View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2501_low_15 (Length: 389)

Name: NF2501_low_15
Description: NF2501
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2501_low_15
NF2501_low_15
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (151-389)||(6311097-6311338)
chr8 (153-389)||(7289970-7290211)
chr8 (154-389)||(4760131-4760366)
chr8 (154-389)||(36979184-36979418)
chr8 (154-389)||(30655448-30655687)
chr8 (8-154)||(38613611-38613757)
chr8 (154-389)||(18870618-18870849)
chr8 (145-389)||(10689199-10689442)
chr8 (154-389)||(18853224-18853457)
chr8 (190-389)||(33037862-33038063)
chr8 (175-389)||(25328322-25328540)
chr8 (175-389)||(39784866-39785086)
chr8 (175-389)||(35745213-35745432)
chr8 (314-389)||(26287866-26287942)
chr8 (314-389)||(26301123-26301199)
chr8 (314-389)||(26313117-26313193)
chr8 (154-389)||(1262010-1262238)
chr8 (175-389)||(10684308-10684528)
chr8 (314-389)||(31071285-31071362)
chr8 (152-228)||(19752609-19752683)
[»] chr5 (24 HSPs)
chr5 (153-389)||(1457206-1457446)
chr5 (154-389)||(43592080-43592320)
chr5 (154-389)||(27444771-27445011)
chr5 (154-389)||(27449615-27449855)
chr5 (154-389)||(43598525-43598765)
chr5 (154-389)||(43604017-43604257)
chr5 (154-389)||(43609509-43609749)
chr5 (171-389)||(30631227-30631447)
chr5 (175-389)||(15044512-15044727)
chr5 (175-389)||(28807616-28807837)
chr5 (175-389)||(37556666-37556887)
chr5 (175-389)||(37561488-37561709)
chr5 (273-389)||(31180138-31180255)
chr5 (154-389)||(38191983-38192214)
chr5 (154-389)||(38219208-38219439)
chr5 (175-389)||(2785197-2785416)
chr5 (175-389)||(31397037-31397256)
chr5 (175-389)||(31401894-31402113)
chr5 (193-389)||(33791158-33791357)
chr5 (154-389)||(24135659-24135889)
chr5 (311-389)||(35387624-35387703)
chr5 (193-389)||(33768021-33768220)
chr5 (154-219)||(31180079-31180142)
chr5 (154-210)||(35387474-35387527)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (153-389)||(51520257-51520498)
chr4 (175-389)||(3813846-3814065)
chr4 (153-389)||(56146755-56146996)
chr4 (175-389)||(9224451-9224668)
chr4 (154-389)||(24741748-24741981)
chr4 (175-389)||(9229238-9229455)
chr4 (175-389)||(18855549-18855768)
chr4 (154-389)||(29760449-29760682)
chr4 (175-389)||(45347861-45348079)
chr4 (175-389)||(45357340-45357558)
chr4 (175-389)||(5732486-5732706)
chr4 (314-388)||(28468586-28468660)
chr4 (315-389)||(31985689-31985764)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (152-389)||(7167049-7167285)
chr3 (175-389)||(22173239-22173456)
chr3 (154-389)||(2671642-2671876)
chr3 (154-389)||(8739119-8739354)
chr3 (154-389)||(9091357-9091592)
chr3 (154-389)||(28503920-28504145)
chr3 (153-389)||(8477170-8477403)
chr3 (175-389)||(18656256-18656476)
chr3 (175-389)||(2677131-2677351)
chr3 (311-389)||(40372851-40372929)
chr3 (175-389)||(2672975-2673195)
chr3 (175-389)||(10207755-10207975)
chr3 (175-389)||(8512037-8512258)
chr3 (175-389)||(8516917-8517138)
chr3 (314-386)||(1305914-1305986)
chr3 (154-257)||(40372986-40373085)
chr3 (201-384)||(24967957-24968143)
chr3 (175-389)||(32475306-32475526)
chr3 (315-389)||(26928647-26928721)
chr3 (175-389)||(32480163-32480384)
chr3 (314-373)||(1309819-1309878)
chr3 (315-389)||(32143287-32143362)
chr3 (315-389)||(27986492-27986567)
[»] scaffold0355 (2 HSPs)
scaffold0355 (175-389)||(9686-9902)
scaffold0355 (175-323)||(1-143)
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (175-389)||(24024370-24024589)
chr7 (175-389)||(12396735-12396952)
chr7 (175-389)||(12406155-12406372)
chr7 (175-389)||(4866553-4866771)
chr7 (175-389)||(19992135-19992354)
chr7 (154-389)||(20357603-20357837)
chr7 (175-386)||(31109630-31109844)
chr7 (152-389)||(2057763-2058006)
chr7 (175-389)||(21812282-21812501)
chr7 (154-389)||(1533500-1533730)
chr7 (154-386)||(21645818-21646044)
chr7 (311-389)||(21639770-21639849)
chr7 (311-389)||(18408726-18408804)
chr7 (175-389)||(24266246-24266466)
chr7 (314-389)||(18413606-18413681)
chr7 (175-389)||(16879894-16880114)
chr7 (175-389)||(16884750-16884970)
chr7 (175-389)||(24261367-24261587)
chr7 (154-229)||(2479148-2479221)
chr7 (150-229)||(47263485-47263562)
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (175-389)||(22010741-22010958)
chr6 (175-389)||(6438324-6438542)
chr6 (175-389)||(14737620-14737838)
chr6 (175-389)||(14742480-14742697)
chr6 (175-389)||(11856795-11857015)
chr6 (175-389)||(28184325-28184546)
chr6 (175-389)||(28155613-28155832)
chr6 (154-389)||(5674826-5675057)
chr6 (175-389)||(6005239-6005458)
chr6 (175-389)||(16838566-16838785)
chr6 (193-389)||(33330489-33330690)
chr6 (193-386)||(5343322-5343519)
chr6 (154-299)||(30125940-30126084)
chr6 (175-389)||(33335986-33336207)
chr6 (154-229)||(31936398-31936470)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (175-389)||(44312668-44312885)
chr2 (152-389)||(11098983-11099219)
chr2 (154-389)||(14291295-14291529)
chr2 (154-389)||(9296457-9296691)
chr2 (175-389)||(32246607-32246829)
chr2 (175-389)||(39812032-39812250)
chr2 (175-386)||(19344243-19344459)
chr2 (175-386)||(19349101-19349317)
chr2 (154-389)||(25398305-25398536)
chr2 (154-389)||(25403443-25403674)
chr2 (314-389)||(3491716-3491791)
chr2 (315-389)||(40738810-40738884)
chr2 (349-389)||(8040060-8040101)
chr2 (349-389)||(21629944-21629985)
[»] scaffold0135 (1 HSPs)
scaffold0135 (175-389)||(35106-35323)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (175-389)||(44023917-44024135)
chr1 (175-389)||(39445322-39445541)
chr1 (175-389)||(25445133-25445352)
chr1 (175-389)||(1055055-1055274)
chr1 (175-389)||(41398060-41398277)
chr1 (190-389)||(24787420-24787624)
chr1 (154-389)||(24202825-24203054)
chr1 (193-389)||(43988508-43988709)
chr1 (175-253)||(41386571-41386650)
chr1 (251-389)||(41390488-41390622)
chr1 (314-389)||(19361488-19361564)
chr1 (314-389)||(19380128-19380204)
chr1 (314-389)||(19358899-19358975)
chr1 (154-210)||(19359079-19359132)
[»] scaffold0464 (1 HSPs)
scaffold0464 (175-389)||(185-404)
[»] scaffold0978 (1 HSPs)
scaffold0978 (153-381)||(300-528)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (175-389)||(149000-149219)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (175-389)||(2295-2514)
[»] scaffold0197 (2 HSPs)
scaffold0197 (175-389)||(19209-19428)
scaffold0197 (175-389)||(14353-14573)
[»] scaffold0188 (2 HSPs)
scaffold0188 (154-389)||(24101-24331)
scaffold0188 (154-389)||(18008-18238)
[»] scaffold0127 (1 HSPs)
scaffold0127 (175-253)||(34132-34211)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (175-389)||(182008-182228)
[»] scaffold0479 (1 HSPs)
scaffold0479 (175-236)||(13171-13233)
[»] scaffold0087 (1 HSPs)
scaffold0087 (154-229)||(44174-44247)
[»] scaffold0036 (1 HSPs)
scaffold0036 (350-389)||(85684-85724)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 151 - 389
Target Start/End: Original strand, 6311097 - 6311338
Alignment:
Q  151 ttctgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagca 250  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6311097 ttctgttgtgaatccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagca 6311196  T
Q  251 aacaaca--aaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccga 347  Q
    |||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6311197 aacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacactaagagataacaaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccga 6311296  T
Q  348 gaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6311297 gaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 6311338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 153 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 7290211 - 7289970
Alignment:
Q  153 ctgttgtgattccggttg-aaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa 251  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  7290211 ctgttgtgaatccggttccaaactcacaccaatgaaataaacattgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaaacaa 7290112  T
Q  252 acaaca--aaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataag-caagaaaggaagaacaaaacaccga 347  Q
    ||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| || |||||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||    
T  7290111 acaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaaccataaacaagataagtgataaaaggaagaacaaaacaccga 7290012  T
Q  348 gaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7290011 gaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 7289970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 4760366 - 4760131
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-- 251  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||      
T  4760366 tgttgtgaatccggttgaaactcacatcaatgaaa--aacaaagatgtgtggagctagagatagtggtaatcaatgagca-aaatggtttccaagcaaca 4760270  T
Q  252 acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgagaa 350  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  4760269 acaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacatcaagaa 4760170  T
Q  351 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4760169 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatatggg 4760131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Original strand, 36979184 - 36979418
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-- 251  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||      
T  36979184 tgttgtgaatccggttgaaactcacaccaatgaaa--aacaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgaaca-aaatggtttccaagcaaca 36979280  T
Q  252 acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgagaa 350  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36979281 acaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccaagaa 36979379  T
Q  351 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36979380 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 36979418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Original strand, 30655448 - 30655687
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-- 251  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||      
T  30655448 tgttgtgaatccggttgaaactcacaccaatgaaa---acaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgaaca-aaatggtttccaagcaaca 30655543  T
Q  252 acaacaaaac-cagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaa----cacc 345  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||    
T  30655544 acaacaaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaaccacacatagagataacaaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaaaaaacacc 30655643  T
Q  346 gagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30655644 aagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 30655687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 8 - 154
Target Start/End: Original strand, 38613611 - 38613757
Alignment:
Q  8 catcatcatcatctctggtcccaggtttcaaaattatgagtaattttaaacttgatactcattgtaatctccgttttcacctgcagggtcttaaatacat 107  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38613611 catcatcatcttctctggtcccagctttcaaaattatgagtaattttaaacttgatactcattgtaatctccgttttcacctgcagggtcttaaatacat 38613710  T
Q  108 tgcacaaacaccgttgccaaggtttgaatctgctgaattttgcttct 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  38613711 tgcacaaacaccgttgccaaggtttgaatcagctcgattttgcttct 38613757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 18870849 - 18870618
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaac 253  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||   |||||||||||||||||||    
T  18870849 tgttgtgaatccggttgaaactcacaccaatgaaa---acaaagatgtgtggagcaagagataatggtaatctatgagtt-aaatggtttccaagcaaac 18870754  T
Q  254 aacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgagaaga 352  Q
    |||||||   |||||||||| || || | ||||| ||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18870753 aacaaaaaacgccctagacttgtttagagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccaagaaga 18870655  T
Q  353 ttgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18870654 ttgttgacccagttcatccaatatggcctaatctggg 18870618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 145 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 10689442 - 10689199
Alignment:
Q  145 ttttgcttctgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttc 244  Q
    ||||| || ||||||| || ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  | |||||||||    
T  10689442 ttttgattgtgttgtgttttcggttgaaactcacaccaatgaaa--aacaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagt-ctaatggtttc 10689346  T
Q  245 caagcaa--acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaa 341  Q
    |||||||  ||||||||| || ||||||  ||||||| | ||||| ||||||||||| || ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10689345 caagcaacaacaacaaaaacaaccctagtgtagtgtagagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagtaagaaaggaagaacaaaa 10689247  T
Q  342 caccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10689246 caccaagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 10689199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 18853457 - 18853224
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaac 253  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  18853457 tgttgtgaatccggttgaaactcacaccaacgaaacaaa----gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagt-caaatggtttccaagcaaac 18853363  T
Q  254 aacaaaacca---gccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgaga 349  Q
    |||||||  |   |||||||||| || || | ||||| ||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  18853362 aacaaaaaaaaacgccctagacttgtttagagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccaaga 18853264  T
Q  350 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18853263 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 18853224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 190 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 33038063 - 33037862
Alignment:
Q  190 aaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa--acaacaa-aaccagccctagactagtgtataacaaa 286  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||  ||||||| || |||||||||||||||||| | ||||    
T  33038063 aaacaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgaaca-aaatggtttccaagcaacaacaacaataaacagccctagactagtgtagagcaaa 33037965  T
Q  287 agcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatc 385  Q
    | ||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33037964 accacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcaagaaaagaagaacaaaacaccaagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatc 33037866  T
Q  386 tggg 389  Q
    ||||    
T  33037865 tggg 33037862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 25328540 - 25328322
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaa-caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctaga 271  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||| || ||||| |    
T  25328540 tcacaacaatgaaataaatcaatgatgtgcggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacaacccta-a 25328442  T
