View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2503_low_1 (Length: 774)

Name: NF2503_low_1
Description: NF2503
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2503_low_1
NF2503_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (20-763)||(49951338-49952094)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 583; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 583; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 763
Target Start/End: Original strand, 49951338 - 49952094
Alignment:
Q  20 tgttgcacgatcggaattcgagagcaag--tgttactttgaaaccataaacaggtagtgaaacaaagaaaaccaaaaaa-tcaaacatatgaatatatag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  49951338 tgttgcacgatcggaattcgagagtaagagtgttaatttaaaaccataaacaagtagtgaaacaaagaaaaccaaaaaaatcaaacatatgaatatatag 49951437  T
Q  117 aaggtaacacatgcacttatatttaaa-gggatatgctaacaaacattcttggagcacttatacgagtaggggaaaaaataaactttgtattaaannnnn 215  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  49951438 aaggtaacacatgcacttatacttaaaagggagatgctaacaaacattcttggagcacttatacgagtaggggaaaaaataaactttgtattaaattttt 49951537  T
Q  216 nnnnnnnnnnagacttttagatcgctaactacccacttatatttattgtatatgattcattaacaaaagtgacccaagaaaaattgttagcattctccat 315  Q
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951538 tgcgttttttagacttttagatcgctaactacccacttatatttattgtatatgattcattaacaaaagtgacccaagaaaaattgttagcattctccat 49951637  T
Q  316 gtttaaaatgcaaaaggaaggtagaattaaaatggaaaaaatcgaggggataggaaagtttcagttgatatcgaacttgtcgtttgttaattcccataga 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951638 gtttaaaatgcaaaaggaaggtagaattaaaatggaaaaaatcgaggggataggaaagtttcagttgatatcgaacttgtcgtttgttaattcccataga 49951737  T
Q  416 tcccacagctccaagccaaagtagctgagcgtgtgaatgatctcaaaaggtgtccttagttactgttgtagtaaaaatttaacataaaaaccaaaataaa 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951738 tcccacagctccaagccaaagtagctgagcgtgtgaatgatctcaaaaggtgtccttagttactgttgtagtaaaaatttaacataaaaaccaaaataaa 49951837  T
Q  516 tccaaaccacattnnnnnnnnnnnnnnatgactcatcatcacccccttagcatctgtcacattttgttatcattgaacagatcaacacaatcacacacag 615  Q
     ||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951838 accaaaccacatttctctctctctctcatgactcatcatcacccccttagcatctgtcacattttgttatcattgaacagatcaacacaatcacacacag 49951937  T
Q  616 aatctctctctcactctcattagaaaccatcttgaaaccgattgatcaatgctgctgaattaggagtatttgtatctaaacgatgctgctgtcct----- 710  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  49951938 aatctctctctcactctcattagaaaccatcttgaaaccgattgatcaatgctgctgaattaggagtatttgtatctaaacgatgctgctgtcctcctcc 49952037  T
Q  711 ----cctcctgaatagctccttccccaattcaatgtcccttccatatcttgatgatg 763  Q
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49952038 tccacctcctgaatagctccttccccaattcaatgtcccttccatatcttgatgatg 49952094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University