View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2480_low_1 (Length: 653)

Name: NF2480_low_1
Description: NF2480
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2480_low_1
NF2480_low_1
[»] chr3 (41 HSPs)
chr3 (12-636)||(9980144-9980765)
chr3 (12-636)||(10263379-10264000)
chr3 (12-636)||(10034681-10035302)
chr3 (60-636)||(10520163-10520736)
chr3 (60-636)||(9841536-9842109)
chr3 (118-636)||(10430914-10431432)
chr3 (12-636)||(10129600-10130214)
chr3 (103-636)||(10360658-10361192)
chr3 (261-636)||(10583191-10583566)
chr3 (60-359)||(9852832-9853128)
chr3 (117-636)||(11778855-11779373)
chr3 (307-636)||(9852417-9852746)
chr3 (117-636)||(11771912-11772430)
chr3 (68-352)||(10583544-10583829)
chr3 (107-352)||(10666497-10666742)
chr3 (319-636)||(10372916-10373233)
chr3 (462-636)||(10666144-10666318)
chr3 (103-299)||(10372768-10372965)
chr3 (312-518)||(10503378-10503584)
chr3 (105-516)||(10531579-10531989)
chr3 (135-523)||(10085967-10086354)
chr3 (135-523)||(10192887-10193274)
chr3 (107-516)||(10680377-10680785)
chr3 (318-636)||(10091475-10091784)
chr3 (318-636)||(10198357-10198666)
chr3 (107-359)||(10091950-10092202)
chr3 (107-359)||(10198832-10199084)
chr3 (107-299)||(10503666-10503857)
chr3 (12-80)||(10430718-10430786)
chr3 (274-369)||(10091871-10091966)
chr3 (274-369)||(10198753-10198848)
chr3 (555-634)||(10531341-10531420)
chr3 (135-223)||(11242462-11242551)
chr3 (601-636)||(10680137-10680172)
chr3 (381-438)||(13852579-13852636)
chr3 (599-636)||(13852815-13852852)
chr3 (390-433)||(10666347-10666390)
chr3 (391-438)||(13163859-13163906)
chr3 (153-199)||(8585532-8585578)
chr3 (321-359)||(10091812-10091850)
chr3 (321-359)||(10198694-10198732)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (12-636)||(54372-54993)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (153-635)||(26909567-26910049)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (135-522)||(17849813-17850200)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (135-439)||(44954550-44954854)
chr8 (462-635)||(11487708-11487881)
chr8 (248-299)||(11488114-11488165)
chr8 (153-190)||(11488217-11488254)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (391-438)||(143082-143129)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 41)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 9980765 - 9980144
Alignment:
Q  12 gtagcataggacccatgagatgatatgaaaatattaagaggtgtgtcgtacagatgattgattattggcagttttctggtaggaactgtggaacatacct 111  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9980765 gtagcagaggacccatgagatgatatgaaaatattaagaggtgtgtcgtacagatgattgattattggc---tttctggtaggaactgtggaacatacct 9980669  T
Q  112 gaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9980668 gaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttattgatatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacc 9980569  T
Q  212 tttcttctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattg 311  Q
    |||||||||||||||| || | |  ||| | ||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |   | ||||     
T  9980568 tttcttctaacaatgggcaaccatcgatgtacagttccttaagagattcagggaggctgtcttctggtaatgactctagctttttacaatcataaaattc 9980469  T
Q  312 aagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagc 411  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  9980468 aagtgatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgttgacaaaacaaaaaacagagactttggagagaggagaggtgtcgcagc 9980369  T
Q  412 ccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatat 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||   ||||  ||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9980368 ccatttccatcaaaggacttcatttcagagagatcacagatacgtagatgcacaagggagatgggtagcaatgactccttcatcaaggtgttaaatatat 9980269  T
Q  512 catcacccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattga 611  Q
    |||||||||||  ||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9980268 catcaccctttacaattctcaagtcgaaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgtttttttggtagaaatcacaattga 9980169  T
Q  612 ttgtaatttgggaggtagacaaact 636  Q
    |||||||||| ||||||||||||||    
T  9980168 ttgtaatttgagaggtagacaaact 9980144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 10264000 - 10263379
Alignment:
Q  12 gtagcataggacccatgagatgatatgaaaatattaagaggtgtgtcgtacagatgattgattattggcagttttctggtaggaactgtggaacatacct 111  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10264000 gtagcagaggacccatgagatgatatgaaaatattaagaggtgtgtcgtacagatgattgattattggc---tttctggtaggaactgtggaacatacct 10263904  T
Q  112 gaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacc 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10263903 gaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgacttcatcatttattcttatgaaagggatgtgagcaattttggactaatgttccttccttttatacc 10263804  T
Q  212 tttcttctaacaatggacatcgact-gatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaatt 310  Q
    |||||||||||||||| ||   ||| |||  | |||   || ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     ||||     
T  10263803 tttcttctaacaatgggca-aaactcgatagcgagtagtttaagagaggaagggaggctgtcttctggtaatgactctagcttttcacatccaagcaata 10263705  T
Q  311 gaagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggag 410  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | ||    
T  10263704 gaagtgatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaaaagaaaaaacagagatattggagagaggagaggtgttgaag 10263605  T
Q  411 cccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatata 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||   || |  ||| | || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10263604 cccatttccatcaaaggacttcatttcagagagatcaaagacacgtagatacaaaagggagatgggtagcaatgactccttcatcaaggtgttaaatata 10263505  T
Q  511 tcatcacccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattg 610  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  10263504 tcatcacccttttgaatagtcaagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgttgttttttgggtagaaatctcaattg 10263405  T
Q  611 attgtaatttgggaggtagacaaact 636  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  10263404 attgtaatttgggaggtagacaaact 10263379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 10035302 - 10034681
Alignment:
Q  12 gtagcataggacccatgagatgatatgaaaatattaagaggtgtgtcgtacagatgattgattattggcagttttctggtaggaactgtggaacatacct 111  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10035302 gtagcagaggacccatgagatgatatgaaaatattaagaggtgtgtcgtacagatgattgattattggc---tttctggtaggaactgtggaacatacct 10035206  T
Q  112 gaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacc 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10035205 gaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgacttcatgatttatatctatgaaagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacc 10035106  T
Q  212 tttcttctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattg 311  Q
    |||||||||||||||| ||    |  ||    |||  | | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||      