Q  272 ctagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagcaagaaagg--aagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttca 368  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||||| || | || ||||||| |||||| |   |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25328441 ctagtgtatagcaaaaccacac-aagagataccaaaacataaacgagataaacggtaaaggaaaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttca 25328343  T
Q  369 gccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  25328342 gccaatatggcctaatctggg 25328322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 39785086 - 39784866
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctaga 271  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||  ||| ||||||||      
T  39785086 tcacaccaatgaaataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagccaataacaacaaaacagccctaag 39784987  T
Q  272 ctagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagc--aagaaaggaagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttc 367  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||||| |  | ||||| |||||||||||||   | || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39784986 ctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcacaaacaagataagcggtaaaaggaaagaacaaaacaccgagcaagattgttgacccagttc 39784888  T
Q  368 agccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  39784887 agccaatatggcctaatctggg 39784866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 35745213 - 35745432
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  ||||||| |||||||  ||| |||||  ||    
T  35745213 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaag 35745312  T
Q  271 actagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaagg---aagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagtt 366  Q
     ||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||| | | ||| |   |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  35745313 cctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaaggaaaagaac-aaacaccgagcaagattgttgacccagtt 35745409  T
Q  367 cagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  35745410 cagccaatgtggcctaatctggg 35745432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 314 - 389
Target Start/End: Original strand, 26287866 - 26287942
Alignment:
Q  314 caagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26287866 caagataagcaagaaaggaagaacaaacacaccaaaaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 26287942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 314 - 389
Target Start/End: Original strand, 26301123 - 26301199
Alignment:
Q  314 caagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26301123 caagataagcaagaaaggaagaacaaacacaccaaaaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 26301199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 314 - 389
Target Start/End: Original strand, 26313117 - 26313193
Alignment:
Q  314 caagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26313117 caagataagcaagaaaggaagaacaaacacaccaaaaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 26313193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 1262238 - 1262010
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-- 251  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||   |||| ||||||||||| ||  |  |||||||||| ||||| |  ||  || |||||||||      
T  1262238 tgttgtgaatccggttaaaactcacaccaatgaaa---acaaagatgtgtggagtaaaagggagtggtaatctatgagta--aagtgtctccaagcaaca 1262144  T
Q  252 acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaa 350  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| | ||| | ||||   ||||   |||||||  |||||||||||  |||||||||||||||| ||||| | ||    
T  1262143 acaacaaaaacagccctagtctagtgtagagcaacaccaca---agagaatacaagca--aacaagataagatagaaaggaagaacaaacacaccaaaaa 1262049  T
Q  351 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  1262048 gattgttgacccagttcaaccaatatgacctaatctggg 1262010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 10684528 - 10684308
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaa-caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa-caacaa--aaccagcccta 269  Q
    |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  |||||||  ||||||| || ||||||  || |||||  |    
T  10684528 tcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaa 10684429  T
Q  270 gactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagt 365  Q
    | ||| |||| | ||||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||| | | ||| |||   |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  10684428 gcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcata--caagataaacgataaaagaaaacgaacaaaacaccaagcaagattgttgacccagt 10684332  T
Q  366 tcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  10684331 tcagccaatgtggcctaatctggg 10684308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 314 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 31071362 - 31071285
Alignment:
Q  314 caagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcag-ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||||    
T  31071362 caagataagcaagaaaggaagaacaaacacaccaaaaagattgttgaccgagttcggtccaatatgacctaatctggg 31071285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 152 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 19752683 - 19752609
Alignment:
Q  152 tctgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaat 228  Q
    |||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  |  |||||||||||||    
T  19752683 tctgttgtgaatccggtaaaaa-tcacaccaatgaaa-aaacaaagatgtgtggagcaaaaggaagtggtaatcaat 19752609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 24)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 153 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 1457446 - 1457206
Alignment:
Q  153 ctgttgtgattccggttg-aaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa 251  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1457446 ctgttgtgaatccggttccaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaa 1457347  T
Q  252 acaaca--aaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgag 348  Q
    ||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1457346 acaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataagaaagaaaggaagaacaaaacaccgag 1457247  T
Q  349 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1457246 aagattgttgacccagttcagccaatgtggcctaatctggg 1457206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Original strand, 43592080 - 43592320
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttg-aaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa 252  Q
    |||||||| |||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43592080 tgttgtgaatccggttccaaagtcacatcaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaa 43592179  T
Q  253 caaca--aaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataag-caagaaaggaagaacaaaacaccgag 348  Q
    |||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||    
T  43592180 caacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataagtgataaaaggaagaacaaaacaccgag 43592279  T
Q  349 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43592280 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 43592320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Original strand, 27444771 - 27445011
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttg-aaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa 252  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  27444771 tgttgtgaatccggttccaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagtacaaatggtctccaagcaaa 27444870  T
Q  253 caaca--aaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataag-caagaaaggaagaacaaaacaccgag 348  Q
    |||||  | | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||    
T  27444871 caacaacatagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataagtgataaaaggaagaacaaaacaccgag 27444970  T
Q  349 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  27444971 aagattgttgacccagttcaggcaatatagcctaatctggg 27445011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Original strand, 27449615 - 27449855
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttg-aaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa 252  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  27449615 tgttgtgaatccggttccaaactcacaccaatgaaataaacaatgatatgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagtacaaatggtctccaagcaaa 27449714  T
Q  253 caaca--aaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataag-caagaaaggaagaacaaaacaccgag 348  Q
    |||||  | | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||    
T  27449715 caacaacatagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataagtgataaaaggaagaacaaaacaccgag 27449814  T
Q  349 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27449815 aagattgttgacccagttcagccaatatagcctaatctggg 27449855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Original strand, 43598525 - 43598765
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttg-aaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa 252  Q
    |||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  43598525 tgttgtgaatccggttccaaagtcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctccaagcaaa 43598624  T
Q  253 caaca--aaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataag-caagaaaggaagaacaaaacaccgag 348  Q
    |||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||    
T  43598625 caacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataagtgataaaaggaagaacaaaacaccgag 43598724  T
Q  349 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43598725 aagattgttggtccagttcagccaatatggcctaatctggg 43598765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Original strand, 43604017 - 43604257
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttg-aaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa 252  Q
    |||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  43604017 tgttgtgaatccggttccaaagtcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctccaagcaaa 43604116  T
Q  253 caaca--aaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataag-caagaaaggaagaacaaaacaccgag 348  Q
    |||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||    
T  43604117 caacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataagtgataaaaggaagaacaaaacaccgag 43604216  T
Q  349 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43604217 aagattgttggtccagttcagccaatatggcctaatctggg 43604257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Original strand, 43609509 - 43609749
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttg-aaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa 252  Q
    |||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  43609509 tgttgtgaatccggttccaaagtcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctccaagcaaa 43609608  T
Q  253 caaca--aaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataag-caagaaaggaagaacaaaacaccgag 348  Q
    |||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||    
T  43609609 caacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataagtgataaaaggaagaacaaaacaccgag 43609708  T
Q  349 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43609709 aagattgttggtccagttcagccaatatggcctaatctggg 43609749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 171 - 389
Target Start/End: Original strand, 30631227 - 30631447
Alignment:
Q  171 aaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa--acaacaaaaccagccct 268  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||    
T  30631227 aaactcacacaaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagaacaaatggttttcaagcaacaacaacaaaac-agccct 30631325  T
Q  269 agactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttc 367  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| | | || |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  30631326 agactagtgtatagcaaaatcacatatatagataacaaagcataaacaagataagtaagaaaggaagaacaaaacaccaagaagattgttgactcagttc 30631425  T
Q  368 agccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  30631426 agccaatgtggcctaatctggg 30631447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 15044512 - 15044727
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa--aaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||  || |||||||||||    
T  15044512 tcacaccaatgaaata--caatgacgtgtagagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaaaccaacaacaacaaaacagccctagac 15044609  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaa-ggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 370  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| ||| |  ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15044610 tagtgtatagcaaaaccacacaa-gagattccaaagcataaacaagataagcaagaaaaggaagaacaaaacaccaagaagattgttgacccagttcagc 15044708  T
Q  371 caatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||| ||||    
T  15044709 caatatggcctaatatggg 15044727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 28807837 - 28807616
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa-aaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  |    
T  28807837 tcacaccaatgaaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttccaagcaaacaacaacaaacagccctaagc 28807738  T
Q  273 tagtgtata--acaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataa--gcaagaaaggaagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttc 367  Q
    |||||||||  | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  |  | || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28807737 tagtgtatagcaaaaaaccactcaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaaggaaagaacaaaacaccgagcaagattgttgacccagttc 28807638  T
Q  368 agccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  28807637 agccaatgtggcctaatctggg 28807616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 37556887 - 37556666
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||  ||||||| |||||||  ||| |||||   |    
T  37556887 tcacaccaatgataataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatctatgagagcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctatg 37556788  T
Q  271 actagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaa--ggaagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttc 367  Q
    ||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |   |||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37556787 acttgtgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaatggaaagaacaaaacaccgagcaagattgttgacccagttc 37556688  T
Q  368 agccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  37556687 agccaatgtggcctaatctggg 37556666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 37561709 - 37561488
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||  ||||||| |||||||  ||| |||||   |    
T  37561709 tcacaccaatgataataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatctatgagagcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctatg 37561610  T
