View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2521_high_6 (Length: 352)

Name: NF2521_high_6
Description: NF2521
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2521_high_6
NF2521_high_6
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (21-341)||(13807531-13807851)
chr8 (54-328)||(3268362-3268636)
chr8 (49-328)||(3408456-3408735)
chr8 (49-284)||(7165847-7166082)
chr8 (49-341)||(3287578-3287870)
chr8 (93-341)||(3326106-3326354)
chr8 (94-274)||(3399810-3399990)
chr8 (93-328)||(3392722-3392957)
chr8 (93-282)||(3263710-3263899)
chr8 (93-285)||(3362926-3363118)
chr8 (49-328)||(13786300-13786579)
chr8 (93-341)||(3313556-3313804)
chr8 (93-274)||(31174557-31174738)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (93-285)||(30416639-30416831)
chr5 (52-341)||(15801649-15801938)
chr5 (94-273)||(20837169-20837348)
chr5 (94-273)||(20810814-20810993)
chr5 (93-328)||(12596438-12596680)
[»] scaffold0468 (1 HSPs)
scaffold0468 (93-284)||(7436-7627)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (93-285)||(6907029-6907221)
chr3 (54-281)||(32412146-32412373)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (55-325)||(14768056-14768327)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (58-274)||(8372920-8373136)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (238-278)||(4135076-4135116)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 21 - 341
Target Start/End: Original strand, 13807531 - 13807851
Alignment:
Q  21 aattcctaatgataaagtgcnnnnnnnnctgaaaataagctatgatggtttagattatgatttcgaaaggggtatatttcttgacatttgttgtttcttt 120  Q
    ||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13807531 aattcctaatgataaagtgcaaaaaaaactgaaaataagctatgatggtttagattgtgattccgaaaggggtatatttcttgacatttgttgtttcttt 13807630  T
Q  121 atcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataactatcctcatagagcggagccttctaaaag 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13807631 atcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataactatcctcatagagcggagccttctaaaag 13807730  T
Q  221 tcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttactacgagacatgggaagagagattgttcgtaaaatatcagaagaggagcttgggaagcgtagtcg 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13807731 tcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttactacgagacatgggaagagagattgtttgtaaaagatcagaagaggagcttgggaagcgtagtcg 13807830  T
Q  321 attgtggtcttatgatgatgt 341  Q
    |||||||||| |||| |||||    
T  13807831 attgtggtctgatgaggatgt 13807851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 54 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 3268636 - 3268362
Alignment:
Q  54 aataagctatgatggtttagattatgatttcgaaaggggtatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagatt 153  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||   |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||||||||||    
T  3268636 aataagctatgatggtttaaagaatgatacagaaaaggatatatttcttgacatatgttgtttctttattggtaaggacagagcatatgtttcagagatt 3268537  T
Q  154 ctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataactatcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtt 253  Q
     ||||||||||||   || |||||| ||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| | ||||||| | | ||||||||||||||| |||    
T  3268536 atagatggttgtgacttttatgctggtattggaataactgtcctcatagagagaagcctcctaaaaattgaaaagagtaacaaacttggaatgcatagtt 3268437  T
Q  254 tactacgagacatgggaagagagattgttcgtaaaatatcagaagaggagcttgggaagcgtagtcgattgtggt 328  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  3268436 tgctaagagacatgggaagagagattgttcgtaaaagatcaataaaagagcctgggaagcgtagtcgattgtggt 3268362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 49 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 3408735 - 3408456
Alignment:
Q  49 ctgaaaataagctatgatggtttagattatgatttcgaaaggggtatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcag 148  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |  ||||| | | || || |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | || ||||||||| |||    
T  3408735 ctgagaataagctatgatggtttaaaggatgatatggtaaaggatatatttcttgacatttgttgtttctttattggtaaggacagggcctatgttacag 3408636  T
Q  149 agattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataactatcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgca 248  Q
    |||| ||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||| |  |||||||||| |||||||| |||||||| || |||||| | || |||||||||||    
T  3408635 agatactaaatggctgtggactttatgctgatattggaatagcggtcctcatagaccggagcctcctaaaagttgagaagaataacaagcttggaatgca 3408536  T
Q  249 tggtttactacgagacatgggaagagagattgttcgtaaaatatcag-aagaggagcttgggaagcgtagtcgattgtggt 328  Q
    || |||| || |||||||||||||||| ||||| ||| |||  |||| |||| || | |||||||||||||||||||||||    
T  3408535 tgatttaataagagacatgggaagagaaattgtccgtgaaagttcagcaaga-gaacctgggaagcgtagtcgattgtggt 3408456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 49 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 7166082 - 7165847