T  10035105 tttcttctaacaatgggcaattccaaatgcagagttccctaagagagtcagtgaggctgtcttctggtaatgactcaagctttttacaatcccacaatct 10035006  T
Q  312 aagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagc 411  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  10035005 aagtgatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattccaaaaacagagagtttggagagaggagaggtgtcgaagc 10034906  T
Q  412 ccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatat 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  10034905 ccatttccatcaaaggacttcatttcatcgaaatccctgatatatagatacacaagggagatgggtagcaatgactccttcatcaaggtgttaactatat 10034806  T
Q  512 catcacccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattga 611  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||   |||| ||||||  ||||||  ||||||    
T  10034805 catcacccttttcaatactcaagttggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggctttgttctttgggatgaaatcgtaattga 10034706  T
Q  612 ttgtaatttgggaggtagacaaact 636  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  10034705 ttgtaatttgggaggtagacaaact 10034681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 60 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 10520736 - 10520163
Alignment:
Q  60 tacagatgattgattattggcagttttctggtaggaactgtggaacatacctgaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatt 159  Q
    |||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10520736 tacagaggattgattattggc---tttctggtaggaactgtggaacatacctgaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgacttggtaatttatt 10520640  T
Q  160 tgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacctttcttctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagt 259  Q
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  ||   |||||||||||||||||    
T  10520639 gatatgactgggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacctttcttctaacaatggacattcccaaatgagcagtctcttcagagagt 10520540  T
Q  260 cagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattgaagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaag 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10520539 cagggaggctgtcttctggtaatgatttaagcttttcacatttccacaaatcaagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaag 10520440  T
Q  360 ttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagt 459  Q
    ||| | |||||   |||| | ||||  |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||  |||     
T  10520439 ttgttcacaatcccaaaaacggagacgttggagagaggagaggtgacgaagcccttttccatcaaaggacttcatttcagagagatccctgatagttaga 10520340  T
Q  460 tccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcacccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattgga 559  Q
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||    
T  10520339 gtcacaagggagatgggtagcaatgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcaccctttacaatacccaagtcggaaagtgctgtcaaatattgga 10520240  T
Q  560 gaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattgattgtaatttgggaggtagacaaact 636  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10520239 gaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcttaattgattgcaatttgggaggtagacaaact 10520163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 60 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 9842109 - 9841536
Alignment:
Q  60 tacagatgattgattattggcagttttctggtaggaactgtggaacatacctgaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatt 159  Q
    |||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  |||||     
T  9842109 tacagaggattgattattggc---tttctggtaggaactgtggaacatacctgaaacgggaacacaacttgtctatcatattctgacttggtggtttatc 9842013  T
Q  160 tgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacctttcttctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagt 259  Q
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  || | ||| | ||  |||||||    
T  9842012 catatgacagggatgtgagcaattttggagcaatgttccttccttttatacctttcttctaacaatggacatccccaaatgttcagacgctcaagagagt 9841913  T
Q  260 cagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattgaagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaag 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9841912 cagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacattgaaacaatataagtgatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgactcaag 9841813  T
Q  360 ttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagt 459  Q
     ||  |||||    ||||   ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||     
T  9841812 ctgtggacaaaacgaaaaatcgagatattggagagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcagagagatccctgatatttaga 9841713  T
Q  460 tccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcacccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattgga 559  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | | ||||||||||||| ||||||||||||     
T  9841712 gacacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcacccttatcaattcgcaagtaggaaagtgccgtcaaatattggt 9841613  T
Q  560 gaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattgattgtaatttgggaggtagacaaact 636  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9841612 gaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatagcaattgattgtaatttgggaggtagacaaact 9841536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 118 - 636
Target Start/End: Original strand, 10430914 - 10431432
Alignment:
Q  118 ggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacctttctt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10430914 ggaacacaacttgtctatcatattgtgacttcatcatttatatctatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacctttctt 10431013  T
Q  218 ctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattgaagtaa 317  Q
    ||||||||||||||   || ||   ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |    
T  10431014 ctaacaatggacattccctaattctcagttgcttaagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaaatcaagtga 10431113  T
Q  318 tttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagcccattt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10431114 tttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatcacaaaaccaaaaacagagagtttggagagaggagaggtgtcgcagcccattt 10431213  T
Q  418 ccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcac 517  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||  |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10431214 ccatcaaaggacttcatttcagagagatcagtgatatatagatacacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcac 10431313  T
Q  518 ccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattgattgtaa 617  Q
    ||||||||||  || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || || | |  |||| |  ||||||||||||    
T  10431314 ccttttgaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggagttattcttcgagatgaaaaccaaattgattgtaa 10431413  T
Q  618 tttgggaggtagacaaact 636  Q
    |||||||||||||||||||    
T  10431414 tttgggaggtagacaaact 10431432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 12 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 10130214 - 10129600
