View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2505_low_1 (Length: 723)

Name: NF2505_low_1
Description: NF2505
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2505_low_1
NF2505_low_1
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (18-710)||(8999994-9000686)
chr4 (24-580)||(9030568-9031124)
chr4 (18-572)||(8979062-8979616)
chr4 (18-571)||(8954727-8955280)
chr4 (19-555)||(8900407-8900943)
chr4 (19-569)||(8966085-8966635)
chr4 (19-555)||(8914312-8914848)
chr4 (18-555)||(8929233-8929770)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (19-555)||(20073866-20074402)
chr5 (26-555)||(9400111-9400640)
[»] scaffold0287 (1 HSPs)
scaffold0287 (408-531)||(15566-15689)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (408-531)||(3630396-3630519)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 561; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 561; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 710
Target Start/End: Original strand, 8999994 - 9000686
Alignment:
Q  18 atttcagtatcaatatcttcctttaccaacccatctggtaatatccaatcaaatgaatagagaagattagcaaggataagttccaatgatgcaactgcca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    |||| ||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8999994 atttcagtatcaatatcttcctttactgttccatgtggcaatttccaatcaaatgaataaagaagattggcaaggataagttccaatgaggcaactgcca 9000093  T
Q  118 taggcatacctgggcaaattctacgaccagctccaaagggtattagttcaaaatcttgtccagtaaaatttatagaactttctaagaatctttcaggata 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9000094 taggcatacctgggcaaattctacgaccagctccaaagggtattagttcaaaatcttgtccattaaaatttatagaactttctaagaatctttcaggata 9000193  T
Q  218 aaattcttctgcgttttcccaaacattatggtctctctgaatagcccaagcattcacatacaatattgtcttggctggaatattgtatccatttatagtg 317  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9000194 aaattcttctggatttttccaaacattagggtctctctgaatagcccaagcattcacatacaatattgtcttggctggaatattgtatccacttatagtg 9000293  T
Q  318 caattttcacgtgattctctagacaggagcaatggggctggtagatgcaatcttaacgtctctttaatcactgccttcaaataaggtaaattttgaatat 417  Q
    ||||||||||||||||||||   ||  || |  ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9000294 caattttcacgtgattctctttgcataagtagaggggctggtaggtgcaatcttagcgtctctttaatcactgccttcaaataaggtaaattttgaatat 9000393  T
Q  418 catcttcatctaaaaattctttttcacgtcccaagtttctaatttcatcgtgtactttcctcattactcttgggtttttcattaaggcagtcatagccca 517  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9000394 catcttcatctaaaaaatctttttcacctcccaaatttctaatttcatcttgtactttcctcattactcttgggtttttcattaaggcagtcatagccca 9000493  T
Q  518 aactgatgtggctgctgtggtatctgttccagctacaataatatcctacaaagaagtgctttatgagttaacaaatgaaaaatattccaaaaacttgaac 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9000494 aactgatgtggctgctgtggtatctgttccagctacaataatatcctacaaagaagtgctttatgagttaacaaatgaaaaatattccaaaaacttgaac 9000593  T
Q  618 atttaaaaatctaaattacattttcaatttgttaagatgacatataaggtataataacgacttttataataacggtgcttatgtgtgagtgat 710  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  9000594 atttaaaaatctaaattacattttcaatttgttaagatgacatataaggtatcataacgacttttgtaataacggtgcttatttgtgagtgat 9000686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 9031124 - 9030568
Alignment:
Q  24 gtatcaatatcttcctttaccaacccatctggtaatatccaatcaaatgaatagagaagattagcaaggataagttccaatgatgcaactgccataggca 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||| || |    
T  9031124 gtatcaatatcttcctttaccaacccatctggtaatttccaatcaaatgaataaagaagattggcaaggataagtttcaatgaggcaactgccatgggta 9031025  T
Q  124 tacctgggcaaattctacgaccagctccaaagggtattagttcaaaatcttgtccagtaaaatttatagaactttctaagaatctttcaggataaaattc 223  Q
      || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9031024 agccggggcaaattctacggccagctccaaagggtattagttcaaaatcttgtccagtaaaatttatagaactttctaagaatctttcaggataaaattc 9030925  T
Q  224 ttctgcgttttcccaaacattatggtctctctgaatagcccaagcattcacatacaatattgtcttggctggaatattgtatccatttatagtgcaattt 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9030924 ttctgcgttttcccaaacattatggtctctctgaatagcccaagcattcacatacaatattgtcctggctggaatattgtatccatttatagtgcaattt 9030825  T
Q  324 tcacgtgattctctagacaggagcaatggggctggtagatgcaatcttaacgtctctttaatcactgccttcaaataaggtaaattttgaatatcatctt 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  9030824 tcacgtgattctctagacaggagcaatggggctggtagatgcaatcttaacgtctctttaatcactgcattcaaataaggtaaattttgaagatcacctt 9030725  T
Q  424 catctaaaaattctttttcacgtcccaagtttctaatttcatcgtgtactttcctcattactcttgggtttttcattaaggcagtcatagcccaaactga 523  Q
    |||||||| | |||||| ||| |||||||||||| ||||| || ||||||||   || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  9030724 catctaaataatcttttgcacctcccaagtttctgatttcttcttgtactttatccaatactcttgggtttttcattagggcggtcatagcccaaactga 9030625  T
Q  524 tgtggctgctgtggtatctgttccagctacaataatatcctacaaagaagtgcttta 580  Q
    || ||||| ||||||||||||| | ||||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  9030624 tgcggctgatgtggtatctgttgcggctacaatcgtatcctacaaagaggtgcttta 9030568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 18 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 8979616 - 8979062
Alignment:
Q  18 atttcagtatcaatatcttcctttaccaacccatctggtaatatccaatcaaatgaatagagaagattagcaaggataagttccaatgatgcaactgcca 117  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | || || | ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8979616 atttcggtatcaatatcttccttttctaaaccttgtggcaatttccaatcaaaagaatagagaagattagcaaggataagttccaatgatgcaactgcca 8979517  T
Q  118 taggcatacctgggcaaattctacgaccagctccaaagggtattagttcaaaatcttgtccagtaaaatttatagaactttctaagaatctttcaggata 217  Q
    ||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  8979516 tagacatgccaggacaaattctacgaccagctccaaagggtattagttcgaaatcatgtccaataaaatttatagaactttctatgaatctctcgggata 8979417  T
Q  218 aaattcttctgcgttttcccaaacattatggtctctctgaatagcccaagcattcacatacaatattgtcttggctggaatattgtatccatttatagtg 317  Q
    |||||||||||  |||| ||||  |||| | ||||| |||||||||||  | || |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||| ||    
T  8979416 aaattcttctggatttttccaagtattaggatctctttgaatagcccagacgtttacatacaatattgtttgggctggaatattgtagccattgataatg 8979317  T
Q  318 caattttcacgtgattctctagacaggagcaatggggctggtagatgcaatcttaacgtctctttaatcactgccttcaaataaggtaaattttgaatat 417  Q
    ||  |||| | ||||||||| |  |  |||| ||| |||||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |  ||||||||||||    
T  8979316 catgtttcccttgattctcttggtacaagcagtggagctggtaggtacaatcttaatgtctcttttatcactgccttcaaatatagagaattttgaatat 8979217  T