Q  271 actagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaa--ggaagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttc 367  Q
    ||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |   |||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37561609 acttgtgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaatggaaagaacaaaacaccgagcaagattgttgacccagttc 37561510  T
Q  368 agccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  37561509 agccaatgtggcctaatctggg 37561488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 273 - 389
Target Start/End: Original strand, 31180138 - 31180255
Alignment:
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagcc 371  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31180138 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataagaaagaaagaaagaacaaaacaccaagaagattgttgacccagttcagcc 31180237  T
Q  372 aatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||    
T  31180238 aatatggcctaatctggg 31180255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Original strand, 38191983 - 38192214
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-- 251  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||  |  |||||||||| ||| | |  ||  || |||||||||      
T  38191983 tgttgtgaatccggttgaaactcacaccaatg---taaacaaagatgtgtggagcaaaaggaagtggtaatctatgtgta--aagtgtctccaagcaaca 38192077  T
Q  252 acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgaga 349  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||| | ||||||| |||   |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |    
T  38192078 acaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccacacaa-gagaatacaaagca--aacaagataagcaagaaaggaagaacaaacacaccaaaa 38192174  T
Q  350 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38192175 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 38192214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Original strand, 38219208 - 38219439
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-- 251  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||  |  |||||||||| ||| | |  ||  || |||||||||      
T  38219208 tgttgtgaatccggttgaaactcacaccaatg---taaacaaagatgtgtggagcaaaaggaagtggtaatctatgtgta--aagtgtctccaagcaaca 38219302  T
Q  252 acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgaga 349  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||| | ||||||| |||   |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |    
T  38219303 acaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccacacaa-gagaatacaaagca--aacaagataagcaagaaaggaagaacaaacacaccaaaa 38219399  T
Q  350 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38219400 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 38219439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 2785197 - 2785416
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  ||||||| |||||||  ||| |||||  ||    
T  2785197 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaag 2785296  T
Q  271 actagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaagg---aagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagtt 366  Q
     ||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||| | | ||| |   |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2785297 cctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaaggaaaagaac-aaacaccgagcaagattgttgacccagtt 2785393  T
Q  367 cagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  2785394 cagccaatgtggcctaatctggg 2785416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 31397256 - 31397037
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaa-caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa--aaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  ||||||| ||||||||  || || ||  ||    
T  31397256 tcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacatcctaag 31397157  T
Q  271 actagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaa---acaccgag-aagattgttgacccagtt 366  Q
     ||| |||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||| | | ||| ||| ||||||   |||||||| ||||||||||||||||||    
T  31397156 cctaatgtaaagcaaaaccacactaagagctaacaagcata--caagataaacgataaaagaa-aacaaacaaacaccgagcaagattgttgacccagtt 31397060  T
Q  367 cagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  31397059 cagccaatgtggcctaatctggg 31397037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 31402113 - 31401894
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaa-caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  ||||||| |||||||  ||| |||||  ||    
T  31402113 tcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaag 31402014  T
Q  271 actagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagtt 366  Q
     ||| |||| | ||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||| | | ||| |||   |||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31402013 cctaatgtaaagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaagaaaacgaac-aaacaccgagcaagattgttgacccagtt 31401917  T
Q  367 cagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||| ||||||||| ||||    
T  31401916 cagccaatgtggcctaatatggg 31401894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 193 - 389
Target Start/End: Original strand, 33791158 - 33791357
Alignment:
Q  193 caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagactagtgtataacaaaagca 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  ||||||| |||||||  ||| |||||  || ||| |||||| ||||| ||    
T  33791158 caatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaacca 33791257  T
Q  291 cacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaagg---aagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatct 386  Q
    || | |||||||||||||||  ||||||||| | | ||| |   |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33791258 catatagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaaggaaaagaac-aaacaccgagcaagattgttgacccagttcagccaatgtggcctaatct 33791354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Original strand, 24135659 - 24135889
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaac 253  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||   | || ||||||||||||||  |  |||||||||| ||||| | | |  || |||||||||||    
T  24135659 tgttgtgaatccggataaaactcacaccaatgaaa---ataaagatgtgtggagcaaaagggagtggtaatctatgagtaaaga--gtctccaagcaaac 24135753  T
Q  254 aacaa--aaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaa-ggaagaacaaa-acaccgaga 349  Q
    |||||  || |||||||||||||||||| | ||| | ||||  |  |  ||  |||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  24135754 aacaacaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccacaagataa--tacaaagca--aacaagataagctagaaaaggaagaacaaacacaccaaga 24135849  T
Q  350 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24135850 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 24135889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 311 - 389
Target Start/End: Original strand, 35387624 - 35387703
Alignment:
Q  311 aaacaagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35387624 aaacgagataagcaagaaaggaagaacaaacacaccaaaaagattgttgacccaattcagccaatatggcctaatctggg 35387703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 193 - 389
Target Start/End: Original strand, 33768021 - 33768220
Alignment:
Q  193 caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa--aaccagccctagactagtgtataacaaaagca 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  ||||||   ||||||| ||||||||  || |||||  || ||| |||||| ||||| ||    
T  33768021 caatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgacctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaacca 33768120  T
Q  291 cacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaagg---aagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatct 386  Q
    || | ||||||||||||||||  || ||||| | | ||| |   ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33768121 catatagagctaacaagcata--caggataaacgataaaaggaaaagaacaaa-caccgagcaagattgttgacccagttcagccaatgtggcctaatct 33768217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 219
Target Start/End: Original strand, 31180079 - 31180142
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtg 219  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31180079 tgttgtgaatccggttgaaactcacaccaatgaa--taacaatgatgtgtggagcaagagatagtg 31180142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 210
Target Start/End: Original strand, 35387474 - 35387527
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaa 210  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||    
T  35387474 tgttgtgaatccggttaaaactcacaccaatg---taaacaaagatgtgtggagcaa 35387527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 155; Significance: 3e-82; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 153 - 389
Target Start/End: Original strand, 51520257 - 51520498
Alignment:
Q  153 ctgttgtgattccggttg-aaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa 251  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  51520257 ctgttgtgaatccggttccaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaa 51520356  T
Q  252 acaaca--aaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataag-caagaaaggaagaacaaaacaccga 347  Q
    ||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||| ||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||    
T  51520357 acaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccatacaaagagataacaaagcataaacaagataagtgataaaaggaagaacaaaacaccga 51520456  T
Q  348 gaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  51520457 gaagattgttgacccagttctgccaatatggcctaatctggg 51520498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 3813846 - 3814065
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctaga 271  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||| ||| ||||||    
T  3813846 tcacaccaatgaaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagagcaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagtcctaga 3813945  T
Q  272 ctagtgtataac-aaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttcag 369  Q
    |||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||    
T  3813946 ctagtgtatcgcaaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccatgcaagattgttgacccagttcag 3814045  T
Q  370 ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  3814046 ccaatatggcctaatctggg 3814065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 153 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 56146996 - 56146755
Alignment:
Q  153 ctgttgtgattccggttg-aaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa 251  Q
    ||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  56146996 ctgttgtgaatccggttccaaattcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctccaagcaa 56146897  T
Q  252 acaaca--aaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataag-caagaaaggaagaacaaaacaccga 347  Q
    ||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||    
T  56146896 acaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataagtgataaaaggaagaacaaaacaccga 56146797  T
Q  348 gaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  56146796 gaagattgttggtccagttcagccaatatggcctaatctggg 56146755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 9224668 - 9224451
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  9224668 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagac 9224569  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagc-aagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 370  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| || | ||||| |||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9224568 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcggtaaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 9224470  T
Q  371 caatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||    
T  9224469 caatatggcctaatctggg 9224451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Original strand, 24741748 - 24741981
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-- 251  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||      
T  24741748 tgttgtgaatccggttgaaactcacaccaatgaaa---acaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgaaca-aaatggtttccaagcaaca 24741843  T
Q  252 acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgagaa 350  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24741844 acaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccaagaa 24741942  T
Q  351 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24741943 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 24741981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 9229455 - 9229238
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  9229455 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagac 9229356  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagc-aagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 370  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| || | ||||| |||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9229355 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcggtaaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttaacccagttcagc 9229257  T
Q  371 caatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||    
T  9229256 caatatggcctaatctggg 9229238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 18855549 - 18855768
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa-aaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  |    
T  18855549 tcacaccaatgaaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttccaagcaaacaacaacaaacagccctaagc 18855648  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataa--gcaagaaaggaagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttcag 369  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18855649 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaaggaaagaacaaaacaccgagcaagattgttgacccagttcag 18855748  T
Q  370 ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  18855749 ccaatatggcctaatctggg 18855768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Original strand, 29760449 - 29760682
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-- 251  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |  | |||||||||||||||||      
T  29760449 tgttgtgaatccggttgaaactcacaccaatgaaa--aacaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaataaaca-aaatggtttccaagcaaca 29760545  T
Q  252 acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgagaa 350  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29760546 acaacaaaacaa-ccctagactagtgtagagcaaaaccacacaaagagagaacaaagca-aaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccaagaa 29760643  T
Q  351 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29760644 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 29760682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 45348079 - 45347861
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||  ||| ||| |||||||    
