaaagtcgtcaaagatttcatttgcactatatcttcttccaatttgtcgatctttgaacaaccaaaaaggataagagttttcacagatatcagctga 6384  T
Q  213 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagc 312  Q
    ||||||||  |||| |||||| |||||||| |||| ||| ||||||| |||||||  | |||||||||  | || |||||| ||||||||||   ||| |    
T  6385 tagatctcccttggtagattgccaagacttgtacaatccttcaaattaatcagaagaatattcttgagcactcctatggacgggtgtacctcggacaaac 6484  T
Q  313 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggtgatttt 376  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  6485 ttggacaatccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtcaggggtgctttt 6548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 21 - 371
Target Start/End: Original strand, 14766994 - 14767344
Alignment:
Q  21 gataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattagag 120  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| || |||||  ||||||||| || |||||||| |||   ||||||| |||||| || |    
T  14766994 gataatccttcataaccacatagggatatatatccaatgctttttaatcttagtattgaatatggaacttcttttatagatgtatttgttgcaatcagtg 14767093  T
Q  121 ctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatctc 220  Q
     ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  14767094 atgtcaaggattccatttgcacaatatcttcttccaatttgtcaatctttgaacagccggaaaggatgagagttttcaaagatttcaattgatagatctc 14767193  T
Q  221 ttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagctcggacag 320  Q
    | ||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||| ||||  | ||||||||| || ||||||||||| ||||| |     || ||  ||||     
T  14767194 tcttgggagattttcaagacttgtacagtccttcaaatttatgagaagaacattcttgagatctccaatggactgatgtacgttggataaactttgacaa 14767293  T
Q  321 tccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctggggtg 371  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  14767294 tccttcataatgagcttttctagatttggtaattttgaaaagtcaggggtg 14767344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 364
Target Start/End: Original strand, 8371704 - 8372049
Alignment:
Q  19 gtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattag 118  Q
    |||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||| ||| || |||||  |||||||||||| |||||||| |||   |||   | ||  || ||    
T  8371704 gtgataatccttcataaccacatatggatatatatacaatacttcttaatcttagtattgaatagggaacttcttttatagatgtaccagttgttatcag 8371803  T
Q  119 agctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatc 218  Q
     | ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| || | ||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8371804 tgatgtcaaggactccatctgcactatatcttcttccaatttgtcaatcgttgaacagcccgtaaggatgagagttttcaccgatttcaattgatagatc 8371903  T
Q  219 tcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagctcggac 318  Q
    ||| ||||||||||  ||||| || |||||||| | |||||||| ||||  ||||||||||| || ||||||||| ||||||| |    ||  ||  |||    
T  8371904 tctcttgggagattttcaagaattatacagtcctttaaatttatgagaagaagattcttgagatctccaatggacgggtgtacgttggacagactttgac 8372003  T
Q  319 agtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 364  Q
    | ||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  8372004 aatccttcataactagcttttccagatttggtaattttgaaaagtc 8372049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 150 - 196
Target Start/End: Original strand, 36213885 - 36213931
Alignment:
Q  150 tcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagtttt 196  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  36213885 tcttccaatttgtcaatctttgaacatccagaaagaatgagagtttt 36213931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 13 - 106
Target Start/End: Original strand, 4320538 - 4320631
Alignment:
Q  13 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatt 106  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || || ||| || |||||||| |||| ||| ||| |||| |||| |||| | | |||||||||||    
T  4320538 catcacgtgagaatccttcatatccacacagagaaataaatccaatgctttttgaccttactaatgaaaagggaacttttgttataccagtatt 4320631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 162 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 5447600 - 5447564
Alignment:
Q  162 tcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttca 198  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  5447600 tcaatctttaaacaaccagaaagaatgagagttttca 5447564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University