Q  418 catcttcatctaaaaattctttttcacgtcccaagtttctaatttcatcgtgtactttcctcattactcttgggtttttcattaaggcagtcatagccca 517  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| |||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  8979216 catcttcatctaaaaaatcttttttacctcccaagttcctaatttcctcttgcacttttctcattactcttgggttttttattagggcagtcatagccca 8979117  T
Q  518 aactgatgtggctgctgtggtatctgttccagctacaataatatcctacaaagaa 572  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||    
T  8979116 aactgatgtggctgatgtagtatctgttgcagctacaagcatattctacaaagaa 8979062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 18 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 8955280 - 8954727
Alignment:
Q  18 atttcagtatcaatatcttcctttaccaacccatctggtaatatccaatcaaatgaatagagaagattagcaaggataagttccaatgatgcaactgcca 117  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || | |||||    
T  8955280 atttctgtatcaacatcttcttttaccaacccatctggtaagctccaatcaaatgaatagagaagatttgcaaggataagttccaacgaggcgattgcca 8955181  T
Q  118 taggcatacctgggcaaattctacgaccagctccaaagggtattagttcaaaatcttgtccagtaaaatttatagaactttctaagaatctttcaggata 217  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8955180 taggtataccggggcaaattctacgaccagctccaaagggtattagttcaaagtcttgtccaataaaatttatagaactttctaagaatctctcaggata 8955081  T
Q  218 aaattcttctgcgttttcccaaacattatggtctctctgaatagcccaagcattcacatacaatattgtcttggctggaatattgtatccatttatagtg 317  Q
    ||||||||||| ||||  ||||| ||   | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||| |||| ||     
T  8955080 aaattcttctgggtttatccaaatatctggatctctctgaatagcccaagcatttacatataatattgtctttgcaggaatgttgtatccacttatggta 8954981  T
Q  318 caattttcacgtgattctctagacaggagcaatggggctggtagatgcaatcttaacgtctctttaatcactgccttcaaataaggtaaattttgaatat 417  Q
    |||||||||   ||||| || | ||  || | |||||||||||| || |||||||  ||||||||||  |  ||||||||||||||  ||||||||||||    
T  8954980 caattttcaatagattcccttggcacaagtagtggggctggtaggtgtaatcttagtgtctctttaactatagccttcaaataaggacaattttgaatat 8954881  T
Q  418 catcttcatctaaaaattctttttcacgtcccaagtttctaatttcatcgtgtactttcctcattactcttgggtttttcattaaggcagtcatagccca 517  Q
    ||||||||| |||||| ||||||| |  |||||| ||||| ||||| || | |||||| ||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||    
T  8954880 catcttcatataaaaaatcttttttaactcccaaatttcttatttcttcttttactttactcattactctagggttttttattagagcagtcatagccca 8954781  T
Q  518 aactgatgtggctgctgtggtatctgttccagctacaataatatcctacaaaga 571  Q
    ||||||||  |||| ||||||||| ||| |||||||||  ||||||| ||||||    
T  8954780 aactgatgctgctgatgtggtatcggttgcagctacaagcatatcctgcaaaga 8954727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 555
Target Start/End: Original strand, 8900407 - 8900943
Alignment:
Q  19 tttcagtatcaatatcttcctttaccaacccatctggtaatatccaatcaaatgaatagagaagattagcaaggataagttccaatgatgcaactgccat 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| || || |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8900407 tttcagtatcaatatcttcctttaccataccatctggtaattcccaatcaaaggagtatagaagatttgcaaggataacttccaatgatgcaactgccat 8900506  T
