View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2472-Insertion-1 (Length: 967)

Name: NF2472-Insertion-1
Description: NF2472
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2472-Insertion-1
NF2472-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-902)||(48949331-48950241)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 819; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 819; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 902
Target Start/End: Original strand, 48949331 - 48950241
Alignment:
Q  8 ctttttcctagccaaagaccattttccaggacataaatttaatctgtcaaagacttctgataccgtagccaccatacctaaacaatatagtcttattcat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48949331 ctttttcctagccaaagaccattttccaggacataaatttaatctgtcaaagacttctgataccgtagccaccatacctaaacaatatagtcttattcat 48949430  T
Q  108 tgcatcccaaacagaccaaaacatagcatgcaaatttacgacctcaacgctttccccttaccccttgagatgcaaaaatgaaaataatttggtccaaccc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48949431 tgcatcccaaacagaccaaaacatagcatgcaaatttacgactccaacgctttccccttaccccttgagatgcaaaaatgaaaataatttggtccaaccc 48949530  T
Q  208 ctaggcactacactgacttcccaagtcacatgccaaactgagaaggaaattacatgcttattgagtataattaaacttgtttccactgtcatcaaactaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  48949531 ctaggcactacactgacttcccaagccacatgccaaactgagaaggaaattacatgcttattgagtataattaaacttgtttccactgttatcaaactaa 48949630  T
Q  308 aacaacattacatgtttgatgagcaataacctgtaaaaacaaatgaaacttattcgtaaacaaaatgtttttctttgaaaatttaatgaaagggatgtac 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48949631 aacaacattacatgtttgatgagcaataacctgtaaaaacaaatgaaacttattcgtaaacaaaatgtttttctttgaaaatttaatgaaagggatgtac 48949730  T
Q  408 tatattaaggaaaacttctcctaagtaaatatccatggcatgatggcatgatgtttttcattaaatgcttgaataattaattgaaagacaaacaataaat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48949731 tatattaaggaaaacttctcctaagtaaatatccatggcatgatggcatgatgtttttcattaaatgcttgaataattaattgaaagacaaacaataaat 48949830  T
Q  508 acgaagggaaatccacagatcttaccttcgcagacaatttatatgcatatgtaggaattgcaaaaattatgaattaagatttccattcctgaatcat--- 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       
T  48949831 acgaagggaaatccacagatcttaccttcgcagacaatttatatgcatatataggaattgcaaaaattatgaa-taagatttccattcctgaatcatttt 48949929  T
Q  605 ----gcctgctatacaaactaataggacgttcatttcactgtttccaaacaaagcttattatcattttttgggcgtaattagcttatttatcatatgcat 700  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48949930 gacagcctgctatacaaactaataggacgttcatttcactgtttccaaacaaagcttattatcattttttgggcgtaattagcttatttatcatatgcat 48950029  T
Q  701 gtttttctgtataaaacagcatttcattgttgatggttc----------accataattgaatttcatgtaagaaaacttataaataaagtagtaatctaa 790  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48950030 gtttttctgtataaaacagcatttcattgttgatggttcaaatcaatttaccataattgaatttcatgtaagaaaacttataaataaagtagtaatctaa 48950129  T
Q  791 aactatagctctcttatacgtcttgtgcatgtagaagcgagtatcaatataatttagccgtttcaaaaaataaatataaaactaaaggaatattcaacaa 890  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48950130 aactatagctctcttatatgtcttgtgcatgtagaagcgagtatcaatataatttagccgtttcaaaaaataaatataaaactaaaggaatattcaacaa 48950229  T
Q  891 atactaaaacca 902  Q
    ||||||||||||    
T  48950230 atactaaaacca 48950241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University