T  45348079 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtcttcaagctaacaacaacaaaacagtcctagac 45347980  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagc--aagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcag 369  Q
    ||||||| | ||||| ||||| ||||| |  | ||||| |||||||||||||   | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45347979 tagtgtaaagcaaaaccacac-aagagattccaaagcacaaacaagataagcggtaaaaggaaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcag 45347881  T
Q  370 ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  45347880 ccaatatggcttaatctggg 45347861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 45357558 - 45357340
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||  ||| ||| |||||||    
T  45357558 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtcttcaagctaacaacaacaaaacagtcctagac 45357459  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagc--aagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcag 369  Q
    ||||||| | ||||| ||||| ||||| |  | ||||| |||||||||||||   | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45357458 tagtgtaaagcaaaaccacac-aagagattccaaagcacaaacaagataagcggtaaaaggaaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcag 45357360  T
Q  370 ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  45357359 ccaatatggcataatctggg 45357340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 5732486 - 5732706
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||| ||||||||  |    
T  5732486 tcacaccaatgaaa-atacaatgatgtgtggagcaagtgatggtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagctaacaacaacaaaacagccctaagc 5732584  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagcaagaaagg-aagaac----aaaacaccg-agaagattgttgacccagt 365  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||||| |   ||||| ||||||    ||||||| | | |||||||||||||||||    
T  5732585 tagtgtatagtaaaaccacacaaagagctaacaaagc--aaacaagataaacggtaaaggaaagaacaaaaaaaacactgaacaagattgttgacccagt 5732682  T
Q  366 tcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  5732683 tcagccaatatggcctaatctggg 5732706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 314 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 28468660 - 28468586
Alignment:
Q  314 caagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctgg 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28468660 caagataagcaagaaaggaagaacaaacacaccaa-aagattgttgacccagttcagccaatatgacctaatctgg 28468586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 315 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 31985764 - 31985689
Alignment:
Q  315 aagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcag-ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||    
T  31985764 aagataagcaagaaaggaagaacaaacacacc-aaaagattgttgacccagttcggtccaatatgacctaatctggg 31985689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 155; Significance: 3e-82; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 152 - 389
Target Start/End: Original strand, 7167049 - 7167285
Alignment:
Q  152 tctgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa 251  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  7167049 tctgttgtgaatccggttgaaactcacaccaatgaaa--aacaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagca-aaatggtttccaagcaa 7167145  T
Q  252 --acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgag 348  Q
      |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7167146 caacaacaaaac-agccctagactagtgtagagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccaag 7167244  T
Q  349 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7167245 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 7167285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 22173456 - 22173239
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  22173456 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagac 22173357  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagc-aagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 370  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| || | ||||| ||| |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22173356 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaataagataagcggtaaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 22173258  T
Q  371 caatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||    
T  22173257 caatatggcctaatctggg 22173239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 2671876 - 2671642
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaac 253  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||||||    
T  2671876 tgttgtgaatccggttaaaactcacaccaatgaaa---acaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagc-caaatggtctccaagcaaac 2671781  T
Q  254 aacaa---aaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgaga 349  Q
    |||||   || ||||||||| |||||||| |  |||| ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2671780 aacaacaaaaacagccctagtctagtgtagagaaaaaccacacaaagagataacaaagca-aaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccaaga 2671682  T
Q  350 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2671681 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 2671642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 8739354 - 8739119
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa- 252  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||  |||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||     
T  8739354 tgttgtgaattcggttgagactcacaccaatgaaa---acaaagatgtgtggagcaagaaatagtggtaatctatgagt-caaatggtttccaagcaaat 8739259  T
Q  253 --caacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagc-acacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgag 348  Q
      |||||||| | |||||||||| || || ||||||| | |||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8739258 aacaacaaaaaccgccctagacttgtttagaacaaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccaag 8739160  T
Q  349 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8739159 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 8739119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 9091592 - 9091357
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa- 252  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||  |||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||     
T  9091592 tgttgtgaattcggttgagactcacaccaatgaaa---acaaagatgtgtggagcaagaaatagtggtaatctatgagt-caaatggtttccaagcaaat 9091497  T
Q  253 --caacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagc-acacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgag 348  Q
      |||||||| | |||||||||| || || ||||||| | |||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9091496 aacaacaaaaaccgccctagacttgtttagaacaaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccaag 9091398  T
Q  349 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9091397 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 9091357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 28504145 - 28503920
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-- 251  Q
    |||||||| ||||||   ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||  | ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||      
T  28504145 tgttgtgaatccggtcttaactcacaccaatgaat--aacaatgatgtgtggagcaaaaggtagtgataatctatgagaa-aaatggtttccaagcaaca 28504049  T
Q  252 acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgagaa 350  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||         |||||||||||||||||||||||    
T  28504048 acaacaaaac-agcccttgactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaaagcataaacaaga---------aaggaagaacaaaacaccgagaa 28503959  T
Q  351 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28503958 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 28503920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 153 - 389
Target Start/End: Original strand, 8477170 - 8477403
Alignment:
Q  153 ctgttgtgattccggt-tgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa 251  Q
    ||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| | ||| | || ||||||||    
T  8477170 ctgttgtgaatccggtataaaactcacaccaatgaaa---acaaagatgtgtggagcaaaagatagtggtaatcaaagagtaaaaa-gtttcccaagcaa 8477265  T
Q  252 --acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgag 348  Q
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| | | |  ||  |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||    
T  8477266 caacaacaaaaccagccctagactagtgtagaacaacaccacaaagataa-tacaaagca--aacaagataagcaagaaagaaagaacaaacacaccaag 8477362  T
Q  349 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8477363 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 8477403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 18656256 - 18656476
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||| ||||||||  |    
T  18656256 tcacaccaatgaaa-atacaatgatgtgtggagcaagtgatggtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagctaacaacaacaaaacagccctaagc 18656354  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagcaagaaagg-aagaac----aaaacaccg-agaagattgttgacccagt 365  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||||| |   ||||| ||||||    ||||||| | | |||||||||||||||||    
T  18656355 tagtgtatagaaaaaccacacaaagagctaacaaagc--aaacaagataaacggtaaaggaaagaacaaaaaaaacactgaacaagattgttgacccagt 18656452  T
Q  366 tcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  18656453 tcagccaatatggcctaatctggg 18656476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 2677351 - 2677131
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||  ||||||| |||||||  ||| |||||  ||    
T  2677351 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaag 2677252  T
Q  271 actagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagat-aagcaagaaagg--aagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagtt 366  Q
     ||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| || || |||| |  |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  2677251 cctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat-aacaagataaaccatgaaaagaaaagaac-aaacaccaagcaagattgttgacccagtt 2677154  T
Q  367 cagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  2677153 cagccaatgtggcctaatctggg 2677131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 311 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 40372929 - 40372851
Alignment:
Q  311 aaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40372929 aaacaagataagcaagataggaagaacaaaacaccaagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 40372851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 2673195 - 2672975
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||  ||||||  ||||||| |||||||  ||| |||||  ||    
T  2673195 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagtaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaag 2673096  T
Q  271 actagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagat-aagcaagaaagg--aagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagtt 366  Q
     ||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| || || |||| |  |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  2673095 cctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat-aacaagataaaccatgaaaagaaaagaac-aaacaccaagcaagattgttgacccagtt 2672998  T
Q  367 cagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  2672997 cagccaatgtggcctaatctggg 2672975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 10207755 - 10207975
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  ||||||| |||||||  ||| |||||  ||    
T  10207755 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaag 10207854  T
Q  271 actagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagat-aagcaagaaagg--aagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagtt 366  Q
     ||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| || || |||| |  |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  10207855 cctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat-aacaagataaaccatgaaaagaaaagaac-aaacaccaagcaagattgttgacccagtt 10207952  T
Q  367 cagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  10207953 cagccaatgtggcctaatctggg 10207975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 8512037 - 8512258
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaa-caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||  ||| |||||  ||    
T  8512037 tcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggcttccaagctaacaacaacaaaacagcctaag 8512136  T
Q  271 actagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagat-aagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagt 365  Q
     ||| ||| || || || ||||| ||||| ||||||||||  ||||||| || | | ||| |||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8512137 cctaatgtgtagcacaaccacactaagagttaacaagcat--acaagataaaacgataaacgaaaacgaacaaaacaccgagcaagattgttgacccagt 8512234  T
Q  366 tcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  8512235 tcagccaatgtggcctaatctggg 8512258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 8516917 - 8517138
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaa-caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||  ||| |||||  ||    
T  8516917 tcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggcttccaagctaacaacaacaaaacagcctaag 8517016  T
Q  271 actagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagat-aagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagt 365  Q
     ||| ||| || || || ||||| ||||| ||||||||||  ||||||| || | | ||| |||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8517017 cctaatgtgtagcacaaccacactaagagttaacaagcat--acaagataaaacgataaacgaaaacgaacaaaacaccgagcaagattgttgacccagt 8517114  T
Q  366 tcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  8517115 tcagccaatgtggcctaatctggg 8517138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 314 - 386
Target Start/End: Original strand, 1305914 - 1305986
Alignment:
Q  314 caagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatct 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1305914 caagataagcaagaaaggaagaacaaacacaccaa-aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatct 1305986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 154 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 40373085 - 40372986
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaac 253  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||   |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  40373085 tgttgtgaatccggttaaaactcacaccaatgaaa---acaaaggtgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgggca-aaatggtttccaagcaaac 40372990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 201 - 384
Target Start/End: Original strand, 24967957 - 24968143
Alignment:
Q  201 tgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaaga 298  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  ||||||| |||||||  ||| |||||  || ||| |||||| ||||| ||||| ||||    
T  24967957 tgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaaga 24968056  T
Q  299 gctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaat 384  Q