Q  119 aggcatacctgggcaaattctacgaccagctccaaagggtattagttcaaaatcttgtccagtaaaatttatagaactttctaagaatctttcaggataa 218  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8900507 agacatacctgggcaaattctacgaccggctccaaagggaattagttcaaaatcttgtccataaaaatttatagaactttctaaaaatctttcaggataa 8900606  T
Q  219 aattcttctgcgttttcccaaacattatggtctctctgaatagcccaagcattcacatacaatattgtcttggctggaatattgtatccatttatagtgc 318  Q
    || ||||||| ||||| ||||||||   ||||| | ||||||||||||||||||||| |||  || | ||| || ||||| | ||| ||| ||||| |||    
T  8900607 aactcttctgggtttttccaaacatctgggtctgtatgaatagcccaagcattcacaaacacaatcgcctttgcaggaatttggtagccacttataatgc 8900706  T
Q  319 aattttcacgtgattctctagacaggagcaatggggctggtagatgcaatcttaacgtctctttaatcactgccttcaaataaggtaaattttgaatatc 418  Q
    | ||||| | || |||||| | ||  ||||||||| ||||||| | |||||| || |||||||| |||||||||||||| || |  |||||||| |||||    
T  8900707 acttttcccttgtttctcttggcacaagcaatgggcctggtaggtacaatctcaatgtctcttttatcactgccttcaagtaggagaaattttgtatatc 8900806  T
Q  419 atcttcatctaaaaattctttttcacgtcccaagtttctaatttcatcgtgtactttcctcattactcttgggtttttcattaaggcagtcatagcccaa 518  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |  ||   | || ||||| || |  || |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  8900807 atcttcatctataaattcttttttaactcttgaattcctaatctcttgttgcactttcttcattactcttggattttttattaaggcagtcatagcccaa 8900906  T
Q  519 actgatgtggctgctgtggtatctgttccagctacaa 555  Q
    |||  |||||| | ||||||||| ||| |||||||||    
T  8900907 actattgtggcagatgtggtatccgttgcagctacaa 8900943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 19 - 569
Target Start/End: Original strand, 8966085 - 8966635
Alignment:
Q  19 tttcagtatcaatatcttcctttaccaacccatctggtaatatccaatcaaatgaatagagaagattagcaaggataagttccaatgatgcaactgccat 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||| ||||    
T  8966085 tttcagtatcaatatcttcctttaccaatccatgtggtaacttccaatcaaaagaataaagaagattagcaaggatcagttctactgatgcaactcccat 8966184  T
Q  119 aggcatacctgggcaaattctacgaccagctccaaagggtattagttcaaaatcttgtccagtaaaatttatagaactttctaagaatctttcaggataa 218  Q
    ||  |||||||| |||||||||||||| |||||||| || || | ||||||||||||||||  ||||||  | |||| ||| |||||||| || ||||||    
T  8966185 agatatacctggacaaattctacgacctgctccaaacggaataaattcaaaatcttgtccaagaaaattcgtcgaacattccaagaatctctcgggataa 8966284  T
Q  219 aattcttctgcgttttcccaaacattatggtctctctgaatagcccaagcattcacatacaatattgtcttggctggaatattgtatccatttatagtgc 318  Q
    || |||||||  |||| ||||  | |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||| |||    
T  8966285 aactcttctggatttttccaattacttgggtctctttgaatagcccaagcattcacatacactattgtgttggctggaatcttgtaaccacttataatgc 8966384  T
Q  319 aattttcacgtgattctctagacaggagcaatggggctggtagatgcaatcttaacgtctctttaatcactgccttcaaataaggtaaattttgaatatc 418  Q
    | ||||| | ||||||||| |  |  || | |||||  ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  8966385 acttttctcttgattctcttggaacaagtagtggggtaggtaggtgcaatctcaacgtctcttttatcactgcctttaaatatgggaaattttgaatatc 8966484  T
Q  419 atcttcatctaaaaattctttttcacgtcccaagtttctaatttcatcgtgtactttcctcattactcttgggtttttcattaaggcagtcatagcccaa 518  Q
    || ||| ||||  |||||||||| || |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||  || |||||||||    
T  8966485 attttcgtctatgaattcttttttacttcccaagtttctaatttcttcttgtactttcttcattactcttgggttttttatcagggaggttatagcccaa 8966584  T
