View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2497_high_1 (Length: 772)

Name: NF2497_high_1
Description: NF2497
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2497_high_1
NF2497_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-744)||(1395298-1396055)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 637; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 637; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 744
Target Start/End: Original strand, 1395298 - 1396055
Alignment:
Q  1 cagaagaagaatgaattaggtaacgtgtgcttgactttgtttggttttgccgtcatgttaacgacaatgcaaagatggtgcaagctctgaacaacatcta 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1395298 cagaagaagaatgaattaggcaacgtg--cttggctttgtttggtttcgtcgtcatgttaacgacaatgcaaagatggtgcaagctctgaacaacatcta 1395395  T
Q  101 ttttggggattactgtctgcgtgcgaattatggaaaggaaatgcatcatgtactccaggttcagcaactattatggaaaggaaataatgttgagcaggtg 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  1395396 ttttggggattactatctgcgtgcgaattatggaaaggaaatgcatcatgtactccaggttcagcaactattgtggaaagaaaataatgttgagcaggtg 1395495  T
Q  201 aataccattaccacacatacaacaacaactcaagatgtgaatagctcaaaatcattcgcatattatgtagttaagggaggaggccaaaactataacaatg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1395496 aataccattaccacacatacaacaacaactcaagatgtgaatagctcaaaatcattcgcatattatgtagttaagggaggaggccaaaactataacaatg 1395595  T
Q  301 aaaatttagtgttgtgttattcttcacaagttgaagatgtatagtgggcatgccaagggttgatagcagaggtgcatgatttttgtgttatcccaacgct 400  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1395596 aaaatttagtgttgcgttattcttcacaagttgaagatgtatagtgggcatgccaagggttgatagcagaggtgcatgatttttgtgttatcccaacgct 1395695  T
Q  401 ggagcaacgtcttcttgacggcagattttcgtctttacaaattgcaccgatggggggaaacatgtgttcatgtattaataatgaagcaaaataattcttc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1395696 ggagcaacgtcttcttgacggcagactttcgtctttacgaattgcaccgat-gggggaaacatgtgttcatgtattaataatgaagcaaaataattcttc 1395794  T
Q  501 agttattttttcgttgcgtttgaagattagcatccacaatttgttaaattaaataggtacttatggctccgggtttcaggcgtccctttgcatgcttgga 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1395795 agttattttttcgttgcgtttgaagattagcatccacaatttgttaaattaaataggtacttatggctccgggtttcaggcgtccctttgcatgcttgga 1395894  T
Q  601 cttctgaattcttcaacaaggtgttgttagctaagggtacttttttgagaatggatcttcacatgcatggataataaaacatgtctcgattg-------- 692  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  1395895 cttctgaattcttcaacaaggtgttgttagctaagggtacttttttgagaatggatcttcacatgcatggataataaaacatgtctcgattgcgcaaacg 1395994  T
Q  693 ------tgaagacttaatgttcc---aggaaagtaatcatgttgtacttagcaaatgaggg 744  Q
          |||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1395995 tatgcatgaaaacttaatgttccaggaggaaagtaatcatgttgtacttagcaaatgaggg 1396055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University