    ||||||||||||  ||||||||| | | ||| |||   |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  24968057 gctaacaagcat--acaagataaacgataaaagaaaacgaac-aaacaccgagcaagattgttgacccagttcagccaatgtggcttaat 24968143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 32475306 - 32475526
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaa-caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa-caacaa--aaccagcccta 269  Q
    |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  |||||||  ||||| | || ||||||  || |||||  |    
T  32475306 tcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaaactaatcaacaacaaaacagcctaa 32475405  T
Q  270 gactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagt 365  Q
    | ||| |||| | ||||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||| | | ||| |||   |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  32475406 gcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcata--caagataaacgataaaagaaaacgaacaaaacaccaagcaagattgttgacccagt 32475502  T
Q  366 tcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  32475503 tcagccaatgtggcctaatctggg 32475526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 315 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 26928721 - 26928647
Alignment:
Q  315 aagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26928721 aagataagctagaaagaaagaacaaacacaccaa-aagattgttgacccagttcagccaatatgacctaatctggg 26928647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 32480163 - 32480384
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaa--caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa-caacaa--aaccagccct 268  Q
    |||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  |||||||  ||||| | || ||||||  || |||||      
T  32480163 tcacaccaatgagaataaatccaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaaactaatcaacaacaaaacagccta 32480262  T
Q  269 agactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccag 364  Q
    || ||| |||| | ||||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||| | | ||| |||   |||||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  32480263 agcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcata--caagataaacgataaaagaaaacgaacaaaacaccaaccaagattgttgacccag 32480359  T
Q  365 ttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||| ||||||||||||||    
T  32480360 ttcagccaatgtggcctaatctggg 32480384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 314 - 373
Target Start/End: Original strand, 1309819 - 1309878
Alignment:
Q  314 caagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcagccaa 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  1309819 caagataagcaagaaaggaagaacaaacacacc-aaaagattgttgacccagttcagccaa 1309878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 315 - 389
Target Start/End: Original strand, 32143287 - 32143362
Alignment:
Q  315 aagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcag-ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||||    
T  32143287 aagataagcaagaaaggaagaacaaacacacc-aaaagattgttgacctagttcggtccaatatgacctaatctggg 32143362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 315 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 27986567 - 27986492
Alignment:
Q  315 aagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcag-ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||    
T  27986567 aagataagcaagaaagaatgaacaaacacaccaa-aagattgttgacccagttcggtccaatatgacctaatctggg 27986492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355 (Bit Score: 151; Significance: 8e-80; HSPs: 2)
Name: scaffold0355
Description:

Target: scaffold0355; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 9902 - 9686
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa--aaccagccctaga 271  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||  || ||||||||      
T  9902 tcacaccaatgaaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagagcaaatggtctccaaccaaacaacaacaaaacagccctaag 9803  T
Q  272 ctagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagcc 371  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9802 ctagtatatagcaaaaccacacaa-gagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagcc 9704  T
Q  372 aatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||    
T  9703 aatatggcctaatctggg 9686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 175 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 143 - 1
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa--aaccagccctaga 271  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||      |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||  || ||||||||      
T  143 tcacaccaattaaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgata------atcaatgagagcaaatggtctccaagtaaacaacaacaaaacagccctaag 50  T
Q  272 ctagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagc 323  Q
    |||||||||| ||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  49 ctagtgtatagcaaaaccacac---gagctaacaagcataaacaagataagc 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 24024589 - 24024370
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||   |||    
T  24024589 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagcctatgac 24024490  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaag-aaaggaagaac-aaaacaccg-agaagattgttgacccagttcag 369  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  24024489 tagtatatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaaggaagaacaaaaacaccgaacaagattgttgacccagttcag 24024390  T
Q  370 ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  24024389 ccaatatggcctaatctggg 24024370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 12396735 - 12396952
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  12396735 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctagac 12396834  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagcaagaaa-ggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 370  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| || | ||||| |||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12396835 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcggtaaagggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 12396933  T
Q  371 caatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||    
T  12396934 caatatggcctaatctggg 12396952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 12406155 - 12406372
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  12406155 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctagac 12406254  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagc-aagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 370  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| || | ||||| |||||||||||||    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12406255 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcggtaaaagaaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 12406353  T
Q  371 caatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||    
T  12406354 caatatggcctaatctggg 12406372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 4866553 - 4866771
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||| ||| |||||||    
T  4866553 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgaggacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagtcctagac 4866652  T
Q  273 tagtgtataac-aaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagc-aagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcag 369  Q
    ||||||||| | |||| |||||||| || || | ||||| |||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4866653 tagtgtatagcaaaaaccacacaaaaagataccaaagca-aaacaagataagcggtaaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcag 4866751  T
Q  370 ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  4866752 ccaatatggcctaatctggg 4866771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 19992135 - 19992354
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa-aaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| || ||||||||  |    
T  19992135 tcacaccaatgaaataaaccaaagatgtgtggagcaggtgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttccaagcttacaacaacaaacagccctaagc 19992234  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataa--gcaagaaaggaagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttcag 369  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19992235 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaaggaaagaacaaaacaccgagcaagattgttgacccagttcag 19992334  T
Q  370 ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  19992335 ccaatatggcctaatctggg 19992354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 20357837 - 20357603
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaac 253  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||| ||||||| |||    
T  20357837 tgttgtgaatccggttgaaactcacaccaatgaaa---acaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagc-caaatggtctccaagctaac 20357742  T
Q  254 aacaa---aaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaa-ggaagaacaaaacaccgag 348  Q
    |||||   || |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||    
T  20357741 aacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaaccacacaaagagataacaaagca--aacaagataagcaagaaaaggaagaacaaaataccaag 20357644  T
Q  349 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20357643 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatttggg 20357603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 175 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 31109844 - 31109630
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||| |||||||| ||    
T  31109844 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtgcagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagcccta-ac 31109746  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagcaag-aaaggaagaacaaaacaccg-agaagattgttgacccagttcag 369  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||| |  | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  31109745 tagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaagataaacaagaaaaggaagaacaaaacaccgaacaagattgttgacccagttcag 31109647  T
Q  370 ccaatatggcctaatct 386  Q
    |||||||||||||||||    
T  31109646 ccaatatggcctaatct 31109630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 152 - 389
Target Start/End: Original strand, 2057763 - 2058006
Alignment:
Q  152 tctgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagca- 250  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||     
T  2057763 tctgttgtgaatccggttgaaactcacaccaatgaa--aaacaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgag-tcaaatggtttccaagcaa 2057859  T
Q  251 --aacaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagc----ataaacaagataagcaa-gaaaggaagaacaaaac 342  Q
      |||||||||| | |||||||||| || || | ||||| ||||||||||| || | ||||    | |||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  2057860 acaacaacaaaaaccgccctagacttgtttagagcaaaaccacacaaagagataccaaagcaaaaaaaaacaagataagcaataaaaggaagaacaaaac 2057959  T
Q  343 accgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2057960 accaagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 2058006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 21812501 - 21812282
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa-aaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||  |    
T  21812501 tcacaccaatgaaataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatggcttccaagctaacaacaacaaacagccctaagc 21812402  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaagg--aagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttcag 369  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |   ||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21812401 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagttaacaagcataaacaagataaacggtaaaagaaaagaacaaaacaccgagcaagattgttgacccagttcag 21812302  T
Q  370 ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||| ||||||||||||||    
T  21812301 ccaatgtggcctaatctggg 21812282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 1533730 - 1533500
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-- 251  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||      
T  1533730 tgttgtgaatccggttaaaactcacaccaatgaaa---acaaagatgtgtggagcaaaatatagtggtaatcaatgagaaaaaa--gtttccaagcaaca 1533636  T
Q  252 acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaa 350  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| | ||| | |||| | |||  ||  |||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||    
T  1533635 acaacaaaaccagccccagtctagtgtagagcaacaccacaaagagaa-tacaaagca--aacaatataagcaagaaagaaagaacaaacacaccaataa 1533539  T
Q  351 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1533538 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 1533500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 154 - 386
Target Start/End: Original strand, 21645818 - 21646044
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-- 251  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||  |  |||||||||| ||||| |  ||  || |||||||||      
T  21645818 tgttgtgaatccggttaaaactcacaccaatg---taaacaaagatgtgtggagcaaaagggagtggtaatctatgagta--aagtgtctccaagcaaca 21645912  T
Q  252 acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaa 350  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| | ||| | ||||   ||||   ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||    
T  21645913 acaacaaaaacagccctagtctagtgtagagcaacaccaca---agagaatacaaa-acaaacaagataagcaagaaaggaagaacaaacacaccaaaaa 21646008  T
Q  351 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatct 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21646009 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatct 21646044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 311 - 389
Target Start/End: Original strand, 21639770 - 21639849
Alignment:
Q  311 aaacaagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21639770 aaacaagataagcaagaaaggaagaacaaacacaccaaaaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 21639849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 311 - 389
Target Start/End: Original strand, 18408726 - 18408804
Alignment:
Q  311 aaacaagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18408726 aaacaagataagcaagaaagaaagaacaaacacaccaa-aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 18408804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 24266466 - 24266246
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaa-caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa-caacaa--aaccagcccta 269  Q
    |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  |||||||  ||||||| || ||||||  || |||||  |    
T  24266466 tcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaa 24266367  T
Q  270 gactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagt 365  Q