Q  519 actgatgtggctgctgtggtatctgttccagctacaataatatcctacaaa 569  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  || |||||||||    
T  8966585 actgatgtggctgctgtggtgtctgttgcagctacaagcatgtcctacaaa 8966635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 555
Target Start/End: Original strand, 8914312 - 8914848
Alignment:
Q  19 tttcagtatcaatatcttcctttaccaacccatctggtaatatccaatcaaatgaatagagaagattagcaaggataagttccaatgatgcaactgccat 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||| | |||||||||||||||    
T  8914312 tttcagtatcaatatcttcctttatcaggccatctggtaattcccaatcaaaggaatatagaagattggaaaggataagttcgagtgatgcaactgccat 8914411  T
Q  119 aggcatacctgggcaaattctacgaccagctccaaagggtattagttcaaaatcttgtccagtaaaatttatagaactttctaagaatctttcaggataa 218  Q
    || ||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||    
T  8914412 agacatacctggacaaattctacgaccggctccaaaaggaattagttcaaaatcttgtccatgaaaatttaaagaactttctaaaaatctctctggataa 8914511  T
Q  219 aattcttctgcgttttcccaaacattatggtctctctgaatagcccaagcattcacatacaatattgtcttggctggaatattgtatccatttatagtgc 318  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||   |||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||| || ||||| | | | |||||||||||||    
T  8914512 aattcttctgggtttttccaaacatttgagtctgtatgaatagcccaagcattcacaaacactatcgcctttgcgggaatttggaagccatttatagtgc 8914611  T
Q  319 aattttcacgtgattctctagacaggagcaatggggctggtagatgcaatcttaacgtctctttaatcactgccttcaaataaggtaaattttgaatatc 418  Q
    | ||||||  || |||||| | |   |||||||||||||| || | |||||| || |||||||| ||||||||||| || || |  |||||| | |||||    
T  8914612 atttttcagttgtttctcttggcgcaagcaatggggctggcaggtacaatctcaatgtctcttttatcactgcctttaagtaggacaaatttcgtatatc 8914711  T
Q  419 atcttcatctaaaaattctttttcacgtcccaagtttctaatttcatcgtgtactttcctcattactcttgggtttttcattaaggcagtcatagcccaa 518  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |  ||   | || ||||| || |  ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  8914712 atcttcatctataaattcttttttaactcttgaattcctaatctcttgttgtactttcttcattactcttggattttttattaaggcagtcatagcccaa 8914811  T
Q  519 actgatgtggctgctgtggtatctgttccagctacaa 555  Q
    |||| |||||| |  |||||| ||||| | |||||||    
T  8914812 actgctgtggcagacgtggtacctgttgccgctacaa 8914848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 555
Target Start/End: Original strand, 8929233 - 8929770
Alignment:
Q  18 atttcagtatcaatatcttcctttaccaacccatctggtaatatccaatcaaatgaatagagaagattagcaaggataagttccaatgatgcaactgcca 117  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |    
T  8929233 atttctgtatcaatatcttcctttaccaacccatgtggtaattcccaatcaaatgaatagagaagattagcaagggtaagttccaacgatgcaactgcaa 8929332  T
Q  118 taggcatacctgggcaaattctacgaccagctccaaagggtattagttcaaaatcttgtccagtaaaatttatagaactttctaagaatctttcaggata 217  Q
     ||  |||||||||||||||||||| || |||||||| || |||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8929333 cagaaatacctgggcaaattctacggcctgctccaaacggaattaattcaaaatcatgtccaagaaaatttatagaactctctaagaatctctcaggata 8929432  T
Q  218 aaattcttctgcgttttcccaaacattatggtctctctgaatagcccaagcattcacatacaatattgtcttggctggaatattgtatccatttatagtg 317  Q
    ||| ||||| |  | || |||||  | |  |||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||| || || ||||||| ||| |||  || | ||    