Alignment:
Q  49 ctgaaaataagctatgatggtttagattatgatttcgaaaggggtatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcag 148  Q
    |||| |||||||||||| |||||| |  ||||| | | || || |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| | |    
T  7166082 ctgagaataagctatgacggtttaaaggatgatatggcaaaggatatatttcttgatatatgttgtttctttatcggcaaggatagagcctatgttactg 7165983  T
Q  149 agattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataactatcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgca 248  Q
    |||| ||| |||||||||||||| ||||||| || ||||||||  ||||| |||||||||||||| | ||| | ||||||||| | || |||||||||||    
T  7165982 agatactaaatggttgtggactttatgctgacattggaataacggtcctcgtagagcggagccttgtgaaaattgaaaagaataacaagcttggaatgca 7165883  T
Q  249 tggtttactacgagacatgggaagagagattgttcg 284  Q
    || ||| ||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  7165882 tgatttgcttagagacatgggaagagaaattgttcg 7165847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 49 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 3287870 - 3287578
Alignment:
Q  49 ctgaaaataagctatgatggtttagattatgatttcgaaaggggtatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcag 148  Q
    |||| ||||||||||||||| ||| || | ||| | |||| || |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||| |||||||  |||    
T  3287870 ctgagaataagctatgatgggttaaatcaagatatggaaaaggatatatttcttgacatttgttgtttctttattggtaaggacagaacctatgtcacag 3287771  T
Q  149 agattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataactatcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgca 248  Q
    |||| ||| |||| ||||||||| ||||||| |  ||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||| || ||  || | || |||| ||||||    
T  3287770 agatactaaatggctgtggacttgatgctgacactggaataacagtcctcgtagagcggagcctcctaaaagttgacaattataacaagcttgaaatgca 3287671  T
Q  249 tggtttactacgagacatgggaagagagattgttcgtaaaatatcagaagaggagcttgggaagcgtagtcgattgtggtcttatgatgatgt 341  Q
    || |||| || |||| ||||||||||| ||||||||| |||  |||| | | || |  |||||||| ||||||||||||| | |||| |||||    
T  3287670 tgatttaataagagatatgggaagagaaattgttcgtgaaagttcagcaaaagaaccagggaagcgcagtcgattgtggtttcatgaggatgt 3287578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 93 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 3326354 - 3326106
Alignment:
Q  93 tatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataact 192  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| | |||||| | ||| ||||||| ||| |||| ||||||||| ||||  |||| ||||||| |    
T  3326354 tatatttcttgacatatgttgtttctttataggcaaggatagagccgaagttacagagatactaaatggctgtggactttatgcaaatattggaataagt 3326255  T
Q  193 atcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttactacgagacatgggaagagagattgttcgtaaaatat 292  Q
     | |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| | || |||||||||||| ||||  || |||||||||||||||| ||| ||||| |||  |    
T  3326254 gttctcatagagcggagccttgtaaaaattgaaaagaataacaagcttggaatgcattgtttgataagagacatgggaagagaaattattcgtgaaagtt 3326155  T
Q  293 cagaagaggagcttgggaagcgtagtcgattgtggtcttatgatgatgt 341  Q
    | | | | |||| ||||||||||||| ||||||||| | |||| |||||    
T  3326154 ctgcaaaagagcctgggaagcgtagtagattgtggtttcatgaggatgt 3326106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 94 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 3399990 - 3399810
Alignment:
Q  94 atatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataacta 193  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||  ||||| ||||||| ||  |||  ||||||||| |||||||||| |||||| |||    
T  3399990 atatttcttgacatatgttgtttcttgattggaaagaacagagctgatgttacagagatacttaatgcatgtggacttcatgctgatattggaatatcta 3399891  T
Q  194 tcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttactacgagacatgggaagag 274  Q
    | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||    
T  3399890 ttctcatagagcgcagcctcctaaaagtcgaaaagaataacaagcttggaatgcatgatttgctcagagacatgggaagag 3399810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 93 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 3392957 - 3392722
Alignment:
Q  93 tatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataact 192  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| || |||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||     
T  3392957 tatatttcttgatgtctgttgtttctttatcggcaaggatagagcttatgttacaaagatactaaatggttgtggacttcatgctgatattggaataaca 3392858  T
Q  193 atcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttactacgagacatgggaagagagattgttcgtaaaatat 292  Q
     |  | |||||| | |||||  ||||||| ||||||||| | || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||  |    
T  3392857 gtgttgatagagagaagcctcataaaagttgaaaagaataaaaagcttggaatgcatgatttgctacgagacatgggaagggaaattgttcgtgaaagtt 3392758  T
Q  293 cagaagaggagcttgggaagcgtagtcgattgtggt 328  Q
    ||   ||||||| || ||||||||  ||||||||||    