    | ||| |||| | ||||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||| | | |||||||   |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  24266366 gcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcata--caagataaacgataaaggaaaacgaacaaaacaccaagcaagattgttgacccagt 24266270  T
Q  366 tcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  24266269 tcagccaatgtggcctaatctggg 24266246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 314 - 389
Target Start/End: Original strand, 18413606 - 18413681
Alignment:
Q  314 caagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18413606 caagataagcaagaaagaaagaacaaacacaccaa-aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 18413681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 16879894 - 16880114
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaa-caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa-caacaa--aaccagcccta 269  Q
    |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  |||||||  ||||||| || ||||||  || |||||  |    
T  16879894 tcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaa 16879993  T
Q  270 gactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagt 365  Q
    | ||| |||| | ||||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||| | | ||| |||   |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  16879994 gcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcata--caagataaacgataaaagaaaacgaacaaaacaccaagcaagattgttgacccagt 16880090  T
Q  366 tcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  16880091 tcagccaatgtggcctaatctggg 16880114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 16884750 - 16884970
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaa-caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa-caacaa--aaccagcccta 269  Q
    |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  |||||||  ||||||| || ||||||  || |||||  |    
T  16884750 tcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaa 16884849  T
Q  270 gactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagt 365  Q
    | ||| |||| | ||||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||| | | ||| |||   |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  16884850 gcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcata--caagataaacgataaaagaaaacgaacaaaacaccaagcaagattgttgacccagt 16884946  T
Q  366 tcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  16884947 tcagccaatgtggcctaatctggg 16884970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 24261587 - 24261367
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaa-caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa-caacaa--aaccagcccta 269  Q
    |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  |||||||  ||||||| || ||||||  || |||||  |    
T  24261587 tcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaa 24261488  T
Q  270 gactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagt 365  Q
    | ||| |||| | ||||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||| | | ||| |||   |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  24261487 gcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcata--caagataaacgataaaagaaaacgaacaaaacaccaagcaagattgttgacccagt 24261391  T
Q  366 tcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  24261390 tcagccaatgtggcctaatctggg 24261367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 229
Target Start/End: Original strand, 2479148 - 2479221
Alignment:
Q  154 tgttgtga-ttccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatg 229  Q
    |||||||| |||||||||| | |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||    
T  2479148 tgttgtgagttccggttgataatcacaccaatgaa--aaacaaagatgtgtggagcaaagga-agtggtaatcaatg 2479221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 150 - 229
Target Start/End: Original strand, 47263485 - 47263562
Alignment:
Q  150 cttctgttgtga-ttccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatg 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||  |||||| |||| |||||||||  || ||||||||||||||    
T  47263485 cttctgttgtgagttccggttgataatcacaccaatgaa--aaacaaagatgcgtggagcaaagga-agtggtaatcaatg 47263562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 22010958 - 22010741
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| | |||||||||    
T  22010958 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagccgccctagac 22010859  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagc-aagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 370  Q
     |||||||| ||||| ||||||||||| || | ||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22010858 aagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcgataaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 22010760  T
Q  371 caatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||    
T  22010759 caatatggcctaatctggg 22010741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 6438324 - 6438542
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa-aaccagccctagact 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  ||    
T  6438324 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaaccaatggcttccaagcaaacaacaacaaacagccctaagct 6438423  T
Q  274 agtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataa--gcaagaaaggaagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttcagc 370  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | || | ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  6438424 agtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaaggaaagaacaaaacaccgagcaagattgttgtcccagttcagc 6438523  T
Q  371 caatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||    
T  6438524 caatatggcctaatctggg 6438542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 14737838 - 14737620
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  14737838 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagac 14737739  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacac-aaagagctaac-aagcataaacaagataagc-aagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcag 369  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||||| || | ||||| |||||||||||||    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14737738 tagtgtatagcaaaaccacacaaaagagataccaaagca-aaacaagataagcggtaaaagaaagaacaaaacaccgagaagattgttgatccagttcag 14737640  T
Q  370 ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  14737639 ccaatatggcctaatctggg 14737620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 14742697 - 14742480
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||| |||||||||||    
T  14742697 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagcatacaacaacaaaacagccctagac 14742598  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagc-aagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 370  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| || | ||||| |||||||||||||    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14742597 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagatatcaaagca-aaacaagataagcggtaaaagaaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 14742499  T
Q  371 caatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||| |||||| ||||    
T  14742498 caatatgacctaatttggg 14742480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 11856795 - 11857015
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  11856795 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagac 11856894  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagc-aagaaaggaagaac---aaaacaccgagaagattgttgacccagttc 367  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| || | ||||| |||||||| |||| |  |||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11856895 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagacaagcgataaaaggaagaacaaaaaaacaccaagaagattgttgacccagttc 11856993  T
Q  368 agccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  11856994 agccaatatggcctaatatggg 11857015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 28184325 - 28184546
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaac--aaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagcccta 269  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  28184325 tcacaccaatgaaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagcccta 28184424  T
Q  270 gactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagc--aagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagtt 366  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||||| |  | |||||||||||||||||||   | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28184425 gactagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaagataagcggtaaaaagaaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagtt 28184523  T
Q  367 cagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  28184524 cagccaatatggcctaatctggg 28184546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 28155832 - 28155613
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | ||||| |||||||  ||| |||||   |||    
T  28155832 tcacaccaatgcaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagagcaaatggtcttcaagctaacaacaacaaaacagcctatgac 28155733  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaa--ggaagaacaaaacaccg-agaagattgttgacccagttcag 369  Q
    | ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |   |||  | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  28155732 ttgtgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaatggaaagaacaaaacaccgaacaagattgttgacccagttcag 28155633  T
Q  370 ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||| ||||||||||||||    
T  28155632 ccaatgtggcctaatctggg 28155613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 5675057 - 5674826
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-- 251  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| | ||| | || ||||||||      
T  5675057 tgttgtgaatccggttaaaactcacaccaatgaaa---acaaagatgtgtggagcaaaagatagtggtaatcaaagagtaaaaa-gtttcccaagcaaca 5674962  T
Q  252 acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaa 350  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | ||| | |||| | |||  ||  |||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| |  |    
T  5674961 acaacaaaaccagccctagtctagtgtagagcaacaccacaaagagaa-tacaaagca--aacaatataagcaagaaagaaagaacaaacacaccaaaga 5674865  T
Q  351 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5674864 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 5674826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 6005239 - 6005458
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  ||||||| |||||||  ||| |||||  ||    
T  6005239 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaag 6005338  T
Q  271 actagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaagg---aagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagtt 366  Q
     ||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||| | | ||| |   |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6005339 cctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaaggaaaagaac-aaacaccgagcaagattgttgacccagtt 6005435  T
Q  367 cagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  6005436 cagccaatgtggcctaatctggg 6005458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 16838566 - 16838785
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  | ||||| |||||||  ||| |||||  ||    
T  16838566 tcacaccaatgagaataaaccaatgatatgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggccttcaagctaacaacaacaaaacagcctaag 16838665  T
Q  271 actagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagtt 366  Q
     ||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||| | | ||| |||   |||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16838666 cctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaagaaaacgaac-aaacaccgagcaagattgttgacccagtt 16838762  T
Q  367 cagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||| |||| |||||||||    
T  16838763 cagccaatgtggcttaatctggg 16838785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 193 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 33330690 - 33330489
Alignment:
Q  193 caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagactagtgtataac-aaaagc 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  ||||||| |||||||  ||| |||||  || ||| |||||| | |||| |    
T  33330690 caatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaacc 33330591  T
Q  290 acacaaagagctaacaagcataaacaagat-aagcaagaaagg--aagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatc 385  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||| || || |||| |  |||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33330590 acactaagagctaacaagcat-aacaagataaaccatgaaaagaaaagaac-aaacaccaagcaagattgttgacccagttcagccaatgtggcctaatc 33330493  T
Q  386 tggg 389  Q
    ||||    
T  33330492 tggg 33330489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 193 - 386
Target Start/End: Original strand, 5343322 - 5343519
Alignment:
Q  193 caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa--aaccagccctagactagtgtataacaaaagc- 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  ||||||| ||||||||  || |||||  || |||  ||||| ||||| |     
T  5343322 caatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaaagtatagcaaaaacc 5343421  T
Q  290 acacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatc 385  Q
    |||| |||||||||||||||||  |||||||| | | |||||||   ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5343422 acactaagagctaacaagcata--caagataaacgataaaggaaaacgaacaaa-caccgagcaagattgttgacccagttcagccaatgtggcctaatc 5343518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 154 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 30126084 - 30125940
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaac 253  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||   |||| ||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||  |||||||| ||||||| |||    
T  30126084 tgttgtgaatccggttgaaaatcacaccaatgaaa---acaaagatgtgtggagcaagaggtagtgataatctatgagc-caaatggtctccaagctaac 30125989  T
Q  254 ---aacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagag 299  Q
       ||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  30125988 tacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaaccacacaaagag 30125940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 33336207 - 33335986
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  ||||| | |||||||  ||| |||||  ||    
T  33336207 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaaactaacaacaacaaaacagcctaag 33336108  T
Q  271 actagtgtata-acaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagat-aagcaagaaagg--aagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagt 365  Q
     ||| ||||||   |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| || || |||| |  |||||| ||||||| || |||||||||||||||||    
T  33336107 cctaatgtatagtaaaaaccacactaagagctaacaagcat-aacaagataaaccatgaaaagaaaagaac-aaacaccaagcaagattgttgacccagt 33336010  T
Q  366 tcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||| || |||||||||||    
T  33336009 tcagccaatgtgacctaatctggg 33335986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 154 - 229