T  8929433 aaactcttccggatctttccaaatttcagagtctctatgaatagaccaagcattcacatatactattgtttttgcaggaatatggtagccacctacaatg 8929532  T
Q  318 caattttcacgtgattctctagacaggagcaatggggctggtagatgcaatcttaacgtctctttaatcactgccttcaaataaggtaaattttgaatat 417  Q
    || ||||| | || |||||| | ||  |||||||| |||||||| | |||||| || |||||||| ||||| |||||||||||    |||||||| | ||    
T  8929533 cacttttcccttgtttctcttggcaaaagcaatggagctggtaggtacaatctcaatgtctcttttatcaccgccttcaaatagacgaaattttgtagat 8929632  T
Q  418 catcttcatcta-aaaattctttttcacgtcccaagtttctaatttcatcgtgtactttcctcattactcttgggtttttcattaaggcagtcatagccc 516  Q
    ||||| | |||| ||||| |||||| || ||   |    ||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  8929633 catctccgtctagaaaatcctttttaac-tcttgatcccctaatctcttcttgtactttcttcattactcttgggttttttattagggcagtcatagccc 8929731  T
Q  517 aaactgatgtggctgctgtggtatctgttccagctacaa 555  Q
    | |||   ||||| |  |||||||||||| | |||||||    
T  8929732 acactatcgtggcagacgtggtatctgttgcggctacaa 8929770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 19 - 555
Target Start/End: Original strand, 20073866 - 20074402
Alignment:
Q  19 tttcagtatcaatatcttcctttaccaacccatctggtaatatccaatcaaatgaatagagaagattagcaaggataagttccaatgatgcaactgccat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  20073866 tttcagtatcaatatcttcctttactagaccatctggtaattcccaatcaaaggaatatagaagatttgcaaggataagttcgagtgatgcaactgccat 20073965  T
Q  119 aggcatacctgggcaaattctacgaccagctccaaagggtattagttcaaaatcttgtccagtaaaatttatagaactttctaagaatctttcaggataa 218  Q
    || ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  20073966 agacatacctggacaaattctacgaccggctccaaagggaattagttcaaaatcttgtccgtgaaaatttatcgaactttctaaaaatctctcaggataa 20074065  T
Q  219 aattcttctgcgttttcccaaacattatggtctctctgaatagcccaagcattcacatacaatattgtcttggctggaatattgtatccatttatagtgc 318  Q
    ||||||||||  |||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||  | ||| || ||||| | ||| |||  ||||||||    
T  20074066 aattcttctggatttttccaaacattagggtctgtatgaatagcccaagcattcacaaacactaccgcctttgccggaatttggtagccacctatagtgc 20074165  T
Q  319 aattttcacgtgattctctagacaggagcaatggggctggtagatgcaatcttaacgtctctttaatcactgccttcaaataaggtaaattttgaatatc 418  Q
    | ||||| | || |||||| | ||  |||||||||||||| |  | |||||| |  |||||||| |||||||||||||| || |  |||||||| |||||    
T  20074166 acttttcccttgtttctcttggcacaagcaatggggctggcaagtacaatctcagtgtctcttttatcactgccttcaagtaggagaaattttgtatatc 20074265  T
Q  419 atcttcatctaaaaattctttttcacgtcccaagtttctaatttcatcgtgtactttcctcattactcttgggtttttcattaaggcagtcatagcccaa 518  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |  |    | |||||||| || |  ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||     
T  20074266 atcttcatctataaattcttttttaacttttgaatttctaatctcttgttgtactttcttcattactcttggattttttattaatgcagtcatagcccat 20074365  T
Q  519 actgatgtggctgctgtggtatctgttccagctacaa 555  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  20074366 actgttgtggctgatgtggtatctgttgcagcaacaa 20074402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 26 - 555
Target Start/End: Original strand, 9400111 - 9400640
Alignment:
Q  26 atcaatatcttcctttaccaacccatctggtaatatccaatcaaatgaatagagaagattagcaaggataagttccaatgatgcaactgccataggcata 125  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||  ||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||     