T  3392757 caccggaggagcctgagaagcgtacccgattgtggt 3392722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 93 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 3263899 - 3263710
Alignment:
Q  93 tatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataact 192  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  | ||||| || ||  ||||||| ||  |||| ||||||||| |||||| ||| |||||| |     
T  3263899 tatatttcttgacatatgttgtttctttatcggcaaagacagagcttacgtaacagagatacttaatggctgtggacttcatgctgttattggaatagcg 3263800  T
Q  193 atcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttactacgagacatgggaagagagattgtt 282  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||| | ||| |||||||||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||    
T  3263799 atcctcatagaacggagccttgtaaaaatggaaaagaataacaaaattggaatgcatgatttaataagagacatgggaagagaaattgtt 3263710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 93 - 285
Target Start/End: Original strand, 3362926 - 3363118
Alignment:
Q  93 tatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataact 192  Q
    ||||||||||||  | || |||||||||||||| ||| | ||||| |||||| || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  3362926 tatatttcttgatgtctgctgtttctttatcggtaaggatagagcttatgttacaaagatactaaatggttgtggacttaatgctgatattggaataaca 3363025  T
Q  193 atcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttactacgagacatgggaagagagattgttcgt 285  Q
     |  | |||||| | |||||  ||||||| ||||||||| | || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  3363026 gtgttgatagagagaagcctcataaaagttgaaaagaataaaaagcttggaatgcatgctttgctacgagacatgggaagggaaattgttcgt 3363118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 49 - 328
Target Start/End: Original strand, 13786300 - 13786579
Alignment:
Q  49 ctgaaaataagctatgatggtttagattatgatttcgaaaggggtatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcag 148  Q
    ||||||||||| ||||||||||||    ||||| | | || || | ||||||||||||| |||||||||||||| ||  || | | |||||||||| |||    
T  13786300 ctgaaaataagttatgatggtttaatggatgatatggtaaaggctgtatttcttgacatatgttgtttctttattggtgaggacaaagcctatgttacag 13786399  T
Q  149 agattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataactatcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgca 248  Q
    |||| ||| |||| |||||||||  ||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||  ||||||| ||  | ||| | |  |||||||||||    
T  13786400 agatactaaatggctgtggactttgtgctgatattggaatagctgtcctcatagagcggagcctcttaaaagttgaggacaataacacccttggaatgca 13786499  T
Q  249 tggtttactacgagacatgggaagagagattgttcgtaaaatatcagaagaggagcttgggaagcgtagtcgattgtggt 328  Q
    |   ||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||  |||| | | ||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  13786500 taagttaataagagacatgggaagagaaattgttcgtgaaagttcagcaaaagagccaggggagcgtagtcgattgtggt 13786579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 93 - 341
Target Start/End: Original strand, 3313556 - 3313804
Alignment:
Q  93 tatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataact 192  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||  || | || ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||     
T  3313556 tatatttcttgatgtgtgttgtttctttatcggtaaggatagagcatatgtcacaaatatactaaatggttgtggacttcatgctgatattggaataaca 3313655  T
Q  193 atcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttactacgagacatgggaagagagattgttcgtaaaatat 292  Q
     | || || ||||| |||||  ||||| | |||||| || | || ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| |||  |    
T  3313656 gtgctgattgagcgaagcctaataaaaattgaaaagtataacaagcttggaatgcatgatttactgcgagacatgggacgagaaattgtccgtgaaagtt 3313755  T
Q  293 cagaagaggagcttgggaagcgtagtcgattgtggtcttatgatgatgt 341  Q
    ||   ||||||| ||  ||||||||||||||||||| | |||| |||||    
T  3313756 cacctgaggagcctgaaaagcgtagtcgattgtggtatcatgaggatgt 3313804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 93 - 274
Target Start/End: Original strand, 31174557 - 31174738
Alignment:
Q  93 tatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataact 192  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||  ||||| ||||||| ||  |||| ||||| ||| |||||||||| ||||||  |    
T  31174557 tatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaagaacagagctgatgttacagagatacttaatggctgtgggcttcatgctgatattggaatagtt 31174656  T
Q  193 atcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttactacgagacatgggaagag 274  Q
     ||||||| ||||| |||||  ||||||| || || ||| | || |||  |||||||| ||| ||  |||||||||||||||    
T  31174657 gtcctcattgagcgcagcctcataaaagttgataaaaataacaagcttcaaatgcatgatttgctcagagacatgggaagag 31174738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 89; Significance: 8e-43; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 93 - 285
Target Start/End: Original strand, 30416639 - 30416831
Alignment:
Q  93 tatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataact 192  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| | ||||||||| |||| |||||||||  ||||  ||| |||||| ||    
T  30416639 tatatttcttgacatatgttgtttctttatcggcaaggacagagcttatgttactgagattctaaatggctgtggactttttgctagtattggaatatct 30416738  T
Q  193 atcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttactacgagacatgggaagagagattgttcgt 285  Q
     |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| | || ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  30416739 gtcctcatagagcggagcctcttaaaagttgaaaagaataacaagcttggaatgcatgatttaataagagacatgggaagagaaattgttcgt 30416831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 52 - 341
Target Start/End: Original strand, 15801649 - 15801938
Alignment:
Q  52 aaaataagctatgatggtttagattatgatttcgaaaggggtatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagaga 151  Q
    |||||||||| ||||||||||||  || || | |||| |  ||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| ||||||    
T  15801649 aaaataagctttgatggtttagaggatcatatggaaaagaatatatttcttgatgtctgttgtttctttatcggtaaggatagagcttatgttacagaga 15801748  T
Q  152 ttctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataactatcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatgg 251  Q
    | ||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||    | || |||||| | ||||| |||||||| ||||||||| | || |||||||||||||     
T  15801749 tactaaatgggtgtggacttcatgctgatattggaatagaagtgctgatagagagaagcctcctaaaagttgaaaagaataacaagcttggaatgcatgc 15801848  T
Q  252 tttactacgagacatgggaagagagattgttcgtaaaatatcagaagaggagcttgggaagcgtagtcgattgtggtcttatgatgatgt 341  Q
    | | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||  |||   ||||||| || ||| |||| ||||||||||| || ||| |||||    
T  15801849 tctgctacgagacatgggaagagaaattgttcgtgaaagttcacctgaggagcctgagaaacgtactcgattgtggtgttttgaagatgt 15801938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 94 - 273
Target Start/End: Original strand, 20837169 - 20837348
Alignment:
Q  94 atatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataacta 193  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||  ||||| ||||||| ||  |||| ||||||||| |||||||||| |||||| |||    
T  20837169 atatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaagaacagagctgatgttacagagatacttaatgggtgtggacttcatgctgatattggaatatcta 20837268  T
Q  194 tcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttactacgagacatgggaaga 273  Q
    | ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| | |  ||||||||||| | ||| ||  ||||||||||||||    
T  20837269 ttctcatagagcgcagcctcgtaaaagtcgaaaagaataacacgcttggaatgcacgatttgctcagagacatgggaaga 20837348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 94 - 273
Target Start/End: Original strand, 20810814 - 20810993
Alignment:
Q  94 atatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataacta 193  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||  ||||| ||||||| ||  |||| ||||||||| ||||| |||  |||||| |||    
T  20810814 atatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaagaacagagctgatgttacagagatacttaatgggtgtggacttcatgcttatagtggaatatcta 20810913  T
Q  194 tcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttactacgagacatgggaaga 273  Q
    | ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| | |  ||||||||||| | ||| ||  ||||||||||||||    
T  20810914 ttctcatagagcgcagcctcgtaaaagtcgaaaagaataacacgcttggaatgcacgatttgctcagagacatgggaaga 20810993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 93 - 328
Target Start/End: Original strand, 12596438 - 12596680
Alignment:
Q  93 tatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataact 192  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | || || |||||| ||||||| ||| |||| ||||  ||| | || ||||| ||||||||     
T  12596438 tatatttcttgatatttgttgtttctttatcggtaaggatagtgcttatgttacagagatactaaatgggtgtgatcttcaagcggatattggaataaca 12596537  T
Q  193 at-------cctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttactacgagacatgggaagagagattgttcgt 285  Q
     |       ||| |||||| | |||||  ||||||| ||||||||| | || ||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  12596538 gtgctgatacctgatagagagaagcctcataaaagttgaaaagaataacaagcttggaatgaatgctttgctacaagacatgggaagagaaattgttcgc 12596637  T
Q  286 aaaatatcagaagaggagcttgggaagcgtagtcgattgtggt 328  Q
     |||  |||   ||||||| || |||| |||||||||||||||    
T  12596638 gaaagttcacctgaggagcctgagaagtgtagtcgattgtggt 12596680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0468 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0468
Description:

Target: scaffold0468; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 93 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 7627 - 7436
Alignment:
Q  93 tatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataact 192  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||| | | || ||||||| | ||||| ||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||| ||    