Target Start/End: Original strand, 31936398 - 31936470
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatg 229  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||  |  ||||||||||||||    
T  31936398 tgttgtgaatccggttaaaa-tcacaccaatgaaa--aacaaagatgtgtggagcaaaaggaagtggtaatcaatg 31936470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 44312885 - 44312668
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| | |||||||||    
T  44312885 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagccgccctagac 44312786  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagc-aagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 370  Q
     |||||||| ||||| ||||||||||| || | ||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44312785 aagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcgataaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 44312687  T
Q  371 caatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||    
T  44312686 caatatggcctaatctggg 44312668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 152 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 11099219 - 11098983
Alignment:
Q  152 tctgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa 251  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||    
T  11099219 tctgttgtgaatccggttgaaactcacaccaatgaaa--aacaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgaaca-aaatggtttccaagcaa 11099123  T
Q  252 --acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgag 348  Q
      ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| || ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  11099122 caacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataaggaagaaaggaagaacaaaacaccaag 11099024  T
Q  349 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11099023 aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 11098983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Original strand, 14291295 - 14291529
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaac 253  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||   |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  14291295 tgttgtgaatccggttaaaactcacaccaatgaaa---acaaaggtgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgggca-aaatggtttccaagcaaac 14291390  T
Q  254 aacaa---aaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgaga 349  Q
    |||||   || ||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  14291391 aacaacaaaaacagccctagactaatgtagagcaaaaccacacaaagagataacaaagca-aaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccaaga 14291489  T
Q  350 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14291490 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 14291529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 9296691 - 9296457
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaac 253  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||  | ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  9296691 tgttgtgaatccggttaaaactcacaccaatgaaa---acaaagatgtgtggagcaaaaggtagtggtaatctatgagca-aaatggtttccaagcaaac 9296596  T
Q  254 aacaa---aaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgaga 349  Q
    |||||   || ||||||||| |||||||| | ||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9296595 aacaacaaaaacagccctagtctagtgtagagcaaaaccacacaaagagataacaaagca-aaacaagaaaagcaagaaaggaagaacaaaacaccaaga 9296497  T
Q  350 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9296496 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatttggg 9296457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 32246607 - 32246829
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctaga 271  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||| ||| ||||||    
T  32246607 tcacaccaatgaaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtctccaagctaacaacaacaaaacagtcctaga 32246706  T
Q  272 ctagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagcaag----aaaggaagaacaaaacaccg-agaagattgttgacccagt 365  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||||| |  | ||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||  ||    
T  32246707 ctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcataaacaagataagcaagaaaaaaaggaagaacaaaacaccgaacaagattgttgaccttgt 32246805  T
Q  366 tcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  32246806 tcagccaatatggcctaatctggg 32246829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 39812250 - 39812032
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctaga 271  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||| ||||||||      
T  39812250 tcacaccaatgaaataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagccctaag 39812151  T
Q  272 ctagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagc-aagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcag 369  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||||| |  | ||||| |||||||||||||    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39812150 ctagtgtatagcaaaaccacac-aagagattccaaagcacaaacaagataagcggtaaaagaaagaacaaaacaccgagaagattgttgaaccagttcag 39812052  T
Q  370 ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  39812051 ccaatatggcctaatctggg 39812032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 175 - 386
Target Start/End: Original strand, 19344243 - 19344459
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctaga 271  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||| |||||||  ||| |||||  ||     
T  19344243 tcacaccaatgaaataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagc 19344342  T
Q  272 ctagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaagg---aagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttc 367  Q
    ||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||| | | ||| |   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19344343 ctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaaggaaaagaacaaaacaccgagcaagattgttgacccagttc 19344440  T
Q  368 agccaatatggcctaatct 386  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  19344441 agccaatgtggcctaatct 19344459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 175 - 386
Target Start/End: Original strand, 19349101 - 19349317
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctaga 271  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||| |||||||  ||| |||||  ||     
T  19349101 tcacaccaatgaaataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagc 19349200  T
Q  272 ctagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaagg---aagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttc 367  Q
    ||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||| | | ||| |   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19349201 ctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaaggaaaagaacaaaacaccgagcaagattgttgacccagttc 19349298  T
Q  368 agccaatatggcctaatct 386  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  19349299 agccaatgtggcctaatct 19349317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Original strand, 25398305 - 25398536
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-- 251  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||  |  |||||||||| ||| | |  ||  || |||||||||      
T  25398305 tgttgtgaatctggttgaaactcacaccaatg---taaacaaagatgtgtggagcaaaaggaagtggtaatctatgtgta--aagtgtctccaagcaaca 25398399  T
Q  252 acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgaga 349  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||| | ||||||| |||   |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |    
T  25398400 acaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccacacaa-gagaatacaaagca--aacaagataagcaagaaaggaagaacaaacacaccaaaa 25398496  T
Q  350 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25398497 agattgttgacccagttcagccaatatgacctaatctggg 25398536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Original strand, 25403443 - 25403674
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-- 251  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||  |  |||||||||| ||| | |  ||  || |||||||||      
T  25403443 tgttgtgaatccggttgaaactcacaccaatg---taaacaaagatgtgtggagcaaaaggaagtggtaatctatgtgta--aagtgtctccaagcaaca 25403537  T
Q  252 acaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgaga 349  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||| | ||||||| |||   |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |    
T  25403538 acaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccacacaa-gagaatacaaagca--aacaagataagcaagaaaggaagaacaaacacaccaaaa 25403634  T
Q  350 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  25403635 agattgttgactcagttcagccaatatgacctaatctggg 25403674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 314 - 389
Target Start/End: Original strand, 3491716 - 3491791
Alignment:
Q  314 caagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3491716 caagataagcaagaaaggaagaacaaacacaccaa-aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 3491791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 315 - 389
Target Start/End: Original strand, 40738810 - 40738884
Alignment:
Q  315 aagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  40738810 aagataagctagaaaggaagaacaaacacaccaa-aagattgttgacccagttcagccaatatgacctaatctggg 40738884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 349 - 389
Target Start/End: Original strand, 8040060 - 8040101
Alignment:
Q  349 aagattgttgacccagttcag-ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  8040060 aagattgttgacccagttcagtccaatatgacctaatctggg 8040101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 349 - 389
Target Start/End: Original strand, 21629944 - 21629985
Alignment:
Q  349 aagattgttgacccagttcag-ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  21629944 aagattgttgacccagttcagtccaatatgacctaatctggg 21629985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold0135
Description:

Target: scaffold0135; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 35323 - 35106
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  35323 tcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagac 35224  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaac-aagcataaacaagataagc-aagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagc 370  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| || | ||||| |||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35223 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagataccaaagca-aaacaagataagcggtaaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttaacccagttcagc 35125  T
Q  371 caatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||    
T  35124 caatatggcctaatctggg 35106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 44024135 - 44023917
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa-aaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  |    
T  44024135 tcacaccaatgaaataaaccaatgatgtgtggagcaactgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttccaagcaaacaacaacaaacagccctaagc 44024036  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaagg-aagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttcagc 370  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44024035 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaatggtaaaggaaagaacaaaacaccgagcaagattgttgacccagttcagc 44023936  T
Q  371 caatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||    
T  44023935 caatatggcctaatctggg 44023917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 39445322 - 39445541
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa-aaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  |    
T  39445322 tcacaccaatgaaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgtgaacaaatggcttccaagcaaacaacaacaaacagccctaagc 39445421  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataa--gcaagaaaggaagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttcag 369  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39445422 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaaggaaagaacaaaacaccgagcaagattgttgacccagttcag 39445521  T
Q  370 ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  39445522 ccaatatggcctaatctggg 39445541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 25445352 - 25445133
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa-aaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  |    
T  25445352 tcacaccaatgaaataaaccaatgatgtgtggagcaagcgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttccaagcaaacaacaacaaacagccctaagc 25445253  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataa--gcaagaaaggaagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttcag 369  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||  |  | || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25445252 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcgtaaacaagataaacggtaaaaggaaagaacaaaacaccgagcaagattgttgacccagttcag 25445153  T
Q  370 ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  25445152 ccaatatggcctaatctggg 25445133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 1055274 - 1055055
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa-aaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||  ||||||| || ||||||||  |    
T  1055274 tcacaccaatgaaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgtgaacaaatgtcttccaagcttacaacaacaaacagccctaagc 1055175  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataa--gcaagaaaggaagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttcag 369  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1055174 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaaggaaagaacaaaacaccgagcaagattgttgacccagttcag 1055075  T
Q  370 ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  1055074 ccaatatggcctaatctggg 1055055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 41398060 - 41398277
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa-----aaccagccct 268  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||     || |||||||    
T  41398060 tcacaccaatgaaataaaccaattatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacatatggtctccaagcaaacaacaacaacaaaacagccct 41398159  T
Q  269 agactagtgtataacaaaag--cacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagt 365  Q
    | ||||||||||| |||||   ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41398160 a-actagtgtatagcaaaaaaccacacaaagagataccaaagcataaacaagataag-----aaggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagg 41398253  T
Q  366 tcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  41398254 tcagccaatatggcctaatctggg 41398277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 190 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 24787624 - 24787420
Alignment:
Q  190 aaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-----acaacaaaac-cagccctagactagtgtataac 283  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||     |||||||||  ||||||||||||  |||| | |    