Alignment:
Q  12 gtagcataggacccatgagatgatatgaaaatattaagaggtgtgtcgtacagatgattgattattggcagttttctggtaggaactgtggaacatacct 111  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||  ||| |||||||    
T  10130214 gtagcagaggacccatgagatgatatgaaaatattaagaggtgtgtcgtacagaggattgattattggc---tttctggtaggaacta-ggagcatacct 10130119  T
Q  112 gaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |      || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10130118 gaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgcctttgatattttt------gaaagggatgtgagcaattttggagcaatgttccttccttttatacc 10130025  T
Q  212 tttcttctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattg 311  Q
    |||||||||||||||||||||     ||   ||||  | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| || |     
T  10130024 tttcttctaacaatggacatccttgaatgcacagttgcataagagaatcagggaggctgtcttctggtaatgactctagcttttcacaatcccaaaagtc 10129925  T
Q  312 aagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagc 411  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||| |||||||||| |||||||||| |||    
T  10129924 aagtgatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattccaaaagaagagatgttggagagagaagaggtgtcgaagc 10129825  T
Q  412 ccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatat 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  10129824 ccatttccatcaaaggacttcatttcatcgaaatccctgatatatagatacacaagggagatgggtagcaatgactccttcatcaaggtgttaactatat 10129725  T
Q  512 catcacccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattga 611  Q
    |||||||||||  ||||||| |    ||||| || ||||||| ||| ||||||||||| || || |||||||||||| ||| ||     ||| |||||||    
T  10129724 catcaccctttccaatactcaatcttgaaagagcggtcaaatcttgaagaccccattctgtcacaggcggtgctgttcttttggactgtatctcaattga 10129625  T
Q  612 ttgtaatttgggaggtagacaaact 636  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  10129624 ttgtaatttgggaggtagacaaact 10129600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 103 - 636
Target Start/End: Original strand, 10360658 - 10361192
Alignment:
Q  103 aacatacctgaaat-gggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttc 201  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10360658 aacatacctgaaaacgggaacacaacttgtctatcatattgtgacttggtcgtttatttttatgacggggatgtgagcaattttggagcaatgttccttc 10360757  T
Q  202 cttttatacctttcttctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatt 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||   |  ||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||      
T  10360758 cttttatacctttcttctaacaatgggcaatcatagatgtccagttccttaagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgatttaagcttttcacaac 10360857  T
Q  302 tccacaattgaagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagag 401  Q
       | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||  |||| | ||||||   ||||| |||||||||||||||    
T  10360858 cataaaatgtaagtgatttcagcgaggaagggaggcagttttctggtaatgactcaagctgtcgacattcaaaaaatacgagatgttggagagaggagag 10360957  T
Q  402 gtgtcggagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtg 501  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  | ||| || ||   ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10360958 gtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcagagagatgatggatttccagagacacaagggagacgggtagcaatgactccttcatcaaggtg 10361057  T
Q  502 ttaaatatatcatcacccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaa 601  Q
    |||| ||||||||||||||||  ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||| ||| ||     |    
T  10361058 ttaactatatcatcaccctttccaatacccaagttggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattctgtcacaggcagtgctgttcttttggactgta 10361157  T
Q  602 tcacaattgattgtaatttgggaggtagacaaact 636  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10361158 tcataattgattgtaatttgggaggtagacaaact 10361192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 261 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 10583566 - 10583191
Alignment:
Q  261 agggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattgaa-gtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaag 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| || |||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10583566 agggaggctgtcttctggtaatgacccaagcttttcacaat-ccataaatgaaagtgatttcagtgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaag 10583468  T
Q  360 ttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagt 459  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |  ||||| |||     
T  10583467 ttgatgacaaatgaaaaaacagagatattggagagaggagaggtgtcgcagcccatttccatcaaaggacttcatttcagagagattccagatatataga 10583368  T
Q  460 tccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcacccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattgga 559  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||   ||||| ||||| | || || ||    
T  10583367 tacacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcatcctttccaatactccagcttgaaagagctgttagatctttga 10583268  T
Q  560 gaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattgattgtaatttgggaggtagacaaact 636  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  10583267 gaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtaaaaatcacaattgatcgtaatttgagaggtagacaaact 10583191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 60 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 9853128 - 9852832
Alignment:
Q  60 tacagatgattgattattggcagttttctggtaggaactgtggaacatacctgaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatt 159  Q
    |||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | || |||||||    
T  9853128 tacagaggattgattattggc---tttctggtaggaactgtggaacatacctgaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtaacctggtcatttatt 9853032  T
Q  160 tgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacctttcttctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagt 259  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   || |||||||||||||| ||||    
T  9853031 tctatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacctttcttctaacaatggacatccataaatgtccagtctcttcagtgagt 9852932  T
Q  260 cagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattgaagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaag 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  9852931 cagggaggctgtcttctggtaatgactctagcttttcacatttccacaattcaagtgatttcagcgatgatgggaggcagttttctggtaatgactcaag 9852832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 117 - 636
Target Start/End: Original strand, 11778855 - 11779373
Alignment:
Q  117 gggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacctttct 216  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11778855 gggaacacagcttgt-tctcatattgtgactttttcatttatttctatgacagggatgtgagcgattttggaccaatgttctttccttttatacctttct 11778953  T
Q  217 tctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattgaagta 316  Q
    ||||||||||| ||||  |  ||   ||||  ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||  |    |||  ||||     