T  7627 tatatttcttgatgtatgttgtttctttatcggcaaggacaaagactatgttaccgagatactaaatggttgtggactttttgctgatattggaatagct 7528  T
Q  193 atcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttactacgagacatgggaagagagattgttcg 284  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| || |||||    
T  7527 gtcctcatagagaggagccttctaaaagtcgaaaagaataacaagcttggaatgcatgatttaataagagacatgggaagagaaatagttcg 7436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 81; Significance: 4e-38; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 93 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 6907221 - 6907029
Alignment:
Q  93 tatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataact 192  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||| | |||| ||||||| | ||||| ||| | ||||||||||||  ||||| ||| |||||| ||    
T  6907221 tatatttcttgatgtatgttgtttctttatcggcaaggacagagactatgttaccgagatactaaacggttgtggactttttgctggtataggaatagct 6907122  T
Q  193 atcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttactacgagacatgggaagagagattgttcgt 285  Q
     ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| | || ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  6907121 gtcctcatagagaggagccttttaaaagttgaaaagaataacaagcttggaatgcatgatttaataagagacatgggaagagaaattgttcgt 6907029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 54 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 32412373 - 32412146
Alignment:
Q  54 aataagctatgatggtttagattatgatttcgaaaggggtatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagatt 153  Q
    |||||||||||| |||||| |  ||||| | |||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| | || ||||||||| |  ||||     
T  32412373 aataagctatgacggtttaaaggatgatatggaaaaggatatatttcttgacatatgttttttctttatcggcaaggacagggcctatgttaccaagata 32412274  T
Q  154 ctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataactatcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtt 253  Q
    ||| ||||  |||||||| ||||||| || ||||||||  | ||| |||| || |||||| ||||| | ||||||||| | |||||||||||||||| |     
T  32412273 ctaaatgggcgtggactttatgctgacattggaataacggttctcgtagaacgaagccttgtaaaaattgaaaagaataacaaacttggaatgcatgatc 32412174  T
Q  254 tactacgagacatgggaagagagattgt 281  Q
    | ||| |||||||||||||||| |||||    
T  32412173 tgctaagagacatgggaagagaaattgt 32412146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 64; Significance: 6e-28; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 55 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 14768327 - 14768056
Alignment:
Q  55 ataagctatgatggtttagattatgatttcgaaaggggtatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctat-gtttcagagatt 153  Q
    ||||||||  ||||||||||  |||||||  ||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||| | ||||||||  ||| |||||||     
T  14768327 ataagctacaatggtttagaggatgatttaaaaaaggatatatttcttgacatatgttttttctttattggcaaggatagagcctaacgttacagagata 14768228  T
Q  154 ctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataactatcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtt 253  Q
     || |||| ||||||||| |||||||||| |||||| || |||||||||| ||||||||  ||||||| | ||||||| | || |||  |||||||| ||    
T  14768227 ttaaatggatgtggactttatgctgatattggaatatctgtcctcatagaacggagcctcttaaaagttgtaaagaataacaagcttcaaatgcatgatt 14768128  T
Q  254 tactacgagacatgggaagagagattgttcgtaaaatatcagaagaggagcttgggaagcgtagtcgattgt 325  Q
    |  || | |||||||||||||| ||||| ||| |||  |||  | | |||| ||| ||||||||||||||||    
T  14768127 tgatatgggacatgggaagagaaattgtccgtcaaagttcaccaaaagagcctggaaagcgtagtcgattgt 14768056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 58 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 8373136 - 8372920
Alignment:
Q  58 agctatgatggtttagattatgatttcgaaaggggtatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctag 157  Q
    |||||||||||||||||  || ||   |||| || ||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||   ||||  ||||||| ||      
T  8373136 agctatgatggtttagaagattatacagaaaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaagaacagagttgatgtcacagagatcctta 8373037  T
Q  158 atggttgtggacttaatgctgatatgggaataactatcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttact 257  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||| || || | || |||||||| |||||  ||||||| || |||||| | ||  ||   ||||||| ||||||    
T  8373036 atggttgtggacttcatgctgatattggagtatctgttcttatagagcgtagcctcataaaagttgataagaataacaagtttcagatgcatgatttact 8372937  T
Q  258 acgagacatgggaagag 274  Q
    ||| |||||||||||||    
T  8372936 acgcgacatgggaagag 8372920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 238 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 4135116 - 4135076
Alignment:
Q  238 cttggaatgcatggtttactacgagacatgggaagagagat 278  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  4135116 cttggaatgcatgatttgctacgagatatgggaagagagat 4135076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University