T  24787624 aaacaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaataaatgagca-aaatggtttccaagcaacaacaacaacaaaaaacagccctagacttatgtagagc 24787526  T
Q  284 aaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaa-ggaagaacaaaacaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcct 381  Q
    |||| ||||||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24787525 aaaaccacacaaagagataacaaagca--aacaagataagcaagaaaaggaagaacaaaacaccaagaagattgttgacccagttcagccaatatggcct 24787428  T
Q  382 aatctggg 389  Q
    ||||||||    
T  24787427 aatctggg 24787420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 24203054 - 24202825
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaac 253  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||  |  |||||||||| ||| | |  ||  || |||||||||||    
T  24203054 tgttgtgaatccggttaaaactcacaccaatgaaa---acaaagatgtgtggagcaaaagggagtggtaatctatgtgta--aagtgtctccaagcaaac 24202960  T
Q  254 aacaa--aaccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgagaa 350  Q
    |||||  || |||||||| ||||||||| | ||| | |||| | |||  ||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||    
T  24202959 aacaacaaaacagccctaaactagtgtagagcaacaccaca-agagaa-tacaaagca--aacaagataagcaagaaaggaagaacaaacacaccaaaaa 24202864  T
Q  351 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24202863 gattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 24202825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 193 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 43988709 - 43988508
Alignment:
Q  193 caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctagactagtgtataacaaaagca 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||  ||| |||||  || ||| |||||| || || ||    
T  43988709 caatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggcttccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcacaacca 43988610  T
Q  291 cacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaagg--aagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctg 387  Q
    ||| ||||||||||||||||| |  | | || || |||| |  |||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43988609 cactaagagctaacaagcatacaagataaaaccatgaaaagaaaagaacaaaacaccaagcaagattgtttacccagttcagccaatgtggcctaatctg 43988510  T
Q  388 gg 389  Q
    ||    
T  43988509 gg 43988508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 175 - 253
Target Start/End: Original strand, 41386571 - 41386650
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaac 253  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41386571 tcacaccaatgaaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaac 41386650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 251 - 389
Target Start/End: Original strand, 41390488 - 41390622
Alignment:
Q  251 aacaacaaaaccagccctagactagtgtataacaaaag--cacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccga 347  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||   ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||     |||||||||||||||| |||    
T  41390488 aacaacaaaac-agcccta-actagtgtatagcaaaaaaccacacaaagagatatcaaagcataaacaagataag-----aaggaagaacaaaacatcga 41390580  T
Q  348 gaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41390581 gaagattgttgacccagatcagccaatatggcctaatctggg 41390622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 314 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 19361564 - 19361488
Alignment:
Q  314 caagataagcaagaaa-ggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  19361564 caagataagcaagaaaaggaagaacaaacacaccaa-aagattgttgacccagttcagtcaatatgacctaatatggg 19361488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 314 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 19380204 - 19380128
Alignment:
Q  314 caagataagcaagaaa-ggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  19380204 caagataagcaagaaaaggaagaacaaacacaccaa-aagattgttgacccagttcagtcaatatgacctaatatggg 19380128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 314 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 19358975 - 19358899
Alignment:
Q  314 caagataagcaagaaa-ggaagaacaaa-acaccgagaagattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  19358975 caagataagcaagaaaaggaagaacaaacacatcaa-aagattgttgacccagttcagtcaatatgacctaatatggg 19358899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 19359132 - 19359079
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaa 210  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||    
T  19359132 tgttgtgaatccggttaaaactcacaccaatg---taaacaaagatgtgtggagcaa 19359079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0464 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0464
Description:

Target: scaffold0464; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Original strand, 185 - 404
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa-aaccagccctagac 272  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  |    
T  185 tcacaccaatgaaataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatggtgataatcaatgagaacaaatggcttccaagcaaacaacaacaaacagccctaagc 284  T
Q  273 tagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataa--gcaagaaaggaagaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagttcag 369  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  285 tagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaaggaaagaacaaaacaccgagcaagattgttgacccagttcag 384  T
Q  370 ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  385 ccaatatggcctaatctggg 404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0978 (Bit Score: 96; Significance: 6e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0978
Description:

Target: scaffold0978; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 153 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 528 - 300
Alignment:
Q  153 ctgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa- 251  Q
    ||||||||| |||  || ||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||     
T  528 ctgttgtgaatccatttaaaactcacaccaatgaaa---acaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagcaaaaatggtttccaagcaac 432  T
Q  252 -acaacaaaac-cagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaa-gcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaaacaccgag 348  Q
     |||||||||  |||||||| |||||||   | ||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||    
T  431 aacaacaaaaaacagccctaaactagtgaggagcaaaaccacacaaagagataataaagca-aaacaagataagctagaaagaaagaacaaaacaccaag 333  T
Q  349 aagattgttgacccagttcagccaatatggcct 381  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  332 aagattgttgacctagttcagccaatatggcct 300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 149219 - 149000
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaa-caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa--aaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  ||||||| ||||||||  || |||||  ||    
T  149219 tcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaag 149120  T
Q  271 actagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagtt 366  Q
     ||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||| | | |||||||   ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  149119 cctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata--caagataaacgataaaggaaaacgaacaaa-caccgagcaagattgttgacccagtt 149023  T
Q  367 cagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  149022 cagccaatgtggcctaatctggg 149000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 2514 - 2295
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaa-caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaa--aaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||  |||||||  ||||||| ||||||||  || |||||  ||    
T  2514 tcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgataaagataatccatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaag 2415  T
Q  271 actagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagtt 366  Q
     ||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||| | | |||||||   ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  2414 cctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata--caagataaacgataaaggaaaacgaacaaa-caccgagcaagattgttgacccagtt 2318  T
Q  367 cagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  2317 cagccaatgtggcctaatctggg 2295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 2)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 19428 - 19209
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaa-caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaaca--aaaccagccctag 270  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  ||||||| |||||||  ||| |||||  ||    
T  19428 tcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaag 19329  T
Q  271 actagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagtt 366  Q
     ||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||| | | ||| |||   |||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19328 cctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaagaaaacgaac-aaacaccgagcaagattgttgacccagtt 19232  T
Q  367 cagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||| | ||||||||||||||    
T  19231 cagccattgtggcctaatctggg 19209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 14573 - 14353
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaa-caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa-caacaa--aaccagcccta 269  Q
    |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  |||||||  ||||||| || ||||||  || |||||  |    
T  14573 tcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaa 14474  T
Q  270 gactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagt 365  Q
    | ||| |||| | ||||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||| | | ||| |||   |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  14473 gcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcata--caagataaacgataaaagaaaacgaacaaaacaccaagcaagattgttgacccagt 14377  T
Q  366 tcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  14376 tcagccaatgtggcctaatctggg 14353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0188 (Bit Score: 66; Significance: 4e-29; HSPs: 2)
Name: scaffold0188
Description:

Target: scaffold0188; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 24331 - 24101
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-- 251  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||  |  |||||||||| ||| | |  ||  || |||||||||      
T  24331 tgttgtgaatccggttaaaactcacaccaatg---taaacaaagatgtgtggagcaaaaggaagtggtaatctatgtgta--aagtgtctccaagcaaca 24237  T
Q  252 acaacaaaa-ccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgaga 349  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| | ||||   ||||   ||||  | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |    
T  24236 acaacaaaaaccagccctagactagtgtagagcaacaccaca---agagaatacaaaga-aaacaagataagaaagaaaggaagaacaaacacaccaaaa 24141  T
Q  350 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24140 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 24101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0188; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 154 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 18238 - 18008
Alignment:
Q  154 tgttgtgattccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaa-- 251  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||  |  |||||||||| ||| | |  ||  || |||||||||      
T  18238 tgttgtgaatccggttaaaactcaaaccaatg---taaacaaagatgtgtggagcaaaaggaagtggtaatctatgtgta--aagtgtctccaagcaaca 18144  T
Q  252 acaacaaaa-ccagccctagactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaagaacaaa-acaccgaga 349  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| | |||| | |||  ||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |    
T  18143 acaacaaaaaccagccctagactagtgtagagcaacaccaca-agagaa-tacaaagca--aacaagataagcaagaaaggaagaacaaacacaccaaaa 18048  T
Q  350 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18047 agattgttgacccagttcagccaatatggcctaatctggg 18008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0127 (Bit Score: 64; Significance: 7e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0127
Description:

Target: scaffold0127; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 175 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 34211 - 34132
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaac 253  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34211 tcacaccaatgaaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaac 34132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 175 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 182228 - 182008
Alignment:
Q  175 tcacaccaatga-aataaa-caatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaa-caacaa--aaccagcccta 269  Q
    |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  |||||||  ||||||| || ||||||  || |||||  |    
T  182228 tcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaa 182129  T
Q  270 gactagtgtataacaaaagcacacaaagagctaacaagcataaacaagataagcaagaaaggaa---gaacaaaacaccgag-aagattgttgacccagt 365  Q
    | ||| |||| | ||||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||| | | ||| |||   |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  182128 gcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcata--caagataaacgataaaagaaaacgaacaaaacaccaagcaagattgttgacccagt 182032  T
Q  366 tcagccaatatggcctaatctggg 389  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  182031 tcagccaatgtggcctaatctggg 182008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0479 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0479
Description:

Target: scaffold0479; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 236
Target Start/End: Original strand, 13171 - 13233
Alignment:
Q  175 tcacaccaatgaaataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaa 236  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13171 tcacaccaatgaaataaaccaaagatatgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaa 13233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0087
Description:

Target: scaffold0087; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 44247 - 44174
Alignment:
Q  154 tgttgtga-ttccggttgaaactcacaccaatgaaataaacaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatg 229  Q
    |||||||| |||||||||| | |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||    
T  44247 tgttgtgagttccggttgataatcacaccaatgaa--aaacaaagatgtgtggagcaaagga-agtggtaatcaatg 44174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0036 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0036
Description:

Target: scaffold0036; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 350 - 389
Target Start/End: Original strand, 85684 - 85724
Alignment:
Q  350 agattgttgacccagttcag-ccaatatggcctaatctggg 389  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  85684 agattgttgacccagttcagtccaatatgacctaatctggg 85724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University