T  11778954 tctaacaatgggcatccccaaatggtcagttgcttaagagagtcggggaggctgtcttccggtaatgactcaagctcctcacacatttgaaatgaaagtg 11779053  T
Q  317 atttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagcccatt 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||||||  ||||  |||||| || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  11779054 atttcaacgaggaagggaggcagttttctggcaatgactcgagctgttgacaattccaaaaatagagatattcgagagaggagaggtgtcgaagcccatt 11779153  T
Q  417 tccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatca 516  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||   || |||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| | | ||||| ||||    
T  11779154 tccatcgaaggacttcatttcatagagatcaatgatagacaggtccacaagggagataggtagcaacaaatccttcatcaaggtggtgactatattatca 11779253  T
Q  517 cccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattgattgta 616  Q
     | |||  ||||  |   |  ||||| |  ||    | ||||||||||||||| ||||| || |||| |||| |||||| | || |||||||||||||||    
T  11779254 tcatttccaataaccagttctgaaagagtggtttggttttggagaccccattctgtaactggtggtgttgttatttgggaaaaactcacaattgattgta 11779353  T
Q  617 atttgggaggtagacaaact 636  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  11779354 atttgggaggtagacaaact 11779373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 307 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 9852746 - 9852417
Alignment:
Q  307 aattgaagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtc 406  Q
    |||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||| || ||||||     |||  |||||| |||||||||| |||||||||    
T  9852746 aatttaagtgatttcagtgaggaagggaagcagttttctggcaatgacccaagctgttgacaacccgcaaaatagagatattggagagagaagaggtgtc 9852647  T
Q  407 ggagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaa 506  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || |||||| |||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9852646 gaagcccatttccatcaaaggacttcatttcagagagaaccatgatatttagagacacaagggagatgggtagcaatgactccttcatcaaggtgttaaa 9852547  T
Q  507 tatatcatcacccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcaca 606  Q
    ||||||||||||||||  ||| | | |  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9852546 tatatcatcaccctttacaatccacaatgatgaaagagctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgtttttttggtagaaatcaca 9852447  T
Q  607 attgattgtaatttgggaggtagacaaact 636  Q
    |||| |  ||||||||||||||||||||||    
T  9852446 attgttcttaatttgggaggtagacaaact 9852417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 117 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 11772430 - 11771912
Alignment:
Q  117 gggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacctttct 216  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||||||||| | |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11772430 gggaacacagcttgt-tctcatattgtgactttttcatttatatctatgacagggatgtgagcgattttggaccaatgttctttccttttatacctttct 11772332  T
Q  217 tctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattgaagta 316  Q
    ||||||||||| ||||  |  ||   ||||  ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||  |    |||  ||||     
T  11772331 tctaacaatgggcatccccaaatggtcagttgcttaagagagtcggggaggctgtcttccggtaatgactcaagctcctcacacatttgaaatgaaagtg 11772232  T
Q  317 atttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagcccatt 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||||||  ||||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11772231 atttcaacgaggaagggaggcagttttctggcaatgactcgagctgttgacaattccaaaaatagagatattggagagaggagaggtgtcgaagcccatt 11772132  T
Q  417 tccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatca 516  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||   || |||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||| | | ||||| ||||    
T  11772131 tccatcaaaagacttcatttcatagagatcaatgatagacaggtccacaagggagataggcagcaacaactctttcatcaaggtggtgactatattatca 11772032  T
Q  517 cccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattgattgta 616  Q
     | |||  ||||  | | |  ||||| |  ||    | ||||||||||||||| ||||| || |||| |||| |||||| | || |||||||||||||||    
T  11772031 tcatttccaataaccaatttcgaaagagtggtttggttttggagaccccattctgtaactggtggtgttgttatttgggaaaaactcacaattgattgta 11771932  T
Q  617 atttgggaggtagacaaact 636  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  11771931 agttgggaggtagacaaact 11771912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 68 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 10583829 - 10583544
Alignment:
Q  68 attgattattggcagttttctggtaggaactgtggaacatacctgaaat-gggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatga 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10583829 attgattattggcagttttctggtaggaaatgtggaacatacctgaaaacgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtgatttatttgtatga 10583730  T
Q  167 cagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacctttcttctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagtcagggag 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||      |||   ||||| ||  ||||||||||||||    
T  10583729 cagggatgtgagcaattttggaccaatattcattccttttatacctttcttctaacaatgggcaaaattggatggtcagtcgctcaagagagtcagggag 10583630  T
Q  267 gctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccac-aattgaagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatg 352  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  || ||||   |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||| ||||    
T  10583629 gctgtcttctggtaatgactcgagtcttacaca-acccacaaattgaagtgatttcagcgaggaagggaggctgtcttctggtaatg 10583544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 150; E-Value: 6e-79
Query Start/End: Original strand, 107 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 10666742 - 10666497
Alignment:
Q  107 tacctgaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttcctttt 206  Q
    |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10666742 tacctgaaacaggaacacaactcgtctatcatattgtgactttgtaatttattgatatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttcctttt 10666643  T
Q  207 atacctttcttctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccac 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||      || | ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||    
T  10666642 atacctttcttctaacaatggacattcctcaatgtgcagttccttaagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacattcaaac 10666543  T
Q  307 aattgaagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatg 352  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||| ||||    
T  10666542 aattcaagtgatttcagcgaggaagggaggctgtcttctggtaatg 10666497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 319 - 636
Target Start/End: Original strand, 10372916 - 10373233
Alignment:
Q  319 ttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagcccatttc 418  Q
    ||||| ||||||||||||| || |||||| |||| |||||| |  | ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10372916 ttcagagaggaagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacaattaaaaaaatagagatttttgagagaggagaggtgtcgaagcccatttc 10373015  T