T  9400111 atcaacatcttccttaaccaacccatgtggcaattcccaatcaaaggaatagaggatattggcaaggataagttccaatgatgcaactgccatagaaatg 9400210  T
Q  126 cctgggcaaattctacgaccagctccaaagggtattagttcaaaatcttgtccagtaaaatttatagaactttctaagaatctttcaggataaaattctt 225  Q
    ||||| |||||||| || |||| ||||||||| || | |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  9400211 cctggacaaattcttcgtccagatccaaagggaataaattcaaagtcttgtccaagaaaatttatagaactttctaagaatctctctggataaaactctt 9400310  T
Q  226 ctgcgttttcccaaacattatggtctctctgaatagcccaagcattcacatacaatattgtcttggctggaatattgtatccatttatagtgcaattttc 325  Q
    |||  | || ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | ||| |||  |||||||||  ||||    
T  9400311 ctggatctttccaaacattagagtctctatgaatagcccaagcattcacatacactattgtctttgctggaatctggtaaccacctatagtgcacatttc 9400410  T
Q  326 acgtgattctctagacaggagcaatggggctggtagatgcaatcttaacgtctctttaatcactgccttcaaataaggtaaattttgaatatcatcttca 425  Q
       ||| || || | ||| ||||||||   ||||||    ||||| || |||||||| || ||||||||||| || |  |||||||| ||||||||||||    
T  9400411 cattgactcccttggcagtagcaatggatttggtaggaataatctcaatgtctcttttatgactgccttcaagtaggagaaattttgtatatcatcttca 9400510  T
Q  426 tctaaaaattctttttcacgtcccaagtttctaatttcatcgtgtactttcctcattactcttgggtttttcattaaggcagtcatagcccaaactgatg 525  Q
    |||||||| ||||||| |  ||   |  | ||||| || |  ||||||||| ||||||||   ||||| || |||| | ||||||| ||||||||| |||    
T  9400511 tctaaaaagtcttttttaactcttgaactcctaatctcttgttgtactttcttcattactgcagggttctttattaggacagtcattgcccaaactaatg 9400610  T
Q  526 tggctgctgtggtatctgttccagctacaa 555  Q
    | |||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  9400611 tagctgatgttgtatctgttgcagctacaa 9400640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0287 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0287
Description:

Target: scaffold0287; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 408 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 15689 - 15566
Alignment:
Q  408 ttttgaatatcatcttcatctaaaaattctttttcacgtcccaagtttctaatttcatcgtgtactttcctcattactcttgggtttttcattaaggcag 507  Q
    ||||||||||||||||||||||  || |||||||  |  |  | |||||||||||| || ||  ||||| ||||| ||||||| || ||||||||  |||    
T  15689 ttttgaatatcatcttcatctatgaactcttttttgccacatatgtttctaatttcttcttgagctttcttcattgctcttggattcttcattaatccag 15590  T
Q  508 tcatagcccaaactgatgtggctg 531  Q
    |||| |||||||| ||||||||||    
T  15589 tcatcgcccaaaccgatgtggctg 15566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000007; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 408 - 531
Target Start/End: Original strand, 3630396 - 3630519
Alignment:
Q  408 ttttgaatatcatcttcatctaaaaattctttttcacgtcccaagtttctaatttcatcgtgtactttcctcattactcttgggtttttcattaaggcag 507  Q
    ||||||||||||||||||||||  || |||||||  |  |  | |||||||||||| || ||  ||||| ||||| ||||||| || ||||||||  |||    
T  3630396 ttttgaatatcatcttcatctatgaactcttttttgccacatatgtttctaatttcttcttgagctttcttcattgctcttggattcttcattaatccag 3630495  T
Q  508 tcatagcccaaactgatgtggctg 531  Q
    |||| |||||||| ||||||||||    
T  3630496 tcatcgcccaaaccgatgtggctg 3630519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University