Q  419 catcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcacc 518  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||  ||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  10373016 catcaaaggacttcatttcagagagataattgatacgtagatgcacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaactatatcatcatc 10373115  T
Q  519 cttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattgattgtaat 618  Q
    ||||  ||||||| ||   || || ||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| | || || | |  ||||||  |||||||||||||    
T  10373116 ctttctaatactcaagcttgacagagctgttagatcttggagaccccattccgtaaccggcggtgttattcttcgagatgaaatccaaattgattgtaat 10373215  T
Q  619 ttgggaggtagacaaact 636  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  10373216 ttgagaggtagacaaact 10373233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 462 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 10666318 - 10666144
Alignment:
Q  462 cacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcacccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattggaga 561  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10666318 cacaagggatatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcacccttttcaatactcaagtaggaaagtgctgtcaaatattggaga 10666219  T
Q  562 ccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattgattgtaatttgggaggtagacaaact 636  Q
    |||||||||||||||||||| | | || |||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10666218 ccccattccgtaaccggcggagttattctttgagatgaaatcacaattgtttgtaatttgggaggtagacaaact 10666144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 103 - 299
Target Start/End: Original strand, 10372768 - 10372965
Alignment:
Q  103 aacatacctgaaat-gggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttc 201  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10372768 aacatacctgaaaacgggaacacaacttgtctatcatattgtgatttggtcgtttatttttatgacggggatgtgagcaattttggaccaatgttccttc 10372867  T
Q  202 cttttatacctttcttctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcaca 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||   | ||  |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10372868 cttttatacctttcttctaacaatgggcatcccataatgaccagtctcttcagagaggaagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcaca 10372965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 312 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 10503584 - 10503378
Alignment:
Q  312 aagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||| |||    ||||||| |||||||||||  ||||| |||    
T  10503584 aagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgactcaagctgtagacaattaagaaattcaagattttcgagagaggagatttgtcgaagc 10503485  T
Q  412 ccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatat 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||     ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10503484 ccatttccatcaaaggacttcatttcatagagatcactgatatatagagatgcaagggagatgggaagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatat 10503385  T
Q  512 catcacc 518  Q
    |||||||    
T  10503384 catcacc 10503378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 105 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 10531989 - 10531579
Alignment:
Q  105 catacctgaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttcctt 204  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||  |  ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  10531989 catacctgaaacgggaacacaacttgtct-tcatattgtaacttgcttgtttattattatgacagggatgtgagaaattttggaccaattttccttcctt 10531891  T
Q  205 ttatacctttcttctaacaatggacatcgact-gatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttc 303  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||   ||| |||    |||   || ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||  ||    
T  10531890 ttatacctttcttctaacaatgggca-aaactcgatagtgagtagtttaagagaggaagggaggctgtcttctggtaatgactcaagtcttacacaactc 10531792  T
Q  304 cacaattgaagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggt 403  Q
     | ||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |     ||||||| |||    ||||||| ||||||||||||||    
T  10531791 gaaaattgaagtgacttcagcgaggaagggaggcaattttctggcaatgactcaagctccaagcaattaagaaagtgaagatttttgagagaggagaggt 10531692  T
Q  404 gtcggagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgtt 503  Q
    |||| || |||||||| ||||| ||||| ||||||  |||||     |||  |||   ||||||||||||||| ||||| ||||| |||| || ||||||    
T  10531691 gtcgaagtccatttccttcaaatgactttatttcagagagatgaccaatagatagagacacaagggagatgggaagcaatgactcgttcagcacggtgtt 10531592  T
Q  504 aaatatatcatca 516  Q
    || ||||||||||    
T  10531591 aactatatcatca 10531579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 135 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 10086354 - 10085967
Alignment:
Q  135 tcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacctttcttctaac-aatggacatcg 233  Q
    ||||||||||| || |  |||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |       
T  10086354 tcatattgtgatttcgccatttatttttatgacaggaatgagagaaattttggaccaatgttccttccttttatacctttcttttaacaaagggaaaaat 10086255  T
Q  234 actgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattgaagtaatttcagcgaggaaggg 333  Q
    || |||   ||| | ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||  |||||||  |||| | || |||| ||||||||||||||||     
T  10086254 ac-gatgctcagacgcttcagagaatcagggaggcagtcttccggtaatgattcaagtctttcacaactccaaatttcaagtgatttcagcgaggaagga 10086156  T
Q  334 aggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagcccatttccatcaaaggacttca 433  Q
    | ||| ||||| || |||| ||||||||| |||||||||  |||    ||| ||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  10086155 acgcaattttcaggaaatggctcaagttgttgacaattacgaaagtgaaga-tttcgagaaaggagaggtgttgaagcccatttccatcaaaggacttca 10086057  T
Q  434 tttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcaccctttt 523  Q
    | | || ||||||    ||||  ||   |||||||||||||| |||||||| ||| || | ||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  10086056 tgttatagagatcaccaatattcagagacacaagggagatggttagcaacggctcttttaccaaggtgttaactatatcaccatcctttt 10085967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 135 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 10193274 - 10192887
Alignment:
Q  135 tcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacctttcttctaac-aatggacatcg 233  Q
    ||||||||||| || |  |||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |       
T  10193274 tcatattgtgatttcgccatttatttttatgacaggaatgagagaaattttggaccaatgttccttccttttatacctttcttttaacaaagggaaaaat 10193175  T
Q  234 actgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattgaagtaatttcagcgaggaaggg 333  Q
    || |||    || | ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||  |||||||  |||| | || |||| ||||||||||||||||     
T  10193174 ac-gatgcttagacgcttcagagaatcagggaggcagtcttccggtaatgattcaagtctttcacaactccaaatttcaagtgatttcagcgaggaagga 10193076  T
Q  334 aggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagcccatttccatcaaaggacttca 433  Q
    | ||| ||||| || |||| ||||||||| |||||||||  |||    ||| ||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  10193075 acgcaattttcaggaaatggctcaagttgttgacaattacgaaagtgaaga-tttcgagaaaggagaggtgttgaagcccatttccatcaaaggacttca 10192977  T
Q  434 tttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcaccctttt 523  Q
    | | || ||||||    ||||  ||   ||||||||||||||||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  10192976 tgttatagagatcaccaatattcagagacacaagggagatgggtagcaacggctcttttaccaaggtgttaactatatcaccatcctttt 10192887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 107 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 10680785 - 10680377
Alignment:
Q  107 tacctgaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttcctttt 206  Q
    ||||||||| || ||||||||||| |  ||||||||||||||  |  ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  10680785 tacctgaaacggaaacacaacttgacc-tcatattgtgacttgcttgtttattattatgacagggatgtgagaaattttggaccgatgttcattcctttt 10680687  T
Q  207 atacctttcttctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccac 306  Q
    ||||||||||||||||||||| ||     ||||    |||   || ||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||  || |     
T  10680686 atacctttcttctaacaatgggcaaaacttgatagtgagtagtttaagagaggaagggaggctgtcttctggtaacaactcaagtcttacacaactcaaa 10680587  T
Q  307 aattgaagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtc 406  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| |     ||||||| |||    ||||||| |||||||||||||||||    
T  10680586 aattgaagtgatttcagcgaggaagggaggcaattttctggaaatgactcaagctccgagcaattaagaaagttaagatttttgagagaggagaggtgtc 10680487  T
Q  407 ggagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaa 506  Q
    | || |||||||| ||||  ||||| ||||||  |||||     |||  |||   ||||||||||||||| ||||| ||||| |||| || ||||||||     
T  10680486 gaagtccatttccttcaagtgactttatttcagagagatgaccaatagatagagacacaagggagatgggaagcaatgactcgttcagcacggtgttaac 10680387  T
Q  507 tatatcatca 516  Q
    ||||||||||    
T  10680386 tatatcatca 10680377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 318 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 10091784 - 10091475
Alignment:
Q  318 tttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagcccattt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||  |||| | | | ||   ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10091784 tttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgactgaagctgtcgacattgacagaaatcgagacgttggagagaggagaggtgtcgaagcccattt 10091685  T
Q  418 ccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcac 517  Q
    ||||||||||||||||| | || |||||||         ||   |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||| |      
T  10091684 ccatcaaaggacttcatcttatagagatcc---------agagacacaagggagatgggtagcaacgactccgtcaccaagttgttaactatatcacctg 10091594  T
Q  518 ccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattgattgtaa 617  Q
    ||| || |||  || | | |||||| |  || | || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || | |||| |||||   ||||||    
T  10091593 cctctttaatcatcaattcggaaagagtggttagatcttggagaccccattccgtaaccggcggtgttatttttttggaaaaaataacaatcttttgtaa 10091494  T
Q  618 tttgggaggtagacaaact 636  Q
    |||||||||||||||||||    
T  10091493 tttgggaggtagacaaact 10091475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 318 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 10198666 - 10198357
Alignment:
Q  318 tttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagcccattt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||  |||| | | | ||   ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10198666 tttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgactgaagctgtcgacattgacagaaatcgagacgttggagagaggagaggtgtcgaagcccattt 10198567  T
Q  418 ccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcac 517  Q
    ||||||||||||||||| | || |||||||         ||   |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||| |      
T  10198566 ccatcaaaggacttcatcttatagagatcc---------agagacacaagggagatgggtagcaacgactccgtcaccaagttgttaactatatcacctg 10198476  T
Q  518 ccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattgattgtaa 617  Q
    ||| || |||  || | | |||||| |  || | || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || | |||| |||||   ||||||    
T  10198475 cctctttaatcatcaattcggaaagagtggttagatcttggagaccccattccgtaaccggcggtgttatttttttggaaaaaataacaatcttttgtaa 10198376  T
Q  618 tttgggaggtagacaaact 636  Q
    |||||||||||||||||||    
T  10198375 tttgggaggtagacaaact 10198357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 107 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 10092202 - 10091950
Alignment:
Q  107 tacctgaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttcctttt 206  Q
    |||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||  || ||  ||||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10092202 tacctgaaacaggagcacagcttgtctatcatattgtgcgttggttgtttattgtgatgacagggatgtgagaaattttggaccaatgttccttcctttt 10092103  T
Q  207 atacctttcttctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccac 306  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||   | || | |||  |  | |||||   |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |  | |    
T  10092102 atacctttcttctaacaatgggcatcccataatgtacagagtgataagagatgaagggaggctgtcttctggtaatgaatcaagcattttacaatcactc 10092003  T
Q  307 aattgaagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaag 359  Q
    |||  |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  10092002 aatctaagtgatttcagcgaggacgggaggcagttgtctggaaatgactcaag 10091950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 107 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 10199084 - 10198832
Alignment:
Q  107 tacctgaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttcctttt 206  Q
    |||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||  || ||  ||||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10199084 tacctgaaacaggagcacagcttgtctatcatattgtgcgttggttgtttattgtgatgacagggatgtgagaaattttggaccaatgttccttcctttt 10198985  T
Q  207 atacctttcttctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccac 306  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||   | || | |||  |  | |||||   |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |  | |    
T  10198984 atacctttcttctaacaatgggcatcccataatgtacagagtgataagagatgaagggaggctgtcttctggtaatgaatcaagcattttacaatcactc 10198885  T
Q  307 aattgaagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaag 359  Q
    |||  |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  10198884 aatctaagtgatttcagcgaggacgggaggcagttgtctggaaatgactcaag 10198832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 107 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 10503857 - 10503666
Alignment:
Q  107 tacctgaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttcctttt 206  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||||  ||||||||||||||    || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10503857 tacctgaaacgggaacacagcctgtcc-tcatattgtgacttgtccatctatttctatgacagggatgtgagaaattttggaccaatgttccttcctttt 10503759  T
Q  207 atacctttcttctaacaatggacatc---gactgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcaca 299  Q
    |||||||||||||||   ||| ||||   || ||||   ||||  ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  10503758 atacctttcttctaatgttgggcatctttgaatgat---cagtagcttaagagaatcaggaaggctgtcttctggtaatgagtaaagcttttcaca 10503666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 80
Target Start/End: Original strand, 10430718 - 10430786
Alignment:
Q  12 gtagcataggacccatgagatgatatgaaaatattaagaggtgtgtcgtacagatgattgattattggc 80  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10430718 gtagcagaggacccatgagatgatatgaaaatattaagaggtgtgtcgtacagatgattgattattggc 10430786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 274 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 10091966 - 10091871
Alignment:
Q  274 tctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattgaagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaa 369  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||   ||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| ||| || |||| ||||    
T  10091966 tctggaaatgactcaagcttttcacaattcgcaaatcgaagtgatttcagcgacaaagggaggcagttttctggtaatgactccagatgattacaa 10091871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 274 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 10198848 - 10198753
Alignment:
Q  274 tctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattgaagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaa 369  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||   ||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| ||| || |||| ||||    
T  10198848 tctggaaatgactcaagcttttcacaattcgcaaatcgaagtgatttcagcgacaaagggaggcagttttctggtaatgactccagatgattacaa 10198753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 555 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 10531420 - 10531341
Alignment:
Q  555 ttggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattgattgtaatttgggaggtagacaaa 634  Q
    ||||||||||||||| || || ||||| | || | |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10531420 ttggagaccccattctgttacaggcggcgttgctctttggaaagatatcacaattgattgtaatttgggaggtagacaaa 10531341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 135 - 223
Target Start/End: Original strand, 11242462 - 11242551
Alignment:
Q  135 tcatattgtgactttg-taatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacctttcttctaaca 223  Q
    |||||||||||||| | | |||||||  | ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  11242462 tcatattgtgacttgggtcatttattattttgacagtaatgtgagctattttggaccaatgttcctgcttttgatacctttcttctaaca 11242551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 601 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 10680172 - 10680137
Alignment:
Q  601 atcacaattgattgtaatttgggaggtagacaaact 636  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10680172 atcacaattgattgtaatttgggaggtagacaaact 10680137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 381 - 438
Target Start/End: Original strand, 13852579 - 13852636
Alignment:
Q  381 gagattttggagagaggagaggtgtcggagcccatttccatcaaaggacttcatttca 438  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||    
T  13852579 gagattgttgagagaggagagatgtcgaagcccatttccatcgaaagacttcatttca 13852636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 599 - 636
Target Start/End: Original strand, 13852815 - 13852852
Alignment:
Q  599 aaatcacaattgattgtaatttgggaggtagacaaact 636  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13852815 aaatcacaattgattgtaatttaggaggtagacaaact 13852852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 390 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 10666390 - 10666347
Alignment:
Q  390 gagagaggagaggtgtcggagcccatttccatcaaaggacttca 433  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  10666390 gagagaggagaggtgtagaagcccatttccattaaaggacttca 10666347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 391 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 13163906 - 13163859
Alignment:
Q  391 agagaggagaggtgtcggagcccatttccatcaaaggacttcatttca 438  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||    
T  13163906 agagaggataggtgtcggagtccatttccatcaaaggattttatttca 13163859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 153 - 199
Target Start/End: Original strand, 8585532 - 8585578
Alignment:
Q  153 atttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttcct 199  Q
    |||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8585532 atttatatttatgacaggtatgtgagcaatgttggaccaatgttcct 8585578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 321 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 10091850 - 10091812
Alignment:
Q  321 cagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaag 359  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  10091850 cagcgaggaagggagacagttttctggcaatgactcaag 10091812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 321 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 10198732 - 10198694
Alignment:
Q  321 cagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaag 359  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  10198732 cagcgaggaagggagacagttttctggcaatgactcaag 10198694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 636
Target Start/End: Original strand, 54372 - 54993
Alignment:
Q  12 gtagcataggacccatgagatgatatgaaaatattaagaggtgtgtcgtacagatgattgattattggcagttttctggtaggaactgtggaacatacct 111  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  54372 gtagcagaggacccatgagatgatatgaaaatattaagaggtgtgtcgtacagatgattgattattggc---tttctggtaggaactgtggaacatacct 54468  T
Q  112 gaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54469 gaaatgggaacacaacttgtctatcatattgtgactttgtaatttattgatatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacc 54568  T
Q  212 tttcttctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattg 311  Q
    |||||||||||||||| || | |  ||| | ||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |   | ||||     
T  54569 tttcttctaacaatgggcaaccatcgatgtacagttccttaagagattcagggaggctgtcttctggtaatgactctagctttttacaatcataaaattc 54668  T
Q  312 aagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagc 411  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  54669 aagtgatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatgtctcaagttgttgacaaaacaaaaaacagagactttggagagaggagaggtgtcgcagc 54768  T
Q  412 ccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatat 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||   ||||  ||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  54769 ccatttccatcaaaggacttcatttcagagagatcacagatacgtagatgcacaagggagatgggtagcaatgactccttcatcaaggtgttaaatatat 54868  T
Q  512 catcacccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattga 611  Q
    |||||||||||  ||||| | |  |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  54869 catcaccctttacaatacacaaaaaaaaaagagctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgtttttttggtagaaatcacaattga 54968  T
Q  612 ttgtaatttgggaggtagacaaact 636  Q
    |||||||||| ||||||||||||||    
T  54969 ttgtaatttgagaggtagacaaact 54993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 153 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 26910049 - 26909567
Alignment:
Q  153 atttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacctttcttctaacaatggacatcgactgatctccagtctcttc 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||       || |||||  |||      
T  26910049 atttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttgtacctttcttctaacaatgggcaagatgacatttccagcatctca 26909950  T
Q  253 agagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattgaagtaatttcagcgaggaagggaggcagttttctggcaatg 352  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||     | ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26909949 agagagtcggggaggctgtcttctggtaatgactcaagtttctcacagccataaaattgaagatatttcagcgaggaagggaggcagttttctggaaatg 26909850  T
Q  353 tctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatccttgat 452  Q
     ||  ||||| | |||||||| |||    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  26909849 acttgagttgttcacaattaataaagtgaagattttggagagaggagaggcgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcatagagatccatgat 26909750  T
Q  453 atctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcacccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaa 552  Q
     | |||    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||  ||| || | |  ||||| |  || | |    
T  26909749 ttgtagagaaacaagggagatgggtagcaacaactccttcatcaaggtgttaaatgtatcatgaccctctttgatagtcaattctgaaagagtggttaga 26909650  T
Q  553 tattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattgattgtaatttgggaggtagacaaac 635  Q
    | |||||||| |||||||||||| | ||||| |||| |||| |   |||   ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26909649 tcttggagacaccattccgtaacagacggtgttgttatttgagaccaaaggtcaattgattgtaagttgggaggtagacaaac 26909567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 108; Significance: 7e-54; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 135 - 522
Target Start/End: Original strand, 17849813 - 17850200
Alignment:
Q  135 tcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacctttcttctaacaatggacatcga 234  Q
    |||||||||||||| ||  |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  || |||||     
T  17849813 tcatattgtgacttggtcctcaatttctatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttcctgccttttatacctttcttctaatatagggcatcgc 17849912  T
Q  235 ctgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattgaagtaatttcagcgaggaaggga 334  Q
    |  ||  |||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||| |  || |||| |||  ||||||| ||||||||||    
T  17849913 caaatgaccagtcgcttaagagaggaagggaggctgtcttctggtaacgactcaagtcttttacaataacaaaattcaagcgatttcagtgaggaaggga 17850012  T
Q  335 ggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggagaggtgtcggagcccatttccatcaaaggacttcat 434  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||| |||    ||| |||  |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||||     
T  17850013 ggcagttttgtggcaatgactcaagttgttgacagttaagaaagtcaagactttcaagagaggaaagatgtcgaagtccatttccatcaaaggagttcag 17850112  T
Q  435 ttcattgagatccttgatatctagttccacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcacccttt 522  Q
     | || |||||    ||||   ||   ||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||    
T  17850113 attatagagatgacagatagtcagagacacgagggatattgggagcaacgactccttcatcaaggtgttcactatatcatcatccttt 17850200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 86; Significance: 9e-41; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 135 - 439
Target Start/End: Original strand, 44954550 - 44954854
Alignment:
Q  135 tcatattgtgactttgtaatttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggaccaatgttccttccttttatacctttcttctaacaatggacatcga 234  Q
    |||||||||||||| |  || ||||| ||||||| | || | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |  || |||||     
T  44954550 tcatattgtgacttggccatctatttctatgacatgaattttagcaattttggaccaatgttccttccttctatacctttcttctgatacagggcatcgc 44954649  T
Q  235 ctgatctccagtctcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcacatttccacaattgaagtaatttcagcgaggaaggga 334  Q
    |  ||  ||||||  || |||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||   | | ||||||||| |||||||||||||||| |    
T  44954650 caaatgaccagtcgattaagagagttggggaggctttcttctggtaacgactcaag-tcttcacaaaacaaaaattgaagtgatttcagcgaggaaggaa 44954748  T
Q  335 ggcagttttctggcaatgtctcaagttgatgacaattaaaaaaccagagattttggagagaggag-aggtgtcggagcccatttccatcaaaggacttca 433  Q
    | ||||||||||| |||| |||||| || ||||| |||  |||   |||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||||| | |||||||||||    
T  44954749 gacagttttctggaaatgactcaagctgttgacagttacgaaagtggagattttcgagagaggagtaggtgttgaagcccatttccttgaaaggacttca 44954848  T
Q  434 tttcat 439  Q
    ||||||    
T  44954849 tttcat 44954854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 462 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 11487881 - 11487708
Alignment:
Q  462 cacaagggagatgggtagcaacgactccttcatcaaggtgttaaatatatcatcacccttttgaatactcgagtaggaaagtgctgtcaaatattggaga 561  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |  |||| || |    ||||| || |||| || || ||||    
T  11487881 cacaagggagatgggtagcaacgactgcttcatcaaggtgttaagtatatcatcacccactccaatagtcaaccgtgaaagagcggtcagatctttgaga 11487782  T
Q  562 ccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcacaattgattgtaatttgggaggtagacaaac 635  Q
    |||||||||||||| ||||| | || | |||  |   ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  11487781 ccccattccgtaacaggcggcgttgatctttccgacaaaatctcaattgattctaatttgggaggtagagaaac 11487708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 248 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 11488165 - 11488114
Alignment:
Q  248 tcttcagagagtcagggaggctgtcttctggtaatgactcaagcttttcaca 299  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  11488165 tcttaagagagtcagggaggttttctactggtaatgacccaagcttttcaca 11488114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 153 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 11488254 - 11488217
Alignment:
Q  153 atttatttgtatgacagggatgtgagcaattttggacc 190  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  11488254 atttatttctttgacagggatgtgagcaattttggacc 11488217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 391 - 438
Target Start/End: Original strand, 143082 - 143129
Alignment:
Q  391 agagaggagaggtgtcggagcccatttccatcaaaggacttcatttca 438  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||    
T  143082 agagaggataggtgtcggagtccatttccatcaaaggattttatttca 143129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University